2OU8A

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant t115r1 at room temperature
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFCNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Tertiary contact and solvent-inaccessible sites in helix G of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ou8A00
1L15A 220LA 171LA 2RB0X 1CV5A 161LA 212LA 2Q9DA 1C64A 1L29A 224LA 1C6LA 3SBAA 216LA 3C7ZA 3DN1A 1QT8A 4DKLA 1OYUA 1L61A 201LA 119LA 235LA 1L82A 1QS9A 3RZEA 198LA 3G3XA 1L45A 227LA 1L26A 4W56A 4ARMB 1LYJA 1C6GA 1L80A 1DYBA 257LA 142LA 1L50A 1L17A 145LA 1PQIA 2F2QA 3SN6R 4EPFA 4YX7C 1L63A 4ARLA 2OU8A 1C66A 4I7TA 4EKPA 1C6EA 3VW7A 2CUUA 1KS3A 3L64A 1LWKA 3HT9A 1P46A 248LA 2OU0X 147LA 1DYAA 241LA 229LA 3EMLA 1CVKA 1D3MA 1L81A 1L75A 1T8AA 251LA 1QUOA 256LA 3NY8A 104LA 184LA 3HU8A 175LA 1G0QA 4AQNA 239LA 107LA 1G1WA 4W58A 174LA 1T6HA 4PK0A 3C7WA 3C81A 3V2YA 260LA 166LA 1LLHA 182LA 1LPYA 1L0KA 1CV6A 115LA 3G3VA 1LGXA 1T8GA 1L03A 1C6MA 4I7OA 3GUKA 7LZMA 3DN3A 254LA 3DN2A 129LA 1P7SA 230LA 2LCBA 1G0KA 1LYGA 3DN0A 3QAKA 4I7JA 1L84A 1OVHA 1L34A 149LA 2OEAX 108LA 2O79A 1L24A 2RBSA 3HT6A 1C6DA 1P6YA 2LZMA 1QT7A 2RBNA 1DYCA 246LA 2F32A 233LA 1L28A 4S0WA 1D2YA 4W52A 1L12A 2B73A 4W53A 1L56A 1G07A 1L21A 1L09A 1G0MA 2F47A 4ARPA 1C60A 3C83A 1C6KA 1PQJA 165LA 4ARQA 1PQKA 164LA 1L89A 1G0GA 1P64A 1G0LA 225LA 1L01A 4ARJA 138LA 1L52A 2Z6BA 4EJ4A 1L41A 3HH6A 1L85A 1LI6A 4ARMA 1SSWA 1LW9A 4I7PA 1L96A 126LA 1T8FA 1L02A 4W54A 190LA 3SBBC 3D4SA 1C6IA 4GBRB 1OVJA 185LA 1OVKA 4OO9A 4DAJA 1CX6A 141LA 1OWZA 2NTHA 1L16A 4ARQB 1KY1A 1L59A 1L86A 1WTHA 1ZYTA 4W51A 1D3FA 243LA 177LA 1L35A 192LA 1C62A 3G3WA 1QTZA 1C6PA 2RBQA 1L87A 2OU9A 2HULA 151LA 1CUQA 144LA 1L77A 3GULA 178LA 191LA 3C8SA 196LA 162LA 1L65A 1P3NA 186LA 1L90A 3HT7A 4W55A 1L98A 3OE9A 3HDEA 1L70A 228LA 3OE8A 244LA 3HUQA 236LA 237LA 1CU3A 4I7QA 1L00A 1QS5A 3SB8A 1L69A 2B72A 1L14A 2O4WA 4GRVA 1L91A 3CDRA 1C65A 1G1VA 1C68A 2LC9A 118LA 3DN6A 1L40A 218LA 139LA 1DYGA 3NYAA 188LA 2HUKA 4I7MA 1L72A 1C6QA 2B7XA 1LYEA 169LA 1L25A 1L76A 3GUNA 1QTBA 183LA 4ZPUA 1L05A 2RH1A 1JTMA 205LA 238LA 1L38A 215LA 3OE0A 1QTVA 156LA 1L22A 167LA 2QARC 222LA 130LA 2HUMA 4IAPA 1QT5A 1LGWA 110LA 1CUPA 3NY9A 2RBPA 3HTBA 1L19A 1PQMA 259LA 1CU5A 1CX7A 4I7LA 2ANXA 1L47A 4LDLA 140LA 1G0PA 128LA 1L10A 1P2LA 1L39A 3SB5A 127LA 4EXMA 131LA 250LA 1L79A 1OV7A 1L95A 1CV4A 1C6BA 1QT4A 245LA 1DYEA 3HTDA 1OV5A 1SWZA 1P2RA 2Q9EA 2ANVA 1CV0A 3PBLA 1XJUA 4I7NA 1LWGA 2A4TA 1L04A 1L64A 1C67A 1QTHA 2B6ZA 2O7AA 1C61A 1L49A 4LDOA 4E97A 1L11A 1KW7A 3HUKA 3SB6A 1EPYA 1L74A 1PQOA 3HH4A 221LA 1L71A 1L51A 1P37A 159LA 1D2WA 113LA 1D3NA 187LA 1L83A 1JQUA 209LA 1T97A 3C80A 1C69A 6LZMA 1C63A 3HH3A 1L66A 1P36A 1KW5A 252LA 1L0JA 1K28A 1C6TA 4EKRA 109LA 3CDQA 3F9LA 3FI5A 219LA 160LA 213LA 232LA 234LA 189LA 158LA 1C6JA 1L32A 3GUMA 1L31A 3HTFA 249LA 1CV3A 1KNIA 1L57A 1L07A 1L55A 1P5CA 4W57A 1L97A 1TLAA 123LA 3C82A 3HUAA 1OWYA 1JTNA 1L60A 261LA 152LA 1C6CA 1QSQA 3F8VA 172LA 173LA 262LA 1L67A 1L68A 1L92A 1L18A 1L20A 1QTDA 103LA 258LA 1L88A 4DJHA 2B6XA 3HH5A 3L2XA 114LA 217LA 3CDTA 5LZMA 197LA 1L54A 1ZURA 1QUDA 3GUPA 2QB0B 1L53A 2L78A 3SB7A 1LYIA 231LA 1DYFA 4K5YA 3DN8A 4I7RA 1G06A 1QUHA 199LA 3CDVA 253LA 2B70A 2NTGA 2B6WA 3CDOA 4I7SA 157LA 2RAYX 1LGUA 3HTGA 1L93A 1L48A 168LA 3ODUA 5I14A 1QT3A 1L44A 170LA 1D9WA 1L06A 4YXAC 4EKSA 2OE4X 1QSBA 1L30A 1NHBA 111LA 1L33A 1L62A 2IGCA 1L13A 102LA 3DMZA 1SSYA 4EKQA 3RUNA 163LA 3JR6A 3K2RA 1D3JA 214LA 3SB9A 3DMVA 3V2WA 2OE9X 1I6SA 200LA 1QT6A 195LA 3C7YA 1SX2A 4YXCA 226LA 1CU2A 3FADA 1L99A 1LYDA 2RBOA 3DN4A 1XJTA 1C6AA 1QUGA 1L42A 1CU0A 1C6HA 120LA 1KY0A 2RB1X 1DYDA 143LA 3DNAA 3HDFA 2OTYX 2B6YA 4I7KA 1CV1A 1CU6A 3LZMA 3DMXA 1L27A 3FA0A 1L46A 242LA 1L58A 176LA 1LI3A 2OE7X 240LA 2B6TA 1C6NA 3DKEX 122LA 3OE6A 3GUJA 2OTZX 2RB2X 4LDEA 1L73A 1QTCA 2RAZX 125LA 1P56A 150LA 1CTWA 146LA 1L37A 4EPIA 1LYFA 3HU9A 223LA 1LI2A 3GUIA 3HT8A 180LA 247LA 3GUOA 1G0JA 2B74A 210LA 1LYHA 1ZWNA 1L94A 1XEPA 2RBRA 1L36A 2B75A 137LA 181LA 155LA 148LE 3C8RA 4W59A 1B6IA 1C6FA 1L08A 1L43A 1PQDA 112LA 255LA 206LA 3UONA 4LZMA 4PJZA 1L23A 211LA 1SWYA 3HWLA 3C8QA 1SX7A 3PDSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L15A 212LA 2Q9DA 3WVYA 216LA 2H9JA 1EQ5A 1OYUA 1L61A 1GE4A 4DKLA 119LA 4LYCA 3HBHA 1HEPA 227LA 1L26A 4ARMB 4WM5A 1L80A 3A67Y 1LYOA 142LA 1L50A 5I4WA 1HMLA 1EL1A 1L63A 4WLTA 1IWVA 3L64A 1F0WA 5APFA 2OU0X 1GB8A 147LA 4II8A 1F6RA 5HNCA 3G3AB 2DQJY 2D4JA 5KXWA 3EMLA 4H8XA 3TMXA 1L75A 251LA 4NWHA 1Z55A 104LA 1DZBX 175LA 3C81A 1LJ4A 4WL6A 3D3DA 1LPYA 1MELL 4N5RA 1HSXA 5IDDA 5F9XA 1GE1A 1GD6A 1LGXA 1T8GA 3DN2A 4LT3A 1P7SA 1YL0X 4H9BA 1LYGA 5LA5A 5FDJA 5LA8A 4RLNA 1L34A 1O23A 1GB9A 1IC4Y 2DQFC 9LYZA 1JITA 4DQ5A 2LZMA 2AUBA 4LYZA 1QT7A 2RBNA 1KXYA 2NWDX 2Z12A 4W53A 1L56A 1LZ8A 1B7MA 1G0MA 4H1PA 3C83A 165LA 1P64A 1L01A 2YBLA 5J7CA 4EJ4A 1B7NA 1ZVYB 3G3BB 1LI6A 1FN5A 1LW9A 2MEBA 2MEFA 4HTQA 4W54A 185LA 4L41A 2Z19A 4OO9A 4DAJA 1OWZA 2NTHA 4BAFA 1L59A 1D3FA 1C62A 3TXFA 1QTZA 1LJNA 1HMKA 1L87A 1G7LC 1UIBA 4WM6A 178LA 191LA 1XGQC 3C8SA 1VAUA 4W55A 4NG1A 1L98A 1QUTA 3WPKA 3OE8A 1LHKA 2XQOA 1IVMA 1QSAA 1C65A 3CSZA 2LC9A 4WLYA 1T3PA 4PGJB 1L40A 4RW2A 2LYMA 1DYGA 2RSCA 3NYAA 2A7FA 2VB1A 4ETEA 4I7MA 1L72A 1IWXA 2EPEA 169LA 1QTBA 2Q0MX 4ZPUA 1GFGA 1NDMC 5KJ9A 3OE0A 1QTVA 156LA 3WULA 2ZNXY 167LA 2XJWA 3A3QA 1QT5A 4OOTA 3HFMY 1CUPA 3NY9A 2RBPA 1XEJA 4RLMA 1V7TA 4I7LA 1LZDA 1B5XA 3MGWA 2HEFA 1KXXA 2FYDA 1LSCA 4H9FA 4NEBA 3SB5A 127LA 1QQYA 131LA 2HEDA 1CV4A 1C6BA 245LA 1DYEA 1DI4A 3N9CA 1OV5A 1SWZA 3TMWA 1P2RA 4DD0A 1NKHA 3AYQA 1GFRA 5JENB 2Z39A 1L11A 1EPYA 3B72A 4OWCA 2LZ2A 3HH4A 5I54A 3IJUA 113LA 1GF4A 1C10A 1GBXA 5L3HA 187LA 1T97A 1REYA 4WO9A 3WVXA 5KXKA 1C63A 1L66A 4WL7A 252LA 4YOPA 4BADA 4ETDA 1REZA 213LA 3VWOA 1LJGA 1L31A 1GFAA 4YM8A 1L57A 207LA 1NWGA 4WM2A 2ZIKA 1I1ZA 3C82A 1OWYA 1UC0A 1JTNA 3ULRA 2LYZA 261LA 2YVBA 5DLAA 172LA 2I6ZA 2BQIA 8LYZA 5D5CA 1QDTA 1L18A 4U3XB 258LA 4DD9A 1JKCA 132LA 3L2XA 1LMAA 2CGIA 1ZURA 1VFBC 1OQMA 1QUDA 2QB0B 3SB7A 5I4XA 5APDA 4K5YA 1D0LA 3CT1A 4DQJA 1T6VL 2B6WA 157LA 2D4IA 2BQJA 4UWNA 3HTGA 1L93A 1L48A 1L44A 2G4PA 170LA 4AXTA 1QSBA 1B5VA 1H87A 2DKVA 1L13A 102LA 1FLUA 153LA 1JJ0A 163LA 1BB4A 214LA 2D4KA 3SB9A 2H9KA 1I6SA 5HNLA 1L99A 2RBOA 1LHHA 3DN4A 1XJTA 4C3WA 1HF4A 5IELA 1BWIA 143LA 3DNAA 3HDFA 2B6YA 4H90A 1IR9A 1C43A 2G4QA 3CSQA 3DMXA 2FBDA 2BQBA 1GFUA 242LA 240LA 1LJJA 2DQEY 1YAMA 2ZIJA 3DKEX 4ETAA 3AGGG 2RB2X 5B1GA 125LA 4PJ2C 5LXWA 5HQ1A 1LYFA 2Z37A 1UBZA 1HERA 5I5QA 180LA 247LA 2H5ZA 3GUOA 1HC0A 5LVIA 2B74A 2YBIA 1LYYA 4XJIA 4GCFA 137LA 1AM7A 3WPLA 3WW5A 5LINA 4N1EI 4H8ZA 1GE2A 112LA 3B6LA 255LA 1LZEA 4WLDA 4NSGA 3AW7A 2A7DA 161LA 1J1PY 1VDPA 1C64A 224LA 1LZ6A 5F81A 1JEFA 1L82A 1QS9A 3HBDA 198LA 3LZ2A 4GLVA 4AGAA 1LYJA 1XGUC 4W96A 1C6GA 3B0KA 1B5UA 5B06A 2WARA 194LA 4WG1A 1UIEA 1L17A 1VEDA 5KXXA 2F2QA 4EPFA 4GCBA 1GFKA 4YX7C 1P2CC 1C66A 4EKPA 4EOFA 1GE0A 1IWYA 4G4HA 1IOSA 2CUUA 1CJ6A 1LWKA 5B1FA 1P46A 3WUMA 3AZ7A 1DYAA 1YKXX 229LA 2BQGA 1D3MA 1YAQA 4J1BA 1G0QA 4PK0A 3FE0A 3V2YA 260LA 1LLHA 182LA 2Y8PA 4H94A 1B7QA 3WU8A 115LA 1YILA 1GEVA 1IOQA 3W6DA 1C6MA 7LZMA 2MEDA 3DN3A 4YF2A 254LA 1XEKA 129LA 1G0KA 5I53A 2MEHA 5LYTA 3A96A 3AJNA 1OP9B 1JISA 1ZVHL 5F14A 1L84A 1OVHA 1LJEA 1VDSA 3CB7A 1LZAA 2HEEA 5DN5A 108LA 1QTEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L15 A;  212L A;  2Q9D A;  3WVY A;  216L A;  2H9J A;  1EQ5 A;  1OYU A;  1L61 A;  1GE4 A;  4DKL A;  119L A;  4LYC A;  3HBH A;  1HEP A;  227L A;  1L26 A;  4ARM B;  4WM5 A;  1L80 A;  3A67 Y;  1LYO A;  142L A;  1L50 A;  5I4W A;  1HML A;  1EL1 A;  1L63 A;  4WLT A;  1IWV A;  3L64 A;  1F0W A;  5APF A;  2OU0 X;  1GB8 A;  147L A;  4II8 A;  1F6R A;  5HNC A;  3G3A B;  2DQJ Y;  2D4J A;  5KXW A;  3EML A;  4H8X A;  3TMX A;  1L75 A;  251L A;  4NWH A;  1Z55 A;  104L A;  1DZB X;  175L A;  3C81 A;  1LJ4 A;  4WL6 A;  3D3D A;  1LPY A;  1MEL L;  4N5R A;  1HSX A;  5IDD A;  5F9X A;  1GE1 A;  1GD6 A;  1LGX A;  1T8G A;  3DN2 A;  4LT3 A;  1P7S A;  1YL0 X;  4H9B A;  1LYG A;  5LA5 A;  5FDJ A;  5LA8 A;  4RLN A;  1L34 A;  1O23 A;  1GB9 A;  1IC4 Y;  2DQF C;  9LYZ A;  1JIT A;  4DQ5 A;  2LZM A;  2AUB A;  4LYZ A;  1QT7 A;  2RBN A;  1KXY A;  2NWD X;  2Z12 A;  4W53 A;  1L56 A;  1LZ8 A;  1B7M A;  1G0M A;  4H1P A;  3C83 A;  165L A;  1P64 A;  1L01 A;  2YBL A;  5J7C A;  4EJ4 A;  1B7N A;  1ZVY B;  3G3B B;  1LI6 A;  1FN5 A;  1LW9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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