2O1MA

Crystal structure of the probable amino-acid abc transporter extracellular-binding protein ytmk from bacillus subtilis. northeast structural genomics consortium target sr572
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
KVQTITVGTGTQFPNICFIDEKGDLTGYDVELIKELDKRLPHYKFTFKTMEFSNLLVSLGQHKVDIVAHQMEKSKEREKKFLFNKVAYNHFPLKITVLQNNDTIRGIEDLKGKRVITSATSNGALVLKKWNEDNGRPFEIAYEGQGANETANQLKSGRADATISTPFAVDFQNKTSTIKEKTVGNVLSNAKVYFMFNKNEQTLSDDIDKALQEIIDDGTLKRLSLKWLGDDY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Probable amino-acid ABC transporter extracellular-binding pr
publication title Crystal structure of the probable amino-acid ABC transporter extracellular-binding protein ytmK from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium target SR572.
rcsb
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 71
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o1mA01
3MQ9A 3WAFA 4JWYA 4LP2B 3OSRA 3C9HA 4U4XA 5KCJA 2VOZA 2QS2A 3KGCA 1MPBA 1JEUA 5ISUA 1LBCA 3PMXA 1XC1A 3FD3A 4ZEDA 3KJ7A 5AE4A 1HSEA 4JDFA 2V3UA 3D4GA 1AL3A 4KYDA 1B9JA 4H5GA 5HM4B 3CR9A 3SKPA 3S9LC 1NNKA 3H3GA 4F3SA 3VV5A 1NNPA 1ZU0A 3L6GA 5L8DA 5IKBA 4OZ9A 4LATA 5F7VA 2XXRA 4F31B 4RK2A 3GXAA 3T93B 2H25A 4POWA 3B6QA 1GR2A 1NNTA 5AA2A 3MVZA 4R73A 4UACA 1ELJA 3TTNA 3IOWA 2Y7RA 4HW8A 3KEIA 1FTJA 3VLVA 3IO4A 4TLMB 4QFLA 1TFAA 5CBSA 2Q9TA 1LBBA 3KSXA 3QUJA 3N5LA 2Q89A 2PT1A 3O28A 3G3HA 2PT2A 1S9TA 2P1SA 1QJMA 4FEDA 3FVNA 4PFUA 1M5FA 4P0GA 3UK4A 3RT8A 4GRKA 1ATGA 4NEDA 1J1NA 3UGWA 1DTGA 3G7WA 1P1WA 5CI5A 4L17A 1M5CA 1NH7A 1GTKA 4I9DA 2HQ0A 3VVFA 1SW4A 3KN8A 2HFBA 3G3GA 4YKJA 1PEBA 1MRPA 3OO9A 4BDNA 3MPKA 1MPDA 3HHGA 1B46A 2Y84A 1I6BA 4G4PA 4U1ZA 4Q5TA 2W7YA 2I3WA 4X1DA 3K6WA 4AB5A 2XXXA 2NOOA 2O69A 4PETA 2CZLA 4XKQA 2DWHA 3A09A 4FORA 3HHFA 3E13X 4ZEBA 3DELB 3DM0A 2F7AA 2P2AA 1QULA 2X26A 3H4ZA 1H76A 4MF3A 1FQCA 4N13A 1FQBA 3FXRA 1LGBC 2ZNTA 3EPEA 1GGGA 4RJZA 3CSBA 3IO6A 2ONRA 3A3CA 4DE8A 5H8HA 1MS7A 1B05A 4JWXA 2DXYA 3VE1B 3TMGA 3IJXB 3TCGA 1MY1A 1NKXA 3TTKA 2XXPA 2IEEA 2D3IA 3OELA 4DCYA 4H6DA 1ZIUA 3O6GA 1D4NA 3DP8A 4OEUA 2AYSA 4ELPA 4XKPA 3IK6B 2R9JA 2REGA 2REJA 4MBPA 5DEXB 3AXFA 3CI8A 1B5HA 2V25A 3OO8A 3W9WA 1N3XA 3IB2A 1TWYA 5I57A 4FECA 1SBPA 4LONB 2ZYOA 2FYIA 4R2FA 4GIZA 3O97A 5AA1A 1ZMGA 3TZAA 1B0HA 4LQ2A 4H67A 2Y7KA 5I2NA 1TXFA 2PX1A 3OO7A 1MPCA 3FUZA 1MXWA 4JWOA 3C4MA 3H7MA 1IEJA 4F2QA 4IB2A 4KCCA 4OMBA 2I0CA 3VLWA 1EZ9A 2O68A 3RUMA 2ALUA 2QRYA 5K2XA 1USYE 4P11A 3SDFA 1DPPA 4THIA 3E3KA 3H6UA 3FATA 4UA8A 3RTFB 2I0BA 4EF1A 4DXBA 3S9MC 5KDTA 4OYVA 2H5YA 5TU0A 3LR1A 3EQ1A 5I84A 1KWHA 3TQWA 5JK4A 2ZNSA 2NWJA 4ONYA 4FJPA 5TPAA 1N04A 1JW5A 5I57B 1N0TA 4YB5A 4GD5A 1FQEA 1JVYA 4ND9A 3LSLA 1PDAA 2DXRA 4QSCA 1YCJA 2V3QA 5AA4A 1RKMA 1A7LA 4U1OA 3TTRA 1CE2A 4ESXA 2Z8FA 2X7PA 3OOAA 1A99A 1Y4TA 4F29A 2AIXA 4NE4A 3BKIB 1Y3NA 4NF5A 1PB7A 4C0RA 3C36A 4QFNA 2Y7WA 4ZS9A 2DVCA 5FTIA 3MW0A 1QVSA 2DS9A 3HV1A 5A5XB 3KFMA 4ISUA 4Q30B 2HZLA 3ODBA 2PBWA 1JNFA 1IUDA 3MP6A 5KDTB 2RF1A 2I3VA 3PGFA 4YB7A 3TEPA 2I4BA 3K6VA 3RTWB 2Z22A 4IO6A 1H43A 1LAFE 3MVXA 3B6TA 2QL3A 1DPEA 4OXVA 3LSWA 2H99A 3USDA 5TP9A 2YJPA 5AA2D 1L5TA 4HCWA 3OO6A 2OCUA 2HCAA 5CMMA 1LAXA 2OJTA 1DTZA 1VFEA 3FIRA 3TYHA 4DXUA 4DZ1A 5AA4B 2XD3A 1SI0A 4YICA 3ZSFA 4DDDA 1TT1A 3K6XA 2R6GE 2XXYA 2B3BA 4YU0A 3PD9A 2G93A 1D3KA 4XXUA 4U21A 4OFOA 3H03A 1B51A 2XXQA 4NF5B 4NF8B 1Z7NE 4F3PA 1LB8A 3TKDA 2PVUA 4LUBA 4QFKA 3TTLA 1H3DA 2RINA 1VSOA 4U4SA 1LCTA 4YZZA 3SERA 1JVXA 2RKMA 5CRYA 3CVGA 1SYHA 3I6VA 2Q2AA 2QPQA 1UIVA 2VHAA 1N7XA 3IR1A 1LAGE 1B52A 3PV0E 1Y3PA 3M3FA 5FHMA 1MH4A 5TP9B 3JV9A 5ICTA 1WDNA 1WVJA 2DWIA 4F1UA 3HO7A 4OETA 3BFTA 4U2RA 2HEUA 2DQVA 3D4CA 1LLSA 4BDLA 3QYTA 3FASA 3DP6A 3PMVA 3U92A 3CG1A 1F9BA 3LBSA 1B1HA 2DOJA 4E0WA 2QS1A 3IX1A 1MY2A 3KZGA 3BFUA 4R6KA 3GLBA 1AMFA 4RPOA 4U23A 4ZEKA 4Q8RA 1R1NA 3FXQA 1QUKA 3RLFE 2D21A 3CSGA 3CG3A 5EHMA 3EHUA 4G2ZA 3H06B 2AL4A 4R9FA 3RGYA 3TELA 5DVJA 4FIMA 2RCAA 1UTBB 1LFHA 4BDMA 3QXMA 4QHQA 1SI1A 4WEPA 5EYFA 5FHOA 2O84X 2Y7PA 3C31A 3ZKLA 1VE4A 4QFPA 4KR5A 3MZBA 3K2DA 4ELQA 3H6VA 1B3GA 1B7UA 3V89B 3K1MA 1P99A 2HZKA 1I69A 1LCFA 3G3FA 3IOTA 3HCQA 1A8FA 3LSFB 2UYEA 2Z8EA 2F6GA 5CC2A 2QSXA 2X7QA 4X48A 2WKYA 5I59B 4I62A 4NWDA 1UTHA 2H4IA 2DWAA 4N6PA 1US5A 2V93A 5EHSA 4PFWA 4ELOA 3FVKA 2RC9A 1LB9A 3QAXA 5CMCA 1LFIA 4KHZE 4N07A 3RPWA 4H0WA 1QKBA 4ZZEA 2FA7A 1PC3A 3TQLA 1PBPA 1MDQA 2A5TB 3LC8A 4G8NA 5DEXA 1SQYA 5J1DA 2HAVA 2XXTA 3FGSA 1URDA 1N84A 3OEKA 1S50A 1Y1MA 3PUXE 4YKPA 5JEIA 3CRBA 4NF4B 4PQJA 4BLAA 3EN3A 3IORA 3SEYA 3TODA 3QK6A 1R6ZA 4IO5A 2UYFA 4KCDA 2OBGA 4EXKA 3PUWE 1IXGA 1POTA 1O64A 3I5OA 3VLUA 3C33A 1PB9A 1OQGA 1AH5A 1XT8A 4F1VA 1UTHB 2F8DA 3IOVA 3N6UA 1XVYA 4R9GA 1QUIA 4Z0IA 3TDJA 1N76A 3PUZE 4GVOA 1MM7A 4JXIA 5F1QA 1FW0A 5FTHA 3FVOA 3SESA 4H8JA 4LZ5A 4NWCA 5HBCA 1WODA 3PPQA 3O66A 1LFGA 5M2VA 3V8XB 3T22A 2O51A 1XS5A 1JW1A 4H5FA 4YAHX 2I49A 3K1NA 3FV1A 2P0SA 4TQUQ 2O1LA 1O7TA 5CBRA 3E4RA 2GH9A 2RCBA 3JYRA 2BJJX 4QSDA 4F19A 3KBRA 4G68B 3THIA 4IGRA 3KOTA 4RK9A 1SW5A 1MH3A 2DSFA 2B3FA 3S4UA 4ZECA 2V3TA 1SYIA 5CMKA 4ZE9A 1MXYA 1B3LA 3R7XA 5I2KB 1FTOA 2F6PA 2KLFA 4DXCA 1MXVA 3EF7A 4EUOA 1P1UA 2QMWA 1BP5A 2YPNA 3O9PA 5CMBA 1URSA 2ZYKA 4EDPA 4YB6A 2CMOA 2M8CA 3EHTA 3F11A 3SEVA 3KSJA 3PD8A 3TAJA 5A5XA 3HSTA 2VGQA 2NXOA 4F3GA 1BKAA 5JTYB 4C1TA 3C32A 1XVXA 3MPLA 2ONKE 3MUQA 4IY5A 4EQ9A 1B3FA 1Y20A 3QIMA 3KJTA 3IB0A 1P1NA 5LOMA 3ZKKA 3UA8A 4R6YA 2I58A 4TOZA 3K00A 2XXHA 2OLBA 2VP1A 4WKMA 3TUSA 2Z8DA 4Z7EA 3VDFA 2DP8A 4RXLA 1EZOA 3PMWA 5DVIA 4KFQA 2Q8JA 1FQDA 4G8MA 3FXUA 4PFTA 1B40A 1MQIA 3MWBA 1EZPA 4H8IA 3A3UA 1ZKBA 4R75A 4F39A 3TCHA 1JQFA 3MP1A 1OLAA 3MZ1A 3GBAA 4JSDA 2UVGA 5DYHA 2NUVA 3O6IA 4NF8A 2OZZA 1I6QA 3T9HB 1OQHA 4BDOA 1B5JA 1II5A 1EH3A 1B3EA 4EQBA 2G29A 1YTVA 5L9OA 2QJEA 3IL1B 1MQJA 3FJ7A 4EQ7A 3HN0A 3IAZA 1DMBA 2GFEA 1XOCA 1Y9UA 3V83A 1FCKA 3ILTB 3VFJA 3OMBA 5DVFA 1NMUA 3K4UA 3WAEA 3MVWA 2DYXA 3SETA 1OVBA 4G77A 4XIGQ 4PFYA 4ECFA 3LSXA 1JW4A 1OLCA 3UP9A 4IGTA 3RN8A 1FTLA 3U1OA 3U8QA 1YPNA 2FNCA 1D9VA 3OXNA 2ZNUA 1B32A 4R2BA 4R72A 1PB8A 1P1QA 3R6UA 4H65A 5ICQA 4WEDA 1M5EA 1ZLQA 4NMYA 5HPQA 2XXWA 3U94A 1SD3A 1MQDA 4GL8A 2NVUB 1NL5A 4YMBA 2DWJA 3PUYE 1DOTA 4GOTA 5L9SA 4E0XA 4IO3A 2DE2A 1R9QA 4TLLB 2Q88A 1AOVA 2OWSA 2I48A 4IO2A 2Q2CA 2UVHA 5I56B 4XKRA 4FEBA 1UTBA 1IXHA 4HTGA 4IY6A 3L6HA 3G3JA 2F35A 3CFXA 4ELRA 2QS4A 2R71A 3VVDA 1A8EA 3PPOA 2HXWA 2QMXA 3VXBA 3K1PA 5K2YA 3JZJA 3N6TA 3MC2A 3KG2A 3U93A 1MG1A 1MM6A 1NH8A 5B7DA 1Y4CA 3S2VA 4JB7A 4O3BA 1IZ1A 3W9VA 4MLQA 4NTLA 3UORA 3KN7A 3OSQA 5H8QB 4LVQA 3C35A 1BLFA 1LAHE 2D5WA 5I59A 4QF9A 4KYSA 4M1VA 2O6AA 1B0LA 2Y7IA 5H8FB 4OVJA 1Q35A 3S9NC 3FVGA 3TTMA 4NF6A 4RYAA 3H6WA 4EXLA 1FTMA 4X9TA 1B58A 1QW0A 2A5TA 2HAUA 4MFIA 1OIBA 4XTCQ 4FAJA 4DCXA 1B4HA 5BUUA 3HPIA 3ILUB 3MP8A 1TFDA 4F1YA 3ZS6A 4POXA 4NF4A 1CB6A 3R26A 5KCJB 5H8NA 4AB6A 4GLIA 3CIJA 2LAOA 4QFOA 4AQ4A 4I8CA 2VD2A 5IAIA 3U72A 3K6UA 2UXAA 3ECRA 3RT6B 5DTBA 3O2AA 4JBZA 4OERA 3H6TA 1B6HA 1MY3A 4OFLA 4RA1A 2IA4A 1XHYA 4DIGA 4OTEA 4MH5A 3Q25A 3VVEA 4F22A 2DVZA 4ZZAA 1O63A 3T9UA 4F18A 2XX8A 4LQ5A 4OENA 5I58A 4YKIA 3TFLA 4EF2A 1HSLA 2ZYMA 1URGA 4ZE8A 3W15C 3M3LA 4GXAA 5AA2B 1Y1ZA 3FJGA 5BWJA 3IB1A 4P0IA 4NF6B 4PP0A 5ELVA 2ZYNA 3TPAA 2B65A 2ZMBA 3SEXA 3LUYA 4JSOA 3CFLA 2UVJA 1SW2A 2GHBA 1H45A 1ZBMA 1Z7ME 1MQHA 3MZ9A 1A55A 4RPNA 3O6HA 5H8NB 4GFRA 3K0VA 5H8SA 4G68A 4BDRA 4Q0CA 1HSJA 4GQOA 1B4ZA 2F97A 1OMPA 3OD7A 4OHNA 1MY4A 4GXSB 2F34A 2THIA 4QRZA 1N3WA 1RYOA 4KQPA 3M3KA 3RY3A 5I2KA 3PPNA 1A40A 4LZ8A 4OQOA 4ESWA 4I1DA 4X1BA 4ZEFA 3PU5A 5I58B 3G3IA 4R74A 4C1UA 1B3HA 3FJMA 3KOSA 3MAMA 1IXIA 5JTYA 3UIFA 3FV2A 2RC7A 3IOUA 4RY1A 3DP4A 4K3FA 3G3KA 1UIUA 4ZEIA 2QS3A 5ITPA 1MXZA 4OEVA 1H44A 3MBPA 4KI0E 1US4A 1NNFA 5FHNA 3O29A 4F2OA 4GF8A 4FE8A 2E0SA 4O3AA 1ZJLA 2H9BA 2O7IA 1USYH 1A54A 4BDQA 4GL0A 4IO4A 1R9LA 4LZ7A 1SVXB 3MVYA 1IXCA 1AIVA 3IJOB 3GZGA 3MJNA 3CFZA 3DLNA 3QUFA 1JETA 3QSLA 4HS7A 1PBQA 5CM6A 1FTKA 5KZTA 1IIWA 1I6AA 3SEWA 3Q28A 1VR5A 3GBBA 3RNNA 1MXUA 4H1XA 3T9VA 4RNSA 2I4CA 1T0KA 5H8HB 2DE3A 1YAEA 2ABHA 4YMAA 5AA3A 2OWTA 3I3VA 1MY0A 3E9XA 4F3BA 1NFTA 1S7YA 2UVIA 3KN3A 1RYXA 3PPPA 4O3CA 2XX7A 4OWDA 1D9YA 3M8UA 3B7DA 4IO7A 1B7ZA 3OEMA 4KYEA 3RQTA 2O1MA 1M5DA 2F78A 2XD2A 2H98A 1Q1KA 3OENA 1FQAA 3UN6A 4OFJA 2V84A 1VFDA 4OESA 2O7UA 3B6WA 1QKAA 3PUVE 3V5AA 2PYYA 2I6EA 1SDXA 1OVTA 4M4GA 1GV8A 4HCYA 5L9MA 4GWOA 1FQFA 5I2NB 1ANFA 3T96B 1MXXA 4PE5B 2XXVA 1LSTA 1IQ7A 2XX9A 5ITOA 3FZVA 1MDP1 2E1SA 3VXCA 4U22A 1B5IA 4R6HA 2XXIA 1GVCA 2F36A 1MQGA 5B70A 1B7HA 2OK2A 2XXUA 1EU8A 1BIYA 2YLNA 5I56A 1DSNA 2ZXTA 3SEUA 4MLVA 2F7CA 2A5SA 2Z23A 3T66A 2GHAA 1POY1 3Q29A 4DLDA 5TPAB 2XHDA 1SW1A 1UQWA 1M5BA 1P1OA 3T9XB 4LA9A 3PPRA 4XKNA 3BBRA 4KD5A 5H8QA 5DT6A 3K02A 3EHSA 1JEVA 3Q27A 2ESNA 3C34A 2DE4A 2ANJA 2ONSA 1ZTYA 3N26A 2RC8A 2VD3A 4G68C 1QUJA 5H8FA 4QSEA 4WXJA 2AL5A 4ZDMA 2F5XA 2GRVA 3K01A 1Y3QA 4G8HA 4FATA 2PMSA 3Q26A 1B2HA 4KPTA 3TCFA 2F7BA 3P7IA 3S9EA 3N94A 1B1XA 3ONMA 4YKKA 1BTJA 1N7WA 1IITA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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