The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
42
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sequence length |
247
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structure length |
247
|
Chain Sequence |
MKNSVSVDLPGSMKVLVSKSSNADGKYDLIATVDALELSGTSDKNNGSGVLEGVKADASKVKLTISDDLGQTTLEVFKSDGSTLVSKKVTSNGSSTEEKIIIDGIIIEKIITRADGTRLEYTGIKSDGSGKAKEVLKGYVLEGTLTAEKTTLVVKEGTVTLSKNISKSGEVSVELNDTDSSAATKKTAAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTSSNTITVQQYDSNGTSLEGSAVEITKLDEIKNALK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Outer surface protein A
|
| publication title |
beta-Strand Flipping and Slipping Triggered by Turn Replacement Reveal the Opportunistic Nature of beta-Strand Pairing
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Borrelia burgdorferi
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| molecule tags |
Membrane protein
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| total genus |
42
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| structure length |
247
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| sequence length |
247
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-02-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | C1 set domains (antibody constant domain-like) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Outer Surface Protein A; domain 3 | Outer Surface Protein A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1P4P A; 2OY5 O; 5B10 O; 3CKG A; 2OL6 O; 2OL7 A; 3EC5 A; 2FKG A; 2I5Z O; 2OL8 O; 2HKD A; 5B2A O; 2OY7 A; 3CKF A; 5B11 O; 2I5V O; 5B3M O; 2FKJ A; 2G8C O; 1OSP O; 3AUM O; 2OY1 O; 1FJ1 E; 2PI3 O; 2OY8 A; 2AF5 A; 2OYB O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QFV A; 2G78 A; 1U18 A; 4O4O A; 4DQ3 A; 1ERX A; 2BT9 A; 1FTP A; 4BX6 B; 3WZP A; 2RTD B; 1VWL B; 3WBG A; 5EED A; 5FQ8 E; 1BBP A; 3VU1 A; 4GGZ A; 2G8C O; 1JQP A; 1X8P A; 2G5L A; 4TLJ A; 3UEX A; 1B56 A; 4QZU A; 3JSQ A; 4RUU A; 3HWG A; 2R73 A; 3F9D A; 1VQ8 E; 4Y0S A; 2KTS A; 3VG2 A; 4WCE E; 1CRB A; 1W4T A; 2OFB A; 3MG5 A; 4GE1 A; 2G7B A; 1P4P A; 1RXK A; 3C78 X; 3P6D A; 5HZQ A; 5AEO A; 4WF9 E; 1BLR A; 3FEN A; 3BRN A; 4XMF A; 1VQK E; 1X8O A; 4ZCB A; 4I3D A; 1LDQ A; 3KQ0 A; 4NNT A; 3CPW E; 3NX2 A; 1E2T A; 1TVQ A; 1WBI A; 1YWB A; 4TKJ A; 1QY1 A; 1TOU A; 1VQO E; 2X45 A; 2CZT A; 2N93 A; 4IOC E; 5KID A; 2RQ0 A; 4CDD A; 3IGE A; 4BJ8 A; 1ZRY A; 3K3L A; 2X32 A; 1YI2 E; 5BVS A; 1X8N A; 4FBR A; 3P6G A; 4DNE A; 1CBR A; 1I05 A; 4BVM A; 2Q9S A; 2WWP A; 4N7C A; 1O8V A; 2YG2 A; 1SWD A; 1ADL A; 1LIC A; 1SWA A; 1Y52 X; 3KFF A; 4I9S A; 1SLF B; 1DF8 A; 1KT7 A; 5FFH A; 2MF6 A; 2WQA E; 4IO9 E; 2R74 A; 3X00 A; 3STK A; 2FGS A; 1QG5 A; 4Z2V A; 2RTQ B; 2OTJ E; 4YKO A; 1Q86 G; 1STR B; 2LBV A; 4YGG A; 1VQ7 E; 4YVB A; 3TGC A; 1URE A; 1VYO A; 3EYC A; 3APW A; 1X89 A; 1K9M G; 3T6F A; 2C1Q A; 3NQK A; 3P24 A; 5HTD A; 1X8U A; 3FR4 A; 5B29 A; 1TW4 A; 3PDF A; 1JYJ A; 1VWO B; 1SRI A; 4HWM A; 4ARH A; 2Q39 A; 1VWA B; 1SWT A; 3NQ9 A; 1LEL A; 4MEE A; 2RTI B; 5B2A O; 3RDS A; 2FS7 A; 4Y5D A; 4FBV A; 1QY2 A; 4IB7 A; 3WZQ A; 4CK4 A; 3DSZ A; 4JGL A; 4KC8 A; 5D45 A; 1VQ9 E; 1P6P A; 3CCL E; 2RD7 C; 3SLT A; 1B8E A; 1BJ7 A; 4Y59 A; 1Y9T A; 5JVG E; 4YGH A; 3VHI A; 3VHH A; 2OY7 A; 5L8I A; 4XMH A; 3F6Z B; 2OVA A; 3O19 A; 1M1K G; 1KT4 A; 3VE2 A; 3CXC E; 4AZQ A; 1XKI A; 1OPA A; 2C1S A; 4D6A A; 1DZM A; 1SWC A; 3PH5 A; 2AVI A; 4Z27 A; 3WOV A; 1T8V A; 2AL0 X; 2F01 A; 1AQB A; 5H8T A; 1LCV A; 3P6H A; 4K19 A; 5EDB A; 1HXL A; 4CPH A; 1U17 A; 5EDC A; 5AQ6 A; 2FLJ A; 5AJB A; 1SRG A; 1ZNK A; 4NYQ A; 5HCC C; 3WZN A; 5LJD A; 5LJH A; 1YP7 A; 3HWF A; 1FDQ A; 4YCH A; 4GJV A; 4EDE A; 5IO5 A; 4QGV A; 4I60 A; 3PQS A; 1MK5 A; 1SY2 A; 5GAD G; 3VG6 A; 3WJF A; 4YFP A; 4ID2 A; 3KZA A; 2QEX E; 1MDC A; 1HBP A; 4JHQ A; 1VQ5 E; 1VQN E; 5HZ5 A; 4UY8 G; 3FA9 A; 3CD6 E; 2IZD B; 2DJG A; 1KL5 A; 3CQR A; 5AN9 B; 2WEX A; 5IRW A; 1VWE B; 3PED A; 2FWV A; 4GKC A; 4LZU A; 2HLV A; 2CQL A; 4ZH6 A; 3C77 X; 1B4M A; 1IW2 A; 1ZNH A; 1HMS A; 3NR3 A; 3E3C A; 3VG5 A; 3FLL A; 1CBQ A; 2XST A; 3FR2 A; 3FA7 A; 5B11 O; 2OZQ A; 2Z4I A; 4QYP A; 2RTM A; 3DTQ A; 3T2X A; 2OY1 O; 1YJW E; 5HA1 A; 2BS6 A; 1YUP A; 4BOE A; 3UEU A; 1KQW A; 4ORS A; 4ZHD A; 4IOA E; 1O1U A; 1PEE A; 2JU8 A; 4GD9 A; 2A5B A; 4YBU A; 4ZHG A; 3TZS A; 1DZP A; 2PI3 O; 4NYR A; 1G85 A; 1ZNL A; 5H9A A; 1LNM A; 3CCQ E; 4AW8 A; 4Z2O A; 4HPB A; 1Z24 A; 4MIS A; 2FHL A; 1SWS A; 1X71 A; 1BSO A; 1LIF A; 1AVE A; 1XCA A; 3HOE A; 2HMB A; 4ZR2 A; 3NPO A; 5H9L A; 4NNS A; 1X8Q A; 3BU1 A; 2MJI A; 3HWE A; 3PQU A; 4HPA A; 2OL8 O; 3IFB A; 3F8A A; 2RCT A; 1N8R G; 2FRS A; 1RLB E; 4CDE A; 4CSB A; 1A3Y A; 2RTC B; 4XMD A; 4UU2 A; 4ON1 A; 5H1S I; 5HAE A; 3BU9 A; 3RDO A; 3CCV E; 4WFB E; 3G7X A; 4EEJ A; 3B2I A; 1EPB A; 4EKV A; 3Q34 A; 5LJG A; 1K8A G; 3ZW2 A; 1QVG E; 2QOM A; 3OBL A; 1G74 A; 1W6F A; 3WYQ A; 5F7G A; 1HMT A; 1RSU B; 3CCJ E; 1I06 A; 2FTB A; 1UYO X; 3NP1 A; 3EW1 A; 3P02 A; 3SAO A; 3PPT A; 2HZR A; 5FEN A; 2BC3 A; 4QYN A; 2MHD A; 5B5F A; 3BS2 A; 5HL7 E; 2ZSC A; 2A3F X; 1JJJ A; 3WJB A; 1SWB A; 5C0N A; 2W2A A; 3U03 A; 4WFN E; 4L3R A; 1Q7Y G; 4OS3 A; 4KC7 A; 1QFT A; 4OEL A; 1OEJ A; 1KT5 A; 1KT6 A; 4FGI B; 4NLJ A; 2RTB B; 1JYD A; 2JU7 A; 2M4L A; 1EII A; 4GK9 A; 3PEC A; 2X4M A; 1VWR B; 1B0O A; 2BS5 A; 3B2K A; 1ML7 A; 1CBS A; 1GX8 A; 3RDQ A; 1HY2 A; 1FEL A; 3VE1 A; 2LBA A; 3N91 A; 2L9C A; 5HWZ A; 4PSQ A; 1GM6 A; 1N7Y A; 1SMP I; 2BLG A; 2HYS A; 1PMP A; 2JU3 A; 1TOW A; 1QY0 A; 3PK2 A; 3WJG A; 5DPQ A; 4CPH B; 3VG4 A; 3P6E A; 4QGX A; 4TKB A; 1IKE A; 1NP4 A; 4YMY A; 2OY5 O; 2ALL X; 1N0S A; 2NNQ A; 5F2B A; 1GKA A; 2ZJR E; 1LKE A; 1A57 A; 2OTL E; 1NQN A; 4CPF A; 1ZNE A; 1TXL A; 1GT3 A; 1SWL A; 4ORY A; 1PBY A; 2RTG B; 4M6S A; 3HK1 A; 4BX5 A; 1K3B A; 2IZB A; 1KL3 A; 4ML7 B; 2E4J A; 1EQD A; 4PJ2 A; 3DLL E; 4M7M A; 3CWK A; 1IFB A; 5H9N A; 2AT8 X; 2LFO A; 4YDB A; 2QCB A; 1MM9 A; 3WYP A; 2FT9 A; 1E5P A; 1OEK A; 1YJN E; 2UZ2 A; 4I3C A; 3FR5 A; 3B2J A; 2QM9 A; 4A60 A; 5DM7 E; 1KQS E; 1AEL A; 4EXZ A; 5KHP A; 3VG7 A; 1GX9 A; 5BVT A; 3CQN A; 3KFG A; 1K24 A; 1W5R A; 4OEM A; 3CR6 A; 5B5G A; 1HN2 A; 3CBS A; 2W2F A; 2C4I A; 3H3I A; 1EAL A; 2MWH A; 1VWN B; 1VYF A; 1A18 A; 4ORW A; 5D8J A; 3QKG A; 1SWE A; 1KZX A; 3GE2 A; 2NNE A; 3OW2 E; 4ZGU A; 1KXO A; 3NBX X; 5K68 A; 2RTL A; 2AT3 X; 4GGR A; 3SZI A; 1MUP A; 5HCE C; 5DM6 E; 3FEK A; 1K73 G; 1S44 A; 5EPQ A; 1SY3 A; 1Q82 G; 3FW4 A; 2A0A A; 5IXG A; 3GAQ A; 2OFR X; 4LQZ A; 4GRJ A; 4N7D A; 3KFH A; 5EZ2 A; 1KT3 A; 1AB0 A; 4Y0R A; 3JS1 A; 1S7D A; 3ZW0 A; 4O3Y A; 4CPI A; 3WJC A; 3RDU A; 2IZJ A; 1SXU A; 5B3M O; 4ZFX A; 3LHN A; 3WJE A; 1CJ5 A; 3RBY A; 1GT5 A; 3EBW A; 3STM X; 1LID A; 1GXA A; 3UEV A; 2AT0 X; 1WUB A; 4YFR A; 5F1E A; 4OMW A; 3CF5 E; 1VQL E; 4D6B A; 1HXZ A; 3FID A; 2KT4 B; 2JN3 A; 3J7Z G; 1LPJ A; 4YBP A; 3I0A A; 1JIW I; 1MX7 A; 2X8F A; 4B55 A; 3CC7 E; 3OJY C; 3PIO E; 5HZ9 A; 3RDX A; 4QAE A; 4KCA A; 2AT6 X; 4IB9 A; 4HFO A; 1SWR A; 4QGW A; 4TQ2 A; 2DJF A; 2HNX A; 3RKG A; 1JJU A; 1SRE A; 4YH0 A; 3ZUO A; 2GH7 A; 1BSQ A; 4YDA A; 1HQQ A; 3BLG A; 3UEW A; 5BYP A; 4IB8 A; 4WFU A; 1N4J A; 2X8T A; 1KL4 A; 2LKK A; 2BHV A; 5HTE A; 2K62 A; 1N9M A; 1G5W A; 4GH7 A; 1LDO A; 1YP6 A; 1JJX A; 4LKP A; 3FDC A; 1SRH A; 4GNW A; 1R0U A; 1UYN X; 1LF7 A; 4RUN A; 1GKA B; 3O22 A; 2CAM A; 4GJS A; 1VWH B; 1QAB E; 1JMZ A; 2JOZ A; 3STN A; 2X34 A; 5HZ6 A; 4KH8 A; 1DC9 A; 3VPJ E; 3VGW A; 5MLC H; 1IFC A; 1JV4 A; 2OVD A; 3NQ3 A; 1YWC A; 4AYH A; 1AVD A; 2OVS A; 1T68 X; 4BX5 B; 3TGB A; 2IZE B; 5AJC A; 3AKM A; 4MVL A; 1STS B; 3WJD A; 2AKQ A; 3FA8 A; 4JNJ A; 1SY0 A; 1SWO A; 3BX8 A; 4TJZ A; 1Y9L A; 2CM9 A; 1YJ9 E; 1CBI A; 2WUT A; 2HZQ A; 4QNI A; 5F58 A; 3SLO A; 3G4S E; 5IRU A; 4I9R A; 4CPE A; 2ZJQ E; 1IJ8 A; 4NP1 A; 2FHN X; 4UU3 A; 2AT5 X; 4Y0P A; 1FEN A; 2ACO A; 2IZI A; 5CHK A; 3AEH A; 3MM0 A; 1I04 A; 4Z6J A; 1NDJ A; 4GZV A; 2NP1 A; 1VWQ B; 5CSE A; 3P6C A; 4ORR A; 4YGZ A; 1SY1 A; 3CKF A; 1GX3 A; 2ZAG A; 3BSZ E; 4KII A; 2W2B A; 3ZUI A; 4U8U O; 1JBH A; 5HZ8 A; 1VWM B; 3ZW1 A; 3WZO A; 3APU A; 4FBO A; 1E02 A; 2IZA A; 2I5V O; 1STP A; 4QRL A; 1EI5 A; 2A5C A; 1SWU A; 4EQA C; 1NJI G; 2IZL B; 1SLD B; 3AUM O; 4LKT A; 3PP6 A; 1T0V A; 4O3W A; 3CKG A; 2OL6 O; 1JMX A; 3Q6L A; 1A2D A; 3OE3 A; 1KGL A; 1SWP A; 2X55 A; 3SOT A; 1ICN A; 4LZV A; 3T1D A; 2RTR B; 2WEW A; 4IMN A; 2RTP B; 3T6L A; 3ZQ3 A; 4BQU A; 3CMA E; 5F6Z A; 1LIE A; 3ZW0 B; 4EFG A; 3IG9 A; 2KD2 A; 3FIQ A; 4IAW A; 3TGA A; 2F73 A; 2QO6 A; 5H9K A; 2GTL M; 3LV4 A; 5BVQ A; 2CBS A; 4U46 A; 1D3S A; 3QQ2 A; 5LJB A; 3CCM E; 4YKM A; 2UYW A; 3ELZ A; 3ZZV A; 2RTO B; 1VWI B; 2FKG A; 3P6F A; 5DG4 A; 1DZJ A; 4ORX A; 1ZND A; 4NV8 A; 3PIP E; 4IBA A; 5KIC A; 1Y0G A; 4Z2P A; 5CYB A; 2RTJ A; 4BBO A; 4I95 A; 3SZJ A; 3O2Y A; 1N43 A; 4OKA A; 2WSJ A; 2A8G A; 2CM4 A; 2GTL O; 1ACD A; 1MEP A; 3S60 A; 1HMR A; 4DCB A; 2CZU A; 2RTE B; 5EEE A; 4U3Q A; 1VQP E; 1I4U A; 5HA0 A; 4ZJ0 A; 3APX A; 3CCS E; 3B2L A; 1LIB A; 4WFV A; 4ALB A; 5IRA A; 3NX1 A; 1DV9 A; 3PH6 A; 3HOL A; 1LCZ A; 3L4R A; 4GU8 A; 2GTL N; 3ZWE A; 4GNY A; 1QQS A; 1PM1 X; 4GET A; 2QO5 A; 3I56 E; 1Y55 X; 1HQP A; 2RTH B; 4CDC A; 5GAH G; 2IZH B; 2Q2M A; 4CDF A; 5LKF A; 5FAZ A; 1Q81 G; 4GDZ A; 4BX7 A; 1FEM A; 1L6M A; 1SRJ A; 3EW2 A; 2CBR A; 2HKD A; 1U0X A; 4U67 E; 2IZK A; 1OPB A; 2LA7 A; 3RWX A; 2KW1 A; 1OBP A; 1YWA A; 2G79 A; 2Y3F A; 2ZAI A; 5FQ7 E; 2QOS C; 2X8S A; 3FEL A; 3KFI A; 1RXJ A; 2OY8 A; 2OVE A; 3D97 A; 1O1V A; 4A1H A; 2OYB O; 3CBC A; 1EW3 A; 2O62 A; 3WVM A; 1ICM A; 3EC5 A; 2OF9 A; 1NBX A; 4ZHF A; 2R56 A; 2FS6 A; 1VQM E; 1SXY A; 3D4R A; 3RY1 A; 2GJ5 A; 1LCW A; 1QWD A; 2QO4 A; 4IAX A; 4AZO A; 4XMG A; 1YIT E; 1KD1 G; 1VYG A; 2L5P A; 1MX8 A; 4IRW A; 2I5Z O; 2MM3 A; 2P8G A; 1KZW A; 1G7N A; 1DFV A; 3D9W A; 1SXW A; 3OD9 A; 1SWQ A; 3NAD A; 1S72 E; 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1RST B; 3UAQ A; 4Y0Q A; 3BX7 A; 1RAV A; 5K06 A; 1GT4 A; 2WQ9 A; 1KFF A; 4U9C A; 5JD2 A; 3RSW A; 1LUQ A; 2Y32 A; 4I3B A; 3RE5 A; 4O4S A; 1LFO A; 5D47 A; 3U0D A; 4BX7 B; 2AF5 A; 5K67 A; 2F09 A; 5B27 A; 5GAE G; 1ZNG A; 2Y3E A; 3IA8 A; 1VQ4 E; 5LJE A; 2Z4H A; 3EBK A; 1VQ6 E; 1BM5 A; 3RDM A; 4KT5 A; 2IFB A; 5D4A A; 1OEE A; 4ES7 A; 2FR3 A; 5GAG G; 2JGS A; 1VWC B; 1VWB B; 1BRP A; 1YIV A; 2OL7 A; 2AH7 X; 5JVH E; 2RTN B; 3D95 A; 4AZR A; 1PBO A; 4U8U M; 1PTS A; 4QZT A; 2LB6 A; 4NV7 A; 1OSP O; 4WFA E; 4AZP A; 3HPE A; 2XKL A; 1S2P A; 1BWY A; 3ELX A; 2K23 A; 2RA6 A; 1SWF A; 3EM0 A; 5LKE A; 4CV7 A; 2RN4 A; 4JO6 A; 1NQM A; 1YWD A; 1OBU A; 2YMS A; 1BEB A; 2A2U A; 3LTW A; 1OBQ A; 2FR2 A; 3I55 E; 4TNN A; 1VPR A; 5IO7 A; 2OF8 A; 2PY1 A; 1W2B E; 3CMP A; 4FQB B; 4I6S A; 1RJL C; 3MVF A; 4GDA A; 1DF3 A; 1SRF A; 2L67 A; 1SWJ A; 2A2G A; 5HBS A; 4WHI A; 1FJ1 E; 1GGL A; 3C76 X; 2A13 A; 4ORU A; 3RE6 A; 1JJ2 E; 3EMM A; 4TKH A; 1NGL A; 3D96 A; 3CC4 E; 3JQO A; 4C5P A; 1VWJ B; 4U8U N; 2FKJ A; 3CCR E; 1SA8 A; 2GC9 A; 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