2NOOA

Crystal structure of mutant nika
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
496
structure length
494
Chain Sequence
DEITTAWPVNVGPLNPHLATPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQAHAALELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPAPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIARQRDGRFGMIFHRTAGAPADPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Nickel binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Hydrolase
total genus 148
structure length 494
sequence length 496
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2006-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2nooA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nooA01
1MY1A 1IXIA 4XXUA 2I4CA 3VV5A 2Q88A 3A3UA 2F7AA 3GBBA 2ZNTA 2IEEA 1MPCA 3QYTA 4G68B 3K6XA 3K2DA 4OETA 5L8DA 1OVTA 4Z7EA 1Y1ZA 4ELQA 1OQGA 1FTLA 2X7PA 5ELVA 2DSFA 1FQFA 4L17A 4HW8A 1SW2A 1QW0A 1IIWA 3DP6A 2H5YA 2Z8EA 1QVSA 4JWOA 4ELOA 4HTGA 3VVFA 1JW5A 3V83A 1H44A 5H8QA 1PB8A 5K2YA 2Y7WA 3HV1A 1WDNA 3UGWA 4FAJA 3L6GA 4QFLA 1H43A 2DE4A 3IO4A 1R9LA 3IORA 3VVEA 1H45A 1NNKA 5AA3A 2AL5A 3H3GA 1Y4TA 3W15C 4R6YA 4OERA 3TDJA 2RCAA 1B4ZA 4NF5B 4GQOA 5TU0A 2ALUA 4DCYA 2RC8A 4EXKA 2F5XA 3OO7A 3MVXA 3QIMA 1UTBA 3FATA 3CRBA 2H99A 1MQJA 4DIGA 3T9UA 4H0WA 5H8NB 1I6BA 1B5HA 1L5TA 3KEIA 3QAXA 4GOTA 1IUDA 3MWBA 1UTBB 2Q2AA 3N5LA 1LAFE 3VLWA 2P1SA 3UK4A 2GRVA 4LQ2A 4NWDA 4X1DA 1GR2A 4AB6A 2DYXA 4BDQA 1LFIA 4ELPA 3HHGA 3RLFE 3E3KA 1P1NA 3VDFA 2DE3A 1JW4A 5AA4B 3O6IA 3G3IA 2QSXA 3QXMA 3RTFB 2GHAA 3N6TA 1DSNA 1B5IA 3TTLA 4OFOA 3U94A 4KD5A 3R6UA 1NNFA 2GHBA 1VFDA 4QRZA 1JEUA 1ZJLA 3PPOA 4FJPA 2XD2A 4FEDA 4POWA 4H8JA 3U1OA 4XTCQ 3DLNA 1D9YA 2V3UA 3UORA 3RYAA 4G4PA 5H8SA 5I57B 5DVFA 1EH3A 3M3LA 2B65A 4LZ8A 1IXCA 1Y9UA 2XX7A 4KCDA 3M3KA 3MQ9A 4XKQA 1B51A 4DXUA 1ATGA 1OMPA 2ZMBA 5DVIA 3FVGA 1NNPA 2ZNUA 5A5XB 4YB6A 3MVZA 4F2QA 3DRIA 2O6AA 3KN7A 1TFDA 4NTLA 3PMXA 1URGA 4AB5A 5I58A 3EHSA 5TP9A 2O1LA 2A5TA 1GTKA 3MVYA 5EYFA 4MFIA 4EDPA 1XHYA 2ZXTA 1PB9A 5IKBA 1IXGA 4GD5A 1GGGA 5I58B 4LA9A 1NKXA 4OFJA 4YU0A 2VHAA 1UQWA 4G8NA 2OZZA 2VP1A 4RK2A 1MM7A 3LSLA 1FQEA 2I3WA 3CR9A 3IB0A 1AIVA 3OELA 1A8EA 1JEVA 3JZJA 2D3IA 4O3BA 3RGYA 4QSCA 2PVUA 2Z22A 2R9JA 5H8HB 5KDTB 2V25A 2OLBA 4YB5A 3G3JA 4BDNA 1MQDA 2Q89A 4OXVA 3FV2A 1VFEA 4JBZA 3U92A 3TCFA 1BTJA 3TTNA 4OEVA 1Y1MA 4KPTA 4OFLA 2ZNSA 1B3FA 1MG1A 2RKMA 1LFHA 3H6VA 1MRPA 2RC9A 2F6PA 3PD9A 4PFYA 3ODBA 4QFNA 2PX1A 2F36A 4MF3A 2H25A 3KBRA 5HM4B 5F1QA 4K3FA 2OK2A 3DELB 3MPLA 4GL8A 1B3EA 5DT6A 2DVZA 3VXCA 4QSEA 4C1TA 3A09A 4LZ7A 4YKPA 1QJMA 2HXWA 5AA2D 3UIFA 3T9HB 1JQFA 4Q30B 4ZEFA 4YKJA 2XX9A 4U4XA 1AOVA 4WKMA 1TFAA 2WKYA 4F22A 4TQUQ 3IJOB 4Q8RA 1M5BA 3O9PA 3FJMA 3PPNA 3CSGA 4ZDMA 4KHZE 1MQHA 1P1UA 2XXXA 3RTWB 2FYIA 1QUIA 4R73A 4PFUA 4GF8A 1UIUA 1I6QA 2DS9A 3IK6B 1SW1A 1MH3A 3CG1A 1CB6A 3CG3A 3FJGA 1B0HA 4FECA 1YTVA 3R26A 4G68C 4Q5TA 3FXRA 2QJEA 2UYEA 3W9VA 2UVIA 1R6ZA 1I69A 4PQJA 3FZVA 4YICA 2I6EA 3EPEA 2HCAA 4KCCA 5DYHA 3MW0A 3S9EA 4MLVA 1DMBA 5LOMA 2VOZA 1XT8A 4G8MA 1A99A 3GLBA 2DVCA 2FNCA 3PUZE 1A40A 4C0RA 3CFLA 1XVYA 1VR5A 4RK9A 4O3AA 1B7ZA 1DOTA 5CMMA 1MXYA 3VXBA 1ZIUA 3FVKA 3CSBA 4AQ4A 2B4MA 3C34A 4G8HA 1N3XA 2WOLA 3OEMA 1PBQA 3TMGA 4EQ9A 2OWTA 1Z7ME 1I6AA 2G29A 4OQOA 4RY1A 1EU8A 3E9XA 2IA4A 4EF2A 5JK4A 1NH7A 4BDOA 4U22A 2GH9A 3G3HA 4R9GA 2VD3A 3N6UA 1M5CA 3ZSFA 5ITPA 1GV8A 2OWSA 2NUVA 1M5EA 2F35A 3H6UA 3TTMA 1O64A 2NVUB 3TQWA 2I48A 3KZGA 3O97A 4I9DA 1B52A 1MS7A 3IX1A 1FW0A 3DP4A 2X26A 1QULA 1SI0A 3KOSA 4OTEA 3QUJA 5ICTA 1B40A 4GRKA 1OLCA 3EQ1A 1JW1A 3PUXE 3DP8A 4EUOA 2PT2A 3FTOA 3TKDA 3OSQA 1D3KA 3UA8A 1FTJA 4TLMB 5B70A 1A55A 1MY0A 5H8FA 4QFOA 1O7TA 5JEIA 3IAZA 1MXUA 5H8QB 3KFMA 1XOCA 4LP2B 1OVBA 2PMSA 2ZYMA 4NWCA 1B3LA 2UXAA 4OVJA 1USYH 5HPQA 3ILTB 1B1XA 2DWIA 1P1WA 1Y3QA 4BDRA 3SEWA 4DDDA 4N6PA 2XXQA 4QSDA 1IEJA 4WEDA 2F8DA 3C35A 2UVJA 1DTGA 3CFXA 1ZTYA 5BUUA 3I3VA 3HHFA 1P1OA 1BLFA 5HBCA 3OO8A 3THIA 1MXVA 2RF1A 1B1HA 1HSLA 4YAHX 5DVJA 1ANFA 4M4GA 4RNSA 3OEKA 3CI8A 1PBPA 5M2VA 1LBBA 3QUFA 3O6PA 1A7LA 4X48A 4DZ1A 2VD2A 1Y4CA 4ELRA 1M5FA 3PPRA 4JXIA 3K0VA 3VLVA 3F11A 3FVNA 2XHDA 3KOTA 3QK6A 4WEPA 2O1MA 3IL1B 2H98A 4R74A 1LLSA 4IY6A 1B3GA 3T9XB 3TTRA 4DCXA 3T66A 2HAVA 2D21A 4OENA 4Q0CA 2QL3A 3MP8A 1SYHA 4H65A 3SEUA 3S9LC 1MH4A 2X7QA 4GWOA 2O68A 3K1MA 1MXZA 2THIA 3MZ9A 3K00A 3T9VA 3V8XB 2OCUA 4R72A 2CZLA 3S9MC 2HZKA 1JNFA 4NE4A 4R2FA 4EF1A 1LB9A 3PU5A 3TFLA 4IO5A 1BP5A 1YPNA 1B5JA 1SW5A 5KCJA 4R6HA 2F7CA 3FUZA 4ZS9A 5I56A 3FGSA 3K02A 4IO4A 3PV0E 3B6TA 4H8IA 5CBSA 3M8UA 3N94A 3Q27A 1N04A 3TTKA 5TP9B 3PPPA 1POY1 3IOVA 2A5TB 4KYEA 1P1QA 5I2KA 4F1UA 1B7HA 2XXUA 3SEXA 5B7DA 3ZKKA 2R71A 2V84A 4NF8A 2AIXA 3VLUA 5I2KB 3G7WA 1N0TA 4F1YA 4O3CA 5FHNA 3PAMA 4QFKA 3RT6B 1TWYA 3TZAA 1OIBA 4YKKA 2P2AA 1B32A 1H3DA 5TPAA 4R9FA 4NF4A 4OHNA 3DRKA 3C36A 4UACA 5ITOA 4H5FA 2M8CA 1AL3A 4ESWA 4G77A 4ZEKA 2Q2CA 3JYRA 2ABHA 1XS5A 2DE2A 1LCFA 3E13X 1N7XA 2Q9TA 3ONMA 1ZMGA 1IQ7A 2RCBA 3S9NC 3USDA 3K6WA 1UTHA 1MDP1 3P7IA 2Y7PA 4YB7A 2AL4A 3L6HA 4UA8A 4BLAA 4ZZEA 5CMKA 3HCQA 4PFWA 5CMCA 4KYDA 4XIGQ 3CVGA 2WOPA 3OO9A 3UN6A 3PD8A 2YJPA 4OYVA 1ZBMA 3N26A 3WAFA 2UYFA 5K2XA 2QMXA 4KFQA 5AA2A 3PGFA 1B7UA 4GXSB 3U93A 4RYAA 5DTBA 3MUQA 3LUYA 1S50A 4FATA 3TUSA 3IOTA 4F18A 3DRFA 1URSA 2F78A 3FJ7A 5FHOA 3G3GA 1PDAA 1S7YA 2B4LA 3H06B 3HSTA 3LSFB 2FA7A 2XXVA 3C4MA 2D5WA 4H1XA 5L9SA 1A54A 4OEUA 5AE4A 2E0SA 1QUKA 2H4IA 2WOKA 3C9HA 1QKBA 5I2NA 5JTYA 2RC7A 4JWYA 3FD3A 2XX8A 4JB7A 1DTZA 1IXHA 4U4SA 2HEUA 1MXXA 1LAXA 5I84A 1R1NA 3IJXB 3H6WA 2V3TA 2HFBA 1YCJA 2I3VA 2VGQA 2Z8FA 4ISUA 4ECFA 3IOWA 1CE2A 3EHUA 4NF6A 2QS2A 2QPQA 3C32A 4H5GA 4MLQA 1MY3A 2XXWA 1BKAA 2I4BA 4IO7A 3IR1A 4ONYA 2NXOA 3FVOA 4JSDA 1MM6A 3KN3A 2ONSA 2QS1A 3BFTA 4IY5A 1H76A 3DRGA 4YMBA 3HPIA 4TOZA 4U23A 1RYOA 3MP1A 3M3FA 3G3FA 4POXA 3KJ7A 4OWDA 3T22A 2I0BA 3SEVA 4E0XA 3H03A 4P11A 1HSJA 4QFPA 2XXTA 4PP0A 4TLLB 4H6DA 3MJNA 4FIMA 1P99A 2REJA 4PETA 2Z8DA 1Y20A 4XKPA 3OOAA 1LAGE 3RY3A 4ZZAA 2QRYA 4FE8A 1FQDA 2H9BA 4N07A 4YMAA 4G68A 5CM6A 3S4UA 1UIVA 4LZ5A 2V93A 3CIJA 3CHGA 4PFTA 4ZE8A 1LAHE 3I6VA 2DWHA 3O66A 3VVDA 3RQTA 3LR1A 4IB2A 3AXFA 1NL5A 4C1UA 4PE5B 5FTHA 4X9TA 4F2OA 1LBCA 1N3WA 3PPQA 3PMWA 3MPKA 2W7YA 2QS3A 4EXLA 3O6HA 1FTKA 5L9OA 1Y3NA 3LSWA 1LGBC 4RPNA 2O69A 3T93B 4JDFA 2BJJX 2Y7RA 3VE1B 3A3CA 3RUMA 2Y7IA 3RYBA 2R6GE 4MH5A 3VFJA 3O2AA 5H8FB 3RPWA 4ZE9A 4NF5A 1SI1A 1R9QA 4BDMA 4F31B 3TELA 1N7WA 1NMUA 2ZYOA 2PBWA 1LCTA 4HCYA 2YPNA 5H8NA 3SDFA 1KWHA 4FEBA 2I58A 3T96B 3TCGA 4OMBA 4YZZA 1JETA 1NH8A 5J1DA 4QHQA 1IITA 3SERA 4U21A 4THIA 5F7VA 3H6TA 1OLAA 1B6HA 4NMYA 2HQ0A 5ICQA 1FQBA 4E0WA 5AA4A 3LSXA 4N13A 3I5OA 1S9TA 3OENA 3U72A 2Q8JA 3ILUB 1HSEA 5I59A 2HZLA 2NWJA 2DOJA 3RNNA 1IZ1A 2XXPA 1SDXA 1XC1A 4HCWA 4HS7A 1VE4A 5I59B 3G3KA 4X1BA 4IGTA 2Y84A 1QKAA 2XXRA 4QF9A 1MY2A 3K6VA 5I57A 1DPEA 1Q35A 3IO6A 4Z0IA 3Q28A 3PUVE 3O29A 1B0LA 3BKIB 1M5DA 1LSTA 2XXHA 1TT1A 5EHMA 2Z23A 2V3QA 2F7BA 1US5A 1ZU0A 1N76A 4R2BA 3DRHA 2AYSA 4LATA 2DP8A 4F39A 1USYE 4F3GA 1B9JA 2DWAA 4ESXA 1GVCA 4LONB 3HO7A 3PUYE 4IO3A 4U1OA 4ZEBA 4YKIA 1JVYA 1J1NA 3SESA 1YAEA 1SD3A 4F3PA 3B6WA 5A5XA 3WAEA 3RT8A 3KJTA 5EHSA 4FORA 3UP9A 1MXWA 1OQHA 4F19A 3U8QA 1PEBA 2YLNA 2QMWA 2A5SA 1PB7A 1MQGA 4DXBA 3FXQA 4H67A 3KSJA 3Q29A 4GIZA 3SKPA 5KCJB 4WXJA 4XKNA 1NNTA 3EF7A 3DRJA 1II5A 2DXYA 3MC2A 3IB1A 5I56B 2O51A 1NFTA 5FTIA 1MY4A 4OESA 2XXYA 3ECRA 3GZGA 3TAJA 3TYHA 3GXAA 2OJTA 1XVXA 3MZBA 4R75A 2ESNA 2DQVA 2ONRA 1MPDA 1LB8A 3DM0A 3TQLA 4M1VA 5BWJA 5L9MA 4LQ5A 1WODA 5AA1A 4GXAA 1JVXA 4RPOA 4LVQA 5CRYA 3BBRA 4BDLA 5H8HA 3K4UA 1QUJA 5KDTA 4GLIA 3OSRA 4NF8B 3MP6A 2B3BA 3LC8A 2O7UA 1ZKBA 1B4HA 3FXUA 3S2VA 2HAUA 3K1PA 2ONKE 5CMBA 4KYSA 1Z7NE 3K01A 4IO6A 3JV9A 1B3HA 3OO6A 3V5AA 1EZOA 5KZTA 1PC3A 3H7MA 5TPAB 4GL0A 2QS4A 2UVGA 1B46A 4NF4B 1SBPA 1F9BA 4RJZA 2PYYA 3ZKLA 1EZPA 4F3BA 3QSLA 4IO2A 3GBAA 1A8FA 3C31A 4EQBA 1B58A 3FASA 3OMBA 3ZS6A 2G93A 3MZ1A 3RN8A 4U1ZA 4DLDA 1SQYA 2XD3A 3IOUA 2UVHA 1WVJA 3LBSA 2ANJA 3MAMA 3TODA 4I1DA 3R7XA 3TPAA 4ZEIA 3MBPA 3D4CA 4ZECA 1D9VA 2DWJA 1AH5A 3K6UA 2ZYKA 1UTHB 3PUWE 3W9WA 1SVXB 1ELJA 1O63A 2ZYNA 2I0CA 2PT1A 3LVUA 4EQ7A 4RXLA 1Q1KA 2F97A 4G2ZA 3V89B 4F29A 4F3SA 4GVOA 3OD7A 3EN3A 4ZEDA 3MVWA 4ND9A 4P0IA 1LFGA 1MQIA 4DXCA 5AA2B 5CBRA 4R6KA 1URDA 3O6GA 3Q25A 1FTMA 2Y7KA 1AMFA 2E1SA 2DXRA 3SETA 4KI0E 4KQPA 3KN8A 2P0SA 3BFUA 1D4NA 1FQAA 3EHTA 1B05A 3TCHA 3KSXA 5CC2A 1BIYA 4NEDA 2O84X 4F1VA 2GFEA 1TXFA 5JTYB 1MPBA 5I2NB 4JSOA 2XXIA 3FV1A 2OBGA 4XKRA 4DE8A 3KG2A 1RKMA 1MDQA 1N84A 2KLFA 5DEXA 3B7DA 3D4GA 4U2RA 3PMVA 3K1NA 4I62A 3TEPA 1POTA 4NF6B 3FIRA 1FQCA 1T0KA 5DEXB 3Q26A 1SYIA 1EZ9A 4I8CA 1DPPA 2REGA 3C33A 3B6QA 4RA1A 2CMOA 2I49A 4JWXA 5CI5A 4P0GA 1ZLQA 2NOOA 4OZ9A 1FTOA 4LUBA 3CFZA 2B3FA 3IB2A 1VSOA 5FHMA 5ISUA 3SEYA 4KR5A 4MBPA 1FCKA 3HN0A 1SW4A 2LAOA 2RINA 1B2HA 1Y3PA 3E4RA 4IGRA 2O7IA 2F34A 3KGCA 4GFRA 5IAIA 1RYXA 3O28A 3H4ZA 3OXNA 2F6GA 1US4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MY1A 2CZKA 1IXIA 4XXUA 2I4CA 3VV5A 2Q88A 3A3UA 2F7AA 3GBBA 3ISPA 3RPLB 2ZNTA 2IEEA 1MPCA 3QYTA 4G68B 4MAGA 1FPDA 3K6XA 3K2DA 4OETA 5L8DA 1OVTA 4Z7EA 1Y1ZA 4PGPA 4GX4A 4ELQA 1OQGA 1FTLA 2X7PA 4HE0A 5ELVA 2DSFA 4O8MA 1FQFA 4L17A 4HW8A 1SW2A 2WBBA 5ET6A 1QW0A 1IIWA 3DP6A 2H5YA 2Z8EA 1QVSA 4JWOA 4ELOA 4HTGA 3VVFA 5IZ3A 1JW5A 3V83A 4P47A 1H44A 2QVUA 5H8QA 1PB8A 5K2YA 2Y7WA 3HV1A 1WDNA 3UGWA 4FAJA 3L6GA 4QFLA 1H43A 2DE4A 3IO4A 1R9LA 3IORA 3VVEA 4DI4B 1H45A 1NNKA 5AA3A 2AL5A 3H3GA 1Y4TA 3W15C 4R6YA 4OERA 3TDJA 2RCAA 1B4ZA 4NF5B 4GQOA 5TU0A 4PF8A 2ALUA 4DCYA 2RC8A 4EXKA 2F5XA 3OO7A 3MVXA 3QIMA 1UTBA 3FATA 3CRBA 2H99A 1MQJA 4DIGA 3T9UA 4H0WA 4IR8A 5H8NB 1I6BA 1B5HA 1L5TA 3KEIA 3QAXA 4GOTA 1IUDA 3MWBA 1UTBB 2Q2AA 3N5LA 1LAFE 3VLWA 2P1SA 1BK4A 2OWZA 3UK4A 2GRVA 4LQ2A 4NWDA 4X1DA 1GR2A 1FBGA 4AB6A 2DYXA 4N4UA 4BDQA 1LFIA 4ELPA 3HHGA 3RLFE 3E3KA 1P1NA 3VDFA 2DE3A 1JW4A 5AA4B 5DW8A 3O6IA 3G3IA 2QSXA 3QXMA 1FPBA 2VPOA 3RTFB 2GHAA 3N6TA 4MIJA 1DSNA 1B5IA 2Q8MA 3TTLA 4OFOA 3U94A 4KD5A 3R6UA 1NNFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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