2NOOA

Crystal structure of mutant nika
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
496
structure length
494
Chain Sequence
DEITTAWPVNVGPLNPHLATPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQAHAALELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPAPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIARQRDGRFGMIFHRTAGAPADPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Nickel binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Hydrolase
total genus 148
structure length 494
sequence length 496
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2006-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2nooA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nooA01
4MLVA 4IO4A 2OBGA 5AA4A 4PFWA 1FQCA 2V84A 4ZS9A 1QUJA 3JYRA 3TZAA 5B7DA 3ILTB 5AA1A 3O97A 3R7XA 4IO3A 1R9QA 4G8NA 5TP9A 4JSOA 1A8EA 4LQ5A 2H5YA 4C0RA 5CMBA 3VLUA 3IOTA 4WEPA 4NF4B 3MZ1A 1HSEA 1LB9A 3EN3A 4ONYA 2NXOA 4XXUA 4YKPA 5DYHA 3RTWB 2O7UA 2V3QA 4R75A 3SEWA 3TEPA 5TU0A 4F22A 2E0SA 4KI0E 1UTBA 4C1UA 3CIJA 2RKMA 4POWA 3HHGA 4ZDMA 1QKAA 4IO6A 1FCKA 4FE8A 4RXLA 1Z7ME 3K00A 4P11A 4AB5A 4NWCA 3A3CA 1JEUA 1FTKA 3OOAA 4EF2A 2RCBA 1ZIUA 4ELPA 4U4XA 3OD7A 3PUZE 4ELQA 1A54A 1XVYA 3EHSA 2QJEA 2XXWA 4LATA 3O29A 1Y3NA 2ZYKA 2O6AA 1PEBA 5AA2B 1B7UA 3VXCA 1SW1A 4MLQA 4O3AA 1XVXA 2DE2A 3PPRA 1PBQA 1IEJA 1GV8A 4R72A 1AOVA 3FJMA 5H8QB 3QUJA 3FJGA 3IL1B 3KOSA 4ZE8A 4OERA 2DQVA 1D9YA 3M8UA 3HSTA 3TPAA 3GXAA 3MPKA 1NL5A 1DMBA 1MQDA 1P99A 5H8NA 3TQWA 4ZEKA 3G3IA 3DRKA 2HQ0A 2XXVA 4GVOA 2O7IA 1EU8A 1OLCA 4NF6B 3FD3A 2PMSA 1QW0A 3EF7A 2NOOA 2ESNA 1L5TA 5DVJA 3FVOA 3LSWA 3DRHA 1FQDA 3H6VA 1B40A 3OMBA 1WVJA 3S9NC 5I58A 2IA4A 4GRKA 4G2ZA 4DCYA 3CFLA 5HBCA 3DRIA 3N26A 1H44A 1P1QA 1A7LA 1H45A 5FTHA 3PAMA 4NF4A 3MAMA 3IO6A 4RA1A 5TPAB 3IB1A 1B0LA 3TTKA 5KZTA 2P0SA 4GD5A 1S7YA 3T93B 3ODBA 4XKPA 2DSFA 5FTIA 1B7HA 3H6TA 1LFIA 3A3UA 1URSA 4ZEDA 3CFZA 2P1SA 3OO9A 3V83A 4LP2B 4PE5B 4G8HA 3LSXA 2UXAA 3I3VA 3LSLA 4EQBA 2R6GE 4ESWA 2Q2AA 3S4UA 1MM6A 2R71A 1N3WA 5CI5A 2Y7IA 2E1SA 4F31B 5B70A 3OEKA 3MWBA 4F1VA 1ATGA 3SKPA 1AMFA 4HW8A 4POXA 5BUUA 3K6XA 4OFOA 5F7VA 4KYDA 2AIXA 3S2VA 4P0GA 3A09A 1B5IA 3VDFA 1AL3A 4HCYA 2V3TA 2Y7WA 1MDQA 3TCFA 3IR1A 4QFLA 1VE4A 3GZGA 1OMPA 1YAEA 1B1HA 5I2NB 3ZKLA 5H8FA 3LVUA 5DT6A 1OVTA 1O64A 4R6HA 1FQAA 1ZU0A 4FEBA 1H43A 5F1QA 2FA7A 5ISUA 3RY3A 4NEDA 4HCWA 3TKDA 1IQ7A 3T66A 1MXXA 1TWYA 5I84A 2DVZA 3KN8A 2F97A 3DP6A 1P1WA 2OK2A 4TOZA 3E9XA 1URDA 1M5FA 4F3SA 1SVXB 1ZLQA 2F7CA 1GR2A 3PMWA 1N76A 2UVIA 4U23A 4XKQA 3DRJA 4ELRA 3CSGA 4FIMA 2D5WA 2XXHA 5I57A 2Q89A 1WODA 4PP0A 1NNKA 1POY1 1B1XA 3QSLA 2DXRA 2WOKA 1BLFA 2RC7A 5L8DA 2RC8A 2O1LA 1B3EA 3N6UA 2H99A 3M3LA 4LA9A 2I6EA 4ZECA 1NH7A 1BTJA 1PB8A 2B3FA 5CMCA 2Q2CA 3MVXA 3U1OA 5CC2A 3MC2A 5CBRA 4GLIA 3MP1A 3FVKA 5TP9B 4XKNA 2P2AA 2F34A 2I58A 1GVCA 4NF8A 4G77A 4QSDA 1MH3A 3C4MA 1MQGA 4OFLA 3HO7A 3IOUA 4R6KA 1JVXA 4C1TA 1ELJA 2HEUA 3VVFA 3RYAA 5DEXA 2PT1A 3HHFA 4GFRA 2XX9A 3O66A 2R9JA 3JV9A 3MVZA 2PBWA 3SEVA 1LCFA 3H06B 2H25A 1UTBB 3RUMA 1N0TA 3L6HA 3PPQA 1QVSA 1SW2A 4FATA 4ISUA 4NF5A 2XX8A 3QYTA 2DE4A 3TTLA 5IAIA 2XXUA 3IB0A 4EDPA 4ELOA 1B4ZA 3LSFB 3FXQA 4LZ7A 3S9LC 2Q9TA 2DS9A 2DYXA 3O9PA 1OQGA 2VD3A 1Y1MA 4EQ9A 3FGSA 4DDDA 2GHAA 1LAFE 4L17A 2I49A 3RYBA 1B6HA 4F1UA 5H8HA 5IKBA 3S9EA 1MPDA 4H5GA 3FXUA 1MH4A 4PQJA 2Y7KA 1F9BA 4HTGA 2Y7PA 3PUYE 3EPEA 2I0BA 2RCAA 4QFKA 1M5CA 1DTGA 1SW4A 4WKMA 4ZZEA 4NWDA 2VHAA 2H98A 1GTKA 1B3GA 3E3KA 1NKXA 4BDLA 1J1NA 3MJNA 1II5A 4QFOA 4RY1A 3C9HA 1QUKA 1LAHE 1AH5A 1SYIA 5H8NB 1QUIA 4ZEBA 5EHSA 3P7IA 4H65A 3HCQA 1MXYA 3CG1A 1UQWA 3C33A 3PGFA 3OO8A 3C34A 1CB6A 1POTA 2HFBA 1LFGA 3PD8A 2DWIA 3H4ZA 3RN8A 1VFEA 2Z8DA 3FJ7A 1B3HA 4XIGQ 5I58B 3SEYA 1O7TA 4JXIA 2PX1A 3RT6B 5AA3A 3CR9A 3IAZA 4H6DA 5CMKA 1JW5A 4RJZA 2XD2A 3TMGA 3ZKKA 3IORA 2VP1A 1PC3A 3TELA 3VV5A 3SETA 3IOWA 5JTYB 5M2VA 3FXRA 2WOPA 2QS3A 2FNCA 4OTEA 3TCGA 4H0WA 3QUFA 3EHUA 1SQYA 3B6QA 3UA8A 3V5AA 3PPOA 2QL3A 3BBRA 1RYXA 4RPOA 4F2QA 2B65A 1TFDA 2F78A 4ZEFA 3K01A 3RLFE 5ITPA 1LAGE 2REJA 1JQFA 1MRPA 3Q28A 2V93A 3V89B 3C36A 3E13X 2H9BA 3S9MC 3FIRA 4IY6A 4NE4A 3U93A 5ELVA 5L9OA 1B9JA 1Y9UA 4OVJA 1YPNA 2FYIA 1NNTA 1XC1A 1DTZA 3R26A 4OEUA 3VVDA 4RK9A 4YKIA 3IJXB 3DLNA 4JWXA 3DELB 2PT2A 4Q0CA 3KN7A 1TFAA 3FV1A 4OWDA 4KD5A 3G3JA 3VLWA 3SERA 3SESA 3UP9A 2DXYA 5H8FB 1AIVA 2QMWA 3K02A 1LAXA 2ABHA 1I6AA 3VE1B 1LBCA 3L6GA 4H1XA 3VFJA 2REGA 3N6TA 2G29A 1Q1KA 4DXUA 3DP8A 3QXMA 4O3BA 4F18A 1OLAA 1US5A 3KG2A 3KGCA 1FQBA 2O84X 1Y4TA 3ZS6A 2QSXA 1H76A 1N7XA 3PPNA 4ND9A 1O63A 2I3VA 1A99A 3TQLA 2D21A 3B6WA 1B52A 3OENA 2DP8A 1S50A 3TTNA 4KQPA 5I57B 3KZGA 1PBPA 2PVUA 2ZYMA 4ZE9A 2RC9A 3PUWE 3ILUB 1SW5A 4YAHX 2OZZA 1MM7A 4THIA 4U4SA 3QIMA 3OO6A 5JTYA 2XXXA 4KHZE 4IGTA 4XTCQ 1LLSA 1B05A 1FTOA 4I9DA 1FTMA 2HAVA 4BDOA 2ZNTA 4TLMB 4F2OA 4F3GA 4F3BA 1B5HA 5I56A 3H6WA 1FQFA 5I59A 4GQOA 4GIZA 2Z8FA 2GRVA 4NF8B 1NNFA 4UACA 3T9UA 4YB7A 3RTFB 3USDA 1DOTA 3Q26A 3C31A 2PYYA 4FORA 3FVNA 4ZZAA 5DEXB 4JSDA 1B58A 2XX7A 4U22A 4YMAA 4MBPA 3OO7A 2OCUA 4KYSA 4H8IA 1B5JA 4LQ2A 1TT1A 4X1BA 4GF8A 4BDRA 3DRGA 1MPCA 1IIWA 3I5OA 4WXJA 4X9TA 2F7BA 4NF5B 1YTVA 4YB5A 1I6BA 4EF1A 1DPEA 4WEDA 5KDTA 2Q88A 1ZMGA 4MF3A 3KSJA 4IO7A 4N13A 4R2FA 1IITA 5FHOA 4U1ZA 3CG3A 1M5BA 5J1DA 3DM0A 2H4IA 5H8HB 4EUOA 4DE8A 1MG1A 3DRFA 2QRYA 2ZYOA 3MBPA 3SDFA 3T9HB 2AYSA 2DWAA 2DE3A 2GFEA 2A5TA 4KCCA 4F3PA 5AA2D 1JNFA 2ZXTA 2F35A 5H8SA 3CI8A 4R6YA 3WAEA 1SBPA 4IY5A 5K2YA 1N3XA 4R73A 4RYAA 1B46A 3IB2A 3U94A 4XKRA 3TUSA 4QHQA 2ONSA 1B0HA 4OETA 4Q5TA 2UVHA 2HXWA 1QJMA 3Q27A 3HN0A 2ALUA 4YKJA 2A5SA 2THIA 3THIA 4GXAA 1RKMA 4F39A 2I4BA 3QK6A 1Z7NE 3OSRA 2QMXA 4FEDA 4R74A 3WAFA 2HAUA 3BFTA 2G93A 1MDP1 3VVEA 4H67A 1MXZA 3LC8A 3IO4A 1B7ZA 1R9LA 3MZBA 1SDXA 2XXYA 3W9WA 1JW4A 4E0WA 5JK4A 1DPPA 1XT8A 4YMBA 4G68B 1JVYA 1A40A 4N6PA 1USYH 3R6UA 3O2AA 1VR5A 4R2BA 2O68A 5EHMA 3KBRA 2F7AA 4F29A 4JDFA 4O3CA 2CZLA 4AB6A 3RPWA 1D9VA 2XXTA 3KSXA 1FW0A 3FTOA 4IO5A 1IXIA 3MQ9A 3RQTA 3H03A 4EXLA 1IXHA 2B3BA 1MXUA 5I2KB 3IJOB 4FAJA 3H7MA 3TTRA 1HSJA 5JEIA 4BDNA 2O69A 4KFQA 1BKAA 2ONRA 3N5LA 4TLLB 4Q30B 1MY0A 2OLBA 2GHBA 1BIYA 2ZNUA 2WOLA 3T22A 5CMMA 1XS5A 3MP8A 5A5XA 3BFUA 3MW0A 2I3WA 3VXBA 3PD9A 3T9VA 3SEXA 1D3KA 1IXGA 3B6TA 4G4PA 3LR1A 3MP6A 3PUXE 2W7YA 2Z8EA 3MVWA 3SEUA 4JWOA 4G8MA 2QS1A 1FTLA 4FJPA 2X7QA 3OXNA 2X26A 4GL0A 1UTHA 2Y7RA 1XOCA 3K6VA 1LB8A 2BJJX 1M5DA 3HV1A 1NFTA 1MQJA 3N94A 1N84A 4MH5A 1LBBA 4NTLA 2XXRA 2RINA 5EYFA 1MY1A 3TYHA 3K6UA 3UIFA 3HPIA 1MY4A 3RT8A 4G68C 4DCXA 4I62A 1Y3QA 3F11A 5FHNA 2I0CA 2XXPA 2Y84A 2F6GA 1ZJLA 5I56B 4U21A 4H8JA 5I59B 2B4LA 1YCJA 4MFIA 4G68A 3K4UA 3TTMA 4Z0IA 1P1OA 4RPNA 5CRYA 4K3FA 2VD2A 3FASA 1QULA 3T9XB 3RNNA 3CRBA 3U8QA 1MPBA 3TODA 1LFHA 5CBSA 4RNSA 4LZ8A 1US4A 3KJ7A 5ICQA 4UA8A 1MQIA 4PFUA 5I2KA 1JEVA 5FHMA 1MY3A 2HZLA 1WDNA 4JBZA 3RGYA 5KDTB 2O51A 5L9SA 1B3LA 4OHNA 2GH9A 3FATA 3GLBA 1IXCA 4GXSB 1D4NA 3O6HA 1ZKBA 2F8DA 2XHDA 1MY2A 4ECFA 2YJPA 3KOTA 1XHYA 2D3IA 4KPTA 4KCDA 4OXVA 4LUBA 3JZJA 3BKIB 2A5TB 3W15C 4TQUQ 4Q8RA 4BLAA 4ZEIA 1UIUA 1NMUA 1T0KA 1EH3A 5HPQA 2ANJA 2DVCA 1LSTA 5KCJA 4GL8A 4X48A 3IK6B 3PV0E 4AQ4A 4IB2A 2XXIA 1DSNA 1QKBA 1IZ1A 4OFJA 2KLFA 1M5EA 2AL4A 3TCHA 4OZ9A 3C35A 3PU5A 3Q29A 2I48A 3T96B 4BDMA 2OJTA 4I1DA 1ZTYA 1I6QA 3M3FA 4QFPA 3PMVA 4DLDA 3LBSA 4QSCA 4YU0A 2LAOA 4HS7A 4DZ1A 4DXCA 4LZ5A 3E4RA 2VOZA 4QFNA 4ESXA 1B4HA 1EZ9A 1UIVA 2F36A 1ZBMA 1TXFA 3MPLA 1NNPA 2HZKA 2ZYNA 3AXFA 4M4GA 3FVGA 4IGRA 4YKKA 2O1MA 5HM4B 1OQHA 1R6ZA 4OMBA 4M1VA 3FV2A 1LCTA 2UYFA 4YZZA 1EZPA 5DTBA 1B3FA 4I8CA 3CFXA 3W9VA 4N07A 2DOJA 3EHTA 1FQEA 1P1NA 4FECA 4U2RA 1B51A 3U92A 4LVQA 2NUVA 3CVGA 2CMOA 3ZSFA 3CSBA 4R9GA 3K1NA 4F19A 3Q25A 3V8XB 4LONB 5AA2A 1N7WA 3O6GA 4EXKA 4JWYA 3D4GA 1VSOA 3TDJA 4BDQA 4NMYA 5A5XB 3PPPA 4YB6A 1MS7A 1A55A 1SD3A 1FTJA 4DXBA 5DVFA 3PUVE 4U1OA 5H8QA 3TAJA 2XXQA 3UGWA 4RK2A 2F5XA 3DP4A 1GGGA 1USYE 3OEMA 1B2HA 1BP5A 1KWHA 3GBBA 4OENA 3UK4A 4GWOA 3B7DA 2ZMBA 3QAXA 5LOMA 4GOTA 2V25A 1PB9A 4DIGA 1PDAA 2OWSA 1SYHA 3LUYA 4X1DA 4NF6A 3K2DA 2I4CA 2DWJA 2ZNSA 1MXVA 2DWHA 4PFTA 5CM6A 1MXWA 1UTHB 1HSLA 3UORA 2QS4A 4OEVA 1IUDA 3ONMA 4OESA 2UYEA 2B4MA 4YICA 2HCAA 3U72A 4KR5A 3MUQA 3O6IA 4P0IA 5AA4B 2IEEA 3I6VA 2UVJA 1EZOA 3KJTA 4QF9A 3VLVA 5ICTA 3K1PA 1A8FA 3KEIA 2QPQA 3G7WA 5TPAA 2YPNA 1PB7A 3UN6A 1SI0A 3C32A 3GBAA 2YLNA 1RYOA 2X7PA 1OVBA 1VFDA 1LGBC 2XD3A 4QSEA 3G3GA 3OSQA 2RF1A 2F6PA 1S9TA 1JETA 3FUZA 4QRZA 3MZ9A 3PMXA 2V3UA 4PETA 5BWJA 1CE2A 2ONKE 4E0XA 3G3HA 5K2XA 3MVYA 5AE4A 1SI1A 3KFMA 1Y3PA 2AL5A 1ANFA 4OQOA 4R9FA 1I69A 2WKYA 3H3GA 2VGQA 5L9MA 2Z22A 3K0VA 3IX1A 2Z23A 4Z7EA 4H5FA 3FZVA 3O6PA 1URGA 1MQHA 2UVGA 5I2NA 4EQ7A 4OYVA 1P1UA 3M3KA 3G3KA 4PFYA 2OWTA 3K1MA 4KYEA 2Q8JA 3EQ1A 3G3FA 2M8CA 2NVUB 4JB7A 1Y1ZA 4IO2A 3IOVA 2NWJA 5ITOA 3ECRA 3TFLA 1JW1A 3O28A 1B32A 3D4CA 3H6UA 5DVIA 1Y20A 1N04A 3OELA 1NH8A 3CHGA 1H3DA 1R1NA 3KN3A 5KCJB 1Q35A 2QS2A 1OIBA 1Y4CA 3K6WA 4F1YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MLVA 4IO4A 2OBGA 4OVQA 2CZKA 5AA4A 4PFWA 1FQCA 2V84A 3ISPA 4ZS9A 2QFLA 1QUJA 3JYRA 2VPNA 3TZAA 5B7DA 1LEVA 5I5PA 3ILTB 5AA1A 3O97A 3R7XA 4IO3A 4PFIA 1R9QA 4G8NA 5TP9A 4JSOA 1A8EA 4LQ5A 2H5YA 4C0RA 5CMBA 3VLUA 3IOTA 5F24A 4WEPA 4NF4B 3MZ1A 1Q9DA 1HSEA 1NV7A 1LB9A 3EN3A 4ONYA 4QXDA 2NXOA 1FBCA 4XXUA 4YKPA 5DYHA 3RTWB 2O7UA 2V3QA 4R75A 3SEWA 3TEPA 5TU0A 4F22A 2E0SA 4KI0E 1UTBA 4C1UA 4G61A 3CIJA 2RKMA 4POWA 3HHGA 4ZDMA 4MX6A 1QKAA 4IO6A 1FCKA 4FE8A 4RXLA 1FPLA 1Z7ME 3K00A 4P11A 4AB5A 2QVUA 1FPBA 3U65A 4NWCA 3A3CA 1JEUA 1FTKA 3OOAA 4EF2A 2RCBA 1ZIUA 4ELPA 4U4XA 3OD7A 3PUZE 4LN5A 4ELQA 1A54A 1XVYA 3EHSA 2QJEA 1NV2A 2XXWA 4LATA 3O29A 1Y3NA 2ZYKA 2O6AA 1PEBA 5AA2B 1B7UA 3VXCA 1YXIA 1SW1A 4MLQA 4O3AA 3PPRA 1XVXA 1NI9A 2DE2A 1PBQA 1IEJA 1GV8A 4GWXA 4R72A 1AOVA 3FJMA 5H8QB 3QUJA 3FJGA 3IL1B 3KOSA 4ZE8A 4OERA 2DQVA 1D9YA 4PFBA 3M8UA 3HSTA 3TPAA 3GXAA 4MEVA 3MPKA 1NL5A 1DMBA 1MQDA 1P99A 5H8NA 3TQWA 4ZEKA 3G3IA 3DRKA 2HQ0A 2XXVA 4GVOA 2O7IA 1EU8A 1OLCA 3ROJA 4NF6B 4NG7A 3FD3A 2PMSA 1QW0A 3EF7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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