The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
125
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sequence length |
385
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structure length |
385
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Chain Sequence |
ESYDVVVVGGGPVGLATAWQVAERGHRVLVLERHTFFNENGGTSGAERHWRLQYTQEDLFRLTLETLPLWRALESRCERRLIHEIGSLWFGDTDVVTNEGQISGTAAMMDKLSVRYEWLKATDIERRFGFRGLPRDYEGFLQPDGGTIDVRGTLAALFTLAQAAGATLRAGETVTELVPDADGVSVTTDRGTYRAGKVVLACGPYTNDLLEPLGARLAYSVYEMAIAAYRQATPVTEAPFWFAFQQPTPQDTNLFYGFGHNPWAPGEFVRCGPDFEVDPLDHPSAATGVADRRQMDRLSGWLRDHLPTVDPDPVRTSTCLAVLPTDPERQFFLGTARDLMTHGEKLVVYGAGWAFKFVPLFGRICADLAVEDSTAYDISRLAPQS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NikD, an unusual amino acid oxidase essential for nikkomycin biosynthesis: structures of closed and open forms at 1.15 and 1.90 A resolution
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Streptomyces tendae
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| molecule keywords |
nikD protein
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| total genus |
125
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| structure length |
385
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| sequence length |
385
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01266 | DAO | FAD dependent oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 | D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4BJZ A; 2VRM A; 4XWR A; 3NKS A; 2WU2 A; 2XDO A; 2E49 A; 4A6N A; 4B65 A; 1GPE A; 3UKA A; 3CTY A; 2DKH A; 3ZNQ A; 2XFQ A; 4H4R A; 4EMI A; 5KRQ A; 4GUV A; 1D4E A; 4UDQ A; 4IA6 A; 4YJF A; 1N1P A; 4H4Y A; 4H4V A; 4HA6 A; 3UP5 A; 3C96 A; 1JRX A; 4JQ9 A; 1DOE A; 2XLT A; 1VE9 A; 2XFU A; 4I58 A; 4U8L A; 2YVG A; 3FBS A; 4Z43 A; 4N9X A; 4DNA A; 1GRH A; 2VVL G; 2BAC A; 4AT0 A; 1JU2 A; 2WPF A; 4C77 A; 1TDN A; 1RYI A; 4LA1 A; 1LQU A; 3ZDN A; 2CUL A; 4XWZ A; 2OA1 A; 4K7Z A; 3P9U A; 1H7X A; 1LTX R; 1VDC A; 2WU5 A; 1N4V A; 1TYT A; 5M0Z A; 4C3Y A; 3SQP A; 1C0K A; 2WOV A; 1CL0 A; 4GR1 A; 4H4Q A; 3UCL A; 4CRT A; 3ITJ A; 3AEG A; 2F5Z A; 1PBF A; 3BI4 A; 1IUW A; 4O5Q A; 2A89 A; 1LV0 A; 2VZ2 A; 3AE1 A; 1LPF A; 4EMJ A; 4AP1 A; 5KVH A; 3VR8 A; 3P4Q A; 4ZCD A; 3DJJ A; 1E1M A; 3FG2 P; 5HYM A; 3UOV A; 1IUX A; 2FJB A; 1VG0 A; 2C76 A; 3FPZ A; 5ER0 A; 4H2N A; 3KPF A; 4NTC A; 2JK6 A; 4Z2T A; 2FJA A; 2GF3 A; 4FK1 C; 4ICY A; 1PJ5 A; 1P2E A; 2TMD A; 3EAN A; 1CJ3 A; 2HQM A; 2XCG A; 2V6O A; 1ZKQ A; 4IA5 A; 3GDP A; 4X9N A; 2AAQ A; 4X4J A; 4B1B A; 3AEB A; 1NHP A; 4PAB A; 1EVI A; 1VRQ B; 2EQ9 A; 3GSI A; 4OPT A; 5J60 A; 3T37 A; 2JKC A; 2BXS A; 1FEA A; 1D4C A; 1NEK A; 1RP0 A; 4YJF B; 4REK A; 2YVJ A; 4NEW A; 2V3A A; 2YR4 A; 3UOY A; 4B69 A; 2YLZ A; 1PBD A; 3AD7 B; 3NN0 X; 5FS6 A; 3W4I A; 4RSL A; 4HB9 A; 5BVA A; 3M0O A; 2YLT A; 3E1T A; 1YQ4 A; 3VR9 A; 4H50 A; 1XPQ A; 4A79 A; 2BS2 A; 1JNR A; 1ZOY A; 1E39 A; 2C66 A; 5M10 A; 2E48 A; 1ZP0 A; 3RP6 A; 5IQ4 A; 2O9Z A; 1ZOV A; 5GSN A; 2BS4 A; 3CN8 A; 1KIF A; 3BNM A; 4NEV A; 3COX A; 4J33 A; 4K2X A; 3AYI A; 3DGH A; 2QAE A; 2A8X A; 4Z44 A; 4BK1 A; 4U2T A; 2H88 A; 4A7A A; 3NN6 X; 2WBA A; 2W0H A; 3AD8 B; 2WOW A; 3AEE A; 4H2P A; 4C3X A; 3NK1 X; 4EQR A; 2Z5Y A; 1TYP A; 1MXT A; 1GOS A; 3RP7 A; 4H4X A; 2B9Y A; 4GDE A; 3GMC A; 1CF3 A; 4TM1 A; 2XFN A; 2YM2 A; 1ZX9 A; 3C4N A; 1D4D A; 1TDF A; 2JBV A; 2R4E A; 2YLW A; 4ADW A; 3AE7 A; 2ZBW A; 4C5O A; 1TRB A; 1C0I A; 2YLS A; 2XVI A; 4NTD A; 3UTE A; 1NG4 A; 1QO8 A; 2BC1 A; 2PYX A; 2FBW A; 2XFO A; 4A5L A; 1RSG A; 1B5Q A; 1H6V A; 3CPI G; 5JCN A; 1ZMD A; 2C72 A; 2DU8 A; 3ALL A; 4FK1 A; 3VRB A; 4E0V A; 1YQ3 A; 4IVM B; 4RG3 A; 3IHG A; 1OJC A; 1PXC A; 4UDP A; 3I6D A; 4BK3 A; 1K0L A; 3WE0 A; 1H82 A; 2Q0K A; 3NT6 A; 1N4U A; 3DME A; 3V3O A; 3GYI A; 1TDE A; 2A87 A; 1GET A; 4J2W A; 3DK8 A; 4K22 A; 3CPH G; 3SM8 A; 1W4X A; 3W4J A; 2XVJ A; 1F8R A; 3H8L A; 3ISH A; 2GQF A; 3I3L A; 1EL7 A; 4H4U A; 4JY2 A; 1DOB A; 5C2T A; 1NHR A; 3WGT A; 3NYC A; 2WDV A; 1PBC A; 4GRT A; 3QSM A; 1F3P A; 2I0Z A; 3OC4 A; 2EQ7 A; 5IQ1 A; 2B9X A; 2C3D A; 2GR2 A; 2X8G A; 2C67 A; 3P4R A; 4USR A; 1IUS A; 4K5R A; 2YWL A; 2PHH A; 1SEZ A; 4K5S A; 1ZK7 A; 4TM3 A; 4CY8 A; 4YJH A; 1GES A; 1KDG A; 4H7U A; 1Y0P A; 4IVO B; 4YT0 A; 4H4W A; 2XYO A; 3ATQ A; 3DK9 A; 2JB1 A; 3QFB A; 2WEU A; 3PS9 A; 2JAE A; 2Z5X A; 1K0I A; 3AE2 A; 4EQS A; 3LJP A; 1PJ6 A; 4YJH B; 2RGO A; 3BHF A; 4OVI A; 2X99 A; 2E5V A; 3BI2 A; 1Q9I A; 3P4P A; 3ICR A; 3CNT A; 4Z24 A; 5JCI A; 4CCQ A; 2Y6R A; 4OPU A; 1GTH A; 3AYL A; 3CGC A; 1MOK A; 2BK4 A; 2GMH A; 2ZZB A; 4FDC B; 4ZN0 A; 4Z26 A; 1C0P A; 1EL5 A; 2BS3 A; 1PBB A; 1O5W A; 3CNJ A; 1Z6L A; 3LXD A; 2C73 A; 3LAD A; 2WPC A; 3CPJ G; 1GRT A; 4B66 A; 3P4S A; 4TLX A; 4CCR A; 1BWC A; 2ACZ A; 1OJ9 A; 3ALM A; 4UP3 A; 5EB4 A; 4YJD A; 1FCD A; 2UZZ A; 4BV6 A; 3G3E A; 2RGH A; 1GEU A; 3ZNP A; 2OLN A; 3ZNN A; 2H89 A; 3SGL A; 1GTE A; 4A6N B; 1LVL A; 1H86 A; 4U8N A; 3UKP A; 3DJD A; 3NNE A; 2GEW A; 3VRD B; 4B63 A; 1H7W A; 3M13 A; 3V3N A; 1FEB A; 1P2H A; 4OPG A; 4EQW A; 4EIP A; 5KOW A; 2R0P A; 2GB0 A; 1JOA A; 3VRA A; 3VQR A; 3NIX A; 2AR8 A; 5EOW A; 1DOC A; 2ARD A; 1NHQ A; 3ABV A; 1EBD A; 4C74 A; 1DDO A; 1NAA A; 1FOH A; 5KXJ A; 1IUT A; 1K0J A; 1YKJ A; 2RAB A; 3CGD A; 1JEH A; 3CIR A; 3EPT A; 3G5S A; 4YSY A; 3DGZ A; 1REO A; 3CGE A; 4NZH A; 5C3J A; 3F8D A; 3GRS A; 3V76 A; 4YJG B; 1KSU A; 1KNR A; 2YVF A; 1GRB A; 2XLU A; 3NYF A; 3UKQ A; 3NG7 X; 3GYJ A; 2GH5 A; 2WP9 A; 3NK2 X; 2VQB A; 1GND A; 3RHA A; 3RP8 A; 1OJA A; 1CC2 A; 3AE4 A; 1BGN A; 1EL8 A; 2QA2 A; 4FX9 A; 3UTF A; 1GV4 A; 2XLS A; 1F6M A; 4LU6 A; 5HHF A; 4B64 A; 2VRL A; 1NEN A; 3CGB A; 4KX6 A; 3K30 A; 1FEC A; 2XLP A; 4OPI A; 4A65 A; 4TLZ A; 3B3R A; 4U8M A; 3PO7 A; 4WX1 A; 2V61 A; 3BHK A; 4Y4L A; 4YSX A; 2XVE A; 4U8O A; 4X9M A; 1D5T A; 2YG6 A; 2YQU A; 3ZNO A; 4OPL A; 4AOX A; 2E1M A; 2YLR A; 5CQF A; 2YAU A; 1ONF A; 1D7Y A; 1DJN A; 4QFD A; 4J36 A; 4JNA A; 3UKK A; 3ADA B; 3O0H A; 3B6D A; 1GT8 A; 1GAL A; 1BGJ A; 4DSH A; 2Q7V A; 3LB8 A; 1NDA A; 1BF3 A; 1VQW A; 4H4S A; 4J31 A; 1B8S A; 3K7T A; 3NRN A; 4OCG A; 3AE5 A; 3KLJ A; 4YWO A; 2BCP A; 3W4K A; 2WET A; 4YXD A; 1XHC A; 4BJY A; 5EBK A; 1L9C A; 2EQ8 A; 2APG A; 3AEC A; 3UOZ A; 4U8I A; 2E82 A; 4U8J A; 1GRF A; 4Z25 A; 2BXR A; 2X8H A; 3QVR A; 2GMJ A; 1S2Y A; 2XLR A; 4GF7 A; 3DH9 A; 1V59 A; 5BUK A; 3NYE A; 1CHU A; 3SFE A; 2GV8 A; 3URH A; 1DJQ A; 3KU9 A; 1OJT A; 2YR6 A; 4Y4M A; 3LOV A; 4CNJ A; 3QFA A; 4WCT A; 1UKV G; 3D8X A; 2QCU A; 4JN9 A; 3IF9 A; 3KD9 A; 1AOG A; 2C64 A; 4APN A; 2GR3 A; 1E1K A; 1YQZ A; 5J7X A; 3GMB A; 4Z2U A; 2GAH B; 4JDR A; 2R45 A; 3CND A; 2V3B A; 1X31 B; 4YKF A; 2IVD A; 1XDI A; 4YTP A; 1M6I A; 4QFC A; 3ATR A; 1KF6 A; 3ICS A; 4EM4 A; 3AE9 A; 2Q0L A; 1QJD A; 4EIQ A; 2Q6U A; 4GCM A; 2C7G A; 3SFD A; 2WES A; 3EF6 A; 1KSS A; 2VVM A; 4H4Z A; 1F8S A; 2EQ6 A; 1NPX A; 3NH3 X; 2GR1 A; 1E1L A; 4U8K A; 3PVC A; 3GWD A; 1S3E A; 2E4G A; 3L1R A; 3QSS A; 3ZYX A; 4U2L A; 4M52 A; 5HXI A; 2R0C A; 3AEA A; 5CKU A; 3DK4 A; 2WOI A; 3H4K A; 4JNQ A; 1L0V A; 2XVF A; 1PXA A; 2CFY A; 4P9S A; 1E7P A; 5KWF A; 4BK2 A; 1PN0 A; 3OZ2 A; 1GRG A; 4UDR A; 4A99 A; 1ELI A; 1N4W A; 3F8P A; 1VG9 A; 1LJ1 A; 4CBQ A; 4H2R A; 1PS9 A; 1PBE A; 2GR0 A; 3LZX A; 1Q1W A; 3BNU A; 3UKL A; 3AE3 A; 3KA7 A; 1GSN A; 2J3N A; 3QJ4 A; 4AT2 A; 1BKW A; 1DNC A; 5U25 A; 3D1C A; 2B7R A; 5LV9 A; 4USQ A; 3UTH A; 3HZL A; 1H83 A; 1ZMC A; 2WDR A; 3NGC X; 4OPC A; 2BA9 A; 1Q1R A; 1K4Q A; 1QLB A; 2WS3 A; 1GRE A; 4YTM A; 1CJC A; 1GRA A; 4YKG A; 3EAO A; 3UTG A; 3F8R A; 5GRT A; 1PHH A; 2OAM A; 2YG4 A; 1PDH A; 4J34 A; 4J56 A; 2CVJ A; 4D03 A; 5U63 A; 5KVI A; 2C3C A; 3FIM B; 1L9E A; 3ICT A; 2GQW A; 4JY3 A; 5JCM A; 5DBJ A; 3IWA A; 4PAA A; 2IVE A; 4Y4N A; 5EB5 A; 4EQX A; 1IUV A; 3GD3 A; 4IV9 A; 5JCL A; 5TR3 A; 3KVE A; 3Q6J A; 1LQT A; 1GER A; 4CNK A; 1E6E A; 3G5Q A; 3IHM A; 3AD9 B; 3AYJ A; 3NTD A; 3RNM A; 3K7Q X; 4H4P A; 1EL9 A; 1DXL A; 2TPR A; 3P1W A; 3AE8 A; 2ZZ0 A; 3C4A A; 3AWI A; 4TM0 A; 2R0G A; 1JNZ A; 3NTA A; 3NK0 X; 1H81 A; 2BYB A; 4KPR A; 2X3N A; 4A9W A; 2R4J A; 3DJG X; 4RG4 A; 1OJD A; 2WDQ A; 2B7S A; 4OPD A; 2YM1 A; 5HY5 A; 2JB3 A; 1BZL A; 1CBO A; 2IID A; 4AP3 A; 2E4A A; 3H8I A; 3CNS A; 2WQY A; 5FS8 A; 4K8D A; 1C0L A; 1NHS A; 3AB1 A; 2NVK X; 3IC9 A; 1GXF A; 1JRZ A; 4MJW A; 2B9W A; 1TDK A; 4B68 A; 3QSE A; 4H4T A; 3NLC A; 3GDN A; 3AED A; 4H2Q A; 4TM4 A; 1CC6 A; 1JRY A; 1IJH A; 2WPE A; 2VOU A; 3FMW A; 2JB2 A; 2NPX A; 2V5Z A; 3Q9T A; 4U8P A; 3S5W A; 2FJE A; 3G5R A; 3LZW A; 3QVP A; 1DAO A; 4YSH A; 2BAB A; 1F8W A; 3UKF A; 1PXB A; 1Y56 B; 4J57 A; 1B37 A; 4CY6 A; 2BK5 A; 4EM3 A; 4Z2R A; 1HYU A; 4NTE A; 1CJ4 A; 2YG3 A; 3UP4 A; 1D7L A; 2YLX A; 3AE6 A; 1Y56 A; 3ALJ A; 1CJ2 A; 1FL2 A; 2OLO A; 2YG5 A; 2C65 A; 3GWF A; 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