2O7AA

T4 lysozyme c-terminal fragment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
123
structure length
115
Chain Sequence
KDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKMDIFEMLRIDEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 47
structure length 115
sequence length 123
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o7aA00
183LA 3DN3A 110LA 216LA 3DN4A 254LA 234LA 4YXCA 185LA 178LA 1C6BA 2B6YA 4W56A 4LDLA 2OU0X 3CDQA 4ARMA 3SBBC 3HTBA 1L68A 4EPIA 240LA 142LA 1C6MA 3GUPA 1L65A 1CU2A 140LA 1L66A 4I7RA 1L27A 220LA 1DYGA 1L46A 1XJTA 1PQKA 1CX6A 1L87A 1C6PA 3DN8A 244LA 1T97A 1CUQA 2ANXA 1C65A 4I7KA 4EPFA 2LC9A 1CV3A 2RBSA 1C6TA 1QTBA 2Q9EA 1G1WA 4EKRA 2OE9X 150LA 241LA 1L56A 1OVHA 1C67A 1DYCA 251LA 1XEPA 2RH1A 1L60A 1LYFA 1L44A 2B6WA 1C62A 1L72A 1L14A 1KS3A 1SSYA 1C6GA 2CUUA 1CU5A 255LA 1KY1A 1L20A 1L96A 1L92A 3C7YA 1KNIA 1P56A 148LE 1T8GA 200LA 1L62A 3GUMA 4W58A 3EMLA 3G3XA 138LA 2QARC 3C8RA 2OTYX 128LA 1G0JA 1QT5A 1CV4A 1L82A 221LA 161LA 1LYIA 4LDOA 3FI5A 1LW9A 215LA 2RB1X 3C81A 1L11A 4ZPUA 1L43A 109LA 2A4TA 1L05A 2RBOA 1QUHA 1L80A 3DN0A 1C6LA 1QTVA 1L31A 3PDSA 4GRVA 1C61A 1C6CA 238LA 3G3WA 4DAJA 118LA 187LA 1L71A 224LA 2OEAX 1G06A 102LA 1D9WA 4EJ4A 3K2RA 3GUOA 3VW7A 1L45A 1LLHA 1CX7A 4LDEA 145LA 1G1VA 159LA 2ANVA 191LA 3DNAA 1CU3A 1C63A 1L24A 2IGCA 103LA 3HH4A 1LI6A 2B70A 246LA 1L59A 3DMZA 1L94A 1L40A 3OE0A 1C6DA 3G3VA 152LA 1C6EA 3NYAA 127LA 247LA 1G0PA 1CV1A 1PQJA 1L85A 1LWGA 190LA 2RBQA 156LA 1OVKA 1P6YA 1CVKA 3HUKA 1G0KA 3SB5A 169LA 3SB8A 4ARQB 1QUGA 1OWYA 1CV0A 1L84A 171LA 1D2YA 3V2YA 1L21A 1L52A 1CU0A 1L33A 2B72A 146LA 1L37A 1L90A 1L15A 3DN6A 1LGUA 1QT7A 2OE7X 1QTZA 1L77A 1QT6A 1L23A 1KY0A 104LA 1P36A 3F8VA 3HH6A 262LA 1L25A 3SB9A 1JTMA 2RB2X 1D2WA 1QS9A 1ZYTA 219LA 4ARMB 125LA 2F47A 177LA 1XJUA 112LA 1L39A 1L30A 1C68A 1L74A 2O79A 249LA 4LZMA 4W54A 3FA0A 2RAYX 3C83A 4EXMA 1L55A 1P3NA 199LA 1C69A 236LA 1L06A 211LA 1L53A 1L32A 3GUKA 201LA 1CU6A 1LGWA 1C6IA 1L86A 176LA 163LA 1L54A 4I7PA 3C8QA 1L69A 120LA 7LZMA 1D3MA 2QB0B 1OYUA 261LA 4EKPA 4OO9A 108LA 1LGXA 170LA 3DMVA 1PQDA 1L02A 1OV7A 3HU8A 258LA 164LA 3GUJA 2L78A 1B6IA 3F9LA 3RZEA 175LA 2NTGA 2Q9DA 4W53A 1L73A 1G0QA 1P2LA 1L07A 4YX7C 1KW5A 4I7JA 3L64A 1KW7A 214LA 1CTWA 3C8SA 1L95A 1P7SA 248LA 114LA 1G0MA 1LYGA 2OTZX 1QT4A 141LA 4I7OA 181LA 4W51A 1QTCA 122LA 1C60A 4I7TA 1OVJA 173LA 3NY8A 1C6JA 1WTHA 2F2QA 1L19A 1ZWNA 3HDFA 197LA 4K5YA 3GULA 3OE9A 3CDRA 1LWKA 137LA 232LA 3GUIA 3DKEX 186LA 166LA 2B6ZA 4E97A 1L03A 4I7LA 1L99A 2LZMA 1QUOA 3HUQA 2RBPA 4AQNA 1L63A 189LA 3QAKA 1LI3A 4W55A 1DYAA 1LYHA 1P37A 228LA 1L42A 242LA 196LA 1T8FA 160LA 1L18A 3HTFA 1L58A 147LA 4PJZA 4IAPA 3PBLA 1DYEA 217LA 2B6XA 1TLAA 1L75A 1SWZA 239LA 1DYFA 6LZMA 4GBRB 158LA 1L79A 1QUDA 4DKLA 252LA 3CDTA 165LA 1C6NA 260LA 4ARPA 245LA 205LA 2LCBA 2B7XA 2O4WA 1I6SA 180LA 1L13A 225LA 119LA 206LA 1L28A 237LA 4YXAC 3HUAA 115LA 1L64A 3C80A 1SSWA 1L76A 4ARJA 3HH3A 1L35A 131LA 2B6TA 1L61A 1JTNA 1QSQA 1NHBA 3LZMA 1CV5A 1L08A 1QSBA 1C6FA 210LA 4W59A 213LA 3DMXA 4I7QA 1D3NA 2B73A 167LA 2RB0X 1L91A 3V2WA 1L00A 4I7MA 3JR6A 4W57A 1SWYA 1QT8A 2HULA 3C7WA 3SN6R 222LA 1L29A 1L49A 3HU9A 1C6KA 1L50A 195LA 1L97A 1C66A 1P2RA 143LA 1L51A 1LYDA 130LA 3NY9A 1G0GA 2RAZX 172LA 113LA 227LA 1P5CA 2RBNA 3HT7A 3DN2A 4EKQA 2NTHA 149LA 1C6QA 4DJHA 230LA 1L70A 3SB6A 257LA 3HT6A 2RBRA 3C82A 2OU8A 123LA 1L26A 1L04A 1QTDA 4I7SA 4W52A 192LA 4ARLA 1L16A 5LZMA 1CV6A 107LA 1G07A 1D3JA 1K28A 3DN1A 1L41A 1JQUA 3CDOA 1C6HA 157LA 1LYJA 1QT3A 3HT9A 1L36A 218LA 3C7ZA 1P64A 4I7NA 3ODUA 1QTHA 174LA 259LA 235LA 1OWZA 4S0WA 151LA 1L81A 1LYEA 1PQIA 1ZURA 1L88A 3L2XA 3OE8A 233LA 243LA 1L10A 226LA 209LA 2OE4X 3CDVA 3HH5A 3HDEA 1L12A 3HTDA 1C6AA 1T8AA 1L89A 1T6HA 2F32A 1L34A 3SBAA 1L01A 4PK0A 3HT8A 1OV5A 1EPYA 1L0KA 3UONA 3SB7A 1CUPA 212LA 3HTGA 1L98A 253LA 223LA 1C64A 1D3FA 1L93A 4EKSA 111LA 1L67A 2B75A 3FADA 3RUNA 1L22A 1LI2A 2B74A 155LA 139LA 182LA 231LA 198LA 3OE6A 1G0LA 1L38A 1L09A 2OU9A 1SX2A 5I14A 188LA 144LA 1L47A 1LPYA 256LA 1L48A 1L0JA 4ARQA 1L17A 129LA 2Z6BA 3HWLA 3D4SA 1P46A 1QS5A 1SX7A 229LA 1DYDA 2HUMA 3GUNA 126LA 1DYBA 1PQMA 2O7AA 168LA 1L57A 2HUKA 1L83A 184LA 250LA 162LA 1PQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FLQA 1WQRA 2YBNA 3WPLA 2B5ZA 5B05A 216LA 3DN4A 4YXCA 2W1LA 1TDYA 2OU0X 1OUDA 1JHLA 3HTBA 1L68A 4W94A 4EPIA 4OOTA 1LHHA 5EBHA 3GUPA 4HTQA 5F9XA 1L27A 2HTXA 220LA 4H9AA 1JISA 1PQKA 3TMWA 1CX6A 4CJ2A 244LA 1CUQA 2HU1A 3AZ6A 3IJVA 3LN2A 1DPWA 2LC9A 1FKQA 1HSXA 3AGHA 3T6UA 4EKRA 4QGZA 3HBHA 3TMUA 4EOFA 241LA 1IP3A 4NGZA 4RLMA 3MGWA 1DYCA 251LA 2RH1A 3LYZA 1L60A 1L44A 3CQLA 1C62A 1V7SA 4J0LA 1KY1A 5C6IA 148LE 1LZNA 200LA 1L62A 4I8SA 3TXGA 2OTYX 4NG8A 1LZSA 1G0JA 1D6QA 1QT5A 4LDOA 2EQLA 215LA 2RB1X 4LT3A 5KXTA 1L11A 109LA 3CT5A 5LVKA 4NGLA 4WL7A 3DN0A 1GF4A 1WTNA 153LA 4WO6A 4EMNA 4RDSA 224LA 3W6FA 1LZ9A 1G06A 4N1CC 154LA 3VW7A 3GUOA 3A94A 1CX7A 5JENB 159LA 1IO5A 3DNAA 5LYMA 3WPJA 3IJUA 4DC4A 1JKBA 3DMZA 1L40A 3OE0A 127LA 2Z12A 4GCCA 2HEBA 1LWGA 1N4FA 2D4KA 2RBQA 1P6YA 2BPUA 5I4WA 1QUSA 3A92A 4OWBA 2D6BA 135LA 1L33A 3DN6A 1L37A 1L15A 1LGUA 1SQ2L 3P66A 1IWXA 1QT6A 1P36A 3F8VA 3HH6A 1IR9A 1L25A 1JTMA 2ZQ4A 3RU5A 5D5FA 1D2WA 1QS9A 1ZYTA 219LA 4DD9A 1TBYA 3WU7A 4ZFPA 1XJUA 1HC0A 1LSYA 3N9EA 1WQMA 1LJNA 4DDAA 4EXMA 1L55A 1ZV5L 199LA 2MEIA 5KY1A 4DT3A 1L86A 4XJIA 4ETBA 5KXKA 1L69A 3A93A 3WUMA 7LZMA 1D3MA 4EKPA 4OO9A 4DYGA 1OV7A 3HU8A 258LA 207LA 1B6IA 1NKHA 5DN4A 3BKHA 1L73A 1G0QA 3TXFA 4B0DA 1L07A 3HBEX 3L64A 1IWTA 1KW7A 1CKDA 4W96A 3C8SA 1OP9B 3SP3A 2H9JA 1L95A 1P7SA 248LA 1JPOA 3A3QA 1F10A 4NSHA 122LA 1OVJA 5KXYA 1C6JA 1ZWNA 4K5YA 3OE9A 5M1YA 3GUIA 5I53A 1L03A 4I7LA 3WVYA 1FBIX 1LZEA 4XJDA 1JUGA 189LA 3QAKA 4H90A 1XEJA 4H9HA 1D9UA 3WPKA 1L42A 4GN4A 1B7SA 5HMJA 1HMLA 194LA 1GFVA 2B6XA 1TLAA 1IP5A 239LA 4NHIA 1QUDA 4Z3MA 4NHSA 4DKLA 252LA 205LA 4CFOA 1I20A 1HEWA 1NQIA 1XGQC 1LTMA 4G4HA 1O23A 206LA 2MECA 237LA 2C8PA 1LSZA 115LA 2HUBA 1L64A 4LYZA 1GB9A 3A96A 1WQNA 2CJLA 1P2CC 1JTNA 4ETEA 1C6FA 1FLUA 1OUFA 1LMQA 210LA 4I7QA 1BB6A 1C10A 167LA 2RB0X 4WMGA 2CWIA 3V2WA 3OJPA 4W57A 2HULA 1L29A 2HECA 1L49A 1IWVA 5APEA 195LA 3VWOA 1L97A 1C66A 4GCDA 2W1XA 143LA 130LA 3J6KA 4WLTA 4NG1A 5KXZA 2RBNA 4G49A 1YL0X 4U3XB 1HERA 5FDJA 3DN2A 4EKQA 2NTHA 3C82A 3RNXA 123LA 1IR7A 2G4PA 1EQ5A 1LJJA 192LA 1B5YA 1L16A 3A90A 1IP4A 4LYCA 107LA 1G07A 1K28A 1JQUA 4NGWA 1IOQA 2H9KA 3HT9A 4LYOA 1L36A 218LA 1B7NA 3C7ZA 1P64A 3CB7A 5E9RA 259LA 235LA 1OWZA 1KXXA 1UBZA 4BAFA 4HTKA 1WQPA 3A6BY 4DQJA 1L88A 2CDSA 3OE8A 3AZ4A 4LZTA 3EO5A 1GF3A 4H91A 4LYMA 2OE4X 1GB2A 2BQMA 1LJFA 4OWHA 3QNGA 5KXNA 9LYZA 1L89A 4H8YA 6LYZA 1D6PA 1UUZC 212LA 2FBBA 1C64A 1H87A 4XJBA 2NWDX 1YKZX 3RUNA 4WM1A 2B74A 3WW6A 5IHGA 4OWCA 3OE6A 1G0LA 2AUBA 3CT1A 2HEAA 4DQ5A 1SX2A 4DD3A 1OUBA 188LA 2LZTA 1LSCA 1L47A 256LA 5AMYA 4ARQA 1L17A 1FDLY 2Z6BA 1QS5A 1AT6A 2BQNA 5FSTA 229LA 2HUMA 4NSJA 1IY3A 3GUNA 126LA 1L83A 4O34A 250LA 1GFKA 162LA 183LA 5K7OA 4YEOA 3W6AA 1JSEA 4NGYA 1GFUA 1G7JC 1JKDA 178LA 3FE0A 1LYZA 4LFPA 5LVJA 1C46A 1UA6Y 4TTDA 4XYYA 1BWIA 1C6MA 2N5ZA 2XBRA 1BVKC 1DYGA 1JTOL 3WUNA 1L87A 4OW1A 1JSFA 2HU3A 1C65A 4II8A 1GWDA 4EPFA 5C6LA 1CV3A 3W6BA 1I1ZA 5I4YA 1UACY 4LYTA 1BB7A 1JJ0A 1LZTA 1DPXA 4CHXA 1NMMA 3A95A 2BQAA 4ML7A 2MEBA 3AZ7A 1LYFA 1LOZA 4BADA 1C6GA 2YDGA 1LJGA 1L96A 1L92A 3C7YA 2ZNWY 1NBYC 1KNIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FLQ A;  1WQR A;  2YBN A;  3WPL A;  2B5Z A;  5B05 A;  216L A;  3DN4 A;  4YXC A;  2W1L A;  1TDY A;  2OU0 X;  1OUD A;  1JHL A;  3HTB A;  1L68 A;  4W94 A;  4EPI A;  4OOT A;  1LHH A;  5EBH A;  3GUP A;  4HTQ A;  5F9X A;  1L27 A;  2HTX A;  220L A;  4H9A A;  1JIS A;  1PQK A;  3TMW A;  1CX6 A;  4CJ2 A;  244L A;  1CUQ A;  2HU1 A;  3AZ6 A;  3IJV A;  3LN2 A;  1DPW A;  2LC9 A;  1FKQ A;  1HSX A;  3AGH A;  3T6U A;  4EKR A;  4QGZ A;  3HBH A;  3TMU A;  4EOF A;  241L A;  1IP3 A;  4NGZ A;  4RLM A;  3MGW A;  1DYC A;  251L A;  2RH1 A;  3LYZ A;  1L60 A;  1L44 A;  3CQL A;  1C62 A;  1V7S A;  4J0L A;  1KY1 A;  5C6I A;  148L E;  1LZN A;  200L A;  1L62 A;  4I8S A;  3TXG A;  2OTY X;  4NG8 A;  1LZS A;  1G0J A;  1D6Q A;  1QT5 A;  4LDO A;  2EQL A;  215L A;  2RB1 X;  4LT3 A;  5KXT A;  1L11 A;  109L A;  3CT5 A;  5LVK A;  4NGL A;  4WL7 A;  3DN0 A;  1GF4 A;  1WTN A;  153L A;  4WO6 A;  4EMN A;  4RDS A;  224L A;  3W6F A;  1LZ9 A;  1G06 A;  4N1C C;  154L A;  3VW7 A;  3GUO A;  3A94 A;  1CX7 A;  5JEN B;  159L A;  1IO5 A;  3DNA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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