2NXGA

Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase.
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDAPTALPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 93
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2006-11-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nxgA00
4JDYA 1O60A 5D2TA 3VE9A 2XN0A 3B0PA 2RDTA 3WJSA 1HTIA 1M5WA 4JIPA 1GYNA 4ICNA 4GUHA 1WQ5A 3LV6A 3FYOA 1EX5A 1IF2A 4YLWA 3W75A 3UXDA 4EIVA 2CZDA 3Q94A 1K3UA 1ME9A 1XKYA 2O7QA 1AG1O 1TPEA 4O1CA 2VFDA 4MY8A 3NQEA 2EAWA 3P61A 3PVFA 1JUEA 2B0MA 1TQJA 4A29A 1G4EA 3M7WA 3WK3A 5BRBA 5KZEA 3MP4A 4RCXA 3THAA 4S1FA 5I3FA 3VNDA 2ZZ5A 2DJLA 3NPWA 1S5WA 2ISWA 5KMYA 3C2FA 3NVTA 2ZA1A 1MO0A 1VYSX 4NX5A 1YPFA 2JGYA 5IBXA 2CLEA 3W7EA 4UFHA 3TUUA 1N55A 2EGZA 4O1AA 3BV4A 1OYAA 2E5BA 2UV8G 1VGAA 1KM1A 3MO7A 3NGJA 1ME8A 3IV3A 2W6RA 2KZHA 1YYAA 4BI5A 1VQTA 3KFTA 1FWTA 1SZGA 3MYPA 1JCYA 3PC0A 3LI0A 4S2CA 4RK8A 1R30A 3LHTA 4UTLA 5LNRA 2Y85A 1S3HA 3FEMA 3CU2A 3EX1A 3HGRA 5CZTA 2YR1A 2BLEA 3IIPA 4U4MA 3RK8A 4XKYB 3DENA 4AF0A 4QNEA 3L67A 4ADSA 4UUIA 5BMXA 1P0NA 3BK0A 3BLEA 4Z0JA 3PSVA 1MXSA 3B4UA 3M9YA 3GDLA 2ZTJA 4A3UA 2JBMA 2QKFA 5AYZA 3KHJA 2IQTA 5IBXC 3E02A 3PBYA 3Q37A 1J4EA 2NWRA 3ABOA 2VFHA 1QOPA 1KTBA 4BI6A 4UTHA 3TDFA 1YADA 4RZ4A 1YDOA 3NQDA 2NUXA 3S1VA 1K7EA 1FWWA 4KFOA 1DBTA 3TR2A 3UNDA 4JN6A 3W2KA 2ZA3A 2RH9A 1JRBA 1Z44A 2J6XA 2EKCA 2A6NA 3GDKA 3W2LA 4LV4A 1KV8A 3W73A 2VXNA 4LW7A 2C16A 3TC6A 1W56A 2WQPA 6ALDA 5J5DA 1AW2A 5CSRA 3RFAA 4N4PA 1OFRA 3CWOX 1JQXA 4RJEA 3LXAA 1UCWA 2QJIA 3O15A 4PL1A 5D2XA 2Y70A 1JCJA 4AEOA 1Q6RA 4YCPA 2GOUA 5AOUA 2GPTA 4LRSA 4JEQA 3L0GA 3E9AA 4IGHA 1TSIA 2Y7FA 1G6CA 4N9CA 3M5ZA 3QSRA 3RMJA 2YPIA 5D09A 1B9BA 3KVLA 4GUFA 4ALDA 4IMEA 2WPBA 3WJZA 3QRHA 2HSAA 3I65A 5HR6A 1TPDA 1UASA 3HF3A 5G2WA 1O95A 4Z08A 3GR7A 1AW1A 1SW3A 3HBLA 2I1OA 1G4PA 3LB0A 1VYPX 5G4WA 2E77A 1OVDA 4O53A 3R8RA 3W1LA 3NA8A 3GDMA 1I2PA 5G1YA 1OF6A 1ICQA 2DZTA 4K7YA 1EUAA 1P4CA 1JUBA 5D2VA 3NR0A 3IIZA 4M6VA 3W76A 5HMSA 2ABBA 3CQ0A 4NJHA 4WXYA 1WXJA 3M43A 1OK6A 2NXIA 2NV2A 2OCZA 3IIOA 3TFXA 1FBAA 4CCEA 3T7VA 2ATSA 5FESA 5D38A 1UUOA 3IVTA 2TPSA 4LS1A 2QDGA 1UJPA 3DGRA 3L0NA 1LRTA 2Y61A 4DPPA 3N19B 4QITA 4ADUA 1O94A 3TJXA 4HT3A 3SGZA 1W5PA 3HMJG 3QW4B 3LTYA 3GLCA 3GNNA 5HWJA 1F6PA 4UFLA 4XTIA 3A23A 4IPJA 1TTQA 3NG3A 3MUXA 2ZFAA 1F73A 2PURA 3EWBX 2QCMA 4BFAA 4R34A 5SWUA 4O13A 1K03A 1SZFA 2DU2A 3CIWA 5DY2A 1IIGA 5FF0A 5L9FA 1OX6A 2ZYFA 2NWSA 1V7YA 5AYXA 3R5EA 1WBHA 1XBYA 2E68A 1JJKA 2CU0A 1GYLA 1ALDA 3O6CA 3EX4A 4MLJA 3MBDA 3TAKA 4C1KA 3G1AA 5AB3A 4QNWA 3FLUA 1O5XA 3P74A 5MHBA 4BF9A 3G1XA 4O1DA 3LCXA 1TCDA 1ZAJA 1BKSA 3D0CA 4MFDA 3TW7A 2FIQA 5T26A 1HUVA 3INPA 3S9YA 1X1OA 4N6EA 3TQKA 3CM4A 4JYFA 5DCBA 4X2RA 2Y6ZA 5AC6A 1LOQA 4NXKA 3TXZA 3DZ1A 3EXRA 3UD6A 1T0OA 3GXPA 2XN1A 1ICPA 4N6FA 2GQ9A 1R2SA 4WOZA 1GZGA 4OGZA 1H7XA 2Z2UA 1W54A 1LTDA 4HHPA 1TPC1 3QFEA 3N73A 4CLMA 1GVOA 3QM3A 2QCEA 2X1UA 5BMWA 3UQNA 1A53A 1TJRA 2VELA 2OMAA 3EX6A 1A5BA 4MYAA 2FLIA 2J88A 1NF0A 4H4IA 3C6CA 4JIQA 3TW6A 2CWNA 5FF4A 3VCRA 5EKYA 1H51A 3R2GA 2YGYA 1XC4A 2ZZ1A 3M41A 3LRKA 3USBA 2A5HA 4DO6A 3LX9A 3PUEA 3EX2A 3BGJA 4P61A 1VLIA 2ZZ4A 3NQGA 3BGGA 1OFAA 4LC8A 4IOTA 1FDZA 4O17A 3SW6A 2ATMA 2BX7A 2ZZ6A 3PY2A 3S5OA 3C56A 1JVNA 4QISA 1FCVA 1F5ZA 2R94A 4Z0SA 4QIUA 2G5WA 2WO5A 1QFEA 3O1NA 4UTUA 4UTKA 3UWQA 4EF9A 1CX9A 1WV2A 1K8ZA 4UTJA 5I3GA 2I14A 1W3IA 5DCDA 1B4KA 2AGKA 3MJYA 1YTEA 1OFBA 4GC4A 3NQMA 3SECA 4JTUA 4R7JA 5CG7A 2A21A 4Z1DA 4NNCA 3A9IA 3TCEA 3W7QA 3W1UA 3G8RA 5G2HA 1P0KA 1I4NA 1DQXA 4I9AA 5F2GA 4O57A 5K9XA 5HNRA 4E38A 4UIOA 3LLDA 5EL1A 4ZQCA 3A21A 5FF2A 4LWWA 3P8JA 4IUOA 3DXIA 4PA8A 3CEUA 4ADTA 1GVSA 3BARA 1QPRA 2V9DA 1XM3A 3NQ6A 3QPZA 2C19A 4O0KA 1EEPA 5D05A 1HL2A 3QMSA 4GUJA 5EYWA 1GEQA 2E6FA 3GKAA 5DELA 4K36A 3P81A 4FX6M 3OBKA 3ZWTA 1WDWA 4HN4A 4POCA 4JYEA 1TRIA 4C1LA 3EKZA 3QW3A 1A50A 3CB8A 3IGUA 4FEZA 1VHNA 2H8ZA 3B06A 4LS0A 4JTGA 1M7PA 5HUOA 3OA3A 2DP3A 1VHCA 5LHFA 2CLKA 5AHNA 1TV8A 1SW0A 3FYPA 4E2DA 1W3NA 1FWRA 2P10A 5CZJA 3LCLA 4UTWA 2AAMA 5C55A 3OVQA 1LM1A 1KM2A 2O7SA 1W31A 1R2TA 5DCEA 2Y89A 3W7HA 1SO4A 3CHVA 2F7FA 4UNKA 4IXHA 4JTJA 3FOKA 4Z1AA 3E12A 1WAUA 4BWLC 5F4XA 5KTLA 3HQ1A 5LZLA 4ZQPA 1A5AA 3NM3A 3O6YX 1B3OA 2GVJA 1QOQA 1LDCA 3LHUA 1SSDA 2ZRUA 3U8GA 2GQAA 4WX2A 1F6KA 3H54A 3EWWA 1GVQA 1FXQA 4MJZA 1OF8A 3GR8A 4QSHA 3W1PA 1EP1A 4HKPA 4LVGA 3MWAA 1PHQA 3W9ZA 1ZHAA 1WBJA 4AMAA 2OT0A 4FIRA 2B4GA 3CC1A 4QAIA 1I2OA 2Y7EA 5FI8A 2FPVA 4WOQA 3UWWA 4UTWC 3AJXA 4O4WA 1LP6A 3NQ8A 2Y7GA 3BPWA 3KVKA 3W22A 1G69A 2TYSA 5E93A 1W5MA 3PB2A 3NDOA 1V5XA 4UMAA 2OJPA 3O05A 3NQ2A 2WSRA 3ABRA 4KWWA 4RZ5A 5LNUA 3IIVA 4X9SA 3EWXA 3S0CA 1GTHA 3NNTA 2QJHA 2E5CA 4IXXA 1TV5A 2WJZA 3W2UA 3YPIA 1VPXA 2QUTA 5AHMA 3TNOA 1FUYA 5D37A 5FEXA 5LNWA 1H60A 4M19A 4NJJA 1Q6QA 3T44A 4QJ1A 2CW6A 4JNMA 5HWNA 1QPOA 5HINA 4X22A 1UB3A 3W7MA 1FY6A 1I2RA 4RLIA 3STGA 3U6WA 3GXNA 1LBMA 4LY8A 5CPMA 3W1QA 2QF7A 4GUGA 2NLIA 1OFQA 4DO4A 1FCBA 1VCGA 3NPXA 2CLHA 1NVMA 1S5TA 4O4VA 4OE7A 1B57A 1Q6OA 1SO5A 3EXTA 4JS3A 2YW3A 1HO4A 4JX4A 1AMKA 3N3MA 1OYCA 1XBZA 3PG8A 2ISVA 2QCGA 3OVRA 2DZPA 1T8XA 3TA6A 1RV8A 1H7PA 1JCXA 3TROA 1TIMA 3GYEA 4KFNA 1KBJA 2NX3A 4MYXA 4TU1A 5CPNA 4OV9A 3RU6A 3CWNA 5F2LA 1H50A 1UUMA 1OHLA 1W3TA 4O11A 1ZAHA 2V30A 2WNZA 2RHGA 3V75A 4UR8A 1G67A 3P82A 1L2UA 4LC6A 1KM6A 3W6YA 2H3DA 2NXHA 2VEKA 1XUZA 3N2MA 1KFEA 5EY5A 4A22A 1EUNA 1X6UA 3EWZA 3UPWA 1OX4A 3N34A 4H3DA 1LRNA 3O63A 3EEGA 3MI2A 4R33A 3G24A 1VC4A 2C3ZA 3W7RA 4N9DA 3NQFA 4MZ1A 1H63A 3SIZA 3NOEA 4FXSA 5KINA 3DU0A 1XCFA 4FB7A 4PL2A 4K6AA 1QAPA 1TRDA 2Z6JA 1KFBA 4H6KA 1W5QA 3GAYA 2QUVA 1TO3A 4RZ6A 2GUUA 3HJZA 3KAOA 4NT0A 1QNVA 2GJNA 4TIMA 1PCWA 4AWUA 4WJEA 2E09A 1IXOA 4FO4A 1DV7A 4MUZA 5EA9A 4CCCA 1SUXA 3GDTA 2QCHA 1KFCA 4P2VA 4MKNA 4I7WA 1EB3A 5KITA 3T55A 3LXCA 1ML1A 1JRCA 2BTMA 1RPXA 4NQ1A 4DF2A 2DZXA 3F1QA 4UCGA 3DI1A 2JKAA 3F4WA 3W2NA 2I9EA 4IJBA 3P62A 1TPVA 3IVUA 4ZQNA 3KRZA 1X8FA 5DBUA 1YXCA 3B8DA 3P67A 3E96A 3MP5A 3QEZA 3S1XA 5D2WA 3T40A 4LUJA 3M5YA 1OX5A 5D32A 3HGJA 3S1UA 4FNUA 2YSWA 1L9WA 1KM3A 3FKRA 1M6JA 1VYRA 2ZRVA 4UMCA 4N9BA 1QMLA 4YWIA 4HNVA 1NAL1 2TRSA 3OIXA 1SQ7A 2YFOA 4MY9A 2VKZG 3IGSA 2ABAA 2C14A 2VEMA 5FEPA 4DELA 4E0CA 3UYCA 4CNPA 3W86A 4LVAA 4O1BA 5K4XA 3W83A 3WK1A 1TQXA 3SI9A 5C2XA 4WXZA 2W0UA 3OG3A 1R47A 4TO8A 4LS2A 1SU5A 4O54A 4HIBA 4AHPA 3B03A 3WFAA 4PFMA 1VLWA 3R13A 3HG4A 1AL8A 4XUGA 1ZJIA 2QR6A 1H7OA 2DZWA 7TIMA 6TIMA 4J9JA 3SGUA 1FWNA 2FB3A 4K7VA 8TIMA 3STCA 2X1RA 3DH7A 3GIYA 5C54A 2HTMA 3QQ0A 5AYYA 3N9RA 5CPOA 2V2DA 3RLVA 4TMBA 1Z42A 3THQA 3S1WA 2Z1BA 5K9CA 3TU9A 5K2ZA 4UNLA 2PRMA 1LOLA 1JULA 1JCLA 4HNNA 4N4QA 1OK4A 4CNOA 2V5BA 3TQVA 1LORA 2ALDA 3HB9A 4EF8A 5H91A 3BO9A 3JR2A 3TC7A 1XDMA 2ZTKA 2VFGA 4Y96A 3M1ZA 1EWDA 3MW7A 3W07A 4LOCA 1GG1A 3B0UX 4ZQRA 1UBSA 4L4MA 2VENA 1VS1A 2V2HA 5F1VA 2NXGA 3TKFA 2V2CA 1YXYA 1L6YA 1PIIA 3CTLA 1H7NA 1XFBA 3JRKA 3W1XA 4JTIA 5I3HA 3K30A 1RQEA 3S5NA 2ZRZA 5LHEA 4PH6A 1ZCOA 2H3BA 3C2OA 2CZFA 2E6YA 1YTDA 3R12A 4Q32A 5EBUA 5HR7A 2DJXA 1XDLA 1QPNA 2ZZ3A 4HPXA 2VFFA 2ISSA 3EWYA 1F7BA 4WY0A 2FDSA 2A4AA 3E49A 1TMHA 4Q4KA 2YCEA 4BI7A 2FFCA 3NPVA 2CLMA 1OFEA 1RR2A 3PG9A 1HFBA 5FF3A 3DHFA 1OABA 3TMLA 1S5VA 4CQ8A 3BW3A 3L68A 2J9XA 2AQWA 4MY1A 3KXQA 3EWUA 3DFTA 3L2IA 3NO5A 4HPJA 3I7RA 4RR4A 2YFNA 2YXGA 1GVFA 3UY8A 2VEPA 1WYIA 1ZALA 3L0KA 4JTSA 4GUIA 1FCQA 3P84A 1RVGA 3FA5A 2JK2A 5TQLA 3P7YA 1JCNA 1H5YA 2GVLA 3C8FA 4PODA 4GJ1A 2V8ZA 1OX4B 4JD4A 3MHUA 3LM7A 3PBVA 5F1UA 3W7KA 3GB6A 3PF3A 1XL9A 2BWGA 3LXBA 3VI2A 2ZZ2A 4M7SA 4M5PA 2FPYA 4GE8A 2X2GA 3H53A 3UPBA 1IIHA 4FIQA 3QYQA 1PE1A 4JGDA 3UZ5A 1GWJA 2J27A 4AHQA 1GPWA 4Z1CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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