2O4KA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k) in complex with atazanavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords protease
publication title Unique thermodynamic response of tipranavir to human immunodeficiency virus type 1 protease drug resistance mutations.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o4kA00
4GB2A 5P8JA 4AA8A 1AM5A 2QI1A 1T7IA 1FLHA 1FQXA 1C6ZA 4Y3LA 5KQZA 5P4EA 4L7GA 1AJXA 4YDGA 2IKUA 2JXRA 5P0OA 4Y3YA 3VF3A 4Y54A 3G70A 1EAGA 5P8NA 3TOGA 1Z1RA 5IVSA 4CP7A 2BPXA 5P4UA 4QGIA 5ISKA 5P3GA 3OUDB 4DJXA 3UF3A 2AQUA 1HVHA 1SBGA 4LAPA 3NU6A 5DQ1A 3DUYA 3RTHA 3IXKA 5P5DA 2V0ZC 5P5ZA 2V13A 3O9BA 1FQ8A 3LHGA 3MSLA 4I1CA 4Q1YA 2ZE1A 5P2ZA 2EWYA 1BDQA 3HDKA 1ME6A 4NJVA 3IXJA 1HVCA 5P7GA 1IZDA 2VJ6A 2VJ9A 1DP5A 3OWNA 5P64A 5I3YA 2Q55A 2O4KA 3PB5A 1RPIA 4NPTA 5P5AA 2XFJA 1QRPE 2R5PA 5OZRA 5KAOA 2RSPA 4Y5MA 1FQ5A 3ZPSA 2OHQA 7UPJA 2QHCA 5P5LA 5OZQA 5P6DA 6FIVA 1HVJA 4PEPA 2NXDA 5OZ9A 3WSJA 3VCMA 3OHHA 2ZHVA 3BHEA 3CIDA 2PK6A 2RMPA 4I11A 4EQ0A 4QJ6A 5BS4A 5P8PA 3EL5A 2G21A 4L7HA 5P7MA 4NJTA 2IGYA 4NPUA 2O40A 3LIZA 4L7JA 5P6NA 4Y5GA 4ZSMA 4ACUA 4JP9A 1HSHA 2I4XA 2AIDA 5P50A 1HPOA 5KQYA 3DV5A 4J17A 3VFBA 1RV7A 1T3RA 5OZVA 2QP8A 5DGWA 3VF7A 4CPXA 1EPQE 5P59A 3M9FA 1A8KA 1D4KA 2Q3KA 1MSMA 3DV1A 4AUCA 4Y5AA 5P55A 1FMXA 1GVWA 4Y3EA 1LF4A 1AAQA 2RENA 4ZPEA 5KR0A 1EEDP 4GJ7A 3EBZA 1D4HA 2AZ8A 5P5GA 4ZIPA 4DJOA 4EHCA 3K5FA 1ODWA 3T11A 1NPVA 3SPKA 2Z54A 4CKUA 5P7LA 1C6YA 4L1AB 1AJVA 1EPOE 5P0SA 4GJ6A 1HRNA 4Y5KA 3T6IA 5P32A 3PEPA 5P0KA 5P7VA 4B70A 2BJUA 2PYMA 5P6HA 4FSEA 1WBMA 4CPSA 2F3KA 2APRA 1XDHA 4GZFA 3QIHA 4GJ9A 1SH9A 1SIPA 5OZIA 4DPFA 4QJ7A 5P17A 4Y56A 4Y4DA 3URIA 5I3WA 1Z8CA 5ER2E 5P57A 1YTIA 4QJ8A 3VV7A 4Y4JA 2IQGA 3HAWA 4LXAA 1XE6A 4EXHA 5P2XA 1AXAA 4ZSRA 5OZBA 2BPZA 2H6TA 3SKGA 3LZVA 5OZEA 3F9QA 5P72A 4YCYA 2HB3A 5DPZA 1META 5P3LA 2JJJA 1PROA 1HWRA 1D4IA 5P47A 3WB5A 5P2QA 1K6CA 3OAGA 5OYSA 5UPJA 3L5DA 5P06A 3OQKA 5P19A 2ER7E 4BFBA 4I8ZA 3OGQA 1GNOA 3ZKSA 5OZHA 5P0PA 2HPEA 3QI1A 5P0VA 5P8QA 4ZEAA 3OUDA 5P2UA 2JE4A 4HDBA 3SA9A 3OY4A 5P43A 3ZKXA 2QCIA 4EJKA 3HZCA 5OZ7A 2BPWA 5P2MA 5P35A 2IENA 2WF1A 5P4KA 4HLAA 4B0QA 2FLEA 5P6KA 4J0TA 5DR4A 1MEUA 1B6MA 1W6HA 1KZKA 6UPJA 3VYDA 1HEFE 4OBZB 4R5NA 4AMTA 3S85A 3N4LA 3LZSA 4DJUA 3MXDA 4YD6A 4CPRA 4I0FA 5OYXA 3NR6A 4WY6A 5P1UA 2PC0A 2F80A 4Y41A 2HAHA 4Y5BA 1HIIA 5HU0A 1SDUA 5P3JA 3UTLA 2IS0A 2FIVA 2PH6A 5OZ4A 5P0EA 3VEUA 2QI0A 5P3OA 5P1MA 5OZ5A 1HPVA 1PPLE 5P6BA 4F73A 4Y3NA 4R8YA 2QU3A 3TKGA 3MXEA 4CPTA 3WZ8A 3GI4A 2QNPA 4XX3A 4EP3A 4YD7A 1AVFA 1KJ4A 2WF4A 3S7LA 3K5GA 3ZKGA 3OQAA 1MERA 5P79A 2MIPA 2V11C 1GNMA 2V12C 5OZ1A 4LC7A 5P6LA 3O9LA 5P24A 3BGCA 4Y3DA 3O9DA 4Y3QA 3SLZA 1IZEA 5P2HA 4D83A 2JYSA 5P3MA 2PMAA 3FNUA 1AZ5A 4KB9A 5P1ZA 3GI5A 5P0UA 2AZBA 3FIVA 4J0PA 4IVSA 5P1XA 1EPPE 5P7IA 4APEA 4FM7A 2VNMA 4PPHA 5P1LA 5KQXA 3SA6A 4FLGA 4LBTA 2NNKA 4Y3RA 3UQWA 5P16A 5P2EA 5P13A 4D8CA 3TH9A 3ER5E 5P8DA 3L5FA 4Y3TA 3I7EA 5P1RA 1TSQA 1BV7A 4OBGA 2P3DA 1ENTE 1TCWA 3HW1A 5P70A 4ER4E 5P3KA 4QJ9A 5OYZA 5HD0A 4Y3GA 4Y58A 5DR8A 1MT7A 2F3FA 5P1CA 1SDTA 3OUCA 4RRSA 5P1NA 5P7FA 5P2SA 3KM4A 2CEMA 2I1AA 2QI3A 5P84A 4H3FA 1IZIA 4F74A 4ACXA 4B1EA 3T7QA 5P75A 2UPJA 3KDBA 4MC6A 2NPHA 3IAWA 5P1TA 5ISJA 3EXOA 2FS4A 5HDZA 4Y3HA 1SGUA 4FE6A 5P4CA 5EZZA 5P49A 4MC9A 2BBBA 3VLBA 1LYBB 5P29A 5P8BA 2PK5A 3G6ZA 2FGUA 1YM2A 4H1EA 5P14A 4Y37A 5ER1E 5FIVA 2B42A 5P5XA 4Y4ZA 5P7OA 2G1NA 5P00A 1WBKA 1WKRA 4TVHA 1IVPA 5OZDA 2I4QA 4HDFA 5P7DA 3UCBA 5HVPA 5OYUA 1W5YA 4FCOA 1ZTZA 1NPWA 3HVPA 3VV6A 4B1DA 3PJ6A 2QI4A 4YHQA 1TQFA 5HTZA 5P6AA 3KFSA 1MVPA 3WZ7A 5P7RA 5P5CA 3SQFA 5JG1A 5I3VA 2NTRA 2AVVA 4K4PA 3D3TA 1T7JA 5P69A 5P77A 3PCWA 3LINA 2QZWA 4JOOA 5P23A 5KQFA 5P5QA 5P61A 1LS5A 2R8NA 5HDUA 4J1FA 5P51A 5P58A 4YD4A 1PPKE 4CPQA 3O9EA 5P28A 1LYAA 3PMUA 4D88A 3UDQA 5P2KA 5CONA 5P4IA 4JECA 1MT8A 4RYCA 4DQEA 2P4JA 1NH0A 1FMBA 3KMYA 5P6WA 3KFRA 2FNTA 5DQ5A 5P4SA 1G2KA 5DR0A 3D1YA 3PRSA 1GVXA 5P56A 5DR1A 3UQPA 1EPRE 3D1ZA 5P4HA 5P6SA 5P3BA 5OZTA 1QS8A 1C70A 3KA2A 3CIBA 2I4UA 2Z4OA 3OU4B 5P1GA 5P3YA 4FL8A 1G0VA 5OZCA 4FM8A 5P25A 5P8OA 5KR8A 3GW5A 2AOJA 4DH6A 3MSKA 5OZKA 1FB7A 5P5BA 5P7KA 5P6FA 3NXNA 3UDJA 3NDTA 5IVRA 4FRSA 4PYVA 4APRE 2FDPA 2WKZA 3KFNA 4I0EA 2R38A 3D91A 5P1VA 1BWBA 2NMYA 2R9BA 4YD5A 5P6TA 3PWRA 1ZAPA 4GJCA 3SO9A 5P0HA 5P1OA 5P26A 2HB2A 5P1EA 1MIQA 1RL8A 5OZAA 3JW2A 4B05A 3OQFA 5P4RA 1GKTA 3K5DA 5P0LA 2AOHA 3TL9A 9HVPA 5P65A 3VF5A 4Y43A 4AZYA 3UPJA 3SKFA 3OU1B 5DR3A 5P4PA 5P4MA 1DAZC 5SY3A 5P7ZA 5P1DA 3EKYA 3L58A 4LXMA 3DCKA 5P3VA 1XS7D 2F3EA 4TRWA 5P7AA 1PSOE 1YG9A 1HTFA 1PPME 3VG1A 1UPJA 1MSNA 3Q70A 5P8MA 1TSUA 2ZJJA 5P4FA 2FDEA 3ZMGA 5OZFA 3HVGA 1BXOA 5OZMA 5P7HA 3OXVA 1HSIA 3LNKA 5P5EA 4Y45A 4ZSPA 3LPIA 4GMIA 5P01A 1HVLA 4QJ2A 3PM4A 5P0WA 3CYXA 1IBQA 5APRE 1W6IA 3OK9A 4RVIA 2PSGA 3TTPA 1JLDA 5P7EA 2J9JA 3IVIA 4Y5PA 5P6RA 3DM6A 3JVWA 5P6XA 2O4SA 4YDFA 5HE7A 3I2LA 5P8RA 1E5OE 3PBDA 5P2YA 5C9BA 4BEKA 2QNNA 4HE9A 4DQBA 2XYFA 5HU1A 5OZWA 3VUCA 3URLA 1A9MA 5P1JA 1SGZA 4Y3WA 4DJWA 5P5UA 5P3NA 5P42A 3SACA 1FEJC 5P1FA 5P7CA 5AH8A 3APRE 3UDHA 2NXMA 4Y50A 2QHZA 2J9KA 5P0MA 2QMGA 5P7QA 2G69A 4F75A 3QPJA 4N00A 5B18A 5P0FA 3RTMA 1RNEA 2OHLA 5P0AA 1TZSA 2G26A 5P3EA 5P0QA 2QD6A 1J71A 5OZLA 1FGCC 3QRSA 1FFFC 3T7PA 4Y35A 2Q63A 1BV9A 2OHUA 5P0DA 4Y4TA 5P03A 5P3RA 1EPLE 4OBDA 2P3BA 3NUJA 5DQ2A 2P8HA 1EBKC 3GGXA 3FNSA 3NLSA 4RROA 4Q1XA 5P11A 3S7MA 4K4RA 2VKMA 5P8AA 1ZSFA 4QJAA 5P2AA 5P3FA 1KJGA 2BKTA 1K6VA 4J1HA 2NNPA 3QBHA 5P63A 5P7XA 5P6GA 2QMPA 2FNSA 2QNQA 4DJRA 1F34A 2ZJHA 4Y3PA 4DFGA 5OZYA 5P5MA 5P3DA 4RCFA 5P0CA 3OQDA 2Q11A 1LF3A 3PLDA 2HS1A 5IVTA 4XX4A 3K4VA 5DQ4A 5COPA 4EYRA 3SA4A 2O4PA 5P2JA 3SM2A 1YTGA 3ZKIA 5P80A 3OOTA 5AH6A 2NR6A 5P8CA 3RSVA 5HE5A 3GGUA 2ANLA 5P38A 3TPPA 3IVHA 4B00A 2I4WA 3EM3A 2R3TA 1KJ7A 4Y36A 5P2BA 3EC0A 4RVXA 1CMSA 3TOHA 3BRAA 2AODA 4GIDA 1A8GA 5I3XA 5P6CA 5HE4A 5E5KA 2G27A 3SA7A 2G1RA 4OD9B 5P76A 5P8UA 3QAAA 2IRZA 3PSGA 3S43B 4ZSQA 1NPAA 2OAHA 4WTUA 1K6TA 1UH9A 5P1KA 1XL2A 3HBOA 3EKXA 2QMFA 4DJPA 3D20A 5ENMA 5P33A 5I70A 4XXSA 3EKQA 5P6ZA 3HAUA 5KOSA 4Y57A 3IXOA 5SXNA 5P53A 4EPJA 1HTEA 4B1CA 3RVIA 4Y4EA 3LZUA 5P1AA 2ER0E 3NU3A 2OHNA 4YBFA 4J1IA 4Y3MA 1OHRA 3QROA 5P74A 4F76A 4FAFA 3OADB 3KFPA 5OYWA 3EKWA 4Q5MA 1APUE 4GJ5A 5P6QA 2IKOA 3R0WA 5OZXA 5P4GA 1D4LA 1EBWA 3DJKA 6APRE 5TOLA 2WEZA 1YM4A 1M4HA 5P7WA 5P2LA 1D4YA 4M8YA 2G1YA 1HVSA 3INDA 4Y48A 4J5JA 3O9FA 5P1WA 3GGVA 1B5FB 4I10A 5P1YA 4U7QA 1HIVA 5P30A 3L3AA 1YTHA 3Q5HA 1FQ7A 5OZPA 5P62A 3O9GA 8HVPA 3PI0A 4RCEA 4K9HA 1MRWA 4GJBA 5P3WA 2B7FA 2BPVA 1XE5A 5P4XA 5P4JA 3PWWA 4Y3SA 2CENA 4LHHA 5P4LA 3NDWA 1SMEA 2I4VA 4ZPGA 3OOZA 3RU1A 5P78A 2FDDA 3L5BA 1FG6C 1Z1HA 1BVGA 4HA5A 4RCDA 5P7BA 2VA7A 4NJSA 4Y3XA 4L1AA 3CYWA 3OTSA 5OZOA 1QBSA 1W5WA 5OZUA 5E5JA 3FSMA 3UDPA 5AHCA 2OHPA 5P4TA 4GJDA 4HEGA 2FMBA 5P5WA 2ASIA 3ECGA 1EBZA 5P39A 3UDNA 5P0TA 4H3IA 5P04A 1MESA 4ZE6A 2R43A 4RZ1A 2FXDA 4L6BA 3S2OA 5P3UA 5PEPA 5P2VA 2QAKA 2QHYA 1SMRA 2O4NA 5P2WA 7HVPA 5P09A 4X2LA 3TKWA 3OGPA 1VIJA 4Y4BA 3SAAA 3QRVA 2ZHUA 1APVE 2G94A 3INHA 4JPEA 5COKA 1B6JA 4RGHA 2RKFA 4TRZA 1KJFA 3ZKQA 1ODYA 4TRYA 4COEA 2HM1A 5EZXA 3KDDA 4Q1WA 5AH7A 3ZKMA 3Q4BA 4Y47A 3KN0A 3U7SA 5AGZA 4HVPA 3S56A 3VFAA 2G20A 2F81A 2UY0A 2AOEA 3O9AA 2QU2A 3CKPA 4Y5LA 1M43A 3PHVA 3R4BA 1K2CA 3OUAA 1GVUA 5HCOA 4DI2A 5P5VA 3ZPUA 3ER3E 2NXLA 1CPIA 4QLHA 4GJAA 5P7JA 5P5HA 3SA3A 5P4AA 2AVMA 3APPA 4Y4AA 3UQUA 2HC0A 3GI0A 5P1HA 1UH7A 5OZZA 1KJHA 2NMZA 3CICA 3CKTA 1HPSA 4OBZA 3HD8A 3CKRA 1U8GA 1CZIE 5DR7A 5P8EA 5P67A 2IDWA 5P7YA 2AOGA 2VIYA 3VYFA 1VIKA 5P44A 3QP0A 1MUIA 1M0BA 2ZJIA 4I8WA 5P85A 3GGAA 4ZLSA 3ST5A 1HTRB 3OTYA 4YOBA 1APTE 5P05A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GB2 A;  5P8J A;  4AA8 A;  1AM5 A;  2QI1 A;  1T7I A;  1FLH A;  1FQX A;  1C6Z A;  4Y3L A;  5KQZ A;  5P4E A;  4L7G A;  1AJX A;  4YDG A;  2IKU A;  2JXR A;  5P0O A;  4Y3Y A;  3VF3 A;  4Y54 A;  3G70 A;  1EAG A;  5P8N A;  3TOG A;  1Z1R A;  5IVS A;  4CP7 A;  2BPX A;  5P4U A;  4QGI A;  5ISK A;  5P3G A;  3OUD B;  4DJX A;  3UF3 A;  2AQU A;  1HVH A;  1SBG A;  4LAP A;  3NU6 A;  5DQ1 A;  3DUY A;  3RTH A;  3IXK A;  5P5D A;  2V0Z C;  5P5Z A;  2V13 A;  3O9B A;  1FQ8 A;  3LHG A;  3MSL A;  4I1C A;  4Q1Y A;  2ZE1 A;  5P2Z A;  2EWY A;  1BDQ A;  3HDK A;  1ME6 A;  4NJV A;  3IXJ A;  1HVC A;  5P7G A;  1IZD A;  2VJ6 A;  2VJ9 A;  1DP5 A;  3OWN A;  5P64 A;  5I3Y A;  2Q55 A;  2O4K A;  3PB5 A;  1RPI A;  4NPT A;  5P5A A;  2XFJ A;  1QRP E;  2R5P A;  5OZR A;  5KAO A;  2RSP A;  4Y5M A;  1FQ5 A;  3ZPS A;  2OHQ A;  7UPJ A;  2QHC A;  5P5L A;  5OZQ A;  5P6D A;  6FIV A;  1HVJ A;  4PEP A;  2NXD A;  5OZ9 A;  3WSJ A;  3VCM A;  3OHH A;  2ZHV A;  3BHE A;  3CID A;  2PK6 A;  2RMP A;  4I11 A;  4EQ0 A;  4QJ6 A;  5BS4 A;  5P8P A;  3EL5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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