2OF0A

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 5
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2of0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2of0A02
5OZ2A 5P8SA 4Y44A 4Y5KA 4ZPFA 2AZBA 4J0TA 2QK5A 5P78A 3S85A 4OBDA 5P41A 2QHYA 5P51A 1B5FB 1T6EX 1ZPAA 2P3BA 2I0AA 3CMSA 1LYAA 1HIIA 3UQXA 4YOBA 5P0PA 3VV8A 3OGPA 5P31A 4PEPA 4FM6A 3O9EA 2AVVA 3QBFA 2QHCA 5IVRA 1J71A 3L5BA 1NPWA 4YBIA 1DP5A 3O9GA 5P7NA 5P1LA 5P3MA 3QI1A 3OXVA 5P12A 2BPXA 3ER3E 4LHHA 5OZBA 4H3GA 3PWWA 1ODXA 5P6TA 5HCOA 5P1BA 5KQFA 3S56A 1VIJA 3JVWA 3K5GA 3KDDA 5OZLA 4QJ6A 5P3UA 5P2BA 3G6ZA 5AHAA 1KJ7A 3BUHA 3UQPA 5P62A 2WECA 4RGHA 1GVXA 5P74A 3HLOA 3L5FA 5P67A 5P7VA 2B8VA 5OZAA 2Q64A 2XFJA 3MXDA 7HVPA 4EJKA 5P8VA 4F74A 1EPPE 2O4PA 3VF5A 4J0PA 2QI1A 5P3FA 1EPNE 1IZDA 5P5GA 2QD7A 4I10A 4DQBA 4RZ1A 4B05A 4OBJA 3M9FA 5P7HA 4RROA 5P1HA 1T7IA 3A2OA 1KJFA 4NJSA 5P5TA 4EYRA 3L3AA 2V10C 1TSQA 1W5VA 2APRA 6FIVA 1HOSA 5P8FA 5P2HA 2MIPA 1FFIC 4Z50A 1HSHA 4YD7A 1T6GA 3CICA 4MC2A 1YM2A 4Y3MA 3UCBA 3BVAA 1BXQA 2G20A 5KR8A 1GVWA 4EJLA 5P0KA 2R3TA 4Y4TA 3S53A 1PROA 3UDKA 5AH6A 5C9BA 1C6ZA 4FRKA 4Y3LA 2HB3A 5P38A 3IA9A 3URIA 5P4EA 5P50A 5P6LA 4CPRA 7UPJA 1YX9A 5P0ZA 3IGBA 3D3TA 5OZ7A 5P1EA 1A9MA 5P86A 4K8SA 3ZKNA 1AXAA 5P7IA 5P84A 2G1NA 5P5ZA 3TOHA 5P22A 4RVXA 4KUPA 5P7BA 3GI0A 3D91A 3O99A 3I6OA 3APPA 2BJUA 3KMXA 4CKUA 3SFCA 5OYXA 3VF3A 3OAGA 4BFDA 1HVJA 2QHZA 4B72A 4RVIA 4EXGA 3EBZA 4I0EA 3INEA 1M43A 5P3PA 4RCFA 4BELA 2Q5KA 2P4JA 4Y39A 2OHNA 4XX4A 4B1EA 2P3CA 3O9LA 4ZSRA 3BUFA 3I25A 4Y5CA 3T7PA 1SH9A 4X2LA 5DQ2A 3KM4A 3LIZA 1LYBB 3OADA 2VJ7A 5P3XA 5P0HA 4I1CA 4WY6A 5P0RA 4Y47A 5P1AA 5P0BA 4NJVA 4Y6MA 4NPUA 3K5FA 3OOZA 5P6XA 5P2JA 5I70A 2VJ9A 4J55A 2OHUA 5P8AA 5P48A 5P6JA 5OZRA 4QJ2A 4Y4WA 4A6CA 3OUBA 5P7CA 2WL0A 5P7GA 4Y9WA 1EPLE 2IQGA 5P8OA 2B60A 2J9JA 3DV1A 5P79A 1EBKC 4EXHA 4DQHA 3TPPA 3URLA 3EXOA 2BB9A 5P71A 1CPIA 5OYYA 4QJAA 2PQZA 1GKTA 1LF4A 4K4PA 5P02A 4LXKA 1PPME 3VFBA 8HVPA 2AOIA 3EL9A 2AOHA 4AZYA 5PEPA 1XL2A 3UTLA 5P04A 2EWYA 2G26A 3K5DA 2V00A 2HPEA 5P16A 3PEPA 3NU6A 1FQ8A 3TL9A 3ZL7A 4L1AB 5P52A 3BC4A 5OZ5A 5SZ9A 3ZKXA 2Q63A 3EC0A 5JFUA 5EZZA 5DR8A 5P3EA 5T4SA 5P6AA 5P7DA 3D1YA 3SA8A 3C9XA 5P42A 5P6YA 5P4LA 3ECGA 3SA5A 3PSGA 1D4YA 3OU4B 5P82A 3BGCA 5P8KA 5F01A 2JYSA 3AUPA 2HS1A 3GW5A 2QAKA 3KT5A 5P26A 5OYQA 2XYFA 5COKA 1BIMA 4Y5NA 5P2QA 1WKRA 3UDYA 4Y56A 5P3AA 5P1JA 6APRE 3L58A 1BXOA 2ZJIA 5P1UA 4DQGA 1HPVA 3K5CA 2PK6A 5P60A 3N3IA 5P6IA 3PWRA 4N00A 3EKXA 4PZXA 2O4KA 3QP0A 2WEAA 3R2FA 4WY1A 4APEA 5P8CA 2XYEA 2VS2A 3RTHA 5P63A 4AA9A 2WHHA 1SDTA 5P4ZA 2PK5A 1IDAA 5KQZA 4Y38A 3CKPA 5P6ZA 2WF2A 4Y3ZA 3UQWA 5E5JA 3I8WA 3INDA 2Q54A 3CKRA 5P7SA 3HVPA 3SA4A 2F3KA 2F8GA 5P39A 3OWNA 3BXRA 4CP7A 3IN4A 4Z4XA 2G27A 2ER6E 2QD6A 4HEGA 3EKQA 5P1FA 3JW2A 3KDCA 1OEWA 4CMSA 2FLEA 2FIVA 1YTHA 1PSOE 5OZMA 2HIZA 1Z8CA 3L5DA 1PSNA 5P5NA 3OK9A 2OHKA 4Q1YA 4RRNA 5P2FA 1UH9A 3NLSA 4FRJA 2I1AA 5P2IA 4R91A 5P5HA 5P5MA 4K9HA 5OZCA 5P1NA 5P2NA 5P6NA 3T7XA 2VIZA 2FDDA 3UDPA 4APRE 3FIVA 2FNTA 4U7VA 1D4HA 1K2BA 5P6DA 1FIVA 1B6KA 5P3WA 3TTPA 5AGZA 4J1CA 5P07A 4M8XA 3KFSA 5P06A 5P13A 2AQUA 1B11A 5KQXA 1MERA 4GJ7A 3LHGA 1IVPA 4FE6A 2HPFA 3I2LA 4FS4A 2H6TA 3SKFA 3H0BA 2ASIA 5EZXA 4YCKA 4HZTA 4PPHA 2AOEA 2V16C 5P73A 1VIKA 2AOCA 5P6WA 2I4UA 5P81A 1TW7A 5P32A 2VJ6A 1EPRE 1OHRA 2PSUA 4JP9A 1Q9PA 4YHQA 1EC2A 3SPKA 1YTJA 4A6BA 5C9DA 3BXSA 3NUOA 4Y3DA 5P09A 2B7ZA 5P1MA 1MRWA 4EJ8A 5IVQA 1W6IA 2V11C 4QJ8A 3UDHA 4ER1E 1HBVA 1XE6A 1OD1A 5P4RA 4Y35A 2AODA 4DJWA 1UH8A 1ZSRA 3IVIA 3KMYA 4I0FA 1ZAPA 4COEA 1K1UA 2G69A 3QRSA 3AIDA 5P69A 5P5UA 1MUIA 3VYFA 3OTYA 2ZJJA 2NMYA 4OC6B 1G0VA 5P0FA 3NDXA 1AZ5A 1DMPA 3DOXA 2G21A 2NXLA 2PH8A 1LYBA 3LITA 1FQ6A 4D8CA 4CPXA 5P7OA 3PB5A 5DQCA 1CMSA 3S54A 4OBZA 5P4FA 3EM3A 3O9BA 3SACA 2QU3A 5P4VA 2I4WA 2QI0A 2FXDA 3DV5A 4L7GA 2HS2A 2FGVA 2B42A 4Q1WA 5P4OA 1LV1A 2IL2A 2R38A 4FM7A 3EKPA 5P8EA 1W5WA 3KA2A 1GNNA 5P08A 5P58A 5SY2A 1YT9A 2Q15A 4FGXA 5P4SA 5P5OA 4YOAA 2JJJA 5P0TA 3NUJA 3TLHA 2QNNA 2AOGA 2OHPA 3OQFA 5P0DA 4CPSA 2XFKA 2ZE1A 5P3CA 5P4DA 2ZHTA 2J9KA 5HE4A 5P14A 5CLMA 1XN2A 2UXZA 1K6VA 1YTGA 1MEUA 3UHLA 5KR1A 5ER1E 2R43A 1D4LA 5P2VA 2Q3KA 4ZLSA 3FNUA 5P7LA 1K6CA 2V0ZC 4Z2ZA 4L1AA 4GJ9A 5P3RA 1YG9A 4Z22A 5P6PA 4H3JA 3S43A 5OZYA 4J17A 4ZEAA 3O9HA 3OU4A 5P53A 3RVIA 2G24A 5AHBA 1G35A 2ER7E 4HDBA 5P4GA 5FIVA 2ANLA 3GGVA 1BVEA 1WBMA 5P72A 4DQCA 3S8IA 1FKNA 3RSVA 3S2OA 5P77A 3PLLA 2BBBA 4DJRA 3OQAA 2OHQA 2QZLA 3EKWA 5KAOA 1EPOE 1YM4A 2WF1A 4FIVA 1E5OE 2OHRA 3PWMA 5ENMA 1QBRA 5OZ3A 3EL5A 5OYZA 5P7KA 5DPZA 5F00A 3ZMGA 5P2YA 2R3WA 4Y50A 4RLDA 4RRSA 3DJKA 4DH6A 4Y53A 4Y3GA 5JFPA 4HA5A 5P8DA 5P0UA 3OXWA 2A4FA 3SKGA 5AH8A 4JPEA 5P47A 3OU1B 2PSVA 2ZHUA 1F7AA 2PH6A 4F76A 3WZ8A 5CONA 3OUDB 3O9DA 5P6KA 1HVRA 3UQUA 4R8YA 2CEMA 5P4HA 1PFZA 2QI5A 4Y3XA 3SA6A 5AH7A 3SM1A 3RU1A 5P00A 1APUE 4CPUA 5P1PA 4NJTA 4YE3A 4GJCA 3R0YA 5P2SA 2ZJLA 5P4MA 2R9BA 3ZKMA 1E81E 4Y3SA 5HDUA 3GGXA 2AVMA 5P0YA 4J1FA 1BILA 2P3DA 5P0QA 5P88A 3FV3A 5OYUA 1LYWB 3TKWA 5OZEA 3O9IA 2IGXA 1B6JA 2QMDA 1MT8A 5P0GA 5P29A 3TOGA 3SO9A 3PRSA 3WB5A 5ISJA 4RCDA 4YDGA 2CENA 5P8HA 1K6PA 5P0AA 5P49A 5UPJA 3QIHA 5P8LA 5P0IA 1HPSA 3HVGA 5P7PA 4Y5GA 5OZOA 4Y3QA 1W6HA 3HD8A 1HVLA 3PMUA 5P87A 1IIQA 4EJDA 1EBYA 1SP5A 3HAUA 5P0XA 5P70A 3HZCA 2HB2A 5P3TA 5I3YA 4YA8A 1SBGA 5P4IA 2QZWA 1HWRA 4DJVA 4OD9B 5P7EA 1BBSA 2BPYA 1B6LA 2FXEA 2FDEA 1ZJ7A 5P1RA 4GJ5A 2Z54A 2RKGA 3LINA 4Q1XA 4IVTA 2QMPA 3LIYA 5BWYA 5P0OA 2IGYA 4DJYA 5P1DA 2AOJA 5DGUA 5P30A 2QMGA 5P64A 2V13A 1JLDA 3PGIA 2G1OA 2VA6A 4Y37A 5OZ0A 4GJ8A 3OU3A 3NXEA 3SA3A 5P17A 5J25A 3TPRA 3BUGA 2UY0A 2QP8A 2IRZA 5P5SA 3FNTA 4D85A 4WTUA 2OAHA 3ZOVA 3BVBA 5HDZA 1UH7A 2VIEA 6UPJA 1GVUA 2NXDA 5ISKA 3SAAA 3NYGA 3R4BA 1FLHA 2IDWA 3DM6A 1OEXA 5OZGA 4TRZA 3PMYA 3EL1A 4GJBA 3VYDA 3OQ7A 1D4JA 2RENA 4OC6A 4KE0A 5P75A 4ACUA 1MIQA 5P15A 5P2WA 1IZEA 5OZHA 4YCYA 4YDFA 4RCEA 3OOTA 2QMFA 4QJ7A 3K1WA 2VNMA 3TKGA 3VCMA 4AUCA 5P34A 4DPFA 5OZPA 1AAQA 5C9FA 5ENKA 5IE1A 4M8YA 5P7TA 4DQFA 1HVCA 2P3BB 2WJOA 5P2ZA 2F80A 1ZP8A 3HBOA 4I12A 4I0GA 4FM8A 5P24A 1C6XA 5P2CA 3MSLA 3SLZA 2FDPA 4RVJA 2HB4A 1Z1HA 5P28A 1GNOA 1HVKA 5HTZA 3B7VA 2QI4A 4Y43A 3OXXA 5P57A 5P1YA 5P8BA 1RNEA 3APRE 3BGBA 2VIYA 1MESA 5P2KA 3IN3A 3ZPUA 4YD5A 4Y4EA 2QNPA 1HEGE 3Q5HA 1EC0A 1B5FA 3OQKA 3LZVA 1GVVA 1QS8A 1EBWA 1XE5A 3L5EA 1C6YA 5P1XA 5P3QA 1C70A 1XN3A 5P5QA 3PCWA 4Y3AA 3F9QA 3GGUA 5P03A 3BRAA 5P59A 1RL8A 4Y4GA 5P3GA 5P5YA 3U7SA 3U6AA 3S7LA 3EL4A 4U8WA 5P8PA 1FEJC 4ZSMA 5OZ6A 1APWE 3VSXA 3VLBA 5P0SA 3PBZA 2HM1A 2PSGA 4GB2A 5P0JA 1RPIA 4Y3PA 4DJXA 4NKKA 4OBHA 5P6CA 1XL5A 4ACXA 2AVSA 3RTMA 3QVCA 2PMAA 4GJAA 5P5PA 5P5FA 2VIJA 4LP9A 1APTE 2B7FA 3Q70A 1MTBA 5OZDA 5P6EA 1TCWA 5P4JA 5HVPA 3T7QA 1EBZA 1HEFE 1AVFA 5P0LA 5IVTA 2F81A 4DJOA 5P8TA 5AH9A 4B1CA 4NJUA 3LPKA 1K1TA 1U8GA 3OQDA 1BV7A 4MC1A 5P4YA 2I4QA 1HXWA 4DJQA 5P54A 3KDBA 2AZ8A 2ZJMA 2AIDA 4J0YA 1WBKA 5P0CA 3DCKA 1UPJA 5P8UA 2UPJA 3S45A 5P5KA 4D83A 3TOFA 2HAHA 2ZGAA 3S7MA 5KR0A 3IXJA 4R93A 4H3IA 5P23A 5P3SA 4KE1A 1RQ9A 5JG1A 5P66A 1FQXA 1CZIE 1XDHA 2QI7A 2I4DA 2VA5A 4L6BA 4QGIA 4FCOA 4K4QA 2ER9E 1TSUA 5P4BA 1ZLFA 2QCIA 4Y41A 4EWOA 5OZUA 3FSMA 2OHMA 4FRIA 2O4NA 4YD4A 1LYWA 5P8IA 5P7UA 5SY3A 2A1EA 3OADB 1IVQA 4TVGA 1SGZA 2V12C 4J1KA 1LF2A 5DR1A 3SA9A 2PYNA 4ZSPA 1QDMA 5P4UA 5OZ4A 1DW6C 3QAAA 3MXEA 3CIBA 5P5JA 1XS7D 5DR3A 3FX5A 3VF7A 3VEUA 4TVHA 2FNSA 5P8JA 3VV6A 2H6SA 4Y5LA 3L38A 3UDMA 3WSJA 5P2UA 3FKTA 1FQ5A 2ER0E 1DIFA 5P2GA 2QI3A 5P6GA 1ZPKA 3LPIA 2J9JB 2G1SA 5P1TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ2 A;  5P8S A;  4Y44 A;  4Y5K A;  4ZPF A;  2AZB A;  4J0T A;  2QK5 A;  5P78 A;  3S85 A;  4OBD A;  5P41 A;  2QHY A;  5P51 A;  1B5F B;  1T6E X;  1ZPA A;  2P3B A;  2I0A A;  3CMS A;  1LYA A;  1HII A;  3UQX A;  4YOB A;  5P0P A;  3VV8 A;  3OGP A;  5P31 A;  4PEP A;  4FM6 A;  3O9E A;  2AVV A;  3QBF A;  2QHC A;  5IVR A;  1J71 A;  3L5B A;  1NPW A;  4YBI A;  1DP5 A;  3O9G A;  5P7N A;  5P1L A;  5P3M A;  3QI1 A;  3OXV A;  5P12 A;  2BPX A;  3ER3 E;  4LHH A;  5OZB A;  4H3G A;  3PWW A;  1ODX A;  5P6T A;  5HCO A;  5P1B A;  5KQF A;  3S56 A;  1VIJ A;  3JVW A;  3K5G A;  3KDD A;  5OZL A;  4QJ6 A;  5P3U A;  5P2B A;  3G6Z A;  5AHA A;  1KJ7 A;  3BUH A;  3UQP A;  5P62 A;  2WEC A;  4RGH A;  1GVX A;  5P74 A;  3HLO A;  3L5F A;  5P67 A;  5P7V A;  2B8V A;  5OZA A;  2Q64 A;  2XFJ A;  3MXD A;  7HVP A;  4EJK A;  5P8V A;  4F74 A;  1EPP E;  2O4P A;  3VF5 A;  4J0P A;  2QI1 A;  5P3F A;  1EPN E;  1IZD A;  5P5G A;  2QD7 A;  4I10 A;  4DQB A;  4RZ1 A;  4B05 A;  4OBJ A;  3M9F A;  5P7H A;  4RRO A;  5P1H A;  1T7I A;  3A2O A;  1KJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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