2OWTA

Crystal structure of bordetella pertussis holo ferric binding protein with bound synergistic carbonate anion
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
319
structure length
315
Chain Sequence
SDEVSLYTTREPKLIQPLLDAFAKDSGIKVNTVFVKDGLLERVRAEGDKSPADVLMTVDIGNLIDLVNGGVTQKIQSQTLDSVVPANLRGAEGSWYALSLRDRVLYVEKDLKLDSFRYGDLADPKWKGKVCIRSGQHPYNTALVAAMIAHDGAEATEKWLRGVKANLARKAAGGDRDVARDILGGICDIGLANAYYVGHMKNAEPGTDARKWGDAIKVVRPTFAGGTHVNISGAAVAAHAPNKANAVKLLEYLVSEPAQTLYAQANYEYPVRAGVKLDAVVASFGPLKVDTLPVAEIAKYRKQASELVDKVGFDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anion-dependent hinge motion in ferric binding proteins
rcsb
molecule keywords Putative iron binding protein
molecule tags Metal binding protein
source organism Bordetella pertussis tohama i
total genus 107
structure length 315
sequence length 319
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2owtA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2owtA02
3K1NA 2DXRA 3C36A 3CG1A 4OERA 1B5IA 4PQJA 3Q25A 4G8MA 3C32A 3A09A 1PEBA 2PYYA 1B40A 3ILTB 2R9JA 3HV1A 5TU0A 4POWA 1Y3PA 4NF5A 2XXWA 1SI1A 1SYIA 3O6GA 2OZZA 1MY3A 4KI0E 2DVZA 2ZNUA 1B1XA 1YTVA 1MRPA 3G3KA 1MQIA 3I3VA 2ZXTA 5ELVA 1B3GA 3QUFA 2QS4A 2F36A 3CVGA 4MLVA 3TQWA 4RA1A 5JEIA 5TPAA 2D5WA 4R73A 5I84A 3JYRA 4G68A 3EHTA 4OYVA 3RN8A 3UGWA 4IY6A 4F1VA 3IL1B 2YJPA 4RPOA 4F1UA 3P7IA 2P2AA 1P1OA 3CI8A 1LAXA 3VLUA 4F3SA 4RNSA 3ILUB 4JDFA 4FECA 4PP0A 5I57A 2ZYMA 3CFLA 2DVCA 2O1MA 1N76A 4NF6B 1LBBA 1OIBA 5I59B 4JWXA 1A8EA 2HFBA 3JV9A 5CBRA 5H8NA 1TT1A 3OEMA 1P1UA 4ZEFA 4FIMA 3T93B 3RTFB 2F78A 1URGA 4JWOA 3HN0A 4LATA 5EHSA 3KJTA 1OLAA 1POY1 1ZMGA 2F7AA 2HAVA 1H44A 1B52A 1B46A 3PMXA 5CMMA 4MF3A 3W9VA 3B6TA 3SERA 1N04A 2XXQA 1JQFA 2QMWA 4JSOA 4QFOA 3TTKA 1JW4A 1B7UA 3F11A 3OENA 2GFEA 4R9GA 2I0CA 1JEUA 1QKBA 3RUMA 4EDPA 3PD9A 5HPQA 3IB1A 3HHFA 1CB6A 2HZKA 3H6VA 4GVOA 2QS3A 3TMGA 3CFXA 5TP9A 1BP5A 1FQBA 1UIUA 2RCAA 4QFKA 4BDQA 1FTMA 2X26A 3T22A 1P1QA 1ZU0A 1SBPA 1IXIA 4QFLA 3EHSA 3E13X 4YKPA 4F3PA 4Z0IA 3ONMA 4IY5A 1LAFE 2XXIA 1NKXA 5DVFA 4DCYA 4HW8A 4NF8A 3K4UA 4IGTA 4F39A 2CZLA 1QKAA 4QFNA 1F9BA 4BDMA 2IA4A 3VFJA 2F8DA 4KYDA 2GRVA 3H6TA 4H1XA 3ZKKA 5AA2A 4Q0CA 5ICTA 1MG1A 3CG3A 3MP1A 2UXAA 3ZKLA 4ZEKA 4NF4A 1M5DA 1OQGA 4YZZA 1IXCA 2FA7A 3T96B 4P0GA 2Y7IA 1B51A 3C33A 3DP8A 3PUWE 5AA1A 1YCJA 2RINA 3TODA 4OQOA 4FATA 3FGSA 1MY1A 4U1ZA 4E0XA 3K01A 3UA8A 2DE2A 4DCXA 5H8FA 3MP8A 1B7HA 1B58A 4XIGQ 1IUDA 1XC1A 3GXAA 2I58A 2O7IA 2Q88A 1IIWA 4F1YA 4EUOA 3Q27A 4PFYA 4RY1A 1RYXA 3BBRA 3EQ1A 3OO9A 3RGYA 4X48A 2X7PA 5H8QB 5CC2A 1QUIA 4YMAA 3E3KA 1B3HA 1PDAA 2HAUA 2CMOA 4F2OA 1D4NA 3U93A 4YB6A 4F19A 1MH4A 2Z23A 3RY3A 3LBSA 2OJTA 3PUYE 4LZ5A 3FATA 4I8CA 4DE8A 1M5CA 3C31A 3FIRA 1B3FA 3D4CA 3CSGA 3WAEA 3M3LA 3HPIA 1PC3A 5L8DA 3PMVA 4C0RA 3CR9A 2PBWA 5CMKA 2O6AA 4IO2A 4LZ7A 2AL5A 2Q9TA 2ZMBA 1Z7ME 2FYIA 2QPQA 4ZEIA 3LUYA 3M3FA 1SQYA 4FORA 4N07A 1I6QA 4RYAA 4U1OA 4F3GA 4PFWA 5I2NA 3HCQA 4YKKA 5H8HB 2DSFA 2O51A 1XOCA 2Y7WA 5CRYA 3TTLA 3KN7A 1P1NA 1UTBA 5KZTA 1B5JA 4ND9A 2ONRA 4GL8A 4DXCA 5F1QA 2Z22A 3UORA 1MY4A 2REJA 4O3CA 4KCDA 3SDFA 3FV2A 2H4IA 3TAJA 2XX9A 3PUXE 4YKIA 2Q8JA 1DPEA 3O66A 4RPNA 3TCHA 4ZS9A 4HTGA 4I1DA 3HSTA 1EZPA 5CBSA 3QAXA 3MUQA 1A40A 3DM0A 4C1TA 1B32A 4R9FA 2ONKE 4OWDA 4H0WA 1LCTA 1MH3A 4I62A 3IOWA 1BLFA 2VP1A 2V25A 5AE4A 2DWJA 1GGGA 1I6BA 4NF5B 1MPCA 3JZJA 3TELA 3K6VA 1FQDA 3T9HB 1P99A 1PBPA 1ANFA 1IQ7A 3THIA 1JNFA 1NMUA 4LQ2A 4OESA 1BKAA 3DLNA 4XKNA 4NEDA 4Z7EA 3FVKA 3PPNA 2NXOA 3S9EA 2F35A 2H99A 4YKJA 5AA3A 4EF2A 3VDFA 5TPAB 2NUVA 5DEXB 3HO7A 3EF7A 4I9DA 3VVFA 4MFIA 3TYHA 2G93A 3H7MA 1IXGA 3O97A 3VVDA 3FV1A 1Y9UA 4ZE9A 5I56A 3MZ1A 2Z8DA 1TXFA 1ATGA 4BLAA 3QSLA 3IO4A 1S7YA 1WODA 1Y1ZA 1JVXA 1Y3NA 3SKPA 4OHNA 3ZSFA 2ESNA 1Z7NE 1Y1MA 3K0VA 2DOJA 2F6GA 1B1HA 3TEPA 4H5GA 3MC2A 2E0SA 5H8NB 1Q1KA 3MJNA 2DE3A 3RT8A 3IR1A 4U2RA 2RC8A 1LAHE 5EHMA 3KBRA 4TQUQ 4KQPA 1SVXB 1R9LA 1B0LA 1FQAA 2ZYOA 2RC9A 3CIJA 4MH5A 1O7TA 1SW1A 3BFUA 4F31B 1FTJA 2O69A 4O3AA 4IO7A 1OQHA 1L5TA 3KN3A 4OTEA 4U22A 1ZKBA 1O64A 4KPTA 4OZ9A 1DPPA 4ELRA 2H5YA 5TP9B 2RC7A 1B0HA 5DEXA 3VXBA 2I3VA 3RQTA 3WAFA 5DYHA 4WEDA 4IO3A 3TTMA 1PB7A 1MXYA 2XXPA 3AXFA 1B9JA 5I2KB 1B4ZA 3QK6A 1POTA 1LSTA 1ZBMA 4NF8B 1XS5A 1DOTA 4TOZA 4GD5A 2ZNTA 1M5BA 1QVSA 1ZJLA 2PT2A 3PD8A 3K6WA 2I48A 3PMWA 3IK6B 1LB8A 4R2BA 2R6GE 2H25A 3TZAA 1LGBC 5KCJA 3C9HA 1TFDA 4HS7A 5AA2B 3D4GA 1GVCA 4ESXA 1PB9A 1MQDA 1XVYA 3KG2A 2DXYA 4NF4B 4PFTA 1M5FA 2B3BA 1Q35A 3TCFA 3SEWA 1OLCA 2KLFA 1LFIA 5CI5A 3PUZE 4JXIA 1ZIUA 3QIMA 1MDQA 3B6WA 4GFRA 1XVXA 3VLWA 1AL3A 3PUVE 3Q26A 5H8FB 1R1NA 3N5LA 2V93A 5B70A 3KFMA 2AL4A 5DTBA 1GTKA 4ELOA 1YPNA 2Q2AA 2QS1A 2F6PA 1NNPA 1R9QA 4GXSB 5FTIA 3M8UA 2AYSA 4OEVA 4OVJA 3PPRA 1MS7A 4Q5TA 3FUZA 5BUUA 4GL0A 2VHAA 4GWOA 4OFLA 4LUBA 3TTRA 5I2KA 3U8QA 1JEVA 2Y7RA 4Q30B 4R6YA 1DTZA 1KWHA 4L17A 3GZGA 1DTGA 1DMBA 3TTNA 2QS2A 4R6HA 1FQCA 4F3BA 1SW5A 3MP6A 1H43A 2XXRA 4OETA 2QL3A 1FCKA 3G3FA 4BDNA 3R26A 3TPAA 4U23A 2V3QA 3FD3A 2XHDA 4H6DA 1YAEA 3SEYA 4LA9A 1Y3QA 1LFGA 5AA4A 3IOTA 4E0WA 3K1MA 1LAGE 1M5EA 2P1SA 1XT8A 1OVTA 3U92A 1AH5A 4QF9A 2VD3A 3R6UA 2ZNSA 5I2NB 4LZ8A 2HZLA 4ZDMA 5JTYA 1GR2A 3RPWA 2DWAA 4H65A 3MZ9A 1UTBB 2XXUA 3FVOA 2GH9A 3N6UA 1Y4TA 3CRBA 3MVWA 3OO7A 2UYEA 3PV0E 3QYTA 1MDP1 4RK9A 5H8SA 3N94A 3LSXA 3A3CA 3KN8A 2XD2A 3MBPA 2XXXA 3EPEA 3N26A 1ZLQA 3OMBA 3PPOA 3TUSA 2YLNA 4M4GA 3O2AA 3FVNA 4ELPA 4ZEBA 4FE8A 4DZ1A 2XD3A 1H76A 1UTHA 3W9WA 4AB5A 4IB2A 4MLQA 1IZ1A 1FW0A 5K2YA 5I58A 2BJJX 3OEKA 2I6EA 3TFLA 1A55A 5KDTA 2WKYA 4DXUA 3FXQA 3GBBA 4FEBA 4DLDA 4C1UA 1US4A 1PBQA 5ICQA 1AIVA 1LFHA 3N6TA 1NL5A 3H6UA 4ZZEA 1J1NA 1EU8A 4IGRA 3GLBA 3OELA 3OSRA 2B3FA 4R2FA 5FTHA 2HCAA 5AA2D 5A5XA 3VXCA 4U4XA 2X7QA 5FHNA 4KCCA 1S9TA 4KYSA 1JW1A 1UIVA 1SD3A 2AIXA 1LB9A 4X9TA 5I56B 1H45A 3PU5A 4R74A 1URSA 4YICA 3G7WA 3T9XB 1VR5A 2V84A 5ITPA 3OSQA 4NE4A 3FXUA 2REGA 1MPBA 5HBCA 3ECRA 3VVEA 3A3UA 3I6VA 4NTLA 5JK4A 4BDLA 4AB6A 4NWDA 3V89B 1NH8A 4UA8A 3SESA 3BKIB 1WVJA 3LSWA 4U21A 1FTOA 3O28A 4Q8RA 4QSDA 3IB2A 3SEXA 1UQWA 1A54A 1ZTYA 3H03A 5DVJA 4XXUA 2V3TA 1OMPA 2OLBA 2B65A 4K3FA 4YMBA 1LLSA 2HQ0A 2VD2A 1B3LA 4BDOA 2M8CA 3KGCA 4WEPA 1XHYA 1I69A 3E4RA 4XKPA 3MVXA 2DWHA 1N7WA 1B3EA 3K2DA 4POXA 2Y84A 4PFUA 3IORA 3LC8A 4XKQA 4YB7A 2YPNA 3T9VA 1RKMA 1B6HA 2A5TB 3LR1A 3PGFA 3MWBA 4ESWA 3T66A 1B05A 2PX1A 1LCFA 1TWYA 3KOTA 4ECFA 2HXWA 3EHUA 3V5AA 3FJMA 4MBPA 1B2HA 3VV5A 1SW4A 4XKRA 4GF8A 1SYHA 1GV8A 3KZGA 1S50A 3RTWB 5KCJB 3MW0A 2QRYA 1A8FA 4OMBA 1O63A 2D3IA 2UVGA 3MPLA 4H5FA 1MXZA 3O6IA 2ALUA 3TCGA 4PETA 2Y7PA 5K2XA 3IX1A 3VLVA 1Y4CA 4GOTA 1P1WA 3K1PA 3S2VA 3KOSA 4QFPA 3K6UA 1USYH 1NNKA 4QHQA 4LQ5A 3S9LC 3R7XA 4FAJA 2DP8A 2I4BA 3T9UA 2XXYA 3OO6A 1A7LA 1Y20A 1VFEA 2VOZA 3OOAA 3KSJA 2Z8EA 5M2VA 1MXXA 2G29A 3IOVA 2OWTA 2O7UA 4AQ4A 5CM6A 5J1DA 3IAZA 3S9NC 3MVYA 4F18A 2RF1A 1QJMA 1BIYA 5HM4B 3C34A 1D3KA 4OEUA 2A5TA 3H6WA 3W15C 4FEDA 2XX8A 4IO5A 1CE2A 1B7ZA 3RT6B 4P11A 3QXMA 4DDDA 4EQ9A 1FQFA 4RJZA 4GQOA 4OFOA 3MVZA 3ZS6A 3KJ7A 1R6ZA 5EYFA 1EH3A 2D21A 4KFQA 3M3KA 4R72A 3TKDA 4KD5A 2O84X 4HCYA 3UIFA 5AA4B 5CMCA 3V83A 1MXUA 3FJ7A 4WXJA 3U1OA 2F34A 4M1VA 1N3XA 2DYXA 2R71A 2OBGA 1TFAA 2FNCA 3DP4A 5JTYB 5CMBA 3QUJA 2OWSA 4G8HA 3B7DA 3LSLA 1HSJA 1QUKA 4EQ7A 2QJEA 3CSBA 2GHBA 3LSFB 1VFDA 3E9XA 3O6HA 1QW0A 1D9VA 2Y7KA 1IXHA 4QRZA 1VE4A 5F7VA 2PT1A 3EN3A 1QULA 1H3DA 2DS9A 3G3IA 3U94A 3MZBA 3S9MC 4PE5B 4H8IA 3H3GA 2XX7A 2RCBA 4LONB 1IEJA 4O3BA 1N3WA 3UK4A 3SEVA 4ISUA 1JVYA 2ANJA 4HCWA 3MAMA 5L9MA 3KEIA 4IO4A 1NH7A 1UTHB 2E1SA 2THIA 2OK2A 4KHZE 3RNNA 3UP9A 5I58B 4R75A 1MY2A 2RKMA 4TLMB 3O9PA 5KDTB 4G2ZA 1MQGA 1T0KA 4H8JA 1SW2A 3KSXA 4YU0A 5ITOA 4NF6A 5I59A 3FJGA 3C35A 1MQHA 3S4UA 4GLIA 4G68C 2XXVA 4THIA 2F97A 2H98A 5A5XB 4EF1A 4DIGA 3MPKA 5L9SA 1HSLA 4JB7A 5IKBA 1AMFA 1JW5A 1SI0A 2O68A 1RYOA 4G77A 3MQ9A 3L6HA 3USDA 1B4HA 5DVIA 4ZEDA 3ODBA 4X1DA 3H06B 4YAHX 1AOVA 4JWYA 2PVUA 3L6GA 1NNTA 2IEEA 1EZ9A 5L9OA 2I49A 1SDXA 3GBAA 2I4CA 4EQBA 2DQVA 2ONSA 1B5HA 1JETA 2DWIA 3I5OA 4N6PA 2Z8FA 2Q2CA 4IO6A 4NMYA 2UVIA 4YB5A 4OFJA 3RLFE 2ABHA 3H4ZA 4ONYA 4EXLA 1VSOA 3G3HA 3TQLA 1IITA 2Q89A 1HSEA 2P0SA 3OXNA 2A5SA 5B7DA 3BFTA 1USYE 3K02A 2GHAA 2O1LA 4QSEA 4JSDA 3V8XB 4BDRA 1MY0A 1WDNA 4F2QA 4ZZAA 1URDA 1BTJA 1FTLA 1PB8A 2LAOA 2H9BA 3IJXB 1LBCA 3OO8A 4G4PA 2UYFA 4ZECA 1MPDA 2XXTA 3B6QA 4R6KA 1MQJA 4WKMA 2F5XA 2DE4A 3G3JA 4ZE8A 4N13A 3Q29A 3PPPA 5IAIA 5FHMA 2OCUA 3IJOB 4H67A 1NNFA 4U4SA 1II5A 1MM6A 3IOUA 2QSXA 1D9YA 3U72A 2F7CA 2HEUA 3K00A 3K6XA 5H8QA 3IO6A 2I3WA 4OXVA 3DELB 3HHGA 4LP2B 4DXBA 5FHOA 3OD7A 4F22A 4TLLB 1FTKA 4LVQA 3C4MA 1MM7A 5BWJA 1DSNA 5DT6A 4KYEA 1N84A 4X1BA 3O29A 3IB0A 4GIZA 2I0BA 3CFZA 4RK2A 4RXLA 1US5A 3DP6A 3G3GA 5LOMA 3FZVA 3SEUA 3TDJA 3FXRA 1A99A 1FQEA 4ELQA 4OENA 1MXVA 4P0IA 2V3UA 4NWCA 2F7BA 3UN6A 3PPQA 2NOOA 1QUJA 4QSCA 4GRKA 2NWJA 3VE1B 4G8NA 3FVGA 1EZOA 3SETA 4GXAA 2ZYKA 4UACA 2XXHA 5H8HA 1N0TA 4G68B 2NVUB 2PMSA 3Q28A 2ZYNA 2VGQA 4FJPA 5ISUA 2QMXA 4KR5A 1MXWA 2UVJA 1OVBA 4JBZA 4EXKA 2UVHA 4XTCQ 3FASA 5I57B 1ELJA 1N7XA 4F29A 2W7YA 1I6AA 1NFTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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