2OE9X

High-pressure structure of pseudo-wt t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural Rigidity of a Large Cavity-containing Protein Revealed by High-pressure Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2oe9X00
2RB1X 3DN4A 7LZMA 1TLAA 1L71A 1L30A 212LA 216LA 1PQIA 181LA 4W53A 243LA 1T8GA 1CV1A 1C6MA 3GUOA 4DAJA 4EKPA 1L14A 3DN1A 1L09A 228LA 1C6GA 4W52A 3PBLA 1QT3A 175LA 1L38A 1LYGA 3FI5A 1T6HA 4OO9A 1P2LA 3C8SA 1KY1A 1L32A 198LA 3DN0A 1L27A 1L11A 169LA 1QUHA 250LA 148LE 1G1VA 4AQNA 3CDTA 126LA 2QB0B 146LA 163LA 230LA 3HU9A 3SN6R 253LA 158LA 185LA 261LA 3C8RA 3DN6A 3V2YA 2F2QA 1L88A 2O4WA 102LA 1L75A 1LWGA 1L31A 1QTCA 1QT4A 3SB7A 1L86A 1G0PA 3DKEX 1QTHA 1CV6A 1D2YA 4LDEA 196LA 1QT7A 1G06A 1C6LA 1L01A 3CDOA 3L64A 1L97A 1CV5A 4EKSA 1C6JA 2F47A 3F8VA 3C81A 2ANXA 1OWYA 173LA 3K2RA 245LA 4DKLA 4EJ4A 249LA 1CUQA 1D3JA 1L42A 2OTYX 1C63A 3GUPA 1NHBA 1L20A 1B6IA 1L93A 1L73A 4EXMA 3HUAA 1PQDA 262LA 187LA 184LA 4I7JA 4PJZA 238LA 1K28A 3HTBA 2B6TA 177LA 1LYDA 2ANVA 1L81A 2RBRA 160LA 1L19A 219LA 156LA 1D2WA 4ARMA 1L87A 4E97A 1CV3A 1PQJA 1T8AA 1OV7A 3G3XA 164LA 4DJHA 252LA 1L21A 2CUUA 4W55A 1XEPA 3NYAA 130LA 2Z6BA 2IGCA 4W56A 1L26A 1OVHA 143LA 1L92A 2B72A 1DYDA 1L28A 1L61A 1OVJA 3GUIA 1WTHA 232LA 2RBPA 4I7LA 1OYUA 2O7AA 128LA 221LA 1DYCA 112LA 1P36A 201LA 1L84A 235LA 4ARPA 1L94A 3GUKA 2LC9A 1KS3A 1JTMA 113LA 247LA 119LA 142LA 165LA 1QTBA 200LA 4ARMB 4ARLA 182LA 217LA 3FA0A 1C6TA 1C6HA 1SX2A 1SSWA 1DYAA 3CDVA 1CX6A 1ZURA 4ARQA 3C7YA 1C67A 1C6QA 1C68A 1L66A 2F32A 1QS9A 1SWYA 1CUPA 214LA 149LA 107LA 1LLHA 1C61A 3GUNA 1KW5A 2OU0X 1L34A 1CU6A 3GULA 1L05A 255LA 3GUJA 1L00A 1L25A 225LA 1L03A 4GRVA 183LA 1L49A 1OVKA 258LA 3C8QA 186LA 2Q9DA 139LA 172LA 2NTHA 1G0KA 1PQKA 1L90A 2A4TA 3F9LA 188LA 3C80A 3SB5A 1KNIA 4YXCA 2OU9A 1LI6A 137LA 231LA 1CU2A 2RBQA 141LA 1LI2A 1L24A 234LA 1L95A 3CDQA 4ARQB 2OU8A 1L15A 1L51A 4I7QA 1L02A 1C6AA 4K5YA 1ZYTA 211LA 1C60A 1LGWA 2B7XA 3SB8A 178LA 1L85A 1L43A 3OE8A 140LA 1L57A 205LA 1L53A 1L48A 2Q9EA 239LA 244LA 3DMZA 1L50A 3NY9A 3HTFA 206LA 1EPYA 1L65A 1P64A 1L55A 1T97A 3HT9A 1L37A 1QUGA 2HUMA 2HUKA 1LYJA 2RBOA 4S0WA 1G0LA 3HTGA 1P2RA 4GBRB 1D9WA 170LA 1CU3A 2B6ZA 2QARC 256LA 190LA 3FADA 111LA 1L06A 1LYHA 109LA 1DYGA 1CV0A 237LA 3HU8A 1I6SA 4I7KA 3RUNA 4IAPA 2RBSA 1CVKA 1LWKA 2B74A 4YXAC 4I7MA 3HT7A 1QT5A 174LA 1C6PA 242LA 241LA 4W57A 3SBBC 1QTDA 1L33A 5LZMA 1L04A 3HT8A 3DN3A 1QUOA 1L82A 3HT6A 3PDSA 4I7RA 1C6DA 1T8FA 257LA 145LA 1P37A 1L58A 1L62A 2RB2X 1D3MA 1LPYA 171LA 2B73A 1G0QA 259LA 1L68A 1SX7A 1QS5A 1L76A 157LA 1L69A 3NY8A 180LA 2B70A 108LA 3OE0A 1G0GA 3DN2A 3LZMA 1L36A 3HH4A 138LA 1L47A 3SB6A 4I7OA 161LA 152LA 2LCBA 1L39A 4I7SA 1LGXA 1DYFA 3HH5A 3DMVA 1L22A 3C82A 2B6XA 1L59A 192LA 1L35A 2B75A 1SWZA 3GUMA 2OEAX 1C62A 1ZWNA 4EKQA 1L40A 168LA 1KW7A 1C6IA 162LA 1LI3A 3V2WA 123LA 131LA 1L13A 2NTGA 151LA 1L77A 4EPFA 120LA 1C64A 1L44A 1L72A 1L10A 2OE4X 189LA 2OE7X 3QAKA 4PK0A 1P7SA 1QTZA 215LA 3HH3A 3DN8A 3HH6A 4I7NA 3HUQA 1QTVA 236LA 2RAZX 1G07A 210LA 1L41A 1L29A 1G0MA 104LA 1L18A 4LDOA 1L79A 3DMXA 1L46A 1P56A 3G3VA 4ZPUA 3JR6A 1C66A 1DYEA 218LA 3SBAA 1LYEA 1QSQA 1L17A 3L2XA 1L64A 1L99A 1C6NA 3EMLA 1QT6A 1L45A 4LDLA 1XJUA 1PQMA 209LA 114LA 222LA 2L78A 213LA 3OE6A 1D3NA 2O79A 127LA 1G0JA 125LA 223LA 226LA 3C7WA 1LYIA 1C65A 1L23A 1CU5A 1L83A 150LA 3UONA 1D3FA 251LA 2RBNA 3D4SA 1CV4A 1L0KA 1KY0A 1C6CA 229LA 3RZEA 4W58A 118LA 1QT8A 3HDEA 4ARJA 1L89A 3C83A 1L08A 3ODUA 167LA 246LA 4LZMA 3OE9A 3HWLA 2RH1A 1G1WA 4YX7C 1CTWA 254LA 199LA 3VW7A 233LA 1DYBA 227LA 4I7TA 1LGUA 176LA 1L0JA 144LA 4W54A 1CX7A 260LA 1L16A 3HTDA 4EPIA 1LW9A 248LA 1C6KA 1OWZA 4I7PA 2LZMA 197LA 220LA 2OTZX 1SSYA 1JTNA 1L56A 1L91A 1L74A 1P6YA 147LA 1C69A 2B6YA 3SB9A 1XJTA 1L70A 110LA 191LA 1L96A 1L80A 155LA 159LA 1P5CA 1OV5A 166LA 3HUKA 2B6WA 2HULA 3G3WA 1L52A 115LA 1JQUA 224LA 1C6BA 1L60A 1LYFA 6LZMA 103LA 4W59A 1L67A 1P3NA 5I14A 1QUDA 122LA 195LA 3DNAA 1L63A 2RB0X 129LA 1P46A 3C7ZA 1C6EA 1L12A 240LA 1PQOA 1L98A 3HDFA 1L07A 2OE9X 3CDRA 4W51A 1L54A 2RAYX 1QSBA 1CU0A 1C6FA 4EKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RB1X 1DXJA 3A8ZA 4H9CA 1TLAA 3AGIA 5DN5A 1LSPA 4W53A 5LYMA 1C6MA 4NG1A 4QEQA 228LA 1JISA 1L38A 4B4IA 1LYGA 5I4XA 1LMTA 4OO9A 3C8SA 1KY1A 2LYMA 169LA 4B49A 1GBZA 3AZ7A 126LA 146LA 2ZYPA 2F30A 230LA 1YKXX 253LA 261LA 1DPWA 1LYOA 4G4CA 1L88A 2O4WA 1LSDA 102LA 3CSRA 3SB7A 5DLAA 4FJRA 1D2YA 4LDEA 196LA 1L01A 5KXLA 1ALCA 1REMA 3F8VA 4WM2A 4WL7A 1LZ1A 1WTMA 3C81A 2ANXA 3LYTA 1OWYA 3W6FA 1CUQA 4ETAA 1D3JA 1C63A 1IP2A 2YBIA 1IWVA 3HUAA 5C6IA 262LA 187LA 4I7JA 4PJZA 4OWHA 4H9AA 4DD3A 3WUAA 1H6MA 1L81A 5B1GA 2RBRA 160LA 156LA 3EXDA 4MR1A 1L87A 1IP6A 4E97A 1HEOA 3QY4A 1OV7A 5C6LA 3CT1A 1CKCA 1NQIA 1AT5A 4ETCA 2CUUA 3NYAA 4H8YA 1FBIX 1UUZC 3ZEKA 2XQOA 1OVHA 6LYZA 1L92A 1DPXA 1WTHA 1OYUA 1UACY 1DYCA 1P36A 1L84A 2I25L 3GUKA 3EMSA 3WXTA 3TXHA 142LA 200LA 3WPJA 4IJ4A 3FA0A 4NGWA 2BQHA 1C6HA 4LFXA 4E3UA 2H9KA 4XJFA 1SSWA 1LMAA 1C6QA 1L66A 1HENA 4TUNA 1CUPA 149LA 2DQEY 3EO5A 4LT0A 1KW5A 4DT3A 4LYBA 4G4HA 1L25A 1UIAA 1LZNA 1QSAA 4H8ZA 4Z3MA 4GRVA 3W3EA 2Q9DA 139LA 1D9UA 1NDGC 3F9LA 4GCBA 3TMVA 5APCA 1L95A 5A3ZA 1LHHA 1L51A 5LVIA 207LA 211LA 1TEWA 3SB8A 4XJIA 1L85A 3BKHA 1KXXA 4NSIA 1L48A 239LA 244LA 3DMZA 1DI5A 4UWVA 1L50A 4KPMA 3RT5X 1P64A 4H93A 1T97A 4H9EA 1T6VL 1IVMA 1G0LA 1G7MC 3M3UA 4FDYA 170LA 1CU3A 2B6ZA 2QARC 4NSJA 2DQIY 1QUTA 1HF4A 5DL9A 1AZFA 133LA 1XFPL 1I6SA 3A34A 1LWKA 2B74A 4YXAC 1GBWA 4BAFA 3B72A 1C10A 4LYZA 1WQNA 3WPLA 1F10A 1L33A 2BQAA 2ZIJA 1CNSA 4LT2A 5LAGA 1YAMA 257LA 4OWAA 3RNXA 2BQLA 1NBYC 1J1OY 1L62A 2RB2X 1D3MA 4DYGA 171LA 2Z18A 1D0MA 1JTPL 180LA 1YAQA 4G9SA 4WMGA 108LA 1GE1A 3LZMA 3HH4A 2Z2EA 1L47A 3SB6A 161LA 4NGOA 1LMPA 1UIDA 4J0LA 3WMKA 1BWJA 3DMVA 2B75A 1L35A 1EQ5A 4I0CA 1C62A 2BPUA 4NHQA 3FI7A 4L41A 3MGWA 3CB7A 5E9RA 4YF2A 2MEGA 123LA 2YBMA 4WO9A 1I20A 1QIOA 1LZBA 4EPFA 1F6RA 4GCDA 1B7SA 2OE4X 3F6ZA 3QAKA 4PK0A 1LZDA 2ZWBA 1BHZA 104LA 1LKRA 2X0AA 1FLUA 3DMXA 2H5ZA 2BQCA 1IC4Y 1QDTA 3JR6A 1C66A 1DYEA 2Y8PA 2IFFY 1L17A 6LYTA 4QY9A 208LA 1HMLA 3EMLA 5HLLA 1C46A 2GV0A 2L78A 4BS7A 5KKJA 127LA 1IWWA 2G4NA 1HERA 4NGKA 1LYIA 1HEQA 4CGEA 2MEBA 2Z12A 2C8PA 1LZ5A 1RFPA 1BB6A 1L0KA 1WVVA 229LA 1YIKA 1DQJC 118LA 3HDEA 1XSFA 4LYTA 1L08A 3ULRA 246LA 3HWLA 3CT0A 1GF9A 5LA5A 2RH1A 1G1WA 1CTWA 1OUBA 5K7OA 199LA 5KXXA 3VW7A 1C45A 1LZ6A 1DYBA 1WQRA 227LA 5KXWA 5DN4A 4W54A 3HTDA 1LW9A 1GB6A 4I7PA 220LA 2BQKA 1SSYA 5KXMA 4ZEEA 2BQEA 1L91A 5FHWA 1JITA 1L74A 2B6YA 1LJIA 1XJTA 1L70A 1LJFA 3N9CA 1L80A 155LA 159LA 5B06A 5KXNA 4WL6A 1LJHA 4DD7A 2B6WA 2HULA 3AJNA 5KXRA 3A94A 2DKVA 1JQUA 1C6BA 6LZMA 1CJ7A 4LYMA 1P3NA 1EQEA 1ZV5L 1VDPA 1QUSA 2Z2FA 195LA 1GF5A 3A95A 134LA 4HTKA 1GE2A 5HQ1A 5I54A 5LVJA 4H9IA 1PQOA 1L98A 4NHIA 5D5CA 1IX0A 3WUNA 1L07A 3B6LA 2OE9X 1BB5A 9LYZA 1LYZA 2RAYX 1B0DA 1B7QA 3DN4A 7LZMA 1L71A 4CFOA 212LA 1NHEA 2ZNXY 181LA 3P66A 1LZRA 4EKPA 2F2NA 4DC4A 1GAYA 1OP9B 1QT3A 4ZFPA 3T6UA 1XEKA 1HFZA 1P2LA 4GCEA 4H91A 1LJ3A 1UCOA 1H87A 1L32A 2YBJA 4XN6A 3RW8A 1LZ8A 148LE 1G1VA 3CDTA 1NWGA 3HU9A 1HMKA 3C8RA 2F2QA 1GB7A 4RDSA 5HMJA 1LWGA 1L31A 1G0PA 1QTHA 4B0DA 1VATA 1G06A 1FDLY 3CDOA 3L64A 1L97A 1DZBX 3W6BA 1C6JA 3A96A 173LA 249LA 1L42A 4PGJB 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5LZMA 2DBTA 2MEFA 3HT8A 4EOFA 1B5WA 1T8FA 2F4AA 2I6ZA 1L58A 4G49A 2G4PA 1OUGA 4PHIA 259LA 1L76A 1GBYA 157LA 1L69A 3J4GA 5F9XA 1IOTA 5IDDA 4WM5A 3OE0A 1G0GA 4ET9A 2ZIKA 152LA 4CJ2A 1VFBC 1L39A 4I7SA 1DYFA 1SWZA 2C8OA 2IHLA 4EKQA 4WLXA 168LA 2MECA 1IWYA 3V2WA 1JWRA 5LYZA 2BAAA 131LA 1T3PA 2NTGA 151LA 1L77A 3W6EA 5C6JA 1BGIA 2CJLA 4GLAA 189LA 1IO5A 2OE7X 1QTZA 3HH3A 2FYCA 3DN8A 3TMUA 4I7NA 236LA 1L41A 1L29A 4PRUA 3G3BB 1L18A 1L46A 3ATNA 5M1YA 3AZ5A 3G3VA 4W96A 1QSQA 1LZTA 4M6DA 3L2XA 4DD1A 1L64A 1L99A 3A93A 3HBEX 4WLTA 4TX7A 3HFMY 5LVHA 1AKIA 1IY4A 3T36A 1QT6A 1L45A 2DQCY 1IWZA 1PQMA 209LA 114LA 222LA 2HU1A 5LINA 125LA 5B1FA 4OWBA 1DKKA 4J1AA 2BQFA 1L83A 3UONA 251LA 3D4SA 1UIEA 1UIHA 1GFAA 2XBSA 4HTQA 1KY0A 1C6CA 4W58A 4ARJA 1C7PA 4NIJA 1L89A 4NGYA 1IP1A 1GB0A 2W1XA 2ZILA 1HSWA 3WUMA 3W6AA 3TXJA 254LA 3LZTA 4DQJA 144LA 260LA 248LA 1OWZA 2OTZX 1JTNA 1GB9A 1AM7A 3TXKA 1LJGA 3AB6A 5HNCA 1REXA 1GFJA 4N9RA 1QDRA 1JKAA 4NY5A 2LYOA 166LA 3G3WA 1KIRC 5KXKA 115LA 224LA 4OW1A 4GLVA 3WU7A 2NWDX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RB1 X;  1DXJ A;  3A8Z A;  4H9C A;  1TLA A;  3AGI A;  5DN5 A;  1LSP A;  4W53 A;  5LYM A;  1C6M A;  4NG1 A;  4QEQ A;  228L A;  1JIS A;  1L38 A;  4B4I A;  1LYG A;  5I4X A;  1LMT A;  4OO9 A;  3C8S A;  1KY1 A;  2LYM A;  169L A;  4B49 A;  1GBZ A;  3AZ7 A;  126L A;  146L A;  2ZYP A;  2F30 A;  230L A;  1YKX X;  253L A;  261L A;  1DPW A;  1LYO A;  4G4C A;  1L88 A;  2O4W A;  1LSD A;  102L A;  3CSR A;  3SB7 A;  5DLA A;  4FJR A;  1D2Y A;  4LDE A;  196L A;  1L01 A;  5KXL A;  1ALC A;  1REM A;  3F8V A;  4WM2 A;  4WL7 A;  1LZ1 A;  1WTM A;  3C81 A;  2ANX A;  3LYT A;  1OWY A;  3W6F A;  1CUQ A;  4ETA A;  1D3J A;  1C63 A;  1IP2 A;  2YBI A;  1IWV A;  3HUA A;  5C6I A;  262L A;  187L A;  4I7J A;  4PJZ A;  4OWH A;  4H9A A;  4DD3 A;  3WUA A;  1H6M A;  1L81 A;  5B1G A;  2RBR A;  160L A;  156L A;  3EXD A;  4MR1 A;  1L87 A;  1IP6 A;  4E97 A;  1HEO A;  3QY4 A;  1OV7 A;  5C6L A;  3CT1 A;  1CKC A;  1NQI A;  1AT5 A;  4ETC A;  2CUU A;  3NYA A;  4H8Y A;  1FBI X;  1UUZ C;  3ZEK A;  2XQO A;  1OVH A;  6LYZ A;  1L92 A;  1DPX A; 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