The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
201
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structure length |
201
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Chain Sequence |
SMETLCQRLNVCQDKILTHYENDSTDLRDHIDYWKHMRLECAIYYKAREMGFKHINHQVVPTLAVSKNKALQAIELQLTLETIYNSQYSNEKWTLQDVSLEVYLTAPTGCIKKHGYTVEVQFDGDICNTMHYTNWTHIYICEEASVTVVEGQVDYYGLYYVHEGIRTYFVQFKDDAEKYSKNKVWEVHAGGQVILCPTSVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Papillomavirus DNA-Tethering Complex E2:Brd4 and a Peptide that Ablates HPV Chromosomal Association.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Regulatory protein E2
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| source organism |
Human papillomavirus type 16
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
66
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| structure length |
201
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| sequence length |
201
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-10-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00508 | PPV_E2_N | E2 (early) protein, N terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Beta | Beta Complex | Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 | Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TUE B; 2NNU A; 2JEX A; 1R6N A; 1DTO A; 1R6K A; 1QQH A; 2JEU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PNM A; 2DQ0 A; 2GUZ A; 2JEX A; 5CMU A; 3ZED A; 3NXS A; 5C93 A; 2UXN A; 5H5N A; 3ZHV A; 4PI0 A; 2HEP A; 3K79 A; 2ITD C; 3ZHQ A; 2YC0 A; 3H9V A; 4JGS A; 1FXH A; 5LYJ A; 3DXR B; 2QKA A; 1NU1 H; 1HNX O; 4TOI A; 4Z1V A; 3BPZ A; 5JH7 A; 1F51 A; 5JJE B; 1IDS A; 4R6Z A; 2QA4 V; 4PI2 A; 3FYI B; 1S77 D; 1Y67 A; 1IVS A; 1I94 O; 3L74 H; 2VQF B; 3L70 H; 4DR5 O; 2ZQM A; 2YSU B; 1I08 A; 1M57 C; 2ARH A; 4J7Z A; 3OW2 U; 1XHX A; 4FFB A; 4DR2 B; 4JZG A; 2XAG A; 2ZIO A; 4P30 A; 3K06 A; 1ZWI C; 4DR6 B; 5CBH A; 1RM1 C; 3AG1 C; 2BOC C; 3H1L H; 3SJC C; 1VQ7 V; 2ZD9 A; 2RNB A; 3SPJ A; 4FJC C; 3HKB A; 2PUS A; 2HLD G; 4IL6 Z; 2A3Q A; 2E5L B; 1AI4 A; 4QIW F; 4UCS A; 1S72 V; 3AEI A; 2LO1 A; 3ZMV A; 4OX9 B; 5FPR A; 1VQ5 V; 2JJ2 G; 1LUW A; 1SF9 A; 2JGD A; 2L35 A; 4JI3 O; 3JAS A; 3ETE A; 5EBM C; 4I4T A; 1E1R G; 3RN4 A; 4QNH B; 4DW1 A; 2ZXW B; 4IIJ B; 4DUZ O; 4LNU A; 2E3C A; 4I55 A; 4WFG A; 1DTO A; 2XAF A; 4JI2 O; 2IU0 A; 2UUC B; 5IT9 N; 2IJK A; 2CGO A; 4B3R O; 2BCC H; 3VQY A; 2LP7 A; 5LXT A; 1T5E A; 2JEU A; 3CSX A; 1AJN A; 2F1M A; 5LGT A; 2HHH O; 4TQD A; 1GN2 A; 5A9G A; 3OD4 A; 1U96 A; 1PL0 A; 4EKW A; 1EZJ A; 3A0R A; 2CTQ A; 1KB9 F; 3JAR A; 1XI1 A; 1MG1 A; 4B7E A; 2C2A A; 2EIN C; 2DYS C; 1SQG A; 1XMQ B; 1GM9 A; 5EIB C; 5K1P A; 4FLW A; 3HB3 B; 4X1I B; 1FKA O; 2ZE7 A; 4J9Y B; 2Y69 B; 4X65 B; 5LBQ A; 4YIP A; 4KXR A; 1VQL V; 2LGQ A; 3N2G A; 1XNR O; 1RPR A; 1WA8 A; 2W0X A; 4WFE A; 4P9O A; 4DR7 B; 2DE0 X; 3E22 B; 4NXM B; 3HR0 A; 5ITZ B; 4Q20 A; 2KG7 B; 1YHQ V; 2JRI A; 3ASN C; 4NYK A; 4F6R A; 4UCV A; 3RBZ A; 4MVZ A; 2XAQ A; 4LFB B; 2X6C A; 3F7Y C; 4OPA A; 1KD1 W; 4JI0 O; 3FD9 A; 2WWW A; 3CCL V; 1VQ9 V; 3TXQ A; 4E2L A; 1LUV A; 4LF8 B; 1TVK B; 5KHJ A; 1GMG A; 5CA1 A; 2RJZ A; 4JI4 O; 2WA4 A; 1FS0 G; 3S3W A; 1NH2 D; 4RQF A; 2EX3 A; 1CEZ A; 5LGN A; 4L87 A; 5GON B; 1D5A A; 3OGC C; 5FNV A; 2DJV A; 1K4D C; 4XDK A; 2JS3 A; 5B3S C; 4MTF A; 3AG2 C; 1SA0 B; 1GO3 F; 1NZ6 A; 1TUB B; 2W0F C; 2X6B A; 3R65 A; 3ABK C; 3CCE V; 4B3M B; 3QO5 A; 2HJF C; 1XIL A; 2FYU H; 3QG5 A; 2GTS A; 2WAM A; 2AXT Z; 1I94 B; 3BRC A; 4I0X A; 3U0Z A; 5DED A; 2IBZ H; 3IAY A; 4XDJ A; 2WLM A; 1THZ A; 3WB2 A; 2L6L A; 4DR5 B; 4Z1M G; 5LMU O; 1Z5V A; 1XHZ A; 4BR6 A; 4DK0 A; 4U3F H; 2H3O A; 3MDS A; 3BAB A; 5LP6 A; 1NTZ H; 2IH3 C; 5B1O A; 3SYA A; 3IFX A; 4FLX A; 3RYC A; 4X66 O; 4TWK A; 4J11 A; 3B77 A; 5J2U A; 3JAL A; 1JVM A; 5KAF Z; 1KUQ A; 5EYP B; 5BZB A; 3CRA A; 4NVP A; 1XNQ O; 3SYC A; 1D5N A; 2WSS G; 1OHH G; 4TSF G; 1Q82 W; 1JPX A; 3E2E A; 2JIZ G; 3PJS K; 1ROP A; 3FB5 C; 3OEH G; 1GK9 A; 3ZHR A; 4FM1 A; 4JI3 B; 3JYC A; 1YZB A; 1YCI A; 5B1N A; 5E1A C; 1ZL8 B; 5IWA O; 3F5T A; 5JVD B; 3APQ A; 3IC9 A; 4FM2 A; 1FFT B; 4DUZ B; 3RYF A; 3C90 A; 2Q7E A; 5IYC O; 1NR7 A; 2YDE A; 4JI2 B; 3P3P A; 4B3R B; 3KZI Z; 4UVA A; 3M8A A; 4E4E A; 4JI8 O; 1J95 A; 4ZHQ B; 4DUY B; 4R8C A; 3EHB B; 1FFX B; 3M99 B; 4PV1 B; 4MSW C; 3AK2 A; 1VQ6 V; 5F2V O; 3JD0 A; 2GHY A; 2CDY A; 4DR3 O; 3ZRS A; 4JYB A; 3FYE B; 1OCO B; 2QSA A; 3CJH A; 1KKC A; 3AK3 A; 2OCC B; 1JJ2 U; 5KA5 A; 1ZX3 A; 5HFM A; 3MAQ A; 2F93 B; 4LWS B; 4O2B A; 3OMA B; 3RGB A; 2PGG A; 2YID A; 3MHS C; 1BS3 A; 1QLE B; 2Q8V A; 4R50 A; 3ZMT A; 1H2M A; 3OFN G; 2ZE6 A; 1XNR B; 4F4L A; 3D36 A; 4KHP B; 3KG2 A; 1QCE A; 4LH7 A; 3B8M A; 3U10 A; 4DV7 O; 3QO7 A; 2GUZ B; 1P7G A; 5GTI Z; 2Q7G A; 3CHX A; 3T2M A; 3EVK A; 1W0J G; 3LDE A; 4J7K A; 3TK1 A; 4WBN A; 2Y4U A; 5BXZ A; 4JI0 B; 3K0G A; 5LOV A; 2BTQ A; 3Q4H B; 2Q5Z A; 4AIL C; 3APO A; 3G67 A; 2YIB A; 4JI4 B; 3L71 H; 1UPG A; 1AJP A; 5LP6 C; 1WB8 A; 3D3I A; 4B3T O; 3QTC A; 1OCC B; 2D2C B; 5AG2 A; 2B5U A; 5LMN O; 1M56 B; 1BGY H; 1GM8 A; 1H2L A; 1R3K C; 4LH6 A; 1SZX A; 1IX9 A; 4AHC A; 1PPJ H; 4JPR A; 2A79 B; 4MVS A; 1RSO A; 4RWU A; 2PYJ A; 1GN4 A; 4ZIB A; 5LMU B; 2ZIM A; 3P3N A; 4YIO A; 1YJN V; 2KQX A; 4IHJ A; 4U7O A; 3B8N A; 4X1K B; 1SQF A; 2CUG A; 4LCU C; 4G27 B; 3C3S A; 3AK1 A; 1ARO P; 1P4R A; 3E89 A; 3G6E V; 3A0H Z; 4GX5 A; 1ENV A; 4TV8 A; 4KL1 A; 2ILM A; 3BVO A; 4LFA O; 1N36 O; 2Q0A A; 4WCE V; 3QF7 A; 1OCR B; 4UCU A; 5LXT B; 2YS8 A; 1I5X A; 5LA6 A; 3R66 A; 5BMV A; 1YJ9 V; 4RUF A; 3W7S A; 4DV1 O; 2QE7 G; 2N74 A; 2DYR B; 5EBL C; 2QWN B; 2LJ2 A; 5IWA B; 3AG4 B; 1M4U A; 5JCO A; 1FXK B; 3JAR B; 5D5Q A; 2EIJ C; 3QVN A; 4DV0 O; 3CS5 A; 2X0L A; 3D36 C; 1EN4 A; 1FPO A; 1N0J A; 3ZMZ A; 2GBO A; 1SET A; 4JI8 B; 2DMX A; 4U3J A; 4JTD B; 3N2G B; 1S0V A; 1WA8 B; 1ZTE A; 4PHZ A; 5IJ9 B; 4RUE A; 1M90 W; 3RYI A; 4H13 B; 4X64 O; 4DR3 B; 3E83 A; 4KP4 A; 3K58 A; 1IBL O; 2EIL B; 4KFM A; 5E79 Z; 4DO2 A; 3N2K B; 5BY1 A; 4F6R B; 2DQ3 A; 2YEV B; 5CBF A; 2DW4 A; 2ZR3 A; 3UKM A; 1K92 A; 2UUB O; 3GWO A; 1FAF A; 4B3S O; 2HJD A; 1NR1 A; 5IYD O; 4LR3 A; 4QE7 A; 3U11 A; 3TGU H; 5CA1 B; 4K35 A; 3UCS C; 5BR8 O; 5LGU A; 1SQB H; 4PDR A; 1NTM H; 2QWR B; 4HZ3 A; 4CH4 A; 1PV0 A; 4X8A A; 4Q6G A; 4O2A B; 2FTK A; 4LF6 O; 2R9A A; 3UT5 A; 2WLL B; 5LHG A; 3IJ4 A; 3WG7 C; 1VP7 A; 1N33 O; 4HNA B; 3SYQ A; 2ZKO A; 3AG7 A; 1VQ8 V; 4QE9 A; 4UB8 Z; 4FLY A; 3OT7 A; 4QPJ A; 5B1A B; 4B7K A; 4IGG A; 4I0X B; 1SKV A; 3W7X A; 1K8A W; 4B3T B; 2UXC O; 4ZI7 A; 3THO A; 3H1H H; 2QGN A; 5LMN B; 4G2K A; 1Q43 A; 2ZIN A; 3E8B A; 4FLT A; 1S76 D; 1Y76 A; 3X2Q C; 5JJJ B; 2F43 G; 3L72 H; 2EIK B; 4EEQ A; 4DV4 O; 1VAR A; 1N32 B; 2O57 A; 2HR3 A; 4JI5 O; 1VF5 B; 1Q6U A; 2CH7 A; 3CXC U; 5JCO C; 4JV5 B; 4UUJ C; 4DYL A; 3SGI A; 2R9R B; 2OYQ A; 1BSM A; 4O4J B; 2NN4 A; 3ZIA G; 1B06 A; 4YY3 B; 4WFA V; 4JI7 O; 3ZJZ A; 1QBZ A; 2QKS A; 3STL C; 1SQP H; 4FFK A; 3T1Y B; 1GRJ A; 5KHH A; 1OZ0 A; 3K5N A; 4LFA B; 1N36 B; 1IXB A; 1MSD A; 3T1C A; 1V55 C; 2OCH A; 2Q4P A; 2B1G A; 3LSU A; 5JJN B; 2UUA O; 3OM3 B; 2LGW A; 3TJT A; 1GN6 A; 2M7W A; 1SES A; 3ML0 A; 4DV1 B; 4GKJ B; 4LFC B; 1EZV H; 4O4L B; 2R72 A; 4PDL A; 1KYO F; 4J42 A; 2P7T C; 3ABL B; 4PD4 F; 4PA9 A; 4GKK O; 3SJQ C; 1IBK O; 4ZOL B; 1QNM A; 2QM8 A; 1Q86 W; 2WLI B; 2F95 B; 4DV0 B; 1BQ0 A; 2AHY A; 3SPC A; 4Z2W A; 2GSM B; 4O2B B; 1VQM V; 4GLX A; 1NT2 B; 1M5I A; 4ABM A; 3JAT B; 3CP1 A; 2YXH A; 5KX5 A; 1XMO O; 3T4Z A; 4YJ3 B; 2QEX V; 4LF4 O; 5CA0 A; 3OMN B; 2FKX A; 2YI8 A; 2RN9 A; 1GAX A; 2OTJ V; 4HBN A; 3VQX A; 1V9P A; 5B1B C; 5JQG A; 2IU3 A; 2AW9 A; 2BOB C; 2ZR2 A; 4UCO A; 1H2G A; 3LSQ A; 5CB4 A; 4GX0 A; 5KUK A; 4CC5 A; 1YIJ V; 1YJW V; 2EJ7 A; 3SR2 C; 2PZS A; 2DWE C; 3A2F A; 4B3S B; 4X20 A; 3ASO B; 4YJ2 B; 1XQ8 A; 1QR9 A; 2JJ1 G; 1NVP D; 3JAK B; 4A5U B; 3DC6 A; 3ABM B; 2LW1 A; 3A0B Z; 5BR8 B; 4CH5 A; 1NH2 B; 2YIC A; 2NNU A; 2EIM B; 4NTW A; 5EZY B; 2H94 A; 1AP5 A; 1YXB A; 3CCR V; 2MW2 B; 2F4V O; 3CCM V; 4IYH A; 4LF6 B; 1WPX A; 5L3G A; 3S3X A; 4LF9 B; 3TXS A; 4CC6 A; 2LFR A; 1GM7 A; 1N33 B; 1M1K W; 3WB0 A; 3ZRW A; 2KB1 A; 1HNW O; 2B9Z A; 2RCV A; 3ABU A; 4TUY A; 2CAZ C; 1BT8 A; 2AGA A; 2EUL A; 1HWY A; 2QTO A; 1VQ4 V; 2WLN A; 2UXC B; 2XND G; 4BWA A; 4FZ1 A; 4IHJ B; 3K5O A; 3AG3 B; 1KU9 A; 1H8E G; 3JAW A; 1G6U A; 3JSL A; 1WB7 A; 1MA1 A; 1DF5 A; 1YEW A; 2IJH A; 5IDJ A; 3FKS G; 3CCQ V; 3G71 V; 3JCZ A; 2P6J A; 5IJ0 B; 1Y74 A; 1K7D A; 4TV9 B; 1K4C C; 4JI5 B; 1WAZ A; 1Y66 A; 3BCC H; 1G1X B; 1L1F A; 1H2N A; 5TIS Z; 5LA6 B; 5BMV B; 4BW5 A; 4DV6 O; 3CXH F; 1Q3E A; 2AHZ A; 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