2P4JA

Crystal structure of beta-secretase bond to an inhibitor with isophthalamide derivatives at p2-p3
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design, synthesis, and X-ray structure of potent memapsin 2 (beta-secretase) inhibitors with isophthalamide derivatives as the P2-P3-ligands.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 389
sequence length 389
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p4jA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p4jA02
5P2YA 5KR0A 3SA4A 5P4QA 5P2CA 3HDKA 2ZDZA 5OYYA 3PVKA 2FGUA 5ER2E 5ISJA 3RVIA 3OU4B 5P63A 1PPME 3B7VA 4RGHA 5P5TA 2HB4A 3HW1A 3INEA 2G1RA 4X2LA 2FS4A 1WKRA 5P29A 2WJOA 4EPJA 4EJKA 4Y51A 5P88A 2AOGA 5P35A 5P37A 1AVFA 4MC2A 1ZJ7A 1K1UA 3IXOA 3KFPA 4RCEA 5P11A 4OBZA 4FCOA 4XXSA 5CONA 1FLHA 4YD5A 2ZJIA 2VJ7A 2OHMA 3PBDA 1FQXA 5IE1A 1AJVA 3WZ6A 1SGZA 4PZXA 4YDGA 2I1AA 5P4YA 5HD0A 5P6PA 3KT5A 4Z22A 5P1AA 1B6JA 1IIQA 4Y5MA 3LZVA 3R4BA 5DGUA 1MT8A 2AODA 3QI1A 3EKYA 1DPJA 2P3BB 4RRSA 4EJLA 1AZ5A 3KMYA 3D91A 5P13A 4Y5AA 3VYDA 4ZEAA 3BHEA 3QIHA 8HVPA 4Y4DA 5AH6A 3OY4A 2P8HA 5P2HA 3NXNA 4RVXA 2QCIA 2RKGA 3ZPSA 2HPFA 3KDCA 3PLDA 2JXRA 3LITA 5P6CA 3SABA 2AZCA 1META 4LBTA 4BFBA 5OZ0A 2QI4A 5P0ZA 5P68A 6UPJA 3BVBA 1SP5A 2VA6A 5SY3A 1HSIA 4GB2A 4YCTA 5P6ZA 2R8NA 5P6TA 4EQJA 4RYCA 5P8HA 3OUCA 4L6BA 3S7MA 5P4SA 1HTGA 4Y56A 5OYXA 5C9BA 5BRYA 4J0VA 3I8WA 5P57A 4H3JA 1HVKA 5ENKA 4GJ9A 3UFLA 1EAGA 5UPJA 1F7AA 5P70A 5P1QA 5P1IA 2R43A 2NMYA 3O9BA 5P09A 4RCDA 1IZHA 1APVE 2JJJA 5P1UA 1HOSA 2PK5A 1IDBA 5P55A 3WB4A 3ZOVA 5P04A 5OZWA 3WZ7A 2NTRA 2BPVA 2FXDA 1GNNA 3Q3TA 2O4KA 4QJ2A 5P4XA 5P46A 5OYUA 1ZPAA 4LXAA 3OUBA 2J9JB 2QNQA 3UQWA 1BDLA 5DR3A 5P64A 3HBOA 3BUGA 3NUOA 2G94A 4D83A 1BV9A 5P67A 3VSXA 2OHRA 2WEZA 4J1EA 2AOIA 1HTFA 5P49A 2NNKA 2V12C 1E82E 3TLHA 3ZKNA 4M8YA 5P1RA 2PH6A 3SA9A 3GW5A 3L5BA 5P7CA 2FDEA 1IBQA 5F01A 2JE4A 2PSUA 3FKTA 4RCFA 2ZGAA 4U7QA 3KDDA 5OZYA 2R3TA 3K5FA 5P5XA 5P8AA 4TVGA 2CEMA 5P14A 1LYWA 4Y3GA 3EKPA 4FRJA 3S53A 5JFUA 3QP0A 2F80A 2QMPA 3K5GA 3MSLA 3LPIA 4Y5NA 4NJTA 4JPCA 5P72A 4Y3SA 1Q9PA 4DFGA 2I4UA 2QI1A 2B8VA 4YE3A 4ACUA 4Y45A 1YM4A 1HEGE 5OZRA 3R0YA 1LV1A 2PWCA 5P73A 1D4LA 5P48A 1SDUA 3NDXA 3TPRA 1FQ6A 1ZAPA 5P7IA 4AZYA 5OZ9A 2QMGA 1T7KA 4CPSA 1KJ7A 5P7QA 3L38A 4DJOA 5P0YA 4B72A 1T3RA 2ZJNA 1CPIA 5P22A 1HVRA 4BFDA 5P16A 5OZFA 3QS1A 3VFBA 5OZ1A 2QMFA 5P1FA 1APUE 1LYBB 2V00A 5OZ2A 4QJ7A 4Y4XA 5P2TA 5P7AA 5P0FA 5P1NA 4FAEA 3UHLA 3CMSA 2IGXA 3PLLA 3NDUA 3UDMA 5TOLA 2ZHSA 5OZ3A 5P4MA 5P6DA 3TOHA 1BIMA 3TOFA 4NJSA 3G70A 2F8GA 5P4GA 5P3YA 4L7HA 5OYTA 1HSHA 1SMEA 2UPJA 5P6NA 5P39A 1W5VA 2Q54A 2RSPA 3NU3A 2A1EA 4DVFA 5P87A 4EJ8A 3G6ZA 5P27A 3I25A 1QBSA 4Y35A 1SIPA 3PHVA 3HLOA 2FNTA 4BEKA 3S43B 2PC0A 3K4VA 3L5CA 4HLAA 3ZLQA 1UPJA 4GJ7A 3DJKA 2G21A 5SXNA 2I4WA 4EYRA 5P3PA 3UF3A 5P6QA 4F73A 3RTNA 2ER6E 4Y5EA 3OQ7A 3RTMA 2A4FA 3FSMA 2QNNA 4CKUA 4Y41A 5OZMA 1EPLE 3UDHA 4OC6A 5P5SA 2IS0A 1KJ4A 2JYSA 3OHFA 4GJ8A 1IZIA 5P3EA 3NU5A 2O4NA 4B1CA 3OQAA 5HDUA 2VKMA 3HZCA 3O9IA 4Y58A 2RENA 4PPHA 4Y44A 2Q55A 4EQ0A 1ZLFA 4FE6A 1HPXA 2ZHTA 2V11C 4FAFA 4AUCA 2ZHUA 5APRE 3IVHA 1G35A 5OZLA 1IDAA 3C9XA 3CICA 5P6WA 3LHGA 4NPUA 4B0QA 4Y5CA 3S2OA 1C6XA 3TKWA 1XL5A 5HCOA 2VS2A 5P0TA 3BVAA 5P4AA 5P1ZA 5OZUA 3JW2A 4D88A 5P0UA 4RVIA 3PWMA 1T6EX 3LZUA 5P2UA 4L1AA 3O9LA 5P4CA 2FXEA 4Q1WA 3SO9A 2ER9E 5P2VA 5BWYA 2H6SA 5P75A 5P0EA 3AUPA 1K6PA 5P3TA 5P1BA 4YD3A 2HC0A 5P8CA 5P51A 4B00A 4J1FA 5P12A 5BS4A 5P2GA 5P3UA 4FRKA 1HVCA 3JVWA 1PROA 1YM2A 4K8SA 1IZEA 2IEOA 5P0XA 3ZKXA 5P6KA 1K2BA 1HVJA 3K5CA 3KA2A 1SIVA 2OAHA 4Y5PA 5P50A 4DQEA 5P8VA 2ZYEA 4X7IA 1F34A 4Y3HA 2QI3A 4H3IA 5SZ9A 1IZDA 1LYAB 2Q5KA 1FKNA 5P82A 3SM1A 4DQGA 4ER1E 3MSKA 2ANLA 5P18A 4FIVA 2XFIA 2VIZA 3OU3A 5P2AA 3UDNA 3ZKIA 5P5MA 5P08A 1AJXA 4KE1A 5P65A 5P26A 5P8GA 3BRAA 2I4QA 3OXXA 1EBZA 5P4EA 5P3DA 5P61A 5P0GA 2BJUA 3I7EA 3DCRA 5P7YA 3BXRA 5P0QA 3IGBA 3BGBA 4Y5KA 4I12A 3EKWA 5OZJA 3VFAA 1ODXA 1YG9A 1RQ9A 5P2WA 5P2SA 3WSJA 1HPSA 3SA3A 5P6UA 3O9EA 5P5BA 4GIDA 3L5EA 5DQCA 4ZIPA 3I2LA 2G22A 1GKTA 1DIFA 2PK6A 1N49A 3CIDA 3VF5A 3EKVA 2PH8A 2I4XA 4D8CA 1D4HA 4HVPA 4DJVA 5P8EA 3SFCA 4Y3FA 2QI6A 3JVYA 1DP5A 1YTJA 1LS5A 2G26A 5P2LA 2HPEA 2QI7A 2HB2A 3EXOA 4I0DA 5P2IA 4Y3AA 4LXMA 4B1DA 1XS7D 5KQXA 5P6EA 4A6CA 5P53A 1T6GA 5OZPA 3OTSA 4D85A 4AMTA 3MXDA 2BBBA 2G20A 2OF0A 1AM5A 4Z50A 2AVOA 3OAGB 5OZSA 4Y3EA 2F81A 3L59A 3NR6A 1ER8E 5OZHA 1BDQA 3O9HA 5HE7A 4Y57A 1PSAA 1FB7A 2FMBA 5P38A 4I0GA 5P0IA 5KOQA 3S7LA 4CPQA 2PYMA 3SA7A 3LIZA 3KFNA 5F00A 5P25A 2Z4OA 2UY0A 5P0RA 5P0WA 3RTHA 3UDPA 3LIYA 2VNMA 5KAOA 5DGWA 1QBTA 3PM4A 1HVLA 5KQYA 5AH9A 3NDWA 5AH8A 3OU1A 3LIQA 4PHVA 1EC3A 3PCWA 1OD1A 5P3AA 2ER0E 4HDPA 2R9BA 5AH7A 1RL8A 2AOCA 4RZ1A 1B5FB 1TSQA 5OZNA 2CEJA 5P4JA 5P7LA 1ZSFA 5IVSA 1E81E 2H6TA 1RV7A 5P05A 3VLAA 2IENA 3PEPA 1K1TA 2ER7E 1HSGA 4OBJA 4U8WA 2NXDA 5P4HA 3VSWA 5DQ2A 2NMZA 3TL9A 3U6AA 2XYEA 2WF1A 3O9FA 3LNKA 4ER2E 3OGPA 4HDBA 1EBKC 1MVPA 4TRZA 3MWSA 3K4VC 5P3BA 5P8LA 2WF2A 2AOJA 4YCYA 1GNMA 2WL0A 5P47A 5IVRA 1FIVA 5OYRA 2V13A 5P4TA 3INDA 3NSHA 2ASIA 1PPKE 3UPJA 4COEA 3B80A 4Y4BA 4XX4A 1EPPE 2FGVA 1FFFC 3SQFA 3LZYA 4FLGA 4F76A 1K6VA 3F9QA 4JP9A 5P2RA 3SKGA 3PJ6A 3RSVA 1W5YA 3IAWA 4DJWA 1FGCC 1G2KA 1PFZA 3D3TA 3BXSA 1U8GA 3OWNA 5P3FA 5P2BA 1GVVA 5P3HA 5P0PA 3SM2A 5P5GA 4F75A 2HS1A 1G6LA 3SA8A 4CPRA 3VUCA 1E5OE 4Y3MA 3UQPA 3PI5A 1XN2A 5P0LA 1GVWA 3VF3A 2QI5A 1J71A 4Y37A 5P66A 1MESA 3BGCA 3UQXA 5IVQA 1EC1A 5P2MA 4MC1A 5JG1A 5P3IA 3QRMA 1BV7A 1MIQA 2OHLA 1FQ4A 5P4NA 5P5EA 1SDVA 5P06A 3MSJA 3ER5E 2VNNA 5P1JA 3IXJA 5P2XA 3L5FA 3QBHA 5P8UA 5P86A 1IVPA 4TRWA 3KF0A 2B42A 1W51A 5P6RA 5P5VA 5P45A 1HTRB 5P1EA 5P8NA 5OZKA 2WECA 5OZAA 1OEWA 1FEJC 4OBZB 5P7WA 1AAQA 5P1CA 3EC0A 4CPTA 2FLEA 5P0SA 3TNEA 1OHRA 4I8ZA 4PEPA 5P5HA 4I0EA 3APRE 3KM4A 4UPJA 3EM3A 2QD8A 4H1EA 5P8QA 3LPKA 5P1KA 4YOBA 5P3QA 3KT2A 2ZJHA 3IA9A 4Y6MA 5P8SA 1W6HA 1W6IA 5P7HA 4KB9A 3VV8A 4Y36A 1CMSA 5HU1A 4OD9A 3OXWA 4YBIA 4DJRA 1PSNA 1FQ5A 1HVHA 5P15A 3EKXA 3HD8A 5HTZA 2P4JA 1GNOA 3PWRA 1ZPKA 5P0CA 2Z54A 4I10A 3SACA 4DI2A 3R2FA 2QHCA 4DJYA 4EP2A 1XE6A 1PSOE 3ER3E 3O99A 1ENTE 4H3FA 3UCBA 5P3RA 2IL2A 5C9FA 5P1VA 1MT7A 5P2KA 3VV7A 4Y4UA 3CYWA 4Y3WA 3TH9A 3FX5A 4QJ9A 4Y4GA 5P4BA 5P1TA 3L3AA 3L58A 2B7ZA 1QS8A 5AGZA 3HAWA 2O4SA 5AHAA 3OADA 4I0FA 3ZL7A 1LZQA 5COPA 4Y3YA 5P07A 5P2QA 5P7RA 2QU3A 5P1WA 2G24A 1SMRA 4Y43A 4QJ8A 5P7KA 1QBUA 4MC6A 3QN8A 3H0BA 2XFKA 5DPZA 3IN4A 2MIPA 2NNPA 2AVSA 5P6IA 4EWOA 3CYXA 3UDYA 1HIVA 4Y50A 3VV6A 5I3WA 5P3NA 5P1XA 4Q5MA 7UPJA 4ACXA 5P7SA 4J17A 5KR1A 5P4LA 4I8WA 2OHUA 1NPAA 4K9HA 5P00A 1C70A 3PI0A 4LAPA 3T7PA 1SGUA 2QHZA 3OXCA 1APTE 5OYQA 5P5KA 3IXKA 1EC0A 5P0JA 5P8FA 2AQUA 3D1ZA 4Y4JA 2OHQA 4RVJA 5P02A 5OZOA 5DR8A 1C6YA 4GMIA 4DQFA 5P24A 4J0YA 4ER4E 4ZPEA 4JECA 5P54A 2APRA 5KR8A 4Y54A 3T3CA 1UH8A 2AOHA 3O9DA 4R95A 4APRE 5C9DA 1EPOE 2OHTA 5P5JA 2VIYA 5P58A 5P4UA 1FG6C 5COOA 2BPZA 3PSYA 5EZZA 1XN3A 5P8PA 3S85A 3AIDA 5PEPA 3SAAA 2QZXA 3OHHA 3QVCA 4IVSA 1LYWB 5KR2A 3O9GA 2NXMA 2NPHA 5DR4A 3S56A 3SA5A 1CZIE 3EM4A 4CPXA 5OZ8A 4EXHA 2BKTA 5DQ4A 1NSOA 2QD7A 4I11A 1W5WA 1B6PA 4Z2ZA 1BILA 1TCXA 1TSUA 5P6JA 4Y3TA 1SBGA 3ZPUA 4D89A 5EZXA 3PMUA 1BAIA 1WBKA 3QVIA 2PYNA 4FGXA 2PSVA 1YX9A 4A4QA 5KQFA 3MXEA 2IGYA 3ECGA 4ZSRA 5P17A 1D4YA 3OU4A 5P30A 1K6TA 2FDPA 2ZJKA 4U7VA 5P3JA 2BPYA 4ZSQA 3GI5A 2XYFA 4LXKA 2HIZA 4TRYA 5P4FA 1AIDA 2AVMA 3FV3A 5P0VA 4Y47A 3QRVA 3OGQA 4XKXA 5ER1E 2ZJJA 1RNEA 4GJ5A 1GVTA 3DV5A 4WY1A 2AZ8A 1FQ7A 5I3XA 4CPUA 5OZ4A 1UH9A 3DUYA 1HBVA 3GGUA 2Q64A 1A9MA 4JPEA 3APPA 5OZ6A 5OZQA 1HRNA 1NPWA 2RKFA 3UTLA 4QLHA 1ODWA 3QROA 4DJXA 5P1MA 3OOTA 5P40A 2VJ9A 5DR1A 5P0OA 5P1SA 2WKZA 2R5QA 2XFJA 5P6LA 2F3KA 2BPWA 1EPQE 2F3EA 4Y4EA 5P4IA 2AZ9A 5P5IA 2P3BA 3Q6YA 4RYGA 2PMAA 3LIXA 4CPWA 2RMPA 2P3DA 2QD6A 3DCKA 2QMDA 5P6OA 3TPPA 1TCWA 3H5BA 1XDHA 5P77A 2VIJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2Y A;  5KR0 A;  3SA4 A;  5P4Q A;  5P2C A;  3HDK A;  2ZDZ A;  5OYY A;  3PVK A;  2FGU A;  5ER2 E;  5ISJ A;  3RVI A;  3OU4 B;  5P63 A;  1PPM E;  3B7V A;  4RGH A;  5P5T A;  2HB4 A;  3HW1 A;  3INE A;  2G1R A;  4X2L A;  2FS4 A;  1WKR A;  5P29 A;  2WJO A;  4EPJ A;  4EJK A;  4Y51 A;  5P88 A;  2AOG A;  5P35 A;  5P37 A;  1AVF A;  4MC2 A;  1ZJ7 A;  1K1U A;  3IXO A;  3KFP A;  4RCE A;  5P11 A;  4OBZ A;  4FCO A;  4XXS A;  5CON A;  1FLH A;  4YD5 A;  2ZJI A;  2VJ7 A;  2OHM A;  3PBD A;  1FQX A;  5IE1 A;  1AJV A;  3WZ6 A;  1SGZ A;  4PZX A;  4YDG A;  2I1A A;  5P4Y A;  5HD0 A;  5P6P A;  3KT5 A;  4Z22 A;  5P1A A;  1B6J A;  1IIQ A;  4Y5M A;  3LZV A;  3R4B A;  5DGU A;  1MT8 A;  2AOD A;  3QI1 A;  3EKY A;  1DPJ A;  2P3B B;  4RRS A;  4EJL A;  1AZ5 A;  3KMY A;  3D91 A;  5P13 A;  4Y5A A;  3VYD A;  4ZEA A;  3BHE A;  3QIH A;  8HVP A;  4Y4D A;  5AH6 A;  3OY4 A;  2P8H A;  5P2H A;  3NXN A;  4RVX A;  2QCI A;  2RKG A;  3ZPS A;  2HPF A;  3KDC A;  3PLD A;  2JXR A;  3LIT A;  5P6C A;  3SAB A;  2AZC A;  1MET A;  4LBT A;  4BFB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LIV A;  1HXB A;  4DJU A;  1HPV A;  1D4I A;  3Q70 A;  5P5C A;  4L1A B;  3O9L B;  5OZD A;  2V0Z C;  1M43 A;  3UDQ A;  4OBK A;  3ZKS A;  2QHY A;  4FSE A;  5P79 A;  3KDB A;  2HM1 A;  5P0M A;  5ISK A;  5OYV A;  4H3G A;  5P7D A;  2J9J A;  4LL3 A;  2PQZ A;  4MC9 A;  1MUI A;  4YD6 A;  4DQH A;  5HVP A;  5P3W A;  2AID A;  1K2C A;  4HZT A;  5AHB A;  5OZG A;  2V10 C;  4B77 A;  2G1S A;  5SY2 A;  4QGI A;  3TPJ A;  4EP3 A;  1HPO A;  4KUP A;  3PRS A;  4QJA A;  5E5J A;  3HVP A;  5P1Y A;  2O40 A;  4R91 A;  5P31 A;  5OZ5 A;  2QZW A;  3VEU A;  2J9K A;  2JJI A;  2WEB A;  2AZB A;  3M9F A;  3GGA A;  5P1G A;  3FIV A;  5P2Z A;  1A8G A;  5P5Q A;  5OZ7 A;  5P6H A;  5P5U A;  1WBM A;  2VA7 A;  1HXW A;  2B7F A;  5P7Z A;  3EKQ A;  5P7U A;  4DV9 A;  5P7G A;  4A6B A;  5P6M A;  1FQ8 A;  5P7F A;  4OBD A;  1KJG A;  5P7M A;  5OYS A;  4FRS A;  5P7X A;  4Y5G A;  2P3C A;  3PWW A;  1MRX A;  1ZP8 A;  1MER A;  5P69 A;  3INH A;  2FDD A;  3NDT A;  4Y3R A;  5IS4 A;  5HE5 A;  3OQF A;  4K4P A;  5P7T A;  2IKO A;  5P10 A;  4ZSM A;  2IQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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