2NXLA

Structure of hiv-1 protease d25n complexed with the rt-rh analogue peptide gly-ala-glu-val-phe*tyr-val-asp-gly-ala
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nxlA00
2I4XA 1HTFA 5P07A 5APRE 4U7QA 3FKTA 2WL0A 4FM6A 5OZ8A 3KM4A 3OGQA 1XL2A 5P2VA 3PEPA 3T7XA 2HB3A 5P1EA 5P76A 4YD5A 5I3VA 3IXJA 3PWRA 3TPRA 2G1RA 5OZ5A 5P0NA 5P0AA 5P8IA 1EPME 4GJ7A 3K5DA 1YTJA 3LITA 5P0VA 4Y4ZA 4Q5MA 5P4OA 5DR4A 5P13A 1HEGE 3VLAA 2R38A 4WY6A 5P4FA 2HS1A 2IGXA 5P73A 3ZLQA 5OZCA 5KAOA 5JFUA 2NTRA 5P80A 4Y3QA 3ZPUA 3SM2A 3IGBA 1GVWA 4JOOA 5P0FA 1N49A 1MTRA 2ZJJA 2ZDZA 1W51A 4TVHA 4H3JA 5P1DA 1EBZA 4F73A 2PSGA 3K5GA 2QCIA 3O9FA 4JP9A 1G6LA 3VV8A 1HVCA 1EBYA 1FEJC 4CPUA 1FFIC 3PWMA 4PYVA 3UTLA 5P04A 3K5CA 5P4JA 5P6RA 3QAAA 5P89A 4B77A 3FV3A 2FMBA 1A8GA 5P4YA 3KDDA 5P6DA 4CP7A 3PSUA 3INDA 5P26A 5P43A 3L58A 5P7UA 1AIDA 1G2KA 5HE4A 5P38A 5P3PA 4RCDA 1W5WA 3D91A 4Y36A 5P28A 5P5OA 3VF7A 4Y5PA 4Q1YA 3QPJA 3SA4A 3HVPA 5OZ3A 2OHSA 1HVLA 3UQPA 1ENTE 5OZNA 3TLHA 4APEA 4ER2E 3TOFA 1AZ5A 3L38A 5P57A 3NU3A 3PI0A 7UPJA 5DR3A 3PM4A 5P6UA 4GMIA 4FM7A 4J1IA 3UQWA 5C9DA 4TRZA 2FIVA 5P5GA 3UQUA 1SP5A 4APRE 5P7RA 5P2DA 5P0OA 3KYRA 3S2OA 2O4SA 4LC7A 4TVGA 3HDKA 3QROA 4I0GA 3VLBA 5P1AA 4Y3XA 2QNNA 2G1OA 3PB5A 2ZHSA 3BXSA 4OC6A 1NPWA 2H6SA 3URIA 4EJLA 5P1SA 5P0CA 1HSGA 5EZXA 2IQGA 3SAAA 4YA8A 3QP0A 4I0DA 3EKXA 1AAQA 5P7VA 3EKYA 3UDMA 4DJRA 3L5FA 5P0GA 3Q3TA 4I0EA 3S7LA 3OY4A 4Y3WA 5OZZA 4RROA 3BUGA 1Z1HA 5P72A 4ZPFA 1SMRA 2WJOA 3H0BA 5P4WA 5P3BA 1XS7D 3L5DA 5P53A 4LHHA 5P2BA 1NSOA 3SQFA 4Y4EA 4PZWA 4K4QA 2J9KA 1TSUA 1EPOE 4DV9A 4JECA 4RZ1A 4AA9A 4Y5EA 2IKUA 1E82E 3SO9A 4EXHA 5OZFA 3S54A 5P0XA 3BUFA 4Y57A 3TL9A 3EBZA 4OD9B 5P51A 4OBFA 2VJ9A 5P52A 2MIPA 5P58A 3TPJA 3SA5A 4MC2A 1SGUA 1BDRA 5P8GA 3A2OA 4QJAA 5P39A 4YBIA 4NKKA 1MT9A 1ZBGA 3D1XA 5P08A 5P2XA 3GI6A 1RNEA 2PQZA 2R3WA 1BBSA 4D88A 3HLOA 3B7VA 1Z1RA 3VV6A 4F76A 3FNTA 4LBTA 2F8GA 4RRNA 1HVRA 5OZ1A 3HW1A 1KJHA 4Y37A 4KB9A 5P1HA 5HCTA 4L6BA 2NMYA 5P3HA 3KFSA 5P2RA 2IKOA 5P3VA 3VYDA 5OZ9A 4Q1NA 5P5JA 3OUBA 1BVEA 4PEPA 1PROA 3LNKA 4HLAA 4FRSA 2O4PA 1EAGA 1HVJA 4R8YA 5P7TA 1C70A 2FDPA 3ER3E 2O4NA 5DPZA 2Q3KA 1BV9A 2IDWA 3ZKSA 2V11C 2HIZA 1HVHA 4AA8A 5OZDA 1UH9A 5P61A 4ZE6A 3O9GA 5IE1A 5P6OA 5HD0A 2QD6A 4Y3EA 5P56A 1ZSRA 1DPJA 5IVQA 1FQ7A 5P4CA 4RYCA 3UFNA 5P74A 3PSYA 5P4XA 1IZIA 4F74A 3FSMA 4ZIPA 4Z50A 4EP2A 2VIEA 5P4RA 2QI1A 4Y4BA 5P25A 3BRAA 3I8WA 5P00A 2PK5A 5P6TA 2P3DA 2HPEA 2NXMA 3CKTA 1W5YA 2OHRA 5P7YA 2BKTA 2OHNA 2QI7A 2AOCA 4YD3A 1EBKC 3BGCA 2B7ZA 2FDEA 2G1YA 1PFZA 1KJ7A 2QD7A 3PCWA 4HZTA 5P3KA 4J1KA 5P6PA 5T4SA 5P4UA 5P5ZA 5P40A 2WEBA 4DQBA 7HVPA 2G24A 1B6PA 2AOFA 4J0VA 5OZGA 2PH6A 5P1WA 2ZJMA 5P2SA 1OD1A 5P1MA 3TPLA 4OC6B 2J9JA 1HHPA 3ZKMA 4PHVA 4IVSA 3QN8A 5P0WA 3QVCA 2O4KA 3WZ6A 3QRMA 5P3TA 4Y3LA 4XX4A 5P6QA 1GVTA 5P7ZA 3SLZA 2XYEA 1BVGA 5P0JA 1NPVA 5DR8A 4Y4UA 5OYTA 3INFA 4Y51A 2RENA 4EHCA 5P55A 4LP9A 2R8NA 5P18A 4R95A 1J71A 5P4PA 1HIVA 5OYWA 1D4KA 1FKNA 3FIVA 4Y9WA 5P7NA 5P1KA 2QI6A 1ZAPA 3TNEA 5P3MA 1W5VA 4DJXA 3UQRA 3I25A 2ZHVA 1LV1A 3AUPA 1D4LA 3UCBA 2V10C 5P7FA 2QMDA 5P3UA 6FIVA 3UDNA 3S8IA 5C9FA 2AZ9A 5P3FA 3DUYA 4Y5KA 4QGIA 3BHEA 1EC0A 1W5XA 5P50A 4LAPA 5I3YA 5P2OA 2I4WA 2V13A 5P16A 4D89A 4GJDA 2R5QA 3PWWA 3HBOA 3EM3A 1ZSFA 3CIDA 2OHMA 4Q1WA 4FRIA 4Y5CA 3EL5A 1T7IA 5OYQA 3QS1A 4Y4TA 3EM6A 5HE5A 5P1OA 1YM2A 5HE7A 5P2MA 3PCZA 5KQFA 4FCOA 1ZLFA 1HVSA 4I12A 1PSOE 3LPIA 4YHQA 2AVMA 1MRXA 5P31A 4A6CA 4A4QA 5P79A 5P0EA 3TPPA 2OHQA 5DR7A 1ZP8A 4CPSA 2BPVA 1IZHA 4NPTA 4DI2A 2QMGA 5HDXA 5KR1A 4DQGA 4GZFA 3TKGA 4K9HA 2F3KA 3BGBA 4JPEA 5P45A 3CMSA 5P1GA 4COEA 1APVE 1BXQA 1MVPA 4RCFA 4ZPGA 5DQCA 1B6JA 3DCKA 1IIQA 4ACXA 3SKGA 2JJJA 2AOEA 5P1QA 5P4LA 4EYRA 5AH7A 1CMSA 1OHRA 4A6BA 5P17A 4B1EA 3EL4A 3EKPA 2QZKA 4Y5NA 5P2AA 5OYYA 5P42A 1AJXA 5P1UA 5E5JA 3GGAA 5OYSA 2OF0A 3PSGA 3KFRA 5P2FA 4S1GA 5P2UA 4IVTA 5P6XA 2NMZA 1HWRA 5EZZA 1SDUA 1ME6A 2B7FA 3O9HA 1ZTZA 5C9BA 4Y3YA 2P8HA 2OHKA 5HU1A 2JJIA 4DQHA 3T11A 1OEXA 1IVPA 1FG6C 3ZKIA 2R3TA 3F9QA 3N3IA 1GKTA 3D20A 3KDCA 4GYEA 2NXDA 5P47A 5P3NA 2J9JB 4B72A 3L5CA 5P5UA 2A4FA 1M43A 4EWOA 1QS8A 4J0YA 3GGVA 5P30A 5P7CA 3CIBA 5P5SA 1K2CA 4Y4DA 5JFPA 4YDFA 3KFNA 1EPRE 2HM1A 4I8ZA 5HDUA 2PC0A 5P8NA 3NSHA 4GB2A 4DJYA 5P6JA 4J0TA 3Q6YA 2ZJIA 2ZHUA 5P3RA 5P86A 3Q5HA 5AGZA 5P6AA 2VNNA 5P5LA 5P0KA 1YT9A 5P8FA 4BEKA 5P4IA 4GJ8A 4YCKA 1KJFA 3RTMA 4Y5GA 3C9XA 4DJQA 5I3WA 5P71A 3NYGA 5P5TA 4ZPEA 2AZBA 4AZYA 1B6LA 3SA7A 3FX5A 3HZCA 4RLDA 5AH6A 4ER1E 1BILA 1MESA 1A8KA 3R2FA 1HOSA 1U8GA 2OHPA 5F01A 2PK6A 5P68A 3WZ7A 4YE3A 2BPYA 2PH8A 1ZPAA 5OZKA 1WBMA 1EPQE 1CPIA 3QBHA 2G1NA 2HB4A 5P4TA 1C6ZA 5KR2A 1K6CA 1XN2A 4K8SA 4WY1A 2OHUA 3NU6A 4OBGA 5P2LA 2ER0E 3ZKXA 4DJPA 5HDVA 2WHHA 4H3FA 5P8CA 2VA7A 2QI4A 4FL8A 4CMSA 1BXOA 3UHLA 5P4HA 2RSPA 1HVKA 3ECGA 1MSMA 4YDGA 3LHGA 1KJ4A 2ZJKA 2QI0A 5P1RA 3PBDA 3R0YA 3S53A 5OZOA 3G6ZA 5SXNA 5P8MA 3GI4A 4J1FA 5P6YA 1ODXA 5KOQA 3VUCA 5HDZA 3K4VA 4R91A 2QU2A 3LINA 1APTE 1FB7A 2QZXA 4Y4AA 3MSJA 4UPJA 2ASIA 5P6NA 3OHFA 4J55A 1HIIA 3CKRA 1EC1A 3S7MA 3RSVA 5P3ZA 1GVVA 5P4BA 5P5VA 5P78A 5P7PA 1HPOA 1W6HA 2I0DA 2H6TA 1PSNA 1IZDA 3PMYA 5JODA 5COPA 5P1LA 5P7QA 1IDBA 4GJAA 4QJ6A 4GJ6A 3OWNA 2IGYA 3R4BA 2PWRA 3EM4A 1K2BA 4NJTA 4FRJA 3T7PA 2VIYA 4Y5MA 3BC4A 5P5RA 1PSAA 2PSVA 4HDPA 1VIKA 4Y3GA 5P60A 3TH9A 1FFFC 5DQ1A 1W6IA 4DPIA 5P15A 4FS4A 5DR0A 2QD8A 4XX3A 3L5BA 4L7JA 4ZSPA 1GVUA 3NR6A 4ZEAA 4Y4XA 5P2HA 4E43A 2V16C 4NPUA 4FRKA 5P8TA 3OOTA 5P0UA 5P41A 3WB5A 3EMYA 4R5NA 3LIVA 2ANLA 5OZXA 4FE6A 1SBGA 1EBWA 5P4VA 2Q55A 3IA9A 3VCMA 1FMUA 3N4LA 5P7HA 2BKSA 4I11A 3EL1A 2QHYA 3L3AA 1G35A 1SMEA 5P84A 4Y45A 3VV7A 5OZPA 3HAUA 4OBJA 2WEDA 5P12A 5OZVA 5P2NA 5P8OA 1D4SA 5OYZA 6UPJA 5AH8A 3VSXA 5P3OA 4Y3NA 1LYAA 5P4AA 3LZYA 3JVYA 2FNSA 2NNPA 5P81A 5P83A 5SY2A 3QIHA 5P09A 4X7IA 3LZVA 2G20A 3HAWA 3CKPA 3LPKA 4Y4GA 3FNSA 2WF1A 1BIMA 5P36A 1IDAA 3EKWA 1M0BA 1PPLE 2G26A 2QNPA 3IN4A 2VNMA 5OZJA 5IVSA 5P02A 3PRSA 1D4YA 4ZSMA 5P3EA 5BWYA 1EEDP 4MC6A 3I7EA 1FQ8A 3CICA 4FGXA 5OZUA 4EJKA 2AODA 4EXGA 5IVTA 5P5MA 3OAGA 4Y3MA 4CPXA 5KQYA 1YTGA 4ZSQA 3DOXA 2P4JA 5P3CA 3VFBA 2JE4A 1LF3A 4I0IA 4HDBA 3SA3A 4EQ0A 5OZAA 5OZ4A 4Y38A 2AZCA 3HVGA 4FSLA 5P8EA 5OYXA 1MSNA 3OU3A 3QVIA 4QJ2A 3U6AA 2IS0A 5P6SA 4BELA 5P5PA 4Y4WA 5P06A 5P2IA 5P5HA 3KN0A 4LXAA 3NDTA 5OZQA 5OZ2A 3WSJA 4QJ9A 4LXKA 2OHLA 1QBUA 1A30A 3OK9A 5P1YA 3OQDA 5P8KA 1BWAA 3D3TA 5OZSA 1XN3A 5P0TA 5P63A 3OXVA 3I6OA 1M4HA 5P7DA 1SIVA 1FG8C 4Y5LA 1T3RA 4DJWA 2Q11A 3O9AA 5P87A 3OU1A 5P7JA 4Z2ZA 2FS4A 3INHA 3IVHA 5P2CA 4OBZA 4I8WA 3LPJA 4GIDA 2B8VA 2ZGAA 5P8QA 4Y3HA 2VJ7A 3UDHA 4DFGA 5P2GA 2HB2A 5CLMA 3S85A 1OEWA 3QBFA 2XFIA 2QAKA 5P0QA 3PLLA 4RRSA 2PYMA 5DQ5A 1MT7A 2V0ZC 3OADA 6APRE 2P3BA 2ZJNA 1W50A 5KQXA 3KMXA 3NU9A 2VA6A 5P4QA 3OXXA 3NXEA 4TRWA 2ZE1A 4HE9A 4RCEA 2WEAA 2F3EA 3KT2A 4Y35A 3TKWA 2FXEA 1HXBA 3IXOA 5F00A 5P29A 2Z54A 1XDHA 5P0DA 3DJKA 5P5XA 2JYSA 5P37A 1C6YA 5AH9A 4OBDA 3URJA 3LIQA 4HEGA 2Q15A 5SZ9A 3KF0A 4Y54A 1SIPA 3U7SA 5P67A 1JLDA 5OYRA 4KE1A 1Q9PA 5P8RA 5P23A 2NR6A 5ISKA 2AVQA 3DV1A 1LYBA 1SH9A 1YTIA 2QK5A 5OYUA 2WF2A 3DCRA 3D1YA 3MSKA 1FIVA 5P3LA 1LYWA 2BJUA 5OZ0A 1LYAB 4Y53A 2CEJA 3PVKA 5OZMA 4Y41A 3OU4A 3S43A 3OGPA 3O9IA 1E81E 5P8PA 2SAMA 4HDFA 3T7QA 2IEOA 5P20A 1T6GA 4Y3FA 1K6VA 1MTBA 1UH7A 4YOAA 2R5PA 5P6VA 2QI5A 5P01A 1HXWA 5P1PA 4CKUA 5P7SA 1QBRA 3OUCA 1MT8A 1ZJ7A 5OZRA 1BWBA 2AVOA 4ACUA 1DW6C 2VIJA 4Y50A 3QRSA 3ZKQA 2AVVA 3UDQA 4D85A 4I10A 3S45A 3ER5E 3NDXA 3OAGB 4RGHA 1LEEA 3M9FA 3NXNA 5P6IA 2HAHA 1BDLA 5ER2E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I4X A;  1HTF A;  5P07 A;  5APR E;  4U7Q A;  3FKT A;  2WL0 A;  4FM6 A;  5OZ8 A;  3KM4 A;  3OGQ A;  1XL2 A;  5P2V A;  3PEP A;  3T7X A;  2HB3 A;  5P1E A;  5P76 A;  4YD5 A;  5I3V A;  3IXJ A;  3PWR A;  3TPR A;  2G1R A;  5OZ5 A;  5P0N A;  5P0A A;  5P8I A;  1EPM E;  4GJ7 A;  3K5D A;  1YTJ A;  3LIT A;  5P0V A;  4Y4Z A;  4Q5M A;  5P4O A;  5DR4 A;  5P13 A;  1HEG E;  3VLA A;  2R38 A;  4WY6 A;  5P4F A;  2HS1 A;  2IGX A;  5P73 A;  3ZLQ A;  5OZC A;  5KAO A;  5JFU A;  2NTR A;  5P80 A;  4Y3Q A;  3ZPU A;  3SM2 A;  3IGB A;  1GVW A;  4JOO A;  5P0F A;  1N49 A;  1MTR A;  2ZJJ A;  2ZDZ A;  1W51 A;  4TVH A;  4H3J A;  5P1D A;  1EBZ A;  4F73 A;  2PSG A;  3K5G A;  2QCI A;  3O9F A;  4JP9 A;  1G6L A;  3VV8 A;  1HVC A;  1EBY A;  1FEJ C;  4CPU A;  1FFI C;  3PWM A;  4PYV A;  3UTL A;  5P04 A;  3K5C A;  5P4J A;  5P6R A;  3QAA A;  5P89 A;  4B77 A;  3FV3 A;  2FMB A;  1A8G A;  5P4Y A;  3KDD A;  5P6D A;  4CP7 A;  3PSU A;  3IND A;  5P26 A;  5P43 A;  3L58 A;  5P7U A;  1AID A;  1G2K A;  5HE4 A;  5P38 A;  5P3P A;  4RCD A;  1W5W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SAC A;  3SA6 A;  3I2L A;  4B0Q A;  4R92 A;  5P88 A;  5P7M A;  1SDV A;  4OBZ B;  1BAI A;  3UF3 A;  5SY3 A;  1RV7 A;  4K4R A;  1TZS A;  5OZT A;  1A94 A;  5P0R A;  1FLH A;  3PI5 A;  2F80 A;  2V00 A;  2G27 A;  5P2E A;  2Q64 A;  5P69 A;  1B5F A;  5KR8 A;  2AOI A;  4Y56 A;  5P0Y A;  1T7J A;  5OZY A;  3OOZ A;  1MET A;  3OAD B;  5P6F A;  4OBH A;  2P3B B;  2I4U A;  2B8L A;  5P6K A;  4Y44 A;  1HVI A;  3WB4 A;  3O9D A;  2I4D A;  4DPF A;  5P4D A;  5P85 A;  4B1D A;  4I0J A;  4J5J A;  2I1A A;  4I0H A;  5P0S A;  1IZE A;  4QJ7 A;  2WKZ A;  3QRV A;  3R0W A;  3MWS A;  1FGC C;  2AID A;  4Y47 A;  3KFP A;  2Q63 A;  3Q4B A;  1LZQ A;  5P59 A;  1LYB B;  4DVF A;  4RVI A;  4K4P A;  1SGZ A;  3O9E A;  3OUD A;  5OZ7 A;  2R43 A;  1MER A;  2HC0 A;  5OZW A;  1LYW B;  4DJU A;  3EL0 A;  4Y58 A;  3EKQ A;  2XFJ A;  3GGX A;  4RYG A;  5P5D A;  3KT5 A;  4U8W A;  3TOH A;  5P1Z A;  2AZ8 A;  4F75 A;  3WZ8 A;  3OU4 B;  3S43 B;  5P4K A;  1ODW A;  4H1E A;  5P3S A;  3EKV A;  4M8Y A;  3IVI A;  3L5E A;  5ISJ A;  1EPP E;  1D4J A;  3PGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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