2NWDX

Structure of chemically synthesized human lysozyme at 1 angstrom resolution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Convergent chemical synthesis and high-resolution x-ray structure of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2nwdX00
1G7HC 1IY3A 2ZYCA 4XJDA 1OUDA 1OUFA 2A7FA 1QSWA 4LT0A 4ETCA 4H9IA 1OUHA 1LZRA 5KJ9A 5KKJA 2CWIA 2BPUA 5IHGA 4ZFPA 2A7DA 1JITA 4OOOA 1LZ6A 3CB7A 4OW1A 1GFKA 1T6VL 3TXEA 3B0IA 1GWDA 1WQPA 1WVVA 4YF2A 5LA5A 4W96A 1AT6A 1OQMA 5HQ1A 3ZVQB 4LYOA 1LHHA 2HU3A 4LYZA 1HMLA 1GE2A 1DI3A 3WYHA 5DLAA 2B5ZA 4R6CA 2G4QA 2HEDA 1B7RA 4CHXA 4G9SA 2CJLA 3CSQA 4O34A 4N1EI 3A6CY 2W1YA 4WOAA 3A3RX 2MEDA 2BQAA 4WLYA 3J6KA 2BQFA 5KXYA 1UIDA 5LXWA 133LA 1BB5A 1GFGA 1GAYA 1I56A 1OUIA 1VDQA 1XGQC 4KPMA 1LAAA 1NBYC 4DT3A 4ET8A 4ZEEA 2ZILA 4B4IA 2XBRA 2Z18A 1IP7A 1LSMA 6LYZA 4J1AA 1YKZX 5JENB 1GAZA 1JTTL 1WVUA 1FLQA 1LSPA 1NKHA 1ZV5L 2XJWA 1BWHA 1B5XA 4H1PA 2BQCA 3WH1A 5IELA 1GBZA 1KXYA 1LZCA 4RW2A 4ETAA 2LYOA 1LJEA 1C7PA 1J1PY 1OUEA 4OWEA 4WLXA 1A4VA 1J1OY 1QUTA 1HSWA 1LJGA 1BWJA 4U3XB 1B5ZA 1HFXA 1LHJA 3K3TA 4OWAA 1OUCA 1XFPL 1G7IC 4NSIA 3EO5A 1IWZA 3LYTA 4NHSA 5I4XA 1UIAA 1IP1A 3B6LA 3WUMA 4XENA 5F14A 1UIHA 1GFEA 3E3DA 1LSCA 4NGLA 4QDNA 5LAGA 1BB7A 1CJ9A 1OUGA 1LZNA 1V7TA 3TMWA 1LSEA 2CGIA 1IR7A 1GF0A 2Z19A 4GCFA 1LHLA 3G3AB 3TMUA 1DPXA 1IP6A 2LZ2A 1DI4A 4ETDA 1HMKA 4DC4A 1IP4A 2I6ZA 1UUZC 1LPIA 1UACY 1HEOA 3CT1A 4N5RA 1B7LA 1OUBA 1OUJA 1IWWA 3M18B 1IY4A 5DN4A 5KXLA 4XJHA 3RU5A 1YKXX 5EBHA 1J1XY 1REYA 1DI5A 1YL1X 1XEIA 5DN5A 3ATOA 5F81A 4WL7A 1C10A 1HENA 3HFMY 5HMJA 3P4ZA 4QEQA 4RDSA 3A6BY 1IWUA 1UIFA 2D4KA 1XGUC 1PS5A 4NHPA 5HNCA 1YIKA 4H9EA 1BB3A 3P68A 4GN4A 4AGAA 3WUAA 5FCPA 4H9CA 2RSCA 1B7NA 1PZYA 5APFA 2MEHA 2Q0MX 4A7DA 1UCOA 1AT5A 1LSGA 1GDXA 1GB7A 2HEFA 4WM3A 3EBAB 1IOCA 1UICA 2DQAA 4C5FA 2DKVA 1CKGA 1IOQA 1F6RA 1LMAA 1XEJA 2MEIA 4G49A 1G7MC 4WL6A 3AZ7A 3EMSA 5M1YA 1REXA 2WARA 4FDYA 4Z46A 4D9ZA 1JKBA 5LVHA 4HTNA 5T3FA 4XN6A 2Z2FA 3A34A 4WO6A 4BS7A 3M3UA 1G7JC 1N4FA 3EXDA 2EPEA 1B9OA 5A3EA 1TBYA 3WU7A 4H92A 1WQNA 3WPKA 1DQJC 1HEMA 1C08C 1JKDA 1ZMYL 2F30A 2ZNXY 2DQDY 4GCCA 2F2NA 4HJYA 2MEFA 5LYMA 5K7OA 1EQ5A 1DZBX 1EQ4A 1IOTA 2BQBA 3RT5X 1UC0A 1LJFA 3AZ4A 5HNLA 1BB4A 1NBZC 1GE0A 1B5WA 1LZSA 1GPQC 3AGIA 4PJ2C 2YBHA 4XJGA 1B7SA 2DQHY 2HECA 1RJCB 4NEBA 4H91A 3N9AA 2MEAA 1KXXA 2YSSC 5KXTA 4LYBA 1AKIA 5LVIA 4HTQA 3LYMA 1D0KA 1LSNA 1B5VA 1O23A 2HU1A 1H6MA 3B0OA 1GB8A 4KL7A 5ILCA 2YBIA 1B7OA 5C6JA 5KY1A 1IIZA 1LJ3A 1B7PA 3D9AC 1AZFA 1UBZA 2Y8PA 4H8XA 4UWNA 1VDPA 1LMQA 7LYZA 1GEVA 1FLWA 1H87A 2ZIKA 1LJJA 4I0CA 1LMPA 3LN2A 3HBHA 4OWCA 2FYDA 1TCYA 3T6UA 1LJIA 1B5YA 5FDJA 1KIQC 4LT1A 4N1CC 3TXFA 4ML7A 1UIEA 2G4NA 4RLMA 4I8SA 1LZ8A 2FBBA 3AW6A 5DL9A 4CFOA 5B06A 3BKHA 1HFZA 1LZAA 1JKCA 1QIOA 1XGTC 2IHLA 3QY4A 1GB0A 2BQJA 2YDGA 5LVJA 4B4EA 3LZ2A 1FLUA 1JUGA 1TDYA 1GBYA 1LSDA 5FELA 4BADA 4WM5A 1I1ZA 4GLVA 3N9EA 1W08A 4N0JA 4E3UA 1ZVHL 1LZ9A 3AW7A 4WLDA 2PC2A 1LSFA 1HFYA 2AUBA 2IFFY 207LA 1B2KA 2G4PA 3B0KA 1QTEA 1WQOA 1GF3A 3A91A 3T36A 5C6LA 1VEDA 1LYOA 1GE4A 4GCBA 1CKCA 5D5FA 1LCNA 4H90A 1GFRA 1YAQA 4KXIA 2EQLA 4X3BA 1HHLA 3AZ6A 4NGKA 132LA 2DQIY 3WMKA 4WM6A 1DKKA 4LYMA 2BLXA 1OP9B 4BAFA 1NF5A 1G7LC 4WM4A 5LYZA 3CSZA 1AM7A 1CJ6A 1LYYA 5KXPA 3WPJA 4J0LA 4DDAA 1IC7Y 3GXKA 4QGZA 4H8YA 3BKVA 4DD7A 4UWUA 5I54A 4LYCA 4NGOA 135LA 2HUBA 5L3HA 1JJ3A 1LZ4A 2HEEA 2BQDA 4LZTA 3W3EA 3F6ZA 2X0AA 1KIPC 1F0WA 1F6SA 1B7MA 1GB6A 4WM1A 4Z3MA 4HJVA 4GN3A 3FE0A 1YROA 1EQEA 5B59A 3J4GA 1GHLA 3KAMA 1CJ7A 2H9JA 3AYQA 1UIGA 2BQOA 1CJ8A 1LHKA 2D91A 1SQ2L 5HMVA 1NDGC 4NY5A 1QDRA 3OJPA 1IWTA 1HEPA 1LZEA 1HERA 1BVXA 1IORA 4G4HA 4H94A 1FKQA 1SLYA 4WG1A 1LZ1A 2DQCY 4CJ2A 1BGIA 1JTOL 2YVBA 2BAAA 1JTPL 2BQMA 2HTXA 1GFVA 4NSGA 193LA 2DQGY 4N8ZA 1BB6A 3D3DA 3A67Y 2EIZC 1VDTA 1LJHA 2BQGA 2BQNA 4WG7A 1XEKA 2BQEA 1NHEA 1YAPA 2GV0A 4DWXA 5APDA 4WM2A 3OK0A 1QTKA 2DQJY 1LSAA 4YEMA 5D5CA 2LHMA 1YANA 4YENA 1VDSA 3P66A 4H9HA 4NGJA 3IJUA 3RW8A 3P64A 3W6CA 5KXXA 5E9RA 1RE2A 5ILFA 1GB9A 5KXSA 1FN5A 1LJNA 1NWGA 3A8ZA 4NFVA 2YBJA 4W94A 5KXRA 1GB2A 2ZIJA 5KXMA 3WUNA 1GXXA 5FHWA 4M4OA 4NGIA 3ZVQA 4DD0A 3HBEX 1CKFA 4XADA 3FI7A 1HNLA 3LYOA 3WU8A 1VATA 4L41A 2H5ZA 3ATNA 4NSHA 5E4PA 1YL0X 2I26L 1JISA 4DD1A 3WVYA 3TXKA 4Z41A 4XJIA 1BWIA 1REZA 3G3BB 1LTMA 4WO9A 4Z98A 3WXUA 4LT3A 3LYZA 5AMYA 4PHIA 3ZEKA 3A3QA 3A93A 5A3ZA 1QQYA 1GBWA 2FYCA 4PGJB 5FEKA 4B4JA 1LHIA 2BQIA 1GFHA 4NG1A 3A90A 4MR1A 1GE3A 3A95A 1GXV2 5LAFA 4ET9A 5KXKA 4TUNA 1IO5A 1CNSA 4DD2A 1W6ZA 3LZTA 2MECA 2ZQ3A 3TMVA 1JSFA 1IP2A 1GBSA 5B07A 5LINA 4FJRA 3WULA 1IVMA 4NHTA 3W6DA 1E8LA 2F4AA 1GFAA 4ZIXA 4LT2A 1DKJA 4XYYA 1GF8A 2HEBA 3A96A 1LZDA 5LA8A 1QSAA 5KXOA 1UIBA 1WTMA 1LMNA 1C46A 1HEQA 1TAYA 4KT3A 1RI8B 1D6QA 1HEWA 3IWRA 4II8A 4B49A 2H9KA 2MEBA 1WTNA 134LA 1FLYA 1IX0A 2LYMA 2N5ZA 3P65A 4UWVA 1OUAA 1JKAA 1GDWA 1VAUA 4DD9A 4H8ZA 1LJKA 2ZNWY 4IJ4A 4GLAA 1IWXA 1B0DA 2YBLA 4NSJA 3TMXA 3TXDA 3TXJA 3CT5A 4YM8A 4TX7A 1YQVY 4WLTA 5II3A 194LA 2I25L 2MEEA 4M6DA 3CQLA 1QDTA 1D0MA 1WQRA 4YOPA 5F16A 3WL2A 5KXWA 1RCMA 4WMGA 3WXTA 1JIYA 1V7SA 5APEA 6LYTA 2D4JA 1GB3A 8LYZA 1CKDA 1YKYX 3A94A 1UA6Y 4NG8A 4TSCA 1D0LA 1GFTA 1GB5A 1T3PA 5FSTA 154LA 4OWBA 1BVKC 1GF9A 2Z2EA 1HF4A 2VB1A 2YBMA 4NHQA 1BQLY 1LKRA 4NWHA 1LZTA 4HJZA 1QUSA 2W1LA 3TXIA 3WW5A 4B0DA 4NGWA 1GD6A 1C43A 4HV2A 4LFPA 5J7CA 1FDLY 1JSEA 4NIJA 1C45A 1GF5A 5KXZA 2FBDA 4HP0A 5KKIA 1LZ5A 1IOSA 3B72A 1IEEA 1RFPA 4HPIA 4MCKA 2W1MA 4ETEA 4LFXA 1LYZA 4H9AA 4J1BA 4MSTA 3TXGA 4GCDA 1XGRC 4H9BA 2ZYPA 2BQKA 1JJ0A 4EMNA 4HSFA 2DBTA 4NHIA 1LYSA 1D9UA 1IWVA 5B05A 4XJBA 5LYTA 1NQIA 4IASA 4AXTA 1GF4A 4GCEA 4NWEA 4LGKA 1LOZA 4DD3A 3RZ4A 1JWRA 4OWHA 4PRQA 1ZVYB 1XGPC 4PRUA 4YEOA 4CFPA 2BLYA 1JPOA 1HSXA 4ETBA 4J7VA 4OOTA 1WQQA 3CT0A 1DPWA 208LA 3GXRA 4P2EA 4B1AA 2XBSA 3W6FA 1TEWA 4CGEA 1LMOA 2YBNA 3IJVA 1NDMC 1GBXA 1INUA 4G4BA 1NMMA 5IDDA 1JHLA 4HTKA 1LZYA 3QE8A 2CDSA 2HEAA 3W6BA 1GBOA 2C8PA 2Z38A 1HC0A 4PPOA 5HLLA 1GFUA 4HV1A 3W6EA 3WPLA 4BAPA 1GF6A 5LVGA 1D6PA 1LMTA 1KIRC 4IATA 5LVKA 2Z12A 2DQFC 1Z55A 4QY9A 1XSFA 1MELL 2DQEY 3SP3A 4H9FA 5LIOA 1BHZA 4GN5C 3QNGA 3CSRA 2MEGA 4LYTA 3TXHA 4ANRA 4RLNA 5APCA 1FBIX 1IC5Y 4RW1A 2F4GA 5B1FA 4DYGA 1WQMA 1LMCA 2BQLA 1JEFA 4NGYA 5C6IA 2EKSC 4XJFA 9LYZA 1LJ4A 3VWOA 2D4IA 5I53A 1YAOA 3HBDA 5I5QA 3WVXA 1IP5A 1IP3A 1HELA 3WU9A 3AGGG 5F9UA 1VFBC 1GE1A 1LKSA 2C8OA 1IC4Y 2ZWBA 4NGZA 3W6AA 4DDCA 5DM9A 1ALCA 1GFJA 3AB6A 4NGVA 1YILA 5F9XA 1IWYA 1B5UA 1KXWA 3A92A 5I4YA 4H93A 153LA 1JJ1A 1CKHA 2W1XA 1YAMA 1P2CC 2LZTA 1MLCE 1IR9A 4G4CA 4TSBA 5I4WA 2ZQ4A 4C3WA 5B1GA 4TTDA 3WW6A 3MGWA 2BQHA 4EOFA 1DXJA 3N9CA 3RNXA 1LSYA 3AGHA 5KXNA 1F10A 1LZGA 1IR8A 1GF7A 2Z39A 2XTHA 3TXBA 2Z37A 1FKVA 4HPEA 1REMA 2D6BA 4R0FA 3AZ5A 1LHMA 3LHMA 1EL1A 2LYZA 1GEZA 1LZBA 4TWSA 5L3IA 3ULRA 2NWDX 1I20A 4DDBA 1LSBA 1LSZA 5L9JA 3AJNA 1B7QA 4N9RA 1A2YC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZYCA 172LA 1OUFA 2RBSA 4ARMA 5KKJA 2A7DA 1GFKA 1L41A 1AT6A 5HQ1A 3ZVQB 4LYOA 4I7PA 5DLAA 2G4QA 1B7RA 4G9SA 3UONA 2BQAA 1P46A 3DN8A 1UIDA 1OUIA 1VDQA 1LAAA 4GRVA 2XBRA 2Z18A 1LSMA 6LYZA 1GAZA 247LA 1FLQA 2XJWA 180LA 1C7PA 1OUEA 159LA 176LA 2B74A 1C6MA 4U3XB 2B70A 1LHJA 3K3TA 3OE9A 1IWZA 1L15A 3C8SA 3LYTA 1UIAA 3B6LA 5F14A 1C69A 4NGLA 5LAGA 1L51A 1L05A 162LA 1LHLA 1EPYA 1IP6A 2RAYX 1HMKA 1G07A 2I6ZA 1LPIA 1L29A 1B7LA 1IWWA 3M18B 5DN4A 1L11A 1YL1X 1XEIA 3ATOA 4WL7A 1C10A 3HFMY 1DYEA 4RDSA 128LA 3DKEX 1BB3A 3WUAA 3PDSA 4H9CA 1CVKA 1PZYA 5APFA 1UCOA 1GDXA 2HEFA 1DYCA 3HTBA 1SX2A 2DKVA 1CKGA 1C66A 197LA 3AZ7A 3EMSA 4Z46A 5LVHA 4HTNA 3A34A 1B9OA 3SBBC 4EPFA 1SSWA 1T97A 1ZMYL 2ZNXY 4HJYA 4W53A 2DQDY 2F2NA 1C6QA 1L88A 110LA 1IOTA 2BQBA 1OV5A 1UC0A 169LA 1NBZC 217LA 2YBHA 4XJGA 4I7QA 4NEBA 4H91A 223LA 148LE 4EKQA 1AKIA 218LA 3C80A 1O23A 1H6MA 4KL7A 5KY1A 1B7PA 1AZFA 147LA 4I0CA 3FA0A 2FYDA 4ML7A 4CFOA 1JKCA 2YDGA 4B4EA 1JUGA 1W08A 4E3UA 174LA 1LWGA 3AW7A 1HFYA 189LA 207LA 1B2KA 2G4PA 1QTEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7H C;  1IY3 A;  2ZYC A;  4XJD A;  1OUD A;  1OUF A;  2A7F A;  1QSW A;  4LT0 A;  4ETC A;  4H9I A;  1OUH A;  1LZR A;  5KJ9 A;  5KKJ A;  2CWI A;  2BPU A;  5IHG A;  4ZFP A;  2A7D A;  1JIT A;  4OOO A;  1LZ6 A;  3CB7 A;  4OW1 A;  1GFK A;  1T6V L;  3TXE A;  3B0I A;  1GWD A;  1WQP A;  1WVV A;  4YF2 A;  5LA5 A;  4W96 A;  1AT6 A;  1OQM A;  5HQ1 A;  3ZVQ B;  4LYO A;  1LHH A;  2HU3 A;  4LYZ A;  1HML A;  1GE2 A;  1DI3 A;  3WYH A;  5DLA A;  2B5Z A;  4R6C A;  2G4Q A;  2HED A;  1B7R A;  4CHX A;  4G9S A;  2CJL A;  3CSQ A;  4O34 A;  4N1E I;  3A6C Y;  2W1Y A;  4WOA A;  3A3R X;  2MED A;  2BQA A;  4WLY A;  3J6K A;  2BQF A;  5KXY A;  1UID A;  5LXW A;  133L A;  1BB5 A;  1GFG A;  1GAY A;  1I56 A;  1OUI A;  1VDQ A;  1XGQ C;  4KPM A;  1LAA A;  1NBY C;  4DT3 A;  4ET8 A;  4ZEE A;  2ZIL A;  4B4I A;  2XBR A;  2Z18 A;  1IP7 A;  1LSM A;  6LYZ A;  4J1A A;  1YKZ X;  5JEN B;  1GAZ A;  1JTT L;  1WVU A;  1FLQ A;  1LSP A;  1NKH A;  1ZV5 L;  2XJW A;  1BWH A;  1B5X A;  4H1P A;  2BQC A;  3WH1 A;  5IEL A;  1GBZ A;  1KXY A;  1LZC A; 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 1GBO A;  2C8P A;  2Z38 A;  1HC0 A;  4PPO A;  5HLL A;  1GFU A;  4HV1 A;  3W6E A;  3WPL A;  4BAP A;  1GF6 A;  5LVG A;  1D6P A;  1LMT A;  1KIR C;  4IAT A;  5LVK A;  2Z12 A;  2DQF C;  1Z55 A;  4QY9 A;  1XSF A;  1MEL L;  2DQE Y;  3SP3 A;  4H9F A;  5LIO A;  1BHZ A;  4GN5 C;  3QNG A;  3CSR A;  2MEG A;  4LYT A;  3TXH A;  4ANR A;  4RLN A;  5APC A;  1FBI X;  1IC5 Y;  4RW1 A;  2F4G A;  5B1F A;  4DYG A;  1WQM A;  1LMC A;  2BQL A;  1JEF A;  4NGY A;  5C6I A;  2EKS C;  4XJF A;  9LYZ A;  1LJ4 A;  3VWO A;  2D4I A;  5I53 A;  1YAO A;  3HBD A;  5I5Q A;  3WVX A;  1IP5 A;  1IP3 A;  1HEL A;  3WU9 A;  3AGG G;  5F9U A;  1VFB C;  1GE1 A;  1LKS A;  2C8O A;  1IC4 Y;  2ZWB A;  4NGZ A;  3W6A A;  4DDC A;  5DM9 A;  1ALC A;  1GFJ A;  3AB6 A;  4NGV A;  1YIL A;  5F9X A;  1IWY A;  1B5U A;  1KXW A;  3A92 A;  5I4Y A;  4H93 A;  153L A;  1JJ1 A;  1CKH A;  2W1X A;  1YAM A;  1P2C C;  2LZT A;  1MLC E;  1IR9 A;  4G4C A;  4TSB A;  5I4W A;  2ZQ4 A;  4C3W A;  5B1G A;  4TTD A;  3WW6 A;  3MGW A;  2BQH A;  4EOF A;  1DXJ A;  3N9C A;  3RNX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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