2P1SA

Crystal structure of the c-terminal lobe of bovine lactoferrin complexed with o-alpha-d-glucopyranosyl-(1 3)-alpha-d-fructofuranosyl- (2 1)- alpha-d-glucopyranoside at 1.93 a resolution
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal structure of the C-terminal lobe of bovine lactoferrin complexed with O-alpha-D-Glucopyranosyl-(1 3)-alpha-D-fructofuranosyl-(2 1)-alpha-D-glucopyranoside at 1.93 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 113
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2p1sA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2p1sA02
4OESA 4H1XA 2DOJA 3UORA 3S9LC 1ZMGA 2VD2A 1JW1A 3VVDA 3OD7A 4GD5A 1M5CA 4YB5A 4GIZA 2F36A 2Q89A 1B3GA 3SEUA 3IORA 1A54A 1B3EA 2GRVA 2RC8A 4OETA 1SBPA 3T9XB 3RNNA 3IO6A 1FQFA 2HCAA 3IB0A 3UN6A 3EPEA 3IR1A 5EHMA 4R6KA 5FHOA 3KSXA 2DE3A 2Y84A 4XTCQ 1ZJLA 4P0GA 1SI0A 2OBGA 5DYHA 4O3CA 1O64A 4PETA 4ESWA 3BKIB 4M4GA 4RK2A 1H3DA 2WKYA 3RQTA 3FXQA 4NF8B 3FJMA 5M2VA 2QPQA 1ANFA 4YKIA 3TTNA 4KPTA 5HM4B 3H06B 2B65A 3PPRA 1IQ7A 1UTBB 4U23A 3FIRA 2OK2A 3P7IA 4GL0A 1S9TA 2O1LA 2I6EA 2F6GA 1Z7NE 4O3AA 2THIA 4OEVA 4BDQA 3H6UA 2V3QA 3ODBA 1H44A 4KCCA 3W9VA 1R9QA 4HW8A 4OXVA 4H5FA 4KHZE 3OO9A 3OMBA 3HSTA 1VSOA 4UA8A 3RLFE 2RINA 3GZGA 4F2QA 4R74A 1I6AA 4XKQA 4JWYA 3H6VA 3MP1A 5ITOA 1LBBA 3QUFA 3B7DA 5FTHA 5H8FB 2H4IA 4JSDA 4LQ5A 2I3VA 4PFTA 4KR5A 3CFZA 3K0VA 1VE4A 3TQLA 1SW5A 1EZPA 5FHNA 3DM0A 4EQ7A 2QS2A 1MXUA 1CE2A 2XX8A 5DVJA 4IO6A 4U1ZA 4QHQA 2CZLA 3VDFA 1YCJA 1DSNA 1EZ9A 2Y7PA 1FTJA 4AB6A 1O63A 2NWJA 2D5WA 1SW4A 2ALUA 2DYXA 1N0TA 1JVYA 2UVGA 2XXUA 3CIJA 3PMXA 3FV2A 2DVZA 2R6GE 4PFYA 5I57A 5AA1A 4POWA 2F7AA 4RYAA 4DDDA 2QMWA 2M8CA 4Q30B 1EU8A 4QFKA 3TTLA 1B32A 1AOVA 3K4UA 4NMYA 4XKRA 5JTYA 4JDFA 1R1NA 3IOWA 3R26A 3FATA 2ZXTA 4PFWA 3GXAA 1TXFA 4YB6A 3FUZA 1NNKA 2Z8EA 4JXIA 2I4CA 3TDJA 4IO3A 3WAFA 5CMBA 3RY3A 3M3KA 2DXYA 3QAXA 3RGYA 4GWOA 3SEWA 1YPNA 1QVSA 3IO4A 2DWAA 3HPIA 1D9YA 3N6TA 2G29A 1F9BA 1MXYA 3EHSA 1LAFE 3H3GA 3G3KA 3CSBA 1B6HA 1LAXA 4FE8A 3PMVA 1B5IA 4JB7A 1I6BA 2XXRA 3FVKA 3G3GA 4MBPA 1LBCA 1MY4A 5AA3A 2Q2AA 5KDTA 1O7TA 3LR1A 5AA4A 2XXWA 3H7MA 3KOTA 1MQIA 5FHMA 3K00A 1B5HA 1NL5A 4KD5A 4G4PA 4RPNA 2A5TA 4C1TA 2ABHA 3OEKA 3L6HA 1D3KA 4LQ2A 2Y7WA 3SEVA 5I2NA 3UIFA 1MY3A 1B2HA 1XC1A 1POTA 3TPAA 2IEEA 5H8HB 4LA9A 3S9EA 4FAJA 5DEXB 2CMOA 1IUDA 3A3UA 2QMXA 1QUJA 3I6VA 2DE4A 4MH5A 4ZEBA 3PPNA 4DLDA 4FORA 3HV1A 4K3FA 3AXFA 1VFDA 1FW0A 2O6AA 2PX1A 1B3HA 2XHDA 4GXSB 4H6DA 3U93A 2H99A 1BIYA 4OEUA 4YZZA 3HHGA 4TLMB 1MDQA 1ATGA 3TEPA 1B58A 3IK6B 4U2RA 2ONSA 1PEBA 1RKMA 1B1XA 4YKPA 2REJA 3JZJA 4Q5TA 4GF8A 2H98A 1H43A 1Y3PA 4RXLA 5CC2A 1ZTYA 3TCFA 4PFUA 5KDTB 3TUSA 3PD9A 4YMBA 3PPPA 1DTZA 1FTMA 4OENA 2YPNA 2O7IA 3OEMA 1JNFA 1Y9UA 2I4BA 3CG1A 4OZ9A 4NWDA 4R6YA 2DSFA 4Z0IA 3B6TA 2A5TB 2DVCA 1YTVA 3WAEA 1Y3NA 3N26A 2FNCA 2Q8JA 3QUJA 4IO5A 3PPQA 1LAGE 5TPAB 4F1VA 4DCXA 3BFUA 1QW0A 3IB1A 3KGCA 3B6WA 1R6ZA 1I69A 3SKPA 3VVEA 4AB5A 4M1VA 4KYEA 2XXVA 1S50A 5I59A 4QF9A 3THIA 1BKAA 2ZNSA 2XXHA 5L8DA 1JETA 1URDA 4Z7EA 2DP8A 1VFEA 1UTHB 4BDLA 2XD2A 2OZZA 3UP9A 2I48A 1AH5A 2X7QA 2F97A 4EQBA 3G3IA 1IEJA 2V3UA 2V25A 4F39A 1SW1A 3ZS6A 4EQ9A 1Y20A 2O1MA 4NE4A 2REGA 1A55A 1Z7ME 4DE8A 1VR5A 4LVQA 4R6HA 2XXTA 1ZU0A 3HCQA 1M5BA 3PUZE 4R9FA 4XIGQ 1Y4TA 3EHTA 4LZ8A 2F8DA 2AYSA 3V8XB 4G68C 1MRPA 1NH7A 4F29A 4RA1A 4U4XA 1MM6A 1UIVA 2RCBA 3BBRA 2HZLA 4NF4A 4YKJA 4UACA 2V93A 5AE4A 4QFPA 2XXXA 4F3BA 1QULA 1US4A 3PUWE 3FVOA 3SDFA 3VLVA 1URGA 4FATA 3SERA 3U1OA 1MY0A 2E0SA 3RUMA 1B4HA 4HS7A 1L5TA 1B3LA 2RKMA 4G68A 5I59B 3S9MC 3Q29A 1OVTA 2Y7RA 1CB6A 5EYFA 3PPOA 1BTJA 4JWOA 2IA4A 4ECFA 1M5EA 3TODA 2F78A 1R9LA 4RPOA 2DWHA 1XOCA 1B7UA 3MVYA 3BFTA 4H0WA 2VGQA 3T93B 5TU0A 1MY2A 1IXHA 1TFAA 4G77A 4OTEA 2ZYOA 1LFGA 3MPKA 4NTLA 1MXWA 3QK6A 1BP5A 4ZEDA 3C33A 3MPLA 4XKNA 3N5LA 1PC3A 4LATA 2FYIA 1M5FA 3ZKKA 4I62A 1B4ZA 2F35A 3FGSA 4BDMA 4QSCA 2FA7A 3PUXE 4LONB 5H8NA 4ESXA 3T22A 1DPPA 4NF4B 2GHAA 1MH4A 2Q88A 4KQPA 5ICQA 5TP9A 2VP1A 1A8FA 4FEBA 4IY5A 3MUQA 5F1QA 2D21A 1IXGA 1HSLA 4HCWA 2QS4A 1SDXA 2QJEA 2BJJX 2ZNTA 4C1UA 1WDNA 3UA8A 2Z22A 4IGTA 1NNFA 4RNSA 4DXUA 4IGRA 4X1BA 4PE5B 3IAZA 4EDPA 1OVBA 2NVUB 4ELRA 4AQ4A 3MVZA 5K2YA 5AA2D 4H67A 3KN7A 5JK4A 3TCGA 4F3SA 4N07A 4NF6A 3O9PA 2UVIA 3MQ9A 3O97A 3UGWA 5CM6A 3TTMA 5I58A 4F3PA 3EN3A 3V89B 3M3FA 1P99A 1MXXA 4OYVA 3FJ7A 1Y1ZA 2QRYA 3MZ9A 4ELPA 3LSFB 3K02A 2H5YA 2DQVA 2ONRA 4GOTA 3ILUB 4U4SA 3O6IA 1DTGA 4R2BA 3OSRA 1XT8A 5ICTA 1FCKA 2ZMBA 3K2DA 1XVXA 2XX7A 3DP6A 3SEXA 1LCFA 1HSEA 1PDAA 1USYH 3KG2A 5L9OA 4ZZEA 1FQDA 3U8QA 3SEYA 2A5SA 3PU5A 3LSWA 2H25A 4R75A 2PT1A 1B1HA 4G8HA 2Q9TA 1RYOA 5IKBA 1MG1A 3FZVA 1FQEA 2PMSA 3IJOB 5I2KA 4OMBA 2NOOA 3W9WA 1SVXB 1NNPA 5CBRA 2I0BA 4OVJA 4R2FA 3PUVE 5CMMA 1SYHA 5EHSA 1MH3A 2UVJA 1B51A 4JBZA 2I3WA 2B3BA 4H65A 4FIMA 2RC7A 3MC2A 4HTGA 4JSOA 1NKXA 2LAOA 4WEPA 1QKAA 4F1UA 5I57B 4OERA 3IOTA 1M5DA 2XXPA 3OOAA 3Q26A 4RJZA 4GFRA 4U21A 4E0WA 1A40A 1OLCA 3LSLA 3ONMA 2GHBA 5JTYB 3RTWB 4XXUA 5DVFA 3TCHA 4POXA 3TQWA 2OWTA 2O51A 4F1YA 1TWYA 5CMCA 1ZIUA 2Z8DA 1H45A 4EXKA 3QXMA 1B46A 2OLBA 3N94A 5ELVA 1N76A 4ZEKA 2HZKA 2XXQA 2B3FA 2DE2A 1WVJA 3IOUA 2X26A 2P0SA 2V84A 4ISUA 4FECA 3SESA 1GVCA 4BDRA 3OENA 2AL5A 3OXNA 4EF1A 5I2KB 3RTFB 4HCYA 5CBSA 2X7PA 2ZYKA 4BLAA 1P1NA 3O29A 5AA4B 1EH3A 4IO2A 4F22A 2F5XA 3U72A 3TMGA 4ZE9A 3C32A 4THIA 2ZYNA 3VXCA 1FTLA 1JW4A 3LC8A 3FVGA 3G3FA 4GVOA 1NH8A 5A5XA 5I2NB 3Q25A 3TTRA 2O68A 4MLQA 4Q8RA 3G7WA 2DXRA 4WKMA 2KLFA 2XX9A 4ND9A 2QS3A 1B5JA 4TLLB 1B05A 1XS5A 1MY1A 3FASA 2DWJA 2OJTA 3FJGA 4G8MA 3RT8A 3Q28A 2Y7IA 1MS7A 5CMKA 1QKBA 3TFLA 4IO4A 3V5AA 3VFJA 4F3GA 1OQHA 2ZNUA 4PP0A 3K6VA 3O6HA 2R9JA 1HSJA 1MXVA 1D9VA 3Q27A 3T9HB 2PT2A 1XHYA 2UVHA 1Y4CA 1P1UA 1N7XA 3MZBA 3A09A 2O84X 3KOSA 1P1QA 2AIXA 4BDOA 3MBPA 4TOZA 1US5A 3T9VA 4MFIA 2I49A 2RF1A 2ESNA 1IITA 5FTIA 3MVXA 4NF8A 3C9HA 1LFHA 5HPQA 3HO7A 2Z23A 1PBQA 3CVGA 5KCJA 2XXYA 5BWJA 1POY1 3KN3A 4MF3A 3DLNA 2VHAA 1AIVA 1N04A 3IX1A 1OIBA 2NUVA 1Y1MA 3VLUA 1WODA 3B6QA 3CSGA 3S9NC 3VVFA 4L17A 2I58A 3T9UA 1B52A 1UIUA 4XKPA 4LZ5A 3T66A 5A5XB 4E0XA 2OWSA 3E9XA 1GR2A 2V3TA 1JW5A 3K1NA 4OWDA 3QYTA 1IZ1A 1B0HA 4EF2A 2DWIA 4BDNA 4LUBA 2UYEA 1MQDA 3U94A 3GBAA 3CG3A 3ILTB 5H8FA 2HAVA 2I0CA 4EUOA 3PD8A 4YMAA 5AA2A 2PBWA 4QFNA 4ZZAA 3KJ7A 2YJPA 3OSQA 5DT6A 4ZE8A 2ZYMA 3H6TA 3DP4A 3C31A 3C36A 3S2VA 3FVNA 2F6PA 2E1SA 3TKDA 1ZBMA 1RYXA 1SYIA 2DS9A 4X9TA 1B9JA 2F34A 2PVUA 3R6UA 1TT1A 4NWCA 2GFEA 2R71A 5ISUA 2ONKE 3KEIA 5KCJB 5KZTA 1FTOA 1FQBA 1Y3QA 3VV5A 4N6PA 2O7UA 4QFLA 2H9BA 3ZKLA 3T96B 1LFIA 1N84A 4N13A 3H4ZA 3L6GA 3C35A 3QSLA 5B70A 4H8JA 1SQYA 1B7ZA 2D3IA 4X1DA 4FEDA 3CRBA 4U22A 3TELA 2XXIA 3H03A 2P1SA 3I3VA 5BUUA 5H8SA 2HXWA 2AL4A 4ZEFA 2HAUA 1LCTA 3VLWA 1NNTA 5ITPA 3MZ1A 4G2ZA 1PB8A 1B7HA 3RN8A 4OFJA 4G68B 4R73A 4F18A 1Q1KA 3D4GA 1LB9A 4OFOA 4ZEIA 1P1WA 3EQ1A 1S7YA 4EXLA 3CR9A 5IAIA 5AA2B 4DXCA 5CRYA 1XVYA 4YB7A 4Q0CA 2P2AA 2Q2CA 1DPEA 1H76A 4YAHX 3MWBA 1B0LA 3JV9A 3S4UA 4ZS9A 1FTKA 1BLFA 1SD3A 1OMPA 1PB9A 4PQJA 4R9GA 4RK9A 2F7BA 3M3LA 3G3HA 4NF5A 1A99A 4P11A 3O2AA 1IXCA 1P1OA 5F7VA 3MW0A 2RC9A 3RPWA 4IY6A 4O3BA 3KSJA 3EHUA 1AMFA 3FD3A 2GH9A 3C34A 3O28A 1EZOA 2PYYA 3A3CA 4GXAA 4H5GA 3CFXA 5DTBA 4I1DA 5H8HA 3E4RA 5DEXA 5H8NB 3PV0E 3N6UA 4RY1A 1MPBA 4U1OA 1AL3A 3GBBA 1ELJA 5TP9B 1IXIA 1DOTA 4GQOA 3EF7A 2QSXA 4NEDA 4KYSA 1B3FA 5CI5A 1ZKBA 4LP2B 4YU0A 3VXBA 4I8CA 4LZ7A 3DP8A 4OHNA 3K6XA 3KBRA 1JVXA 1FQCA 3K01A 4WXJA 3V83A 4R72A 1MM7A 4X48A 3MP8A 1QJMA 1D4NA 2HFBA 1JEUA 1NFTA 1A8EA 4NF6B 3DELB 5L9MA 2HEUA 1YAEA 4H8IA 2W7YA 4ZECA 3OO6A 5I58B 4QSDA 1II5A 1Q35A 4YKKA 3O6GA 3MVWA 4NF5B 1QUIA 1OLAA 5J1DA 1ZLQA 1MPDA 1LLSA 3VE1B 1USYE 4OFLA 2ANJA 2HQ0A 5TPAA 5DVIA 1KWHA 1J1NA 4WEDA 3KZGA 1JEVA 5L9SA 2XD3A 3MAMA 1N3WA 2F7CA 2UYFA 3O66A 4QRZA 3E13X 4YICA 3F11A 3IB2A 3IL1B 4GLIA 1A7LA 3QIMA 1T0KA 3TAJA 1MXZA 1MQGA 4QFOA 4DIGA 5B7DA 3ZSFA 1LSTA 5HBCA 3I5OA 4ELOA 4DCYA 3H6WA 1UTHA 3K1MA 1PB7A 1TFDA 3ECRA 3TYHA 3LUYA 3G3JA 3HN0A 1LAHE 1URSA 4ONYA 2QL3A 2VD3A 4DXBA 2Y7KA 3SETA 1IIWA 3TTKA 1JQFA 5I84A 1N7WA 1GTKA 5H8QA 3IOVA 2RCAA 4F31B 4TQUQ 3GLBA 4GRKA 2Z8FA 5I56A 1QUKA 1NMUA 4FJPA 1PBPA 4ZDMA 4QSEA 3KFMA 3PUYE 3FV1A 3C4MA 3K1PA 2QS1A 1OQGA 1LGBC 3JYRA 4F2OA 4KCDA 3W15C 1SI1A 3E3KA 1GV8A 2UXAA 2VOZA 1I6QA 3MP6A 3K6WA 3M8UA 4F19A 4IB2A 1B40A 3OO7A 5LOMA 3PMWA 1SW2A 3KJTA 1MPCA 2OCUA 3TZAA 5JEIA 4DZ1A 2G93A 3HHFA 4OQOA 3U92A 1UQWA 1MQHA 1FQAA 4P0IA 3FXRA 3UK4A 4MLVA 3LSXA 3OELA 3CI8A 4KI0E 4C0RA 5K2XA 4ELQA 1MDP1 3RT6B 3PGFA 3D4CA 1LB8A 3CFLA 3USDA 1UTBA 3OO8A 3K6UA 3LBSA 4I9DA 3IJXB 4KYDA 1MQJA 1GGGA 3KN8A 2YLNA 5H8QB 3R7XA 4IO7A 2NXOA 1DMBA 2O69A 3FXUA 4GL8A 1N3XA 3MJNA 4JWXA 4KFQA 4G8NA 5I56B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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