The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
MVKLMIIEGEVVSGLGEGRYFLSLPPYKEIFKKILGFEPYEGTLNLKLDREFDINKFKYIETEDFEFNGKRFFGVKVLPIKILIGNKKIDGAIVVPKKTYHSSEIIEIIAPMKLREQFNLKDGDVIKILIKGDKDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| publication title |
A CTP-Dependent Archaeal Riboflavin Kinase Forms a Bridge in the Evolution of Cradle-Loop Barrels.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Riboflavin Kinase MJ0056
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| total genus |
16
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.161: CTP-dependent riboflavin kinase. |
| pdb deposition date | 2007-03-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01982 | CTP-dep_RFKase | Domain of unknown function DUF120 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Riboflavin kinase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MRZ A; 1NB9 A; 1N06 A; 2VBU A; 1Q9S A; 1N08 A; 1NB0 A; 5TRD A; 3OP1 A; 5A8A A; 1P4M A; 5FNZ A; 2VBV A; 1T6Z A; 2VBT A; 5FO0 A; 5A88 A; 1N07 A; 5FO1 A; 5A89 A; 4UZE A; 3ZUG A; 1T6X A; 2I1L A; 2P3M A; 2OYN A; 1S4M A; 3CTA A; 4UZF A; 1T6Y A; 2VBS A; 2X0K A; 3BNW A; 1N05 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A8I A; 5TY0 A; 3AVV A; 4GQN A; 4MYU A; 3ZZ0 A; 4RCZ A; 2V7T A; 1NB9 A; 4PC7 A; 1YI2 B; 4Z4W A; 4Z4T A; 1M90 D; 4TKO B; 1R5B A; 1TLL A; 4XMY A; 3D26 A; 3AVX A; 3VNU A; 5FNZ A; 4X05 A; 2W6J A; 1YX2 A; 1QG0 A; 1GJR A; 4RD1 A; 2C4T A; 3A3B A; 1F20 A; 1E3X A; 1EP3 B; 3GVK A; 4XLC A; 2ZTG A; 4N3G A; 3A35 A; 1DG1 G; 4PC1 A; 5DN6 A; 1YLO A; 4J0Q A; 2BSA A; 2ZXI A; 2VBS A; 1UD3 A; 3CMM A; 5KW9 A; 2ZZG A; 2JN9 A; 1H8E A; 1KTV A; 3FPP A; 4RD0 A; 4RDL A; 3CC4 B; 4AF7 A; 1FDR A; 4ACB A; 4X7E A; 2C4U A; 3QFS A; 2LZJ A; 3CPX A; 2QA4 B; 3WQZ A; 4XNF A; 4DQL A; 5EMN A; 1UD8 A; 2WJY A; 2X3U A; 1W0J A; 4WQM A; 3T56 B; 1I18 A; 4P3I A; 1QUF A; 2QE7 A; 4B44 A; 1BX1 A; 2VBT A; 5L46 A; 1B2R A; 4X7F A; 3BCD A; 1N07 A; 3OZU A; 1WP6 A; 4M0L A; 4Y7C A; 4AVZ A; 1QFJ A; 4ZV4 A; 1PJ7 A; 3OAA A; 4II2 A; 4X07 A; 3WYA A; 4MYT A; 2Q6K A; 4XLH A; 2D9R A; 1FRN A; 2RC5 A; 1T6Y A; 2X0K A; 4Q7J B; 4ASU A; 4G1V A; 2WPD A; 4AF6 A; 2ZBU A; 2OTL B; 3GSI A; 1TUI A; 4XM3 A; 5IYR A; 3PUM A; 3FPK A; 1MAB A; 4XLF A; 1YIT B; 4XKW A; 2QTZ A; 2HDN B; 3BH4 A; 2BGI A; 2M5S A; 4N3N A; 2HLD A; 4HE5 A; 1NRK A; 2B5O A; 4F7D A; 5A88 A; 3CCS B; 1PKV A; 3Q39 A; 1VLY A; 2KVO A; 3GVJ A; 1GAQ A; 1UD2 A; 5KNL A; 1T6X A; 4P22 A; 4C43 A; 3BQJ A; 1YJW B; 2WYR A; 1V0F A; 5J3O A; 1EFU A; 4R71 A; 1GAW A; 1VQK B; 3CP2 A; 1CNF A; 5GV8 A; 4UZU A; 4XN3 A; 2FX3 A; 5LMZ A; 4E0F A; 1ZM4 A; 3W5V A; 3B8H A; 3P26 A; 4RD4 A; 1MRZ A; 5HZB A; 4XOT A; 4OPV A; 4IW3 B; 5IYP A; 3AVY A; 1QUE A; 4LBW A; 4X06 A; 1QGA A; 5AN9 A; 3GQB A; 3P27 A; 2XND A; 5IYQ A; 1WOO A; 2NPF A; 3WY9 A; 1M1K D; 1DDG A; 3DDY A; 4OPO A; 1ZM9 A; 2JIZ A; 1VQP B; 4BPR A; 5TR9 A; 3QFR A; 5J35 A; 3PA1 A; 1HVX A; 3OPO A; 4TMV A; 4Y9R A; 3OJW A; 4XLA A; 2NV4 A; 4M2L A; 2AHO A; 4Z4S A; 2XOK A; 1N05 A; 3CW2 A; 1TVC A; 3ASP A; 4HIZ A; 4L8J A; 2DOG A; 1W87 A; 4RLZ A; 2WJV A; 2BV3 A; 1PJ6 A; 4PC6 A; 4RJL A; 4NNJ A; 4DK0 A; 4C0S A; 3T53 B; 5FIU A; 4B4D A; 4RDJ A; 5A8A A; 1P4M A; 1T5E A; 2XZP A; 1VQ7 B; 2C5B A; 2QN6 A; 4TSF A; 4DNT B; 4DQK A; 1YJ9 B; 4XD7 A; 4ZGN B; 1K8A D; 3VMF A; 4TMX A; 2VJJ A; 3BY2 A; 1JB9 A; 1VQ5 B; 3B78 A; 3A8J A; 1FNC A; 3CES A; 3SLD A; 4YAF A; 5IYN A; 3SJP A; 1QGZ A; 1ZUN B; 1OHH A; 4EH1 A; 5DSZ A; 4B3X A; 2E1R A; 5TRD A; 4ZCL A; 2CBX A; 2BN4 A; 4B3F X; 4Z4V A; 1B23 P; 3U6K A; 1J9Z A; 4RPB A; 5H59 A; 3ZZU A; 1Q81 D; 1F60 A; 3CCL B; 3OKX A; 2BVN A; 1RQR A; 1KQS B; 1VQ9 B; 2DEU A; 1I8D A; 4WWV A; 2XNJ A; 4FWT A; 4YHB A; 1Q7Y D; 4P1V A; 2VNK A; 3CCJ B; 1EFC A; 2FVG A; 2BM1 A; 1VQ6 B; 3PA2 A; 2CW5 A; 1G7C A; 3OZW A; 3CME B; 2GJP A; 2B7B A; 2ZZE A; 1ZM2 A; 4WZT A; 2J7K A; 4XR6 A; 1XFO A; 1XQB A; 1WOP A; 2Q6L A; 3H9N A; 4HE6 A; 2WZN A; 5FA6 A; 3Q3A A; 1PJ5 A; 4RM0 A; 4KKU A; 3CCU B; 1OB5 A; 3ASS A; 2X53 S; 1DAR A; 1YIJ B; 1KC8 D; 3WNC A; 1W34 A; 4XKV A; 4ZCI A; 4KKT A; 4WZE A; 4M53 A; 4G7X A; 1QFZ A; 5FL7 A; 5A89 A; 3T51 B; 3OOC A; 2CC2 A; 1IJF A; 1HZE A; 1V0E A; 1R5N A; 3W2E A; 1KD1 D; 1AIP A; 2ZTN A; 2DER A; 4FK8 A; 2XNC A; 1FND A; 3ZIA A; 2E1B A; 2GK7 A; 1WDT A; 2OK8 A; 3AST A; 1SKY B; 1YHQ B; 1CQX A; 3H94 A; 4Z4Z A; 2VBU A; 1VLO A; 3QFC A; 3VR6 A; 4P3Y A; 1N08 A; 3E20 A; 1KK1 A; 1IHM A; 4XL9 A; 2WZP P; 2JDI A; 5GV7 A; 3U2Q A; 1YJN B; 4PAB A; 2VZL A; 3U6B A; 3PEN A; 1A8P A; 1H85 A; 4AC9 A; 1WPC A; 2CND A; 3ASQ A; 2QMU A; 4Z4R A; 3OW7 A; 4DK1 A; 1QH0 A; 1KMH A; 2GPJ A; 3OJX A; 4ACA A; 4B3G A; 1FX0 A; 3JQP A; 4LBY A; 1V5V A; 2ZXH A; 5TV2 A; 3W2H A; 3I55 B; 3W2I A; 4M1K A; 1OB2 A; 1BX0 A; 2V7W A; 2V7U A; 2YWF A; 4RPD A; 1UD4 A; 1G7R A; 1E1R A; 3OFN A; 4XOP A; 4WZL A; 3B82 A; 4PC3 A; 3LVB A; 2C78 A; 4TN1 A; 1D1N A; 2XGJ A; 2HCJ B; 4P6V F; 4OPS A; 1NJI D; 2EIX A; 2DY1 A; 1QX4 A; 1JA0 A; 3LQE A; 1XB2 A; 3R6J A; 4NBS A; 4OOV A; 4P12 A; 5BSX A; 3ZBT A; 3CXC B; 4H9G A; 2GJK A; 2QTL A; 3ZBU A; 3JQR A; 3ASR A; 5BSY A; 3OEE A; 3PUN A; 2RC6 A; 1E63 A; 2CF4 A; 3G05 A; 3CPW B; 5F4O A; 3ES9 A; 3OE7 A; 4YEL A; 1JNY A; 3A8K A; 5JBQ A; 4K1X A; 3R6K A; 4QVJ A; 4LC0 A; 3CRZ A; 4TT3 A; 3W2F A; 4DNR B; 1BMF A; 1UMK A; 1VHO A; 1WTH D; 2JJ1 A; 3HAG A; 1S72 B; 5F4M A; 4YAL A; 5HKK A; 4ROX A; 1OB0 A; 5HXB A; 3E1Y E; 1K9M D; 2F43 A; 3G4S B; 4ZGQ B; 3CCV B; 2DYI A; 3OZV A; 1H8H A; 4G1B A; 2ZBV A; 2I1L A; 2D3N A; 1E79 A; 1KZL A; 2X8K A; 1N0V C; 3CCR B; 2PE3 A; 4X7C A; 1I7P A; 1VQ4 B; 2V31 A; 1FRQ A; 2OBS A; 2V4D A; 1QVG B; 4M4S A; 4QV2 A; 5CDF A; 3LNN A; 4B47 A; 3CMA B; 1W9X A; 4Z4Y A; 1UD6 A; 1GR1 A; 5KSW B; 1W0K A; 2V7Q A; 3GVL A; 4OP7 A; 2VYQ A; 3LO8 A; 3FKS A; 4XOR A; 4RD3 A; 5FO1 A; 2OK7 A; 3ZUG A; 1DDI A; 4II3 A; 1N8R D; 3MMP A; 2PMD A; 2BPO A; 4UAJ A; 3V76 A; 1EFT A; 2ZL5 A; 3VO1 A; 2F4N A; 3WXM A; 4X8I A; 4KKS A; 1WSR A; 4YAW A; 3CCQ B; 3G6E B; 1UD5 A; 1ZM3 A; 4TMT A; 3ONY A; 5H5J A; 4XN0 A; 4Z1M A; 4RD2 A; 4YAO A; 1N06 A; 1JJ2 B; 2VNH A; 3VO2 A; 2GRE A; 1Q9S A; 4B43 A; 2W6I A; 1NB0 A; 2X6X A; 3OEH A; 3SEJ A; 4Z4U A; 2X6Y A; 3OP1 A; 4RDK A; 1VQN B; 4P2N A; 1VQL B; 1BJK A; 4XON A; 5HZA A; 2WSS A; 5IYW A; 2PLF A; 2ZL7 A; 3AGQ A; 3W5H A; 4UZE A; 2QGG A; 4P25 A; 1VJS A; 4TMW A; 2P3M A; 1G7S A; 4X0C A; 4QHY A; 1VQM B; 3CTA A; 1ELO A; 2ZL6 A; 4NCN A; 3CCM B; 2X85 A; 2C77 A; 3QE2 A; 1OGJ A; 3CC7 B; 4RCY A; 3BY1 A; 4OOS A; 2OBT A; 3ZPN A; 3A3G A; 3WND A; 1BPL A; 3V7A A; 1NBM A; 3KL9 A; 1BQE A; 1KK3 A; 2XZO A; 3CC2 B; 2VBV A; 3MCA A; 1EFR A; 1HA3 A; 1FNB A; 4LBV A; 2ZZQ A; 1EP1 B; 3JU4 A; 2EFG A; 4P26 A; 5THX A; 2XEX A; 2V7V A; 1AMO A; 2R6H A; 5F4J A; 4P6Y A; 3ISX A; 1SM4 A; 4X7D A; 2QDX A; 3SLN A; 2F1M A; 1QVF B; 2YWH A; 3Q6Q A; 5IK2 A; 1S4M A; 2PIA A; 2V7X A; 3G71 B; 2OTJ B; 3AVW A; 4YEJ A; 5DS0 A; 2ZIT A; 3BNW A; 3CB4 A; 2YWE A; 1VQ8 B; 4PC2 A; 2DCU A; 2HMA A; 5B6I A; 1QFY A; 1TTT A; 1K28 D; 3AGP A; 3QSY A; 1OGI A; 4U9U A; 2C2W A; 2BGJ A; 2ZZF A; 1Q82 D; 2Q6I A; 2DET A; 4PGO A; 4ZCM A; 1D8T A; 3VNV A; 4G6I A; 1JA1 A; 4FXU A; 1NDH A; 1T6Z A; 1VHE A; 3BC9 A; 3I1F A; 3GIR A; 3CP8 A; 4PAA A; 4WZK A; 4G7W A; 1WSV A; 4Y9U A; 3J81 k; 1D2E A; 4FN5 A; 4G5G A; 4XQF A; 2WR8 A; 2Z6B D; 1EWY A; 2BM0 A; 1E43 A; 2X6W A; 4OOX A; 1E3Z A; 3Q38 A; 1KJZ A; 1VF7 A; 3AVT A; 1Y0R A; 2JJ2 A; 1KK0 A; 3OW2 B; 1KRH A; 4P9S A; 1IB0 A; 2QEX B; 4TMZ A; 2C5H A; 2YWG A; 2F1L A; 3JQQ A; 1H42 A; 4LBZ A; 1Y0Y A; 2R9V A; 1GVH A; 1WOS A; 3QFT A; 2B7C A; 3ZC3 A; 5FO0 A; 3RY8 A; 3CCE B; 1K73 D; 1QGY A; 3NE5 B; 1N0U A; 2Q6O A; 2D74 A; 1VQO B; 4RD6 A; 2VNJ A; 3ZZT A; 1FNM A; 4JMQ A; 2XZL A; 1E62 A; 1EXM A; 1XE1 A; 1WU8 A; 1KK2 A; 3PVD A; 1E64 A; 1U2R A; 4CQJ A; 1EP2 B; 1W35 A; 1G7T A; 1BLI A; 1RQP A; 3FJO A; 3SKB A; 1GO2 A; 2BF4 A; 2VNI A; 2VJI A; 3WNB A; 3I56 B; 2D3L A; 1COW A; 1SKQ A; 1Q86 D; 3CD6 B; 4QVA A; 4YAU A; 2OBR A; 2CK3 A; 3BCF A; 4B48 A; 3WBK A; 2GK6 A; 2CRV A; 3AVU A; 3KEW A; 1IJE A; 3LQ6 A; 2GQF A; 3A1P A; 3W2G A; 1R5O A; 1S0U A; 2DIE A; 4QUZ A; 3ONU A; 3WBJ A; 3W5U A; 4QFM A; 1WOR A; 3MHP A; 4YXW A; 2GJR A; 2OYN A; 3Q6R A; 4UZF A; 1W2B B; 4XLE A; 1CNE A; 2BMW A; 3SJZ A; 1E1Q A; 5E6T A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1MRZ A; 1NB9 A; 1N06 A; 2VBU A; 1Q9S A; 1N08 A; 1NB0 A; 5TRD A; 3OP1 A; 5A8A A; 1P4M A; 5FNZ A; 2VBV A; 1T6Z A; 2VBT A; 5FO0 A; 5A88 A; 1N07 A; 5FO1 A; 5A89 A; 4UZE A; 3ZUG A; 1T6X A; 2I1L A; 2P3M A; 2OYN A; 1S4M A; 3CTA A; 4UZF A; 1T6Y A; 2VBS A; 2X0K A; 3BNW A; 1N05 A;
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