2OTJO

13-deoxytedanolide bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
total genus 32
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 2otjO00
1VQML 1YJWL 1YJWO 1VQOL 1VQNO 1VQOO 3G4SO 1QVFK 1M1KP 3CMAO 1YIJL 1Q86M 1K9MM 1VQLL 1YJ9O 3CD6L 1NJIM 1QVFN 1VQ9L 1VQ9O 1VQ7L 1VQ7O 3CCVL 3G71L 1QVGK 3CXCN 1K9MP 1VQMO 1QVGN 1KQSN 3CCML 1Q7YM 3CCEL 3CC2L 3CCEO 3CCMO 1S72L 1YIJO 1YHQL 3CXCK 3CPWN 1Q82M 3CCLL 1KC8M 3CCRL 1VQLO 3CCLO 3CD6O 1K73M 3OW2N 1K8AM 1Q7YP 1YITL 3CCVO 1YITO 1KQSK 3G71O 3I55L 3I55O 3CMEL 1Q86P 1Q82P 1VQ8L 1KC8P 3CCJL 3CCUL 1Q81M 1NJIP 3CC4O 3CC4L 3CPWK 1K73P 1YI2L 2QEXL 3CC2O 3CCQL 1K8AP 1S72O 3OW2K 1VQPL 2QA4L 2QA4O 3CC7L 1YHQO 3CCRO 1M90M 1VQ5L 2OTLL 1YJNL 1W2BN 1N8RM 1VQKL 3CCSL 1VQNL 1VQKO 3CCSO 3G4SL 1VQ6L 3CMEO 1VQ4L 1KD1M 1VQ6O 1VQ4O 1JJ2N 1VQ8O 3CCJO 3CCUO 1M90P 3CMAL 3G6EL 3G6EO 1YI2O 2QEXO 1YJ9L 3CCQO 1N8RP 1VQPO 1W2BK 1M1KM 3CC7O 1KD1P 1Q81P 1VQ5O 2OTJL 3I56L 2OTJO 3I56O 1JJ2K 2OTLO 1YJNO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQML 1YJWL 1YJWO 1VQOL 1VQNO 1VQOO 3G4SO 1QVFK 1M1KP 5DS4A 5DS6A 5DQZA 3CMAO 1YIJL 1Q86M 1K9MM 1VQLL 1YJ9O 3CD6L 5DS5A 1NJIM 1QVFN 1VQ9L 1VQ9O 1VQ7L 1VQ7O 3GODA 3CCVL 3G71L 1QVGK 4P6IC 3CXCN 1K9MP 1VQMO 5FCLA 1QVGN 1KQSN 3CCML 1Q7YM 3CCEL 3CC2L 3CCEO 3CCMO 1S72L 1YIJO 1YHQL 3CXCK 3CPWN 1Q82M 3CCLL 1KC8M 3CCRL 1VQLO 3CCLO 3CD6O 1K73M 3NKDA 3OW2N 1K8AM 1Q7YP 1YITL 3CCVO 1YITO 1KQSK 3G71O 3I55L 3I55O 3CMEL 1Q86P 1Q82P 1VQ8L 1KC8P 3CCJL 3CCUL 1Q81M 1NJIP 3CC4O 3CC4L 3CPWK 1K73P 1YI2L 2QEXL 3CC2O 3CCQL 1K8AP 1S72O 3OW2K 1VQPL 2QA4L 2QA4O 3CC7L 1YHQO 3CCRO 1M90M 1VQ5L 2OTLL 1YJNL 1W2BN 1N8RM 4W8KA 1VQKL 3CCSL 1VQNL 1VQKO 3CCSO 3G4SL 1VQ6L 3CMEO 4QDLA 1KD1M 1VQ4L 1VQ6O 1VQ4O 5DQTA 1JJ2N 1VQ8O 3CCJO 3CCUO 1M90P 3CMAL 5DLJA 3G6EL 3G6EO 1YI2O 2QEXO 4XTKA 1YJ9L 3CCQO 1N8RP 1VQPO 4N06A 1W2BK 4WJ0A 1M1KM 3CC7O 1KD1P 1Q81P 2YZSA 1VQ5O 2OTJL 3I56L 2OTJO 3I56O 1JJ2K 2OTLO 1YJNO
chains in the Genus database with same CATH topology
1VQML 1YJWL 1YJWO 1VQOL 1VQNO 1VQOO 3G4SO 1QVFK 1M1KP 5DS4A 5DS6A 5DQZA 3CMAO 1YIJL 1Q86M 1K9MM 1VQLL 1YJ9O 3CD6L 5DS5A 1NJIM 1QVFN 1VQ9L 1VQ9O 1VQ7L 1VQ7O 3GODA 3CCVL 3G71L 1QVGK 4P6IC 3CXCN 1K9MP 1VQMO 5FCLA 1QVGN 1KQSN 3CCML 1Q7YM 3CCEL 3CC2L 3CCEO 3CCMO 1S72L 1YIJO 1YHQL 3CXCK 3CPWN 1Q82M 3CCLL 1KC8M 3CCRL 1VQLO 3CCLO 3CD6O 1K73M 3NKDA 3OW2N 1K8AM 1Q7YP 1YITL 3CCVO 1YITO 1KQSK 3G71O 3I55L 3I55O 3CMEL 1Q86P 1Q82P 1VQ8L 1KC8P 3CCJL 3CCUL 1Q81M 1NJIP 3CC4O 3CC4L 3CPWK 1K73P 1YI2L 2QEXL 3CC2O 3CCQL 1K8AP 1S72O 3OW2K 1VQPL 2QA4L 2QA4O 3CC7L 1YHQO 3CCRO 1M90M 1VQ5L 2OTLL 1YJNL 1W2BN 1N8RM 4W8KA 1VQKL 3CCSL 1VQNL 1VQKO 3CCSO 3G4SL 1VQ6L 3CMEO 4QDLA 1KD1M 1VQ4L 1VQ6O 1VQ4O 5DQTA 1JJ2N 1VQ8O 3CCJO 3CCUO 1M90P 3CMAL 5DLJA 3G6EL 3G6EO 1YI2O 2QEXO 4XTKA 1YJ9L 3CCQO 1N8RP 1VQPO 4N06A 1W2BK 4WJ0A 1M1KM 3CC7O 1KD1P 1Q81P 2YZSA 1VQ5O 2OTJL 3I56L 2OTJO 3I56O 1JJ2K 2OTLO 1YJNO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQM L;  1YJW L;  1YJW O;  1VQO L;  1VQN O;  1VQO O;  3G4S O;  1QVF K;  1M1K P;  3CMA O;  1YIJ L;  1Q86 M;  1K9M M;  1VQL L;  1YJ9 O;  3CD6 L;  1NJI M;  1QVF N;  1VQ9 L;  1VQ9 O;  1VQ7 L;  1VQ7 O;  3CCV L;  3G71 L;  1QVG K;  3CXC N;  1K9M P;  1VQM O;  1QVG N;  1KQS N;  3CCM L;  1Q7Y M;  3CCE L;  3CC2 L;  3CCE O;  3CCM O;  1S72 L;  1YIJ O;  1YHQ L;  3CXC K;  3CPW N;  1Q82 M;  3CCL L;  1KC8 M;  3CCR L;  1VQL O;  3CCL O;  3CD6 O;  1K73 M;  3OW2 N;  1K8A M;  1Q7Y P;  1YIT L;  3CCV O;  1YIT O;  1KQS K;  3G71 O;  3I55 L;  3I55 O;  3CME L;  1Q86 P;  1Q82 P;  1VQ8 L;  1KC8 P;  3CCJ L;  3CCU L;  1Q81 M;  1NJI P;  3CC4 O;  3CC4 L;  3CPW K;  1K73 P;  1YI2 L;  2QEX L;  3CC2 O;  3CCQ L;  1K8A P;  1S72 O;  3OW2 K;  1VQP L;  2QA4 L;  2QA4 O;  3CC7 L;  1YHQ O;  3CCR O;  1M90 M;  1VQ5 L;  2OTL L;  1YJN L;  1W2B N;  1N8R M;  1VQK L;  3CCS L;  1VQN L;  1VQK O;  3CCS O;  3G4S L;  1VQ6 L;  3CME O;  1VQ4 L;  1KD1 M;  1VQ6 O;  1VQ4 O;  1JJ2 N;  1VQ8 O;  3CCJ O;  3CCU O;  1M90 P;  3CMA L;  3G6E L;  3G6E O;  1YI2 O;  2QEX O;  1YJ9 L;  3CCQ O;  1N8R P;  1VQP O;  1W2B K;  1M1K M;  3CC7 O;  1KD1 P;  1Q81 P;  1VQ5 O;  2OTJ L;  3I56 L;  2OTJ O;  3I56 O;  1JJ2 K;  2OTL O;  1YJN O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQM L;  1YJW L;  1YJW O;  1VQO L;  1VQN O;  1VQO O;  3G4S O;  1QVF K;  1M1K P;  5DS4 A;  5DS6 A;  5DQZ A;  3CMA O;  1YIJ L;  1Q86 M;  1K9M M;  1VQL L;  1YJ9 O;  3CD6 L;  5DS5 A;  1NJI M;  1QVF N;  1VQ9 L;  1VQ9 O;  1VQ7 L;  1VQ7 O;  3GOD A;  3CCV L;  3G71 L;  1QVG K;  4P6I C;  3CXC N;  1K9M P;  1VQM O;  5FCL A;  1QVG N;  1KQS N;  3CCM L;  1Q7Y M;  3CCE L;  3CC2 L;  3CCE O;  3CCM O;  1S72 L;  1YIJ O;  1YHQ L;  3CXC K;  3CPW N;  1Q82 M;  3CCL L;  1KC8 M;  3CCR L;  1VQL O;  3CCL O;  3CD6 O;  1K73 M;  3NKD A;  3OW2 N;  1K8A M;  1Q7Y P;  1YIT L;  3CCV O;  1YIT O;  1KQS K;  3G71 O;  3I55 L;  3I55 O;  3CME L;  1Q86 P;  1Q82 P;  1VQ8 L;  1KC8 P;  3CCJ L;  3CCU L;  1Q81 M;  1NJI P;  3CC4 O;  3CC4 L;  3CPW K;  1K73 P;  1YI2 L;  2QEX L;  3CC2 O;  3CCQ L;  1K8A P;  1S72 O;  3OW2 K;  1VQP L;  2QA4 L;  2QA4 O;  3CC7 L;  1YHQ O;  3CCR O;  1M90 M;  1VQ5 L;  2OTL L;  1YJN L;  1W2B N;  1N8R M;  4W8K A;  1VQK L;  3CCS L;  1VQN L;  1VQK O;  3CCS O;  3G4S L;  1VQ6 L;  3CME O;  4QDL A;  1KD1 M;  1VQ4 L;  1VQ6 O;  1VQ4 O;  5DQT A;  1JJ2 N;  1VQ8 O;  3CCJ O;  3CCU O;  1M90 P;  3CMA L;  5DLJ A;  3G6E L;  3G6E O;  1YI2 O;  2QEX O;  4XTK A;  1YJ9 L;  3CCQ O;  1N8R P;  1VQP O;  4N06 A;  1W2B K;  4WJ0 A;  1M1K M;  3CC7 O;  1KD1 P;  1Q81 P;  2YZS A;  1VQ5 O;  2OTJ L;  3I56 L;  2OTJ O;  3I56 O;  1JJ2 K;  2OTL O;  1YJN O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1VQM L;  1YJW L;  1YJW O;  1VQO L;  1VQN O;  1VQO O;  3G4S O;  1QVF K;  1M1K P;  5DS4 A;  5DS6 A;  5DQZ A;  3CMA O;  1YIJ L;  1Q86 M;  1K9M M;  1VQL L;  1YJ9 O;  3CD6 L;  5DS5 A;  1NJI M;  1QVF N;  1VQ9 L;  1VQ9 O;  1VQ7 L;  1VQ7 O;  3GOD A;  3CCV L;  3G71 L;  1QVG K;  4P6I C;  3CXC N;  1K9M P;  1VQM O;  5FCL A;  1QVG N;  1KQS N;  3CCM L;  1Q7Y M;  3CCE L;  3CC2 L;  3CCE O;  3CCM O;  1S72 L;  1YIJ O;  1YHQ L;  3CXC K;  3CPW N;  1Q82 M;  3CCL L;  1KC8 M;  3CCR L;  1VQL O;  3CCL O;  3CD6 O;  1K73 M;  3NKD A;  3OW2 N;  1K8A M;  1Q7Y P;  1YIT L;  3CCV O;  1YIT O;  1KQS K;  3G71 O;  3I55 L;  3I55 O;  3CME L;  1Q86 P;  1Q82 P;  1VQ8 L;  1KC8 P;  3CCJ L;  3CCU L;  1Q81 M;  1NJI P;  3CC4 O;  3CC4 L;  3CPW K;  1K73 P;  1YI2 L;  2QEX L;  3CC2 O;  3CCQ L;  1K8A P;  1S72 O;  3OW2 K;  1VQP L;  2QA4 L;  2QA4 O;  3CC7 L;  1YHQ O;  3CCR O;  1M90 M;  1VQ5 L;  2OTL L;  1YJN L;  1W2B N;  1N8R M;  4W8K A;  1VQK L;  3CCS L;  1VQN L;  1VQK O;  3CCS O;  3G4S L;  1VQ6 L;  3CME O;  4QDL A;  1KD1 M;  1VQ4 L;  1VQ6 O;  1VQ4 O;  5DQT A;  1JJ2 N;  1VQ8 O;  3CCJ O;  3CCU O;  1M90 P;  3CMA L;  5DLJ A;  3G6E L;  3G6E O;  1YI2 O;  2QEX O;  4XTK A;  1YJ9 L;  3CCQ O;  1N8R P;  1VQP O;  4N06 A;  1W2B K;  4WJ0 A;  1M1K M;  3CC7 O;  1KD1 P;  1Q81 P;  2YZS A;  1VQ5 O;  2OTJ L;  3I56 L;  2OTJ O;  3I56 O;  1JJ2 K;  2OTL O;  1YJN O; 
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