2OE7X

High-pressure t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Structural Rigidity of a Large Cavity-containing Protein Revealed by High-pressure Crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2oe7X00
236LA 147LA 149LA 2RBQA 2HUKA 1LI6A 3F8VA 3D4SA 1KNIA 1QTBA 1L05A 2F2QA 3SB7A 1D2YA 1QTHA 1LLHA 1D3JA 2O7AA 1C69A 1L64A 2OU0X 2RBNA 3V2WA 1P2LA 138LA 2B6XA 1L21A 3OE0A 168LA 4ARQA 3HTDA 1L57A 223LA 2B73A 3NY9A 3C80A 3DN2A 127LA 1L66A 1G0GA 1SSYA 200LA 258LA 3FA0A 4I7LA 4EKSA 2A4TA 1L24A 1DYBA 1L23A 1L02A 186LA 1L65A 1CU6A 1PQJA 139LA 1G1VA 3CDOA 1C60A 2OU9A 1DYGA 165LA 218LA 4ARQB 1LI2A 4OO9A 230LA 1I6SA 173LA 1D3NA 2B6YA 1L35A 3GULA 1L67A 3DN3A 2B6WA 2RAYX 1L75A 206LA 1L84A 1G0LA 1L81A 1C66A 3C8RA 3HUKA 1QT4A 233LA 1NHBA 1ZWNA 4I7OA 4W53A 1G07A 1P7SA 1PQDA 259LA 4YXAC 3V2YA 3NYAA 1L16A 244LA 1L95A 1LYEA 1K28A 1LYIA 249LA 140LA 4W58A 3C82A 212LA 2RH1A 216LA 137LA 3CDRA 1C6CA 170LA 1L44A 201LA 2B74A 1L62A 172LA 183LA 1C64A 246LA 158LA 3HUAA 2F32A 3SBBC 1L17A 215LA 4I7NA 1P5CA 245LA 3CDTA 1C6PA 1OVJA 3C7WA 1L32A 1CV5A 182LA 1L18A 4EKQA 2RAZX 4DJHA 1L33A 1L97A 1QS9A 1P64A 1C6QA 102LA 1C6EA 1SX7A 180LA 2LC9A 4ARMB 4EKPA 159LA 198LA 169LA 3G3WA 4I7JA 118LA 3L2XA 1P2RA 1L01A 4I7PA 1OWZA 3DMXA 1L85A 1P36A 1OVHA 1QUHA 3C81A 1QUOA 3LZMA 1L83A 241LA 3FI5A 1T8GA 254LA 3GUPA 1P6YA 1P3NA 126LA 4I7RA 4IAPA 4K5YA 188LA 1P46A 1L36A 1QT6A 1L03A 3EMLA 113LA 2O4WA 3SB9A 103LA 228LA 3OE9A 176LA 3HH6A 1C61A 1C6JA 248LA 1L10A 1C6MA 2OE7X 122LA 1DYCA 1L98A 3DN0A 3L64A 4LDLA 4W51A 1L09A 1LI3A 2RB2X 1L93A 1L72A 1KS3A 1LW9A 181LA 1C6FA 187LA 1QUGA 2OE4X 128LA 1L47A 1L63A 3QAKA 1DYEA 110LA 1L69A 3GUMA 1QTZA 4DAJA 1L41A 1L49A 227LA 1D3MA 3HT6A 255LA 3HT7A 3GUIA 1LYHA 4EPIA 4W55A 1QSBA 4W52A 166LA 1C63A 1L04A 240LA 3DN6A 4LZMA 1L89A 4YXCA 1PQMA 4PK0A 7LZMA 1C6GA 2RBRA 112LA 1CV0A 1L92A 3CDQA 150LA 1XJUA 3DN4A 213LA 1LYFA 1L73A 1L30A 3PDSA 1CVKA 161LA 2QARC 3ODUA 1TLAA 1C67A 129LA 1L25A 1JQUA 1C6KA 1L45A 1L46A 3HTGA 2NTHA 1SX2A 3HH4A 1L42A 167LA 189LA 178LA 1WTHA 1L06A 242LA 1C68A 1OVKA 1SWZA 4ARLA 1CV4A 3G3XA 1LYDA 1LWKA 2F47A 4I7KA 1CU2A 1L26A 1P56A 146LA 3HH3A 1LYJA 2OEAX 209LA 1L71A 231LA 3HT9A 4W59A 1L40A 1QTDA 1L55A 1QTVA 1L12A 238LA 1PQIA 4W56A 6LZMA 3FADA 4LDOA 1L58A 3UONA 114LA 3PBLA 1L91A 1C6TA 1T8AA 1L43A 3SB8A 192LA 1L14A 2IGCA 219LA 1L20A 4S0WA 1CU0A 1CU5A 229LA 197LA 235LA 160LA 2B7XA 232LA 1L11A 2OTZX 171LA 3HT8A 2B70A 1L99A 177LA 3GUOA 125LA 107LA 1L51A 1L37A 1L39A 5LZMA 250LA 1L59A 1C6DA 1CV6A 2CUUA 4ARJA 2RBOA 257LA 2B6ZA 1L53A 162LA 3JR6A 1T8FA 4GBRB 1CX6A 1L86A 237LA 3C8QA 3HTBA 3OE8A 185LA 1XEPA 1QT8A 1L68A 148LE 4AQNA 221LA 1CV3A 2B72A 251LA 262LA 2Z6BA 3OE6A 239LA 1L29A 3F9LA 4I7SA 1EPYA 119LA 3DNAA 3HU9A 1C6LA 3GUNA 3G3VA 151LA 108LA 4YX7C 144LA 1DYAA 3C8SA 164LA 4W54A 253LA 1L76A 3K2RA 1DYDA 2L78A 120LA 111LA 3C7YA 141LA 2RB1X 1D3FA 2HULA 184LA 225LA 1L90A 190LA 1KY0A 3GUJA 1L52A 2ANXA 3SBAA 3HTFA 163LA 1L94A 2RB0X 199LA 3RUNA 1L15A 214LA 1L28A 3VW7A 1JTNA 1L50A 1LGWA 1L27A 3DKEX 2OTYX 3NY8A 1G0JA 1PQKA 1T6HA 2LCBA 1LYGA 1CU3A 123LA 211LA 1L88A 1QTCA 1C65A 210LA 1L79A 3HH5A 1QT7A 1OV5A 261LA 222LA 1DYFA 3C83A 3DN8A 1G0PA 1L80A 2RBSA 1B6IA 3RZEA 196LA 1XJTA 2ANVA 4LDEA 4W57A 1D9WA 2NTGA 175LA 2O79A 115LA 5I14A 234LA 1L60A 1L38A 226LA 4I7QA 1L31A 1L87A 217LA 1L48A 1L54A 1LWGA 1LGUA 1L19A 143LA 2B75A 1C6IA 3CDVA 1L13A 2HUMA 1G1WA 1LGXA 2B6TA 2OE9X 1L70A 195LA 1LPYA 205LA 1G0KA 1L77A 1QT5A 104LA 1D2WA 1CUPA 4PJZA 142LA 243LA 3HDFA 4GRVA 1L82A 1T97A 256LA 1QS5A 1CTWA 157LA 4ZPUA 3DMZA 1KW7A 1L74A 1L34A 3SB5A 152LA 130LA 2Q9DA 145LA 3HWLA 3HDEA 1JTMA 3SB6A 4EPFA 3HU8A 1OYUA 1G06A 1L07A 4ARPA 3DMVA 4ARMA 2RBPA 1QSQA 4EJ4A 2QB0B 4I7MA 4I7TA 1L0KA 1CV1A 1KY1A 155LA 1L08A 1ZYTA 4E97A 1C6BA 1KW5A 1L0JA 3DN1A 1SWYA 2LZMA 1L56A 1CUQA 1PQOA 4EXMA 1P37A 2Q9EA 1L96A 4EKRA 3SN6R 1QT3A 1QUDA 1OWYA 1L61A 1C6HA 2OU8A 247LA 174LA 1OV7A 1SSWA 3HUQA 191LA 1C6NA 4DKLA 156LA 109LA 1G0QA 252LA 131LA 1G0MA 224LA 1C62A 1C6AA 1L22A 3GUKA 220LA 1ZURA 260LA 1L00A 1CX7A 3C7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
236LA 149LA 2HUKA 3WUAA 1BB3A 3D4SA 2HUBA 4B4EA 2F2QA 1B7SA 5D5CA 4ETAA 2MECA 1LMNA 3T6UA 1LLHA 5KXRA 1B5YA 1OUFA 4QDNA 1P2LA 1LYZA 1LJ4A 2B6XA 3HFMY 1RJCB 1NDGC 4NEBA 1L57A 4IASA 1GBXA 2B73A 3HBEX 200LA 4EKSA 154LA 1JSEA 1PQJA 139LA 3CDOA 1G1VA 1LHIA 4LT2A 1TAYA 1FKQA 2OU9A 1DYGA 5APEA 1LZNA 4ARQB 1H6MA 1LZYA 4EMNA 4WM2A 2B6YA 1LSDA 1GFVA 3AB6A 4H8YA 4QEQA 3W6DA 4TTDA 4WOAA 1GF8A 1L84A 1G0LA 1KIQC 3C8RA 1QT4A 2LHMA 3AGHA 4NWEA 1BB6A 4NHPA 4W53A 1G07A 1P7SA 1JKCA 4YXAC 2X0AA 1LYEA 3ZVQB 249LA 4W58A 3C82A 1F10A 4WLYA 1C6CA 4OOOA 4YENA 201LA 3LYOA 1LJFA 4GLAA 183LA 3WULA 1LHMA 158LA 3HUAA 4WMGA 3CQLA 1YKXX 3AGGG 4HV1A 3TXBA 1IR7A 1J1XY 4I7NA 4CJ2A 1XGUC 1P5CA 245LA 3P4ZA 1CKDA 1L32A 1GDWA 1LZ1A 4TX7A 182LA 5C6IA 4HSFA 3AW6A 1L97A 1QS9A 2BQAA 3AZ7A 1C6QA 102LA 1LHLA 1JJ0A 3CT0A 4B4JA 3N9CA 2EQLA 4EKPA 1IWTA 3G3WA 2YBIA 4WM4A 5FELA 4E3UA 5DL9A 4BAFA 1REXA 1MLCE 1L01A 2LYZA 3G3BB 1LZRA 1P36A 1QUHA 3C81A 4NGWA 4R6CA 1IR8A 4NHIA 4IATA 241LA 4B1AA 4IAPA 1L36A 132LA 4TWSA 113LA 3W3EA 5AMYA 1NF5A 3OE9A 176LA 3HH6A 4NG8A 1B2KA 4LFPA 1GB3A 5K7OA 1WQNA 4J7VA 4RLMA 4ZFPA 248LA 1L10A 122LA 4XENA 1L98A 4W51A 1LI3A 1L93A 4GN5C 1JKAA 1LW9A 4II8A 1GE1A 1Z55A 2MEAA 4N8ZA 2W1YA 1OUDA 1GF5A 4OWAA 1L49A 255LA 5HNCA 166LA 240LA 5I5QA 4YXCA 1GAZA 1C6GA 1IEEA 2A7DA 4PPOA 1CV0A 3CDQA 1IWVA 4ANRA 1LSBA 4XN6A 3PDSA 2HEBA 1CVKA 2H9KA 3ODUA 1TLAA 1C67A 1JQUA 1C6KA 133LA 5KKJA 3BKHA 2BQLA 1GFRA 3EXDA 5LVKA 2YBLA 178LA 1C68A 3M18B 4QY9A 2YBHA 3W6EA 1AM7A 1CU2A 3K3TA 1P56A 146LA 2OEAX 1NBZC 1L71A 231LA 1GXXA 1REMA 2EPEA 3W6BA 3UONA 114LA 5E4PA 1C6TA 4LYZA 4GLVA 1GB0A 4C3WA 2IGCA 219LA 4S0WA 229LA 197LA 2YDGA 4NSGA 1L11A 5I4XA 3HT8A 2BQMA 1GB9A 107LA 3TXIA 1L39A 3CSQA 5LZMA 250LA 1CV6A 2HECA 1DI3A 3JR6A 1GFTA 1NDMC 1GF4A 1I56A 9LYZA 4ZIXA 4PJ2C 4LYMA 221LA 1B5WA 262LA 3OE6A 239LA 1L29A 3HBHA 1CKCA 3A94A 2BQCA 2DQJY 3G3VA 144LA 4H9CA 3C8SA 1L76A 4OWHA 4X3BA 1B7PA 2RB1X 4PHIA 1D3FA 2HULA 1KY0A 1AT6A 1L52A 1JHLA 3E3DA 3HTFA 163LA 5F9UA 3RUNA 4WL7A 1L28A 1L27A 1IC5Y 2G4PA 1CJ9A 4WM6A 5B1GA 1A2YC 3HH5A 1L88A 3B0OA 3TMWA 1VEDA 1L80A 1LJ3A 3B6LA 3RZEA 1C45A 2BQJA 1XJTA 4LDEA 175LA 1QSAA 1HC0A 1GF0A 1EQ4A 1L31A 217LA 3WXTA 4ETBA 1SLYA 3WL2A 1L54A 1WVVA 1KIRC 2DQCY 5KXTA 3WYHA 2OE9X 1GE0A 3A3QA 2ZIJA 1VATA 2HEAA 2BQFA 3QY4A 142LA 1B0DA 6LYTA 1L82A 3CT5A 1OUEA 1VDPA 5LYTA 1XEIA 1KW7A 1L74A 4N5RA 1VAUA 3TXEA 1XGRC 2I26L 3DMVA 4ARMA 2RBPA 4EJ4A 2IFFY 2QB0B 1IR9A 2XTHA 1RI8B 1KW5A 1L0JA 4NGOA 2NWDX 2RSCA 5KXWA 1IP5A 2BQKA 2Q9EA 4H93A 1L96A 3SN6R 1QUDA 1FLUA 1C6HA 1QDTA 2HTXA 174LA 1CJ8A 5IDDA 3HUQA 156LA 1G0QA 4WG7A 1HELA 4EOFA 4WL6A 5KXZA 1GFUA 1ZURA 260LA 1CX7A 1B5ZA 3C7ZA 1GFEA 3IJVA 4NGIA 3A95A 1YKYX 3EO5A 5HQ1A 2I6ZA 1KNIA 1QTBA 4DD7A 4H94A 1QTHA 2O7AA 1C69A 1L64A 2OU0X 138LA 1G7IC 3CT1A 223LA 3A34A 1BWHA 127LA 4I7LA 1RE2A 1DYBA 1HF4A 186LA 1L65A 1CU6A 2XBRA 4DD2A 1JIYA 4YF2A 4NFVA 165LA 218LA 3AZ6A 173LA 1GFHA 1JJ3A 1L67A 5DM9A 1IP4A 1L75A 4KT3A 1IP1A 2HEDA 3A6BY 1ZWNA 1BGIA 4KPMA 259LA 3V2YA 1L16A 1AZFA 1LYIA 1GAYA 140LA 1B5XA 4UWUA 4NSIA 1TBYA 2ZIKA 137LA 3LHMA 1QDRA 1SQ2L 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 236L A;  149L A;  2HUK A;  3WUA A;  1BB3 A;  3D4S A;  2HUB A;  4B4E A;  2F2Q A;  1B7S A;  5D5C A;  4ETA A;  2MEC A;  1LMN A;  3T6U A;  1LLH A;  5KXR A;  1B5Y A;  1OUF A;  4QDN A;  1P2L A;  1LYZ A;  1LJ4 A;  2B6X A;  3HFM Y;  1RJC B;  1NDG C;  4NEB A;  1L57 A;  4IAS A;  1GBX A;  2B73 A;  3HBE X;  200L A;  4EKS A;  154L A;  1JSE A;  1PQJ A;  139L A;  3CDO A;  1G1V A;  1LHI A;  4LT2 A;  1TAY A;  1FKQ A;  2OU9 A;  1DYG A;  5APE A;  1LZN A;  4ARQ B;  1H6M A;  1LZY A;  4EMN A;  4WM2 A;  2B6Y A;  1LSD A;  1GFV A;  3AB6 A;  4H8Y A;  4QEQ A;  3W6D A;  4TTD A;  4WOA A;  1GF8 A;  1L84 A;  1G0L A;  1KIQ C;  3C8R A;  1QT4 A;  2LHM A;  3AGH A;  4NWE A;  1BB6 A;  4NHP A;  4W53 A;  1G07 A;  1P7S A;  1JKC A;  4YXA C;  2X0A A;  1LYE A;  3ZVQ B;  249L A;  4W58 A;  3C82 A;  1F10 A;  4WLY A;  1C6C A;  4OOO A;  4YEN A;  201L A;  3LYO A;  1LJF A;  4GLA A;  183L A;  3WUL A;  1LHM A;  158L A;  3HUA A;  4WMG A;  3CQL A;  1YKX X;  3AGG G;  4HV1 A;  3TXB A;  1IR7 A;  1J1X Y;  4I7N A;  4CJ2 A;  1XGU C;  1P5C A;  245L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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