2P5QA

Crystal structure of the poplar glutathione peroxidase 5 in the reduced form
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
b'ESVHDFTVKDAKENDVDLSIFKGKVLLIVNVASKCGMTNSNYAEMNQLYEKYKDQGLEILAFPCNQFGEEEPGTNDQITDFVCTRFKSEFPIFDKIDVNGENASPLYRFLKLGKWGIFGDDIQWNFAKFLVNKDGQVVDRYYPTTSPLSLERDIKQLLEIS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of a Poplar Thioredoxin Peroxidase that Exhibits the Structure of Glutathione Peroxidases: Insights into Redox-driven Conformational Changes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione peroxidase 5
source organism Populus trichocarpa x populus deltoides
molecule tags Oxidoreductase
total genus 53
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2007-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2p5qA00
2YOIA 3GHAA 3QDNA 2WRTA 1I9DA 2X64A 4YH2A 3RHCA 4IHUA 2KHPA 4PXOA 1R5PA 1VF3A 2WCIA 4N0ZA 4OCEA 4HS1A 2OADA 3HYPA 1F37A 4K0NA 1RQMA 2F3MA 1GTIA 5DCHA 1SKSB 5IOXA 3VWVA 2LRCA 5COHA 4XRDA 4MPGA 3IK7A 5HFGA 3ERWA 4XIHA 4OCFA 4DSRA 2A2RA 2OE3A 1VF4A 3EC3A 4KCEA 4IKHA 3QFAC 5G5FA 4MJCA 2CT6A 17GSA 3VI7A 3A2XA 4JZQA 4ACSA 1A8YA 2C0FA 1PKZA 3KXOA 5GAND 3A2VA 4MLYA 1O73A 2OE0A 5H5RA 2PWJA 2H8LA 2NPBA 5DDLA 3E0UA 2WB9A 4K1FA 1HNCA 3E3EA 1N2AA 3WGXA 1V58A 2DJ0A 2IMEA 2WDUA 2FA4A 1T7PB 3J7Yb 1J9BA 3HHVA 4BL7A 5AN1A 1WOUA 5IMFA 1GSEA 2R4VA 5KN3A 4RUVA 1EP7A 3ME7A 2HRFA 4TR0A 5G31A 1GULA 1NHOA 2MMZA 3LEFA 2MMNA 2VD1A 1G6YA 3HKRA 2IL3A 2YWMA 4FIWA 5DVBA 5IMZA 3HZ8A 2KLXA 2GS3A 4ZB8A 3F8UA 2D2ZA 4IVFA 3QAWA 4FH8A 4EO3A 4KDUA 1GL8A 4ULXA 4LLRA 4MA9A 2X99A 4EL1A 4HDEA 5A4VA 1Z9HA 5CO3A 6GSVA 2LQOA 3PGTA 3DD3A 1QFNA 3QAGA 2V32A 1FVJA 4ML6A 4AJ8A 4OFNA 1X9MB 4FO5A 3CRUA 6GSUA 3KZQA 3Q18A 2LUSA 4DSQA 3F4SA 3NOFA 3GRXA 1B4QA 5ID2A 1H75A 4F82A 2GT5A 2B6MA 3L9SA 4DEJA 2RM5A 2N5BA 1PRXA 2AYTA 2VCVA 3DVWA 2EIQA 2A2SA 2F8FA 2O89A 2KOKA 4GSNA 1M9BA 1AXDA 3MSZA 2JZTA 2M80A 3UIWA 3IC4A 4WBRD 2H30A 2LQQA 2XC2A 1PGTA 1N8JA 3DGQA 2OACA 4G2EA 2IMFA 3IK9A 5C04A 3L9VA 4IQ1A 4RQRA 1AAZA 4J57E 3C7MA 1K0NA 4KB3A 1J08A 1GUKA 2CVDA 1AQWA 5GZZB 2PPTA 1MD3A 3BJ5A 3R2QA 1SU9A 2HYXA 3ZL5A 3M0FA 1YF0A 3TUEA 3UVHA 2YZUA 2GLRA 2YJHA 3WT2A 3GNJA 4HQSA 5EPFA 4X0XA 1BAYA 1TRVA 2C3TA 1ABAA 4CDOA 1TJDA 1OC3A 5HR0A 5KEJA 1F6MC 3US3A 4I8BA 5G5EA 3FRCA 2YV9A 1M0UA 1S3CA 4GF0A 2CAQA 2CX4A 4JE1A 5EL8A 3M1GA 4L5OA 1K0AA 4V1Ag 3FR9A 1BYEA 1SJZA 1V2AA 2DJ2A 5IMDA 2K9FA 1A2LA 3APOA 4KCAA 1UVZA 3NZNA 1OC9A 4DSSA 2OA7A 2XBIA 4IJ3A 5J3RA 5ID2B 4TOPA 4ID0A 2QKEA 3CSJA 3ZTLA 2OE1A 1OKTA 4FYUA 2H01A 2GZYA 1YKCA 1XWBA 1TU8A 2EIOA 1AQVA 1KBNA 2R5GA 4JR4A 3LYPA 2L5OA 4K7NA 3D5JA 4HOJA 2IMIA 1PKWA 1O8WA 3IV4A 2FNOA 2YWNA 2H1GA 3CXGA 5A5KA 1PD21 3KH9A 3F3QA 4ZL7A 1O6JA 4KDYA 4BVXA 3BD2A 3CMIA 2O87A 2PN8A 5DALB 3EWLA 2JL4A 5E59A 1YQ1A 4FYBA 4IW9A 2V41A 3QMXA 1NW2A 1GSYA 5D9VA 3PR8A 1WJKA 4Q5RA 3WD6A 3M9JA 5C00A 1PN9A 1K0CA 1EZKA 3EU3A 1KEBA 3GKKA 2VCQA 5IIZA 1SENA 3TCOA 4AF2A 1GRXA 2AJQB 3IAM2 4F2IA 5IMVA 1XW6A 1MDIA 3PINA 3DYRA 3D22A 2CA8A 1VRSD 1F3AA 3QOUA 1XOBA 2WJUA 3L4NA 4BVYA 2HZEA 2HRNA 4XTSA 3EVIA 4QQ7A 3GUSA 1WPIA 2O85A 2H70A 4GSTA 4EC0A 4TR3A 3IA1A 1GUHA 4G9HA 2J23A 3D6IA 2HNLA 4E8EA 5IQYA 5LCZA 3I43A 5KN0A 2PMTA 3A3TA 2WGRA 1SD8A 3L0HA 4O7HA 3CRTA 2PVQA 1AC1A 3UBKA 2PUKC 1FO5A 5L71A 2CV4A 3TRQA 3FW2A 4OMVA 4NHWA 1HD2A 1EGRA 2VCTA 6GSXA 2X8CA 2JADA 5H5SA 2LV3A 1T8EB 4JEDA 2DMLA 1BG5A 1YY7A 2WFCA 4NV2A 2K18A 4D73A 3LSZA 4HUAA 4V2LA 1GSUA 1JLVA 1JZDA 2P5QA 3FZ4A 1PQNA 4H86A 1V9WA 2GDRA 1HYUA 3IHQA 4XCSA 1HNAA 5AIXA 3H79A 3DIEA 5G1LA 4OO5A 2NBSA 1GTAA 1JFUA 1YJ6A 1K3LA 4TW5A 2B7KA 2LRNA 4I6XA 5ABRA 1NSWA 2HXKA 1EV4A 5ECPB 5ECNB 3UOMA 2YP6A 2AV4A 3ED3A 4POBA 3UMAA 1K0MA 4HZ2A 4TXVA 3ZMKA 1XBSA 3HVXA 3WGDA 2BMXA 5IPHA 1FG4A 3BOAA 3VURA 1VGLA 3GX8A 2V2GA 2JZRA 3ERGA 2B3SA 2E0QA 2B5YA 1XZOA 4HU7A 2NTOA 1EWXA 3NIVA 4CHSA 2HSYA 1Z7PA 2B5EA 1G7OA 5INYA 1G6WA 1GSFA 1ZMAA 2C4JA 2VD0A 2L57A 2HZEB 5D96A 3GX0A 1B9XC 3KH7A 5DAKA 4X1UA 5J9CA 4G19A 1TRWA 3GN3A 3F9UA 4WEYA 5ECKB 1SYRA 1QQ2A 5ECIB 3TGZA 4WKWA 2V6OA 2GGTA 1QK8A 3FZ5A 4K8MA 1KTEA 3FR6A 3G7IA 2GQKA 2MBTA 4G10A 3ME8A 1Q4JA 3H8QA 2VL3A 3IR4A 4KUNA 5IMAA 4LL1B 4MP4A 2YZHA 2FD3A 2I81A 5F06A 5D93A 1XIYA 2YWIA 5JCUA 1USBA 4J2FA 5DBQA 1ZGNA 3DEXA 2H1DA 5CREA 4D73B 4LMWA 5AIVA 3LWAA 4IN0A 5ECMB 4PURA 2H73A 5ECQB 3IRAA 4NAXA 2JSYA 1TI1A 1YKAA 2FLSA 2FWHA 2IMKA 4EF0A 4LA1A 1THOA 3ZLPA 2DBCA 1JZRA 3GTUA 3TKSE 4I97A 2F8AA 1NHYA 3GURA 4MH2A 1S3DA 3GYKA 3N9JA 3DVXA 2F51A 1FB6A 1GWCA 4EE0A 2KUCA 2VCZA 3G7YA 4POKA 5JWRB 1WIKA 1ERWA 1XW5A 3RBTA 2AHEA 2L5LA 5CNWA 5IO0A 4K6XA 4XS1A 4POMA 2C1YA 1U3IA 4YQMA 1URMA 1WRYA 2VCWA 4GLTA 1O7UA 1UC7A 5F05A 2L4CA 4FYCA 4OWYA 3KMOA 4N10A 1G7EA 4PNGA 5ELAA 1ON4A 3FKFA 4TKYA 4TN8A 4PQHA 1M7TA 1M9AA 3SWLA 4V1Ap 2X8GA 2JU5A 4HEA2 3HJPA 5DAKB 7GSSA 2JZSA 1HNBA 5JWOB 3ZVJA 1K0DA 1MDJA 2IJYA 3PH9A 5D8IA 2V6KA 2VO4A 3CSIA 1UA5A 4ILFA 5D73A 1O8XA 3ZITA 3Q74A 4KX4A 1Q98A 1G0TA 2RM6A 3APSA 4LL4B 5G30A 2LKUA 1J0FA 1BJXA 1XPVA 4BWQA 2GSSA 1ZYQB 5J9BA 5DJLA 4ZILA 3MDKA 3ERFA 2HFDA 1QXHA 3TDGA 1ZZYA 3OR5A 2CVBA 2VOCA 4IP6A 2VLVA 2XBQA 3LXZA 1DBYA 3IPZA 5DALA 3GTUB 2H76A 5B6NA 1YEXA 2P5RA 3D4TA 3CYNA 3F3RA 2NVLA 3VWUA 1ST9A 2WZ9A 1FAAA 3FY7A 1U87A 2R2JA 1Z5YE 2OBIA 3EMXA 3QAVA 1OYJA 4KE3A 2H72A 2YPMA 4IP1A 3TRPA 3FR3A 1V57A 3EMPA 4IGJA 1QMVA 12GSA 2MZCA 3E9JB 3QFBC 2GQLA 2ALBA 1WP0A 3F6FA 3A2WA 4POLA 2FA8A 2L6CA 2VL2C 5JCGA 3KJYA 4OFMA 3F63A 2VM2A 1CQHA 2VLUA 3C8EA 5IM9A 3WYWA 1A0FA 3GA4A 3MAKA 4KNDA 2BJXA 4ZB6A 4BWSA 4JU5A 3GV1A 4ML1A 4XHMA 1W4VA 1EV9A 5E4WA 1M2DA 4KGIA 1K0BA 4F9ZA 1GP1A 1YDKA 1TRUA 1ZL9A 1V40A 4Z7XA 3GIXA 4ZBDA 4WETA 4PX1A 3BCKA 5F0GA 4K7IA 3O3TA 2H6ZA 4O5RA 1XXUA 1F3BA 1R4WA 5KN2A 3ZVJD 3TOUA 3F4TA 4JBBA 3KM6A 3EINA 3KP9A 4MZWA 2K6VA 3JCML 3UL3A 14GSA 1OKDA 2H6XA 3P7XA 4MCUA 1DE1A 4L0WA 1GNWA 2I4AA 1T1VA 2EIRA 4AGSA 3M9KA 2GVPA 2GT6A 2QC7A 4HU9A 5H5QA 1XWCA 1JZWA 1MTCA 4OO4A 3UARA 1TK8B 4AJ7A 4YAPA 2ES7A 2B5XA 2WULA 2I9HA 2DC5A 1X5EA 2PBJA 1TOFA 2VCXA 2IFQA 4NV5A 3O6TA 1R26A 3GH9A 3KGKA 1RK4A 1Z7RA 1C72A 3L9UA 3RPPA 2AB6A 3VPTA 5EY6A 1TKDB 4HZ4A 2DJKA 1SYXA 3DWVA 3KMNA 3L78A 4IQAA 3GL5A 1SJIA 1XW9A 3G7JA 1ML6A 1GLPA 2H66A 4EDYA 2FY6A 1SJ6A 2M72A 4KSMA 19GSA 3KCMA 1PMTA 1JLWA 2M46A 1Z3EA 2XPDA 4WR4A 4ECBA 1TU7A 1M99A 2HT9A 2E2MA 5CP1A 4DVCA 1AQXA 4J56E 1JHBA 4AJ6A 2IPAA 2H0HA 5DCGA 3LFLA 2V1MA 2VL9A 2FHEA 1HQOA 5ECRB 4MJEA 2H6YA 3ZFLA 4GRFA 2H1AA 2VAFA 4HI7A 3TRXA 4MJBA 1B48A 2OBKA 5J41A 1BEDA 1OVNA 6GSWA 1LBKA 5A4WA 1U6TA 4KH7A 2CZ2A 5IOWA 3FHKA 4ECCA 1A0RP 5ELGA 3FEUA 3WT1A 3K8NA 2FWEA 5HFIA 3C71A 3LGCA 1SL0B 1M2AA 3TJGA 5ECOB 4MMMA 2OJLA 3GKNA 4TR4A 3EU4A 2FCHA 3GH6A 4MABA 3CSHA 4MPFA 1BX9A 5A4UA 3HXSA 3RDWA 1O85A 3F6DA 3KIJA 3UJ1A 4EDZA 1BQ7A 3HJOA 5KN1A 4GQCA 4L5LA 2IFQB 4TVEA 3APQA 1ZCPA 1TTZA 1X9WB 2MMOA 2RUFA 5CRGA 1SK2A 5IO2A 2FUG2 3ZZXA 1K3YA 2VIMA 2VL2A 5IMCA 4L8EA 1UN2A 1AUCA 4KW6A 1XWKA 4ZIJA 2GSTA 2VLTA 2GZZA 1XFLA 3TKSA 2CVKA 3GKXA 4O92A 3ZFBA 4PQIA 2MYGA 1GSQA 2YCDA 2G0FA 5GSTA 4GSSA 4WF4A 2H71A 4MF7A 2O8VB 3DRNA 1QGVA 3M8NA 3RAZA 2H19A 2CAIA 3VLNA 3I9V2 4EVMA 3C73A 1O81A 2GZPA 2HSHA 2I3YA 3H4KA 4HJMA 1X9SB 2H75A 1AW9A 1ZOFA 4MK3A 2ON5A 4TR1B 1VF2A 1E2YA 2LRTA 2R3XA 2H0GA 4YAVA 3SBCA 5ENUA 6GSSA 4K9ZA 1ILOA 1TXXA 2LJKA 1B8XA 3VI5A 2K8SA 1PX7A 3GFKA 1TP9A 4RI7A 4Q5NA 5G1KA 4KSOA 4PUAA 1WWJA 2H74A 1FVKA 1T4ZA 3KD0A 1YEPA 4EUYA 1A2MA 1FB0A 1PL2A 1X5DA 4I2UA 3QD9A 5ECLB 4MF5A 2P0GA 4ZBBA 1EEJA 3BCIA 4V2MA 5FWGA 6GSYA 2NDOA 2BTOT 3F0IA 2PU9C 2XPEA 2P31A 4WF5A 1F9MA 1OAZA 4NHZA 1MDKA 4NWYA 2JSZA 4BPYA 4HQZA 1M2BA 5EVOA 3TJKA 3J7Yk 4RQXA 2HZFA 2ZCTA 2C0DA 3VWXA 3IDVA 4Q5QA 4WBJA 5F8BA 1DUGA 2ZNMA 4PQ1A 4IELA 22GSA 1YF1A 2L4QA 3HCZA 1EOHA 5DQYA 4TRXA 5CAXA 2TIRA 1TI3A 3CTGA 2TRXA 2DMMA 5ECSA 5DQSA 3IAS2 1PA3A 3Q6OA 1A23A 3TKPA 3LORA 4NPBA 2LTKA 3UBLA 1TDIA 4PUFC 5G2ZA 4PGTA 3IBHA 4ECJA 3LQ7A 2QGVA 4F03A 1F2EA 3EURA 2MMAA 3TKRA 5GSSA 4KAEA 1MD4A 1T4YA 1DE2A 2H0IA 3VPQA 1EOGA 2C80A 5LNKe 2B7JA 3CTFA 4K7OA 4ZXGA 2DSAA 5D9WA 4MJAA 3QCPA 2C3QA 1XOAA 2YV7A 3FYGA 4MH3A 3ZYWA 2AAWA 1FOVA 5B6MA 5AGYA 2L59A 1OC8A 3HVVA 2A4VA 3HZ4A 2G2QA 4RI6A 1T3BA 9GSSA 3P8WA 3IE3A 3TB2A 1SK0A 4ZL9A 3GL3A 3UVTA 1TRSA 3AY8A 2CX3A 1THXA 13GSA 3RHBA 2HI7A 4MF6A 2B1LA 4GTUA 1RW1A 3GMFA 3HA9A 3C1SA 2DLXA 3P90A 2B1KA 3IOSA 5D9TA 4WXTA 5HR3A 3DXBA 3KTBA 4GWRA 3VK9A 3WGEA 3IXRA 1VF1A 2RLIA 2GTUA 3LXTA 1IYHA 4XS6A 3ZREA 2IMDA 3HDCA 3N5OA 2KP1A 4XS4A 2TRCP 4IJIA 1MEKA 1TW9A 1GUMA 2FGXA 2ZUPA 1ZYEA 2LJRA 1XWGA 3LG6A 1R7HA 1FHEA 4CW9A 4L0UA 1OE7A 1FW1A 5LD0A 4V2NA 1R5AA 1A2JA 1V98A 2EC4A 3W6GA 5JWQB 2CZ3A 3FZAA 1LU4A 2LEGA 3VWWA 1H4OA 11GSA 5CRHA 3HVSA 1Y6EA 2HLSA 3TOTA 2VUPA 4IBPA 3TKSC 5DJMA 3EE2A 1CQGA 3F4RA 2ON7A 1X0RA 4WR5A 3TJFA 1TK0B 2IIYA 1GTBA 1B9YC 2E7PA 2C0GA 3GKMA 1B4PA 4XRAA 4MZBA 1OE8A 20GSA 3DMLA 3QPMA 1SL2B 1Z6NA 2C8UA 2Z9SA 2L6DA 4PNFA 2REMA 4OFTA 3A5WA 4NMUA 2QSIA 1GSSA 2YWOA 2YNXA 2YJ7A 5JCWA 3H1NA 3MWHA 2VM1A 3HY2A 4HJ2A 4F0BA 2GSRA 1WMJA 2YANA 1GNEA 3BBYA 3LJRA 3W8JA 3HJMA 4GQFA 4QL7A 2K8VA 3ZMLA 2C0EA 4LMVA 8GSSA 3H93A 3D4MA 2DJ3A 5HR1A 3TKQA 2E2GA 1X5CA 5B8BA 1K0OA 2GSQA 3CBUA 4N0VA 2HE3A 1U88A 3LYKA 1KNGA 4ISDA 3ISOA 2I1UA 3TJBA 4ECIA 4X43A 4N30A 4XS4B 2IWTA 1XVWA 3ZRDA 1SD9A 1YZXA 4KDXA 3U5RE 4YQUA 5FHIA 2LSTA 4EKZA 3C1RA 18GSA 6GSTA 5B8AA 3DKSA 5J5NA 2N5FA 4MDCA 1SL1B 3KP8A 4EXJA 5HQPA 2PVOC 4YQVA 3GSTA 3UEMA 3VFIA 3G9BA 2WS2A 2N5AA 1DSBA 2LNSA 4N11A 1T00A 1SK1A 1S3AA 2YN1A 4I2TA 1AIUA 5IPGA 3ZIJA 2DJ1A 2CQ9A 3P2AA 1GTUA 3I69A 2H1BA 3KEBA 4IS0A 1XVQA 2IN3A 2RIIA 2DIZA 2C3NA 5CYYA 5B7CA 4TXOA 3W8SA 3I6AA 5HR2A 1I5GA 1LJRA 1EGOA 5D9XA 5HFKA 4TR1A 4F0CA 3MNGA 3S9FA 1A24A 1SKRB 4GXZA 2F9SA 3RPNA 3EYTA 5ECHB 2KP2A 3U6VA 4E8HA 4JRRA 1EEMA 1XWAA 16GSA 1OC9B 4DSSB 4QL9A 1Z6MA 3M3MA 1QUWA 3QR6A 1PSQA 1GLQA 4ZBAA 1SKWB 1IYIA 4Q5FA 2GQMA 1JZOA 5J4UA 1ACVA 2DJJA 1ERUA 4ZB9A 5FT3A 1ERTA 4K2DA 1Y25A 5AISA 1ERVA 2FWFA 2FWGA 1GSDA 2J9HA 3TJJA 3UAPA 2DIYA 3O76A 4P3YB 3V1WA 4ZL8A 5CRDA 4O32A 2PGTA 2R6KA 4JR6A 4I5QA 4KA0A 1EP8A 5CRWA 3D21A 4GCIA 2JACA 2LJAA 5GAPD 1NM3A 2X8HA 1W89A 3D0ZA 2XHFA 2LS5A 2RUEA 2PERA 1A8LA 3FK8A 4K0GA 1TK5B 3GSSA 2OKAA 2O7KA 1PL1A 1PX6A 1K3OA 2LNTA 5F07A 10GSA 1XCCA 1WE0A 2AUVA 1U3AA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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