2OHMA

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with n~3~-benzylpyridine-2,3-diamine
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohmA02
1ZSRA 1BVEA 2QD8A 5P2QA 1PFZA 4Y45A 5P8AA 5P4IA 1EBKC 5DR1A 3Q3TA 3QROA 1YM4A 2BKSA 3MXDA 2R8NA 3U71A 1HXBA 3BGBA 3KT2A 5OZ1A 3PRSA 4OBKA 4L7HA 3EBZA 5OZJA 2WF2A 5ER1E 1QBUA 4NPUA 1M4HA 3NR6A 3LPKA 4YHQA 4B1DA 5HE7A 2MIPA 5P3YA 5I3XA 3LZVA 3OY4A 3OU1A 3OXCA 4I0DA 2FGUA 5HDVA 4FIVA 3BRAA 5P6TA 3T11A 3FX5A 1APTE 2SAMA 4H1EA 3LIQA 3IXOA 2PC0A 5P1UA 2PSGA 2IGYA 3BXSA 2J9JA 5P04A 4NJVA 3DK1A 1APUE 3C9XA 2IENA 2PSVA 3TH9A 2I0AA 3GI4A 1UH9A 2BQVA 4YCKA 4Y3JA 4EHCA 5P1CA 5P7VA 5P6EA 5OZIA 4D88A 4JP9A 4J17A 5P0TA 1UH8A 2RENA 5OZ2A 4Y5AA 1HHPA 1GVXA 5P6LA 4QJ8A 5P0DA 2F8GA 4FAEA 5P25A 2NTRA 4DVFA 2BPZA 4KUPA 4I8WA 1W51A 3K1WA 5P1WA 3GI0A 5KQZA 4R91A 3UQXA 2WEZA 1HEFE 3CIBA 2V12C 5P0KA 3QBHA 1M43A 1F34A 1E82E 1C6YA 5KAOA 3OAGA 3WB4A 4Q1YA 4TRZA 5P2YA 5P3EA 1QRPE 1W6IA 4AZYA 3R2FA 4Y3FA 2ASIA 3K5GA 5P7YA 1SDVA 5DGWA 4J5JA 3ZMGA 5I3YA 5BS4A 3ZKQA 2AOIA 5KR8A 5P15A 3PM4A 3VF5A 1LS5A 1OEXA 4Y6MA 5P8BA 1A30A 1N49A 4J1HA 5OZBA 5P7XA 5OZLA 5P5AA 3ZKGA 3EM4A 5P7PA 1CMSA 1K6TA 3IGBA 5P0EA 5P89A 4GJ9A 4F73A 3T3CA 1SGUA 5DR8A 2XYFA 3TOFA 3KF0A 3IAWA 3UDKA 1SP5A 1LF2A 5P4WA 2FDEA 5P8JA 5P1LA 1EPNE 3G6ZA 1B6PA 4Y35A 5HVPA 1TW7A 4DV9A 5HU1A 3ZPTA 4BEKA 5P8GA 1A8KA 1Q9PA 1ME6A 5P0ZA 5P0NA 1YX9A 5P7TA 3FIVA 5P8QA 3IVIA 5P3BA 5I70A 3D1XA 3U7SA 3UQRA 3S54A 5P11A 3HVPA 2R43A 3VFBA 3OK9A 5OZYA 2ZJKA 4J1EA 2B60A 3Q5HA 3SAAA 5P7ZA 3TKWA 2WF4A 4L1AA 4YD4A 5OZUA 3K5CA 5OZGA 4HDBA 3R0WA 5DQ1A 3PWMA 5P3DA 4RVXA 4YCYA 4GJAA 3S53A 4Y43A 5P31A 5P7RA 5DQ2A 5IS4A 4Y5LA 3LIVA 3SPKA 2ZJIA 4YBFA 2NXMA 1QBSA 4KB9A 2QU2A 3EL5A 4RCFA 3CYWA 3NSHA 1FQ7A 1E5OE 1HVIA 2ER0E 5P1TA 2Q54A 3BHEA 4I0IA 5P4KA 5P75A 1A9MA 1DAZC 2NR6A 3O9BA 5P0HA 5P5YA 1T6EX 5P53A 1B6JA 5OYZA 1BXOA 1FKNA 4LHHA 1MT7A 3OADB 2OHQA 2O4NA 2UPJA 5P8FA 3O9GA 1ER8E 4TRWA 5P66A 5P09A 5P0AA 1BIMA 3NDXA 1LYBA 3OGQA 3FKTA 4YD5A 3PMUA 1TSQA 2G21A 1IZDA 5P4BA 5P79A 4Y3GA 5P1FA 5P3MA 5I3VA 5P6FA 4A6CA 4XX4A 5ENKA 2P3CA 2P3DA 4DJPA 1FQ5A 3OUAA 4BFBA 7HVPA 5E5JA 5BRYA 4OC6B 5P7QA 4DPFA 3UHLA 1BDQA 2O4KA 4Y3LA 5P4MA 5KR0A 5EZXA 4Z50A 4RRSA 3PI0A 4EYRA 2I4VA 1HWRA 5P8TA 5P4GA 4B1EA 3I25A 1K6CA 2F81A 5P34A 3OUDB 3PSUA 4LP9A 1NH0A 4GJ7A 4L6BA 3QRMA 4Y36A 5P2NA 2QU3A 2R3WA 5IVQA 1RV7A 5J25A 1FEJC 2FXEA 2AODA 3BGCA 2QI0A 3PBZA 4DQHA 4JOOA 5P0LA 3SA5A 5P52A 4Y3YA 5P4RA 5P5TA 4X2LA 3QN8A 5P4XA 1C6XA 5P03A 2BBBA 3D1ZA 5DQCA 2QAKA 4Y47A 5OZ7A 4I1CA 5P3PA 3I7EA 3BVBA 5P78A 3GI5A 2OHMA 1CPIA 3O9DA 3ZKMA 4FRIA 5P4EA 2O4LA 5P2OA 1XDHA 3NU3A 1FMBA 3JVYA 5P8EA 3GGXA 1ZPAA 4JECA 5COPA 3QBFA 4EXGA 5AGZA 5F00A 5P7JA 2B7ZA 1GVUA 3SLZA 3ZKXA 5P2UA 3BUFA 4ZSRA 5P4YA 5P5PA 3HLOA 5P30A 5ISKA 3PWRA 1MRXA 4AMTA 2Q5KA 3NLSA 5P27A 4LAPA 4FGXA 5OYTA 2OHRA 4EXHA 5P1RA 1XN3A 2HC0A 4EJ8A 2ZJLA 3PLLA 1T7JA 4RYCA 3BUHA 4FSEA 4APEA 5P3JA 3KMXA 3LIYA 3RTNA 5P6QA 5P46A 3QPJA 3VLAA 3VYFA 2G69A 2XFKA 2VJ7A 5P44A 5OZPA 1FQXA 2QZXA 3NUJA 3DJKA 4I8ZA 4RVIA 5ER2E 5IVRA 3O9FA 1K1TA 4Y3NA 1Z1RA 5HDXA 4HZTA 5P72A 3EKXA 1ODXA 3VFAA 2Z54A 5KQYA 1HSHA 1BAIA 1PSNA 3LZUA 5P6DA 4ZSQA 3S7MA 5JFPA 3T7XA 3O9LA 4FRKA 3FSMA 1DW6C 4GJ6A 1XE6A 4F75A 2ZJNA 4COEA 4Y4GA 3K5DA 1KZKA 5P6PA 2A1EA 2QHZA 4R93A 3OXXA 5P1HA 2B8VA 3CYXA 5P3GA 4YD3A 5P55A 3UDJA 4OBHA 5OZRA 5P6JA 2PK5A 2I4WA 4DJWA 3KFSA 5P33A 1HIIA 4RROA 4CMSA 5P5KA 2OHTA 3OU4B 2QI6A 3IXKA 5OZCA 3UDMA 4YA8A 5P4LA 2WF1A 2V10C 3QVIA 5OYXA 3HD8A 3LIXA 5TOLA 2ZHSA 1J71A 1YT9A 4Y4AA 2QCIA 5P2BA 3S43B 2BPXA 5OZOA 4Z22A 2PYNA 5P4DA 5P63A 5B18A 4Y56A 1EC3A 4M8YA 5CONA 4Q1XA 4GJBA 3OQKA 1HVJA 4Y4TA 4OBFA 2ANLA 4J0ZA 2VKMA 1PPKE 1YM2A 2PSUA 4EJLA 4K4PA 1MRWA 4DJXA 3BVAA 2P3BB 3KN0A 3M9FA 3NU4A 5P49A 3OHFA 4FSLA 1SDTA 1PSOE 3GI6A 4J1IA 2NXDA 1LYWB 1HTGA 5P10A 1EEDP 2APRA 5P7AA 4D89A 3PJ6A 5AH7A 5P2FA 1MTRA 3HZCA 1FGCC 5P4HA 4Y4WA 5P05A 3RSVA 5PEPA 5P4TA 4R8YA 4LXAA 3PSGA 4I0EA 3OGPA 3OOZA 1W5WA 1OD1A 2PH8A 2Z4OA 5P8IA 4L7GA 3URLA 5P87A 1MSNA 2FGVA 3UDNA 1AVFA 4TVHA 4Y58A 5OYRA 5P80A 3UQPA 1K6VA 2XFIA 2QP8A 3RSXA 2R5PA 1ODWA 2O4SA 3FNUA 1BDRA 4BFDA 3EL4A 2HB2A 2Q11A 3HDKA 5BWYA 3INDA 2QI4A 5P7BA 3EC0A 3LZYA 4DQGA 3DCKA 1K1UA 3QRVA 2QD6A 1AJXA 1MT9A 2ZHRA 5HE4A 3S7LA 1FQ6A 1FQ8A 4FRSA 3TOGA 5P29A 1IZIA 4EJDA 5P6XA 5APRE 3IN3A 1FG6C 2WHHA 4PYVA 3TNEA 2O4PA 2AOGA 4OBZB 3LZSA 5P51A 3D3TA 4H3IA 5C9FA 1RL8A 1HVKA 4J0PA 4S1GA 1KJ7A 3L38A 2QHCA 2QNNA 4GJCA 4ER1E 4YE3A 1NPVA 4GYEA 4MC1A 2CEJA 1DMPA 4RZ1A 1SMEA 1HPSA 4QJ7A 1G35A 4QJ2A 3UDHA 5P2TA 5P3ZA 1EPRE 3VF7A 5DR0A 3PEPA 5P3RA 3ECGA 3MSJA 4QGIA 4GJDA 5P7LA 3EKVA 5F01A 5P62A 5P40A 5P67A 5OZNA 4J1FA 5P00A 1RPIA 3QP0A 4ZSPA 4B1CA 2ZHUA 3ZLQA 5P0MA 1TQFA 5P13A 3OXVA 2F3EA 2QZKA 1FLHA 4FM8A 1YTIA 2OHKA 4FS4A 3VSWA 5DGUA 5P0RA 2AVOA 3Q4BA 4EP2A 1B5FB 4X7IA 5KOQA 1MEUA 1LYAB 4RYGA 3KFRA 3K5FA 1W5VA 3I8WA 3NXEA 3CKTA 1GVWA 4OD9B 3O9AA 2QD7A 3O9HA 3SA6A 4A4QA 1IDBA 2IKUA 4CPUA 5E5KA 5P36A 1YTHA 4DJRA 5P0QA 4J0YA 3NU5A 1SGZA 3KFPA 5P2HA 4Y3HA 5OZ4A 5P56A 4L1AB 5P0XA 1HVCA 3WZ7A 1K2CA 5P3KA 5P59A 3SA4A 4RLDA 2BPVA 4I0ZA 4Y5EA 5P5UA 4N00A 1MESA 3EKQA 3LITA 1BWAA 3TPJA 5P2XA 1IIQA 4NKKA 3GGUA 2P8HA 1EPME 4CPRA 2ER7E 1WBMA 5OZHA 5P0WA 4B72A 4H3GA 3OQ7A 5OZ8A 5P60A 2FDDA 2PMAA 5FIVA 4U8WA 5OYYA 5OZ9A 5P1JA 5P4PA 5P5NA 4Y4UA 5P0VA 2QNPA 5OZDA 1F7AA 4CPSA 4XXSA 4ZE6A 1HXWA 1HRNA 1IBQA 2FNSA 3UF3A 4Y5GA 4DJVA 4Y39A 2HPFA 4LXKA 3NDUA 1VIJA 4FE6A 3VG1A 4FRJA 5P0OA 4J0VA 4D8CA 3IVHA 5OYQA 3R1GB 1SIPA 5P47A 4KE1A 1GVVA 5P2MA 5DQ5A 4LC7A 5P8MA 1W50A 1TSUA 3ZPUA 2QZLA 3EKYA 5P37A 4B0QA 3L5BA 5P2AA 3SO9A 3L58A 1HTFA 4Y44A 5P1DA 2B42A 5OYUA 3NWXA 1MT8A 3PB5A 1B6MA 1FFFC 5P4VA 4Z2ZA 2Q3KA 1FIVA 4Y41A 4YOAA 5P71A 2AVMA 5DPZA 2P83A 1HOSA 4B05A 5P3VA 2G1RA 5P1XA 5P6BA 5P1AA 2B7FA 4I0FA 2ZHVA 2AIDA 4K4QA 5P1MA 5P64A 5P3HA 3OTSA 2VS2A 3SFCA 2AZ8A 2G27A 1IZHA 3UTLA 5C9DA 5P5IA 5SY2A 3WB5A 2AVQA 5P2IA 1ZPKA 5KQXA 4Y4DA 1HIVA 5P3WA 1IDAA 2WECA 2HB3A 5P1PA 1NPWA 3VCMA 4GIDA 4Y5NA 1HVRA 5P76A 4XKXA 2QMGA 2OHSA 1GVTA 5P4QA 2ER6E 5OZXA 5P0YA 4PPHA 3T7QA 4DQBA 3JVWA 1W5XA 2Q64A 3LINA 4I0JA 3KYRA 4Y3ZA 2AQUA 2XYEA 3EM6A 5P4ZA 3S8IA 1BXQA 2VIYA 2WF0A 5P3IA 3PCWA 2ER9E 3ZL7A 2QNQA 3MSKA 5AHCA 6APRE 5P2DA 2VJ9A 4K4RA 4NPTA 3L5DA 4Y3WA 4Y9WA 2H6TA 2HS1A 5P41A 4YD7A 4NJSA 1EPLE 1KJFA 2Q55A 2AZ9A 4DUSA 1HPOA 2I4QA 4UPJA 3APPA 3OUBA 5P35A 5P1KA 1META 1AJVA 5DR7A 5HE5A 4LL3A 1FQ4A 5P5FA 4FLGA 5P1NA 2HPEA 4OC6A 2QI3A 5P7KA 3VF3A 1WKRA 3INFA 3EL0A 3O99A 2I1AA 4GMIA 3S85A 4ER4E 3EXOA 4EPJA 5P45A 1AAQA 5P82A 1FFIC 1MPPA 2V11C 3S56A 3VLBA 1ZSFA 1RQ9A 2JYSA 4Y37A 3TPPA 1AXAA 2VA7A 3ZKSA 5P5QA 3OOTA 3OUDA 1XS7D 3HVGA 3TPRA 5P19A 1QS8A 5P5WA 2FS4A 3UCBA 5P0JA 5P0PA 3MSLA 3KDCA 3B7VA 2G1YA 3UFNA 4KE0A 3PVKA 5P6VA 5P6KA 4ZIPA 2NNKA 5P4CA 3PBDA 4CPTA 4HE9A 2VNMA 5P8DA 4D83A 3R4BA 4GB2A 2OHUA 5P5DA 4ZSMA 2AOJA 2BB9A 5P4AA 1GNMA 2PH6A 1XL2A 5P16A 1LEEA 2AZBA 5HDUA 1DPJA 1ZBGA 4TVGA 5AH9A 1AIDA 5P8RA 3DV5A 3TOHA 5P6ZA 1BILA 1K2BA 1IVPA 4RCDA 2WL0A 3OUCA 5JG1A 5P6NA 1D4IA 3ER5E 2FNTA 5P8PA 5HTZA 5P5OA 1FG8C 2PWRA 2HIZA 3PCZA 1QDMA 5P6HA 1HVLA 2AOCA 5OZAA 2V0ZC 5P5LA 5P43A 1KJ4A 4I0HA 5P01A 2NNPA 5P6AA 2BJUA 2RMPA 3SA3A 3I6OA 4K8SA 5P6RA 4Y38A 3Q6YA 2QI5A 5P77A 2UXZA 4BELA 3OQFA 2FIVA 2G1OA 4CPXA 2H6SA 1UH7A 5P0IA 5P6WA 2G24A 4YDFA 2NPHA 5OZEA 1E80E 4J55A 1LZQA 1T7IA 5HD0A 4QJ6A 2ZHTA 3RTMA 1KJGA 3HW1A 3EKTA 2IEOA 4RRNA 3G72A 4Y4BA 4Q1WA 5P3LA 4Y5MA 2IDWA 4Q5MA 2ZJHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZSR A;  1BVE A;  2QD8 A;  5P2Q A;  1PFZ A;  4Y45 A;  5P8A A;  5P4I A;  1EBK C;  5DR1 A;  3Q3T A;  3QRO A;  1YM4 A;  2BKS A;  3MXD A;  2R8N A;  3U71 A;  1HXB A;  3BGB A;  3KT2 A;  5OZ1 A;  3PRS A;  4OBK A;  4L7H A;  3EBZ A;  5OZJ A;  2WF2 A;  5ER1 E;  1QBU A;  4NPU A;  1M4H A;  3NR6 A;  3LPK A;  4YHQ A;  4B1D A;  5HE7 A;  2MIP A;  5P3Y A;  5I3X A;  3LZV A;  3OY4 A;  3OU1 A;  3OXC A;  4I0D A;  2FGU A;  5HDV A;  4FIV A;  3BRA A;  5P6T A;  3T11 A;  3FX5 A;  1APT E;  2SAM A;  4H1E A;  3LIQ A;  3IXO A;  2PC0 A;  5P1U A;  2PSG A;  2IGY A;  3BXS A;  2J9J A;  5P04 A;  4NJV A;  3DK1 A;  1APU E;  3C9X A;  2IEN A;  2PSV A;  3TH9 A;  2I0A A;  3GI4 A;  1UH9 A;  2BQV A;  4YCK A;  4Y3J A;  4EHC A;  5P1C A;  5P7V A;  5P6E A;  5OZI A;  4D88 A;  4JP9 A;  4J17 A;  5P0T A;  1UH8 A;  2REN A;  5OZ2 A;  4Y5A A;  1HHP A;  1GVX A;  5P6L A;  4QJ8 A;  5P0D A;  2F8G A;  4FAE A;  5P25 A;  2NTR A;  4DVF A;  2BPZ A;  4KUP A;  4I8W A;  1W51 A;  3K1W A;  5P1W A;  3GI0 A;  5KQZ A;  4R91 A;  3UQX A;  2WEZ A;  1HEF E;  3CIB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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