2P5QA

Crystal structure of the poplar glutathione peroxidase 5 in the reduced form
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
ESVHDFTVKDAKENDVDLSIFKGKVLLIVNVASKCGMTNSNYAEMNQLYEKYKDQGLEILAFPCNQFGEEEPGTNDQITDFVCTRFKSEFPIFDKIDVNGENASPLYRFLKLGKWGIFGDDIQWNFAKFLVNKDGQVVDRYYPTTSPLSLERDIKQLLEIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Populus trichocarpa x populus deltoides
publication title Crystal Structures of a Poplar Thioredoxin Peroxidase that Exhibits the Structure of Glutathione Peroxidases: Insights into Redox-driven Conformational Changes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione peroxidase 5
total genus 53
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2007-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2p5qA00
4JEDA 11GSA 3CYNA 3TKSA 2OJLA 1V9WA 4J2FA 1TRWA 2LV3A 4OFNA 1X9WB 4HEA2 4ZILA 4KA0A 1HNCA 4G9HA 1CQHA 3LXTA 2DBCA 4ID0A 5J9BA 2CX4A 1FAAA 4MZWA 4KUNA 4AJ6A 3ISOA 1T4YA 1Q98A 4TXOB 1GSDA 2VLUA 5H5QA 5IMVA 4DSSA 2FWGA 2A2RA 1XWAA 3D0ZA 2NPBA 3Q19A 5B7CA 1GSYA 2VL9A 2YWMA 1K3YA 3A3TA 3LJRA 6GSTA 4MJAA 3I69A 4WETA 4WF5A 2YWNA 3PH9A 3M3MA 5FT3A 4XRAA 3QOUA 1R5PA 4F9ZA 4O7HA 1V58A 5LCZA 1YJ6A 5ECHB 4GQCA 2YANA 5ECOB 1FB6A 4TRXA 1SK0A 1T3BA 5HR1A 4HDEA 1ZOFA 2VCQA 3HXSA 4GWRA 3RPNA 1XXUA 1UVZA 1WPIA 1HYUA 5DCGA 2K18A 1B48A 4HOJA 2C1YA 4YAVA 3LXZA 4TR3A 1LU4A 1A0RP 1K0OA 5CYYA 4MF7A 3QAGA 4K7IA 1THOA 4BWQA 1YEXA 4MJCA 1O85A 4MK3A 2MMAA 2DJ1A 12GSA 1GSSA 3KEBA 4MP4A 1AC1A 3H8QA 1J9BA 5DAKA 5LD0A 4DEJA 9GSSA 1NM3A 3HY2A 1WIKA 1Y6EA 2K8SA 2C0FA 1OC9B 3GUSA 5ELAA 1SJIA 1A0FA 2OE1A 1K0DA 4IJ3A 3JCML 1U87A 3M9JA 5B6NA 2H71A 2HFDA 3CXGA 2AYTA 2RIIA 2H1BA 4V2NA 2E2MA 1ERUA 1WJKA 2YJHA 5E4WA 3ZIJA 3F63A 1EEMA 2WGRA 1JFUA 4FYUA 5F0GA 2ALBA 2P0GA 4D73B 3CTFA 3MWHA 2P5QA 4I2TA 2BJXA 3IK9A 3GX0A 4IVFA 4DSQA 2QKEA 2H6XA 2L5LA 4POBA 2GTUA 1VRSD 3HKRA 4AF2A 1PRXA 4O5RA 3W8JA 1GULA 4BPYA 2OBIA 3FYGA 1EWXA 3H79A 3BCIA 2L57A 1AIUA 4ML1A 2A2SA 4WKWA 1MDJA 1XW9A 4QL9A 2DJKA 4AJ8A 2V41A 3F9UA 5COHA 1V40A 3KTBA 3ZFBA 4IQ1A 1QGVA 2DJ2A 2HI7A 4TOPA 3D4MA 2O87A 4Z7XA 3KGKA 2FGXA 3D5JA 4ULXA 2CVKA 2R5GA 1WWJA 5ECLB 2H6YA 3KMOA 4LLRA 5CRWA 1NSWA 3S9FA 5CNWA 1R5AA 4LA1A 2JSYA 3ZFLA 2L5OA 4PX1A 1GL8A 2GSRA 4XS4A 2MZCA 5ECPB 4GRFA 1K3OA 1TJDA 5ID2A 5IPGA 3ERFA 1EP8A 1YZXA 2GQMA 4HU9A 2H0IA 3ZITA 1KTEA 4TVEA 5EY6A 3WGDA 2GQLA 4WXTA 3RHCA 2H1DA 5H5SA 5F06A 1MD3A 4JZQA 2LQQA 2PUKC 4TXVA 3IR4A 4L8EA 1U3IA 1IYHA 3HCZA 2OACA 2HZFA 4TR1A 1HQOA 2FNOA 5JWQB 3UARA 4HZ2A 3ZIVA 4EDYA 2EC4A 4EF0A 5CREA 4GXZA 2IFQA 4N11A 3ZRDA 4K7NA 3Q74A 3O6TA 4I6XA 4JBBA 3FZAA 3FZ4A 1DE1A 2VCVA 2GLRA 1X9MB 3IAM2 4IBPA 2H1GA 5EPFA 1TXXA 2H8LA 3W6GA 3DD3A 1EGRA 3TUEA 2B7JA 2H73A 1XFLA 3I43A 1TTZA 1TU8A 2C0GA 4ECIA 5ECSA 4HQZA 4PNGA 4MZCA 3DVWA 1TK8B 3GA4A 4MA9A 4K1FA 5JCUA 1GRXA 1BG5A 4G10A 3HA9A 1GUHA 2KHPA 4CHSA 2C4JA 4N0ZA 2H75A 5D73A 3O76A 5IMZA 3ERGA 2MBSA 5IOXA 3HJMA 1GTBA 3UBLA 3HJOA 1TW9A 4RUVA 4PXOA 4XIHA 4NHZA 5DQSA 1AUCA 4DSSB 5KEJA 2EIRA 2PN8A 1HD2A 1ZZYA 2GVPA 1PSQA 3ZZXA 1O81A 4ZB9A 4YAPA 1BJXA 4L5OA 1MD4A 3RBTA 2LEGA 3H1NA 3RDWA 1SJZA 3TRPA 2WCIA 1UA5A 1BQ7A 4O32A 5KN1A 2DJ3A 2NTOA 4KW6A 3VWXA 2DJ0A 2H0GA 2WB9A 1GLQA 3KXOA 2KP1A 2B1LA 5J5NA 5J3RA 1K0CA 3F3QA 4DVCA 5HR3A 2H19A 1SENA 3MSZA 4YQMA 2N5BA 1TRSA 2YWIA 3DRNA 1JZWA 3ZTLA 1K0BA 1XPVA 4ILFA 1BAYA 5HR2A 3GKNA 2JZTA 5AIVA 5KN2A 3CRUA 5EL8A 18GSA 2GT5A 2VM2A 3KCMA 2NBSA 2GSQA 2J9HA 4MH2A 17GSA 4ZL8A 5F07A 1Y25A 3VLNA 3IC4A 1OAZA 3BJ5A 5IPHA 1A2JA 3DWVA 20GSA 1Z6NA 4WEYA 4WF4A 4L0UA 3TJJA 4NWYA 3GFKA 1AAZA 1NHOA 4H86A 4RQRA 2PVOC 5DJLA 5L71A 2CV4A 3EMPA 4XS1A 2L4CA 2XBIA 2F51A 3P8WA 1GP1A 1Z7PA 1ZGNA 5JCWA 3APOA 1YQ1A 3QFAC 2L4QA 3KMNA 5IQYA 2M72A 1W4VA 5HFGA 4V1Ag 2HSYA 2X99A 3M8NA 2C0EA 2I3YA 2B1KA 2H30A 2YZUA 3D22A 3TJBA 7GSSA 1KEBA 2VL2C 1WE0A 3IDVA 4PGTA 4I5QA 3CRTA 2E2GA 3I6AA 4IN0A 3F3RA 1Z3EA 3TOTA 2R4VA 4G19A 3M9KA 1JHBA 1NW2A 2V6OA 2IMEA 3NIVA 4N10A 1B8XA 1SK2A 4XRDA 2L6CA 2LKUA 1URMA 5IMAA 2LSTA 2I4AA 2R2JA 3QAVA 4QL7A 2BMXA 1Z5YE 2LJRA 3IK7A 3KP8A 4E8HA 2DIZA 3C8EA 3FRCA 4TW5A 4N30A 3F6DA 3W8SA 1GNEA 2LS5A 1M2AA 3FW2A 1GTAA 1QQ2A 3WGXA 1ST9A 2JL4A 4MMMA 1GNWA 3D21A 1FO5A 2IIYA 4OFMA 2V2GA 2H74A 4XTSA 3UL3A 4DSRA 5B8BA 1O7UA 1S3AA 3GTUA 4XS4B 2M80A 5IIZA 1EV9A 2GSSA 4PUFC 4ZBAA 5ID2B 4OMVA 3HYPA 1IYIA 2CAQA 3VPQA 5G30A 3KM6A 3VURA 1AQWA 3PR8A 3H93A 1XWCA 5DVBA 3UJ1A 1T8EB 4IS0A 3UEMA 3D4TA 1DBYA 5EVOA 2HE3A 2LRTA 1ZYEA 1GSEA 4EDZA 3WYWA 4TR1B 3IV4A 3I9V2 3ZL5A 3P7XA 1N2AA 2MMNA 3ME7A 2C0DA 3MAKA 4O92A 1FVKA 1ZCPA 2IFQB 5CRDA 1TK0B 2VCXA 1TI3A 4KNDA 2RLIA 4EXJA 3E9JB 2B5YA 4WBRD 3ZMLA 1AQXA 4MPFA 2O89A 1SJ6A 4ZBDA 4V1Ap 4ZB6A 1QUWA 5AGYA 2MMZA 1ACVA 3IBHA 4MJBA 5DALB 4LMWA 3MNGA 5ECQB 2VLVA 3CSJA 4K6XA 4HI7A 5IO2A 2OE3A 4JRRA 1AW9A 2VL3A 1B4PA 1M7TA 2LJAA 2NDOA 3TCOA 3WT1A 3UIWA 3FR9A 4BWSA 2N5AA 3UVHA 5E59A 4I8BA 3BCKA 4MJEA 1EP7A 2QSIA 2O8VB 2C3TA 5ELGA 4EO3A 3GV1A 3ZVJD 1SU9A 1PKWA 1XZOA 1EGOA 1YF0A 2XPDA 4F0CA 1WRYA 4I97A 3HD5A 4IP1A 3ZREA 1TU7A 3D6IA 2FA8A 3TJKA 3FR6A 2QGVA 4KSOA 3CMIA 5GSSA 1A2MA 2FWHA 4JU5A 1YEPA 1EZKA 5HFKA 2CQ9A 2VUPA 3QCPA 4FIWA 1OKDA 2HYXA 2PU9C 3GKKA 1V98A 3HZ8A 1DUGA 2WZ9A 4Q5RA 2PBJA 1EV4A 5HR0A 2IMFA 5F8BA 2H66A 3CSHA 3PINA 2WS2A 2P5RA 2YCDA 3PGTA 1MDIA 2OBKA 3LWAA 1GTUA 1VGLA 6GSUA 5CRHA 5KN0A 3LYPA 1K0NA 1T7PB 4P3YB 3QMXA 2EIOA 1I5GA 3HHVA 3Q6OA 3GL3A 3KH9A 4GSSA 1FOVA 4OCFA 5ECKB 1J0FA 2PGTA 2ON7A 3IXRA 4GLTA 1TOFA 3A2WA 2DMLA 4EKZA 3DEXA 2IN3A 1UN2A 2I81A 4TXOA 4ZL9A 1M2BA 4MCUA 14GSA 1V2AA 3TDGA 2FY6A 2KOKA 4F03A 4FH8A 2F9SA 2JZRA 3GKXA 2KUCA 2P31A 3RPPA 4EC0A 2M46A 1B9XC 5B6MA 4EUYA 1E2YA 4KB3A 3BD2A 1M9BA 4RQXA 2LNSA 2DMMA 4MABA 4IP6A 1MTCA 2K9FA 1R7HA 2FCHA 2JADA 3FZ9A 4ZBBA 4FO5A 2YP6A 3VWUA 3AY8A 1ERVA 2CZ2A 2XPEA 4F0BA 3C7MA 5ECNB 2VAFA 1GSFA 2MYGA 5GSTA 3GIXA 1TRUA 1O8XA 5GZZB 4GF0A 3QDNA 3KZQA 5G5EA 3LEFA 1TKDB 1VF4A 4GQFA 4X0XA 3RHBA 1VF1A 1X9SB 1K3LA 1MEKA 3U6VA 1SK1A 2TRCP 1YKCA 3APSA 3RAZA 5A4WA 5D93A 1CQGA 1JLVA 4YQUA 4V2LA 3EYTA 4ECCA 4K0GA 3QPMA 3KP9A 3KIJA 3US3A 4ECBA 1JLWA 1W89A 2PPTA 1PX6A 5KN3A 1M2DA 2ZNMA 3GNJA 1QFNA 3F0IA 1F9MA 4E8EA 1V57A 1UC7A 2RM5A 3GMFA 1U88A 4K7OA 5IMCA 2FUG2 2AHEA 2VCZA 4X1UA 2XHFA 3F8UA 3TRQA 2LRCA 2PERA 4MDCA 1X5CA 3A2VA 4HQSA 1N8JA 1SKSB 1X5EA 3LYKA 4NPBA 2YOIA 2FLSA 3L9SA 3U5RE 3IHQA 1YF1A 1Z9HA 2QC7A 5IMDA 2G2QA 2DSAA 2LQOA 3QR6A 1T1VA 1USBA 2H6ZA 4NMUA 4K2DA 6GSVA 5LNKe 1XOBA 5D96A 1LBKA 2BTOT 4MPGA 2YJ7A 3IRAA 1SYRA 5J9CA 4PQHA 2R37A 3UVTA 3CBUA 1QMVA 4XS6A 1T4ZA 3KTLA 3E3EA 4WBJA 1XWGA 1DSBA 1M9AA 2ZUPA 3FZ5A 1XW6A 2G0FA 2I1UA 1OC3A 3F4RA 1SL0B 3P90A 3HVXA 2B3SA 1E6BA 3C1SA 2CAIA 5IO0A 1SL2B 3DIEA 4IKHA 6GSSA 2O7KA 2H70A 4MF5A 1RQMA 1PL2A 5CAXA 1F6MC 3G7YA 2GZYA 4OCEA 5DAKB 3L0HA 2E0QA 4NV5A 5DJMA 2GSTA 3FY7A 3K8NA 1OE8A 2REMA 5IM9A 1TP9A 2IMIA 1PN9A 1SD8A 3HVVA 1GSQA 4XHMA 1PL1A 2AJQB 4J56E 8GSSA 3O3TA 4MZBA 3L9VA 2C3QA 5ECIB 3GSSA 3M0FA 4KCEA 3C1RA 5G31A 4KH7A 3L4NA 4KE3A 5C04A 3ZMKA 4GSNA 4ECJA 3SWLA 5B8AA 1YKAA 1Z6MA 4L0WA 5GAND 2HRFA 1PA3A 3DXBA 4NV2A 4TR0A 1M0UA 4PQIA 2I9HA 1B9YC 4TN8A 1BYEA 2V6KA 1G0TA 2JACA 2GGTA 1A8LA 2HXKA 1J08A 5D8IA 2EIQA 1XIYA 2XC2A 1QK8A 2AB6A 1MDKA 3E0UA 5JWRB 6GSWA 1SL1B 1XVWA 1GUMA 2C3NA 3J7Yb 4POMA 2DC5A 2JSZA 1KNGA 3EU3A 1OYJA 1XWBA 2IPAA 5AIXA 4IW9A 1H4OA 4AGSA 2GQKA 2L59A 4OO4A 4ZIJA 2H76A 1XW5A 1QXHA 3N5OA 1ILOA 2HT9A 2WFCA 4KCAA 1JZDA 2VCTA 4FYBA 4K9ZA 3BOAA 2VCWA 3FKFA 3TKRA 1TDIA 3HZ4A 3N9JA 2TRXA 3VK9A 5ECMB 2ON5A 1PMTA 5CRGA 4LL4B 4BL7A 2PVQA 2R6KA 4BVYA 2YV7A 2OE0A 3GH9A 1LJRA 3HVSA 2GZZA 2DJJA 4L5LA 4PUAA 6GSXA 2HZEA 5JCGA 1A23A 2GZPA 3C71A 4NAXA 4IGJA 22GSA 3IPZA 4Q5NA 4HZ4A 1OVNA 4PQ1A 2GS3A 10GSA 1T00A 3CSIA 4XCSA 4CDOA 1ERWA 4KDYA 4NHWA 1XCCA 5DCHA 2IL3A 4HS1A 2RUEA 3FR3A 4QQ7A 2CT6A 4OFTA 4F2IA 5HFIA 4KGIA 3UOMA 2B7KA 2HSHA 4BA7A 3TKSC 3WD6A 4OO5A 3LFLA 2DIYA 2FD3A 2MBTA 3A5WA 4ZB8A 1G7EA 2YZHA 1ZMAA 5J41A 1A2LA 1S3CA 3GURA 4ISDA 3TKSE 3APQA 4X43A 3C73A 1NHYA 4HJ2A 3TKPA 2D2ZA 5ENUA 1DE2A 2CX3A 1EOGA 1XOAA 2IMDA 4JE1A 1O8WA 1OE7A 3ED3A 2KLXA 2OA7A 1GUKA 2ZCTA 1PQNA 4ZXGA 2WDUA 2X64A 3GRXA 4GSTA 3LSZA 5DQYA 2V1MA 3L9UA 4LL1B 4HJMA 2X8CA 2B5EA 1R26A 1WOUA 5DBQA 4RI6A 1F3BA 1PKZA 2LTKA 4V2MA 1S3DA 1OC8A 1XBSA 2TIRA 1TK5B 1FHEA 1F2EA 1F37A 1I9DA 4FYCA 3G7JA 2CVBA 4MF6A 2C80A 3V1WA 2YV9A 1SKRB 2HNLA 3GKMA 4JR6A 2B5XA 2PMTA 5D9WA 1FW1A 3VFIA 1A8YA 5G2ZA 4KSMA 5CO3A 5D9VA 2LJKA 5J4UA 4WR4A 1EOHA 1A24A 2IWTA 1O73A 1GLPA 2YN1A 4TKYA 3G7IA 1HNBA 4RI7A 6GSYA 3FHKA 2HLSA 2LUSA 2H01A 3A2XA 3IAS2 3EE2A 3ZVJA 1FG4A 2AUVA 3DMLA 3TOUA 3GX8A 4OWYA 3TB2A 2AV4A 1JZOA 2CVDA 2VIMA 2GT6A 5DDLA 1TI1A 3LGCA 1RW1A 3BBYA 5CP1A 3UMAA 3GN3A 1VF3A 3R2QA 1U6TA 3ERWA 3LQ7A 5A4UA 3GHAA 2Z9SA 3TJGA 2WRTA 4JR4A 2IJYA 2FHEA 2AAWA 5ABRA 3VI7A 2X8HA 3J7Yk 1YDKA 2CZ3A 4AJ7A 3G9BA 2H1AA 2WJUA 2E7PA 2H72A 4GCIA 1ON4A 5G1KA 3HJPA 2K8VA 2RM6A 3VWVA 3IE3A 1G7OA 3TRXA 1O6JA 1F3AA 5AN1A 5FWGA 1RK4A 1GTIA 2OKAA 2F8FA 3ZYWA 2RUFA 5D9TA 3HDCA 3FEUA 2FWFA 4PURA 2WULA 3GYKA 1H75A 4N0VA 1PGTA 2HRNA 1U3AA 4I2UA 3FK8A 1AQVA 1WMJA 4ML6A 2C8UA 5ECRB 3F6FA 3TGZA 4K0NA 1FB0A 4YH2A 1X5DA 1XVQA 2JZSA 2VM1A 2N5FA 3P2AA 2IMKA 4F82A 4POKA 2VOCA 4EE0A 1ZYQB 4KDXA 5HQPA 4GTUA 2XBQA 4IQAA 2H0HA 4IELA 4BVXA 3EMXA 19GSA 5FHIA 5DALA 3GH6A 3M1GA 2F8AA 2GDRA 1R4WA 1EEJA 1OC9A 2B6MA 3TJFA 3DGQA 1THXA 3IA1A 2PWJA 16GSA 4K8MA 3F4TA 1HNAA 4KDUA 4ACSA 3QD9A 4MH3A 5G5FA 1GSUA 3GSTA 5C00A 1WP0A 4HUAA 5D9XA 4OD7A 2DLXA 1YY7A 1BEDA 2YWOA 5G1LA 3GTUB 2JU5A 4CW9A 1OKTA 4D73A 1AXDA 1ERTA 1ABAA 3EINA 2HZEB 3EWLA 3MDKA 2OADA 3L78A 2X8GA 4Q5FA 3KJYA 5JWOB 3VPTA 1K0AA 3F4SA 4NXIA 5A5KA 4PNFA 5INYA 3H4KA 1PX7A 1X0RA 1SD9A 2VL2A 1XWKA 3DYRA 4EL1A 2MMOA 3QAWA 1TRVA 1VF2A 2CA8A 3EURA 13GSA 2VO4A 4LMVA 1G6YA 1BX9A 1C72A 2LRNA 2V32A 3UBKA 5A4VA 3NOFA 3Q18A 2L6DA 2VLTA 5F05A 1B4QA 2LNTA 4IJIA 4J57E 3NZNA 2KP2A 1G6WA 2J23A 3OR5A 3GL5A 4MLYA 5GAPD 1JZRA 4IHUA 1ZL9A 2R3XA 2A4VA 5IOWA 3VWWA 1PD21 4Q5QA 4POLA 2FA4A 2VD1A 4TR4A 2F3MA 3DKSA 3QFBC 3ME8A 1M99A 2FWEA 4EVMA 4KAEA 5AISA 1Z7RA 3KD0A 1KBNA 5IMFA 3TKQA 3LORA 2NVLA 3SBCA 3UAPA 1ML6A 3ZLPA 1FVJA 3CTGA 5H5RA 2YNXA 3EU4A 2ES7A 3DVXA 3EC3A 3KH7A 3WGEA 1K0MA 2YPMA 3VI5A 1Q4JA 3LG6A 4HU7A 4WR5A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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