2O4LA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, i50v) in complex with tipranavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords protease
publication title Unique thermodynamic response of tipranavir to human immunodeficiency virus type 1 protease drug resistance mutations.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o4lA00
5OZ6A 5P5MA 5P8HA 3EKTA 3UTLA 1IVPA 2ANLA 1HSIA 3APPA 1QDMA 3OQDA 4FRSA 1BXQA 1QRPE 1FMBA 5P7AA 4U8WA 4DQFA 3UDKA 5KOQA 1KJ7A 2AOGA 4RROA 3CYWA 3L3AA 2V00A 4Y43A 5P48A 2P83A 3GGVA 3FIVA 1OHRA 1ZPAA 2AOJA 3BRAA 3PCWA 1ZTZA 3DCRA 4FM7A 2R43A 5P2TA 2J9JB 2QHCA 5P3RA 2ZJIA 3BUFA 5P52A 4Y3EA 4Y37A 1B6PA 3MWSA 5P4FA 2P3DA 5P3KA 4GYEA 2QMDA 3OU4A 5P2UA 4L1AA 5OZ7A 7UPJA 5P7NA 3IVIA 2V11C 5OZ9A 3EKVA 2BB9A 5SY2A 4NJUA 5P51A 4CPUA 4APEA 1DIFA 3KT5A 3RVIA 1HBVA 3K5GA 5P1IA 1SH9A 4I8WA 2Q5KA 1ZPKA 2WL0A 1LF3A 1GVWA 5T4SA 1APVE 2I4XA 3O9HA 2Q54A 4K4PA 5P5WA 4CPWA 3OXVA 3ZOVA 4LXMA 4LXKA 4Y53A 3O9AA 1K6TA 2F3EA 4JOOA 3EL9A 4DI2A 3QRSA 4Y3FA 2AVOA 5P7HA 3NWQA 1MEUA 5P7TA 1SIVA 4XX3A 5P1RA 5P5NA 1LYBA 3SM2A 5HE7A 4DQEA 4YCYA 2V10C 3HVPA 3GGXA 5P4EA 5P6BA 4B70A 4DJUA 5ER2E 3LNKA 3D1XA 5JFPA 2AVQA 5KR2A 4X2LA 5P24A 1UH8A 5P0XA 3JVYA 2R3WA 4GJBA 1B6JA 2HC0A 2IGXA 3PI5A 3LIYA 1FF0C 2AOFA 5P54A 5OZIA 5P0UA 4GMIA 4DQCA 1FQ5A 5P5TA 4H3IA 1NPAA 1GNNA 5P3OA 4S1GA 2BKSA 5C9BA 2P3CA 5P2AA 2QI4A 3LHGA 1C70A 5P71A 3TPRA 4HEGA 2QZXA 1FQ6A 3PLLA 1HVRA 3ZKXA 1FMUA 5OZSA 5P31A 5P6FA 1XS7D 5P6SA 3OXXA 5P4XA 5P85A 3H0BA 5OYVA 5P43A 1AJVA 1HPSA 2BPVA 4EPJA 5OZCA 4TVGA 2QMFA 4YA8A 5P8NA 4Y3AA 3Q5HA 2BBBA 4DVFA 3R2FA 4FL8A 1BWAA 3OUDA 1C6ZA 1YG9A 3VEUA 2A1EA 1PPME 5IVTA 1N49A 4FRIA 5P4QA 5P72A 3MSLA 5P5DA 4DV9A 5AHCA 1SDUA 1BDLA 2QZKA 1RQ9A 1U8GA 3SACA 1GNMA 5P0ZA 2IEOA 2QD6A 4M8XA 4FS4A 3CKRA 6FIVA 2J9KA 5P0MA 4J1EA 1BIMA 3TKWA 5P09A 5P8LA 1DPJA 5P6GA 3ZKSA 1T7KA 5HCTA 1VIJA 1EPOE 4DQBA 5P07A 5JG1A 5P19A 3KFRA 5P39A 5P46A 2UPJA 3I6OA 1ZAPA 3VCMA 1HXWA 3PHVA 2F3KA 5P05A 3QIHA 1AJXA 1ZLFA 1META 4BFBA 3ECGA 5IS4A 3PJ6A 2QMPA 3HW1A 2APRA 2QNNA 3OADA 4PEPA 5P30A 1HVJA 4K4RA 4OBZB 2ER7E 5P13A 4YDFA 5P06A 2JE4A 2OF0A 4PZXA 5P5PA 5P50A 3ER3E 3LITA 2QK5A 4TRZA 4QJ2A 5P5BA 2HB3A 3SO9A 2WHHA 4Y57A 5OZGA 3I25A 1BVEA 3NDUA 1G2KA 4HDBA 5P7KA 4Y51A 5P04A 5P6QA 1D4IA 1K2BA 2G21A 5P6CA 1E82E 4RCEA 2QCIA 3L58A 3QBHA 3LIQA 3VF7A 4L6BA 4FRKA 4R5NA 1MERA 2QU2A 4AA8A 4GB2A 2FGUA 5P5AA 5P66A 5OZRA 5P4OA 3OQAA 2WECA 2ZDZA 5P7JA 4GJ8A 1Z1HA 4J0VA 1HTEA 5AGZA 5OYSA 5P1NA 4ZE6A 5C9FA 3VSWA 3O9CA 8HVPA 2PSVA 5P2JA 3QROA 1HWRA 5AHBA 2ZE1A 4HDPA 3SKGA 1TCXA 2WEBA 3GI4A 3TOGA 5P5XA 5P2LA 4F75A 1M43A 2R9BA 1JLDA 1M0BA 5HTZA 4Y9WA 5P37A 5P58A 3L5BA 3IN4A 2VNNA 5P14A 4LP9A 2PWRA 3SKFA 1OD1A 2ZYEA 4H3JA 4Y4UA 2OHMA 4Y5PA 4YCKA 4Y4ZA 3DV1A 5P8KA 4NJTA 2XFIA 2FLEA 5DR1A 3S7MA 4EXGA 1HVSA 3DCKA 5OZAA 2FXEA 4Y4GA 4OC6A 2Q63A 4LXAA 3OUBA 2PYMA 1FG8C 1YT9A 1GNOA 5P00A 1PSAA 1HTGA 5P6AA 5KR8A 1KJGA 5OZEA 4D89A 5P16A 1FQ8A 4DJWA 2EWYA 4WTUA 4Y5CA 5P77A 2CEJA 4ER1E 5P3AA 2NXMA 1D4LA 2WEAA 4RVXA 5P4VA 2PMAA 5P1OA 3LZUA 1HXBA 3L5DA 1LYAA 1EAGA 1A8GA 2OHLA 4B77A 3INFA 1C6XA 3SFCA 3OU4B 5P7PA 3SM1A 4FRJA 2Q15A 2WF2A 2AOCA 4RZ1A 4RVJA 4Y4DA 5DR7A 3S54A 3DV5A 3PBZA 4RRNA 3NWXA 3I2LA 4LBTA 1YM4A 4EJKA 4Y3NA 5P70A 5EZXA 2BPWA 2ZJKA 2FNTA 4I1CA 5P8SA 1YX9A 1IBQA 1T3RA 4YCTA 1TQFA 2F81A 1EBWA 5OZPA 5OZ0A 3OQKA 1ODYA 1EC3A 3DUYA 3ZKQA 3OOTA 3ZPUA 1ZSRA 1XE5A 7HVPA 3RSVA 2G94A 5P4DA 1APWE 5P4NA 2VNMA 4RRSA 2QNQA 4Q1YA 3NDWA 5P7SA 4LC7A 5P3TA 3VLAA 1Z1RA 5OYZA 5P82A 1LYBB 3OU1B 1WKRA 5HDZA 1MT7A 5C9DA 5P02A 4Z4XA 4B78A 4GJDA 1B6KA 3OTSA 3EKQA 5P3FA 5P6WA 4B05A 4CPRA 5P62A 4Y3GA 2HAHA 3CICA 1BBSA 1HEGE 3Q70A 2BPXA 3OOZA 1GVXA 4I0EA 4NPUA 1MT8A 5P15A 5P5VA 3GI5A 1VIKA 2ZJNA 5KAOA 3SA7A 5P2NA 2HS1A 3EC0A 2PWCA 2R5QA 2QNPA 5P7BA 1LF2A 2IKUA 3BVAA 5KR1A 4DQGA 4Y44A 1TSQA 3EKYA 5P2HA 1MTBA 4Y4EA 1T6GA 2NMYA 3URLA 3PMUA 3D3TA 2AQUA 2O4PA 1APUE 4Y3SA 5P78A 4KB9A 1KZKA 4TRYA 5P2RA 9HVPA 1EBKC 2B42A 2G27A 3ZKNA 1EPRE 5JODA 2OHSA 1ENTE 3IXJA 5P79A 1HEFE 3UDPA 5P0AA 1HTRB 3EL0A 3OUDB 2HPEA 5KQYA 3OHHA 5HE4A 1D4JA 2PK6A 3UFLA 4QGIA 4E43A 1F34A 4F74A 5P4WA 3LPJA 3LPIA 2HS2A 1IZHA 5P2QA 3OQFA 1K6VA 2IQGA 5P88A 4ZSPA 2QAKA 5P64A 1SGUA 1EPPE 5P1MA 2B8VA 1HPXA 4Y6MA 5P1TA 3HLOA 4ER4E 4FE6A 3OY4A 3EKPA 3K1WA 5P81A 2BJUA 4K8SA 3VYFA 2QI1A 2I4VA 3R0YA 5P3SA 4FSLA 1YTHA 1BAIA 2AVMA 3NYGA 4GJCA 5F01A 5P73A 3S45A 5SY3A 5P2EA 3QRVA 4DFGA 5DR4A 5P4LA 5HDVA 1IVQA 5P3JA 5P7DA 1IIQA 2O4SA 3SLZA 3QVCA 5OZYA 3OADB 5OZZA 5HE5A 5OZJA 2G26A 4JPEA 3UQXA 4F73A 4ZSQA 5P80A 3HZCA 3FNTA 2QZWA 5P28A 1DAZC 2AOEA 4XXSA 1AIDA 4MC6A 1A9MA 1FKNA 5P47A 5P17A 2HIZA 4EQJA 2XFJA 3G70A 5P4JA 5P1PA 1EPQE 5P0TA 5P4ZA 1SDVA 4L7HA 4YD6A 3UQRA 5ER1E 3IN3A 4LHHA 2P3BA 4EWOA 5P8EA 2QD7A 2VIZA 4Y3YA 4EJDA 4Y50A 3BGBA 1BDQA 1FLHA 1NSOA 4LAPA 5P57A 5P7GA 3BVBA 2VJ6A 3ER5E 4ZPGA 3BXRA 5AH9A 1KJ4A 4L7JA 2H6SA 1HIHA 1HVLA 2FS4A 1A94A 3TOHA 5P2VA 3CKPA 5COPA 4Y4BA 5P2ZA 3O99A 1Z8CA 5P1CA 5P5KA 3QRMA 3EKWA 4UPJA 3FNUA 5P36A 1OEXA 5OZLA 2FGVA 4J0PA 4Y5BA 5P1GA 1D4HA 3AUPA 4ZEAA 1C6YA 5AHAA 2WEZA 5P6PA 3ZMGA 3B7VA 4PYVA 3OAGA 5COOA 4Y3TA 2JXRA 3VUCA 4B1EA 2HB2A 3S7LA 5P0CA 2I0DA 2ZHRA 3IVHA 4DJYA 1G0VA 3PGIA 5P2CA 5P41A 4FGXA 3BUHA 5P3MA 3IA9A 4OC6B 1FQXA 4CPSA 4RCDA 4WY1A 5P8VA 4D85A 4M8YA 5P1ZA 3OTYA 5SXNA 1PSOE 3O9LB 3SAAA 5P6MA 4Y48A 4HVPA 3URIA 2FIVA 3GW5A 2CENA 3PVKA 4B1DA 3T6IA 3PEPA 3S8IA 5ISKA 4ZPEA 5P6VA 1LZQA 1OEWA 5P8UA 5P11A 1B6LA 2PH8A 3RU1A 3PSUA 1AM5A 3OXCA 5P7FA 5HDXA 1LYAB 4IVTA 3APRE 5P26A 4GJ6A 5P0VA 6APRE 3D1ZA 4J1HA 3QBFA 1FQ4A 5P61A 3WZ6A 5P65A 1MRWA 4ZLSA 5P4PA 5P34A 4BFDA 1NPWA 3VFBA 2NXDA 4QJAA 4K9HA 1B11A 5P7OA 1MIQA 2ZJLA 4DJXA 2G20A 1WBKA 5DR0A 4I0GA 1K1TA 4CP7A 3UQWA 1UH7A 3QPJA 4Y4TA 5P69A 5P8GA 3EM4A 2JYSA 1EC2A 2ASIA 4I0HA 4A6BA 1MRXA 3PMYA 5HDUA 4B0QA 4Q1WA 1B5FA 2QHYA 4DH6A 5P8BA 4HE9A 1G35A 5P6TA 5P53A 1FB7A 2IGYA 2IKOA 4OBDA 4Q5MA 4Y4AA 5P3ZA 3QN8A 5P0IA 3EL4A 4H3FA 5P10A 1LF4A 4CPQA 3OGPA 4J54A 2B7FA 3R1GB 4Y3ZA 2FDEA 5P6RA 5P49A 4Y38A 5P0SA 1FFIC 2ZJMA 5P4KA 5P7QA 3KYRA 1RL8A 4YD5A 3HDKA 1YM2A 4Y35A 5AH6A 4RYCA 3GGUA 4I0DA 5P7IA 2RENA 5P6ZA 3ZLQA 1T7IA 5HU1A 5P6HA 3K4VC 1B6MA 4DJRA 2VJ9A 1AAQA 1LEEA 2AIDA 5OZTA 4GJ9A 5P8OA 4Y4XA 5OZQA 2OHUA 3ST5A 4D88A 3TTPA 1HHPA 1MT9A 5P5CA 5P8MA 1FEJC 4YOAA 3L5FA 5P35A 1EPLE 3QS1A 1W5XA 5I3XA 5APRE 1GVUA 1K1UA 5P1DA 1HVCA 1XL5A 4YD4A 3PCZA 5P3EA 3N4LA 3HAWA 2I4UA 2V12C 4Y3XA 4Y3HA 2FXDA 3KT2A 5P7CA 4EQ0A 2OHPA 1M4HA 1TZSA 4J1IA 3VF5A 2O4NA 2NNKA 4OD9A 1MPPA 2NTRA 1EEDP 3UDHA 3LZVA 5KQXA 5P4HA 4APRE 5P4IA 1LS5A 1EPNE 1BDRA 1K6CA 1ODXA 5I70A 2WF1A 5P74A 1IDBA 5P3DA 5P3UA 3INEA 2VIEA 1GVTA 2CEMA 2AZCA 1MSNA 5P1BA 5P5YA 5OYTA 1LV1A 3UF3A 5P33A 2NMZA 5P63A 5P1AA 5P1WA 5P3BA 3QAAA 5OZ5A 4EHCA 1W5VA 5P5IA 4EJLA 2P4JA 4Y3LA 5P6NA 4I12A 5P5EA 3WB4A 2IDWA 2OHQA 5OZ3A 2FMBA 3ZPSA 1DW6C 5OZBA 3URJA 3PM4A 1EPME 4DPIA 3KDBA 2QI5A 2Q64A 4EP2A 3I8WA 5P7LA 4Y3WA 5OYRA 1TW7A 3LIXA 1F7AA 3PLDA 3D91A 4B00A 2UY0A 3K5DA 3NU4A 5P3NA 1ER8E 5P4UA 4D8CA 1ZJ7A 4KE0A 3L5CA 1D4SA 2R5PA 4L1AB 4Y4JA 5P6KA 2OAHA 5P1KA 4MC9A 2G1RA 3KM4A 3O9EA 5J25A 2NPHA 5P18A 5P2XA 4EP3A 1DP5A 3LIVA 1MESA 3UDYA 3EL5A 3NSHA 2P3BB 5IE1A 1XN3A 5P6YA 5P5HA 3T3CA 4DJQA 3KMYA 2QP8A 5OZUA 5P8DA 2HM1A 1HPVA 1D4KA 3L38A 1YTIA 4DPFA 5P5GA 3FX5A 3VV8A 5P7UA 4PPHA 4WY6A 3KDDA 3UDMA 3U71A 2PC0A 5P23A 5P3LA 3VYEA 5P1YA 4Y3QA 5P45A 3S43A 5P2DA 3D20A 2ZJJA 2IS0A 3M9FA 4J1KA 2VS2A 2B60A 5SZ9A 4N00A 1LYWA 1ZBGA 4OBKA 5P2WA 3EBZA 1IZDA 5P8IA 4B1CA 4BEKA 5BWYA 1E80E 3KN0A 1NPVA 3EKXA 4J1CA 5JFUA 3IAWA 2QD8A 5P3VA 3S85A 1AXAA 6UPJA 3OAGB 2ER6E 4Y3DA 2RMPA 4Z22A 5OZDA 3WZ7A 5P3QA 1IDAA 4EXHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ6 A;  5P5M A;  5P8H A;  3EKT A;  3UTL A;  1IVP A;  2ANL A;  1HSI A;  3APP A;  1QDM A;  3OQD A;  4FRS A;  1BXQ A;  1QRP E;  1FMB A;  5P7A A;  4U8W A;  4DQF A;  3UDK A;  5KOQ A;  1KJ7 A;  2AOG A;  4RRO A;  3CYW A;  3L3A A;  2V00 A;  4Y43 A;  5P48 A;  2P83 A;  3GGV A;  3FIV A;  1OHR A;  1ZPA A;  2AOJ A;  3BRA A;  3PCW A;  1ZTZ A;  3DCR A;  4FM7 A;  2R43 A;  5P2T A;  2J9J B;  2QHC A;  5P3R A;  2ZJI A;  3BUF A;  5P52 A;  4Y3E A;  4Y37 A;  1B6P A;  3MWS A;  5P4F A;  2P3D A;  5P3K A;  4GYE A;  2QMD A;  3OU4 A;  5P2U A;  4L1A A;  5OZ7 A;  7UPJ A;  5P7N A;  3IVI A;  2V11 C;  5OZ9 A;  3EKV A;  2BB9 A;  5SY2 A;  4NJU A;  5P51 A;  4CPU A;  4APE A;  1DIF A;  3KT5 A;  3RVI A;  1HBV A;  3K5G A;  5P1I A;  1SH9 A;  4I8W A;  2Q5K A;  1ZPK A;  2WL0 A;  1LF3 A;  1GVW A;  5T4S A;  1APV E;  2I4X A;  3O9H A;  2Q54 A;  4K4P A;  5P5W A;  4CPW A;  3OXV A;  3ZOV A;  4LXM A;  4LXK A;  4Y53 A;  3O9A A;  1K6T A;  2F3E A;  4JOO A;  3EL9 A;  4DI2 A;  3QRS A;  4Y3F A;  2AVO A;  5P7H A;  3NWQ A;  1MEU A;  5P7T A;  1SIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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