2NOOA

Crystal structure of mutant nika
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
496
structure length
494
Chain Sequence
b'DEITTAWPVNVGPLNPHLATPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQAHAALELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPAPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIARQRDGRFGMIFHRTAGAPADPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Nickel binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Hydrolase
total genus 148
structure length 494
sequence length 496
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2006-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2nooA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nooA01
1MQHA 2O6AA 4P0GA 2UXAA 5L9MA 3MWBA 3DLNA 2A5TB 3CG1A 3KOSA 4ZEFA 2DP8A 4EXKA 4EF2A 3QSLA 3OMBA 1LAGE 1Y4CA 1LLSA 4QFPA 4WEPA 2H99A 2ONSA 1PB8A 4C1TA 3OOAA 1UTHA 1MQJA 5FTIA 4GOTA 1LFIA 4GL0A 2OWSA 1NMUA 4EXLA 4FEBA 3MJNA 3M3LA 2QMXA 5L9OA 1PDAA 4M1VA 5EHMA 4TLLB 4I8CA 5DT6A 3TTRA 5CBSA 2I3VA 4HCWA 4ZEKA 2F7AA 2HFBA 1YCJA 2IA4A 5TP9B 2Z8FA 2QRYA 3U1OA 1LCFA 5A5XB 4R6KA 2GHBA 4ZE8A 4H5GA 3DRHA 4R72A 4GLIA 1B40A 3DP6A 2RCAA 1USYE 2DS9A 2Y7WA 4QHQA 3R6UA 4GVOA 1CB6A 2ONKE 2XX7A 5CC2A 1ANFA 3LSLA 4I1DA 2QPQA 4LZ8A 3V89B 3OENA 2R9JA 4KFQA 3T9XB 4JBZA 3JV9A 4F3SA 3TTNA 1WDNA 2VOZA 3O66A 4F29A 4F3PA 5H8NA 4K3FA 3FD3A 1SQYA 1WODA 4RK9A 2F35A 3OO9A 5AA1A 1UIVA 2HZLA 2HZKA 3T22A 5AA2A 3OELA 4JWOA 4H65A 3H6TA 4NWCA 1B9JA 1LB9A 1PC3A 2PMSA 4HCYA 3R26A 3A09A 4H1XA 5B7DA 3IL1B 4WXJA 3C33A 3TMGA 4OETA 3K1PA 3TODA 4YKPA 4H8IA 4OXVA 5LOMA 2QS2A 1S9TA 4ZEBA 4LONB 3KG2A 5KCJA 4GXSB 3FIRA 4TLMB 1SYHA 1B52A 3PPQA 2DWIA 1MRPA 2ALUA 5JTYB 2OZZA 3SEUA 3QUFA 3Q29A 2DQVA 4JSDA 5K2YA 2RC8A 3QXMA 3E13X 3KN8A 4EF1A 5B70A 1YPNA 2V3UA 1B0HA 1MXYA 4XXUA 3E9XA 4U1ZA 1B1HA 3RT8A 4ZDMA 1N3XA 2H4IA 5CM6A 1FCKA 3ZKLA 4H67A 1MXWA 3PUWE 2F97A 3IORA 2HAVA 2OBGA 5DEXB 1B51A 2NUVA 3THIA 4NTLA 5L9SA 1ZU0A 3M3FA 3FJ7A 1B4ZA 4QF9A 4U2RA 4F1VA 2UVHA 3HV1A 3FTOA 2DWHA 1N84A 4KCDA 3OXNA 2D3IA 2Y7PA 1RYXA 3PUYE 1OQGA 3CVGA 1PEBA 5AA4A 3IOVA 4OESA 4POXA 4GF8A 2ZMBA 2THIA 5DVFA 4RYAA 3IOTA 4G8NA 1GV8A 3TQWA 3FXRA 5HBCA 3IB1A 3MP8A 1MQIA 3RPWA 4NWDA 3FVOA 3K4UA 1FTKA 1D9VA 2UYEA 2XXHA 5CMCA 1N76A 4F1UA 5JEIA 4RPNA 3S9LC 3EPEA 3IX1A 3EHUA 2NXOA 2QSXA 4OTEA 3K6VA 5H8HA 1IXIA 3IOUA 4QFKA 4PFYA 4H6DA 5H8SA 2P2AA 2DVCA 2ESNA 2O7UA 3HHGA 1EU8A 1B3LA 4H0WA 5DYHA 3S9EA 5FHOA 3MP6A 1TFDA 1LFHA 1US5A 1EZPA 3A3CA 3BFUA 5CMBA 4PFTA 1A54A 1R6ZA 1NFTA 1B7HA 3I5OA 3V8XB 3K1NA 2OLBA 4UACA 4PQJA 4EQ9A 4FECA 5I2KA 4EQ7A 1O63A 1OQHA 1IXCA 1B5IA 3MAMA 1POY1 1UTBA 5AA2D 4NF6B 2V3QA 1B05A 1GVCA 1ZIUA 4NF5A 5TU0A 5FHMA 3EN3A 4GQOA 1TWYA 3H03A 3N6UA 3O28A 2YJPA 5DVJA 2FA7A 4IGRA 4YB5A 1IUDA 1GGGA 4OEUA 3CFLA 2H25A 4YB6A 4OFLA 2DE4A 1IXGA 2VP1A 1A8FA 3PD8A 2Y84A 4GL8A 4KCCA 2F7BA 4YB7A 2Q9TA 3OO6A 2G93A 2DWJA 3QUJA 1TXFA 4XKPA 3HHFA 3KN7A 4ELOA 4IY6A 2DVZA 4ESXA 2OCUA 4F2OA 3D4CA 3H6VA 2Q88A 4GXAA 5I2NB 2X7PA 2B65A 4O3CA 2XXVA 1PBQA 1FQCA 3C34A 1Y3NA 1QULA 3FVGA 3OD7A 3RYBA 3O2AA 3FV1A 3KEIA 1H44A 2AL5A 1JW5A 4EUOA 4NMYA 1R9LA 2XXRA 3E3KA 3MVXA 1AMFA 1CE2A 4N6PA 2OWTA 1T0KA 1NNFA 2A5TA 4Q0CA 1AIVA 2XX8A 4U22A 1BTJA 3OO8A 2D5WA 4G2ZA 4KHZE 1P1QA 4IO7A 2AYSA 4XTCQ 4Q8RA 5F1QA 3ODBA 5ICTA 3M8UA 4IO2A 3IAZA 5H8QB 4Q30B 2REGA 4ZEIA 3GLBA 5I58B 1YAEA 4RA1A 2O1LA 1J1NA 1PB7A 3F11A 3Q26A 4NF4A 4QSCA 3UA8A 2V25A 3G3FA 4FORA 4WKMA 4PP0A 2P1SA 1SW5A 2DOJA 4H5FA 1GTKA 1BP5A 4IY5A 4F22A 1LAFE 4DIGA 3LR1A 5J1DA 4FIMA 5TP9A 3TAJA 3RTWB 1OIBA 5A5XA 1ZTYA 2Y7IA 1FTOA 2AIXA 2FYIA 4ISUA 2WKYA 4P0IA 2FNCA 4BLAA 4C1UA 3FXQA 2O51A 2DWAA 4XKNA 1SBPA 3CHGA 2YPNA 1N04A 1EH3A 3HN0A 2X26A 4MF3A 1B5JA 2GRVA 3DRKA 5CRYA 3RY3A 1VSOA 1DTZA 1N0TA 3OSQA 3SEVA 4ELQA 3RYAA 1B1XA 3DRJA 4GRKA 2F5XA 2VD2A 2NOOA 1B4HA 3MPLA 3OSRA 4DXCA 2P0SA 1MQDA 3UGWA 4R9FA 4MH5A 3G3GA 2O68A 4F3BA 5I56B 4U23A 3VVEA 4R73A 1MM6A 5I57A 3EQ1A 2Z8EA 1SW2A 3C4MA 3MP1A 4PFUA 4AB5A 2D21A 3WAEA 3MC2A 1B3FA 5CI5A 3TFLA 1WVJA 1XC1A 3DRGA 1Y1MA 3G3JA 1TFAA 3EF7A 2VD3A 3T66A 1BKAA 4QSDA 2H9BA 4F1YA 2I4CA 2UYFA 3TCHA 3IOWA 4ZECA 3IJXB 3VV5A 1F9BA 1ZKBA 4G8MA 3K2DA 1URDA 2G29A 3TQLA 2UVGA 1N7XA 3PMVA 5AA3A 5BWJA 2ZYOA 4OVJA 2QS3A 2XXQA 3U8QA 3PV0E 3S9NC 2B3BA 1Q35A 2PVUA 3SDFA 2F6PA 3OEMA 1RYOA 3KFMA 3TEPA 4OEVA 3MW0A 4G68B 2I0BA 3UORA 1SYIA 5AA2B 1A40A 5I84A 5KDTB 4PETA 1Q1KA 3IB0A 1QUJA 4X48A 4IO5A 2REJA 4I62A 4FAJA 2VHAA 4IO6A 3IB2A 2XHDA 3DELB 4OZ9A 1MXXA 4FE8A 3CRBA 4BDLA 4XIGQ 3IK6B 5BUUA 1MY0A 5DEXA 4KR5A 4NF8A 1LFGA 1Z7NE 3VVFA 3MPKA 1M5FA 2ZNTA 2QL3A 1H3DA 1I6QA 1MPDA 3N26A 4R2FA 1D9YA 1LSTA 5IAIA 4X1DA 4DDDA 3RN8A 1OMPA 4LZ7A 3PAMA 3B6QA 1LGBC 2A5SA 2QJEA 3MUQA 4LP2B 1MY1A 2RCBA 4JWXA 4OYVA 1FTJA 1O64A 4KI0E 2GFEA 4PE5B 4F31B 1VR5A 3KGCA 3K02A 4E0XA 3PUVE 2GH9A 3C36A 2ABHA 2ZYNA 2F36A 1QVSA 3Q27A 1MY4A 3P7IA 1QUIA 3CG3A 4XKRA 4IO4A 5TPAB 3KSXA 1MDQA 3VLWA 4F39A 4GD5A 4POWA 3D4GA 2WOPA 1R1NA 3GXAA 3VXCA 1IEJA 3PMXA 1DPEA 4NEDA 1ZJLA 3AXFA 2ZNUA 2XXYA 3FGSA 3K1MA 5M2VA 1MXZA 1DSNA 3LVUA 1B2HA 1MXVA 1MPBA 3C35A 1SW4A 4O3BA 1LBBA 4UA8A 4EQBA 5L8DA 3UIFA 3W9WA 2XX9A 3K00A 3PPPA 2RINA 2B4LA 3O6GA 3RT6B 1QKBA 3GZGA 1I6AA 4F18A 3RQTA 4ONYA 1AL3A 3H6UA 3TCGA 1M5EA 4BDNA 4X9TA 3FATA 2Y7RA 4MBPA 1II5A 4IB2A 1B58A 1OVBA 1HSJA 4F3GA 1XHYA 4AB6A 1JVYA 3IJOB 3TKDA 1NNKA 4OERA 4ZE9A 4BDMA 3TDJA 1XVXA 2DXRA 2O69A 3I3VA 3KJTA 5HM4B 4ECFA 3HO7A 3HSTA 4OFOA 3PGFA 2O1MA 4JB7A 1MG1A 1MY3A 1NKXA 2Z22A 1JEVA 3FV2A 3KOTA 3UN6A 4G77A 4OHNA 2V84A 2E1SA 3C9HA 1Y9UA 1MDP1 4DCYA 4BDQA 4KYEA 1D3KA 4THIA 2I48A 5I2NA 2M8CA 4MFIA 1NNTA 1OLAA 5H8FB 3KBRA 3O29A 1NNPA 3TZAA 1UIUA 1VFDA 3CR9A 3MBPA 3S2VA 2HXWA 3DP8A 3CFXA 5I59B 1IITA 2XD3A 4G8HA 1B7UA 1PBPA 1IXHA 5FTHA 1XVYA 2QS1A 5DVIA 3FVKA 4DXUA 1NL5A 1POTA 4ZZEA 2I58A 3CIJA 3C32A 3GBBA 3RLFE 3H4ZA 2Y7KA 3MZBA 3JYRA 2DYXA 2R6GE 3G7WA 3O6IA 4DZ1A 5I58A 5JK4A 4LUBA 3CFZA 3H6WA 3O97A 4HS7A 1IZ1A 2VGQA 1IIWA 3VE1B 3R7XA 1ELJA 4Z0IA 3G3IA 3LBSA 1ZMGA 1NH8A 1L5TA 2I3WA 3MVWA 5ICQA 3G3KA 3QIMA 4IO3A 1ZLQA 1FQFA 1LB8A 2UVJA 3QK6A 4YKIA 3QAXA 4ELPA 4KQPA 1MY2A 4C0RA 1B7ZA 3QYTA 4FATA 5ISUA 1XS5A 3PUZE 3VFJA 1QUKA 4TQUQ 2XXXA 4KPTA 2ZYMA 2F78A 1M5CA 4KYSA 3Q28A 1LAHE 4ZZAA 1JW1A 5DTBA 4F2QA 5IKBA 4QFNA 1OLCA 5EHSA 1LBCA 5ELVA 4R75A 1P1OA 3V83A 1FTLA 1P1NA 2H5YA 4KD5A 2ZYKA 1I6BA 1DMBA 3PPRA 2V3TA 3W9VA 3TUSA 4DCXA 3LSXA 4LATA 3ZS6A 1XT8A 2B3FA 3KZGA 5F7VA 3U92A 4RJZA 4NF4B 1QJMA 5I56A 5CMKA 1AOVA 4P11A 1B46A 1RKMA 4JXIA 1H43A 3TTKA 4QRZA 1B32A 4G68C 2Q2AA 4YICA 1PB9A 3CI8A 1FQAA 3T96B 3A3UA 1UTHB 2NVUB 4F19A 4LQ2A 4QSEA 1LAXA 2I49A 2PBWA 3K01A 4YKJA 3ZSFA 2F7CA 3TCFA 1MQGA 1SW1A 2LAOA 1SVXB 2KLFA 4R6YA 5ITOA 1URSA 2XXIA 1OVTA 2W7YA 2RF1A 4N13A 1UQWA 1Y1ZA 2QMWA 3N6TA 4LQ5A 4JSOA 1MH3A 4LZ5A 4YMBA 4R74A 3LSFB 5FHNA 4YMAA 1JVXA 1FQBA 3LSWA 3T9UA 1B3EA 5HPQA 4AQ4A 2ZNSA 5CMMA 3PPOA 4G68A 5JTYA 3M3KA 5KDTA 3RUMA 2HAUA 1SDXA 2QS4A 3GBAA 1YTVA 2F8DA 1EZ9A 3WAFA 2I0CA 3S9MC 5I57B 4Q5TA 4I9DA 3V5AA 1A8EA 1DTGA 1B6HA 3JZJA 5H8NB 3C31A 4QFLA 2X7QA 3FUZA 2HEUA 3TTLA 4RY1A 1P99A 3TPAA 1SD3A 3U93A 2HQ0A 2XD2A 3ONMA 3HPIA 1HSEA 4U4XA 3ZKKA 3FXUA 2PYYA 5CBRA 1P1WA 2UVIA 3O9PA 3TYHA 4N07A 2AL4A 3OEKA 2XXUA 3RGYA 4M4GA 1XOCA 2CMOA 3USDA 3PPNA 3VXBA 1I69A 4U1OA 3ECRA 2H98A 5KCJB 1MH4A 3I6VA 1Y4TA 3L6HA 3T9VA 3VVDA 4ESWA 4MLQA 4DLDA 4U4SA 5TPAA 2I6EA 3FJMA 1VE4A 1MS7A 1MPCA 2CZLA 3FVNA 4L17A 4DXBA 1EZOA 4YZZA 3U94A 1BLFA 1D4NA 1JEUA 2B4MA 2O84X 1QW0A 4X1BA 4Z7EA 1GR2A 2E0SA 1Y3PA 3TELA 3PD9A 3TTMA 4NF8B 3KN3A 1SI1A 3BKIB 3FZVA 4E0WA 3UK4A 3S4UA 1FQEA 2PT1A 1USYH 3PMWA 2OJTA 3L6GA 2F6GA 1S7YA 2GHAA 3W15C 3N94A 1BIYA 4HTGA 3H3GA 4OFJA 3K0VA 4RK2A 4BDOA 3N5LA 2WOLA 4OENA 4OMBA 4H8JA 4G4PA 3T93B 3K6UA 1SI0A 2I4BA 3CSBA 4R2BA 2DE3A 3UP9A 4IGTA 2Q8JA 3Q25A 1A7LA 4ZS9A 4JDFA 3MVZA 2XXTA 2IEEA 3SETA 5AA4B 1IQ7A 3H7MA 3SESA 3LC8A 3CSGA 3DM0A 1KWHA 4O3AA 3DRFA 4LVQA 2OK2A 2BJJX 4NF6A 4RNSA 4R9GA 1DPPA 1ZBMA 2DXYA 2RC9A 3PU5A 2ONRA 1H76A 2DE2A 2ANJA 1S50A 4ELRA 3SERA 2ZXTA 3EHTA 4GFRA 4NE4A 1ATGA 3HCQA 2HCAA 2Z23A 1TT1A 3SKPA 5H8FA 5H8HB 3T9HB 1NH7A 2R71A 1H45A 3MZ1A 2RC7A 2PX1A 4YU0A 5KZTA 3E4RA 1QKAA 4KYDA 5AE4A 3VDFA 4QFOA 1N3WA 1B0LA 5I59A 4JWYA 1MXUA 2XXPA 3SEWA 3O6HA 2DSFA 3U72A 1US4A 1B3GA 3VLVA 2WOKA 4YAHX 1N7WA 4GWOA 1JNFA 3B7DA 4GIZA 4YKKA 2RKMA 4BDRA 5I2KB 5K2XA 1MM7A 1O7TA 1JW4A 1M5DA 3MQ9A 4WEDA 3IO6A 1UTBB 1FW0A 1Z7ME 1JETA 4ZEDA 4NF5B 4ND9A 3IO4A 3MVYA 4TOZA 1R9QA 3DRIA 1AH5A 1LCTA 3BFTA 4OWDA 4LA9A 3SEXA 4HW8A 3O6PA 3DP4A 1VFEA 1Y20A 3FJGA 2O7IA 3BBRA 1A55A 3K6WA 3ILTB 3B6TA 3RTFB 5H8QA 4RXLA 4U21A 1JQFA 1HSLA 3B6WA 2XXWA 1DOTA 1URGA 4XKQA 3G3HA 3H06B 2PT2A 3KSJA 4FJPA 2Q2CA 1Y3QA 3VLUA 3RNNA 4DE8A 4EDPA 1B5HA 3ILUB 3IR1A 3K6XA 5EYFA 4OQOA 2F34A 3LUYA 4MLVA 2YLNA 4FEDA 3EHSA 3MZ9A 3KJ7A 2NWJA 1B3HA 1FTMA 3OO7A 1P1UA 1FQDA 2V93A 1M5BA 2Z8DA 1A99A 3FASA 2Q89A 4RPOA 4PFWA 4R6HA 3SEYA 5ITPA 3PUXE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MQHA 2O6AA 4P0GA 2UXAA 5L9MA 3MWBA 3DLNA 4NX1A 2A5TB 3CG1A 4H45A 3KOSA 4ZEFA 4PAKA 2DP8A 4EXKA 4EF2A 3QSLA 3NOHA 3OMBA 5I7IA 1LAGE 1Y4CA 1LLSA 4QFPA 4WEPA 2H99A 4IR8A 2ONSA 1PB8A 4C1TA 3OOAA 1UTHA 1MQJA 5FTIA 4GOTA 1LFIA 4GL0A 2OWSA 1NMUA 4MNIA 4QXDA 1NI9A 4EXLA 1RDXA 4FEBA 3MJNA 4JVDA 3M3LA 2QMXA 5L9OA 1PDAA 4M1VA 5EHMA 4TLLB 4I8CA 5DT6A 3TTRA 5CBSA 2I3VA 4HCWA 4ZEKA 4I40A 2F7AA 2HFBA 1YCJA 2IA4A 5TP9B 2Z8FA 2QRYA 3U1OA 1LCFA 4DI3D 5A5XB 4R6KA 2GHBA 1LBXA 5IZ1A 4ZE8A 1EYKA 3DRHA 4H5GA 4R72A 4GLIA 1B40A 3DP6A 4GWSA 2RCAA 1USYE 2DS9A 2Y7WA 4QHQA 3R6UA 4GVOA 1EYJA 2PFZA 5EQAA 1CB6A 2ONKE 2XX7A 2XWKA 5IM2A 5CC2A 1ANFA 3LSLA 4I1DA 2QPQA 4LZ8A 3V89B 3OENA 2R9JA 4KFQA 3T9XB 4JBZA 3JV9A 5A5LA 5DW8A 4F3SA 3TTNA 4OANA 4I3YA 2HPGA 4PBQA 4MIJA 2MKZA 4OA4A 1WDNA 2VOZA 3O66A 4F29A 4F3PA 5H8NA 4P56A 4K3FA 3FD3A 1SQYA 1WODA 4RK9A 2JJKA 2F35A 3OO9A 4MNCA 5AA1A 1UIVA 2HZLA 2HZKA 3T22A 5ET6A 5AA2A 3OELA 4JWOA 4H65A 3ROJA 3H6TA 4NWCA 1B9JA 1LB9A 4O8MA 1PC3A 2PMSA 4LN5A 4HCYA 3R26A 3A09A 4H1XA 4N17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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