2NMZA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant v82a with a inhibitor saquinavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Atomic resolution crystal structures of HIV-1 protease and mutants V82A and I84V with saquinavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nmzA00
3EKVA 4ZSPA 1T6EX 1QS8A 2BPVA 1HEGE 1AXAA 5HDZA 5SY3A 5P37A 5CONA 3NDUA 3UQUA 3VLAA 1OEWA 1EBYA 3O9FA 2ER7E 4FIVA 1KJ7A 5KOQA 5P5SA 1ODXA 4GIDA 2PSUA 4Y5LA 4CPTA 2IDWA 2FNSA 1HVCA 4RCEA 1FMXA 3BVAA 3K5CA 3OADA 4Y37A 1DMPA 2RKFA 4I11A 5P6KA 1APWE 3EL5A 1T7KA 3KFRA 3G70A 2R43A 1MEUA 3ZKNA 4ACUA 4AUCA 5P5IA 5HCOA 4ZIPA 5KR2A 3DK1A 4OBGA 1WBKA 1OHRA 4ZPGA 3DV5A 5P3WA 1PSOE 3OUAA 3LIQA 3QAAA 3MSJA 4GZFA 4X7IA 3PEPA 3L58A 1A94A 1SDTA 4TRYA 5HTZA 5DQ2A 1FQ4A 3LIYA 3PMUA 1HEFE 4EJ8A 5P0BA 4YDFA 2QK5A 3RTNA 4Y3JA 3S8IA 5P14A 5P7JA 5P44A 2A1EA 5P2YA 3FV3A 4NJUA 5P4JA 3TKGA 3RSVA 1EPRE 2Q63A 1F34A 2P83A 5P2SA 1GNNA 5ISJA 3CICA 3ZOVA 5P3EA 1PPLE 4Y4XA 1B11A 2F8GA 3NU6A 1AAQA 3S7MA 5P01A 2WEBA 3BGBA 3DV1A 3LITA 1BVEA 3N3IA 3T3CA 3SA7A 5P67A 3CIBA 1EPLE 5HDUA 2ER9E 3BXRA 5OZZA 5P50A 5EZXA 4FRIA 5ER1E 2QD8A 3HVPA 5P3XA 5P76A 3CKPA 1FB7A 5P6PA 1HVSA 5T4SA 4D83A 5P7SA 4L7GA 2HS1A 3ZPTA 2ZJHA 5P6ZA 3H0BA 3TPLA 3INFA 5P6FA 5F00A 5P8BA 1B6KA 2I1AA 4Y56A 2ER0E 2ZJMA 2V0ZC 4AZYA 4Y3ZA 4R91A 1SMEA 3K1WA 5P6DA 5P0TA 1HTRB 1YTJA 5P8UA 3BRAA 5P2GA 3DM6A 1B5FA 3VEUA 1K1TA 5P0ZA 4QJ9A 2QI7A 5B18A 7HVPA 4Y51A 3R1GB 5P1DA 5P2TA 4Y38A 2PQZA 5P5VA 3UFNA 5OZCA 2WKZA 2G1RA 3DCRA 3L5BA 1T6GA 3TL9A 3NYGA 1FG6C 4Y3RA 5P7PA 4OBKA 4YCTA 4Y5KA 2AZCA 2BBBA 5P0SA 3UF3A 5P7HA 5HCTA 1HSGA 4DQHA 3UDHA 2B42A 5KOSA 4YA8A 4Y4EA 3D1ZA 5P7YA 5P88A 1LYBA 3KYRA 4M8YA 3OGPA 1W6HA 1AM5A 9HVPA 3EC0A 4B1DA 2QI1A 1XE5A 5F01A 2QMPA 3S43B 3OU4A 2V16C 1SIPA 5I3YA 4J0VA 4Y3TA 5P8KA 3GI5A 4R92A 5P5RA 5P7FA 5OZNA 5P7MA 3BXSA 3HVGA 1YT9A 5ENMA 2WEAA 4EHCA 2IENA 1QBTA 2I4QA 4PZXA 4I12A 1K6VA 1PSAA 1ZAPA 5OYSA 5P6TA 3DJKA 3PI5A 5OZTA 3D1YA 1FKNA 4GMIA 3MWSA 3U71A 3GI0A 3SA8A 3A2OA 4PPHA 5TOLA 3LIZA 5P2AA 3IVHA 2QMGA 4GJBA 5P1IA 4QJ2A 5P1YA 4Q5MA 3PSYA 3IGBA 2QZKA 3RTHA 2QI3A 5I70A 1LS5A 5OYVA 4FL8A 4B78A 4Z22A 3TNEA 2R3TA 3IN3A 2Z4OA 4EQJA 1W5WA 4TRWA 4Y4DA 3NU9A 2V13A 5P2RA 2FDEA 2QI0A 2I4XA 3EL4A 3KM4A 3GGVA 3UDKA 5P7ZA 5OZHA 5P8HA 4HVPA 2OHUA 1BXOA 2OF0A 3LZSA 1BV7A 4PZWA 5P6NA 3S2OA 4BELA 4DPFA 1EPQE 1Q9PA 2BPXA 1LF2A 2JYSA 4DPIA 4I0FA 4NPUA 1FFFC 5P7LA 2WF1A 3BHEA 2VA5A 4Y4ZA 5P08A 2WHHA 2BJUA 2NPHA 4I0DA 3NXEA 3O9EA 2PMAA 2XFIA 2IGXA 1HTGA 1W51A 1E80E 2AOHA 2V10C 1META 5P18A 2OAHA 3ER5E 3HLOA 3QPJA 4Y3FA 5P1PA 3LINA 4I0GA 5P05A 5P4UA 4XX3A 1MVPA 5P84A 5BRYA 3PLLA 5P65A 2AVOA 1J71A 5OZMA 1EBZA 2V00A 4J5JA 2WEZA 4GJ7A 4DQFA 3CKTA 1QRPE 4ZPEA 4GB2A 3H5BA 5P6SA 5P7OA 1XN3A 3EKTA 4M8XA 1FEJC 1HWRA 1C70A 1UPJA 5P40A 1IZDA 4EXHA 5IVQA 3VF3A 3WZ7A 1XDHA 2PWRA 3O99A 1GNMA 5P2BA 2HAHA 4B00A 5P0EA 4LP9A 2BPWA 1T7JA 3URIA 1OEXA 4Z50A 5P2UA 2VA6A 4XX4A 2AODA 5P1JA 2P8HA 4RVXA 4R8YA 2ZYEA 4Y6MA 5KQFA 1AVFA 5P4WA 3ECGA 3SQFA 1C6XA 2I4VA 1SGZA 1A9MA 1MERA 1BIMA 4EJDA 3BUFA 5P6YA 5P1RA 3PJ6A 2R5QA 3OU1A 5P4OA 2G69A 5P1UA 2QMDA 1BXQA 4DJUA 5P1WA 3MXDA 2WF3A 5P1BA 3OU3A 4RROA 4AMTA 4J1HA 3VF5A 5P5GA 4Y9WA 5OZJA 4F74A 5P4MA 3EM4A 4Q1XA 3SABA 1HTFA 2IRZA 4I0EA 3OQFA 3SKFA 5KQZA 1W5YA 4Y35A 4B1CA 3S53A 5AHAA 1D4YA 4B77A 1YM4A 4Y3PA 5P0KA 5P8IA 2P3AA 3JVYA 5DGUA 5OYXA 5P8AA 1DP5A 3OQDA 5P12A 3DUYA 5P7AA 5OZ4A 4CPXA 5P3LA 1EPME 5P80A 4Y45A 3QRSA 5P6JA 5P0DA 3NXNA 3CYWA 1IZEA 4EP3A 2G94A 2O4SA 4JPEA 2OHNA 5P62A 1EBKC 3D20A 5HVPA 1NPVA 2FGVA 3OU4B 4FM7A 1MT7A 1FIVA 5E5JA 3PLDA 2QU3A 2RSPA 4Y4BA 3FNTA 2QD7A 1HVHA 4HDPA 2G1SA 4Y3WA 3SO9A 1KJ4A 1TZSA 5DQ4A 1ODYA 3Q5HA 2B60A 2I0DA 5P0IA 3OXCA 4J1IA 1E82E 4WY1A 3GI6A 5OZFA 1EAGA 2A4FA 3VSWA 2Q54A 4FRSA 1ZJ7A 5P3OA 2AOJA 3Q6YA 5P4ZA 3WZ6A 4COEA 5P61A 1RL8A 5P19A 4DVFA 2F81A 1ZPAA 4J17A 3PHVA 4JP9A 3LZVA 4Y3LA 5P3AA 4J55A 3ZKGA 2I4DA 5P58A 5P78A 5P8SA 5P3GA 2WEDA 2BKTA 5P3FA 3PGIA 5P1OA 3I25A 5P3ZA 4DQCA 2VJ7A 2NXLA 1W6IA 4K4PA 4K4RA 2PSVA 5P79A 1BBSA 5P4XA 3OUBA 1XS7D 3NWQA 5P00A 1WKRA 2VJ9A 5P52A 1LYAA 2OHRA 3URLA 3INDA 5OZ1A 3KMXA 3FX5A 5KR0A 5C9FA 3EL0A 4F73A 2OHMA 1D4HA 2QNQA 5HE5A 3OUDA 3OXVA 5OZ6A 1SBGA 3GW5A 2QHYA 5P4KA 2VJ6A 5OYZA 3NDXA 3SLZA 1ODWA 5KQYA 2UXZA 2VS2A 1IIQA 1FG8C 3VCMA 1HVIA 4DJWA 3ZMGA 1WBMA 3IN4A 2ER6E 4DUSA 1YTGA 5UPJA 3SPKA 3O9LB 2XFKA 5P7CA 2AOIA 1Z8CA 3FSMA 2WF0A 5JG1A 1SIVA 3IXKA 3QIHA 4I0ZA 2ZHTA 4Y3SA 5KAOA 4AA9A 4Y4UA 3LPKA 3FNSA 2Q11A 3NR6A 3G6ZA 4OBDA 4PYVA 3VYEA 4FAEA 5P7EA 2AVVA 1EC0A 3ZKIA 3INEA 4Y58A 1Z1HA 3EL1A 1APTE 1KJFA 3EKXA 3RU1A 5P5WA 2VIYA 2QZLA 1TSQA 3SA3A 1IBQA 3NU4A 4JECA 2HS2A 5P8LA 3PWRA 5P0WA 4Y47A 3ZKQA 1D4JA 3L5EA 2WF2A 2HB3A 5P64A 4B72A 2O40A 5P5XA 4DQBA 3EKPA 2G24A 2G27A 1HOSA 5P6HA 4J0PA 5BS4A 2G1NA 5P3MA 4L1AB 1FQ7A 5P5NA 2O4PA 2HPEA 3EL9A 2F3KA 3O9AA 5P4AA 2NNKA 4H3IA 1MTRA 5P0NA 3SA9A 1LZQA 4LXMA 4Y4TA 5P7QA 5HDVA 2QNNA 1BDRA 1HRNA 5IVSA 4D85A 2OHKA 4H1EA 4LAPA 5P11A 5OYTA 3TOHA 1K2CA 4HE9A 3UQRA 5P5EA 1G0VA 3VV7A 1ZP8A 5P0JA 1FQ8A 2WECA 5P6VA 5OZ3A 5P4CA 5P8CA 5DQ1A 3AIDA 3T7PA 3S54A 5OZUA 5P70A 5DR3A 1G2KA 5J25A 5OZ7A 5P29A 5P32A 5OZDA 4Z2ZA 5P5KA 4FLGA 1K2BA 5JFPA 5P6MA 3QI1A 1VIKA 2AIDA 1GVTA 4D8CA 4XKXA 1HXWA 2FGUA 5P5TA 1BDLA 5P0PA 5P0YA 4YD4A 5P39A 5KR8A 1IDBA 4L7HA 3TPRA 5P02A 2ZJIA 5P2XA 1B6PA 2PSGA 1HIIA 4U7QA 4I8ZA 5P49A 5P22A 3OHFA 3APRE 3UDRA 2NMYA 3ZLQA 5P2JA 1LF3A 3TKWA 3QVCA 4ER4E 4RYCA 2P3DA 5P0UA 5C9DA 4Z4XA 4YD3A 4R5NA 4Y5CA 5P2EA 3BGCA 2QD6A 3NU3A 5DR0A 2MIPA 5P68A 1GNOA 3NLSA 5P24A 1XL5A 2JJJA 1ENTE 4RYGA 5HE7A 3D91A 4NJSA 5P60A 1K6TA 4HA5A 2BQVA 5P8JA 1FMUA 1ZSFA 3NUJA 3K5GA 5P45A 3BVBA 4GJ6A 5P1GA 1BWBA 5P4HA 3URJA 2HB2A 4YOBA 5P2HA 5AH6A 1U8GA 2XYEA 4LBTA 1K6CA 3O9HA 6UPJA 4ZSMA 1MSMA 4Y3XA 3NSHA 1SP5A 3D3TA 3QRVA 5P35A 4LL3A 5P8NA 5P38A 4ACXA 3L3AA 3K4VC 5P3JA 5P3IA 5E5KA 5P1TA 3OADB 3OXWA 3K4VA 4WY6A 1C6YA 5P74A 2CEMA 2VIJA 2VKMA 3SM2A 4DQGA 4GJDA 3EXOA 5I3VA 2VA7A 5P0QA 1K1UA 2FIVA 4Y36A 3RSXA 1BAIA 5P5PA 2ZJNA 3EKYA 5P8RA 2ASIA 4DJPA 5P1QA 4MC6A 2QAKA 5P69A 3UCBA 5P5QA 5P4LA 1B6JA 2XYFA 4Y3HA 1GVWA 2IEOA 3G72A 4YOAA 5APRE 1ZLFA 4YBIA 3SACA 3SAAA 2FXEA 1HIHA 5P4EA 2VNNA 3KA2A 4U7VA 4CMSA 1SGUA 1VIJA 5P41A 2WJOA 2FXDA 5ER2E 5IE1A 3PSGA 5P1VA 5P2QA 1SDUA 3ZPUA 2VIEA 5P25A 4K8SA 5P8GA 2SAMA 3ER3E 3PMYA 1E5OE 3LHGA 5P8EA 3QROA 4B05A 2FDPA 3OQ7A 1LEEA 4RLDA 5P1AA 3KMYA 2QMFA 5P33A 2QZWA 3UQPA 2PYMA 4Y4AA 2ZHUA 4OD9A 5P2FA 4DV9A 3EMYA 4FSEA 5P1HA 3S85A 4GJ9A 5P3NA 2Q64A 3U6AA 2JE4A 1EC2A 1HIVA 5P8QA 3VSXA 5P85A 1CPIA 4LC7A 2AOCA 3Q70A 3UFLA 5P28A 3INHA 3HAWA 5P0CA 4J1KA 3KFPA 1IZHA 5P1XA 4BEKA 4OC6A 2P3CA 5IS4A 5P4BA 4RCDA 4RRSA 4CPUA 4Y4GA 2G20A 1RQ9A 2I0AA 2PH6A 5P7XA 4EWOA 2EWYA 3KT2A 1W5XA 5P5BA 5P47A 1HPVA 5OYYA 4HDBA 4I1CA 1B5FB 4Y5AA 5SZ9A 3CMSA 4YD5A 1GVUA 5AH7A 5P5MA 5COKA 4I0HA 4UPJA 5P83A 5OZOA 2V12C 4A4QA 1FLHA 1IVQA 4ZSRA 5P5JA 1MT9A 5P27A 5P3QA 1QBSA 3WZ8A 4KB9A 4TVHA 4X2LA 3UDJA 2AZ9A 5ENKA 2PK5A 5DQ5A 3NWXA 1FFIC 3PI0A 1MTBA 3QBFA 3T7QA 4A6CA 3D1XA 3UQWA 4OBHA 1HVJA 5P0LA 2HIZA 3OQKA 3T11A 5OZGA 3GGXA 4QJ7A 1BWAA 3OTYA 2IKUA 4Y3YA 2P4JA 1GKTA 5OZ2A 4DH6A 1LYBB 5P0GA 1TCWA 2ZJKA 4J0ZA 5P6EA 2UPJA 2HC0A 5P8OA 2AQUA 4DJXA 5P6OA 5P77A 1ME6A 1RV7A 4DJQA 3WSJA 5P89A 5PEPA 4Y5NA 4D89A 3MSKA 1TW7A 4YDGA 4PHVA 2F3FA 3ZL7A 3OXXA 2OHTA 3PB5A 4FRKA 3QRMA 1LF4A 2IS0A 3PCWA 1NH0A 5DR8A 2AVQA 3PVKA 4I0IA 5P3TA 2JXRA 3OWNA 3VLBA 3PM4A 3OAGA 3QN8A 2OHLA 5P8TA 3VUCA 1AIDA 5HDXA 5P6QA 2AZBA 3APPA 3CKRA 3PWWA 5P56A 2VNMA 2HM1A 1OD1A 3QP0A 4Y44A 2QZXA 3SA4A 4HZTA 2AZ8A 2Q15A 2R8NA 2P3BA 2OHPA 1UH9A 4LXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKV A;  4ZSP A;  1T6E X;  1QS8 A;  2BPV A;  1HEG E;  1AXA A;  5HDZ A;  5SY3 A;  5P37 A;  5CON A;  3NDU A;  3UQU A;  3VLA A;  1OEW A;  1EBY A;  3O9F A;  2ER7 E;  4FIV A;  1KJ7 A;  5KOQ A;  5P5S A;  1ODX A;  4GID A;  2PSU A;  4Y5L A;  4CPT A;  2IDW A;  2FNS A;  1HVC A;  4RCE A;  1FMX A;  3BVA A;  3K5C A;  3OAD A;  4Y37 A;  1DMP A;  2RKF A;  4I11 A;  5P6K A;  1APW E;  3EL5 A;  1T7K A;  3KFR A;  3G70 A;  2R43 A;  1MEU A;  3ZKN A;  4ACU A;  4AUC A;  5P5I A;  5HCO A;  4ZIP A;  5KR2 A;  3DK1 A;  4OBG A;  1WBK A;  1OHR A;  4ZPG A;  3DV5 A;  5P3W A;  1PSO E;  3OUA A;  3LIQ A;  3QAA A;  3MSJ A;  4GZF A;  4X7I A;  3PEP A;  3L58 A;  1A94 A;  1SDT A;  4TRY A;  5HTZ A;  5DQ2 A;  1FQ4 A;  3LIY A;  3PMU A;  1HEF E;  4EJ8 A;  5P0B A;  4YDF A;  2QK5 A;  3RTN A;  4Y3J A;  3S8I A;  5P14 A;  5P7J A;  5P44 A;  2A1E A;  5P2Y A;  3FV3 A;  4NJU A;  5P4J A;  3TKG A;  3RSV A;  1EPR E;  2Q63 A;  1F34 A;  2P83 A;  5P2S A;  1GNN A;  5ISJ A;  3CIC A;  3ZOV A;  5P3E A;  1PPL E;  4Y4X A;  1B11 A;  2F8G A;  3NU6 A;  1AAQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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