2O40A

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' hiv-1 protease molecule
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
203
structure length
192
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords covalent dimer HIV-1 protease
publication title Convergent chemical synthesis and crystal structure of a 203 amino acid "covalent dimer" HIV-1 protease enzyme molecule.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 192
sequence length 203
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o40A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o40A01
4L1AA 5P7VA 1G35A 3LZUA 4LHHA 3DV1A 5P7WA 5P3QA 1LYWB 4YCKA 3CYWA 7HVPA 2OHSA 3OUDA 5OZKA 2V13A 5P5HA 6FIVA 1XE5A 3TOHA 5P5XA 2NNKA 1W51A 1SIPA 1Z8CA 4Y3LA 4Y3HA 5P4IA 5OZ3A 3ZKNA 3QBHA 5P3TA 3ZL7A 5P3DA 3UTLA 1K6CA 2OHMA 2NNPA 1LYBB 5OZZA 5KOQA 1HSIA 3NDTA 2AIDA 4NPUA 2NMZA 3AUPA 5P4QA 5P3VA 3NLSA 3HZCA 1FG6C 4Y51A 2AOEA 4Q1NA 1PROA 2PMAA 2QU3A 5P1WA 1GVTA 5P6SA 2BJUA 1K2CA 2PSUA 2G27A 3RSXA 1EC2A 2QI6A 5APRE 3ZKIA 5P2CA 5HU0A 5COKA 3TTPA 5P5UA 2QHZA 3OUAA 1ZSRA 2AVMA 5P6IA 3EKXA 5HU1A 3OADA 3UDNA 5C9DA 2AOGA 3D20A 2QK5A 2ZYEA 1YTHA 4DUSA 4B1EA 2OHRA 3LINA 3EKPA 5P2VA 2WKZA 4J17A 4DQHA 3EL0A 3PMYA 3KFPA 4QJAA 3OAGB 5P53A 5P20A 1RPIA 2RENA 4Y5PA 1FQXA 1KJ7A 4LXMA 5P4PA 4GYEA 3Q3TA 1DIFA 5P66A 4ZE6A 4EXHA 3DCKA 3PI0A 1B6PA 1MTRA 3URIA 5OZSA 4ACXA 4Y3NA 4GB2A 3T7QA 4RYGA 4OBZB 4NJVA 2ZHVA 5P8DA 5P5FA 4Y3WA 2AOCA 3BGBA 4J0VA 5P1AA 4R91A 5P6EA 2NXLA 1XN3A 1W5VA 2I4WA 1ZLFA 4Y4WA 2WF2A 3LZYA 3SKFA 1UH7A 1PPKE 1BXQA 5P63A 4YDGA 5DR8A 1ODWA 5P5OA 2F3KA 3D3TA 5P4HA 4UPJA 3UQXA 5P3HA 4DQBA 5P1EA 5P1KA 1F34A 2BPXA 2G1SA 4OC6A 1AJXA 3BVBA 1LYWA 5P6GA 4YD3A 5P06A 5I3YA 4S1GA 4GJCA 3TKWA 1B6MA 1ZPKA 1RQ9A 1HVIA 2WEAA 3NXNA 3OK9A 2A1EA 5P30A 5P38A 4JOOA 2QHCA 5P7QA 5HDVA 5DR0A 5P8BA 4J0PA 5P0EA 1YM2A 5P1YA 1MERA 2G26A 4Z50A 3WZ7A 5P3SA 2G20A 5P7YA 3OWNA 3I6OA 1EPOE 3O9EA 3TL9A 5KQYA 3EL9A 2FS4A 5P15A 4APEA 1PSOE 4ZIPA 2QCIA 2PH6A 4Z4XA 5I3XA 3MWSA 4YBIA 4I0IA 5P0GA 3OUCA 1XS7D 3IA9A 1T6EX 4OD9B 4D8CA 3SACA 5P4XA 4TRZA 4Y4EA 2Z4OA 1EPPE 4TRYA 3UDHA 2B8VA 1MSNA 1T6GA 1MPPA 4YA8A 3N4LA 2V00A 4FL8A 5OYYA 4A4QA 3KYRA 5OZCA 4I8ZA 2QI4A 5P0LA 2VA7A 1EAGA 4GMIA 4J1FA 3O9LB 5P4OA 3VYFA 4Q1XA 3OOZA 5P0FA 5P2XA 1AJVA 2I4DA 4Y5GA 2F3FA 1B6LA 4RCEA 3UFLA 1GVUA 1FFIC 3TNEA 1A30A 3PJ6A 4Y57A 5P74A 5BS4A 1PSNA 4CMSA 1B5FB 3KM4A 4KE0A 3LIVA 5IE1A 4OBDA 3EM3A 4Y3FA 2PK5A 5ER2E 1LF2A 1MIQA 2G1NA 5P4SA 2EWYA 2R9BA 1LV1A 1HPVA 2Q55A 2OHNA 4EJLA 1HPOA 3ZKXA 1DP5A 3L59A 3SO9A 3BXRA 4NJUA 2WJOA 1D4KA 4Y54A 5P1DA 5B18A 5P8FA 1EEDP 5P71A 5OZ2A 3UQRA 1G0VA 3R4BA 3QROA 2NXMA 4KB9A 3VLAA 1HVLA 3QPJA 1XL2A 3FV3A 2IDWA 3BUFA 3SA5A 3CKTA 1NH0A 5F01A 5P3UA 3IN3A 5I3WA 3R2FA 1QBTA 5P5IA 1G2KA 4Y36A 3S7LA 4L6BA 1E82E 3FNUA 5FIVA 3MXEA 1EPME 1RV7A 1SGUA 2JJJA 4Y4JA 3GI6A 4B78A 2AOHA 5COPA 4ZPGA 1NPVA 5P89A 2QMPA 3DK1A 3EM4A 1D4YA 4HE9A 5DR3A 5P5VA 3TPRA 1W6HA 3Q5HA 5P86A 5JG1A 3VFBA 3ZKQA 1YX9A 3PGIA 5P85A 3QAAA 5P7DA 2AQUA 3TLHA 5P0JA 5P75A 5KQFA 5DR1A 3IN4A 5P8IA 3SA6A 2VIEA 3HAWA 5HD0A 4I0HA 3EKYA 1MESA 4Y50A 1W6IA 1PPME 3KMYA 3LIYA 2VKMA 5P04A 5P49A 3HBOA 1J71A 3NDUA 2XFKA 2FMBA 5P5GA 5P34A 5KR0A 1OEWA 5P1UA 3VFAA 2XYFA 2AZCA 5P5WA 3BRAA 4ZSPA 4H3JA 4GJ7A 3EBZA 4FM8A 4H1EA 3T3CA 5OZ6A 3G72A 4LC7A 4RLDA 3ZLQA 5DGUA 5P0MA 5OZIA 5P3PA 5P4WA 3DUYA 1M43A 3L5CA 3OXVA 5P4KA 5P45A 4I0ZA 1MT8A 4PHVA 3VYEA 3CICA 4Y5KA 5IS4A 2G69A 2PSGA 4TVGA 3OQDA 2HM1A 2AZ9A 5OYWA 4FCOA 3RTMA 2Q54A 1RL8A 2O4KA 4Y4GA 3VG1A 5P1TA 5P7IA 5P6DA 3SFCA 4OBGA 3LPIA 1B6KA 5ISJA 3TPJA 1HVKA 2WF0A 3JW2A 5P1MA 4WTUA 5P0NA 4Y3PA 4QJ9A 4DPIA 5JFUA 1PPLE 1ER8E 5P7TA 2QP8A 3GGUA 5I70A 5CONA 1BV7A 5P1IA 3CMSA 3S85A 1BDLA 3IGBA 3EMYA 4RVIA 3KDDA 4Z2ZA 5P29A 2BPVA 3EL1A 3NU9A 3PBZA 3VV8A 5BWYA 1RNEA 4GJDA 4PPHA 5E5KA 3LIQA 5P09A 1GNNA 1HEGE 2IL2A 5P0SA 4AA9A 3TPPA 3O9AA 3L5DA 3QVIA 5P6TA 3O9DA 1FIVA 3QBFA 1B11A 4I0GA 4OBJA 4K4PA 5P0RA 3H5BA 5P0HA 2P3CA 3LPJA 2Z54A 3ZKGA 3NU3A 3ST5A 1XE6A 5P36A 5IVQA 5P31A 2HC0A 4MC6A 4DJWA 5AH9A 5P78A 1HHPA 3OXWA 5P52A 4FAFA 4K4QA 2QI1A 3DM6A 5P1BA 1D4SA 3HAUA 3INEA 3UPJA 1HTFA 4YBFA 3OY4A 5P1QA 2HPFA 4AA8A 4D85A 3O9BA 4JP9A 1D4HA 5P05A 1G6LA 5HE7A 4B1CA 4Y3RA 2PQZA 4HDFA 4B72A 4EQ0A 4RROA 3IXJA 3OU1B 5P4RA 3IXOA 3G70A 4BEKA 4D83A 1BDQA 5P68A 5P67A 3UHLA 2J9JB 4I0EA 4ER1E 5C9FA 4R92A 5P33A 2G22A 1C6YA 5P4EA 5OZUA 2OF0A 2IQGA 3HD8A 2IGXA 4APRE 5OZPA 1WBMA 1SDUA 5P5CA 3WB4A 3BC4A 1MVPA 2OHLA 3ER3E 4DJOA 4R95A 3BUGA 3PHVA 3UDQA 1MEUA 5HDXA 4Y3YA 4Y3TA 2ER6E 2V12C 5P8EA 5P3WA 5P1LA 2I0DA 3O9GA 3PLLA 1APTE 3CIBA 1KJFA 3RSVA 2HAHA 2JJIA 9HVPA 4LAPA 4M8YA 4Y56A 4J0YA 5HCOA 5OZGA 4MC9A 2XFIA 2V0ZC 5P14A 4Y43A 5SXNA 3PWWA 1BWBA 4WY6A 5P6YA 1CMSA 2Q5KA 1HEFE 5P3ZA 1YT9A 1F7AA 5F00A 5P01A 3U7SA 2BB9A 4FLGA 3FNSA 1K2BA 3SPKA 5HCTA 3LIZA 1HPSA 3SAAA 4I0FA 1UH9A 1NSOA 2O4PA 2G21A 5P58A 5OYVA 4ZSMA 5P7RA 1HIHA 3RVIA 1K6TA 3LZVA 5P4MA 4WY1A 4DJYA 3PSYA 3FKTA 1QBRA 2QNNA 1N49A 3PI5A 2QHYA 1BILA 5OYTA 4Y3DA 5P6QA 2HS1A 5HVPA 5P5AA 3Q6YA 2QNQA 2MIPA 3NR6A 3KT2A 2FDDA 5P5EA 1E80E 4DQEA 2WEDA 3EL4A 2AOFA 4ZPEA 2RMPA 5P1SA 2QMFA 5P47A 5E5JA 5P0KA 3URLA 5P5NA 4L7JA 2PWRA 3EXOA 4Y3SA 1A94A 1QDMA 4FRSA 2ASIA 1EC0A 2QI5A 5P46A 5P56A 1ZJ7A 2FDEA 2BQVA 1Q9PA 4EXGA 2J9JA 4Y5BA 4Y3EA 3B80A 5P6RA 1HBVA 1TCXA 1EPRE 5P2KA 5P5BA 5P3AA 5P0ZA 5AGZA 1FQ5A 4FS4A 4YD7A 1CZIE 2ZJKA 4Y4AA 3UDRA 4ACUA 5P32A 4J0ZA 1FMBA 2FLEA 2P3BB 1NPAA 2XFJA 4A6CA 1A9MA 5P61A 4DPFA 3LNKA 1FEJC 2OHKA 4BFBA 3M9FA 5CLMA 4CPXA 3OUBA 1W5XA 2WECA 4HEGA 4Q5MA 3L58A 5P43A 5P8RA 4YCYA 3SA3A 5P0QA 2CENA 2ZHRA 1QS8A 3K1WA 4GJ6A 5P3NA 5P2OA 3T6IA 3U6AA 1SGZA 2RKFA 1LF4A 1ZPAA 5P2RA 4DV9A 1LZQA 1APVE 5P6NA 2I0AA 3EKWA 3LITA 3PCZA 5COOA 1LYBA 2SAMA 1D4LA 3LPKA 1AVFA 4ZSQA 5P1XA 3PMUA 4U7QA 4YD6A 2PH8A 4X2LA 2NR6A 3ZPTA 3KN0A 5P12A 3OHFA 3OQ7A 3IVHA 5P5ZA 5P26A 2Q3KA 1FGCC 1OEXA 1XN2A 3QRVA 1FQ7A 3RU1A 5AH8A 2ZJJA 5IVSA 2R8NA 2FIVA 4HDPA 2HS2A 3L38A 5P6PA 4PEPA 2NPHA 3UQWA 5DQCA 5P3XA 1MTBA 4Y47A 2OHQA 3I25A 5P8UA 5OZTA 1T7JA 6APRE 4J1HA 5OYXA 1W50A 3OAGA 5P5DA 1D4IA 4BFDA 5P1JA 2PK6A 2QZXA 3UFNA 3O99A 5P5RA 3D91A 5P7JA 5P5MA 3LIXA 4Y3ZA 4RRSA 5P0DA 2AODA 4OBZA 5P2BA 2ZE1A 3HDKA 2G1YA 4U8WA 5P8TA 3GGVA 5KR1A 1DAZC 5OYZA 5OZ9A 2P83A 1EBWA 1FMUA 1HVJA 2B8LA 1QBUA 5P3KA 5P6FA 4Y3XA 3QP0A 4EYRA 4Y3AA 2R3TA 2NTRA 4Y48A 5P7GA 5P8CA 4LXAA 1FQ6A 5P3FA 2VS2A 1IZIA 1SMRA 4Y41A 3K4VC 4Y4BA 5P50A 4R93A 4H3GA 4DJVA 4B77A 1YTGA 2P3BA 3OU4B 3T7XA 5P6KA 3TOGA 1HVCA 1C70A 1TW7A 3TKGA 1DPJA 4ZEAA 4YHQA 2I4QA 3CYXA 3BHEA 4Z22A 4DQCA 3MXDA 1HSGA 1SMEA 3O9CA 4Y5CA 3T7PA 4RGHA 2BKTA 1KJGA 3ZKMA 1M0BA 2HB2A 2WEZA 5P2TA 4YOBA 5P7AA 5ENMA 4YDFA 4B0QA 4EHCA 4X7IA 3L5EA 1SP5A 1BDRA 4GJ5A 1TZSA 2O4SA 5SY2A 4ER2E 5P6MA 3HLOA 4I1CA 5P2EA 1FMXA 3K5CA 1GVXA 3CKPA 2XYEA 1GKTA 5OYRA 2WL0A 3PRSA 3WZ8A 4RCFA 2BKSA 3PWMA 4RCDA 1HXWA 4EP3A 1BVGA 3S56A 5OZNA 1KJHA 4L7GA 1EPQE 4OD9A 5P64A 1XL5A 2HB4A 3NU5A 5P7PA 5P1NA 1IDBA 1SIVA 1K6PA 3GGAA 3SA8A 5P2GA 4GJAA 2IS0A 3QN8A 5P4GA 4U7VA 1FQ4A 3QRSA 1BXOA 3SLZA 5P7SA 2WF4A 4CPTA 1LYAB 3O9LA 2QD8A 5P0OA 3NDXA 4PYVA 3IVIA 4Y4UA 2AVQA 4Y6MA 5P4NA 2H6SA 3OXXA 1ZTZA 2UY0A 5P00A 5IVRA 3LZSA 3MSJA 1T7KA 4OBKA 5P07A 1B5FA 1HXBA 5P4DA 5EZZA 5P54A 5P87A 5P4CA 1ZAPA 5P23A 2APRA 1MRWA 1IBQA 5P6ZA 4NJSA 5P88A 2B7FA 5AHAA 1T3RA 5P28A 4Y53A 4K4RA 5HTZA 5P7HA 3KDCA 5P4LA 2BPZA 4J1CA 2ZHUA 4MC2A 3CKRA 1APUE 4LL3A 2ZJNA 2O4LA 2QMGA 3QVCA 2QAKA 1W5WA 4L1AB 3OU4A 1IVPA 2VNNA 2NXDA 4J1EA 5OYUA 2OHUA 5P2AA 1LF3A 1UH8A 2ZDZA 1B6JA 4K9HA 2QI7A 3SM1A 2RKGA 1HWRA 4YD5A 5P0IA 1FLHA 5OZ5A 1SDVA 1WBKA 2R5PA 3JVWA 1HVHA 3GI5A 5P6AA 5DQ4A 5P3LA 1QBSA 4QJ6A 5P7MA 1IZEA 5OZBA 1E5OE 5P2UA 4RVJA 1UPJA 5KQZA 1TSQA 4EPJA 3WZ6A 1BV9A 1GNMA 5P6BA 3OOTA 1XDHA 3PSGA 3UDYA 3SM2A 5P22A 5P7LA 3NWQA 1HVSA 5P59A 4CPUA 4DJQA 7UPJA 5P1HA 4GJ8A 3K5GA 2Q15A 4AMTA 5P0TA 3JVYA 5P2IA 4I11A 1FF0C 3S7MA 4CPWA 1U8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L1A A;  5P7V A;  1G35 A;  3LZU A;  4LHH A;  3DV1 A;  5P7W A;  5P3Q A;  1LYW B;  4YCK A;  3CYW A;  7HVP A;  2OHS A;  3OUD A;  5OZK A;  2V13 A;  5P5H A;  6FIV A;  1XE5 A;  3TOH A;  5P5X A;  2NNK A;  1W51 A;  1SIP A;  1Z8C A;  4Y3L A;  4Y3H A;  5P4I A;  5OZ3 A;  3ZKN A;  3QBH A;  5P3T A;  3ZL7 A;  5P3D A;  3UTL A;  1K6C A;  2OHM A;  2NNP A;  1LYB B;  5OZZ A;  5KOQ A;  1HSI A;  3NDT A;  2AID A;  4NPU A;  2NMZ A;  3AUP A;  5P4Q A;  5P3V A;  3NLS A;  3HZC A;  1FG6 C;  4Y51 A;  2AOE A;  4Q1N A;  1PRO A;  2PMA A;  2QU3 A;  5P1W A;  1GVT A;  5P6S A;  2BJU A;  1K2C A;  2PSU A;  2G27 A;  3RSX A;  1EC2 A;  2QI6 A;  5APR E;  3ZKI A;  5P2C A;  5HU0 A;  5COK A;  3TTP A;  5P5U A;  2QHZ A;  3OUA A;  1ZSR A;  2AVM A;  5P6I A;  3EKX A;  5HU1 A;  3OAD A;  3UDN A;  5C9D A;  2AOG A;  3D20 A;  2QK5 A;  2ZYE A;  1YTH A;  4DUS A;  4B1E A;  2OHR A;  3LIN A;  3EKP A;  5P2V A;  2WKZ A;  4J17 A;  4DQH A;  3EL0 A;  3PMY A;  3KFP A;  4QJA A;  3OAG B;  5P53 A;  5P20 A;  1RPI A;  2REN A;  4Y5P A;  1FQX A;  1KJ7 A;  4LXM A;  5P4P A;  4GYE A;  3Q3T A;  1DIF A;  5P66 A;  4ZE6 A;  4EXH A;  3DCK A;  3PI0 A;  1B6P A;  1MTR A;  3URI A;  5OZS A;  4ACX A;  4Y3N A;  4GB2 A;  3T7Q A;  4RYG A;  4OBZ B;  4NJV A;  2ZHV A;  5P8D A;  5P5F A;  4Y3W A;  2AOC A;  3BGB A;  4J0V A;  5P1A A;  4R91 A;  5P6E A;  2NXL A;  1XN3 A;  1W5V A;  2I4W A;  1ZLF A;  4Y4W A;  2WF2 A;  3LZY A;  3SKF A;  1UH7 A;  1PPK E;  1BXQ A;  5P63 A;  4YDG A;  5DR8 A;  1ODW A;  5P5O A;  2F3K A;  3D3T A;  5P4H A;  4UPJ A;  3UQX A;  5P3H A;  4DQB A;  5P1E A;  5P1K A;  1F34 A;  2BPX A;  2G1S A;  4OC6 A;  1AJX A;  3BVB A;  1LYW A;  5P6G A;  4YD3 A;  5P06 A;  5I3Y A;  4S1G A;  4GJC A;  3TKW A;  1B6M A;  1ZPK A;  1RQ9 A;  1HVI A;  2WEA A;  3NXN A;  3OK9 A;  2A1E A;  5P30 A;  5P38 A;  4JOO A;  2QHC A;  5P7Q A;  5HDV A;  5DR0 A;  5P8B A;  4J0P A;  5P0E A;  1YM2 A;  5P1Y A;  1MER A;  2G26 A;  4Z50 A;  3WZ7 A;  5P3S A;  2G20 A;  5P7Y A;  3OWN A;  3I6O A;  1EPO E;  3O9E A;  3TL9 A;  5KQY A;  3EL9 A;  2FS4 A;  5P15 A;  4APE A;  1PSO E;  4ZIP A;  2QCI A;  2PH6 A;  4Z4X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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