2NMYA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant v82a with a inhibitor saquinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Atomic resolution crystal structures of HIV-1 protease and mutants V82A and I84V with saquinavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nmyA00
3INEA 2AZ9A 5P5LA 5HDVA 5ENKA 5P2FA 3SABA 1EC3A 1FFFC 2O4LA 5P5NA 5P2AA 4EYRA 1HVSA 3TH9A 2AQUA 3FX5A 4DJRA 3TKWA 3DOXA 5OZPA 5DQ2A 5HE5A 3EKQA 5P0GA 3QAAA 5P1GA 3CMSA 1PSAA 1F7AA 5P2CA 4Y5EA 3TL9A 2F81A 4Y5GA 4Y54A 4GB2A 3GW5A 1K6VA 2AZ8A 2WL0A 3QPJA 3OK9A 2WEDA 5P6SA 1ZPKA 4FRSA 3O9LA 5HU0A 4LAPA 4X2LA 4I0JA 4TRZA 1MPPA 3EC0A 3CKTA 3KT5A 5P74A 4I1CA 4NJVA 3SA9A 3T11A 1PSNA 5P69A 5P5IA 3N3IA 2HS1A 5ENMA 4QJ8A 5OZSA 1PPME 3OAGB 4Y48A 1HVKA 4D88A 2V16C 1MSMA 1HSHA 3SM2A 2BKTA 2G1YA 5P5EA 1XE5A 5P0FA 3UTLA 5I3XA 4Y3HA 3LIXA 1BDRA 1HPXA 2F3KA 3MSKA 3KDCA 5P5ZA 1AZ5A 4ACUA 1XS7D 3Q5HA 1FLHA 1BXQA 5P0JA 1HSGA 3TPLA 2B7FA 2FNTA 1RV7A 4EP2A 2AVMA 4U7QA 3MSJA 1XDHA 2PH8A 5AHBA 1A94A 3ZPUA 4OBGA 3BGBA 2HB4A 5P27A 2AOCA 3CICA 2F8GA 5P0QA 1DP5A 2QMFA 1T7IA 1DW6C 2BBBA 1OHRA 5KR1A 4Y35A 4I0HA 4FRJA 5P38A 2ZJMA 5P0AA 1HVJA 1MT9A 1EC1A 3LZVA 3TOHA 1EBWA 3OHHA 4BEKA 4PPHA 3AIDA 3ER3E 2BPWA 3VYFA 4RLDA 1YM2A 1K1UA 3SA5A 2AOEA 4Y5KA 4Y38A 4S1GA 4Y4TA 3RTNA 3PI0A 3GI6A 5P7LA 3VSWA 4Y6MA 2Q64A 5P6RA 2AOFA 1APVE 2IKOA 3L58A 3EMYA 3RVIA 2B7ZA 3GI0A 4Y3TA 5APRE 5P7UA 2F3EA 3S8IA 1ER8E 2R3WA 4COEA 3O9GA 1K6PA 1YTJA 3HAWA 1HPVA 4B70A 5P1PA 2QU2A 1PSOE 1UH9A 3LIQA 5COPA 3BGCA 5SY2A 3K5FA 5P0VA 4Q5MA 3PLLA 1E80E 5P03A 2NNPA 1W51A 3K4VA 2V0ZC 5KR2A 5P3WA 2VA7A 3WZ7A 4GMIA 4Y5CA 5P7AA 3OAGA 4F73A 1MESA 4I0DA 1HEFE 3SO9A 3WZ6A 3NU6A 3VFBA 3BVAA 3DUYA 5P5WA 3VG1A 2QHCA 2WEAA 1FQXA 3I8WA 4ZLSA 5OZOA 4FLGA 5DGWA 4DI2A 2P3AA 2I4QA 3INHA 3GGVA 4L7GA 3SM1A 4FAEA 3M9FA 5P64A 3OGPA 3PHVA 1IZIA 4J1EA 5P32A 4K8SA 5P42A 4RRSA 3S54A 4CPRA 2ZHUA 5P6BA 3L5EA 5KOSA 5P2KA 5HU1A 5P28A 3NU5A 3OUBA 3HDKA 1AM5A 2B8LA 5P0LA 4Y4ZA 4ZIPA 5P4YA 5P2LA 5P0HA 5P2UA 1FG6C 4DQHA 3BUFA 2NXMA 5OZ9A 1IIQA 3LPJA 4FM6A 2ZJLA 3PWRA 3PMYA 4GJ5A 5P22A 1MUIA 3ZKNA 1UPJA 2RENA 3ECGA 2PSVA 5KQFA 4RCDA 5P6VA 4B72A 3PLDA 5P5FA 2O4PA 4RCFA 4Y56A 3I25A 5P3PA 2OHQA 2IEOA 1SMRA 3NDWA 4MC9A 3LHGA 2P3BB 2HIZA 5P60A 5P7FA 5P3DA 3OUDA 2HS2A 1K6CA 1RQ9A 5P81A 5OZVA 3OU1B 1GVVA 5P14A 3PBDA 5P3MA 2HPEA 5P10A 3WSJA 4A6BA 3FNSA 5P7EA 4R95A 2P8HA 4DPFA 5KQZA 5OZ5A 5P6HA 5P58A 2ZHSA 4Y4UA 5P7PA 5P4EA 5OZMA 5P6EA 4HVPA 3U71A 1PPLE 3IN4A 4Y4GA 1SIPA 3FIVA 5P6DA 5JODA 5P45A 4PHVA 2ER6E 1Q9PA 2ANLA 2FXDA 3DM6A 1AJXA 3T3CA 1YTGA 1FKNA 5P53A 4H3GA 2XYFA 1OEXA 1QS8A 5AGZA 5P5XA 4Y4XA 2HB3A 7UPJA 1ZAPA 5P6WA 3APPA 3EKPA 4RVIA 4GJAA 3NR6A 5COKA 3PEPA 4H3IA 2VIYA 4L7JA 4GJCA 1D4SA 5P8PA 5IVQA 3C9XA 3IVHA 3JVYA 3LITA 2RKGA 4AA9A 3PWWA 1Z1HA 3HVGA 5P1WA 3LNKA 4QJAA 3DJKA 3EM4A 3UF3A 5HCTA 4OC6B 4Y5LA 2V12C 1T7JA 3KDDA 4Y3JA 5P7BA 1YM4A 5P65A 2PYNA 5P5UA 3B80A 3UFLA 2ASIA 3OU4B 5P0NA 4DQGA 3R2FA 2AVOA 4GJBA 5P2JA 2H6TA 2AIDA 2JYSA 5HD0A 2ZE1A 1HOSA 4B05A 2P3BA 4HLAA 1LZQA 5P1BA 5P5YA 2WKZA 1NPWA 1DAZC 3NLSA 3I6OA 3IXJA 2QP8A 4WY6A 2JXRA 3PCWA 4IVTA 4NPUA 3HVPA 4OD9A 1SP5A 1YG9A 2PC0A 2R9BA 3TPPA 4RYGA 1U8GA 5P3JA 1TSUA 1ZJ7A 3DV1A 1J71A 3UQPA 5P4NA 5P0PA 4ZSMA 3GGUA 4L6BA 4DQFA 1EBZA 4H3FA 5P3GA 4K4QA 5P7TA 5P1UA 3OHFA 4Y5NA 2AOIA 5OZ1A 5IVTA 2Q63A 3NUJA 4J1CA 1IBQA 4E43A 2BPVA 4RRNA 4D85A 5P23A 4QJ9A 3S45A 4I11A 2PSGA 5COOA 5P5JA 3VF7A 4LHHA 4F74A 2ZGAA 4Q1NA 3G6ZA 1HVLA 5OYTA 5P6LA 1SIVA 3BXSA 3NDUA 3S85A 3EL9A 5DR8A 2IKUA 5P15A 1TSQA 1MRXA 4YD5A 2BB9A 3ZKXA 3TOFA 4DPIA 5P8EA 5OYZA 1LEEA 5DQCA 2WEBA 5P2HA 1EAGA 3K5GA 3PGIA 4OBDA 5P4HA 2CEMA 3L59A 5SY3A 1MT7A 4OC6A 2QZXA 1ZPAA 4AUCA 3R1GB 2VNNA 1BXOA 4JECA 5CLMA 4OBZB 5P4DA 5AHCA 3EKWA 4EWOA 4KUPA 3SLZA 2FDEA 2XYEA 1DIFA 3OXWA 4WY1A 2G22A 5P83A 4DQBA 4Q1XA 5OYUA 3OU4A 5P0YA 5HVPA 2BPZA 4OBHA 5AH8A 1LS5A 2ZJHA 4KB9A 5KOQA 4H1EA 4L1AB 3L5DA 5P59A 1GVUA 5P0EA 4EQJA 3SA7A 4JOOA 3SPKA 1E5OE 5P46A 5IVRA 1W5XA 2O4KA 4DJQA 1FMUA 5P48A 5DR1A 5P89A 2AOGA 4ZE6A 2HM1A 2IDWA 4QGIA 4K9HA 1BDLA 1N49A 5BS4A 5P1CA 4GJ7A 1A8KA 1M0BA 1AXAA 5OYXA 4XXSA 6FIVA 2F80A 2WEZA 2CENA 5P8VA 4Y9WA 3PB5A 4JP9A 5JFPA 5P20A 2QI3A 3OXXA 2QD7A 4B77A 2Q55A 3F9QA 2PK5A 4Y3LA 4CPSA 3HLOA 4HZTA 2R5PA 3S43B 2FGUA 5AHAA 5P4IA 3D91A 1LV1A 4FRKA 1NSOA 5P7GA 4EXGA 4PZWA 4Y37A 3VF3A 4YHQA 5HE4A 5TOLA 4R5NA 2BJUA 4F75A 2OHUA 1YTHA 4R93A 2OHRA 4FS4A 3RU1A 3WB5A 5DQ1A 5P1OA 2UY0A 3LIVA 5P02A 1EPME 3JW2A 3GI5A 1KJ4A 1HTRB 5P0MA 1YTIA 5P16A 2JJIA 4RVJA 4I0IA 4B0QA 5P4GA 3PI5A 4EJDA 3LPIA 5EZXA 5P5SA 4EJKA 2NR6A 2OHTA 3NWQA 4OBZA 3SA6A 5P36A 3OQ7A 1QBRA 1QBSA 4YD7A 4FL8A 5UPJA 3S2OA 1NPVA 1AVFA 3UCBA 5P3QA 3H0BA 5P5CA 5OZ8A 2WF1A 4Y53A 3I7EA 1GKTA 3LIZA 3OUCA 3TLHA 4CKUA 3K5CA 4FIVA 4CPUA 4L1AA 5P7XA 4Y4WA 4CPQA 1RL8A 4GJ6A 5P7OA 4BFBA 5P1XA 3EM3A 2G1SA 5DQ4A 3QI1A 2XFKA 5P5VA 3VV6A 1T7KA 2G27A 5P6YA 3SKGA 5P77A 5P5OA 5P8RA 4YCYA 5P3XA 2QHZA 5I70A 1D4KA 1HVRA 5P3UA 5P7JA 3ZKIA 2VIJA 3DCKA 3A2OA 1HPSA 4BELA 3ZMGA 4EQ0A 1LF3A 3ZPSA 1APWE 2IENA 1SGUA 3UDRA 1MVPA 1BDQA 2PWCA 2FNSA 1XE6A 4YCKA 2PQZA 5OZBA 1TW7A 3O9DA 3D1ZA 3T7XA 2HB2A 4M8XA 5P35A 5KR0A 2WF3A 2QI0A 4NJTA 4D8CA 1MEUA 1C6YA 4QJ6A 3KMYA 3OUDB 4HE9A 4FCOA 1TCXA 1TZSA 5P4ZA 3L3AA 4LBTA 3S43A 2PK6A 4TVGA 5OZWA 5P37A 3ZLQA 3VV8A 3D1XA 5P6OA 1LF2A 5P8TA 2QZLA 5P52A 3G70A 2VJ9A 3O9BA 1EC0A 2WF0A 3UQRA 5P7VA 5OZNA 5P80A 5B18A 3VYEA 2QD8A 1G0VA 3VLBA 1PFZA 4RYCA 2QI6A 1HSIA 3UDJA 5P6UA 3GI4A 5P25A 5P1NA 5P63A 5OZJA 1D4JA 1PPKE 5P12A 5P1KA 5P0KA 1XL2A 1HVIA 2WF4A 4OBJA 5P3YA 1QDMA 1MSNA 5P3EA 4Y3FA 5P1VA 3ST5A 2VA5A 2BKSA 5J25A 1MERA 3KDBA 5P2SA 3NXEA 1D4HA 1DPJA 3EM6A 4AMTA 3O9FA 4APEA 2OHNA 2AVQA 4FSLA 1ENTE 3OOZA 5OYQA 1Z1RA 1META 5P78A 1BV9A 5P1IA 3PSUA 2AODA 4D83A 1ZSRA 2BQVA 2QMGA 5KQXA 2Q15A 4WTUA 3JVWA 4NKKA 5P4AA 4Y3EA 3BC4A 5HDXA 2WHHA 5P2QA 2VJ6A 2VIZA 1SH9A 2V00A 4XKXA 1M4HA 3NU3A 1FIVA 5DPZA 3IVIA 5OZ0A 5P7IA 4Y4DA 3SKFA 1TQFA 1D4YA 5P0IA 3NU9A 5P76A 3NXNA 3SA4A 2Q54A 5P8JA 1BWAA 2I4VA 5OZLA 3K4VC 4CPXA 4DJXA 1QRPE 3D3TA 2VS2A 3O99A 5HDZA 5P06A 4Y3PA 4DUSA 3UFNA 1ODXA 4YCTA 4DVFA 6APRE 2ZJJA 1CMSA 4B00A 3QS1A 4I0ZA 3IXOA 3HAUA 4I8ZA 4ACXA 3WZ8A 4N00A 3OU3A 4OD9B 5P44A 3LZYA 5P18A 1ZP8A 1A30A 2QNPA 5P8NA 3KM4A 1K6TA 5P30A 2PYMA 4Y4BA 1XN3A 3GGAA 3KF0A 3MSLA 2P3CA 4CPTA 4JPCA 2AZCA 5P31A 3UDMA 5DR4A 2ER0E 2BPYA 2G94A 4Y3MA 4J5JA 3PMUA 4EPJA 1CZIE 3NSHA 1EBYA 4DJYA 5P2DA 4R91A 1GVTA 5P4KA 1FQ6A 1T3RA 4FM8A 4DJUA 1NPAA 5P67A 4Y3GA 5P8SA 5P7QA 1YX9A 5P3NA 1B6PA 3IXKA 3L5BA 4Z2ZA 5P1JA 3CKRA 5P34A 4DFGA 5BWYA 5P2MA 4HA5A 3SA3A 3OQFA 3CYWA 5P4CA 1BVEA 5P1ZA 5P01A 5P40A 1B5FB 5P7CA 2R3TA 5P75A 2Z4OA 1TCWA 5F01A 1SMEA 4CP7A 1HVCA 4ZPGA 2AVVA 5IE1A 1C70A 2VA6A 5P2OA 3VCMA 1EPOE 4MC6A 5P3FA 3K5DA 4AA8A 4I0GA 5P7WA 2WECA 1VIKA 4FRIA 2Z54A 1JLDA 3QIHA 5P6IA 5P4OA 5P3OA 5P8KA 2F3FA 2IS0A 3CKPA 1G6LA 2BPXA 3LZSA 3EKTA 1LYWA 4DJOA 3NYGA 1IDAA 3BXRA 1HEGE 4QJ7A 4Y3NA 5OZ7A 2PWRA 5P00A 4YD3A 3D1YA 1HVHA 3HBOA 5P3KA 3PJ6A 1SBGA 1FMBA 2PSUA 4Y44A 5DQ5A 5P1MA 5C9FA 4Z4XA 1XL5A 2NTRA 5P7RA 1KJHA 2I1AA 4Y5BA 5P57A 2ZYEA 4CPWA 3QROA 5OZEA 4HEGA 1C6XA 4BFDA 1W6IA 2O4NA 3SA8A 3L38A 2OAHA 1WBMA 4Z22A 3RSXA 4Y57A 3BUGA 2QMPA 4HDPA 1B6KA 1LYAA 2FGVA 5P6PA 3QBFA 2FDPA 5P4QA 3OOTA 3GGXA 1EPRE 4D89A 4GZFA 2FMBA 5P73A 5P5TA 1APTE 5P0SA 4L7HA 1E82E 1HHPA 4M8YA 3UHLA 2IGYA 5P1FA 3T7PA 5C9DA 1IVPA 2PH6A 2OHSA 4RCEA 1ODWA 4LL3A 2Q11A 2B42A 5CONA 3O9AA 1K1TA 5OZHA 4HDBA 4MC1A 5P1LA 2H6SA 4J1IA 4ZPEA 5P6JA 1F34A 4R92A 1FQ4A 5P7HA 2CEJA 4PZXA 3OADA 5P6XA 1K2CA 4NJSA 5OZUA 1B5FA 4I8WA 2QD6A 3OXVA 5OZGA 1FEJC 1T6EX 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3INE A;  2AZ9 A;  5P5L A;  5HDV A;  5ENK A;  5P2F A;  3SAB A;  1EC3 A;  1FFF C;  2O4L A;  5P5N A;  5P2A A;  4EYR A;  1HVS A;  3TH9 A;  2AQU A;  3FX5 A;  4DJR A;  3TKW A;  3DOX A;  5OZP A;  5DQ2 A;  5HE5 A;  3EKQ A;  5P0G A;  3QAA A;  5P1G A;  3CMS A;  1PSA A;  1F7A A;  5P2C A;  4Y5E A;  3TL9 A;  2F81 A;  4Y5G A;  4Y54 A;  4GB2 A;  3GW5 A;  1K6V A;  2AZ8 A;  2WL0 A;  3QPJ A;  3OK9 A;  2WED A;  5P6S A;  1ZPK A;  4FRS A;  3O9L A;  5HU0 A;  4LAP A;  4X2L A;  4I0J A;  4TRZ A;  1MPP A;  3EC0 A;  3CKT A;  3KT5 A;  5P74 A;  4I1C A;  4NJV A;  3SA9 A;  3T11 A;  1PSN A;  5P69 A;  5P5I A;  3N3I A;  2HS1 A;  5ENM A;  4QJ8 A;  5OZS A;  1PPM E;  3OAG B;  4Y48 A;  1HVK A;  4D88 A;  2V16 C;  1MSM A;  1HSH A;  3SM2 A;  2BKT A;  2G1Y A;  5P5E A;  1XE5 A;  5P0F A;  3UTL A;  5I3X A;  4Y3H A;  3LIX A;  1BDR A;  1HPX A;  2F3K A;  3MSK A;  3KDC A;  5P5Z A;  1AZ5 A;  4ACU A;  1XS7 D;  3Q5H A;  1FLH A;  1BXQ A;  5P0J A;  1HSG A;  3TPL A;  2B7F A;  2FNT A;  1RV7 A;  4EP2 A;  2AVM A;  4U7Q A;  3MSJ A;  1XDH A;  2PH8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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