2O7AA

T4 lysozyme c-terminal fragment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
123
structure length
115
Chain Sequence
KDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKMDIFEMLRIDEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 47
structure length 115
sequence length 123
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o7aA00
168LA 245LA 1PQOA 2Q9EA 246LA 3SB9A 1SX7A 1L73A 1CU2A 1T8FA 2F2QA 4GBRB 1LGXA 183LA 1L86A 1PQIA 1L91A 3FA0A 4EKPA 3DN0A 178LA 1L20A 2A4TA 4EXMA 147LA 2O7AA 1L13A 4ARQB 167LA 172LA 1C60A 1SSYA 1C67A 1L94A 1C6DA 141LA 138LA 1QTBA 1C6LA 201LA 3NY8A 169LA 102LA 4YXCA 1L26A 1L00A 4W53A 2RBQA 3DN8A 1SWYA 1P7SA 1XEPA 2IGCA 2RBRA 4W52A 234LA 155LA 174LA 256LA 1L35A 3SB5A 3GUJA 115LA 242LA 2B6TA 175LA 176LA 3HTGA 1L41A 1C69A 1L75A 1C6PA 2RB2X 2OU0X 109LA 3DN1A 1C63A 2QARC 1LWKA 3HDFA 1QS5A 2OU9A 4I7TA 2B74A 1CV1A 157LA 1L62A 237LA 1JTNA 1CU3A 2RBPA 1G0MA 4DJHA 3CDVA 3C81A 181LA 1PQDA 3CDQA 1L07A 2L78A 1CV4A 1OWZA 1L17A 1L97A 110LA 4W51A 1QT6A 113LA 252LA 3EMLA 146LA 123LA 1P46A 1XJTA 4ZPUA 4OO9A 1C6BA 1L15A 1DYCA 190LA 3HTFA 2B6XA 1C6CA 1LYDA 1L27A 1CUQA 2RAYX 1L32A 3FI5A 1QT3A 150LA 191LA 1ZWNA 1L21A 3GUPA 170LA 3C7ZA 1SWZA 3C8SA 1D2YA 226LA 216LA 2ANVA 224LA 129LA 1QTVA 2B6WA 3HU9A 239LA 1CU5A 1L0JA 3DMXA 3HH3A 3L2XA 1KW5A 1L83A 3HH6A 126LA 2B72A 1LYJA 4I7PA 3G3VA 1L76A 189LA 1L23A 1CV3A 4PK0A 1PQMA 1D9WA 1KY0A 1D3FA 3GUKA 108LA 1C6GA 4IAPA 1I6SA 3QAKA 4AQNA 1D3NA 4EPIA 131LA 1C66A 1T97A 2LC9A 1L30A 120LA 1C65A 2OE7X 195LA 1L59A 3SBBC 3HDEA 1C6FA 1CX6A 1QSBA 3NYAA 119LA 1L53A 184LA 4ARMB 1L51A 1CU0A 4LDLA 3GUMA 1L48A 1L74A 3VW7A 1L92A 3L64A 3SB7A 3DN6A 4I7RA 1C6TA 1C6EA 212LA 232LA 3SN6R 1DYDA 4YXAC 2O79A 3HH4A 1LW9A 3CDRA 1CX7A 257LA 4ARPA 4YX7C 248LA 223LA 1D3JA 2RH1A 1P5CA 1L98A 2LZMA 5I14A 1L46A 148LE 1L02A 1OYUA 209LA 1QTZA 196LA 3PBLA 1P64A 1QTCA 3SB6A 4W58A 1CU6A 1P2LA 1L65A 112LA 4I7OA 4I7KA 3C8RA 1QUDA 2OEAX 1OV7A 4I7QA 1C61A 2B7XA 3FADA 1QTHA 1CTWA 253LA 180LA 1C6AA 137LA 247LA 3DMVA 1L25A 213LA 1G07A 3OE9A 1ZURA 243LA 254LA 1L06A 1L96A 1LYGA 1L05A 2OE9X 220LA 1T8AA 1QUOA 3C82A 2B73A 3HTDA 1QS9A 104LA 163LA 1L34A 7LZMA 3DMZA 235LA 1L28A 1L99A 258LA 1L40A 3HUKA 1L45A 1JTMA 218LA 4PJZA 111LA 1P36A 4DAJA 4ARQA 1L01A 188LA 2RBOA 2F47A 3GUNA 1L72A 1TLAA 3V2WA 1G0LA 1DYFA 1ZYTA 1L84A 3HTBA 1L11A 3JR6A 1L55A 2RBNA 1C62A 1SX2A 3HUQA 3LZMA 1NHBA 1L64A 3G3WA 1L43A 140LA 1L09A 3UONA 3F9LA 215LA 2OTYX 1P6YA 4EKRA 1G1WA 1DYEA 1L19A 3HT9A 1L87A 222LA 1L95A 229LA 4W55A 4K5YA 1L04A 3HU8A 4I7NA 1L49A 255LA 159LA 1T6HA 236LA 2CUUA 1L89A 3HWLA 230LA 250LA 1SSWA 1CV5A 3HH5A 1L81A 1QTDA 2B75A 128LA 3DN4A 251LA 3GUOA 166LA 200LA 2RB1X 1L71A 1LYIA 1L08A 127LA 227LA 1C64A 130LA 1L50A 1KY1A 261LA 4EKQA 1B6IA 182LA 1D3MA 205LA 1L68A 3CDTA 1L03A 249LA 262LA 160LA 198LA 164LA 1LGUA 3C8QA 156LA 171LA 3SB8A 1L37A 2ANXA 3F8VA 107LA 1L82A 1QUHA 1LI3A 143LA 3RZEA 1L85A 192LA 1QUGA 5LZMA 1PQKA 1L22A 2OE4X 187LA 1L47A 1QT5A 1L24A 139LA 3HUAA 1LGWA 3D4SA 219LA 1JQUA 1QSQA 4I7MA 3DN3A 4E97A 1C6JA 1L61A 1L56A 221LA 2QB0B 1G1VA 231LA 1DYBA 1L57A 1CVKA 3PDSA 1L58A 2O4WA 259LA 2Q9DA 1C6IA 1P37A 1LLHA 1L31A 260LA 1WTHA 3HT6A 103LA 1L42A 4ARLA 4ARMA 3DNAA 4LZMA 4W59A 3C7WA 1EPYA 1L70A 1LWGA 2HUMA 4I7JA 1P2RA 4W57A 118LA 3G3XA 4I7LA 1L44A 3GUIA 162LA 1G0QA 173LA 149LA 4ARJA 1QT4A 151LA 1OVJA 1QT8A 114LA 158LA 1LYFA 161LA 1LI2A 2NTHA 197LA 1P3NA 1L0KA 1C6KA 1C68A 1KW7A 4LDOA 1L88A 3GULA 210LA 1G06A 1L52A 1L10A 4S0WA 2HUKA 3HT8A 3SBAA 1OWYA 2OU8A 1LYHA 1L93A 2HULA 1T8GA 1C6NA 1L16A 4EPFA 1L60A 2B70A 1XJUA 1KNIA 211LA 1OV5A 3C7YA 144LA 3RUNA 122LA 4W56A 241LA 3C83A 1K28A 3OE8A 1L36A 3DN2A 1L33A 3V2YA 6LZMA 1C6QA 1OVKA 4EKSA 177LA 142LA 1C6HA 244LA 3K2RA 165LA 1KS3A 240LA 3OE0A 3HT7A 3CDOA 238LA 1G0KA 2LCBA 225LA 1PQJA 1L80A 4GRVA 4I7SA 1L38A 1G0GA 1OVHA 186LA 1CUPA 1L66A 1L54A 1L69A 2B6YA 2RBSA 152LA 1QT7A 217LA 4W54A 1LI6A 1D2WA 1L29A 2RB0X 2Z6BA 1L14A 125LA 1G0PA 2RAZX 2F32A 1L12A 228LA 1L18A 1LPYA 3ODUA 1L90A 145LA 2OTZX 233LA 4LDEA 2NTGA 1L63A 2B6ZA 1LYEA 214LA 1P56A 206LA 1G0JA 3DKEX 4EJ4A 1DYGA 199LA 3NY9A 1L67A 1L79A 3C80A 1CV0A 4DKLA 185LA 1L39A 1DYAA 3OE6A 1L77A 1CV6A 1C6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OOOA 2ZYCA 245LA 5B59A 1GFTA 1C46A 1GD6A 1T8FA 1NHEA 1RCMA 3LN2A 1GF5A 3TXDA 4EXMA 1VATA 3BKHA 167LA 172LA 1C60A 2X0AA 4O34A 1L94A 138LA 3CB7A 4KL7A 1F0WA 4YXCA 1L26A 1SWYA 1P7SA 3CT0A 4W52A 3HBEX 2HEAA 3HTGA 1C10A 2F2NA 3DN1A 1GAYA 4YM8A 5B1GA 3HDFA 3CSQA 4QGZA 4NHQA 2LZTA 1IP5A 1OQMA 3VWOA 1RI8B 4B1AA 1YAQA 1UIEA 2HUBA 3C81A 181LA 1TEWA 1PZYA 1CV4A 1D0KA 1L17A 1L97A 110LA 2MECA 113LA 252LA 1DPWA 123LA 2ZILA 1XJTA 4WL7A 4OO9A 1C6BA 2Z2EA 1DYCA 1VEDA 4MCKA 2BQHA 5I4XA 2XTHA 3FI5A 5A3ZA 4II8A 1LZSA 3C7ZA 2DQHY 226LA 4WM3A 216LA 2ZYPA 224LA 2BQEA 1CU5A 1L0JA 5F9XA 3HH3A 1LSAA 1KW5A 1C7PA 4GLAA 4I7PA 3WU8A 4QDNA 1HEQA 4HTNA 1E8LA 3AGHA 1IR8A 4G4CA 3GUKA 1C6GA 1B5VA 1GE1A 4IAPA 1I6SA 4Z46A 3QAKA 4AQNA 1D3NA 4EPIA 4CHXA 1T97A 4N5RA 3ATOA 1BGIA 1GWDA 4P2EA 3HDEA 5IDDA 1C6FA 1GPQC 3NYAA 119LA 1LMNA 1L48A 3VW7A 3L64A 1DI5A 212LA 232LA 4NSIA 4DD1A 3ZEKA 1JITA 2HU3A 4R0FA 4ARPA 4UWUA 1LSMA 2EIZC 1QIOA 2RH1A 4DT3A 148LE 5HLLA 1QTCA 1CU6A 4B4JA 4UWVA 1UIAA 5D5FA 3C8RA 2B7XA 180LA 1C6AA 3A91A 1L25A 5M1YA 3AGIA 5AMYA 2VB1A 1L05A 3OK0A 1LJGA 2OE9X 4NGIA 3HTDA 7LYZA 3A92A 104LA 1L28A 1XFPL 1L99A 258LA 1L40A 3HUKA 4C5FA 218LA 4PRQA 1LSCA 3WL2A 3AZ5A 2F47A 4ZFPA 1G0LA 1ZYTA 2YBMA 3HTBA 1FKVA 1ZVYB 3M18B 4NSHA 1GF9A 1NHBA 5KXRA 1JKCA 1L43A 1JKBA 1W08A 3B0IA 1A4VA 134LA 3TXBA 2Z37A 4WG1A 1L04A 5LYZA 255LA 2CUUA 1T6HA 3HWLA 3WU9A 1L89A 1B7OA 230LA 1CKGA 1SSWA 2D91A 3WW6A 1L81A 4ETAA 128LA 4HTQA 4XJHA 1H6MA 1JSEA 2EQLA 4ZIXA 4HV1A 261LA 3T36A 3WPKA 3K3TA 4H9FA 3CDTA 2I25L 262LA 1KIPC 4H92A 164LA 3C8QA 156LA 171LA 3SB8A 3A6CY 3AZ7A 3ULRA 1YL0X 4M6DA 4WM5A 1NF5A 3RZEA 1VDSA 192LA 4WOAA 4G49A 1PQKA 1DQJC 1GFVA 2OE4X 4IASA 4AXTA 4ET8A 3OJPA 3J4GA 1F6RA 1HSWA 1JQUA 1LZBA 2ZNXY 1QSQA 5B06A 3KAMA 1OUCA 1GB0A 1L61A 3CT5A 1BB6A 1YKZX 1OUHA 5I54A 3A3QA 1P2CC 1D0LA 3LYMA 260LA 3HT6A 4ARLA 4M4OA 3DNAA 1GBWA 4LZMA 1EPYA 193LA 1LWGA 3WXUA 4W57A 4HP0A 118LA 1JHLA 4XJGA 1L44A 3WPJA 1QSAA 3B72A 1B7MA 3GUIA 162LA 5KXXA 1DKJA 1INUA 1OVJA 158LA 194LA 1LYFA 2HU1A 2LZ2A 161LA 1DPXA 3F6ZA 4LDOA 1G7HC 1REXA 1L88A 1FBIX 1QDRA 2HUKA 3HT8A 2OU8A 1T8GA 4NSGA 4GN5C 4EPFA 1XJUA 1O23A 1OV5A 1IOTA 144LA 122LA 1A2YC 3V2YA 1GBSA 1CJ8A 1C6QA 1GE4A 4N8ZA 142LA 1B5UA 1HHLA 4PJ2C 4CFOA 1VFBC 240LA 3P66A 1CKCA 1LHMA 2LCBA 5F9UA 4WM6A 3N9EA 1LSYA 5KXSA 4KXIA 5JENB 5KY1A 1LSGA 1LJEA 1TCYA 1L54A 1L69A 1LZ8A 3E3DA 3WMKA 2RSCA 4N0JA 1L29A 1BHZA 3TMWA 4HJZA 1W6ZA 3G3BB 1LZ6A 1L12A 4GCDA 1L18A 1L90A 2OTZX 4PRUA 1IR9A 2NTGA 135LA 1JTOL 5IELA 3W6AA 1REYA 1JEFA 214LA 1LJJA 1G0JA 1OUJA 3DKEX 1OUIA 199LA 3NY9A 2IFFY 2B5ZA 1C6MA 4NHIA 1T3PA 1WTNA 1LZ9A 5ILCA 4KT3A 3SB9A 4GCCA 2F2QA 4GBRB 4N1CC 1LGXA 183LA 1NQIA 1PQIA 4XN6A 4NGJA 178LA 4H9HA 5LXWA 3IJUA 8LYZA 4HV2A 4X3BA 2MEHA 4ARQB 3TXEA 1LZAA 4DD3A 1LSPA 2BPUA 141LA 1QUTA 1C6LA 4IJ4A 3W6FA 1UIFA 4H91A 3DN8A 1G7MC 3LZTA 4DQ7A 234LA 155LA 174LA 2BQCA 3GUJA 1LSZA 242LA 2B6TA 176LA 3W6DA 2RB2X 1NMMA 5APEA 2QARC 1CJ6A 1LSEA 1QS5A 4Z41A 4NGLA 4HTKA 2B74A 1CV1A 4H93A 4RLNA 1KXYA 1OUBA 4TSCA 1G0MA 4BAPA 4HJYA 3CDVA 2L78A 2MEAA 4W51A 1QT6A 3WUMA 4ZPUA 1L15A 4XJBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OOO A;  2ZYC A;  245L A;  5B59 A;  1GFT A;  1C46 A;  1GD6 A;  1T8F A;  1NHE A;  1RCM A;  3LN2 A;  1GF5 A;  3TXD A;  4EXM A;  1VAT A;  3BKH A;  167L A;  172L A;  1C60 A;  2X0A A;  4O34 A;  1L94 A;  138L A;  3CB7 A;  4KL7 A;  1F0W A;  4YXC A;  1L26 A;  1SWY A;  1P7S A;  3CT0 A;  4W52 A;  3HBE X;  2HEA A;  3HTG A;  1C10 A;  2F2N A;  3DN1 A;  1GAY A;  4YM8 A;  5B1G A;  3HDF A;  3CSQ A;  4QGZ A;  4NHQ A;  2LZT A;  1IP5 A;  1OQM A;  3VWO A;  1RI8 B;  4B1A A;  1YAQ A;  1UIE A;  2HUB A;  3C81 A;  181L A;  1TEW A;  1PZY A;  1CV4 A;  1D0K A;  1L17 A;  1L97 A;  110L A;  2MEC A;  113L A;  252L A;  1DPW A;  123L A;  2ZIL A;  1XJT A;  4WL7 A;  4OO9 A;  1C6B A;  2Z2E A;  1DYC A;  1VED A;  4MCK A;  2BQH A;  5I4X A;  2XTH A;  3FI5 A;  5A3Z A;  4II8 A;  1LZS A;  3C7Z A;  2DQH Y;  226L A;  4WM3 A;  216L A;  2ZYP A;  224L A;  2BQE A;  1CU5 A;  1L0J A;  5F9X A;  3HH3 A;  1LSA A;  1KW5 A;  1C7P A;  4GLA A;  4I7P A;  3WU8 A;  4QDN A;  1HEQ A;  4HTN A;  1E8L A;  3AGH A;  1IR8 A;  4G4C A;  3GUK A;  1C6G A;  1B5V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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