2O4WA

T4 lysozyme circular permutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
169
structure length
162
Chain Sequence
LRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNMDIFEMLRIDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 169
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o4wA00
1L06A 126LA 229LA 2IGCA 3HH6A 1L96A 3G3XA 4W58A 3C80A 128LA 1C63A 3C8RA 1XEPA 2O4WA 3F8VA 1L64A 230LA 158LA 254LA 1K28A 188LA 187LA 1L66A 1L09A 1D3FA 1L55A 190LA 1L38A 1L02A 234LA 213LA 4W55A 4EKPA 1L28A 1I6SA 1L92A 1D3MA 3UONA 1L42A 1L91A 201LA 2B6YA 1PQDA 1B6IA 257LA 1QT5A 1QTCA 196LA 176LA 1CV3A 1L73A 3SN6R 4ARQB 1L89A 1T8GA 5I14A 1QT4A 3DKEX 174LA 1CV6A 1LWKA 3HUAA 1C6FA 2Q9DA 1L56A 1L85A 1DYCA 4I7KA 1LGXA 1L79A 3CDOA 113LA 3CDQA 1L99A 172LA 1LYDA 3DN3A 3F9LA 114LA 228LA 222LA 1T8FA 1L03A 1C62A 163LA 151LA 1L74A 1L37A 2OTYX 3SB6A 1C6AA 4ZPUA 2QB0B 1LYGA 4YXCA 235LA 1C6CA 2RBOA 4EKQA 103LA 1LYIA 1L84A 1L87A 1T6HA 1C6IA 3NY9A 1DYBA 1L80A 3HT6A 1LYHA 4OO9A 181LA 1L62A 1L90A 1SX2A 1LYEA 1C6KA 2F32A 1ZWNA 1C67A 119LA 143LA 239LA 2NTGA 120LA 3C83A 3CDTA 3SB8A 1L30A 145LA 1DYGA 4AQNA 3HT7A 4E97A 3G3WA 1EPYA 1QUOA 217LA 2L78A 2OE4X 4W59A 1L75A 4I7MA 1L52A 221LA 110LA 164LA 1L77A 2RBQA 1CU0A 2Z6BA 1LYFA 3DN8A 148LE 186LA 3SB7A 225LA 1L26A 2HUMA 1CU5A 130LA 3SBAA 185LA 1C69A 102LA 1DYEA 1QT7A 2RB1X 1LWGA 115LA 1L98A 1QTHA 1C6LA 1LPYA 139LA 166LA 1L05A 237LA 2B6ZA 171LA 112LA 251LA 1PQMA 141LA 175LA 4K5YA 149LA 3OE9A 3DMZA 2OTZX 1TLAA 1G0KA 1L20A 197LA 155LA 2F47A 1P6YA 3OE8A 1C6GA 1QTDA 1ZYTA 4I7QA 1L70A 3V2WA 4YXAC 238LA 4ARMB 1KW5A 4I7NA 1L21A 1QUHA 3CDRA 3GUJA 1D3JA 1P3NA 165LA 1C6PA 1L67A 3HTDA 4EJ4A 240LA 108LA 1C6HA 191LA 1L12A 3GULA 2NTHA 1L47A 1JTMA 255LA 3SB9A 1P56A 1P37A 1L34A 3NY8A 1L97A 1L39A 3C81A 3FA0A 223LA 4LDLA 123LA 107LA 3HU8A 3SB5A 1C6NA 111LA 1L14A 205LA 2RH1A 242LA 253LA 3HUQA 1L25A 2O7AA 1C65A 3ODUA 3C7ZA 262LA 2B6WA 1D2WA 3L64A 125LA 1LGUA 1L04A 4W53A 2RAZX 211LA 1OWYA 261LA 1SSYA 1L27A 3DN6A 1L76A 4W54A 1L43A 1L17A 4W57A 157LA 2RBSA 1P7SA 1G0QA 1L58A 1SWYA 1L94A 1L35A 1L22A 4EPFA 1L19A 2LCBA 215LA 1G0MA 250LA 199LA 1L50A 3DMXA 138LA 4W52A 1OWZA 3D4SA 4I7SA 258LA 232LA 1L83A 1G0JA 2A4TA 3OE6A 1KY0A 3DMVA 2OEAX 1L81A 1OVKA 4I7PA 1CX7A 1L32A 1C60A 170LA 1L29A 1XJTA 1L69A 152LA 177LA 1L63A 3HUKA 1L59A 1C6EA 1D9WA 1L54A 167LA 4I7LA 4GRVA 1SX7A 231LA 1QSQA 2HULA 3FI5A 1QT8A 173LA 1L23A 219LA 4GBRB 1CVKA 3C7YA 1L88A 2B6TA 1L07A 3HTBA 2RBNA 1G06A 3GUIA 1L00A 1LI3A 2OE7X 1ZURA 1C6DA 1L31A 1L18A 1P64A 248LA 1LLHA 109LA 1OV7A 3GUOA 1CU2A 118LA 1PQIA 7LZMA 1QT6A 212LA 147LA 1PQOA 1SSWA 1LW9A 1KY1A 256LA 3NYAA 2O79A 1T97A 1L46A 1C6JA 180LA 214LA 1PQKA 1JQUA 2B75A 1G0LA 2ANXA 1QS9A 2RBPA 4IAPA 1G1WA 3HU9A 224LA 3C7WA 122LA 3DNAA 3C82A 3PBLA 1L57A 1G0GA 1L53A 1L15A 1QTBA 3C8QA 4EKSA 1P5CA 206LA 1P36A 4DKLA 1L60A 142LA 1QS5A 1C61A 1LI2A 183LA 2HUKA 1C66A 3GUPA 140LA 192LA 1XJUA 162LA 3HWLA 104LA 1L49A 1PQJA 3GUNA 243LA 249LA 1NHBA 1P2RA 1CX6A 4PJZA 1C6TA 156LA 182LA 131LA 127LA 1LYJA 1P2LA 2LC9A 4LDEA 1D3NA 2OE9X 1L11A 1DYFA 236LA 1JTNA 1G1VA 1SWZA 233LA 246LA 2OU8A 4ARQA 1QSBA 4I7OA 2RAYX 3HH3A 227LA 129LA 1DYAA 1L13A 3HT9A 241LA 1C68A 1L48A 1LI6A 1C6QA 1C6MA 2B6XA 220LA 1L51A 1QUDA 1CTWA 1C6BA 1L08A 1L72A 1QUGA 1OVJA 1P46A 1CUPA 1CV0A 1L0JA 1L01A 4ARJA 2OU9A 1CU3A 4EXMA 3HTGA 1G07A 4I7JA 4LZMA 1L33A 4S0WA 3HDEA 3V2YA 189LA 6LZMA 1L86A 3SBBC 216LA 1OV5A 2B70A 209LA 4W51A 3CDVA 1L41A 1L44A 168LA 244LA 3LZMA 252LA 4DAJA 1T8AA 1KW7A 200LA 3DN4A 1G0PA 1L61A 5LZMA 3HT8A 2ANVA 4I7TA 195LA 1L68A 3HH5A 4DJHA 4I7RA 1CV4A 178LA 1L16A 3DN0A 198LA 218LA 3C8SA 3QAKA 144LA 1L93A 3GUKA 3FADA 3K2RA 1OYUA 2OU0X 2QARC 1QTVA 3DN2A 146LA 3GUMA 2LZMA 1L45A 3HTFA 1D2YA 3EMLA 3VW7A 2CUUA 2B7XA 247LA 184LA 1CUQA 1KNIA 2RB0X 3HDFA 3L2XA 4ARLA 1L10A 245LA 1L95A 160LA 1L24A 259LA 1L40A 2RBRA 3PDSA 159LA 1L36A 2B74A 150LA 3RZEA 1L71A 2Q9EA 1QTZA 4ARPA 1OVHA 3DN1A 1LGWA 2RB2X 260LA 4EPIA 1WTHA 1C64A 1CV5A 1CV1A 1CU6A 1L82A 4YX7C 169LA 4ARMA 226LA 1L65A 3OE0A 4W56A 2B73A 161LA 3RUNA 1L0KA 3G3VA 1DYDA 137LA 3JR6A 210LA 2B72A 2F2QA 4PK0A 4LDOA 3HH4A 4EKRA 1KS3A 1QT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZVQB 1V7TA 2N5ZA 229LA 3RNXA 2IGCA 4GN5C 208LA 2ZQ4A 1D0KA 2O4WA 230LA 1QSWA 187LA 4B1AA 1L66A 1L09A 3WVXA 3WPJA 234LA 1LJIA 1L92A 1I6SA 1D3MA 1LCNA 1B6IA 4NSIA 4HV2A 3AW6A 257LA 5B59A 1KIPC 3ATNA 4GCFA 1T8GA 5FEKA 5I14A 1QT4A 1TAYA 174LA 4NGYA 1GFGA 1MELL 1L85A 5IDDA 1HMKA 1L79A 1NBYC 1LYDA 3EBAB 5T3FA 1J1OY 228LA 4DD3A 1B5WA 163LA 1B7QA 3SB6A 2FYDA 1C6AA 3E3DA 2YBMA 4ZPUA 5FCPA 2QB0B 5I4XA 1LZNA 1B5UA 1NDGC 1C10A 1L84A 1L87A 4NGIA 3NY9A 2HEDA 5FDJA 3J6KA 2RSCA 1BB3A 4OW1A 1LYEA 1B7LA 4WG1A 2EPEA 5HMJA 1Z55A 4B0DA 2YDGA 1L30A 145LA 3N9AA 217LA 3AJNA 4I7MA 4RDSA 1CKFA 1JWRA 4WOAA 4OWHA 4GN4A 1HMLA 3B0IA 4NHSA 1LZCA 3B0KA 1B2KA 5FHWA 1QT7A 3EO5A 5B1GA 115LA 4NWHA 4C5FA 1L05A 171LA 4R6CA 5APFA 1PQMA 1XGPC 5K7OA 3TXGA 3OE9A 1G0KA 5KXOA 197LA 1TBYA 4RW2A 2MEAA 3MGWA 4X3BA 238LA 2HU3A 4I7NA 4U3XB 1DQJC 1DKJA 1QUHA 6LYTA 1L67A 5ILFA 240LA 1YQVY 3CSZA 191LA 4OOOA 1XGRC 1IP1A 1L47A 3BKVA 4PPOA 2F30A 3SB9A 1GF8A 1P37A 4LYZA 5LIOA 5EBHA 1L97A 3C81A 4MSTA 3FA0A 5HNCA 4LDLA 3SB5A 5I4YA 1LHMA 1GF4A 5C6LA 2RH1A 242LA 4AXTA 2EIZC 1JUGA 134LA 262LA 2IFFY 1LGUA 3TXBA 2B5ZA 2Q0MX 4W54A 4DD2A 1L17A 1GBXA 2WARA 1JITA 1LZ9A 1HHLA 1RI8B 1L94A 1WQQA 5KXNA 1L19A 4YOPA 3A96A 250LA 4GCEA 3DMXA 4W52A 4IATA 3OE6A 1L83A 4ZEEA 1GFTA 1B7OA 4I7PA 1JIYA 1XGQC 4XN6A 4N9RA 1L29A 1XJTA 177LA 5E9RA 1D9WA 1VAUA 3WXTA 1LSPA 1QSQA 3FI5A 2DQCY 5ILCA 1JJ0A 1LZDA 2B6TA 2CWIA 4NGWA 1IR9A 3WPLA 1LI3A 2BQFA 1LLHA 4LZTA 3A94A 1UIAA 1GDXA 1PQIA 4LYBA 212LA 147LA 4KT3A 3EXDA 3N9CA 4BS7A 4AGAA 4XJFA 5LVIA 180LA 5APEA 2B75A 2ANXA 1G7IC 2RBPA 3AGIA 4G9SA 1BWHA 3DNAA 1HC0A 4WMGA 4YM8A 1L15A 4EKSA 3WU8A 4HP0A 4DKLA 5KXXA 193LA 1L60A 142LA 1OUFA 3TXHA 3GUPA 1XJUA 5LVJA 3HWLA 104LA 4NGVA 1JJ3A 3GUNA 5LA8A 4GLVA 1C6TA 1QTKA 3HFMY 5F81A 1D3NA 2OE9X 3A95A 2ZYPA 236LA 2LYZA 1QSBA 3WUMA 2RAYX 3W6EA 3HH3A 129LA 4RLNA 1L13A 3HT9A 1NDMC 4GN3A 1GFEA 2B6XA 2BQGA 1JKDA 1YILA 1L72A 3WPKA 4ETAA 1AM7A 1CV0A 1LJEA 2GV0A 4ARJA 1L33A 1JSFA 189LA 3SBBC 4W51A 1L41A 1L44A 244LA 3LZMA 1YKZX 252LA 200LA 3DN4A 4HPIA 1UIFA 3ZEKA 1HEOA 3HH5A 4DYGA 178LA 3CT1A 3DN0A 1SLYA 3QAKA 3TMXA 5FELA 1BB4A 5KJ9A 1JKCA 3K2RA 1QTVA 3CT5A 4B4EA 2ZNXY 4H9AA 4N0JA 4BADA 1FN5A 2B7XA 4WL6A 1LZ4A 1LMPA 4ARLA 1L10A 2W1MA 3A67Y 3A3RX 2VB1A 1L24A 1B5ZA 2MECA 4ETDA 3G3BB 2B74A 3LYMA 1IP6A 4ETBA 1HNLA 3DN1A 1ZMYL 1CU6A 1L82A 3J4GA 1LJ4A 226LA 1JSEA 4W56A 1IP2A 3JR6A 210LA 3P68A 1LJNA 2B72A 2F2QA 1GB7A 3HH4A 1KS3A 2FBDA 4E3UA 3HH6A 3C80A 4H9FA 2C8OA 1XEPA 3B0OA 1L64A 4XJIA 4NGZA 1XEIA 4YF2A 1D3FA 2CJLA 2BQEA 1CJ6A 1GFHA 1L28A 1HSWA 1EL1A 1AZFA 1P2CC 3RT5X 3UONA 4NHTA 5LYMA 1DXJA 3LHMA 1QT5A 4N5RA 5I54A 176LA 1IVMA 3DKEX 1JTOL 5FSTA 132LA 1LWKA 1C6FA 4MCKA 3WYHA 1L56A 1DYCA 3CDOA 1IR7A 172LA 3HBHA 222LA 2CGIA 1C62A 151LA 4N1CC 4PRUA 4M4OA 2YBHA 1CJ9A 235LA 2RBOA 1D9UA 4DD9A 1T6HA 1B0DA 2Y8PA 4OO9A 2F32A 1ZWNA 4XENA 1C67A 1CKHA 1IWVA 1HENA 4QGZA 2DKVA 5KXKA 1DYGA 1GD6A 4TSCA 3HT7A 2BQMA 1IIZA 1B7RA 4XYYA 110LA 1L77A 2Z6BA 1LYFA 3SB7A 5LXWA 4GCCA 3P4ZA 1EQ4A 185LA 1C69A 4I0CA 1DYEA 4NGJA 4H94A 1LWGA 4WM3A 1QTHA 1LPYA 3A8ZA 2B6ZA 5HQ1A 3HBDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZVQ B;  1V7T A;  2N5Z A;  229L A;  3RNX A;  2IGC A;  4GN5 C;  208L A;  2ZQ4 A;  1D0K A;  2O4W A;  230L A;  1QSW A;  187L A;  4B1A A;  1L66 A;  1L09 A;  3WVX A;  3WPJ A;  234L A;  1LJI A;  1L92 A;  1I6S A;  1D3M A;  1LCN A;  1B6I A;  4NSI A;  4HV2 A;  3AW6 A;  257L A;  5B59 A;  1KIP C;  3ATN A;  4GCF A;  1T8G A;  5FEK A;  5I14 A;  1QT4 A;  1TAY A;  174L A;  4NGY A;  1GFG A;  1MEL L;  1L85 A;  5IDD A;  1HMK A;  1L79 A;  1NBY C;  1LYD A;  3EBA B;  5T3F A;  1J1O Y;  228L A;  4DD3 A;  1B5W A;  163L A;  1B7Q A;  3SB6 A;  2FYD A;  1C6A A;  3E3D A;  2YBM A;  4ZPU A;  5FCP A;  2QB0 B;  5I4X A;  1LZN A;  1B5U A;  1NDG C;  1C10 A;  1L84 A;  1L87 A;  4NGI A;  3NY9 A;  2HED A;  5FDJ A;  3J6K A;  2RSC A;  1BB3 A;  4OW1 A;  1LYE A;  1B7L A;  4WG1 A;  2EPE A;  5HMJ A;  1Z55 A;  4B0D A;  2YDG A;  1L30 A;  145L A;  3N9A A;  217L A;  3AJN A;  4I7M A;  4RDS A;  1CKF A;  1JWR A;  4WOA A;  4OWH A;  4GN4 A;  1HML A;  3B0I A;  4NHS A;  1LZC A;  3B0K A;  1B2K A;  5FHW A;  1QT7 A;  3EO5 A;  5B1G A;  115L A;  4NWH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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