The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
64
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
b'MMTKKERIAIQRSMAEEALGKLKAIRQLCGAEDSDMQEVEIWTNRIKELEDWLWGESPIA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of SO2669 protein from Shewanella onedensis Mr-1, a singleton of unknown functions.
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical protein SO2669
|
| source organism |
Shewanella oneidensis
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| total genus |
24
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
64
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | SO2669-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GBO A; 2ODM A; 2NR5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4D6T H; 2LGW A; 2DE0 X; 2A3Q A; 2BOB C; 1HNX B; 3IAY A; 3ETE A; 5KHG A; 4G2K A; 3H01 A; 2AGA A; 1B04 A; 2LFS A; 2X0L A; 4DK1 A; 3L74 H; 3ETG A; 2GDS A; 3RYI B; 1ZLZ A; 3UKM A; 3CPW U; 3VQV A; 3P32 A; 3ZN1 A; 4J10 A; 1EZV H; 2QKC A; 3QO5 A; 2FYU H; 5IJ0 A; 1XUQ A; 4GYC B; 2M7W A; 4RAI A; 3I55 V; 1GN4 A; 3S3W A; 2WLL B; 4UVB A; 1QLE C; 2Q73 A; 4J7J A; 5LGU A; 3ETD A; 3BEH A; 1G8M A; 1M4U A; 3W7W A; 2UUC O; 4YJ3 A; 3W7X A; 1R1B A; 1I94 B; 4IHJ B; 1YF2 A; 2CDY A; 3B2E E; 1JFF B; 2CTW A; 4A5U B; 5J2U B; 4LF7 B; 3AG3 B; 4FIP C; 1SQV H; 2Q6A A; 1KKD A; 1CP9 A; 3DGE A; 1VMG A; 2WLH A; 5LP6 C; 1GH6 A; 3C90 A; 2GUZ A; 3AG2 C; 1WB8 A; 3L73 H; 4X20 A; 2HLD G; 4EEQ A; 1P7B A; 2BTO A; 1VIB A; 2DWE C; 3OM3 B; 4R50 A; 4NYK A; 1KEC A; 3KKY A; 5B66 Z; 2YS8 A; 1FXK B; 4HYO A; 1BHA A; 1HDJ A; 2AHY A; 1SQQ H; 2PTM A; 1SES A; 4DR1 O; 4U3J A; 1GK9 A; 1AP6 A; 1VEW A; 2Y69 B; 1E1R G; 4LF7 O; 1FPO A; 4X89 A; 3B40 A; 2IU0 A; 1F23 A; 4DR2 O; 5L3C A; 3K79 A; 4QPK A; 4MVQ A; 1SRY A; 1US6 A; 2NN4 A; 2DYS B; 4NTX A; 4DW1 A; 2M6Y A; 5EC1 C; 5IYB O; 4FM1 A; 1P4R A; 2LQT A; 1OZ0 A; 3JAK B; 5B1B C; 1GN3 A; 1NKD A; 4O4H B; 2IBZ H; 4FLZ A; 1N34 B; 2ETN A; 4TUY A; 3SYO A; 5A2Q N; 1SA0 B; 3CRM A; 1WB7 A; 2QR4 A; 1NS1 A; 2Q0A A; 1XNQ O; 1K4D C; 4ZI7 A; 3Q4H A; 2MK3 A; 4EB6 A; 2Q8V A; 1AJP A; 3TXQ A; 4JYC A; 4B3R B; 1NTZ H; 3AG1 C; 3JAT B; 1OV9 A; 5LBQ A; 1M93 A; 4K0K O; 2D3O W; 2GSM B; 4PA9 A; 2QWQ B; 5JQG B; 1KBH A; 3EFF K; 3DXR A; 4X1K A; 1OHH G; 5JH7 A; 4LC1 A; 2K9P A; 3K08 A; 4LF9 O; 2PF4 E; 4DK0 A; 2HVJ C; 4K3A A; 1K33 A; 4B3M O; 5JVD B; 1MSW D; 5KA6 A; 4H44 B; 1OJH A; 4LNU A; 4TQF A; 4K8X A; 1V54 C; 4U7N A; 3GWK C; 2WLI B; 4LCU C; 3WB1 A; 2QWP B; 1R3L C; 2WLN A; 3UT5 A; 3A2F A; 2KG7 B; 2E75 B; 1R6K A; 1QLE B; 1IBM B; 3DC5 A; 5B1O A; 1Q43 A; 3CCV V; 3DSQ A; 3SJA C; 4DRX A; 4GX5 A; 3JAW A; 3B77 A; 4NTY A; 4F6R A; 1P7G A; 2HHH B; 1NBM G; 4PDR A; 2XAS A; 1Y76 A; 2B5U A; 4NXM O; 4MVZ A; 4B08 A; 4J7K A; 1H8E G; 5LOV A; 2EIN C; 4JI6 B; 5HFM A; 5LP6 B; 3OUF A; 2P4K A; 3AG2 B; 1H2L A; 2AZ2 A; 3RYH B; 4O4L B; 5KHK A; 2HR3 A; 2QSA A; 2BSK B; 4TV9 B; 3CRA A; 3EVK A; 3DTU B; 2BE3 A; 2EIM C; 2BOC C; 4TV8 A; 2ITD C; 1VQM V; 2VQE O; 1IBM O; 4DV6 B; 3H1H H; 2Q9L A; 1LUV A; 3ABM B; 1VF5 B; 1YEW A; 2OTL V; 2LW1 A; 2GTS A; 3IC7 A; 1I08 A; 1G4Y B; 1NVP D; 4PD4 F; 4UFZ A; 1YDX A; 1Q6H A; 1DTO A; 1K34 A; 5FNV B; 2OT5 A; 3TET A; 4DV2 O; 3OT7 A; 1YXB A; 4O4I A; 1K5Q A; 1LNQ A; 1BL8 A; 1Z5W A; 2JEU A; 4ICG A; 3CEI A; 4I0X A; 1SET A; 1GAX A; 2YI9 A; 3FYE B; 4KL1 A; 2RN9 A; 4W4L A; 3ZED A; 5IYZ A; 1MSD A; 1B06 A; 5B1B B; 2OTJ V; 2PGG A; 1HP8 A; 3K3W A; 5B5E Z; 3PN1 A; 1GM7 A; 1Z5V A; 1H2K A; 4DV4 B; 3JSN A; 2QM7 A; 1SER A; 1FAF A; 1XQ8 A; 3WB2 A; 5C8Y B; 3G4S V; 3E22 B; 1DLB A; 2B1G A; 2YID A; 2BTQ B; 2YSU B; 2AW9 A; 4UB6 Z; 5EC2 C; 3G80 A; 4JI5 B; 2LP7 A; 3SPC A; 3CE2 A; 4XBF A; 3JYC A; 1A32 A; 2R9I A; 2GHY A; 3JD1 A; 2HVK C; 3LSS A; 4Z1V A; 4RQE A; 3RFR A; 1MG1 A; 4X65 O; 2QA4 V; 4BIZ A; 5EIB D; 2ITC C; 3JAR B; 1ZX3 A; 2XTA A; 1B6Q A; 4GLX A; 1N4C A; 4U7O A; 5EBL C; 3K0G A; 2XAH A; 1GM9 A; 3H1J H; 1AR5 A; 1V54 B; 4KXR A; 4R7C A; 4IHJ A; 2WA4 A; 2CTQ A; 4JI3 B; 3LNN A; 4GX1 A; 3K06 A; 1WPX A; 1JFF A; 2DYR C; 4BIO A; 5J2U A; 3HB3 B; 1FS0 G; 3SPH A; 2P5O A; 3L75 H; 2UXD B; 4FLX A; 3J7A U; 4NVP A; 2GUZ B; 1IBL B; 1B3Q A; 3BAB A; 5DM6 V; 1AP5 A; 1BT8 A; 5LHH A; 4W4K A; 4JI5 O; 3L9D A; 1RPR A; 1W59 A; 1RPO A; 2A0L A; 3ZJZ A; 2ZCE A; 1NR7 A; 3AK2 A; 1OCC C; 1RSO B; 3E86 A; 1BMF G; 2H8P C; 3CCM V; 2EIN B; 3JCU Z; 2DOS A; 5L3E A; 1VQ6 V; 1FKA O; 1QU7 A; 1L8D A; 3CWB H; 4MTX A; 4RUF A; 4FM2 A; 2UXX A; 2EIM B; 4ZBM A; 5LL6 Y; 2UXC B; 4DUY O; 1Y74 B; 3VQX A; 2Q69 A; 4DR3 B; 3LDE A; 2YIB D; 3ZRV A; 3CCQ V; 3D36 A; 1S77 D; 4JTC B; 4PHZ A; 3SR2 C; 3D3I A; 2EJR A; 4CS2 A; 2YXY A; 1KKC A; 2VWJ A; 1UPG A; 4TQD A; 1Q81 W; 1QHT A; 1K4C C; 4GCZ A; 4B3T B; 3H1L H; 4O4H A; 1YIJ V; 3K5M A; 2ZIN A; 3CHX A; 1OCZ C; 1AJN A; 4I9W A; 5BMV A; 4LH7 A; 4ZI7 B; 3N2K A; 3Q4H B; 1R73 A; 2QM4 A; 2LGQ A; 3ZHU A; 3ZMU A; 4JI4 O; 5L3B A; 3JAT A; 2RNB A; 3L70 H; 4GKK B; 1QR8 A; 2VWK A; 2EIJ C; 1JA8 A; 1THZ A; 3DXR B; 4X1K B; 4FJC C; 1VQ5 V; 2HJD A; 1V55 B; 3K57 A; 3JAM N; 1RP3 B; 2ATK C; 3CB2 A; 4DR5 B; 2JVD A; 4FLT A; 3CCL V; 3HR0 A; 2VQF O; 3KG2 A; 2Q67 A; 3OTO O; 2AZ0 A; 1DF4 A; 1TGO A; 1S5H C; 1SQX H; 2VRZ A; 1QVF U; 2WLI A; 4LFA O; 4JAU A; 2ZR3 A; 3APO A; 3AG3 C; 4LP8 A; 3CCU V; 4R8C A; 3UT5 B; 3O9O A; 2KG7 A; 4MTF A; 2Q5Z A; 3ZHV A; 3HKB A; 3CCE V; 4YIP A; 4BAY A; 3TCU A; 2H3O A; 2NNU A; 3JAW B; 1E1Q G; 2ADP A; 1S5L Z; 4NKG B; 5KX5 B; 1NH2 B; 5K1X A; 1DF5 A; 3OFN G; 4X9Q A; 2DYR B; 4MVU A; 4LFC B; 1FD9 A; 1VQK V; 1XL6 A; 2UUB B; 4IL6 Z; 5LOV B; 3U10 A; 5H5N A; 5KHH A; 3IC9 A; 5LP6 A; 4UCO A; 4O4J B; 3RGB A; 2Y69 C; 5KMG A; 1XHZ A; 4O4L A; 1GTO A; 4IYI A; 2BSK A; 4TV9 A; 1WJZ A; 1L0N H; 4I50 A; 4PDM A; 3GVM A; 1OCC B; 3JD0 A; 5LMU O; 2ZNJ A; 1RFY A; 3M8A A; 2QDO A; 1QLN A; 4IT5 A; 1G6U A; 2ZE8 A; 3CC7 V; 4CS3 A; 4X1Y A; 3IFX A; 1F4M A; 1PL0 A; 3P3N A; 2LFR A; 1Q86 W; 1QNM A; 4EFE A; 5DEC A; 2F43 G; 3O65 A; 1SC5 B; 2UUB O; 5JCO C; 5FNV A; 4HAM A; 1EN6 A; 1UFI A; 2XOK G; 2Y0I A; 4X88 A; 1GMG A; 1M5I A; 3APQ A; 1JX9 A; 1MOF A; 1PL4 A; 2KB1 A; 3B4S A; 1P84 F; 2DQ0 A; 1HNZ O; 3D8C A; 4YIO A; 2WAM A; 1ZWI C; 3F5W C; 3SDL A; 3ASN C; 3FKS G; 4OXS A; 1AI4 A; 4MVO A; 4FMT A; 4F6E A; 1FXH A; 3OMI B; 4OX9 O; 1K8A W; 1SKV A; 3P3P A; 1ZL8 B; 4JAS A; 4J9Y B; 3ABT A; 3KCY A; 4U3F H; 2IJJ A; 3R65 A; 3ZBH A; 3W7S A; 3G71 V; 4WBN B; 2RCV A; 1TUB A; 1TAE A; 5C8Y A; 1AI5 A; 3E22 A; 1BSM A; 1PNM A; 2EIJ B; 3MAQ A; 2BTQ A; 1N0J A; 2DW4 A; 3WB0 A; 1H2G A; 1XEQ A; 2ZDI A; 5J2T A; 3OR7 C; 1IBK O; 1TVK A; 4MW3 A; 1URF A; 1WLE A; 4L87 A; 3JAR A; 4HNA A; 1I5Y A; 1AR1 B; 4DR1 B; 4G27 B; 2L35 A; 3K5N A; 5FL7 G; 1QBZ A; 4CS4 A; 5E1A C; 3SGI A; 4UUJ C; 1ENV A; 2KKW A; 1FFX B; 1NTM H; 4H13 B; 4HBN A; 1H8H G; 4DR2 B; 3RYC A; 4PA6 A; 4QE7 A; 1YTF D; 4UV9 A; 4DR4 B; 4LF5 O; 3ZMV A; 1JMK C; 2YDE A; 1J95 A; 3MDS A; 1K7D A; 2Q7G A; 4EKW A; 4PA4 A; 1RSO A; 3ABM C; 1PPJ H; 4UB8 Z; 1OCO B; 1XNQ B; 5H9C A; 5CA0 B; 1QR9 A; 3VQW A; 4GZR B; 4NXN O; 1GO3 F; 3ZHR A; 3T4D A; 3T1C A; 4X64 B; 4JYA O; 4BIU A; 1FJG O; 1Y74 A; 4CH5 A; 1CPY A; 5BY1 A; 2OWO A; 4FFB A; 2QJ1 A; 4K0K B; 2N05 A; 3GWO A; 4P30 A; 2EX3 A; 2WLK A; 3T1H O; 4DR4 O; 1VF7 A; 3ETQ A; 1I0H A; 3F5T A; 5BR8 O; 4LF9 B; 1XHX A; 3JAL B; 1Q3E A; 4JAA A; 5CMU A; 1EM1 A; 4AIL C; 4B3M B; 2E5L B; 1IUR A; 2X6A A; 2EUL A; 1O9G A; 1NH2 D; 2Y4U A; 5GTI Z; 4YJ2 A; 2XAQ A; 5BMV B; 3H1K H; 2CK3 G; 4JGS A; 5BZB A; 3N2K B; 1LR1 A; 2Z3Y A; 3QG5 A; 3AG4 C; 2CE4 A; 2IJK A; 1M56 C; 3OUS A; 1Y67 A; 5L3F A; 5LXT B; 3A0B Z; 4X64 O; 3BAA A; 3MD0 A; 5CB4 A; 1YJW V; 4TWK A; 3RBZ A; 3ASN B; 2X6B A; 2WWW A; 4H37 A; 1S76 D; 1J5E O; 1WN7 A; 4MW8 A; 1GN6 A; 4X66 B; 2RMK B; 1N36 O; 2K1E A; 2R9R B; 4JI0 B; 3I5D A; 4ASU G; 1DGS A; 3OGI B; 2UUA B; 4P2Z A; 2ZDI C; 3D3Q A; 5B1N A; 4LFB B; 3BFR A; 1KC8 W; 2E5L O; 1PNK A; 1YZB A; 4O2B A; 1Q82 W; 4WFG A; 4NXM B; 3UM7 A; 3TK1 A; 5B1A C; 4BWA A; 3RVY A; 5KA5 A; 3C3T A; 1IZ3 A; 2OIE A; 4FZ0 A; 3IGA C; 2ARH A; 1N0N A; 3ZHQ A; 1KB9 F; 1XNR O; 4LF6 O; 3F7V C; 1UJW B; 4JV5 O; 1K3E A; 2DWD C; 3QTC A; 1AVM A; 1KD1 W; 1KU9 A; 4KP4 A; 4IGG A; 2UXB O; 2VQE B; 1H2M A; 2JEX A; 3T1Y B; 3HKB B; 4YXW G; 4CZZ A; 4X66 O; 1VAR A; 4JI0 O; 3RYF B; 4JI7 O; 2UUA O; 5KX5 A; 4LFB O; 3HKC A; 4GKJ O; 3BCC H; 3H1I H; 4IYH A; 4QNH B; 4DV2 B; 4O4J A; 5KMG B; 2Z0A A; 5LA6 A; 3ZHT A; 1AR4 A; 5CN0 A; 1VQP V; 2FL4 A; 4I50 B; 3L72 H; 4Z1M G; 1S3J A; 3T1Y O; 2UU9 O; 1BZK A; 1K9M W; 3K58 A; 4PDL A; 1MA1 A; 1S0V A; 4KHP B; 4X1Y B; 5HFL A; 1R3K C; 1BQZ A; 1JR9 A; 5IY5 C; 4J80 A; 4MT8 A; 5CBH A; 2F4V O; 4YY3 B; 4X62 O; 5GTH Z; 4E4E A; 1SZT A; 5IYD O; 3CJH A; 2ZD9 A; 4PA7 A; 1XL4 A; 5L3D A; 1M9N A; 1CXZ B; 3SPJ A; 3E83 A; 2QTO A; 3STZ C; 1JJ2 U; 2QTS A; 4X65 B; 2Q68 A; 2V7Q G; 1W0K G; 1M90 W; 4KHP O; 3AG4 B; 1V55 C; 1ZL8 A; 1VP7 A; 1M56 B; 3ABU A; 4AI8 A; 3FB5 C; 1W0J G; 1VQ7 V; 2XT9 A; 1TUB B; 4YY3 O; 4RUE A; 4WBN A; 3RN4 A; 3J80 N; 4UVC A; 5JJJ B; 3ZIA G; 3WG7 C; 2EJ7 A; 4CH6 A; 3CRQ A; 2YEV B; 5J2T B; 4WF9 V; 1TVK B; 1SF9 A; 2Y4T A; 2YC0 A; 3LDC A; 4HNA B; 4R6Z A; 4K8Z A; 5B1A B; 2V1D A; 3LDD A; 3QO8 A; 1S5J A; 3CX5 F; 1PP9 H; 3CCS V; 4OPH A; 4LH6 A; 5TIS Z; 4DUY B; 3W7U A; 1KQS U; 1FFX A; 4ZIB A; 2FTK A; 3J81 N; 3RYC B; 1JQ0 A; 2XHB A; 1IDS A; 4MVR A; 1EFR G; 2F95 B; 1WAZ A; 1PM9 A; 2HKO A; 1JJO A; 2ADQ B; 2KQX A; 4QJF B; 4FZ1 A; 4UCV A; 1NJI W; 4LF8 B; 3CCJ V; 3RT3 C; 1Y4M A; 2QGN A; 5BXZ A; 3BPZ A; 1EN4 A; 2CTR A; 5CA0 A; 2N74 A; 3HKD A; 3G6B A; 1QVG U; 3IJ4 A; 4JI4 B; 3N2G B; 1HWY A; 4I4T B; 3LSU A; 4FFB B; 1L0L H; 3KCX A; 2IM9 A; 3LSQ A; 4QIW F; 2DN9 A; 3ZMS A; 4WFA V; 1IVS A; 1TUE B; 2P90 A; 3RVZ A; 2YXL A; 4DV1 B; 3OGC C; 4FLW A; 3JAL A; 1YIT V; 4LF8 O; 5IY5 B; 1YCI A; 5JCO A; 2VQF B; 5LHG A; 4YJ2 B; 1N33 O; 2Q7H A; 4PV1 B; 3OTO B; 4E2L A; 4DV3 O; 3CME V; 5IJ9 A; 4X1I A; 4MTO A; 3T2M A; 2YIC A; 4LFA B; 5CB4 B; 5LXT A; 2Y48 A; 1BHB A; 1IX9 A; 2B9Z A; 1HW7 A; 1NZ6 A; 5IWA O; 1EBO A; 3VQY A; 3HPL C; 2QM8 A; 1TA8 A; 4DV1 O; 2R9A A; 4DR6 B; 1Q90 D; 1Z2G A; 3M7M X; 2W6I G; 3SYP A; 3ZRX A; 1MNG A; 2O57 A; 4AQY O; 1FYJ A; 4O2B B; 1Y66 A; 3U11 A; 3X2Q C; 4OGQ B; 4IIJ B; 3WG7 B; 5D5Q A; 2QEX V; 1V9P A; 2A79 B; 2JRI A; 4MSW C; 3JD2 A; 3OMA B; 3BVO A; 4DUZ O; 4PEL A; 2QWN B; 4QE9 A; 2JJ2 G; 4UVA A; 5E79 Z; 3AEI A; 1KP2 A; 3SJQ C; 1MZF A; 3BY6 A; 1BE3 H; 5LMU B; 1XI1 A; 3K5L A; 1GRJ A; 1MMM A; 2WPD G; 4YHH O; 4DR6 O; 3RYF A; 4GUN A; 2L6L A; 1ZTE A; 3ZMZ A; 2OYQ A; 3HKC B; 1P49 A; 4DO2 A; 5FPR A; 1XMQ B; 4I9Q A; 3ABK C; 4XDK A; 1OCR C; 3AK3 A; 3STL C; 2PI4 A; 2E74 B; 2UXN A; 1Y6X A; 1RM1 B; 2XAG A; 1OCO C; 2QWR B; 2WLM A; 5EBM C; 1HR0 O; 3ZN0 A; 1KP3 A; 1AB3 A; 2IW5 A; 5LA6 B; 1HNZ B; 3FB6 C; 4MTG A; 4ABM A; 4CH4 A; 2PUS A; 3FB7 C; 3CMA V; 5C93 A; 1G1X B; 2XUM A; 4JI8 B; 1D5A A; 4OX9 B; 3CXC U; 3FAV B; 4ZHQ A; 3TXS A; 1XMQ O; 2ZQM A; 1JOY A; 4JI1 O; 3ABL C; 4DV7 O; 3QVN A; 5JWP A; 1YJN V; 4B3S O; 1SZX A; 1Q7Y W; 2YIA A; 5LYJ A; 5L3G A; 1KUQ A; 5FLX N; 3CJH B; 1FXV A; 1NU1 H; 5EYP B; 3CCR V; 3E35 A; 1EN5 A; 4DV0 B; 5LGN A; 1JCH A; 4FLU A; 3E8G A; 1IBK B; 4JI8 O; 3U0Z A; 4XDJ A; 2ZNI A; 4CC6 A; 3OAA G; 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