2N5AA

Structures of the reduced state of the mutant d24a of yeast thioredoxin 1
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
103
structure length
103
Chain Sequence
b'MVTQFKTASEFDSAIAQDKLVVVAFYATWCGPCKMIAPMIEKFSEQYPQADFYKLDVDELGDVAQKNEVSAMPTLLLFKNGKEVAKVVGANPAAIKQAIAANA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the reduced and oxidized state of the mutant D24A of yeast thioredoxin 1: insights into the mechanism for the closing of the water cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin-1
source organism Saccharomyces cerevisiae s288c
molecule tags Oxidoreductase
total genus 26
structure length 103
sequence length 103
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2n5aA00
3FZ5A 1MDKA 3G9BA 4F0BA 1PD21 2FHEA 2HI7A 3ME8A 2A4VA 1X5CA 2HFDA 3DWVA 1K0MA 2YWNA 1PX6A 3F9UA 1SKRB 4V2NA 5ECOB 2YWIA 1WJKA 3TOUA 1W89A 4ZL7A 1XXUA 2CQ9A 1WP0A 2GTUA 1HYUA 4ZILA 3U5RE 4F82A 1THXA 1V58A 3GURA 4TOPA 5E4WA 3CBUA 3IBHA 1H4OA 3Q74A 2IWTA 1GNWA 5CRDA 3TKSA 2R4VA 4XS1A 4WEYA 5DAKA 3CTGA 3F8UA 3HVSA 1DE1A 2P5QA 1ZYQB 3U6VA 4KDYA 3LYKA 1FG4A 5D96A 4JZQA 4V1Ag 3DXBA 3DYRA 4J57E 1JZWA 4WF5A 2HRNA 2VCTA 1PMTA 3HD5A 3S9FA 1OKDA 3G7YA 2ZCTA 3GMFA 1NM3A 5GAPD 4WXTA 1FHEA 1Q98A 5F06A 5CRGA 1FOVA 1AC1A 3EVIA 3UAPA 1LBKA 3F6FA 1QGVA 2FNOA 2HZEB 4XS6A 2WFCA 4XTSA 2DJ1A 3IPZA 2GVPA 4HOJA 5KN2A 1SU9A 3C1RA 5GAND 3PGTA 4IJIA 2F3MA 1MTCA 2K9FA 4IS0A 4WF4A 3UL3A 5CP1A 4K9ZA 1ML6A 2DIYA 4IHUA 3KZQA 3DRNA 2X8GA 2DLXA 1KEBA 1EEMA 2EIRA 1YY7A 2GLRA 3MDKA 4MLYA 2VM1A 4NHWA 3BD2A 2H8LA 3NIVA 4BVYA 5L71A 1FVKA 2B7JA 4ECJA 4XS4A 5ECSA 3H93A 4PNFA 1TK0B 2WCIA 3F3RA 1NW2A 3M9JA 3P2AA 3ZMLA 1GUHA 3KMNA 2YZHA 1TOFA 4G10A 3CYNA 3L9UA 1K0BA 2YOIA 1Z5YE 4OD7A 3W6GA 2H70A 4MPGA 4K8MA 4NV2A 3QFBC 3WT1A 2OJLA 3F4RA 4MH2A 2FUG2 3TGZA 2E2GA 4FO5A 3IOSA 2GSSA 1I5GA 3KGKA 4HQSA 4GQCA 1QQ2A 2K8VA 3BOAA 1PSQA 2RM6A 4V2MA 3C1SA 11GSA 2GGTA 1GTIA 2CAQA 1E6BA 1PN9A 3FRCA 3GA4A 4POBA 1GSEA 2CVDA 1OC8A 1C72A 2IMIA 5HFGA 1EV4A 4KNDA 2ES7A 1EOHA 5J9CA 3CRTA 4KB3A 2DMLA 2GT6A 5H5SA 1U3IA 1K0CA 2VLVA 2KP2A 2ZNMA 2XBIA 3W8SA 5D73A 1AAZA 5ECQB 2O89A 4OO5A 5KN3A 4N10A 5C00A 2WDUA 1GRXA 1TW9A 3RDWA 4AJ6A 3QMXA 2J23A 3UEMA 3GIXA 1TDIA 4KCAA 2LRCA 3APQA 4XRDA 1GL8A 2PBJA 2H66A 3HDCA 3I43A 5GSSA 1NHYA 5JWQB 1SKWB 2H6ZA 1EP7A 1UA5A 1NSWA 2XPDA 3GH6A 4HZ4A 1AIUA 5HR0A 4RUVA 3WGDA 1WPIA 1ERWA 3P90A 4K0GA 3A3TA 3TRPA 4WKWA 4PX1A 1EP8A 1ERTA 3IR4A 4PUAA 3TUEA 1QXHA 4HJMA 2YPMA 3RAZA 4MABA 2B5EA 5LD0A 4MZWA 1QFNA 4AGSA 5B8BA 4K2DA 1XVWA 2JACA 2AAWA 4ZB6A 2IMFA 4LL4B 1BEDA 2GZZA 2IMDA 3ZYWA 2A2SA 4WBRD 6GSTA 2R3XA 1PRXA 2H0HA 4Q5RA 4V2LA 5J4UA 4N30A 3HXSA 2L4QA 1O81A 2NTOA 2YANA 3SBCA 5EVOA 1G7OA 2JZRA 2RLIA 3HY2A 1EGRA 3VWUA 3VFIA 5FHIA 4XRAA 3M8NA 4ZB9A 1ZGNA 4KDXA 2OE3A 5CNWA 2RUEA 1QK8A 2VO4A 3D0ZA 3LYPA 4KX4A 2QC7A 5JCUA 4E8EA 1YZXA 3I6AA 6GSVA 1F37A 5ELGA 2H1BA 4Z7XA 2P5RA 2FWEA 3QOUA 3UVHA 4F2IA 1G7EA 3I69A 4PNGA 1BAYA 1R5AA 2LJKA 1M2DA 4DSSA 5D9VA 3TB2A 5CRWA 4PGTA 4POMA 3MWHA 2MMZA 1F9MA 2H72A 2C3QA 2JZSA 4ID0A 2V1MA 1KBNA 4ML6A 5HQPA 2IL3A 4EC0A 5A5KA 1TI3A 5H5RA 2EIOA 4K7IA 5G2ZA 3SWLA 4HQZA 2GSQA 5IQYA 3KCMA 3F3QA 3TKSC 2VCVA 4OCEA 1OC3A 1F3AA 2FD3A 1W4VA 1OVNA 3KH9A 5G5FA 1M7TA 4TR1A 4HU9A 5ID2B 3VI7A 1FO5A 3E0UA 4L5OA 3GTUB 4K0NA 2M80A 3O6TA 3FKFA 4JU5A 2JL4A 3ZLPA 1G6YA 3WGEA 1GH2A 2VCZA 1WWJA 5JCGA 3PINA 4OFTA 5LNKe 3QR6A 4EKZA 1V2AA 4N0VA 1WRYA 3PH9A 2H71A 2FA4A 1N2AA 1UC7A 3A2VA 5B6MA 2IFQB 3VLNA 3GRXA 2WS2A 2DC5A 2YV7A 1BG5A 3UMAA 2C0EA 2B6MA 1R5PA 4KGIA 4GXZA 1X9WB 3L9SA 3R2QA 5A4VA 1PA3A 4MDCA 1M9BA 1V40A 4F0CA 2CVKA 1N8JA 5B6NA 2FA8A 1ZZYA 4XCSA 3MSZA 4L0UA 5ECHB 1YDKA 3ZFLA 5COHA 4HI7A 3ZIJA 3RPPA 3DIEA 2B3SA 5IMFA 16GSA 4NMUA 2TRCP 3GN3A 2GQKA 3GKNA 4P3YB 1EWXA 4BA7A 1E2YA 1YF0A 4LL1B 1VF2A 1SENA 4MZBA 4ML1A 2MBSA 3IAM2 3TJKA 2H1GA 1JLWA 1F3BA 3GKXA 2HZFA 1R26A 1SJZA 3ZVJA 3Q19A 1XIYA 3E3EA 3F4TA 4TXVA 4WETA 2LJRA 4NV5A 1K3LA 5GSTA 3UBKA 1YKAA 3A2XA 2TIRA 1S3DA 1WOUA 3C71A 2F51A 4GCIA 2H30A 1MDJA 2L5LA 2A2RA 2B1KA 2X99A 3ZMKA 1T7PB 2KP1A 1GTAA 2GDRA 3MAKA 3D5JA 3H8QA 2IN3A 1LJRA 3KD0A 5ECMB 2GZPA 2VM2A 3EWLA 2QGVA 3IDVA 2PMTA 2PWJA 3FZ4A 3IHQA 4KA0A 3TJGA 4OMVA 3FR9A 2IJYA 1SJ6A 3ISOA 4ILFA 3HKRA 3FR3A 3TOTA 2H74A 3P7XA 3IAS2 1XWAA 1TK8B 4I8BA 7GSSA 2H76A 1B8XA 1U3AA 1BX9A 2LEGA 4TXOA 2FWFA 1VF3A 2VL9A 3EINA 3BBYA 2X8CA 3D22A 1FAAA 1T3BA 1VF4A 3US3A 3QCPA 3JCML 1GNEA 3UBLA 3CSJA 1Z3EA 5EY6A 4HU7A 2OE1A 4KDUA 3KIJA 2CT6A 4MMMA 1U6TA 3ERFA 4AF2A 2D2ZA 3QD9A 1AUCA 3IK9A 2YWOA 2E7PA 3VWVA 1M99A 1O8WA 2C80A 2LJAA 3M9KA 1EGOA 3QAWA 2PERA 3OR5A 2VD0A 2RM5A 4K7NA 4XIHA 3DVWA 1YEXA 1DUGA 2DIZA 2BTOT 2PN8A 2OKAA 5CYYA 4TN8A 1YEPA 4FYBA 4J2FA 1A8YA 1K0DA 3P8WA 2LNSA 4OWYA 1X9SB 3Q6OA 2JU5A 5F07A 2CZ3A 3GX8A 1B9YC 3GKMA 1A0RP 1KNGA 2CX3A 1LU4A 2LRNA 2F8FA 1GTUA 4LMVA 4EVMA 1X5EA 4KCEA 5ECRB 2H6YA 2L59A 4TR3A 9GSSA 1R4WA 5ECLB 3ZREA 5G1LA 2B1LA 4DSRA 3IRAA 2YN1A 2YP6A 2HRFA 5DALA 3H1NA 2C1YA 1SL1B 1O85A 4IKHA 2B5YA 3UVTA 2FWGA 2VIMA 1B9XC 1OAZA 1YQ1A 1TU8A 4IQ1A 1XBSA 5KEJA 2E2MA 2PVOC 4FYCA 4X0XA 1WIKA 4I97A 5EL8A 3LORA 2KOKA 4I5QA 3D6IA 1JLVA 5IMZA 1M2AA 4PQIA 3FHKA 5IPHA 5B8AA 3LJRA 1HQOA 1TRWA 2FCHA 2EIQA 2YJ7A 1S3AA 4GQFA 2IMKA 4Q5QA 1XWKA 4ZB8A 6GSXA 2RUFA 4EUYA 3WT2A 1B4PA 1Q4JA 1JZRA 3Q18A 4FYUA 5HR1A 4YAVA 4ZL9A 1PL2A 5DQYA 3ZL5A 2TRXA 2OACA 4D73A 4HDEA 2LNTA 1AQXA 1TJDA 1Z9HA 4MF7A 4ZIJA 2O7KA 2JZTA 4EDZA 1M0UA 3GX0A 1PGTA 1OC9B 2HT9A 3ZFBA 4AJ7A 3L9VA 2JSZA 4L8EA 1XWBA 1K3OA 4TW5A 3ZITA 1SL0B 2H19A 2H1AA 4MJEA 2LV3A 3I9V2 1B4QA 18GSA 1X0RA 5AIXA 4IVFA 2HYXA 1BJXA 1T8EB 2GQMA 3APSA 3O76A 5IOXA 2M46A 3KTLA 5FT3A 3L4NA 2WULA 2MMNA 2VCWA 2O85A 2WB9A 2H6XA 4RI6A 2K18A 3IXRA 4PURA 3TKRA 1HNAA 4X43A 2X64A 3F4SA 1TI1A 1XW9A 3EU4A 3CSHA 3FZAA 4CDOA 3GKKA 3C8EA 5DAKB 1T1VA 1ZYEA 2HSYA 3EU3A 3GSTA 3L0HA 1RW1A 4RI7A 4KW6A 1OYJA 1ON4A 4GSTA 4IGJA 4N0ZA 1T4YA 3MNGA 3C7MA 2AHEA 4IN0A 4IW9A 3NOFA 1SL2B 4GTUA 5DDLA 3TRQA 2HZEA 4YQMA 1A2LA 5HFKA 1PKZA 2IIYA 1XZOA 4V1Ap 1SK2A 3FYGA 5DVBA 2MZCA 2OBKA 4YH2A 2C3TA 4G2EA 4ZBBA 1XOAA 3ZVJD 4WBJA 1XCCA 4MCUA 20GSA 3LEFA 2N5BA 5DJMA 4O5RA 4EF0A 5B7CA 4CW9A 4MJBA 1XWCA 1OKTA 3G7JA 2LQQA 2LKUA 2ON5A 5DBQA 2L6CA 1GUKA 4QL9A 3HVVA 4ACSA 4IJ3A 2LTKA 1V57A 2MBTA 5IPGA 4J56E 2LS5A 4XHMA 3VPTA 4JE1A 2H0GA 2NVLA 3ZZXA 1T00A 2CAIA 3H79A 3HZ4A 2K6VA 4PQHA 5ECIB 3TJJA 3TKQA 1MEKA 1OE7A 2DJKA 4BWQA 4RQXA 1A2MA 4MJAA 2FWHA 2IPAA 10GSA 4XS4B 4ECIA 1A2JA 4IP6A 1TP9A 1TKDB 1QMVA 2LQOA 2E0QA 2BMXA 2AJQB 1XWGA 8GSSA 1AQWA 2B5XA 1V9WA 5HFIA 1U87A 5CO3A 1UN2A 3HJMA 3IA1A 2VOCA 1WMJA 2DMMA 2NBSA 1FB0A 4EE0A 1R7HA 4WR5A 4OCFA 1CQHA 3UJ1A 1Z6NA 3TRXA 2L4CA 2N5AA 2PUKC 3WD6A 3BJ5A 6GSYA 1YJ6A 3KP9A 4EO3A 5IMAA 4ISDA 4BL7A 1A23A 3KP8A 1GULA 3HYPA 4FH8A 2HLSA 4F9ZA 2H75A 2ALBA 2CV4A 1JHBA 4BWSA 4NXIA 3QPMA 1GSFA 4I2TA 2F9SA 2YNXA 4GRFA 2FLSA 3FW2A 3GSSA 1HNCA 2WJUA 4F03A 4QQ7A 1B48A 3M1GA 2V6KA 3FEUA 3HJPA 3D21A 3KMOA 2I1UA 2GS3A 3WYWA 4NAXA 1SKSB 2V32A 5ABRA 3ME7A 1K3YA 4O32A 1SYRA 1BYEA 1X5DA 4ZL8A 2XBQA 4LA1A 2GQLA 3KH7A 2CVBA 1QUWA 5G1KA 1YKCA 4OO4A 1PQNA 2HXKA 1T4ZA 3F6DA 1O73A 3V1WA 2DJ2A 3IE3A 5HR2A 2YV9A 2LRTA 4MP4A 1WE0A 3FR6A 1HNBA 1K0NA 1XVQA 1I9DA 2VCQA 2K8SA 3W8JA 2VL2A 5D93A 2L6DA 4HS1A 4K1FA 2BJXA 3DD3A 3FY7A 1VF1A 5ENUA 3RBTA 2HNLA 3CSIA 2G2QA 2PVQA 4KSMA 1XW5A 3APOA 1GLQA 22GSA 2C8UA 2DJ3A 5D9WA 1A24A 1RQMA 1GWCA 1JZOA 1ZL9A 1GSUA 4K6XA 4K7OA 12GSA 1M9AA 3CXGA 2PPTA 5E59A 2VCXA 1MD3A 3D4MA 14GSA 3C73A 4DVCA 3PR8A 3O3TA 3VWWA 3QDNA 1SK0A 1FW1A 5GZZB 5F8BA 4HZ2A 1ILOA 1TRUA 3GH9A 2JADA 5IMVA 3DMLA 3GL5A 3CTFA 4L0WA 2KLXA 1IYHA 1GSQA 4TVEA 5AN1A 2MMAA 3ERWA 6GSUA 5G31A 4DSQA 4KH7A 2V2GA 2CX4A 2MMOA 5CRHA 4PUFC 2R2JA 3ERGA 4Q5FA 2JSYA 1JZDA 5KN1A 1KTEA 1U88A 3GUSA 1O8XA 3LFLA 4EXJA 1EV9A 4GF0A 1V98A 4ZXGA 1VGLA 3GV1A 3TJFA 1TU7A 4O7HA 3HA9A 2GSRA 2KUCA 3ZTLA 2WGRA 4H86A 2AYTA 6GSWA 2O87A 4DSSB 1CQGA 1THOA 4IELA 1PKWA 5DQSA 4IQAA 4HUAA 1ERVA 3KM6A 1TXXA 3UARA 3F0IA 2GZYA 3KTBA 1F6MC 2ZUPA 2LSTA 2R37A 5ID2A 2OA7A 5EPFA 3KEBA 4FIWA 2AUVA 4NHZA 3GTUA 3CRUA 1PL1A 2AV4A 2I3YA 2REMA 1ABAA 3QFAC 1H75A 3FK8A 2NPBA 17GSA 3J7Yk 5D9XA 4I2UA 3EURA 5A4WA 4TR1B 5IMCA 5F05A 5INYA 3GFKA 1Y25A 3KXOA 2OE0A 1A0FA 5IIZA 2IFQA 3N9JA 2RIIA 2XPEA 1VRSD 2LUSA 5JWRB 4O92A 4GLTA 2KHPA 2DSAA 5CREA 1TTZA 4TR0A 5D8IA 1ACVA 3A2WA 2VUPA 3ZIVA 4LLRA 4JBBA 5ECNB 1TRSA 3GYKA 4G19A 2MYGA 1GSYA 2Z9SA 3LQ7A 2P31A 2C0GA 1SD9A 4KSOA 1TRVA 1URMA 3AY8A 1DE2A 4N11A 1ZCPA 2X8HA 3UOMA 1SD8A 5C04A 3TDGA 3RHCA 5CAXA 4JRRA 2V41A 2PGTA 3HCZA 1FB6A 2R6KA 5AIVA 4NPBA 2GT5A 2FGXA 3GNJA 3TCOA 1S3CA 3G7IA 5D9TA 3RHBA 1XOBA 1BQ7A 2VLTA 3HVXA 2WRTA 5IO0A 4JR4A 5DCGA 4GWRA 5H5QA 2PU9C 3GHAA 3HHVA 1RK4A 4AJ8A 4KUNA 2B7KA 1PX7A 2AB6A 2G0FA 2VD1A 2WZ9A 3QAVA 5IO2A 4BVXA 2I4AA 4ECBA 2F8AA 3A5WA 2YCDA 2M72A 1ST9A 4QL7A 5F0GA 2L57A 4TRXA 1XPVA 4GSSA 2QSIA 3BCKA 2GSTA 3DGQA 3KJYA 1ZMAA 3DEXA 2H73A 5G5EA 3HZ8A 1GTBA 4OFNA 5JCWA 2J9HA 5FWGA 1TK5B 2VL3A 4WR4A 1O6JA 5ELAA 1X9MB 3IV4A 4HEA2 3LXZA 2IMEA 2NDOA 2OBIA 5HR3A 3LWAA 3BCIA 3N5OA 1HD2A 2OADA 4MF6A 5IM9A 3HJOA 5J3RA 4KAEA 3M0FA 1FVJA 1Y6EA 4DEJA 2CA8A 2P0GA 2H01A 5IMDA 13GSA 1SYXA 5JWOB 1UVZA 3EMPA 3VPQA 4HJ2A 19GSA 1XFLA 3EE2A 1XW6A 1MD4A 4TXOB 3EMXA 4EDYA 4GSNA 3VURA 2DBCA 5AGYA 3FZ9A 4JR6A 1SJIA 5IOWA 5AISA 1MDIA 3EC3A 4POKA 1Z6MA 2VL2C 1J0FA 2V6OA 2YZUA 4PQ1A 1K0AA 1F2EA 4KE3A 3E9JB 4IBPA 3UIWA 2DJ0A 4MZCA 4CHSA 1AW9A 2N5FA 5LCZA 5ECPB 1J9BA 4ECCA 2HE3A 2H1DA 3NZNA 2C4JA 1NHOA 1SK1A 1Z7PA 1O7UA 2C3NA 1J08A 4JEDA 2YWMA 3LSZA 6GSSA 3CMIA 4POLA 2XHFA 1GSDA 1DSBA 4MF5A 1AQVA 1M2BA 5KN0A 3D4TA 4MK3A 1GSSA 1GUMA 1A8LA 2C0DA 5J9BA 2HSHA 4ULXA 2I9HA 1YF1A 1ERUA 2I81A 4OFMA 3TJBA 1USBA 3GL3A 4EL1A 4MPFA 3ZRDA 4YQUA 3F63A 5G30A 4YQVA 3TKSE 3RPNA 1EEJA 5DALB 4X1UA 1K0OA 2L5OA 3L78A 4G9HA 1DBYA 2FY6A 3DVXA 1GP1A 3VK9A 4E8HA 3WGXA 3ED3A 4YAPA 4MH3A 3K8NA 3IC4A 4BPYA 4ZBAA 4L5LA 4TKYA 1ZOFA 5ECKB 3H4KA 3EYTA 1JFUA 4LMWA 5DCHA 2C0FA 4MJCA 3VWXA 1IYIA 5J41A 1EZKA 3TKPA 5DJLA 3LGCA 4MA9A 4RQRA 2QKEA 2XC2A 2VAFA 2ON7A 3M3MA 3QAGA 4TR4A 4Q5NA 3IK7A 2EC4A 5J5NA 2YJHA 4ZBDA 1G0TA 2O8VB 1G6WA 3LXTA 3J7Yb 3LG6A 2R5GA 2H0IA 2VLUA 3DKSA 3VI5A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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