The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
KIKNYQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Redox-coupled crystal structural changes in bovine heart cytochrome c oxidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
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| total genus |
23
|
| structure length |
79
|
| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-05-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02297 | COX6B | Cytochrome oxidase c subunit VIb |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Cytochrome c oxidase, subunit VIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ASO H; 2EIM H; 3ABL H; 5B1A H; 3ABM H; 1OCZ H; 2EIN H; 3ABK H; 2EIL H; 1V55 H; 3AG3 H; 3ASN H; 3AG2 H; 1V54 H; 3AG1 H; 3X2Q H; 1OCC H; 2OCC H; 3AG4 H; 2EIJ H; 2ZXW H; 2DYR H; 3WG7 H; 5IY5 H; 5B1B H; 2EIK H; 1OCO H; 2DYS H; 1OCR H; 5B3S H; 2Y69 H; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MA3 A; 3IH2 A; 2QKL B; 1YE9 A; 2FF4 A; 4YFN F; 4P5O A; 4A3K J; 2HGC A; 3UR3 C; 1U8B A; 2VAS A; 1TQP A; 4LK1 F; 1MDM B; 1IRX A; 3HC7 A; 3BR6 A; 4V2F A; 5HOO A; 3DLA A; 2CV0 A; 4GDF A; 2KLO A; 2GM4 A; 1CF7 A; 4BDY A; 3OSG A; 1U6G A; 2KJC A; 2KMU A; 4M73 A; 1W7P D; 4B8X A; 1QHH D; 1B8I B; 3HB9 A; 1W5C C; 1B72 A; 1Z91 A; 2P7C B; 2V1U A; 4XSZ F; 4ITV A; 2E36 A; 4IZZ A; 1F4K A; 1MW7 A; 3Q0W A; 3JRG A; 2HVS A; 3OYG A; 1YO5 C; 1O3R A; 4BKX A; 2PMZ A; 3WGI A; 4OU0 A; 2DQR A; 2NRA C; 1XMK A; 3H9J A; 4Q48 A; 3RSN A; 1VF9 A; 1ZK8 A; 4A6D A; 2IEK A; 2W57 A; 2EZH A; 3ZMU A; 1BIB A; 3V7R A; 2LKS A; 2V9P A; 5GAD J; 3KET A; 1SFO J; 3TP0 A; 5CVJ A; 3GME A; 1VQM I; 2IGN A; 5IPA A; 5J1R A; 3RZD J; 2QM3 A; 1O3S A; 4G6Q A; 4KUM A; 1JE8 A; 3GEZ A; 4N9H A; 3J7Y J; 1WCM J; 1ETX A; 1SD5 A; 2K4B A; 3BG7 A; 4LIV A; 5HS8 A; 3V8L A; 3BQY A; 2XAS A; 3EDP A; 3QPL A; 3F8M A; 5HS9 A; 5EYR A; 3V42 A; 2RVC A; 4PJN A; 4CCL A; 2L9S A; 4A3M J; 4IHT A; 4YFX F; 1XDU A; 1BOB A; 1OYY A; 3E3V A; 4ZC3 A; 2EZK A; 2AS5 F; 2XV4 S; 3TO6 A; 4A12 A; 5F64 A; 2AO9 A; 2XKO A; 3FZV A; 4Q4Z F; 2DMT A; 5GAH J; 5DD4 A; 2M8E A; 5E3M A; 3FMR A; 1USS A; 5A2Q K; 3B73 A; 4BXF A; 5CQG A; 1ZAR A; 3FBI B; 1AWC A; 2UV1 A; 1K61 A; 3BR0 A; 5C4J J; 4CCO A; 5LLQ A; 2QF7 A; 2ELH A; 4AU7 A; 3JR9 A; 1AKH A; 2R7V A; 3CCR I; 5FFX A; 4I02 A; 4XOP A; 1YIT I; 2DU9 A; 2B7E A; 1P7I A; 3BJO A; 1DU6 A; 1W0U A; 3OYD A; 4NUB A; 2MLK A; 2Q0O A; 1UCR A; 1X3U A; 3QOP A; 5LHI A; 1T8I A; 2UXN A; 4RAG A; 1VQ9 I; 5E3O A; 3HEF A; 5E1X A; 2HZD A; 1I3A A; 2K02 A; 4H0E A; 4IL6 C; 3CUQ B; 3CUQ A; 3B6C A; 1MD0 A; 1W1W E; 2YX4 A; 4OMY A; 1IRG A; 2RKH A; 4CGZ A; 2ECC A; 3JAM Z; 3A01 B; 2NVX J; 4KN4 X; 3BR2 A; 3VDX A; 3O8H A; 5GTH C; 4U88 A; 2EV6 A; 3BR5 A; 5D5W B; 3OYC A; 4J19 A; 2QZ8 A; 2K9N A; 2R7O A; 3H3V K; 4KYW A; 3V7C A; 1ZGW A; 2CUF A; 3K4N A; 2IRF G; 3F8C A; 2NXN B; 4KN7 X; 4ESB A; 2HWV A; 5KK1 A; 1D1C A; 5C44 J; 1RZ4 A; 1MBF A; 1S7O A; 2DMQ A; 3SDG A; 2HDD A; 4B47 A; 1FWZ A; 5DCF A; 3QPT A; 1D0X A; 4G6D A; 2P6T A; 1Y8R B; 3CJQ B; 5HDK A; 2LYC A; 1R1U A; 2HKO A; 2ZO4 A; 1I50 J; 2HVQ A; 1MMA A; 4NC7 A; 4ON0 A; 1IDZ A; 3A03 A; 2Y0S N; 4M3E A; 4ESJ A; 1ETY A; 4LB5 A; 1TNS A; 2LY1 A; 4PZJ A; 3KZI C; 1EH7 A; 4CZZ A; 2YS9 A; 1YIO A; 1XGO A; 3OOP A; 1Z7L A; 4LIU A; 1H89 C; 2ICW G; 3BZC A; 2N8G A; 3UNG C; 4XN3 A; 2KKO A; 4DYC A; 5E1W A; 2CJJ A; 3ABK H; 4XMY A; 2VJ4 A; 1IO2 A; 2HYG D; 5F0F A; 4PUS A; 1V54 H; 1I27 A; 1W7P B; 3ROU A; 4UXN A; 2QQ8 A; 4CA0 A; 2O61 A; 1DPU A; 1X1C A; 4D9J A; 1PP7 U; 4CCJ A; 5M5W J; 3TGN A; 2FE3 A; 1IN7 A; 1ZG1 A; 2R7T A; 5J8C A; 2HEO A; 2BEO A; 2K9M A; 2Y2Z A; 5L3E A; 4A5N A; 1VTN C; 4OIO F; 2NS7 A; 9ANT A; 5HVQ C; 2DFI A; 3PIP F; 4ZYD A; 2VC1 A; 2IA0 A; 4LB6 B; 2X1E A; 4PDK A; 2ZNY A; 2L7F P; 4IRG A; 4XN0 A; 2XRN A; 3AG2 H; 4XIC A; 1OPC A; 4IKF A; 2XPU A; 2W4S A; 3CDH A; 3G4S I; 5FLX Z; 4E4H A; 1F36 A; 1MNE A; 2WV0 A; 4FHT A; 4EJV A; 1WHU A; 1QPI A; 2EB7 A; 4HV5 A; 3C3W A; 3G1M A; 1SVO A; 4EMS A; 2M3A A; 2ID6 A; 4DBQ A; 2ME0 A; 3OYM A; 3QP5 A; 3H92 A; 1UAA A; 3CCS I; 3BTI A; 4IO9 F; 4CUG A; 5D5X B; 2DXI A; 2H6C A; 4BXU A; 4EV0 A; 1TW2 A; 2M87 A; 2OZ6 A; 4ZJZ A; 3RKW A; 4PSW A; 2WB1 A; 3KP4 A; 3L9F A; 5CVI A; 3WTV C; 3EUK L; 1SVM A; 3TOA A; 2KZG A; 3FIS A; 1IN8 A; 1Z3Y A; 5FD5 A; 3U9G A; 2OV7 A; 2E1O A; 3U1K A; 4KNY A; 2EQR A; 3VFZ A; 4CCN A; 1MMD A; 1E3H A; 3NWT A; 4BY7 J; 3PSI A; 4BHP A; 1IJW C; 1J7K A; 1HXD A; 3M3Y J; 2H09 A; 2CS3 A; 5DM6 F; 4LJZ F; 2MD5 A; 1VZ0 A; 1Z6T A; 2V6C A; 3H5N A; 2Z16 A; 1JGS A; 2CQK A; 1VQ8 I; 2BW3 B; 2W7N A; 2OCC H; 1QGP A; 3G73 A; 2F2E A; 1BC7 C; 5D8K B; 3S1Q J; 1TP4 A; 1RUN A; 4Z2Y A; 3IUO A; 1YQA A; 3PUF A; 2WTE A; 1F1Z A; 2KIU A; 5FRN A; 2DYS H; 3NEU A; 1WSU A; 4BL0 B; 4F52 A; 3I59 B; 1BJA A; 5F04 A; 1WJC A; 3DEE A; 2X0L A; 1BA5 A; 2K9L A; 3I64 A; 3A4C A; 4XRS A; 3FX3 A; 5FRO A; 1KU7 A; 3GTL J; 3HSF A; 3LOC A; 3VSK A; 1NH3 A; 1MKM A; 4A0Z A; 4HSR A; 4C3I J; 1VFC A; 3BZK A; 3HOZ J; 1ZTR A; 3JRH A; 2ZXJ A; 4B43 A; 2O3F A; 1K78 B; 2R7X A; 4XRF A; 1P92 A; 2BHY A; 2Y0M A; 1G3T A; 2I8D A; 2ZSH B; 3F23 A; 4PK4 A; 1BL0 A; 3L2V A; 1PDN C; 1P6R A; 2BHZ A; 2NOJ B; 2DA2 A; 2JWT A; 4EJO A; 1IN5 A; 2L02 A; 3IAM 2; 4KIF A; 5J3L A; 4PGG A; 2E7W A; 3NQO A; 3HPH A; 1ENH A; 4QPO A; 3ASO H; 2LTP A; 2QCO A; 1T08 B; 2L2O A; 2EBI A; 1ON1 A; 1IV8 A; 1WGX A; 2M45 A; 3I56 I; 1DDN A; 2P7V B; 3WTX C; 2HOE A; 1BI3 A; 3FXR A; 2CRG A; 4PGH A; 2KFD A; 1NG7 A; 1VQL I; 1JKQ C; 1FSH A; 1C0W A; 4GGG A; 2OC6 A; 3U1D A; 5IP6 A; 1P9Q C; 3JTG A; 4XR6 A; 4HX7 A; 3C7J A; 5DDG A; 3SDB A; 4CCK A; 5EGO A; 3EUH A; 5HOD A; 2VQL A; 3DKY A; 4LGW A; 4YIR X; 5FFZ A; 1HF0 A; 2WY7 Q; 2BXZ A; 2ZXI A; 1FTT A; 2Q2E B; 1FOY A; 1YI2 I; 2IW5 A; 3QWL A; 5BQT A; 2XB0 X; 1W5S A; 3QPS A; 4MHG A; 5M3M J; 3KEY A; 2VL8 A; 3HUG A; 3HM5 A; 3K4K A; 3S16 J; 1PYV A; 1KQ9 A; 1XD7 A; 2RNJ A; 2DPU A; 4X6A J; 3IKT A; 2BOL A; 1SEU A; 4V19 K; 2HQ5 A; 2AXL A; 1WH7 A; 1LFB A; 1W7P A; 5DCM A; 2VKD A; 3IH4 A; 4DBR A; 4XQF A; 3MZY A; 2M2E A; 3JRC A; 1VQ6 I; 5CPR B; 4WF2 A; 3KP7 A; 4OAZ A; 4ZTJ A; 1IXR C; 2W85 A; 1JT0 A; 4JYK A; 1XSX A; 3RKQ A; 1IUF A; 4BHC A; 4BQA A; 1OJL A; 3CMA I; 2ZC2 A; 2VJI A; 2CO5 A; 3G71 I; 3KFW X; 3MCZ A; 4BBS J; 4F55 A; 4ENK A; 5CVU A; 3VYT B; 4RM2 A; 3FXU A; 2Z99 A; 3W2V A; 4GYG A; 2IT0 A; 3RDI A; 4HF0 A; 3RQ4 A; 3RYP A; 4MIM A; 1WJ5 A; 4DNC A; 1XCB A; 1YJ9 I; 1U3E M; 4W1U A; 4A0X A; 1UHM A; 2MC3 A; 3BTL A; 3J80 Z; 5J4V A; 2HKX A; 2XGC A; 3K7A J; 5F6F A; 3H9Q A; 3BQZ A; 1BR4 A; 4WK8 F; 2GXG A; 4OIR F; 2YPR A; 1CF7 B; 1R7J A; 2Y9Z A; 2R4G A; 5ED4 A; 3PNV A; 3PNT A; 1R9T J; 5LHG A; 3F8N A; 3V8J A; 1B8I A; 1O7F A; 1RKT A; 3L2U A; 3HOV J; 3Q3S A; 3ERE D; 1Z05 A; 4XM3 A; 2O6G E; 1MMG A; 3GO5 A; 3FKI J; 2ZNZ A; 3HJE A; 1Z67 A; 3RYR A; 2ZJP F; 1ODD A; 5FKL A; 3PO2 J; 3OOU A; 1IN4 A; 1GVD A; 2UZK A; 2XHK A; 1TNT A; 3S3N A; 1RKW A; 1QQI A; 2W24 A; 2ZFW A; 3O2P E; 3ABL H; 3ZN1 A; 3I3L A; 2DFF A; 4RAY A; 3S14 J; 2DA6 A; 4KT6 A; 2EWN A; 3CES A; 2R7W A; 2O8K A; 4P96 A; 5H20 A; 1A36 A; 3RQI A; 4O5V A; 3RCO A; 3OY9 A; 5LEK A; 3CQZ J; 3NWS A; 3EET A; 2ZXW H; 3R61 A; 2HZT A; 2F4M B; 1HKQ A; 1Z3X A; 3I53 A; 2VE8 A; 3HRU A; 1AKH B; 2JZY A; 5EJC A; 1Z21 A; 1XC5 A; 1X1B A; 4ETS A; 1TW3 A; 2K7L A; 3HPG A; 1F43 A; 4L18 B; 2H6B A; 2VE9 A; 3IWF A; 2JVG A; 3K4J A; 1LVK A; 3C1D A; 2B9S A; 1VQ4 I; 5ICG A; 3S3O A; 3CC4 I; 2DJN A; 4QLC U; 1WZ2 A; 1WRJ A; 2QBY B; 3H3U A; 4S0H B; 4RA2 A; 5GTI C; 1B59 A; 1WFX A; 4XLA A; 4ENN A; 2X4H A; 2EFQ A; 1FSE A; 4M71 A; 1OMI A; 3ZQF A; 1Z0X A; 5K5O A; 2V1X A; 3I55 I; 1O7L A; 4A3L J; 4XK4 A; 1T2K A; 1IF1 A; 2VBZ A; 5DTD A; 2M0M A; 1U78 A; 2IPQ X; 2WC2 A; 3OYE A; 1S72 I; 1O3T A; 4B48 A; 1HDP A; 2FNA A; 2M1B A; 3DPL C; 4UUV A; 3BG5 A; 2X48 A; 1EKE A; 3DKX A; 4F3Q A; 4XLP F; 3E5X A; 4EGZ A; 3OYJ A; 3FHN A; 1ZAO A; 3VYS B; 1NK3 P; 1UHW A; 2F5D A; 5E79 C; 3A2K A; 3FBN B; 2X9D A; 1P4A A; 3K4B A; 2NNN A; 2AQF A; 4FE4 A; 5BOX A; 2KDZ A; 2E2I J; 1XGS A; 5ILU A; 1ZR4 A; 1FYM A; 2R5Y B; 3CZ6 A; 4Y17 A; 4IHX A; 1V5E A; 1TL8 A; 2A05 A; 3BG9 A; 2I10 A; 3PIO F; 2CFX A; 2DT5 A; 2ZME C; 3VOE A; 4F7Z A; 1QVT A; 2F5F A; 1K6Y A; 3FDY A; 1J9I A; 1G3W A; 4A3B J; 1A5J A; 1JTX A; 3WG7 H; 2Z5U A; 4D7N A; 3GBG A; 2VT2 A; 3JSO A; 4DOZ A; 3ECH A; 4MQV A; 1MMN A; 1TLH B; 4FX4 A; 4DIQ A; 3BCB A; 2L9N A; 4IHS A; 4C2M J; 3MN2 A; 1BC8 C; 2DAO A; 5KAI C; 1K79 A; 2VIX A; 2EA4 A; 3H0G J; 5H2F C; 2OAZ A; 3U2R A; 1TC3 C; 2JQ7 A; 2ZME B; 4NC6 A; 4C30 A; 1D5Y A; 3BR1 A; 5H6R A; 2XPW A; 2ZJQ F; 2QLZ A; 4XKB A; 3QPH A; 2ME6 A; 2XF7 A; 1I39 A; 1MH3 A; 2K3P A; 4YEJ A; 3WTY C; 2ADU A; 1B6A A; 1FBQ A; 1OFC X; 2C6Y A; 4M6X A; 2A3S A; 2MD0 A; 3CMY A; 3GVA A; 1E3P A; 5F1R A; 3CF5 F; 1G4D A; 4A69 C; 4L0Z B; 2YU3 A; 2M5W A; 3OL4 A; 2HTJ A; 1UJ8 A; 1QU3 A; 3OYB A; 2ZBK A; 2PX9 A; 4L9J A; 3EYI A; 2FUG 2; 1K83 J; 3KE2 A; 1IRZ A; 4BY1 J; 2HS5 A; 2WAQ A; 1I3Q J; 2DOF A; 1OYW A; 3CD6 I; 3GUD A; 3RKY A; 2A07 F; 2OBP A; 4P9U A; 1NHA A; 1E3O C; 2XAG A; 3ZRG A; 1S6L A; 4M9S A; 1FMV A; 1P7J A; 3R4K A; 1X3W B; 4MQ9 F; 5GPA A; 1ZH5 A; 3OIQ A; 3VOD A; 3R0A A; 2OTJ I; 1JUS A; 4MO7 A; 1HST A; 2KJB A; 1E17 A; 3S32 A; 2LD5 A; 3I4P A; 3S2W A; 4AD9 A; 1XX5 A; 3M1E A; 1R71 A; 1ETW A; 3HKZ A; 2WBM A; 3L1P A; 1ERD A; 2G0E A; 4NC8 A; 3M4O J; 1MIJ A; 1XMA A; 2R5Z B; 1NG6 A; 4ENM A; 3ZQG A; 5JHU A; 2HR3 A; 1FOW A; 3ZQH A; 3OS2 A; 4L5I A; 3GTP J; 2HQR A; 4I7H A; 1BN5 A; 4HG2 A; 2CSO A; 2ACJ A; 2XGD A; 1R23 A; 3BCA A; 2NOG A; 2IS2 A; 5HLI A; 4P55 A; 5M3F J; 3GF2 A; 1A6I A; 1X1P A; 3F0C A; 1MJA A; 3LSK A; 1G2H A; 3KP5 A; 2ZSI B; 4CSW A; 2YU9 J; 3RI4 A; 5J1U A; 2VC0 A; 2GZW A; 4UUT A; 2HYF A; 4RB2 C; 1N25 A; 2E1C A; 2CMP A; 2HQA A; 3ZQI A; 3F9K A; 2JTV A; 4B1R A; 4DZJ A; 2LKX A; 2PMU A; 1R49 A; 4EM1 A; 2VT3 A; 3SJM A; 5KNL A; 3K1P A; 4WXC A; 3ABU A; 3P5J A; 4FET A; 1LQ1 A; 1WJE A; 1FIA A; 2KHM A; 4YG2 F; 5C3E J; 4AUX A; 1RNL A; 2LKP A; 2BE5 F; 3A01 A; 3KPH A; 2K9Q A; 3ZR8 X; 3CO7 C; 3A0H C; 3GWZ A; 5FD6 A; 2VON A; 2DA1 A; 2BW3 A; 2TRT A; 3PQK A; 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