2OWTA

Crystal structure of bordetella pertussis holo ferric binding protein with bound synergistic carbonate anion
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
319
structure length
315
Chain Sequence
SDEVSLYTTREPKLIQPLLDAFAKDSGIKVNTVFVKDGLLERVRAEGDKSPADVLMTVDIGNLIDLVNGGVTQKIQSQTLDSVVPANLRGAEGSWYALSLRDRVLYVEKDLKLDSFRYGDLADPKWKGKVCIRSGQHPYNTALVAAMIAHDGAEATEKWLRGVKANLARKAAGGDRDVARDILGGICDIGLANAYYVGHMKNAEPGTDARKWGDAIKVVRPTFAGGTHVNISGAAVAAHAPNKANAVKLLEYLVSEPAQTLYAQANYEYPVRAGVKLDAVVASFGPLKVDTLPVAEIAKYRKQASELVDKVGFDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Metal binding protein
source organism Bordetella pertussis tohama i
publication title Anion-dependent hinge motion in ferric binding proteins
rcsb
molecule keywords Putative iron binding protein
total genus 107
structure length 315
sequence length 319
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2owtA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2owtA02
2QSXA 2O84X 2VGQA 1N84A 1POY1 5TP9A 4PFYA 4H1XA 3TQWA 3IOVA 5EHMA 2RINA 3TUSA 4YKJA 1UQWA 4ELRA 3USDA 4OWDA 3Q26A 3GBBA 5I84A 2XXTA 3TFLA 2PMSA 3C36A 4F19A 5CMKA 1B46A 1EH3A 4BDMA 1IXGA 2H25A 4ZZAA 1LFHA 4IB2A 4F1VA 3N94A 3G3HA 2V84A 5L9SA 2B65A 3IB2A 1LGBC 1ZU0A 3FXRA 1NMUA 2WKYA 3OSQA 1P1OA 3OEMA 4LVQA 3FASA 4YB5A 4GLIA 1FW0A 1I69A 3IR1A 3K2DA 1MQGA 3FJGA 3TCHA 1Y3PA 2HFBA 2D3IA 1Q35A 2IEEA 4RY1A 4ONYA 4JDFA 5F7VA 4AQ4A 3RY3A 2O7IA 3C34A 4U21A 4JSOA 4F1YA 3M3LA 1Y9UA 1NL5A 3IOTA 1B3HA 3EPEA 5AA1A 3RPWA 1JW5A 1NH8A 2P0SA 1LFIA 3EHUA 1A7LA 1MY0A 4YU0A 5TU0A 4G68B 3DM0A 1D9VA 3UIFA 1XHYA 3K00A 3IORA 4PFWA 1ZLQA 4BDLA 2ZYOA 2UVGA 4ZECA 1URDA 2H4IA 3B6WA 4GIZA 1XVYA 1MH4A 4NMYA 3TTRA 3GXAA 4IY6A 4Q5TA 4LP2B 4KI0E 2DE2A 3QUFA 4AB6A 1LCFA 3O2AA 4OFLA 2E1SA 1LCTA 3WAEA 1DTZA 4HCWA 4EXLA 3Q27A 5AA4B 3KBRA 2VD2A 2I0CA 3ODBA 5BWJA 4ELPA 3M3KA 1URSA 3KGCA 3IX1A 5TPAB 3MUQA 2XHDA 1QUIA 1GV8A 3MP1A 1EU8A 4YZZA 4KCCA 4KPTA 3OO7A 1OQGA 1RKMA 2HZLA 4F39A 2HQ0A 2ALUA 3C9HA 3G3FA 1N0TA 5CM6A 4DCYA 3LC8A 1IXIA 2GH9A 1QJMA 3FVOA 4NF8A 1P1WA 2HAVA 3V5AA 2I6EA 4F2QA 3Q29A 1PC3A 1QVSA 1FQEA 2ZYKA 5IKBA 4ZEBA 4R74A 2IA4A 2NVUB 4RNSA 1FQAA 1QW0A 1P1QA 1B32A 4JBZA 2Z23A 1UTHA 1R1NA 3UA8A 3U93A 3VVDA 1VFEA 3PUZE 3K6WA 3PPOA 3O6HA 2DXRA 2XXVA 3U1OA 3EN3A 1LAFE 5AA3A 1J1NA 1B52A 2O69A 4JSDA 4YB7A 3T66A 1EZPA 5DEXA 4IO3A 4XKRA 3SDFA 2XX7A 2H99A 4LZ7A 1Y20A 3OXNA 4F3GA 1DPPA 3MC2A 5B70A 4FIMA 4PE5B 2GRVA 2CMOA 5I58A 3FVNA 4MLVA 4IO5A 1MDP1 3B6TA 3SEXA 3MP8A 3H6UA 3G3GA 1UIVA 4QFPA 2O1LA 3RTWB 1CE2A 3GZGA 4XKNA 1B0LA 3DP6A 1UIUA 4X1DA 3RGYA 2Q2CA 4I1DA 2XX9A 2XXWA 2AYSA 1B6HA 3IAZA 2YPNA 1IZ1A 1SW2A 3N26A 2G93A 3G3IA 1MM7A 4FJPA 2XXYA 2H5YA 4QSDA 2ZMBA 1JNFA 3H06B 4NF4B 3TTNA 4MFIA 2LAOA 1IXCA 4JB7A 1AIVA 1B51A 3PD8A 1XC1A 1A8EA 3P7IA 2QMWA 5DVIA 2P1SA 3MP6A 1SI0A 4KQPA 3UGWA 3KG2A 4F31B 5ICTA 3MPLA 2RCAA 5FTIA 5ITOA 4G8HA 2UYEA 3FVGA 4KHZE 4HTGA 1FCKA 1R9QA 3F11A 5I2NA 2VD3A 2GHAA 4F3BA 3G7WA 4POWA 1A54A 1NNFA 2GFEA 3N6TA 3UK4A 3RLFE 2R71A 3VFJA 2I0BA 4YMAA 2Y7PA 3O6GA 2ZNUA 1QKBA 4DXUA 4FAJA 4GL8A 5EYFA 3RQTA 1MH3A 4F2OA 2B3FA 3V89B 3K6UA 2RCBA 5KDTB 1SD3A 4QSCA 2DVZA 2QS1A 4OQOA 4QFNA 4TLLB 3OMBA 1B4ZA 1SYIA 3KOSA 3FVKA 3PV0E 2QMXA 4YKKA 3V83A 1BP5A 3IK6B 1PEBA 1P99A 1JVYA 4G2ZA 4R6YA 5AA2B 3B7DA 3OSRA 5L9MA 4F3PA 4ZS9A 3TTLA 5TPAA 4NF6B 4ESXA 5LOMA 3SKPA 2DYXA 1MXZA 1YAEA 5KCJB 4MLQA 3H6TA 2DWAA 3EQ1A 4IO7A 1LAGE 1O63A 1FTKA 2XD2A 4GD5A 3ECRA 2PBWA 3O6IA 1MXWA 3JYRA 4EF1A 2ZYMA 1GTKA 2ZNTA 4ECFA 3FV1A 3KJTA 4M1VA 5I59A 3OEKA 3HPIA 2ONSA 2YJPA 4KYEA 2V93A 3PD9A 2PT2A 5I57B 1R9LA 3TTKA 3D4GA 3PMWA 2F7BA 2ABHA 3O29A 3C33A 1OIBA 4FECA 1II5A 1GGGA 3MJNA 4QHQA 2Q89A 4F22A 4F18A 3BFTA 1B5HA 2UXAA 1RYOA 3FV2A 1FTJA 1VSOA 1MPBA 4PFTA 1FQDA 4HS7A 1PBQA 2XXQA 3C31A 3MVYA 4AB5A 4KCDA 2AL5A 3TDJA 3LBSA 4U4XA 5K2YA 5H8HA 3ZKKA 4EQ7A 3T9XB 2V3QA 1XVXA 3C4MA 1FQFA 4NF5B 3BFUA 3FXUA 3SEWA 1DPEA 2F36A 2I3WA 4POXA 2XXRA 3K01A 5CBSA 2XX8A 1Y3QA 4M4GA 2H9BA 4ZEDA 1EZOA 1B7ZA 1B5JA 4YAHX 1NH7A 1OVTA 4NWCA 1KWHA 2F5XA 3ZKLA 1B3FA 2GHBA 3TAJA 4O3AA 3OO9A 3CFZA 4GWOA 4C1UA 3A09A 1S7YA 1T0KA 4OXVA 4KYDA 5H8NB 1PB7A 3O28A 1Z7ME 3IL1B 4GFRA 3RT6B 3KSXA 3FZVA 3VXBA 3MQ9A 2OK2A 1ANFA 1JVXA 5L8DA 5I56B 3DLNA 4XKPA 4WEPA 3B6QA 3VXCA 3IJXB 3HHFA 1XS5A 1ZIUA 1GVCA 3G3JA 3HN0A 2O68A 4H8JA 1TT1A 1H44A 2ESNA 1HSEA 3K1PA 3H03A 1I6BA 1M5CA 1MQHA 1B58A 1VE4A 1L5TA 2FNCA 5F1QA 4ISUA 3A3UA 3TZAA 4LUBA 5FHNA 4DZ1A 4OESA 1I6AA 3PGFA 1MY1A 1PBPA 2X26A 4LZ8A 2NUVA 2OJTA 4OHNA 5JTYB 4E0XA 3D4CA 4NTLA 1SW4A 3LUYA 5H8FA 4R9GA 2O51A 1H43A 2R6GE 5KDTA 3QAXA 3KEIA 1UTBA 2Z22A 5DVFA 2F6PA 1JQFA 3H6VA 3PPRA 2F8DA 4YMBA 1MQJA 1ELJA 5A5XA 2XXPA 2F97A 1A55A 4EXKA 2Y7RA 3THIA 3OO6A 5CC2A 3G3KA 4YKPA 2PX1A 5H8QB 3RUMA 5AA2A 1ZJLA 2F6GA 3I5OA 1H76A 1FQCA 1M5FA 4P0GA 1AL3A 3VVEA 3O97A 5KCJA 2OCUA 5TP9B 4EQ9A 3IB1A 1MPCA 4ZEFA 3E9XA 3VLVA 2X7PA 5DYHA 1H3DA 1US5A 3K4UA 1MXXA 3U94A 4RJZA 4O3CA 2XD3A 3CR9A 3L6HA 4N6PA 5J1DA 1AH5A 4U1OA 1ZBMA 4RPOA 1B05A 2DQVA 4YICA 4MBPA 4GRKA 2XXXA 1SW1A 4RYAA 5CMBA 2DOJA 3AXFA 5FTHA 2RKMA 2NXOA 1I6QA 1OQHA 3TKDA 3HCQA 3TCGA 4GXAA 3FJ7A 4Z7EA 1LAHE 3WAFA 3KN3A 1MXVA 1NKXA 1N7XA 3CVGA 1JEUA 1IEJA 2HEUA 2PT1A 2DE3A 2NOOA 2OLBA 2FYIA 4QFOA 2THIA 3FIRA 1Q1KA 1N04A 4ZZEA 3T9VA 3CSBA 4H5GA 4MH5A 4HW8A 3LR1A 1US4A 1B1XA 4U23A 1ZKBA 4NF5A 4IO4A 4GL0A 1MY4A 2F35A 2O7UA 4LA9A 4LZ5A 4IO6A 2ZYNA 3IB0A 2DP8A 1Y4CA 2V25A 1SI1A 1N3WA 2RC7A 2QJEA 5CI5A 1Z7NE 3IOUA 1B2HA 1MG1A 4N13A 4G68C 2XXUA 1TXFA 3W9VA 3I6VA 2NWJA 5B7DA 4EUOA 3DP8A 2DVCA 2W7YA 3MZ1A 4BLAA 2HAUA 3E3KA 3CG1A 1LFGA 3S9MC 1BIYA 1MRPA 1B0HA 5H8NA 1TWYA 5ITPA 4BDNA 4KD5A 4U22A 2E0SA 4GF8A 4BDOA 4G68A 1P1UA 4OVJA 4OENA 3TEPA 3KN8A 1B3EA 4WEDA 4H67A 2I58A 3PUWE 3N5LA 3TYHA 4WXJA 2ONRA 1OLCA 3FATA 1AMFA 1SW5A 3K6VA 3OD7A 3E4RA 4Q30B 3CSGA 3U8QA 4LQ2A 1B7UA 4NF8B 4F29A 4P11A 2D5WA 4I62A 5AA4A 3QIMA 3QK6A 4JWXA 4LATA 4UACA 1ATGA 4ZEKA 3Q28A 4XKQA 1WVJA 5ELVA 1A40A 1PB9A 4O3BA 2V3TA 1UTHB 3R7XA 5DT6A 1SBPA 2RF1A 5DVJA 1MQDA 2AIXA 3LSXA 2ZXTA 1USYH 4FORA 4GVOA 1O64A 1JW1A 3CG3A 4ELOA 1PDAA 3KFMA 4ESWA 2DWIA 1S50A 2B3BA 4F3SA 1JEVA 4OFJA 2FA7A 2OWSA 5DEXB 3MBPA 2Q8JA 2A5SA 4FE8A 3BKIB 3U72A 1A8FA 3LSFB 1NNKA 4OYVA 4KR5A 3ZS6A 1B5IA 1MY2A 2O1MA 1CB6A 1B3GA 1IQ7A 4FATA 2I4BA 4BDQA 2AL4A 4IGRA 1LLSA 1B7HA 3MPKA 3MZBA 3DP4A 3S9NC 3MZ9A 1SQYA 5FHMA 2DSFA 4GQOA 3FXQA 1Y1ZA 4EDPA 1A99A 4G8MA 3VE1B 4R73A 4E0WA 3N6UA 1ZTYA 4P0IA 1IITA 1IIWA 1SYHA 4ZEIA 3W9WA 3HO7A 2XXHA 3IO6A 3S9EA 4PFUA 1YPNA 2OBGA 4X9TA 1DSNA 1B1HA 2M8CA 4DIGA 3LSLA 1HSLA 4X1BA 1SDXA 3S2VA 1D4NA 1O7TA 3T93B 2Z8FA 5CBRA 5ICQA 4GXSB 3EF7A 3PUYE 3I3VA 4PQJA 5M2VA 4DCXA 1GR2A 1FQBA 2I3VA 3TCFA 3KZGA 5K2XA 4H5FA 3OOAA 3TELA 3SEUA 3K0VA 1YTVA 5I2NB 1DTGA 2Q2AA 3IJOB 4QFKA 3JZJA 4NF4A 4NE4A 1MDQA 2QL3A 1LB8A 1USYE 2A5TB 3EHTA 4ZE8A 3PMXA 3Q25A 1BLFA 1B40A 3QYTA 3VLWA 4JWYA 2VHAA 2F7AA 1M5DA 3PPQA 2XXIA 1FTLA 5I2KB 2G29A 4G8NA 4KFQA 1H45A 3MVWA 4N07A 4PP0A 4TLMB 3PU5A 4C1TA 3H4ZA 5ISUA 1BTJA 1FTOA 2V3UA 4DXBA 4IGTA 3C35A 2PVUA 3MWBA 4R6HA 3H6WA 5HM4B 3GBAA 2DE4A 3KJ7A 2Z8DA 1NFTA 1OMPA 2ONKE 3K02A 1P1NA 4EF2A 2DS9A 4OFOA 3OO8A 4DE8A 1ZMGA 3R6UA 1MQIA 3K1NA 4IY5A 4JXIA 1LB9A 4OEUA 1B3LA 3TMGA 1EZ9A 4RPNA 5FHOA 3HV1A 2RC9A 5L9OA 3RTFB 4DXCA 4OMBA 2VP1A 3TQLA 1LSTA 3FD3A 3T9UA 3SERA 2F34A 2F7CA 5BUUA 5I59B 2P2AA 4Q0CA 1N7WA 1N3XA 3VVFA 3TODA 2UVIA 5HBCA 4R2BA 1Y4TA 1TFAA 1D9YA 1OLAA 1LBCA 1M5BA 2REJA 1YCJA 4NF6A 4U4SA 5AA2D 4XIGQ 3LSWA 1RYXA 1FTMA 4U2RA 4RK2A 3TTMA 4R2FA 3UP9A 4F1UA 4XTCQ 5IAIA 3O66A 1B9JA 1XOCA 1MXYA 3KSJA 5AE4A 3VLUA 4ND9A 5CRYA 3FJMA 3CIJA 3GLBA 4U1ZA 5I57A 4DLDA 4L17A 5H8HB 4UA8A 2QPQA 3PMVA 3IO4A 3PPNA 4FEBA 3DELB 4DDDA 3MVZA 3T96B 2QRYA 3RNNA 1MPDA 1MS7A 4NEDA 3RN8A 4H65A 1IXHA 4WKMA 3TPAA 1QUJA 2D21A 4GOTA 1QUKA 4G4PA 3A3CA 3K6XA 4FEDA 3VV5A 2H98A 4QRZA 3MVXA 4R72A 2CZLA 3ZSFA 5JK4A 3VDFA 2BJJX 2QS3A 1R6ZA 4RA1A 3QXMA 1SVXB 3HHGA 3C32A 4G77A 4BDRA 2ZNSA 3KN7A 4Q8RA 5CMMA 1NNPA 2UVJA 3JV9A 3K1MA 4QFLA 5JEIA 3PPPA 1LBBA 1Y1MA 3RT8A 2O6AA 1D3KA 1LAXA 2F78A 1POTA 3BBRA 4R9FA 4TOZA 3SEYA 1MY3A 3W15C 4C0RA 2PYYA 1NNTA 3MAMA 4KYSA 4I8CA 1Y3NA 3R26A 4OZ9A 4H6DA 5CMCA 2QS4A 3QUJA 2HZKA 3S4UA 5H8SA 4ZDMA 5EHSA 2QS2A 3CFXA 4IO2A 1OVBA 4MF3A 2OZZA 4R6KA 2Y7WA 3O9PA 3SETA 4X48A 3FGSA 4QSEA 2DXYA 2A5TA 3U92A 3OENA 4HCYA 4JWOA 1XT8A 3QSLA 4ZE9A 1AOVA 4H8IA 5HPQA 1VR5A 3M3FA 3CRBA 3E13X 2Z8EA 4OETA 1PB8A 5I56A 4OERA 3L6GA 5H8FB 5I2KA 3ILUB 3ONMA 4NWDA 4YKIA 3S9LC 1QULA 2HCAA 1JW4A 2DWHA 5KZTA 3M8UA 1IUDA 2Q88A 1UTBB 3T9HB 4OTEA 3UORA 1BKAA 1F9BA 2UYFA 4I9DA 2Y84A 2REGA 3KOTA 5A5XB 1URGA 2I4CA 1QKAA 1HSJA 1TFDA 2ANJA 2Y7KA 2YLNA 5JTYA 4H0WA 3EHSA 2R9JA 4XXUA 4OEVA 4Z0IA 4THIA 2DWJA 3ILTB 3H3GA 1S9TA 1B4HA 3PUVE 2KLFA 4RK9A 2Q9TA 3MW0A 1DMBA 2RC8A 3SEVA 3UN6A 3SESA 3T22A 3V8XB 4K3FA 4YB6A 4QF9A 2UVHA 5DTBA 4R75A 4LQ5A 1MXUA 1DOTA 3FUZA 3OELA 2VOZA 1N76A 3IOWA 2I48A 4ELQA 4PETA 2X7QA 1WODA 5H8QA 1VFDA 3CFLA 1WDNA 2I49A 5I58B 4LONB 3H7MA 3HSTA 3PUXE 4EQBA 1JETA 2Y7IA 2OWTA 1MM6A 4TQUQ 3CI8A 2HXWA 4RXLA 1M5EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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