2OE4X

High pressure psuedo wild type t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Cooperative water filling of a non-polar protein cavity observed by high-pressure crystallography and simulation
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2oe4X00
3EMLA 3G3WA 1C6IA 2NTGA 4I7RA 1D2WA 214LA 3HU8A 1L0JA 1CX7A 1G0JA 1QSBA 1L80A 1L20A 254LA 230LA 1L94A 147LA 1L64A 1L56A 139LA 1G0MA 4AQNA 246LA 107LA 1P3NA 1L57A 1C61A 3CDRA 1L66A 1QUGA 1L52A 2B6XA 164LA 1LYGA 1L95A 3HU9A 1L24A 4PK0A 1L36A 4ARLA 232LA 158LA 1L25A 213LA 1P36A 1L85A 2RAYX 4W58A 1L35A 1QUHA 1PQDA 4EKQA 3HH5A 2RBOA 1CV4A 146LA 3DN2A 3HT8A 4I7NA 4W57A 1C65A 4EPFA 2RBPA 3HDFA 1T8FA 1L22A 237LA 142LA 1B6IA 1D3MA 1LYDA 1ZURA 1LGUA 1L0KA 1QT7A 2B70A 165LA 1L49A 3SB8A 1P2LA 1G0QA 1LLHA 4LDLA 3LZMA 245LA 3DMXA 2B6WA 1QSQA 3HT9A 1L98A 2RH1A 2Q9EA 4GRVA 231LA 1P46A 1L76A 3SB9A 1EPYA 3SB7A 1L86A 1L40A 1L05A 128LA 130LA 1L41A 5I14A 187LA 1KW5A 1LI3A 3C81A 4ZPUA 1SSYA 2IGCA 2RAZX 1OWZA 3HDEA 1L62A 233LA 1L50A 1L04A 3CDQA 2OU0X 1L54A 1XJTA 1L34A 1L43A 4I7OA 1CX6A 4ARQA 221LA 4DKLA 4I7QA 157LA 1C6PA 3OE6A 2B72A 200LA 241LA 3HT7A 255LA 3PDSA 242LA 1JTNA 176LA 1L21A 3HTGA 2OEAX 3G3VA 112LA 172LA 1L32A 1QUOA 144LA 260LA 1L79A 3G3XA 3DN6A 1LPYA 1CU5A 259LA 1L48A 1L83A 3GULA 3C7ZA 3NYAA 3L2XA 223LA 4W56A 1CU2A 1NHBA 1L93A 201LA 3GUOA 4EXMA 1JQUA 1L88A 148LE 1C63A 129LA 2CUUA 1G1WA 1L77A 235LA 1LI2A 3DNAA 1KY1A 1L29A 1P7SA 4GBRB 2RB2X 1G0GA 1L59A 1C6AA 1T97A 3GUPA 1OVHA 4ARMA 1K28A 1CUPA 2OU9A 1P5CA 1ZYTA 3ODUA 1CU6A 1L23A 1LYIA 1PQMA 1QTZA 1D3FA 1L39A 1CV1A 1P2RA 1L68A 1L11A 1QT8A 1DYEA 3PBLA 4ARMB 189LA 262LA 125LA 206LA 3GUIA 4EKRA 4EKSA 4W55A 2F2QA 3K2RA 3C80A 2B73A 1CV0A 1QUDA 173LA 1KY0A 1QTDA 1G0LA 184LA 2O7AA 3GUJA 195LA 228LA 1L42A 1OVKA 4I7JA 3OE0A 170LA 1L15A 3C8SA 126LA 3OE9A 1DYDA 1C6NA 4YXCA 1T6HA 219LA 1XEPA 1PQKA 1C6CA 7LZMA 138LA 1L07A 151LA 2B7XA 160LA 1L12A 1L47A 1L58A 1SX7A 2ANVA 3C8QA 3HH6A 2NTHA 1LYJA 220LA 3C7YA 1L73A 3C82A 2HUKA 3GUNA 1L74A 1SSWA 1C6KA 1DYFA 1ZWNA 251LA 2Q9DA 1OV5A 224LA 1G06A 1L30A 108LA 1L89A 188LA 1C62A 2B6TA 1L71A 3RZEA 1DYAA 261LA 1CU3A 249LA 1T8AA 3HTFA 4ARPA 4ARJA 1QT6A 2QB0B 239LA 1C6EA 2OE9X 3UONA 181LA 1L26A 137LA 5LZMA 169LA 3DN3A 3HUAA 4I7MA 1SX2A 2RBSA 149LA 166LA 3C83A 3HTDA 3OE8A 1LYFA 1L72A 227LA 1L65A 225LA 1L16A 1L03A 4W53A 2OE4X 1L10A 2OTZX 1QS5A 4YXAC 1LW9A 4W52A 3RUNA 3C8RA 4K5YA 140LA 229LA 1C6QA 1L69A 1C66A 4ARQB 2B75A 3DMVA 4I7KA 226LA 1KW7A 1C6TA 1L96A 3HH3A 3V2WA 1L81A 103LA 1T8GA 1L28A 180LA 1G07A 4EJ4A 1L09A 1LI6A 196LA 1SWZA 3NY8A 216LA 2F47A 4I7SA 3CDVA 1C68A 3JR6A 3DN0A 1L00A 150LA 211LA 1KS3A 1L61A 2RBQA 6LZMA 1L67A 1OYUA 1L18A 1CV6A 1LYHA 3CDOA 1XJUA 1QTCA 119LA 3HH4A 4LDOA 102LA 2B6YA 161LA 198LA 4OO9A 1L87A 115LA 2B74A 4I7LA 3SN6R 1OWYA 257LA 1OVJA 1L46A 1P37A 3GUKA 4S0WA 1L82A 1QT4A 1C6BA 1LWKA 110LA 1L14A 1QTHA 2Z6BA 4PJZA 1TLAA 1CV3A 1C6FA 2LCBA 240LA 2OU8A 1L44A 4W51A 1L90A 2O79A 123LA 2QARC 3D4SA 4W54A 131LA 2O4WA 3V2YA 1G1VA 1C6HA 3HUQA 3DN1A 1L13A 1PQOA 1C60A 252LA 2HUMA 192LA 2LZMA 258LA 238LA 152LA 2L78A 1C6LA 4DJHA 1KNIA 3GUMA 4YX7C 3F9LA 4I7PA 1D9WA 2RB1X 127LA 1C64A 1LGXA 1LYEA 178LA 2OE7X 2RBNA 1DYGA 1LWGA 1L01A 1QTVA 191LA 1L55A 2B6ZA 1C6DA 4IAPA 1QT5A 1L45A 3VW7A 163LA 174LA 1L02A 2RBRA 3DMZA 1L08A 167LA 4W59A 1CTWA 236LA 1OV7A 1L06A 1I6SA 1L17A 3SBAA 182LA 243LA 171LA 1L33A 186LA 1DYCA 1L19A 104LA 234LA 3DKEX 1D2YA 4DAJA 1CUQA 210LA 185LA 2ANXA 1G0PA 113LA 1LGWA 1C6JA 1D3NA 3FA0A 1DYBA 256LA 1WTHA 1L97A 1P56A 3DN4A 199LA 175LA 122LA 1L75A 1QS9A 3SBBC 218LA 3HT6A 1C6MA 1C69A 1C67A 190LA 145LA 183LA 1L99A 2A4TA 1P64A 1PQJA 209LA 1L84A 212LA 156LA 1QTBA 1CVKA 1L27A 1L91A 109LA 244LA 1CU0A 3DN8A 205LA 2HULA 3FADA 111LA 4LZMA 2RB0X 2OTYX 4I7TA 120LA 2LC9A 217LA 143LA 1SWYA 197LA 1CV5A 1L53A 4EKPA 222LA 2F32A 168LA 141LA 1L60A 1L31A 159LA 247LA 4E97A 1P6YA 1JTMA 4LDEA 1L70A 162LA 1L51A 3SB5A 177LA 1D3JA 1G0KA 1L63A 155LA 1QT3A 1L38A 215LA 3CDTA 3HTBA 4EPIA 250LA 3FI5A 3C7WA 1L92A 3QAKA 1PQIA 1C6GA 248LA 253LA 114LA 3NY9A 3L64A 3HWLA 1L37A 3SB6A 3F8VA 118LA 3HUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVJA 4X3BA 1D2WA 5K7OA 4H8ZA 1CJ8A 2H5ZA 1L20A 254LA 4QEQA 5HMVA 1LYYA 4AQNA 1DI4A 1XFPL 1QUSA 1C61A 1IP4A 1L66A 5KXWA 3A67Y 1D9UA 3EO5A 3HU9A 4DQ7A 5F81A 158LA 1GF7A 4B4EA 1OUFA 1EQ5A 4EKQA 3HH5A 1JISA 3DN2A 4W57A 4N1EI 4N0JA 4EPFA 3HDFA 1LZRA 3TXGA 4WL6A 1L22A 5KXNA 237LA 4UWUA 1LYDA 1D3MA 1LGUA 1LHJA 5LYTA 1P2LA 1G0QA 1LLHA 2DQHY 1YKXX 3HT9A 1L98A 2IHLA 4MSTA 1HMKA 1P46A 3SB9A 1SQ2L 5APFA 1L05A 1L41A 3C81A 4WM1A 4NGYA 1SSYA 3HDEA 2RAZX 3TXBA 1GFTA 3TXEA 1BWIA 1LMCA 5KXZA 1JTOL 233LA 3TXKA 1JWRA 1LHHA 1NBYC 1L54A 1L43A 157LA 1C6PA 1WQQA 4NFVA 3HT7A 1B5UA 1LZ1A 1L21A 3FE0A 2LZTA 112LA 4NG1A 3TXFA 4DD3A 1FN5A 1W08A 1YQVY 3L2XA 5C6LA 4D9ZA 1CU2A 5E9RA 3J4GA 2MEHA 4NSJA 1JKAA 3W6FA 148LE 1C63A 129LA 1G1WA 1L77A 3DNAA 1G7HC 1L29A 2LZ2A 3J6KA 2BLYA 3B0IA 4CGEA 1LZ8A 1FLYA 4I0CA 2MEBA 4HV2A 1LJJA 9LYZA 1LZ5A 1L23A 1LYIA 1IP7A 1LSMA 3K3TA 3SP3A 2YBIA 1P2RA 2ZIJA 1L68A 1L11A 1PZYA 1UA6Y 1G7IC 4HPEA 125LA 206LA 4EKSA 1TBYA 1CJ9A 2F2QA 1B7QA 1BB3A 4RW2A 2O7AA 1OUAA 4WOAA 4ETEA 3AZ7A 3ATOA 1OVKA 1GF8A 170LA 1GBYA 4C3WA 1WTNA 2N5ZA 3OE9A 1HF4A 4J7VA 1FKVA 138LA 4H91A 2XBRA 3A95A 5FHWA 3C8QA 2Z37A 3C7YA 1L73A 3WXTA 1NWGA 2HUKA 1C6KA 1LHIA 1J1XY 1ZWNA 1OV5A 224LA 4A7DA 1DI3A 188LA 1C62A 1LAAA 2B6TA 1A4VA 1OP9B 1CU3A 249LA 3HTFA 3LYZA 4N1CC 4LT3A 239LA 1JTTL 3AGHA 4OWCA 1GFKA 4OWAA 4XADA 4I7MA 3A6BY 166LA 3C83A 1D0MA 1C10A 1UUZC 225LA 1NBZC 2MEIA 4W53A 1AKIA 1BB7A 5FSTA 4XJBA 2B75A 3DMVA 1XGTC 2BQAA 4I7KA 3HH3A 1REZA 1ZMYL 1T8GA 3WPKA 3P66A 4HTKA 1G07A 1L09A 1HERA 196LA 4GN5C 4KL7A 1LKSA 3N9AA 3CDVA 4OOOA 1QDRA 3JR6A 1L61A 3A92A 6LZMA 1DXJA 1OYUA 4Z98A 2W1YA 1CV6A 1VEDA 1UCOA 1XJUA 1QTCA 2FYDA 1IP1A 1IR8A 3HH4A 4WLDA 2B6YA 5I53A 115LA 5KXXA 2B74A 4I7LA 3SN6R 3FI7A 1OWYA 1OVJA 4WO9A 4HTNA 1P37A 1L82A 2D4IA 4J1AA 5KXYA 4L41A 3E3DA 3VWOA 1LZSA 1C6FA 1IORA 1NKHA 240LA 2OU8A 1L44A 4RW1A 2O4WA 3V2YA 2H9KA 1GEVA 4WMGA 1B7OA 3WVYA 2HUMA 4OOTA 192LA 258LA 3AZ4A 3LYTA 152LA 2L78A 5IHGA 1KNIA 1A2YC 1D9WA 127LA 1C64A 1LYEA 4H8YA 1KXWA 1GHLA 5LYMA 1OUCA 1L01A 2B6ZA 1C6DA 2MEAA 3VW7A 1OQMA 3LN2A 1C7PA 1HSXA 1GBOA 1WVVA 1I6SA 1UC0A 5A3ZA 4NWHA 3SBAA 3A8ZA 5T3FA 3WW5A 3TXIA 4GCDA 4CJ2A 1D2YA 1LHKA 3W6EA 2X0AA 1LJ4A 5APEA 2LYOA 1L97A 1P56A 199LA 122LA 1QS9A 3CSRA 218LA 2MEGA 4G4CA 3P65A 3AJNA 1C6MA 133LA 4N8ZA 1GE4A 1GPQC 1L84A 4DDAA 1QTBA 1CVKA 244LA 109LA 2YBJA 5LIOA 2CDSA 4PGJB 1LZTA 1HHLA 1SWYA 197LA 1BB4A 3GXRA 3LHMA 1JSFA 3B0OA 2F32A 1LJIA 2BLXA 2CJLA 3CQLA 4H93A 5J7CA 1YAMA 1L31A 159LA 5ILFA 1GF9A 1JTMA 1JPOA 4H90A 1DI5A 3ZVQB 1LMOA 1L63A 1ZVYB 155LA 1LOZA 2MECA 1L38A 1EQ4A 1HSWA 215LA 3HTBA 3P4ZA 1BWJA 5LA5A 4WLYA 2HECA 1LSZA 1UIAA 4OWBA 5FEKA 3NY9A 1YAQA 2YDGA 3HWLA 1REXA 1CJ6A 118LA 1JIYA 4I7RA 1L0JA 1MLCE 1G0JA 1OUIA 1LJGA 1NDGC 1IOCA 2D4KA 1L56A 139LA 246LA 1T3PA 3A3RX 1H87A 1LYOA 164LA 1L24A 1L36A 1LHLA 1QUTA 4ARLA 1C45A 1L85A 2RAYX 4H8XA 4W58A 1OUDA 3IJVA 1UIFA 1CV4A 1IOSA 146LA 4DD7A 1REYA 2HEBA 2BQNA 1IP6A 1NMMA 1IC5Y 4DD0A 142LA 2B70A 2BQGA 3AZ5A 154LA 165LA 1TAYA 245LA 2F4AA 2Q9EA 5LA8A 5KXRA 2DQAA 4LYTA 1IOQA 1EPYA 3AZ6A 3M18B 1L86A 4ZIXA 1L40A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LVJ A;  4X3B A;  1D2W A;  5K7O A;  4H8Z A;  1CJ8 A;  2H5Z A;  1L20 A;  254L A;  4QEQ A;  5HMV A;  1LYY A;  4AQN A;  1DI4 A;  1XFP L;  1QUS A;  1C61 A;  1IP4 A;  1L66 A;  5KXW A;  3A67 Y;  1D9U A;  3EO5 A;  3HU9 A;  4DQ7 A;  5F81 A;  158L A;  1GF7 A;  4B4E A;  1OUF A;  1EQ5 A;  4EKQ A;  3HH5 A;  1JIS A;  3DN2 A;  4W57 A;  4N1E I;  4N0J A;  4EPF A;  3HDF A;  1LZR A;  3TXG A;  4WL6 A;  1L22 A;  5KXN A;  237L A;  4UWU A;  1LYD A;  1D3M A;  1LGU A;  1LHJ A;  5LYT A;  1P2L A;  1G0Q A;  1LLH A;  2DQH Y;  1YKX X;  3HT9 A;  1L98 A;  2IHL A;  4MST A;  1HMK A;  1P46 A;  3SB9 A;  1SQ2 L;  5APF A;  1L05 A;  1L41 A;  3C81 A;  4WM1 A;  4NGY A;  1SSY A;  3HDE A;  2RAZ X;  3TXB A;  1GFT A;  3TXE A;  1BWI A;  1LMC A;  5KXZ A;  1JTO L;  233L A;  3TXK A;  1JWR A;  1LHH A;  1NBY C;  1L54 A;  1L43 A;  157L A;  1C6P A;  1WQQ A;  4NFV A;  3HT7 A;  1B5U A;  1LZ1 A;  1L21 A;  3FE0 A;  2LZT A;  112L A;  4NG1 A;  3TXF A;  4DD3 A;  1FN5 A;  1W08 A;  1YQV Y;  3L2X A;  5C6L A;  4D9Z A;  1CU2 A;  5E9R A;  3J4G A;  2MEH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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