2OTYX

1,2-dichlorobenzene in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting absolute ligand binding free energies to a simple model site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2otyX00
1G0JA 1I6SA 190LA 1C61A 127LA 1D3NA 1L80A 147LA 1SSYA 1L03A 2LZMA 2B70A 3GUIA 1L29A 1L53A 3OE9A 1DYBA 2RAYX 1L31A 129LA 4I7TA 2B72A 3GUMA 119LA 1C6MA 1L58A 3PBLA 151LA 2RBRA 3GUNA 1CV1A 1L74A 246LA 3SB7A 1P36A 3GUPA 1QSBA 233LA 240LA 3HTBA 4W51A 3SBBC 1QT4A 4GBRB 4EKQA 2RBOA 1T8GA 3DN8A 3DN1A 1L00A 1P64A 236LA 146LA 1C6DA 3DN2A 1L71A 4ARPA 200LA 150LA 3CDTA 2OTZX 1L75A 168LA 1C62A 217LA 1L14A 3HU8A 3JR6A 1LW9A 1PQJA 1CUPA 1CV0A 1L96A 137LA 1QT8A 169LA 2Z6BA 145LA 1L0JA 1L57A 4S0WA 1L05A 1TLAA 3PDSA 3GUOA 1L82A 1ZYTA 1D3JA 3G3XA 1DYEA 231LA 2OE7X 4W57A 1L42A 4ARLA 142LA 1CTWA 192LA 2OE4X 4W52A 1QUOA 4I7PA 1L84A 1L26A 247LA 3DN4A 249LA 4ARJA 122LA 4YXAC 1CU3A 259LA 1C6HA 3SBAA 3DN3A 4EXMA 1G06A 175LA 1L89A 5LZMA 113LA 3HTGA 2NTGA 167LA 3DMVA 2Q9DA 120LA 3CDRA 1L22A 4EKRA 1LI2A 3EMLA 1L01A 1LYEA 4DJHA 2RBQA 1C66A 107LA 2ANVA 1OVHA 1LYGA 2F47A 1OVKA 3HT9A 1LYJA 227LA 1OWYA 1C67A 4W56A 195LA 1SX7A 1L97A 1L64A 1C6TA 3SB9A 1CVKA 1L09A 4LDEA 224LA 2O79A 3QAKA 144LA 184LA 2CUUA 1K28A 1L12A 1L48A 3FI5A 1KS3A 1QS5A 242LA 1L46A 4YX7C 1PQMA 216LA 1QT5A 1L54A 130LA 2RAZX 1KW7A 1L49A 2B7XA 140LA 1QTVA 2RB2X 1L86A 1L25A 4OO9A 1L73A 198LA 1C68A 1L43A 3HH6A 252LA 111LA 1OV7A 3F9LA 1C60A 4I7SA 1C6FA 1OWZA 241LA 186LA 235LA 3RUNA 260LA 1QT3A 220LA 4I7NA 3HWLA 4EPIA 1C6CA 3SN6R 5I14A 254LA 201LA 1L10A 1L23A 2F32A 1D9WA 4PK0A 157LA 2RB0X 185LA 1JTMA 1L19A 2OU9A 1KY1A 3DMZA 1XJUA 1SSWA 1L92A 3OE6A 4K5YA 1L67A 4ARQA 1C6NA 3HT6A 3C82A 1L60A 1G1VA 164LA 1JTNA 1P37A 1L91A 183LA 196LA 3F8VA 1QUGA 3C80A 1L13A 166LA 3D4SA 1DYFA 3C7YA 1P2RA 226LA 245LA 1LYIA 126LA 1L27A 118LA 1C6PA 4DAJA 1QTZA 1QTCA 211LA 1L69A 4GRVA 4LZMA 1QT6A 1P2LA 1ZURA 1PQOA 1L21A 243LA 1L70A 3HH3A 2RH1A 1L32A 1L33A 158LA 3L2XA 4PJZA 2IGCA 1L88A 1L95A 2B75A 1L44A 1L63A 3V2WA 1L07A 238LA 1LYFA 1P5CA 2ANXA 1LLHA 3GUKA 2HUKA 1L93A 1DYAA 1L72A 1L15A 4AQNA 1QSQA 4ZPUA 143LA 148LE 3HH5A 1L83A 2B6ZA 1L51A 131LA 1L35A 1C6GA 2B6WA 3HU9A 1L99A 2LC9A 1KNIA 3NY9A 3HH4A 177LA 3DN6A 3G3WA 1LGXA 4W59A 222LA 1L02A 2F2QA 1L36A 4W58A 1L47A 2RBPA 1L76A 1PQIA 2OU0X 197LA 1G07A 165LA 2B74A 191LA 1XEPA 3C81A 4I7OA 213LA 1L87A 1LWKA 3HUAA 232LA 2NTHA 1QUHA 4W53A 1L37A 4ARMA 1G0GA 3C83A 3C8QA 128LA 4LDOA 4IAPA 1D2WA 1QTBA 1L77A 2A4TA 1C6AA 3DN0A 1P6YA 4EJ4A 3HDEA 4W55A 102LA 4E97A 2O4WA 123LA 1P7SA 1L16A 2B6TA 115LA 1L68A 1B6IA 1L24A 7LZMA 171LA 1OYUA 1L08A 176LA 2O7AA 1P46A 239LA 4W54A 1C6EA 1LI3A 1C6JA 2HUMA 1G0PA 1G0KA 1QS9A 112LA 3L64A 1L41A 3HT8A 1CX7A 2Q9EA 1P3NA 172LA 180LA 1C6BA 114LA 1C6KA 3C7WA 110LA 1DYGA 170LA 1L85A 230LA 2L78A 1QUDA 159LA 4I7MA 4I7KA 234LA 3SB6A 1SX2A 1SWZA 2B6XA 1L52A 1LPYA 3C7ZA 1T6HA 1L17A 156LA 1G1WA 6LZMA 2OTYX 218LA 187LA 205LA 3DNAA 3GUJA 1LWGA 1L11A 1L30A 141LA 1CV6A 1ZWNA 1T8FA 104LA 3FADA 4YXCA 1C69A 1L34A 1DYCA 261LA 1CU6A 4DKLA 4I7QA 160LA 2B6YA 3CDVA 1LGUA 1T97A 1CUQA 1C6QA 1CU0A 139LA 251LA 1G0QA 3G3VA 256LA 1L28A 1PQKA 244LA 1L50A 1T8AA 1C65A 3DMXA 1L98A 3LZMA 1D3FA 1PQDA 108LA 3HUKA 1L65A 257LA 1L61A 174LA 1L94A 2OE9X 1OVJA 155LA 1LI6A 3HDFA 1CV5A 178LA 1L66A 248LA 1L06A 1CU5A 1QTDA 1L04A 3V2YA 1CX6A 1C6IA 2QARC 1KY0A 182LA 1L62A 1L38A 3CDQA 253LA 1SWYA 255LA 1NHBA 237LA 225LA 3CDOA 4ARMB 1KW5A 4LDLA 1D2YA 1CU2A 1LYHA 1P56A 1QT7A 1L40A 3HT7A 163LA 3C8SA 3DKEX 161LA 1L90A 109LA 189LA 3NY8A 262LA 1EPYA 3VW7A 212LA 1C6LA 223LA 3RZEA 3HUQA 152LA 4EKSA 2RB1X 215LA 2LCBA 3SB8A 181LA 2QB0B 3OE0A 1L55A 1G0MA 3K2RA 1C63A 103LA 258LA 188LA 1L18A 3UONA 125LA 210LA 199LA 4I7RA 2OU8A 3NYAA 1L79A 3OE8A 162LA 173LA 3FA0A 1L56A 3SB5A 1OV5A 4ARQB 1L59A 4EPFA 1L45A 4I7JA 1JQUA 3GULA 1L20A 1D3MA 1L0KA 229LA 2RBSA 1G0LA 1WTHA 4EKPA 209LA 1CV4A 1L81A 4I7LA 206LA 1LGWA 3C8RA 1L39A 3HTDA 3HTFA 219LA 228LA 2OEAX 1LYDA 214LA 1XJTA 2RBNA 3ODUA 138LA 221LA 2B73A 1CV3A 149LA 1DYDA 2HULA 250LA 1QTHA 1C64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C61A 1L80A 1D3NA 5KJ9A 2LZMA 1L03A 2B70A 1OUEA 1XGTC 3GUMA 3W3EA 3CSRA 1L74A 3SB7A 1P36A 2XBSA 1CKGA 4RLNA 3HTBA 4DD2A 4EKQA 2RBOA 1P64A 1DPWA 236LA 5I4WA 2ZQ3A 3DN2A 150LA 2OTZX 4ET9A 1HFZA 1C62A 1L14A 4HJZA 4AGAA 1CV0A 1L96A 169LA 2BQFA 1L57A 1LSZA 4OWEA 3ZVQA 5LAGA 3ZEKA 4RW1A 192LA 3W6FA 1QUOA 2BQEA 4I7PA 3RU5A 1LHJA 1OUGA 4YXAC 4BAPA 2MEEA 3DN3A 4WO9A 4EXMA 3WPKA 4EOFA 113LA 1OUJA 3P64A 2BLXA 2Q9DA 1VATA 1C45A 4NEBA 1GFTA 1LYEA 4DJHA 3WU8A 1NBYC 2ANVA 1D6PA 2F47A 1JSFA 227LA 4H8XA 4DWXA 4W96A 195LA 1UACY 1AKIA 1C43A 5HNLA 2HTXA 4H93A 3SB9A 1C6TA 2O79A 3QAKA 4WG7A 2BQBA 1K28A 1L48A 3FI5A 1CKFA 2MEDA 1L46A 4YX7C 216LA 1FDLY 1DI4A 2RAZX 130LA 4Z3MA 1L49A 2BQGA 1CKHA 140LA 1E8LA 4DD9A 3OK0A 1L86A 4OO9A 2I25L 5II3A 5D5CA 4LYBA 5KXOA 3SN6R 1WQOA 4NHTA 1L10A 193LA 2F32A 4PK0A 1B7MA 1GF3A 4GCEA 153LA 2BPUA 3OE6A 2C8PA 3RZ4A 1FLWA 1P37A 1XGQC 1LZRA 1QUGA 166LA 1LYYA 1DYFA 3A6CY 1P2RA 1CJ7A 2WARA 3CSZA 1L27A 118LA 5B1FA 4NHIA 3WW5A 1L69A 1PS5A 5KXNA 2HU3A 3RNXA 3T36A 1GEZA 2BQLA 158LA 4PJZA 1LTMA 1LZAA 4NGYA 1JUGA 1L88A 1L95A 1LCNA 2B75A 1L44A 1L63A 4DQJA 4QEQA 3LYOA 2H9JA 1BWHA 1L93A 2W1LA 1GAYA 1C10A 1V7SA 2BQOA 2ZILA 143LA 3AW6A 1GWDA 148LE 1LJHA 2B6ZA 4LYTA 1UIFA 1L51A 4DDBA 4H1PA 1KIPC 3HU9A 2BQIA 177LA 4NWHA 3ULRA 7LYZA 1LGXA 222LA 1UIHA 1INUA 1CKDA 2B74A 2YSSC 213LA 1L87A 1LZCA 3P65A 4G4BA 1QUTA 1GE2A 2A4TA 1IWTA 1P6YA 1CJ9A 1TCYA 5FELA 1D0LA 3TMWA 1NBZC 1P7SA 1L16A 1IWYA 4PPOA 1B5UA 1B6IA 2HEDA 4TUNA 1NKHA 1F6RA 1OYUA 239LA 1LI3A 1C6JA 3TXDA 180LA 1C6BA 114LA 2Z38A 1C6KA 1DYGA 1LJEA 1YKXX 5B1GA 4H8YA 170LA 1GF0A 2L78A 1YKZX 4HSFA 1YIKA 1MELL 3W6BA 1L17A 6LZMA 1EQ4A 5T3FA 3DNAA 1L11A 1YQVY 141LA 1ZWNA 1T8FA 1C69A 1CU6A 1W08A 3WYHA 1G7MC 160LA 1A4VA 3CDVA 4LYOA 1HELA 3WU9A 1GF8A 1CUQA 1JJ1A 3A67Y 1LZ1A 2FBDA 2X0AA 244LA 2MEFA 4CGEA 1LKSA 2YBJA 1PQDA 108LA 4UWUA 1O23A 1L65A 3A92A 4J0LA 5L3IA 4WLXA 1YAOA 4LFXA 1L06A 1HSWA 3B6LA 4NGLA 1IP1A 4R6CA 2QARC 2MEBA 1NQIA 1SWYA 255LA 237LA 3W6EA 5F14A 4HJVA 3CDOA 6LYZA 4CFOA 1LYHA 3WU7A 163LA 1L90A 1IY4A 4WO6A 1IY3A 4KPMA 3VW7A 1IP7A 1SQ2L 2HECA 1XEJA 1A2YC 3RW8A 1OUIA 5LXWA 1LJ4A 5KXWA 4HV1A 4U3XB 3LN2A 1HMLA 1C46A 103LA 188LA 1L18A 1LSDA 3W6AA 210LA 199LA 4I7RA 2FYCA 1IEEA 3FA0A 1L56A 1IIZA 2BQNA 5JENB 1YL0X 3SB5A 2D91A 1HFXA 1XFPL 2XJWA 1B7QA 1F10A 1REMA 1D3MA 1L0KA 229LA 2RBSA 1WTHA 1G7HC 3TXHA 1CV4A 1L81A 219LA 4KXIA 4NY5A 4HTQA 4XYYA 1CV3A 1C64A 1I6SA 1LJNA 3A90A 4E3UA 4CFPA 1GB5A 147LA 4YM8A 1HEQA 1GB3A 3MGWA 1L29A 1DYBA 1LJGA 2DQDY 5LA8A 5LVGA 2DBTA 1YANA 1L58A 3PBLA 151LA 3GUNA 1CV1A 1RFPA 3IJUA 4OOTA 1QSBA 3SBBC 4GBRB 1UIDA 1T8GA 2W1MA 4O34A 3DN8A 5DN5A 1G7JC 2Z2FA 1H87A 2G4NA 4G49A 4I8SA 1C6DA 1KIRC 1L71A 3CDTA 4LYZA 168LA 2DQGY 3HU8A 3A95A 3TXFA 1LW9A 3TXJA 1B5XA 4J7VA 137LA 1QT8A 145LA 1JKBA 3TXEA 1CJ6A 4S0WA 4N5RA 1LZ6A 2H9KA 2Z12A 4XENA 3GUOA 3G3XA 1IR9A 1D3JA 2C8OA 2DQCY 4ARLA 4FJRA 3FI7A 5C6LA 1CTWA 1LMNA 1L26A 247LA 4OWCA 4ARJA 5B59A 122LA 1LSYA 1LJFA 3WUMA 3AZ7A 3SBAA 3B0OA 175LA 1L89A 5LZMA 1LZ4A 1UUZC 2AUBA 3HTGA 4YEMA 2NTGA 120LA 1LZDA 1IOCA 4EKRA 4PRQA 4GLVA 1LAAA 107LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C61 A;  1L80 A;  1D3N A;  5KJ9 A;  2LZM A;  1L03 A;  2B70 A;  1OUE A;  1XGT C;  3GUM A;  3W3E A;  3CSR A;  1L74 A;  3SB7 A;  1P36 A;  2XBS A;  1CKG A;  4RLN A;  3HTB A;  4DD2 A;  4EKQ A;  2RBO A;  1P64 A;  1DPW A;  236L A;  5I4W A;  2ZQ3 A;  3DN2 A;  150L A;  2OTZ X;  4ET9 A;  1HFZ A;  1C62 A;  1L14 A;  4HJZ A;  4AGA A;  1CV0 A;  1L96 A;  169L A;  2BQF A;  1L57 A;  1LSZ A;  4OWE A;  3ZVQ A;  5LAG A;  3ZEK A;  4RW1 A;  192L A;  3W6F A;  1QUO A;  2BQE A;  4I7P A;  3RU5 A;  1LHJ A;  1OUG A;  4YXA C;  4BAP A;  2MEE A;  3DN3 A;  4WO9 A;  4EXM A;  3WPK A;  4EOF A;  113L A;  1OUJ A;  3P64 A;  2BLX A;  2Q9D A;  1VAT A;  1C45 A;  4NEB A;  1GFT A;  1LYE A;  4DJH A;  3WU8 A;  1NBY C;  2ANV A;  1D6P A;  2F47 A;  1JSF A;  227L A;  4H8X A;  4DWX A;  4W96 A;  195L A;  1UAC Y;  1AKI A;  1C43 A;  5HNL A;  2HTX A;  4H93 A;  3SB9 A;  1C6T A;  2O79 A;  3QAK A;  4WG7 A;  2BQB A;  1K28 A;  1L48 A;  3FI5 A;  1CKF A;  2MED A;  1L46 A;  4YX7 C;  216L A;  1FDL Y;  1DI4 A;  2RAZ X;  130L A;  4Z3M A;  1L49 A;  2BQG A; 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