2O4SA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k) in complex with lopinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords protease
publication title Unique thermodynamic response of tipranavir to human immunodeficiency virus type 1 protease drug resistance mutations.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o4sA00
1XS7D 5P5OA 2NXLA 3OAGB 1T7IA 4YDGA 4EP2A 1E5OE 1BVGA 2WEAA 1YG9A 3NWQA 4CPXA 1LYBB 2P3CA 2PC0A 1FF0C 3CIBA 1J71A 5P34A 4LP9A 1IZHA 3HVPA 4Y4WA 4LL3A 3OUDB 2AVSA 3O9GA 3GGVA 4PYVA 2ER0E 4DVFA 2QHYA 3OTYA 5P5DA 2P8HA 5OYVA 5OZ4A 2PK5A 1IVQA 1LV1A 3OXXA 3KDCA 5P1QA 4I11A 5PEPA 1MSNA 5COPA 4Z4XA 4J1CA 3UDPA 2P3AA 4B77A 4Y5PA 1K6VA 4Y5LA 3ZMGA 4OBJA 4Y41A 4YA8A 4R8YA 3GGAA 2VA6A 3BVAA 1HPXA 4H3GA 2F8GA 5DPZA 2OHSA 2NTRA 3QN8A 1K2CA 5P84A 4K4QA 1HEGE 4D88A 4Y36A 4Q1WA 3T7PA 1HSIA 5P4WA 5P3IA 1EBYA 5SY2A 1UH7A 3Q6YA 3K4VA 2G27A 1DAZC 5P1MA 5P3OA 2QD8A 1Q9PA 1RV7A 1E82E 5P5ZA 5OZUA 4Y4UA 3WZ8A 3LZVA 3PSGA 5P6LA 5P4BA 4OBHA 4ZLSA 3ZPUA 1C6XA 5BWYA 3UQXA 1XE5A 5IVSA 1M0BA 1GKTA 5P4FA 4FM6A 4Q1XA 4EWOA 4EJLA 4J1IA 4IVSA 3URJA 5P32A 2ZGAA 3NXEA 4E43A 4Y3TA 5P1RA 3NU6A 5P6WA 2BBBA 3UHLA 2QI5A 3L59A 5P3EA 1CMSA 1APTE 3CKTA 3G70A 1T7JA 2QNQA 4J0VA 1B6KA 1HOSA 1BDRA 4EP3A 2V0ZC 3WB5A 2HS2A 1SMRA 1ZAPA 2AIDA 2QI7A 1YT9A 4Z2ZA 4Z22A 1W5YA 1XE6A 1GNNA 3BGCA 5COOA 5P1GA 5P10A 1FMUA 5P2CA 5P7CA 3BXRA 3SPKA 1HTEA 2O4SA 5P8DA 3FNTA 5P4YA 4J0TA 4WTUA 3VLAA 3TL9A 2HB2A 5P0GA 2AOFA 2I4QA 3KF0A 5JODA 1KJFA 2I4XA 1VIKA 4D89A 5P3SA 3BUFA 3LIXA 5P0ZA 2P3DA 4GB2A 4XKXA 5OZSA 3C9XA 5AH7A 4GZFA 2OAHA 4CP7A 4OC6A 3IXJA 3O9HA 1K6CA 3FX5A 3RTHA 4EQJA 5KOSA 3OOZA 4DV9A 5P5TA 5OYZA 3FNUA 4HDPA 3I25A 1RPIA 3G72A 5P29A 2BKTA 4I0FA 1FQXA 3O9AA 1BV9A 5P1EA 5P5EA 3Q3TA 3Q5HA 3BVBA 3TPPA 4QJAA 1F7AA 1HTGA 2VNMA 2BB9A 3T6IA 4Y3GA 3D1YA 2HAHA 3KDDA 3PB5A 3PM4A 1TCXA 1QBTA 2PYNA 1W51A 5P87A 3OGQA 5OZXA 3LIQA 5P23A 4F73A 1K6PA 3CKPA 5AH6A 5P1XA 4B0QA 1BWAA 3PEPA 5P4AA 4L1AB 1FG6C 4QJ2A 4I12A 3D1ZA 5AH8A 2OHMA 3SA6A 4JECA 5P3VA 3GGUA 4QJ7A 3SFCA 1KJ7A 4IVTA 4K4PA 2ZHSA 3SA9A 4B1EA 5OZ2A 4YOAA 5P0DA 2QI6A 4Y6MA 3OQAA 2QI0A 2G1NA 2XFIA 4EYRA 2CEMA 4Y3SA 4Y3JA 2BKSA 5HE5A 4OD9A 4CPWA 2AOJA 4Y4ZA 5P5VA 3D20A 2QNNA 4F74A 3BUHA 5OZYA 4OBZA 2ZJIA 3HW1A 3TNEA 5DR7A 4PHVA 5C9DA 4HZTA 3T11A 3CYXA 2WF1A 5P7FA 5P6PA 2JJJA 1HRNA 3MXEA 5F01A 3PLDA 5OZOA 3KFRA 1AIDA 2FDDA 3DK1A 4GJ6A 3URLA 2FGUA 1A8GA 2QI1A 3QRMA 5P71A 1T7KA 2F3EA 4UPJA 2Z54A 2HIZA 1SGZA 4YDFA 4Y50A 5P26A 4DJRA 2FDEA 5P3RA 3QI1A 1A9MA 3L5EA 3LIYA 5P81A 2AVVA 2QZWA 2F3KA 1TQFA 3OOTA 4MC1A 1MTRA 1MIQA 1SIVA 2P3BB 5P78A 5P2GA 5P8NA 3QBHA 1KZKA 4CPTA 3NUJA 5OZ0A 3SO9A 5AHAA 5DR0A 3SABA 2WF2A 1Z8CA 1FB7A 1PROA 3SA5A 5P82A 3VV8A 5P39A 5P28A 5P5HA 2QAKA 5DR3A 5P0MA 1EC1A 1A94A 5P6QA 3I8WA 5OZGA 5P2SA 3KDBA 5P8PA 1W5XA 5P4IA 5JFPA 3MSKA 4LBTA 4Y5AA 4MC9A 1K6TA 4KE0A 5P1KA 2R38A 3OQ7A 4TRYA 4DJWA 1E80E 5P3AA 5P6TA 2QZKA 3EKWA 4Y5EA 5P0UA 4X2LA 4Y3DA 5ENKA 5P1OA 4Y47A 5P67A 5P4TA 2NXDA 4KB9A 5I3VA 5ER1E 2PK6A 1XDHA 2ZJKA 1LYWA 1HPVA 5P0JA 3R0WA 1MPPA 3INHA 3OTSA 4ZSPA 2EWYA 3B80A 2BPVA 3AIDA 3PBDA 3NR6A 3UTLA 3TLHA 1ODWA 3ZKGA 1BXOA 4BEKA 1LYAA 4KUPA 3KT2A 1E81E 2AVMA 1W6IA 3UPJA 5APRE 3EM3A 3OY4A 4Y3MA 2V00A 5P17A 2XYEA 5P6MA 4Y4XA 4AUCA 3CICA 5P6EA 3MSLA 5KQYA 3BXSA 5DR1A 5OZHA 5DQ1A 1GVUA 1PFZA 2J9JA 4FAFA 1HVCA 3DJKA 5P2WA 4Y5CA 2ZHVA 4Y5BA 5P6ZA 5P5RA 4L6BA 4B70A 4HEGA 3F9QA 4PZWA 5DQ4A 3QRVA 2AOHA 5P0HA 4WY1A 5OZTA 3OAGA 4ZEAA 3IAWA 5OZLA 2G94A 4AMTA 4Y56A 1DW6C 1NSOA 4YD3A 5P7TA 1T6EX 3EKQA 5P8JA 1LYBA 3UCBA 4Y3RA 1ODYA 5OZ5A 4DJQA 5P5PA 3DV1A 5DGWA 3TPLA 3O9BA 5HU0A 4Y3QA 3OUDA 3EL9A 2IRZA 3JVWA 4Y35A 4EXGA 5OZRA 3SA4A 4EJ8A 3SA8A 1GVXA 3QP0A 2MIPA 4J1FA 3KT5A 4Y3YA 5P5AA 5P7PA 3Q4BA 5P8KA 2JXRA 5DQ5A 5DQ2A 3UDQA 3UDMA 5P00A 4COEA 5OZPA 2G22A 2I0AA 5KR8A 4LHHA 3UFLA 4QLHA 2V16C 4B78A 1ZBGA 5P5GA 3B7VA 4YCTA 4GJDA 3ZKNA 4FIVA 3UQUA 2A4FA 3OUBA 3TOHA 2B42A 7UPJA 1DMPA 4NJUA 5HDZA 5OZQA 3RSXA 4QGIA 5P75A 1SP5A 4I0GA 3K5GA 2OHNA 3UFNA 3O9LB 4ZSMA 5P1DA 4R92A 3MSJA 2VJ7A 2RSPA 5P11A 1WKRA 3VLBA 4YD7A 4GJ5A 3S45A 3VCMA 3GI6A 2JYSA 3M9FA 2O4KA 2WHHA 3PJ6A 2CEJA 1WBMA 5OYXA 5KOQA 2J9KA 3TPRA 5P4VA 5P20A 5P1VA 3KFNA 4YHQA 5P3DA 4JPEA 5P6BA 5P47A 1IBQA 1NPWA 3EL0A 3NUOA 5P2MA 4ZSQA 5P3YA 1U8GA 4DQFA 3ZOVA 3S2OA 2G21A 4ER4E 1ZSFA 4HE9A 3HVGA 5P4ZA 5P3MA 3O99A 5OZEA 5P52A 1LF4A 1G35A 5P0NA 1HPOA 3A2OA 2Q5KA 5P2LA 5P63A 2UPJA 5P55A 3TOGA 2AOCA 3IXKA 4J55A 5P0PA 4QJ8A 1CPIA 5ISJA 1B5FB 5OYWA 5I3XA 5P0BA 4Y5MA 2VIEA 2AODA 3JVYA 3BRAA 1A30A 5P60A 3VYDA 5P7RA 1HWRA 3HZCA 3VV7A 4BFBA 1IDAA 1UPJA 5EZXA 4YBIA 3OUCA 5P5JA 2R3WA 5P3ZA 4ER2E 3Q70A 3S8IA 5P3JA 5P6UA 2F3FA 1D4YA 3D91A 3DOXA 2G1YA 2RKGA 2O40A 3T7QA 1PPKE 5P0OA 3QPJA 3OXCA 1YX9A 3QRSA 1GNOA 2ER7E 1MTBA 4J1KA 1B6PA 3WZ7A 4FM7A 3PI5A 3EC0A 3URIA 5P0CA 1D4IA 3SLZA 3LPKA 5OZIA 1W5VA 1TCWA 2P4JA 5P6HA 1YTIA 3S43B 3GI4A 4YD4A 5P5CA 5KR0A 2Q64A 4CPUA 4FRKA 5P1AA 3HBOA 1SGUA 5UPJA 5F00A 4KE1A 5AH9A 3VG1A 2OHLA 5CLMA 1T6GA 1G6LA 4LC7A 3L38A 5P01A 5P02A 3FKTA 1RQ9A 2OHTA 3DUYA 3UDYA 1MVPA 1ZPKA 1W5WA 4GJBA 4OBKA 1SMEA 5P6OA 4ZPEA 1TSUA 5IVRA 4EHCA 5P57A 4Y53A 4DJPA 4Y4EA 1A8KA 3PVKA 3NDTA 5HE7A 5OZZA 4Y3XA 3N3IA 1DP5A 5P5FA 4GJ9A 1K1UA 5P6FA 3SKGA 1EPOE 5OZ1A 2VKMA 3RSVA 4L1AA 5J25A 3N4LA 5SXNA 2QU2A 2ANLA 4OBGA 3I6OA 1M43A 3K5DA 5P5QA 4X7IA 5P8IA 2AOGA 2OHUA 3D1XA 1TZSA 1XN2A 3PRSA 3QIHA 4ZSRA 4EXHA 5P37A 1C70A 2AZ8A 3EKVA 2VJ9A 5HE4A 5P0FA 5HCTA 1IIQA 2AOIA 1AVFA 4DUSA 3LPJA 3G6ZA 6APRE 3PSYA 3KFSA 1EBWA 9HVPA 5P8MA 3VF3A 1SDUA 5P3PA 3LINA 1MRXA 5CONA 2WEBA 4H3IA 3SKFA 3AUPA 1AAQA 5JFUA 4Y5NA 5P1FA 3HAUA 5ISKA 2V12C 1FQ6A 2I1AA 4A6CA 1MT7A 3H5BA 2ZJLA 5P7XA 4FS4A 3ZKXA 1EC3A 3RVIA 4DFGA 4NPTA 5P2EA 2OF0A 4Y3WA 5P5BA 4DQCA 3PWRA 3KMXA 3KM4A 3D3TA 1MEUA 1QRPE 4TRZA 5IVTA 1AJVA 4A6BA 5P3GA 2VA5A 5P4KA 4QJ6A 5P6JA 4QJ9A 5P8AA 5P8SA 2BQVA 2AOEA 5P3KA 4LXAA 5OYTA 5P36A 1DPJA 1PPME 4FL8A 1HPSA 4JPCA 4NJSA 4I8ZA 4RRNA 4YCKA 1APUE 1JLDA 2G26A 4Y3PA 4PZXA 4FRIA 5P7SA 2P3BA 5P89A 3LPIA 5P5UA 3DCKA 3PCWA 4OBFA 4RVXA 2AZ9A 5EZZA 5P40A 5P7UA 2Q54A 2QD6A 2FMBA 5KR1A 4H1EA 5P2RA 5KQFA 3I7EA 3ST5A 5SY3A 5OZ8A 4TVGA 5P2AA 3GI0A 5P06A 4MC6A 4J0ZA 2VS2A 4D8CA 2Q55A 2QZXA 1C6YA 3LZUA 1FMXA 5E5JA 4D85A 3IXOA 4FM8A 5P3NA 3FSMA 2PSUA 3U71A 4Y51A 4Y3NA 5I3YA 4GMIA 2R5QA 5OZKA 3EL5A 3QVCA 2I0DA 3PHVA 5P0IA 1D4KA 4L7GA 2WJOA 5SZ9A 2BPZA 5OZMA 5P4XA 1HVSA 1B11A 2AZBA 4GIDA 4GJCA 4A4QA 2QMGA 5OZ9A 4J1HA 1C6ZA 2WEDA 5P3CA 1HTRB 3T3CA 2I4VA 5P8QA 5P0RA 4JOOA 5P3QA 3NU3A 4RZ1A 5P6XA 5P5YA 3NWXA 4ZE6A 3IVIA 4DJYA 3APRE 5P0YA 5P53A 1AXAA 3L5BA 3VF5A 3ZLQA 5JG1A 5P8FA 2ZHTA 2R3TA 5P88A 3NU4A 3T7XA 1IZIA 1KJHA 5OZFA 4R95A 5P6VA 3SAAA 4Y3FA 5P2NA 1G0VA 2G20A 4FRSA 4HVPA 1SBGA 4H3FA 2HB3A 1ZSRA 3CIDA 4J17A 4H3JA 4DPFA 2O4PA 5P3LA 5P79A 1SDTA 3ZKQA 4TRWA 3ZL7A 3WSJA 5P0TA 4DQEA 2WL0A 5P7BA 1BXQA 3RTMA 1LS5A 3NYGA 3O9DA 5P2YA 3PWWA 3ECGA 2BPYA 5P5SA 3PWMA 3FIVA 4U8WA 4B1CA 1EPPE 2FS4A 1HVHA 5P77A 3OADB 5AHBA 5DQCA 1MUIA 1FG8C 5IVQA 4Y4AA 2BJUA 3UF3A 5P38A 5P1LA 5P3HA 3NSHA 2JJIA 3QVIA 5P13A 5P8TA 4EJKA 4J5JA 3S85A 3OU1B 3VSWA 4RLDA 1GVWA 5P1HA 5P4QA 4APRE 4YCYA 5P59A 2HM1A 3L5DA 4APEA 5P4DA 2QK5A 5P3UA 3EMYA 4DQHA 1ODXA 3UQPA 1D4HA 3O9LA 2OHKA 5P7VA 4N00A 5P3WA 3S7MA 1FFIC 3OWNA 4Y3ZA 4M8YA 3L5FA 4FGXA 4FRJA 2IGXA 3GW5A 1BVEA 2AZCA 3WZ6A 1D4JA 5P1UA 5P5IA 5P4UA 4PEPA 1FQ8A 5OZDA 3L5CA 2B7FA 5OZVA 4Q1NA 5P43A 3KYRA 1LEEA 1HHPA 3IVHA 1EC0A 2WECA 1QBSA 5P1SA 4B72A 1LZQA 3EM6A 1LF2A 1PSNA 1PSOE 5P6RA 2HC0A 3BHEA 4AA8A 1QS8A 5P41A 2FXDA 3UQWA 3EKXA 5ER2E 1B5FA 3NLSA 3UDKA 5P7WA 5P04A 1IDBA 1EBZA 3OUAA 3S56A 1FEJC 1EC2A 3PI0A 1OEWA 3BGBA 4CKUA 5P8RA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XS7 D;  5P5O A;  2NXL A;  3OAG B;  1T7I A;  4YDG A;  4EP2 A;  1E5O E;  1BVG A;  2WEA A;  1YG9 A;  3NWQ A;  4CPX A;  1LYB B;  2P3C A;  2PC0 A;  1FF0 C;  3CIB A;  1J71 A;  5P34 A;  4LP9 A;  1IZH A;  3HVP A;  4Y4W A;  4LL3 A;  3OUD B;  2AVS A;  3O9G A;  3GGV A;  4PYV A;  2ER0 E;  4DVF A;  2QHY A;  3OTY A;  5P5D A;  2P8H A;  5OYV A;  5OZ4 A;  2PK5 A;  1IVQ A;  1LV1 A;  3OXX A;  3KDC A;  5P1Q A;  4I11 A;  5PEP A;  1MSN A;  5COP A;  4Z4X A;  4J1C A;  3UDP A;  2P3A A;  4B77 A;  4Y5P A;  1K6V A;  4Y5L A;  3ZMG A;  4OBJ A;  4Y41 A;  4YA8 A;  4R8Y A;  3GGA A;  2VA6 A;  3BVA A;  1HPX A;  4H3G A;  2F8G A;  5DPZ A;  2OHS A;  2NTR A;  3QN8 A;  1K2C A;  5P84 A;  4K4Q A;  1HEG E;  4D88 A;  4Y36 A;  4Q1W A;  3T7P A;  1HSI A;  5P4W A;  5P3I A;  1EBY A;  5SY2 A;  1UH7 A;  3Q6Y A;  3K4V A;  2G27 A;  1DAZ C;  5P1M A;  5P3O A;  2QD8 A;  1Q9P A;  1RV7 A;  1E82 E;  5P5Z A;  5OZU A;  4Y4U A;  3WZ8 A;  3LZV A;  3PSG A;  5P6L A;  5P4B A;  4OBH A;  4ZLS A;  3ZPU A;  1C6X A;  5BWY A;  3UQX A;  1XE5 A;  5IVS A;  1M0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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