2NNKA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant i84v with a inhibitor saquinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Atomic resolution crystal structures of HIV-1 protease and mutants V82A and I84V with saquinavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nnkA00
3HAUA 5P2WA 1A8KA 1HVJA 5P8RA 2Q64A 5SXNA 3NU9A 1D4YA 4I0EA 5P11A 5P49A 5P74A 4DQGA 4L7GA 5P4HA 1B6MA 3RSXA 1MT7A 3EKXA 1YT9A 4LAPA 1RV7A 5P0QA 4DVFA 4B0QA 5P10A 3T7QA 5P15A 5AH8A 1KJ4A 5P4CA 4EQJA 1WKRA 2B42A 2QI1A 5KAOA 3M9FA 4B00A 1AAQA 4OBKA 3CICA 2Q55A 2G1SA 3SABA 3BUFA 4FSEA 1B6PA 4HZTA 4Q1YA 3T11A 2AOCA 4J1HA 5P6MA 5JG1A 1B6JA 2FGUA 5P2ZA 1EPOE 4Y3ZA 1D4LA 2G20A 5P6GA 3NWXA 1FQ4A 3Q70A 5P70A 3QVIA 5OZ4A 4Y4DA 2BKTA 5P8MA 3EKYA 5ER2E 3S43A 2WEZA 5P2OA 5P5JA 4I12A 4I1CA 4GJ6A 5P4FA 2ZJNA 5P29A 1W6HA 4R95A 5P05A 2HM1A 4WTUA 1CZIE 4K4RA 5OZ5A 5F00A 2G22A 5APRE 5DGUA 4GJ7A 5OZ2A 4Y44A 3TH9A 1HVSA 2BPZA 5DQCA 2QHZA 2ANLA 2QK5A 2ZJJA 5P45A 3QRVA 4FAFA 1LF4A 5OYTA 4Z50A 5P1KA 1JLDA 2PC0A 5P4PA 4H3JA 4FE6A 5P4SA 3OAGB 3HDKA 2FS4A 5P1OA 5P81A 5P75A 2O4SA 1ZSRA 5P3TA 4DQEA 3O9GA 2APRA 2RKGA 2AVOA 2WJOA 3SM2A 3JW2A 3SA5A 2JYSA 5P4IA 1ZPAA 1XS7D 1EC3A 3K4VC 2AZ8A 2QU3A 3NXEA 1C70A 2ZHVA 5P3RA 5P4BA 2R9BA 2G24A 3S7MA 1LYWA 5DR3A 5COKA 5P6LA 5P1QA 1LYAB 1FMBA 1GNMA 5KOSA 2QZKA 1G2KA 3OHHA 1C6ZA 2P3BA 2R8NA 5P7TA 5P0RA 5P7KA 5P1YA 2BQVA 2AVVA 4Y3JA 5P8EA 4I0JA 3H0BA 2PQZA 2PWRA 4DJXA 2BPVA 3VF5A 3D91A 5P6FA 3EM3A 5P36A 2F80A 2OF0A 3QRMA 4Y57A 5P25A 3BUGA 4Y5KA 1ZLFA 4D88A 5PEPA 4EXGA 1F34A 3PMYA 2IENA 3L5EA 2HPEA 3PI0A 5P6OA 5P51A 3UDRA 4XXSA 3BHEA 5P2UA 4YCTA 4M8YA 5P2FA 4Y39A 1K6PA 2WEAA 3FKTA 5P4OA 5OZTA 5P1EA 1ZAPA 3OADA 4JOOA 5P2JA 1SIPA 5P7IA 3VYDA 4Y3QA 1BVGA 3NDTA 3HVPA 3LIVA 4GJDA 3Q3TA 4PEPA 5P0CA 5P3QA 4Y3RA 4KE0A 5KR0A 1HVKA 3UDKA 3QS1A 1PSOE 3FNSA 2OHRA 4NJUA 1BDRA 4TRZA 5HVPA 2QNPA 3OWNA 3KDCA 3GW5A 5P4KA 1EBWA 5P4JA 4YDFA 3PWMA 4F76A 5P4GA 5DR7A 4GIDA 1MUIA 3OQKA 5P3GA 1BWAA 1HXBA 3NLSA 3OU1B 1HPSA 4J0TA 1XL2A 1YM2A 3NU6A 4Q1NA 2QI3A 3EKPA 4Y3TA 4EJ8A 4Y5PA 4YD5A 5P6ZA 5P85A 3CIDA 1SBGA 3GGAA 3EM4A 3NU4A 5P0XA 1HVLA 3UFNA 2G1OA 1ENTE 2P3CA 5P8TA 3CIBA 1APTE 4UPJA 5P5UA 3KM4A 5OZMA 5P3PA 5P4AA 3S85A 1YTIA 2AOHA 5P0KA 5P4EA 5P2SA 5P71A 3EKTA 8HVPA 4Y5EA 4ZSRA 4L1AA 1SDUA 3PGIA 2Q15A 4Y5BA 5P7AA 3ER3E 5KQXA 4Q5MA 5P1ZA 3U71A 7HVPA 2QI0A 4CPRA 4NKKA 3CKPA 2BJUA 4L6BA 4RRSA 4J17A 5P39A 2G27A 2QI6A 3VF3A 5KR1A 3WZ8A 5P2BA 2HB4A 5I3VA 4JPCA 3OU3A 1KJGA 1FG6C 5P5OA 1FMXA 1IBQA 1META 1LEEA 3K4VA 3UDJA 4LP9A 5P6VA 3VF7A 3OHFA 5P23A 5P0TA 4YD6A 5P2NA 4IVTA 4Y45A 4EJLA 3LHGA 5P5MA 1HIHA 3CKRA 5P2LA 1NH0A 3L3AA 3R1GB 3EKWA 4KB9A 2CEMA 3RTHA 2WEDA 1HEGE 4EWOA 5HDXA 3EC0A 4J55A 4S1GA 4Y3AA 5OZUA 3KMYA 2ZJMA 3SO9A 5IVQA 1HSHA 2XFJA 4D89A 3NDUA 5P5YA 1HVCA 5AH7A 3S54A 1D4HA 2O4PA 1LF3A 5P6AA 5P34A 2JXRA 5P3VA 4Y4BA 1LYBB 1TCWA 3BGCA 3IXKA 1GVWA 1FGCC 1J71A 3O99A 2PH8A 4Y53A 1HVRA 4B72A 3G6ZA 3PCWA 5P86A 2R3TA 5J25A 1MT8A 5UPJA 5P52A 1KJ7A 2RKFA 3GGVA 5P61A 5P4YA 4CP7A 1HIVA 4J5JA 5E5JA 4Y43A 3TPJA 1VIKA 5P0PA 5DQ1A 5P09A 1EC2A 3DUYA 4XX4A 1UH9A 5BWYA 5P1DA 3O9LA 3GI4A 1ER8E 5P4DA 5KR8A 7UPJA 3MSLA 3Q5HA 2B7ZA 2QAKA 1E81E 3D20A 5OZAA 4K8SA 3SA4A 4I8WA 5P12A 4Y3FA 1WBKA 3EL5A 3LPIA 5BS4A 1ME6A 1TQFA 4J0YA 1ODWA 1HBVA 5AH9A 5OZNA 4B1DA 1HTFA 4I0GA 2HS2A 5P31A 1B6LA 5P53A 3PWRA 3SM1A 4H3GA 3PRSA 1IDAA 5OZFA 5P3NA 1W50A 5C9FA 4Y54A 4DJYA 2AZ9A 1AJVA 5B18A 3UQXA 5P44A 1OD1A 3NR6A 4Y3PA 3OUAA 3T6IA 2IEOA 3DJKA 5KQFA 3HZCA 5P27A 1BDQA 2P3DA 1QS8A 4AA8A 4ACUA 5T4SA 4LXAA 4TVHA 4HA5A 5P8NA 4Y4UA 3KYRA 5P2QA 3DV5A 2OHTA 2QI7A 2IGYA 4NJVA 5OZ8A 5P26A 5P2VA 5P0MA 1YG9A 1GVVA 5P47A 3OXCA 4Y5GA 4TRWA 3O9EA 4OC6A 3TL9A 1HIIA 4QJAA 3LZVA 3OUDB 3QP0A 4QJ7A 3B7VA 5P8QA 4CPWA 5P03A 3PBDA 1E5OE 1DW6C 3K1WA 3RSVA 5P3FA 4J1KA 5P8LA 3ZLQA 1SMRA 5P7HA 3ZOVA 2BKSA 4OD9A 1FFFC 1XE5A 5SY2A 1ZP8A 5AGZA 3OK9A 5ISJA 3L59A 3RTNA 1GVTA 3DOXA 1DAZC 1TCXA 5P62A 1NPVA 2V16C 1FB7A 2IQGA 2WKZA 1MIQA 2FXEA 1EPPE 4GJCA 1W5VA 4DI2A 3IVHA 2Q54A 3DM6A 5P83A 4RVXA 6UPJA 3ZKGA 3LIQA 1HVIA 2PYNA 4LXKA 3L58A 5P32A 3VLAA 3IXOA 5P1PA 5P18A 4DV9A 2HB3A 3PEPA 2QNQA 5P1IA 4YCYA 5OZ7A 3S45A 2NNKA 3BRAA 3QVCA 1GVUA 5P6CA 1KJHA 3Q6YA 1MESA 1BIMA 1PSAA 1MERA 2HS1A 1GNOA 2V00A 5HD0A 4QLHA 3O9IA 5P1CA 3VEUA 1IZIA 4I10A 2OHMA 1A94A 5P24A 5P3BA 1TW7A 4ER4E 4FCOA 3WZ7A 1SGZA 3KFRA 5P1AA 4DJPA 5P1SA 1LV1A 3O9LB 2NMYA 1OHRA 4HDFA 2BPWA 3WB5A 3OXXA 3L5BA 1G0VA 3TPRA 5AHCA 5P7WA 3EL0A 3D1ZA 1MEUA 3PCZA 2G69A 4LHHA 2IRZA 4GMIA 5OYXA 5P8KA 3KMXA 4I0IA 2F3FA 5P8SA 1A8GA 4NPTA 1PSNA 1MT9A 1T7IA 5OZ6A 1BV7A 5OZEA 1GNNA 1DPJA 5OZ3A 1XN2A 1W6IA 3APPA 5OZQA 5P89A 3NUJA 2I4VA 4EP2A 2AOIA 4FAEA 1IZEA 1K6CA 2J9JB 3URIA 5P3IA 2QD8A 1TSQA 4Y41A 3KDDA 5P4LA 3JVYA 1HTEA 2V11C 5E5KA 2BBBA 5HDZA 3IAWA 1HTRB 5P0VA 3SA6A 4OBHA 2P83A 4RCFA 4Y4GA 2B7FA 2OHNA 4B05A 2VA6A 1FIVA 4OBZA 4Y4EA 1ODXA 3UF3A 5HCTA 5P6UA 3VSXA 3PJ6A 3IN4A 3IN3A 1MRXA 5P7BA 3OQFA 5P7FA 3O9DA 3G72A 5P3OA 5DR4A 5KOQA 4CPQA 2ZGAA 5P5AA 5P4WA 4YBFA 5P6HA 2I4DA 1T3RA 1GVXA 3N3IA 5HE7A 1HOSA 2FXDA 5P5BA 1QBUA 3UTLA 4R5NA 1RNEA 3QRSA 5P0LA 3Q4BA 5P2RA 2AZCA 5P2EA 5P1MA 1U8GA 2O4NA 4GJ8A 5P78A 1PPLE 5OZGA 2VNNA 5HDVA 1RL8A 5OYWA 5F01A 3T3CA 4Y58A 2VS2A 2ZJIA 1KZKA 4Y3DA 3QI1A 3TLHA 1IVQA 3WB4A 3URJA 5OZYA 4GZFA 2QMFA 3TOFA 5P6RA 5P6QA 2OHQA 3NXNA 3DCRA 3I8WA 5P60A 5P4QA 2PSUA 3PSYA 3QBHA 3OY4A 5P19A 4J0PA 1NSOA 3LNKA 4RCDA 5FIVA 2G1YA 5P3MA 5P1GA 2PK6A 3OUCA 3T7XA 1FQXA 3KFPA 2Q63A 1HRNA 3BC4A 1SDVA 4LXMA 2IS0A 4EXHA 5P6IA 1BBSA 1FG8C 3F9QA 1OEXA 4Y36A 5P08A 1ZJ7A 1QRPE 3OQDA 4FL8A 4Y56A 1Z1HA 4KUPA 3OOZA 5P3KA 3OU4A 4ZLSA 4Y3NA 2OAHA 4Q1XA 5P59A 2V12C 4ACXA 1C6YA 1NPWA 3CKTA 4J1IA 1QBTA 2ER6E 4QGIA 2NXMA 2V10C 1APWE 5P7UA 2IKOA 1FQ6A 4ZSPA 5P0SA 1QDMA 2O40A 4FGXA 2AOFA 5I3YA 3FIVA 4WY1A 5P4ZA 4TRYA 3UQRA 5COPA 5SY3A 4HVPA 1FQ7A 2QP8A 2I1AA 1MRWA 3OTYA 3B80A 5OYVA 3ZKIA 4H3IA 2ZDZA 4JP9A 4U8WA 5OYRA 1HTGA 5P5FA 5P2YA 5P41A 4Y4XA 3QROA 2FMBA 5P72A 5DGWA 1IZHA 4Y4WA 4AMTA 4ZE6A 3LZSA 4DQBA 5P77A 2WF2A 4ZSMA 3GGXA 4I0HA 5P7GA 5P5NA 3S43B 3BVAA 3OQAA 3VFBA 3O9AA 3UDQA 3U7SA 1OEWA 1EBYA 2ZJLA 4FM8A 4B70A 3IXJA 5P3CA 5P4UA 4OBJA 5P56A 2NXLA 4CPUA 3KN0A 1LS5A 1XE6A 5P42A 1HWRA 3KFNA 3PVKA 3SKGA 1T6EX 5P0WA 4Y3GA 4R8YA 2ASIA 4RROA 1ZSFA 2Z4OA 4J0VA 3AUPA 5P48A 2AOJA 5OZZA 5P01A 5P7LA 2XFIA 5P0DA 1BV9A 5P5VA 2JJIA 2OHUA 3RU1A 4R93A 2FLEA 4U7QA 4D85A 3BUHA 3VV8A 4EHCA 5P8BA 5DQ4A 3HBOA 4R91A 3APRE 1ODYA 1HEFE 4YOBA 2PH6A 5P00A 4MC2A 3PI5A 3NYGA 5P69A 1LYWB 5HCOA 3FNUA 4X7IA 1XL5A 5TOLA 5P6PA 2VIYA 3PMUA 3WSJA 5P8PA 4Q1WA 1K6TA 1IIQA 1G35A 2B60A 2P3BB 5P3EA 6FIVA 5P8HA 3O9BA 5OZHA 2I0DA 2NPHA 3VYEA 4Y5MA 5OZCA 2F8GA 3KT5A 5P87A 1ZTZA 3LPKA 1MTRA 4GB2A 5OZKA 3VV7A 3CYWA 5P1NA 3NUOA 1YTHA 5P7NA 2WF1A 1EC1A 2IGXA 2QI4A 2AOGA 4YHQA 2NR6A 5P8JA 3UQWA 4FIVA 1M4HA 4EJDA 3IVIA 3S8IA 2I4UA 5P43A 3ZKQA 2HIZA 4EJKA 3O9FA 5OZJA 5P63A 4PZXA 4MC6A 4I8ZA 4PPHA 1BVEA 4AZYA 4MC1A 5P88A 1W5XA 3MXEA 2IL2A 3OADB 5P64A 5I70A 5OYSA 4L7JA 2FGVA 5P73A 2FNTA 2NTRA 3EL9A 5P7DA 1HXWA 5P65A 5P6EA 4APRE 4NPUA 5P2XA 2PYMA 5P50A 2FNSA 2HB2A 9HVPA 2VIEA 1AJXA 3IA9A 4EP3A 2G94A 3EL1A 5P2HA 4Y4TA 2RMPA 3JVWA 1EBKC 5P6XA 1K6VA 4OBFA 2MIPA 4GJAA 4FLGA 2XYEA 3PLDA 4TVGA 5EZZA 1LF2A 5P02A 3S2OA 2XYFA 3L5CA 3K5CA 4FRIA 5P5LA 5OZOA 3OXVA 5P0AA 2XFKA 3OGPA 4XKXA 3SFCA 1PPME 2NMZA 3MWSA 5P0FA 2QMGA 3UDNA 2WECA 4U7VA 5P2CA 5DR8A 3ZKXA 5P57A 5P1XA 4CPTA 3LZYA 5P82A 5P67A 4HEGA 3OUBA 3GI5A 4FRSA 4Z2ZA 2AVSA 4FRKA 1K1UA 4FRJA 3NU3A 3OTSA 3ZL7A 2Q11A 4L1AB 1EBZA 2WF0A 5P0ZA 1PFZA 2ZJKA 3ZKMA 3AIDA 5P8FA 2VNMA 5P2AA 4EQ0A 1LZQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HAU A;  5P2W A;  1A8K A;  1HVJ A;  5P8R A;  2Q64 A;  5SXN A;  3NU9 A;  1D4Y A;  4I0E A;  5P11 A;  5P49 A;  5P74 A;  4DQG A;  4L7G A;  5P4H A;  1B6M A;  3RSX A;  1MT7 A;  3EKX A;  1YT9 A;  4LAP A;  1RV7 A;  5P0Q A;  4DVF A;  4B0Q A;  5P10 A;  3T7Q A;  5P15 A;  5AH8 A;  1KJ4 A;  5P4C A;  4EQJ A;  1WKR A;  2B42 A;  2QI1 A;  5KAO A;  3M9F A;  4B00 A;  1AAQ A;  4OBK A;  3CIC A;  2Q55 A;  2G1S A;  3SAB A;  3BUF A;  4FSE A;  1B6P A;  4HZT A;  4Q1Y A;  3T11 A;  2AOC A;  4J1H A;  5P6M A;  5JG1 A;  1B6J A;  2FGU A;  5P2Z A;  1EPO E;  4Y3Z A;  1D4L A;  2G20 A;  5P6G A;  3NWX A;  1FQ4 A;  3Q70 A;  5P70 A;  3QVI A;  5OZ4 A;  4Y4D A;  2BKT A;  5P8M A;  3EKY A;  5ER2 E;  3S43 A;  2WEZ A;  5P2O A;  5P5J A;  4I12 A;  4I1C A;  4GJ6 A;  5P4F A;  2ZJN A;  5P29 A;  1W6H A;  4R95 A;  5P05 A;  2HM1 A;  4WTU A;  1CZI E;  4K4R A;  5OZ5 A;  5F00 A;  2G22 A;  5APR E;  5DGU A;  4GJ7 A;  5OZ2 A;  4Y44 A;  3TH9 A;  1HVS A;  2BPZ A;  5DQC A;  2QHZ A;  2ANL A;  2QK5 A;  2ZJJ A;  5P45 A;  3QRV A;  4FAF A;  1LF4 A;  5OYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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