The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
100
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Knots found |
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sequence length |
308
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structure length |
304
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Chain Sequence |
b'TECDREPIHIPGAIQPHGYLFVVSETDLRIASVSANVEDLLRQPPASLLNVPIAHYLTAASAARLTHALHGAINPIRLDVVTPDGERAFNGILHRHDSIVILELEPRDESRYTNEFFRSVRVAIRRLQTAADLPTACWIAASEVRRITGFDRIKVYQFAADWSGQVIAEDRDSGIPSLLDFHFPSSDIPAQSRALYTINPVRIIPDIGYRPSPLVPDINPRLGGPIDLSFSVLRSVSPTHLEYMVNMGMHAAMSISIVRDNRLWGMISCHNLTPRFVSYEVRQACELIAQVLTWQIGVLEEAEI'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the chromophore binding domain of an unusual bacteriophytochrome, RpBphP3, reveals residues that modulate photoconversion.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Sensor protein
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| source organism |
Rhodopseudomonas palustris
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| molecule tags |
Signaling protein
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| total genus |
100
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| structure length |
304
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| sequence length |
308
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| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K 41 41
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01590 | GAF | GAF domain |
| A | PF08446 | PAS_2 | PAS fold |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1D7E A; 4PAU A; 1ODV A; 2KLI A; 4Q0J A; 4E04 A; 2VLG A; 2OWJ A; 4HJ6 A; 5DJT A; 2HV1 A; 2OWH A; 4I5S A; 3GDI A; 1XJ3 A; 3LFV A; 1N9N A; 3EEA A; 1UWP X; 3NJA A; 4PKY A; 1OTI A; 1MZU A; 5DJU A; 3H7W B; 5K5B A; 3LIA A; 2QYB A; 2QJ5 A; 2ZBB A; 3LID A; 4YOF A; 4Q0I A; 4GHI A; 5AVE A; 3IS2 A; 1XJ2 A; 4EER A; 2P7J A; 4O0P A; 4WL9 A; 3KSI A; 2PHY A; 4LRY C; 2W27 A; 4XT2 A; 3H82 B; 5IU1 A; 1S4S A; 2J80 A; 1OT9 A; 2EA9 A; 3E4P A; 4NXG A; 3KSF A; 3H9W A; 1TF1 A; 1T19 A; 3A0R A; 1JNU A; 1DP8 A; 3LI9 A; 2V9A A; 2D02 A; 3RTY A; 2JN7 A; 4WN5 A; 1XFN A; 5J7E A; 4DN0 A; 4HIA A; 1F5M A; 3MF0 A; 4DJ2 A; 1DP9 A; 4HI4 A; 3S7N A; 5HDC A; 1GSX A; 4JGO A; 4L9G A; 3H7W A; 1WA9 A; 4QPR A; 4NXF A; 4JGR A; 1X0O A; 4WLA A; 1Y28 A; 2WKR A; 3MR0 A; 3FG8 A; 4EQ1 A; 2D01 A; 3C2W A; 4R70 A; 1P97 A; 4M4X A; 3UB8 A; 3D72 A; 5A8B A; 3H82 A; 3LIB A; 4I38 A; 4H6J A; 1STZ A; 5HD5 A; 4EEU A; 1V9Z A; 1P0Z A; 3W2Z A; 2HGV A; 1OT6 A; 2G7U A; 5HSQ A; 2ZMF A; 3MFX A; 3PYP A; 4EU0 A; 2QJ7 A; 3CWF A; 2ZOH A; 4ETZ A; 3NOU C; 4BBV A; 3F1N A; 2K31 A; 3MMH A; 2BAS A; 1LT0 A; 4JGP A; 5DKL A; 3R4K A; 3B33 A; 3CI6 A; 3A0V A; 3VOL A; 4I39 A; 1OJ5 A; 4GHI B; 3ZQ5 A; 4YNR A; 1VB6 A; 3IS2 B; 3NHQ A; 3E4O A; 3EWK A; 4EES A; 2KOI A; 4JGQ A; 2B02 A; 2V1A A; 4Z1W A; 4B9O A; 2VV8 A; 2VKS A; 5L8M A; 3UB6 A; 4WF0 A; 4Y2F A; 2INW A; 5F69 A; 5DFX A; 1TD5 A; 4HP4 A; 5F5Y A; 4I3J A; 3A0S A; 1YSQ A; 4YWZ A; 3F1O A; 3LI8 A; 3S7Q A; 3D3O A; 4R6L A; 3MQO A; 5J4E A; 2JHE A; 3KSH A; 4GLQ A; 2Z6D A; 4R38 A; 5G4Z A; 5HWT A; 4PKY G; 3OOV A; 4HJ3 A; 3BY8 A; 1S67 L; 4HHD A; 2GJ3 A; 1N9L A; 2WKQ A; 2QWS A; 2YKF A; 3CLO A; 4L9F A; 4R3A A; 2PYP A; 2V0W A; 3GEC A; 1T1A A; 2A24 A; 4H6J B; 3RFB A; 3IBR A; 3BY9 A; 4HY8 A; 2CMN A; 5HDS A; 3S7P A; 4KUK A; 2L4R A; 4FOF A; 3KSG A; 3E0Y A; 4G3V A; 4MDZ A; 3NOP C; 2WKP A; 2Y8H A; 5AJG A; 3F1N B; 3VE4 A; 2O0Y A; 2O9B A; 2O99 A; 5KIZ A; 1G28 A; 3TRC A; 3F1P A; 4DMZ A; 4MMN A; 4BBU A; 5I5L A; 4HNB A; 1OJG A; 3LIE A; 5F6A A; 5HPF A; 2R78 A; 1V9Y A; 1N9O A; 2PDR A; 3BWL A; 3K3D A; 1TS8 A; 1OTD A; 1OTA A; 3OBF A; 1LSW A; 4WUJ A; 1LSV A; 4NXE A; 5HDD A; 4I3A A; 2O9A A; 1F98 A; 4GS9 A; 3F1O B; 3LUQ A; 3LIF A; 3HJK A; 2W1T A; 5TJJ A; 3MJQ A; 5HD3 A; 2W3H A; 4RQ9 A; 1YKD A; 2B18 A; 5TBM A; 4Y5F A; 5DFY A; 5HWW A; 3S7O A; 4LPZ A; 1S4R A; 2XRO A; 4MN6 A; 1TS6 A; 2L1M A; 2PD8 A; 2PR5 A; 3HCY A; 4EW7 A; 5HL6 A; 2W1R A; 2A24 B; 1LSX A; 4HH3 A; 2QHK A; 2GX5 A; 4F3L B; 4G3W A; 2O9C A; 4O01 A; 4EEP A; 2H28 A; 2XRN A; 3E4Q A; 2YKH A; 3CAX A; 3K3C A; 4HJ4 A; 1MKM A; 4KUO A; 3ICY A; 1DRM A; 3IBJ A; 3O5Y A; 3T50 A; 3FC7 A; 3P7N A; 2Y79 A; 1VHM A; 4K08 A; 3DBA A; 5DKK A; 4MN7 A; 3UME A; 4NXB A; 2VZW A; 3BJN A; 1T18 A; 2Z6C A; 2W3F A; 1TS7 A; 5F68 A; 2K2N A; 3F1P B; 3C8C A; 3LYX A; 2V0U A; 5C5K A; 2OOL A; 1S66 L; 1GSW A; 2I9V A; 5LBR A; 1S1Z A; 5HPI A; 5G4Y A; 4HOI A; 1KOU A; 4F3L A; 2W3G A; 2M1C A; 2W0N A; 4GW9 A; 2M7U A; 4EET B; 2XSS A; 4EUV A; 4LLO B; 2KDK A; 3NOT C; 4GS9 B; 1UWN X; 5HWV A; 3MQQ A; 2VV7 A; 1D06 A; 4O8G A; 2W1T B; 4EXO A; 4Q0H A; 2W3D A; 3KO6 A; 1T1C A; 4MN5 A; 4LRX C; 5TBM B; 4I3I A; 5HZH A; 1LL8 A; 3VE3 A; 1EW0 A; 4BBT A; 3K2N A; 1GSV A; 3MXQ A; 3KX0 X; 4L9E A; 2IA2 A; 4KQD A; 3UMD A; 2LB5 A; 1S1Y A; 4IUK A; 3ULF A; 4HP9 A; 1BYW A; 1T1B A; 3PHY A; 3UE6 A; 3SW1 A; 2VJW A; 1OTE A; 4ETX A; 2L0W A; 2PYR A; 4MCW A; 4CQH A; 2VV6 A; 3EEH A; 4BWI A; 1XJ6 A; 4GCZ A; 4IUH A; 1YSP A; 1UGU A; 3UB9 A; 1MC0 A; 4HQA A; 4IJG A; 3VV4 A; 4LRZ E; 3UB7 A; 2PD7 A; 1NWZ A; 2W3E A; 4DJ3 A; 3MQ0 A; 1OTB A; 2QKP A; 3G6O A; 5IS1 A; 3CIT A; 1DP6 A; 5EFW A; 4G3K A; 1ZTU A; 3LIC A; 1TS0 A; 3OLO A; 4Y3I A; 1XFQ A; 3RH8 B; 1F9I A; 2LB9 A; 2M7V A; 4ZRR A; 2KX6 A; 5AVF A; 2PR6 A; 5J3W A; 2ZOI A; 2V1B A; 2VEA A; 4HH2 A; 3E98 A; 2K7S A; 1XJ4 A; 3HJI A; 4XT2 B; 4ME4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SS5 A; 4IBR A; 2ZJ9 A; 1MBL A; 3ITB A; 3MFD A; 4Q0J A; 3WS5 A; 1XA7 A; 5A92 A; 3KYZ A; 3N8L A; 4H8R A; 5DJT A; 3QHY A; 3ZCZ A; 4ARZ B; 4X53 A; 3NJA A; 1PW8 A; 5CXW A; 4PKY A; 2H0T A; 3NDG A; 2QYB A; 2Y2N A; 3GTC A; 4CLC C; 2PRF A; 2X71 A; 2ZD8 A; 4D2O A; 4ID4 A; 1L0F A; 3G34 A; 1OPX A; 3IXD A; 3H82 B; 2XEP A; 5IU1 A; 1S0W A; 2Q9N A; 1BSG A; 1H3Q A; 4GDN A; 3HLE A; 3VMA A; 3RTY A; 4KZ5 A; 4M3K A; 2Y2J A; 1F5M A; 3EGX C; 4DJ2 A; 3ZNY A; 4F94 A; 3S7N A; 3Q7Z A; 3H7W A; 1WA9 A; 1NYM A; 4WLA A; 5FAP A; 3L9K A; 4UA6 A; 4EQ1 A; 1P97 A; 1L2S A; 3ZG9 B; 4H6J A; 1STZ A; 5A91 A; 1K55 A; 3ZNT A; 2CC1 A; 4EEU A; 3W2Z A; 4WEJ A; 1BLC A; 4PM9 A; 2ZMF A; 2QJ7 A; 2G2W A; 2ZOH A; 1W63 Q; 5EVL A; 1H8Y A; 3MMH A; 1W8Y A; 2BAS A; 3VP3 A; 5DKL A; 5I94 A; 5HX9 A; 5FI6 A; 5GLA A; 4FH2 A; 3ZQ5 A; 1VB6 A; 3N4I A; 1P9R A; 4DXB A; 4C6Y A; 4OQG A; 3PTE A; 1FQG A; 2C6W B; 4E6W A; 5DFX A; 3GMW A; 1KGE A; 3A0S A; 1YLY A; 3IX4 A; 3D3O A; 4R6L A; 3GQZ A; 4GKU A; 3ZVT A; 1MWS A; 3VSK A; 1GHI A; 5JYO A; 4PKY G; 1KDW A; 1S67 L; 1SZV A; 2WKQ A; 4KZ9 A; 4L9F A; 3CJM A; 2PYP A; 4B88 A; 3Q81 A; 4FD8 A; 1KE3 A; 2A24 A; 4H6J B; 3RFB A; 3IBR A; 1FR6 A; 2H5S A; 4X55 A; 5HDS A; 2FFF B; 3IHB A; 2P9V A; 4G3V A; 1I5Q A; 4KEN B; 3MKE A; 3QP8 A; 5KIZ A; 3TRC A; 3F1P A; 1ZHH B; 4B4Z A; 4UAA A; 3W4O A; 2PU2 A; 3JVU A; 3IX3 A; 4BBU A; 2Y91 A; 4OQH A; 4HNB A; 2WAE A; 3LIE A; 4WBG A; 3W8K A; 4BLM A; 2R78 A; 1ONH A; 2PDR A; 1K57 A; 3BWL A; 4JXS A; 3ZG7 B; 3ISG A; 3K3D A; 1OTD A; 1OTA A; 2OAQ 1; 4QHC A; 1HVB A; 1LSW A; 1PZO A; 1K56 D; 1VET B; 4BJP A; 4LV0 A; 5HDD A; 1XGI A; 2O9A A; 1CEF A; 1YLT A; 4GS9 A; 1DJB A; 2ZQA A; 3LUQ A; 3LIF A; 1ES5 A; 4II7 A; 5EPH A; 2W1T A; 5IHV A; 4MEZ A; 5IT5 A; 5AQB A; 2QPN A; 4UQI M; 5L07 A; 3S7O A; 1PI4 A; 2HF6 A; 3A3F A; 4OQ0 A; 4X68 A; 4MLL A; 2PD8 A; 2PR5 A; 3HCY A; 4EW7 A; 1NRJ A; 4KZ3 A; 1MXO A; 2W1R A; 2A24 B; 1LSX A; 1KGF A; 1Q2P A; 3FKW A; 3G30 A; 3EQV A; 4R4S A; 3E4Q A; 1RCJ A; 2YKH A; 5EVI D; 4KUO A; 3ICY A; 4PPR A; 4C3Q A; 3IH9 A; 1YLJ A; 3T50 A; 1VHM A; 4MN7 A; 4LCM A; 3R7W B; 4OOL A; 3QP4 A; 1XX2 A; 2W3F A; 2WKE A; 3CPT A; 3F1P B; 4MBK A; 3LY4 A; 5C5K A; 3S22 A; 3O88 A; 1MKI A; 1VQQ A; 5LBR A; 1S1Z A; 1YQS A; 1IEM A; 2VGK A; 1IYS A; 2JE5 A; 3UE1 A; 2J9P A; 2JCH A; 3D9Y A; 2IWC A; 3CUE A; 2M1C A; 4GW9 A; 2XSS A; 3GV9 A; 3O87 A; 4EUV A; 5CGS A; 4LLO B; 4S2J A; 4GS9 B; 2VV7 A; 1E3U D; 3CMZ A; 2W1T B; 5GHX A; 2Y2O A; 3C38 A; 1LLB A; 4LRX C; 1PZP A; 4FUW A; 5HZH A; 1LL8 A; 1MY8 A; 1EW0 A; 2ZQD A; 1S6R A; 3UO9 A; 1GSV A; 1XXM A; 3KX0 X; 3UMD A; 1S1Y A; 3ULF A; 4OPZ A; 2HZ5 A; 3ZFZ A; 1XKZ A; 1BYW A; 2ZC7 A; 1T1B A; 4WZ5 C; 3IXB A; 4S2O A; 2WKI A; 5AQ9 A; 2VJW A; 2WZZ A; 2L0W A; 4NET A; 4E6X A; 4S2M A; 3N8R A; 1CI9 A; 2HJ9 C; 4MCW A; 1U60 A; 4IUH A; 1G68 A; 3CPT B; 4X6T A; 1YLW A; 4DRT A; 3VV4 A; 4BMW A; 1FOF A; 1ZC2 A; 2V1Z A; 2Q9M A; 3ZYT A; 5CGX A; 2QKP A; 3G6O A; 1QMF A; 3C7V A; 1HZO A; 1ZKJ A; 4G3K A; 3QP1 A; 3LIC A; 1TS0 A; 1KDS A; 2WK0 A; 4KZ6 A; 2PR6 A; 3DTI A; 2ZOI A; 2V1B A; 1ES4 A; 3EOI A; 3E98 A; 3T4S A; 1EI5 A; 5FQJ A; 3RXW A; 4Y17 A; 3QNC A; 1OME A; 1ODV A; 4E04 A; 4KQO A; 2DNS A; 2OWJ A; 3T4L A; 2HPB A; 1K38 A; 3C4O A; 3HL9 A; 1KE0 A; 2OWH A; 4ZJ3 A; 1YMS A; 1OTI A; 3VOY A; 1MZU A; 3M6B A; 4HBU A; 3LIA A; 2ZBB A; 5F1G A; 3OPL A; 4GHI A; 1BZA A; 1YMX A; 1J9M A; 4O7D A; 2JKT M; 4UA9 A; 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