2OHNA

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with 4-(4-fluorobenzyl)piperidine
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohnA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohnA02
4QJ9A 4Z4XA 3SA9A 5P5UA 5P4FA 5P2YA 3PHVA 3VFAA 3PSYA 4RRNA 1TCXA 3IVHA 4PEPA 2IDWA 1PPME 5P76A 3RSXA 4OD9B 2V0ZC 5P0WA 2R9BA 3IAWA 3SPKA 4FGXA 5P32A 5P8NA 2F3KA 3BVAA 3VCMA 5P20A 1D4KA 3G70A 2ZHUA 5P6CA 3OAGA 4RCEA 5EZXA 4YBIA 4Y5GA 2VIJA 5P30A 1HHPA 4B77A 3ST5A 2NTRA 2OHPA 4R8YA 1N49A 3OGQA 3INDA 1XN3A 4GJAA 4WY1A 4ACUA 1YTGA 2PH8A 5ENMA 3VFBA 3O9LA 1TSQA 3KA2A 3O9GA 3K5GA 3QRSA 5P1HA 5JODA 4PZXA 4R93A 5P7SA 5P23A 4DH6A 4GB2A 1G0VA 1K2BA 4Y3LA 1EPPE 3KFRA 1AJXA 1UH8A 4B05A 1K1TA 2QZLA 1T6GA 4NPTA 1FGCC 4HDFA 2V12C 5P8KA 2ZYEA 3FKTA 4J55A 4K8SA 4J0YA 5CLMA 1K6VA 5P0JA 3F9QA 4B1EA 3HD8A 5P3WA 3PVKA 2QNPA 1XDHA 1K2CA 3UPJA 3UDMA 5HVPA 1BDRA 1YM4A 3UDQA 2AZCA 3T6IA 5AH8A 5P6UA 4Y53A 1RPIA 4QLHA 2AVQA 4KUPA 2WEBA 2G1YA 4YBFA 4Y36A 5OZUA 3OUDB 3QBFA 5P26A 1FQ7A 2AQUA 1ENTE 4DJUA 5P3IA 4BFBA 3OU1B 5P1NA 2BBBA 1HVLA 3PBDA 2PSGA 4GZFA 3S43A 2G94A 2O40A 5P3OA 3TPRA 2NR6A 4CP7A 5JFPA 4N00A 5P4XA 2P8HA 1ZAPA 1FQ5A 3C9XA 2FDDA 1HTEA 4IVTA 3DJKA 3OQKA 5P2LA 5P0FA 3TKWA 1BWAA 3EL1A 4OBDA 3SA3A 5P33A 2B7FA 4JPCA 3CYWA 2BJUA 5OZ0A 2O4SA 5P5KA 3CKPA 3ER3E 1LYAA 3QBHA 1LYWA 5HCOA 2IKUA 4Y3RA 2HC0A 2QU3A 3O9FA 2CENA 4OBZB 5DQ5A 5P1BA 5P4SA 1ZBGA 3ZKQA 3R0YA 1VIJA 1FFFC 2WHHA 3K4VA 3SLZA 2ZJLA 5BS4A 2AZ8A 5P8PA 3O9HA 3L5CA 4H3GA 1EBKC 3TTPA 5P5SA 5P8DA 3NU6A 3QVIA 2G24A 4Y6MA 1HTFA 1A9MA 2V13A 3B7VA 5P22A 1MT7A 4DQEA 4YCTA 3HDKA 3OGPA 5P7FA 5OZ3A 3T11A 2HPEA 5P8LA 1QBTA 1HOSA 5P1GA 3CIBA 3R2FA 3EMYA 2G26A 3S8IA 4L1AB 5P3SA 4CPUA 2XFIA 5OZTA 5P6NA 3OWNA 5P0SA 5P45A 3UDNA 3UDJA 1FLHA 3KDDA 4EQ0A 5DQ1A 5P7MA 1HPXA 3I25A 5P03A 1T7IA 2B60A 2I0DA 4Q5MA 3S54A 4TRYA 1ZPAA 3BGCA 3NU9A 2G1RA 4Y5KA 5OZYA 3QVCA 2QNQA 3URIA 4Y38A 4B1DA 2IQGA 2WJOA 2AZ9A 5P67A 5P47A 1SDUA 5OZPA 5P5CA 2QHZA 3QPJA 1VIKA 5P2EA 5OZMA 1NH0A 2VA5A 4Y44A 2FXEA 1LZQA 2NNKA 3INEA 3OUBA 5P5YA 4DUSA 5P4JA 3S56A 3ZKGA 5P05A 3EL9A 4Y9WA 5OZCA 4Y5BA 4HLAA 3R4BA 2IGXA 5FIVA 4J1CA 1FMBA 4Y45A 1FMXA 2V10C 1B6MA 3FIVA 5P4QA 5P3AA 5P3KA 5HU1A 3OQFA 4EXGA 2PQZA 4J1IA 4ER1E 3BHEA 4L7HA 5P1EA 4I8WA 2ANLA 4LAPA 3L59A 4Q1XA 3TPLA 3VSXA 3I2LA 4EJDA 5COPA 4DFGA 5JFUA 3Q4BA 4NKKA 2FGVA 5P5TA 5P1LA 1W5WA 4I0GA 4GJ5A 1G2KA 4DQBA 4Y47A 5P25A 1BDQA 4CPQA 1HXBA 4HEGA 2IS0A 3LZUA 2HS1A 4RGHA 3Q5HA 5DR1A 5P3JA 3VYEA 1BIMA 2AIDA 2AVSA 5P2OA 5P7HA 1APTE 4J1FA 5KQZA 2Q63A 1EPQE 5COOA 5OZFA 5P6XA 3TNEA 4Y3WA 2BKTA 3WZ8A 1BXOA 2BB9A 4QJAA 5P4MA 3KYRA 3O9DA 4Y4JA 5P50A 4Y3JA 5P3NA 1MIQA 4LXKA 5P1WA 4BFDA 3D1YA 3ZKIA 4Y3XA 1SH9A 2AOCA 4KE1A 4BELA 1PSAA 1FKNA 2PSUA 5P0LA 3UCBA 2ER7E 3VF7A 4JPEA 5P0BA 3AUPA 2WEAA 2OHRA 5P4NA 5P6EA 2XFKA 1TW7A 3U71A 3WB4A 5P5BA 4QJ2A 5OZVA 2G22A 2F81A 1GVUA 1NPVA 3VG1A 4I0JA 4Y3FA 3DCRA 1IDBA 1EEDP 5P3VA 3BXSA 1HTRB 3RTNA 3TL9A 5P7BA 2P3AA 2HB2A 4RLDA 3DOXA 1HVCA 1EBWA 5AHAA 1FG8C 5HTZA 5P6BA 5P7NA 1OEXA 5DQCA 3EXOA 5OYUA 2RSPA 5P2TA 4JECA 4A6CA 5P54A 5HDZA 4Q1YA 5IE1A 4OBJA 2QD6A 4ACXA 3UQUA 3LNKA 2VIZA 5P7PA 2NMZA 5P3TA 2HB4A 5P75A 4NJTA 4Y5MA 1EC0A 1ZPKA 1AAQA 4ZSPA 2NXLA 1HVHA 1SGUA 1ODWA 5P8JA 4DQCA 1SGZA 1SMRA 4FM7A 5P6PA 2AZBA 2ZJKA 1CPIA 4TRZA 1EC1A 4Y4TA 3WB5A 3NWXA 5P4VA 3ECGA 1BWBA 3U7SA 5HDVA 5P2NA 5OZJA 3EKYA 2I4UA 3CKTA 1WBMA 8HVPA 2P4JA 4Y4AA 2OHQA 1FB7A 3OU4A 3GI0A 1GNMA 1GVTA 5HE4A 5P6DA 4GYEA 3ZLQA 3KFNA 1MESA 2G1NA 2APRA 5P3CA 3O9EA 3PWRA 3L5DA 5AGZA 5P4RA 5P6GA 1EC2A 2J9JA 2WEZA 2PK5A 1RQ9A 5C9BA 2VNMA 2P3BB 5OZ1A 2OHLA 4J0ZA 4JP9A 4DPIA 2WEDA 5P1TA 3GW5A 5P06A 1LS5A 3LIZA 4OBGA 4L7JA 2F3EA 5P8EA 4YHQA 1KJGA 3A2OA 5P7JA 1E5OE 1YTJA 4TRWA 1AVFA 3WZ7A 3NLSA 1QBUA 4ER2E 3SA4A 3IN3A 3SA5A 5OZSA 5P4DA 3DCKA 4U8WA 2FS4A 1UPJA 3DV1A 4Y37A 5P4AA 1AZ5A 2ZJMA 1IZHA 3SM2A 4I12A 4FCOA 6APRE 1YX9A 3K1WA 2VA6A 2QD8A 4DQFA 4Y3TA 5P1FA 4XXSA 4KE0A 1HIIA 4LP9A 3OU3A 4F73A 5HDXA 5P46A 1FIVA 1FQ8A 4B72A 1UH9A 3HZCA 2QI7A 1FQ6A 2P3DA 1G35A 5P0PA 3ZKSA 5P6JA 1SIPA 2ZHRA 5P2BA 5P36A 5AHCA 3LZVA 5J25A 5P6IA 3JVYA 4HZTA 2QZWA 4FRIA 4RYGA 4Y4DA 5P00A 5OYQA 3CYXA 4B00A 1ZTZA 1QBRA 5KR0A 2P83A 6UPJA 4J0TA 3PCWA 1LF3A 5P68A 4GJ8A 4YDGA 5IS4A 3ZKMA 3QS1A 5P31A 1W6HA 4J0VA 5P4IA 4HDPA 1HVRA 4LXAA 1BILA 2QCIA 4Q1WA 5P7KA 5P6VA 5P5JA 2NNPA 3PCZA 4K4QA 3PRSA 4B0QA 4Y3MA 3PJ6A 4OD9A 5P4LA 5P8IA 1M43A 3H5BA 3TKGA 5P7UA 5DPZA 4Y3SA 5P1UA 5P8HA 4EWOA 3APPA 3WSJA 2FDEA 1E82E 5P6WA 5P4CA 3PMYA 4DJQA 3L5FA 3N4LA 1B6PA 3RTMA 5C9DA 4EQJA 5P72A 1M4HA 3L58A 2IKOA 5P87A 4EXHA 3UDRA 1PPLE 5P4GA 3SAAA 5P78A 2AVVA 5P5PA 5P5VA 3OXWA 5P5WA 1KJ7A 2Q5KA 1AIDA 1HTGA 1PPKE 4I0FA 1DMPA 3KDBA 5P4ZA 4YD3A 3ZKNA 4Y3AA 4EP2A 2JE4A 3UQPA 5P3YA 3OHHA 3S53A 3PLDA 5P7IA 3QROA 4FRJA 1U8GA 2A4FA 5AH6A 4MC6A 4DQHA 4NPUA 4D88A 5KQYA 5P43A 3OUCA 4PPHA 4RVXA 3NDUA 4M8XA 3SA8A 5P7VA 5P0GA 1IZDA 5P0OA 1DAZC 5P3GA 1C70A 5P0IA 5P6RA 2JXRA 4I0DA 1QBSA 1F7AA 3SKFA 3OUDA 2J9KA 5P77A 5IVRA 3T7QA 1EC3A 4PYVA 3OQAA 3UDKA 4MC9A 1MRWA 3O9IA 4J1HA 5P66A 3TLHA 2ZJHA 3OU1A 3OQ7A 5DQ4A 4Y56A 2R5PA 1A30A 5P8SA 3JVWA 5P2VA 2B8LA 2BPVA 3UFLA 2OAHA 3T3CA 5HDUA 4HE9A 5P2CA 5P38A 3UDHA 3GI5A 5P84A 5P3UA 5P7XA 1APWE 3URJA 5P1AA 5P3HA 4YD7A 4D85A 1IBQA 4BEKA 3PWMA 5OZGA 4DVFA 5PEPA 3VYDA 2FIVA 5P08A 2ZDZA 5P5NA 5P2DA 1T3RA 4QJ6A 5P18A 3TOFA 2HM1A 2H6TA 3ZPSA 4FM6A 3PI5A 2RKFA 1F34A 2VNNA 2OHNA 3D20A 4I0HA 4YCYA 5SZ9A 1IZIA 5P85A 2AOGA 5ENKA 3LHGA 3NR6A 4ZPGA 1RV7A 3CIDA 4K9HA 5OYTA 5P3XA 3OQDA 4OBZA 4D89A 4YDFA 5P52A 1RNEA 1FQ4A 5P1KA 3NU3A 1J71A 2CEMA 2I4XA 4B1CA 5OZXA 2IL2A 5P8QA 1BVGA 1B11A 4GJ6A 3OXCA 1D4LA 1QDMA 3OHFA 2CEJA 3QIHA 5P2UA 2PYMA 5P3DA 1E80E 1HEGE 3VV8A 2AOIA 3SABA 3T7PA 5P42A 2QMDA 1LF2A 5KR1A 5P6LA 3UF3A 3FNSA 5P0HA 3PMUA 2UY0A 5P11A 5P69A 2B7ZA 3QAAA 2Q54A 5I70A 3D1ZA 3LPKA 4J1EA 3LPJA 5OZAA 1DPJA 5DR7A 5P07A 5KR8A 3PLLA 5P65A 2I1AA 4J5JA 3H0BA 1BBSA 1Z1HA 5SY3A 4Y3ZA 4YD4A 2QMGA 5P7GA 3SA6A 1M0BA 2ER6E 2FNTA 2RMPA 4AUCA 1BDLA 2XFJA 2HIZA 4L1AA 3TPPA 1YG9A 5KQXA 5AH9A 3VF3A 3GGXA 1TZSA 3KN0A 1DW6C 4Y5LA 2BPXA 4WTUA 2WF3A 3I6OA 3EKQA 3PEPA 2VIEA 1WKRA 2I4DA 3IN4A 3MSJA 5P4WA 5P7ZA 5P27A 4Y5CA 3EKVA 3PB5A 1MT9A 4D8CA 5P4OA 5P10A 4LC7A 5C9FA 3KT5A 5P0MA 3BVBA 5P7OA 3R0WA 5P0AA 5ISKA 2QI5A 5P1YA 4FSEA 5P3ZA 2QZKA 3OOZA 5OZLA 5P3LA 5SXNA 5P17A 2UPJA 5P1RA 1W5YA 5P8GA 4Y3QA 1XS7D 3RVIA 4CMSA 5P24A 1E81E 1TQFA 2NXDA 3MSKA 5OZRA 2QHYA 1W5VA 1ZLFA 3RU1A 1HVIA 2PH6A 1Z8CA 4APEA 3SO9A 5P8CA 5P7DA 4FRSA 2V16C 5P8RA 1AXAA 1XL5A 1EBZA 5SY2A 3GGAA 5P7QA 2RKGA 3DM6A 1B6KA 3URLA 1MVPA 3SFCA 2PMAA 5P48A 1IVPA 1K6TA 3INHA 5P8FA 3LIQA 2BQVA 4FE6A 1HPSA 5P1JA 5P2ZA 1ZSRA 5P8AA 5P4HA 5P2AA 4Y4ZA 4E43A 4ZSMA 4CPTA 5KOSA 4OBFA 3NXNA 4F74A 4UPJA 1GVVA 5OYSA 5HU0A 4LBTA 1META 5KR2A 1A8KA 1YTHA 1BXQA 3KF0A 3ZOVA 2BPWA 1HSIA 1EBYA 1IIQA 1MPPA 5P1DA 3D91A 1B6JA 4Y4XA 4A4QA 1C6YA 3BGBA 2QD7A 5P2MA 5P2WA 3OADB 5OZ6A 1DP5A 4I10A 4DJWA 4CKUA 1AM5A 1PFZA 3QRMA 3IGBA 2NMYA 4YA8A 3LITA 5BWYA 5OZKA 4JOOA 2WF0A 4GJDA 4Y35A 4Y3PA 4R91A 1YM2A 5P0UA 1QRPE 2OHSA 1D4HA 3BUHA 7UPJA 2QAKA 1DIFA 4Y39A 2QMFA 2PWRA 4AZYA 3LIYA 5P7AA 3TOHA 3IVIA 5P7LA 4RROA 2G27A 1B5FB 5OZ4A 5P2JA 4RYCA 1XE5A 2QU2A 4RZ1A 4Y3NA 1W5XA 3ZMGA 3I8WA 4Q1NA 3UQWA 1YT9A 4FSLA 5P7CA 4CPSA 6FIVA 5ER2E 5P7WA 5P2QA 5P02A 4OC6B 1W6IA 5P1VA 3S2OA 2Q55A 5OZNA 1EPOE 5IVTA 7HVPA 1HVJA 5KAOA 2QZXA 4QJ8A 1LYBB 2SAMA 5IVSA 4CPWA 3EL0A 3PI0A 3SKGA 2V11C 5OZ5A 1T6EX 3GI4A 5P1PA 1UH7A 5P2IA 4B78A 5DR4A 5F00A 3EBZA 5P0RA 5P12A 5P5GA 1KJHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ9 A;  4Z4X A;  3SA9 A;  5P5U A;  5P4F A;  5P2Y A;  3PHV A;  3VFA A;  3PSY A;  4RRN A;  1TCX A;  3IVH A;  4PEP A;  2IDW A;  1PPM E;  5P76 A;  3RSX A;  4OD9 B;  2V0Z C;  5P0W A;  2R9B A;  3IAW A;  3SPK A;  4FGX A;  5P32 A;  5P8N A;  2F3K A;  3BVA A;  3VCM A;  5P20 A;  1D4K A;  3G70 A;  2ZHU A;  5P6C A;  3OAG A;  4RCE A;  5EZX A;  4YBI A;  4Y5G A;  2VIJ A;  5P30 A;  1HHP A;  4B77 A;  3ST5 A;  2NTR A;  2OHP A;  4R8Y A;  1N49 A;  3OGQ A;  3IND A;  1XN3 A;  4GJA A;  4WY1 A;  4ACU A;  1YTG A;  2PH8 A;  5ENM A;  3VFB A;  3O9L A;  1TSQ A;  3KA2 A;  3O9G A;  3K5G A;  3QRS A;  5P1H A;  5JOD A;  4PZX A;  4R93 A;  5P7S A;  5P23 A;  4DH6 A;  4GB2 A;  1G0V A;  1K2B A;  4Y3L A;  1EPP E;  3KFR A;  1AJX A;  1UH8 A;  4B05 A;  1K1T A;  2QZL A;  1T6G A;  4NPT A;  1FGC C;  4HDF A;  2V12 C;  5P8K A;  2ZYE A;  3FKT A;  4J55 A;  4K8S A;  4J0Y A;  5CLM A;  1K6V A;  5P0J A;  3F9Q A;  4B1E A;  3HD8 A;  5P3W A;  3PVK A;  2QNP A;  1XDH A;  1K2C A;  3UPJ A;  3UDM A;  5HVP A;  1BDR A;  1YM4 A;  3UDQ A;  2AZC A;  3T6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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