2P3DA

Crystal structure of the multi-drug resistant mutant subtype f hiv protease complexed with tl-3 inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKVEGQLREALLDTGADDTVLEDINLSGKWKPKIIGGIRGFVKVKQYEDILIEICGHRAVGAVLVGPTPANIIGRNMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Pol protein
publication title Structural Characterization of B and non-B Subtypes of HIV-Protease: Insights into the Natural Susceptibility to Drug Resistance Development.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p3dA00
3AUPA 5P3YA 4R92A 1QS8A 3PJ6A 5P7DA 4YCKA 5OZRA 3T7XA 5P7HA 5OYZA 5AHAA 7UPJA 5P8OA 2OHMA 3D1XA 4ACXA 1EC0A 3OUBA 3HLOA 4OBJA 5DR3A 5P41A 3OUDA 4OBKA 2ZHRA 2H6TA 5P7RA 4RRSA 1FFFC 1EEDP 4Y51A 4K9HA 5P5VA 2HS2A 5P5TA 5OYVA 2PSVA 3U7SA 2BPZA 5P4RA 5P3CA 5EZZA 5P8MA 2F3FA 3EKYA 5P60A 5DGWA 5OZAA 2ZJLA 3URLA 4YD7A 5APRE 5P3BA 4Y43A 3APRE 1HEGE 1IVPA 1PROA 5P8JA 4WY6A 3NXEA 4RVJA 5P8HA 2P83A 1XE6A 3KN0A 4HLAA 5P04A 2IKOA 1EPQE 1ME6A 5P3JA 5P4MA 5IVRA 4RRNA 1K1TA 3RSXA 1ER8E 1MT9A 1BILA 5HU0A 5P0KA 5KR2A 4FRJA 5OZQA 5OYXA 5P2NA 3NWXA 4RYCA 2AVOA 4J1IA 9HVPA 5P8KA 5P2BA 3ZKSA 1AZ5A 5P2LA 1BVGA 1W5WA 1LV1A 5OZZA 1FQXA 2V16C 3SKFA 3FV3A 4J0TA 4J17A 5P6XA 5P3IA 4A6BA 3TLHA 3JW2A 1EPLE 5IVSA 3BRAA 3WB5A 3TPLA 3L58A 2R3TA 3VSWA 1PSAA 1W6HA 2QU3A 2ZE1A 3UQWA 5P1ZA 1LF4A 1ZTZA 3LZSA 4B70A 5P0AA 5PEPA 1PPME 2BPYA 2PSUA 5P6VA 2QHZA 3OXCA 2Q55A 5P84A 1WBKA 4RCFA 2PK6A 5OYWA 2IGYA 2SAMA 3SM1A 5P5UA 2VIJA 4H3JA 3IVIA 5P4CA 4D83A 4QGIA 2QMPA 5P0TA 5P5LA 3UDKA 3SA4A 5KQZA 4ZSPA 1ZP8A 5P1YA 3S8IA 5OZ6A 4XKXA 3TOHA 3EKPA 1Z1HA 1M43A 2HB3A 1AM5A 2F3KA 3PCWA 5P1RA 4XX4A 5P7AA 2P4JA 4S1GA 3UPJA 4Q5MA 4RGHA 2AVVA 1YTJA 4Y47A 5P09A 4BEKA 5P02A 5P4ZA 3LHGA 2R9BA 3NYGA 5OYUA 5P38A 4B78A 1HIIA 5P6QA 1SH9A 1LYBB 3LIZA 5P33A 1LYWA 4L7GA 4YHQA 4Y3JA 1IZIA 1K6PA 5P3MA 4FS4A 5P1FA 4F74A 3NU4A 5P40A 2QNQA 2VIZA 5P2JA 3EL9A 3LZYA 4FL8A 5P6PA 2A4FA 5P32A 2BJUA 5P0OA 2OHPA 4DFGA 1HVRA 1HPOA 4PZXA 2RKGA 2UY0A 3PBDA 3UQUA 3PI0A 3KT2A 3VG1A 5P1KA 5P28A 4ZSRA 5P42A 3B80A 1D4YA 4I0GA 3INEA 6APRE 3EMYA 5P6NA 4YBFA 5P0EA 4Y3PA 1KJ4A 5P8DA 3TPPA 4Y4UA 4B1DA 5DPZA 4GYEA 5P2GA 4J5JA 4Y57A 5OZXA 2WEAA 3GGAA 5P0DA 3TNEA 2V0ZC 2B8LA 5P2CA 4CKUA 3IVHA 1HTFA 5P10A 1BDRA 3PWMA 5TOLA 1CPIA 2I4XA 2O4SA 4FLGA 5AHCA 2AOIA 4YOBA 1MSNA 4GB2A 1LF3A 2AOGA 3O9LB 5P0JA 5P5PA 5P3ZA 5P6MA 2R38A 3LIYA 3S2OA 1BVEA 3NDUA 5COKA 2ER7E 5P3KA 2VIYA 2VJ7A 2QU2A 3SA7A 2HC0A 5P1LA 3PI5A 3TKWA 5KR1A 2QI7A 4OC6A 5P6EA 4DV9A 3LPJA 5KQYA 5OZ1A 1IBQA 2HAHA 4D85A 4ZSQA 1ODYA 2WF4A 2VA5A 2G94A 4AA9A 4HEGA 4D89A 4J1KA 3D91A 1BWAA 1PSOE 5P3TA 4DQFA 5BS4A 3O9HA 5P8IA 2OHRA 3Q4BA 4BFBA 4JPCA 2FMBA 5OZ2A 4M8YA 1QBSA 5P7PA 5P1VA 4OD9A 5SZ9A 1MIQA 3O9IA 3TOGA 3ZPUA 3PSYA 2I0DA 3OUCA 4L7JA 2V11C 5P6IA 2V12C 3LPIA 5OZYA 4U7VA 3OXXA 1XL2A 2ZYEA 2QI5A 2WECA 1K1UA 2ZJMA 2WEZA 5P5FA 3L5DA 1JLDA 5P19A 1C6XA 1TSQA 4QJ9A 4CPTA 1PSNA 5OZLA 5P0QA 2NNPA 3TL9A 4HDFA 5P8GA 5P4AA 3OUDB 4FRKA 1A30A 4J0VA 3DV1A 4B05A 4L7HA 1TW7A 4Y5KA 4RVXA 2QHYA 3K1WA 5P83A 2OHTA 1EPME 1KJ7A 1B6LA 1EBYA 3EXOA 5KR0A 1APVE 1FQ6A 4YD6A 3OAGA 5P0VA 3B7VA 1MESA 3CICA 5P1WA 2HB4A 2B7ZA 3Q5HA 4I1CA 3ZKIA 8HVPA 3BUFA 3NSHA 3O9AA 3QS1A 5P45A 4I0IA 2WF2A 2HS1A 2AIDA 2ZJIA 2I4UA 4RCEA 3S7LA 5P63A 1ZLFA 3UQPA 4RZ1A 2AZ8A 2RKFA 2QI0A 1AJVA 4Y3XA 3OXWA 1RPIA 4LBTA 4Y5MA 1U8GA 3MSKA 2IEOA 1LZQA 4GIDA 2G1SA 5P17A 5AH7A 3HAUA 4ER4E 4HVPA 3VF7A 2RENA 1ENTE 4LXMA 3TTPA 4Y3ZA 2AVSA 3O9CA 2QD6A 3WZ6A 2VNMA 3NU5A 2Q3KA 4YE3A 2XFJA 1FQ8A 3T6IA 5P5YA 4PYVA 1DPJA 2BPVA 3EBZA 5HCOA 5OZFA 3IXOA 3D1ZA 3VFBA 2ER0E 4F76A 5OZKA 5P3HA 4Y5AA 2ZHTA 5KR8A 1D4HA 5HDVA 5P5XA 2PWRA 5P6ZA 5P6TA 4LL3A 4L1AB 3VLBA 4QJ2A 3QI1A 4Y4JA 5P5OA 4I0EA 1KJFA 5P7OA 4ZE6A 5I3XA 3PMUA 5HCTA 5P5EA 4YBIA 2QK5A 5P3PA 4DQEA 5P3AA 5P4UA 3ER5E 1E80E 1M4HA 2J9JB 4KE0A 1HIVA 2V10C 4YDFA 5P61A 2IL2A 3VV6A 2ZHUA 2AVMA 3UDYA 1FG6C 1C70A 5OZNA 4Q1YA 3WB4A 5P3QA 3ZOVA 3OY4A 1FIVA 3RTNA 4DJPA 2WF3A 2FGVA 5DR7A 4ZEAA 5P4WA 3T7QA 3K5CA 2HM1A 4Y3NA 4Y5CA 4NKKA 5P8NA 5E5KA 4ZPEA 4NPTA 1LYWB 1ZPKA 5OZWA 4FM8A 1GVWA 5P0WA 1OEWA 3PB5A 4OBZA 2VNNA 3EM3A 5OZTA 4JECA 1YM2A 1WKRA 4TRYA 5P51A 5P7XA 3UDJA 2NMYA 1NPAA 5P71A 5P5CA 4Q1NA 1DP5A 3UDMA 5P86A 3L5CA 3QRVA 5P1UA 5P6OA 1K2CA 3PMYA 5P7JA 4CPUA 3I7EA 5P7GA 3EL4A 5P1PA 3QBFA 5P06A 3ZKNA 2QCIA 3ZKXA 1APTE 2RSPA 1SIPA 3LIQA 4Z22A 4J1EA 2PMAA 3IN3A 5HDZA 2WKZA 2F80A 2NXLA 2HPFA 5SY3A 5P7LA 3FX5A 3OU4B 3S53A 1C6ZA 5P14A 1QDMA 5P6KA 2CEMA 4TRWA 4M8XA 5P1XA 4IVTA 2QZXA 1G35A 6UPJA 1XN2A 4LXKA 3HAWA 3FNUA 5P50A 4R5NA 1HPXA 3PWWA 1HIHA 3EKVA 2OHQA 5P0LA 3KFSA 3IA9A 3OU3A 5P5ZA 4YOAA 4CPQA 1G2KA 4AUCA 1D4SA 4QJ8A 4ER2E 1MPPA 5P49A 3PHVA 3TPRA 1A9MA 5P2WA 3ZMGA 2P8HA 1PFZA 2PC0A 5P1BA 4GJBA 3NR6A 4XX3A 3NU3A 3O99A 4Z2ZA 3L59A 3N4LA 5P70A 5OZSA 3URJA 4Y3HA 3MWSA 3BGCA 2OHKA 1D4KA 2AOEA 4XXSA 4EHCA 3KM4A 4I0DA 4FRIA 4CPRA 5P20A 3OQAA 4I0JA 3NXNA 2IENA 5P5QA 4FM6A 1T6EX 1XE5A 5P8RA 1A8KA 3MSJA 2FDPA 3SA9A 5I3YA 3UDPA 3KDBA 1ZSRA 2QZLA 2BBBA 2G26A 5P4QA 1G0VA 2QNNA 3UFNA 2WL0A 1FMXA 2G69A 4MC1A 5OYSA 3OQFA 2AOHA 3OTSA 1AIDA 5P4XA 4EQ0A 3S45A 3SKGA 5F01A 3UFLA 1HSIA 3HD8A 2H6SA 3QBHA 5P00A 5P6AA 5ENMA 1FF0C 4MC9A 5OZ9A 1DIFA 5P0IA 3EM6A 1SMRA 5ENKA 2PSGA 5P03A 2WF0A 2HB2A 4HE9A 3RU1A 1GVTA 4H3FA 5P76A 4OBHA 5P47A 2V13A 2QI1A 4B1EA 5P3UA 4DPIA 2OHSA 1HXWA 3KMYA 3OWNA 4U7QA 3ECGA 1M0BA 1B6MA 1ZPAA 2AOFA 4PZWA 3OAGB 5P4KA 1FG8C 5P8PA 1TQFA 2F81A 1MERA 3F9QA 5OYQA 4GJCA 4TVGA 5P79A 1ZAPA 5HTZA 5ER1E 1LEEA 4MC2A 4J1HA 5OZPA 3VLAA 5P7KA 1SDVA 5P5JA 1NPVA 4OBDA 1META 5P2XA 1DMPA 2BKSA 1ZBGA 4Y4AA 5P2ZA 4B00A 1FFIC 5P13A 2QZKA 2QI6A 3M9FA 1GVXA 4J55A 3QN8A 4Z50A 5KOSA 1OHRA 4CPWA 3RTHA 4GJDA 5P54A 1E82E 4Y5BA 3EL5A 2B42A 5DQ2A 5ER2E 5P5KA 5HDXA 4Y53A 5COOA 3I25A 4Y54A 4IVSA 3OU1B 1AVFA 5P6JA 4BFDA 1TSUA 3LITA 5UPJA 5P8VA 3AIDA 5P2TA 3G70A 3OQ7A 3SA5A 2FXDA 5P2EA 1B6JA 2IS0A 5P36A 5P39A 1GNOA 1BIMA 5P3RA 4ZLSA 2Q5KA 3QIHA 4GJ5A 1YG9A 1EC1A 3KYRA 3DV5A 3VCMA 3LIVA 2G1NA 5P5BA 5OZ3A 5OZVA 4DVFA 5OZIA 5P81A 1TCXA 3Q70A 3ST5A 1FGCC 2AOCA 3T7PA 3NDXA 3SM2A 4RYGA 5P05A 3UHLA 5OZJA 1NPWA 5P1JA 3HVGA 2XFIA 4LP9A 3KF0A 5OYTA 4Y36A 5P6SA 1FQ4A 4Y56A 1EBWA 1B11A 1HVCA 4Y35A 1NH0A 1YM4A 5P37A 1QBRA 4B77A 5P87A 1GKTA 2Q63A 3FNSA 3GI6A 2B8VA 3OQDA 4I0FA 4ER1E 4EQJA 1KZKA 2O4PA 4FAFA 4CPXA 4Y45A 1RNEA 4E43A 2QAKA 3OADB 1BDQA 5P4BA 1SMEA 1HTEA 3PWRA 5P2OA 5P1NA 3RVIA 2ZJNA 3CKTA 5B18A 4OBZB 4Y4GA 3NLSA 3QROA 5P0FA 3HW1A 4L6BA 2V00A 1HBVA 3K5FA 4LXAA 1XN3A 5P7EA 5OZEA 5P6YA 5DQ1A 5DR0A 1APWE 1MTBA 4FE6A 3EM4A 5P62A 5P16A 5JFUA 3I6OA 5KQXA 6FIVA 3O9DA 5P2FA 3N3IA 3QVIA 5P25A 5P7QA 3H5BA 4DQGA 5CONA 5P65A 3OOZA 3L5FA 4GJ8A 4I8ZA 4WY1A 4I8WA 2BKTA 2JJIA 5JFPA 4RROA 3R0WA 4Y3QA 1LYAA 1ODXA 2OHLA 3IXJA 3L5BA 5OZUA 1UH7A 3KFPA 1APUE 2XYFA 4I10A 4Y3AA 2B60A 4LHHA 4NJUA 4U8WA 4ZPFA 1BAIA 2NPHA 3K5GA 5OZBA 4DQBA 4B0QA 2R43A 4DJOA 5P7FA 1GNMA 3OUAA 3KT5A 5P5HA 3LIXA 5P3FA 5BRYA 2R3WA 1RQ9A 5P35A 2ZJJA 4Y5NA 4DQCA 4CPSA 2PK5A 5OZ8A 5P2UA 4B1CA 1SGZA 5P5NA 3TOFA 3DM6A 5P69A 4FRSA 4Y4DA 2BPWA 1W51A 5P4HA 3D3TA 5C9BA 5P2KA 3FKTA 3D1YA 5HE5A 5P1AA 2PH8A 4Y3TA 1AXAA 1Z1RA 4Y39A 4RVIA 4GMIA 1VIKA 1OD1A 1FQ5A 1HVSA 2OHNA 2P3AA 4Y3EA 5BWYA 5P5MA 3SA6A 3QP0A 3TPJA 5I3WA 1SGUA 4K8SA 5AGZA 1BXOA 5P5AA 1HVLA 3OGPA 1LYBA 4YDGA 5P7WA 2IQGA 5P58A 1ODWA 2FNSA 1EPNE 5F00A 4NJVA 3R1GB 4R95A 5P52A 5P7CA 5P30A 5P89A 1IIQA 5P1MA 2ANLA 3BGBA 5P1SA 5P59A 2R5PA 1NSOA 3VYDA 3ZKMA 5P3VA 3BVAA 3K4VC 5P1DA 3LZUA 5P5SA 5P7NA 3UQXA 2G20A 4Y4WA 5P1OA 5P4SA 2NXDA 3PGIA 5OZMA 5OZ0A 4LAPA 5KAOA 2Q54A 5P4NA 4X2LA 1MSMA 5AH6A 3PLDA 3WZ7A 4J54A 5P75A 5P6WA 1E81E 1HTGA 2ZHSA 3CYXA 5P57A 4EXHA 5IVTA 4I11A 2IKUA 3DJKA 4Y4BA 3K5DA 2Q15A 5P5RA 5SY2A 1HVIA 2JE4A 2QI4A 4DUSA 4ZPGA 3C9XA 1C6YA 2G27A 5P0PA 1QRPE 4Y5GA 4PPHA 1TCWA 4Y3LA 5P3WA 1GNNA 1K2BA 3NUJA 3UDHA 2BQVA 3GGVA 5I70A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AUP A;  5P3Y A;  4R92 A;  1QS8 A;  3PJ6 A;  5P7D A;  4YCK A;  5OZR A;  3T7X A;  5P7H A;  5OYZ A;  5AHA A;  7UPJ A;  5P8O A;  2OHM A;  3D1X A;  4ACX A;  1EC0 A;  3OUB A;  3HLO A;  4OBJ A;  5DR3 A;  5P41 A;  3OUD A;  4OBK A;  2ZHR A;  2H6T A;  5P7R A;  4RRS A;  1FFF C;  1EED P;  4Y51 A;  4K9H A;  5P5V A;  2HS2 A;  5P5T A;  5OYV A;  2PSV A;  3U7S A;  2BPZ A;  5P4R A;  5P3C A;  5EZZ A;  5P8M A;  2F3F A;  3EKY A;  5P60 A;  5DGW A;  5OZA A;  2ZJL A;  3URL A;  4YD7 A;  5APR E;  5P3B A;  4Y43 A;  3APR E;  1HEG E;  1IVP A;  1PRO A;  5P8J A;  4WY6 A;  3NXE A;  4RVJ A;  5P8H A;  2P83 A;  1XE6 A;  3KN0 A;  4HLA A;  5P04 A;  2IKO A;  1EPQ E;  1ME6 A;  5P3J A;  5P4M A;  5IVR A;  4RRN A;  1K1T A;  3RSX A;  1ER8 E;  1MT9 A;  1BIL A;  5HU0 A;  5P0K A;  5KR2 A;  4FRJ A;  5OZQ A;  5OYX A;  5P2N A;  3NWX A;  4RYC A;  2AVO A;  4J1I A;  9HVP A;  5P8K A;  5P2B A;  3ZKS A;  1AZ5 A;  5P2L A;  1BVG A;  1W5W A;  1LV1 A;  5OZZ A;  1FQX A;  2V16 C;  3SKF A;  3FV3 A;  4J0T A;  4J17 A;  5P6X A;  5P3I A;  4A6B A;  3TLH A;  3JW2 A;  1EPL E;  5IVS A;  3BRA A;  3WB5 A;  3TPL A;  3L58 A;  2R3T A;  3VSW A;  1PSA A;  1W6H A;  2QU3 A;  2ZE1 A;  3UQW A;  5P1Z A;  1LF4 A;  1ZTZ A;  3LZS A;  4B70 A;  5P0A A;  5PEP A;  1PPM E;  2BPY A;  2PSU A;  5P6V A;  2QHZ A;  3OXC A;  2Q55 A;  5P84 A;  1WBK A;  4RCF A;  2PK6 A;  5OYW A;  2IGY A;  2SAM A;  3SM1 A;  5P5U A;  2VIJ A;  4H3J A;  3IVI A;  5P4C A;  4D83 A;  4QGI A;  2QMP A;  5P0T A;  5P5L A;  3UDK A;  3SA4 A;  5KQZ A;  4ZSP A;  1ZP8 A;  5P1Y A;  3S8I A;  5OZ6 A;  4XKX A;  3TOH A;  3EKP A;  1Z1H A;  1M43 A;  2HB3 A;  1AM5 A;  2F3K A;  3PCW A;  5P1R A;  4XX4 A;  5P7A A;  2P4J A;  4S1G A;  3UPJ A;  4Q5M A;  4RGH A;  2AVV A;  1YTJ A;  4Y47 A;  5P09 A;  4BEK A;  5P02 A;  5P4Z A;  3LHG A;  2R9B A;  3NYG A;  5OYU A;  5P38 A;  4B78 A;  1HII A;  5P6Q A;  1SH9 A;  1LYB B;  3LIZ A;  5P33 A;  1LYW A;  4L7G A;  4YHQ A;  4Y3J A;  1IZI A;  1K6P A;  5P3M A;  4FS4 A;  5P1F A;  4F74 A;  3NU4 A;  5P40 A;  2QNQ A;  2VIZ A;  5P2J A;  3EL9 A;  3LZY A;  4FL8 A;  5P6P A;  2A4F A;  5P32 A;  2BJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XL5 A;  5OZ5 A;  5P67 A;  5P7U A;  4Z4X A;  3IGB A;  2WEB A;  3H0B A;  3FSM A;  5P7I A;  4EYR A;  1PPL E;  5DR8 A;  4OBF A;  5P8A A;  4R93 A;  5KQF A;  3T11 A;  5P74 A;  5P8B A;  4MC6 A;  5P24 A;  2Q64 A;  5P0Y A;  3BUH A;  4EJ8 A;  1HWR A;  5P3N A;  2B7F A;  4CP7 A;  3TKG A;  4Y3G A;  1DW6 C;  3GGU A;  5OZO A;  2QMF A;  1SDU A;  1B5F A;  5P0X A;  5P55 A;  1T7K A;  1YTI A;  3DCR A;  1GVU A;  3GI4 A;  3VFA A;  4D88 A;  3BC4 A;  2IGX A;  4OC6 B;  2UXZ A;  5P2I A;  4DJQ A;  4HA5 A;  2WHH A;  5P85 A;  2O4L A;  1G6L A;  2QNP A;  1MEU A;  1BXQ A;  3BXR A;  5ISK A;  5P07 A;  2AZ9 A;  1HTR B;  3G72 A;  3KFN A;  5P27 A;  4X7I A;  5P3S A;  4JP9 A;  5C9D A;  4OD9 B;  3UDQ A;  3OOT A;  2I4V A;  2G22 A;  5P3X A;  3CID A;  2CEJ A;  5P78 A;  3S85 A;  4I12 A;  4Y3M A;  1T7J A;  2P3C A;  2P3B A;  4LC7 A;  3VEU A;  3CMS A;  5P6R A;  5P2H A;  3HDK A;  3BUG A;  4FCO A;  2Z4O A;  3CKP A;  3BVB A;  3OXV A;  2G21 A;  5JOD A;  5P72 A;  5P0N A;  3KA2 A;  3CYW A;  4Y5L A;  1FKN A;  5P2Q A;  1UH8 A;  1LYA B;  4H3G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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