The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
162
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structure length |
162
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Chain Sequence |
GMENFIGSHMIYTYENGWEYEIYIKNDHTIDYRIHSGMVAGRWVRDQEVNIVKLTEGVYKVSWTEPTGTDVSLNFMPNEKRMHGIIFFPKWVHEHPEITVCYQNDHIDLMKESREKYETYPKYVVPEFAEITFLKNEGVDNEEVISYAPYEGMTDDIRAGRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of phenolic acid decarboxylase (2635953) from Bacillus subtilis at 1.36 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Phenolic acid decarboxylase
|
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
45
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| structure length |
162
|
| sequence length |
162
|
| ec nomenclature |
ec
4.1.1.102: Phenacrylate decarboxylase. |
| pdb deposition date | 2007-03-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05870 | PA_decarbox | Phenolic acid decarboxylase (PAD) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JU3 A; 2RA6 A; 3HWF A; 4I3B A; 4A8Z A; 2Q9S A; 1QY2 A; 1ACD A; 3CWK A; 1I04 A; 1DF3 A; 4HFO A; 5HTD A; 2G79 A; 2MM3 A; 2OFR X; 2XKL A; 3FEK A; 3BDR A; 2NND A; 3VG4 A; 1DZK A; 1BWY A; 4AZM A; 5H9A A; 1ALB A; 3B2H A; 5F7G A; 4YDB A; 4Y0Q A; 3WJC A; 2FTB A; 3BSZ E; 1LID A; 3WVM A; 4RUU A; 1KT7 A; 1A3Y A; 4EXZ A; 4UU3 A; 1BSY A; 2Q39 A; 5H9L A; 4YH0 A; 1BRQ A; 5D4A A; 4XME A; 2L68 A; 4DQ4 A; 2X45 A; 1KT6 A; 1JBH A; 2A13 A; 4AW8 A; 4Y0R A; 1HMS A; 4HPC A; 2QO4 A; 3D96 A; 4ORX A; 1RLB E; 1KT4 A; 3RZY A; 4LZV A; 4TKB A; 1ZNG A; 5F1E A; 3BX7 A; 2RCT A; 5LJG A; 4ZGU A; 1LKE A; 4OS8 A; 2LBV A; 5HTE A; 3CQN A; 2HZR A; 4BOE A; 2FS7 A; 2AL0 X; 4IMO A; 2HLV A; 3APV A; 5K06 A; 3P6H A; 2K62 A; 1G5W A; 2KT4 B; 5BVT A; 3UEX A; 4ZHD A; 2AT8 X; 1EPA A; 1KGL A; 1T8V A; 1QG5 A; 3C76 X; 3I0A A; 5HZ9 A; 3KFG A; 2WQ9 A; 5IO5 A; 3WBG A; 2OFM X; 4ALO A; 3TGA A; 1U18 A; 4ZH9 A; 1EQD A; 2G7B A; 3NX2 A; 1GT1 A; 3EBW A; 4NLJ A; 5B29 A; 1FEN A; 3CBS A; 1MDC A; 1DV9 A; 4GH7 A; 1JV4 A; 3TZS A; 3F9D A; 3C78 X; 3T1D A; 1B56 A; 2WUT A; 4ALB A; 4AZQ A; 1ZND A; 4NNT A; 4WFV A; 5KHP A; 3OJY C; 1GKA B; 4M6S A; 3BRN A; 3FR2 A; 2OZQ A; 2FT9 A; 1ZRY A; 1I4U A; 4PSQ A; 3DSZ A; 3RSW A; 1VPR A; 2JU8 A; 2RQ0 A; 2HZQ A; 5DG4 A; 2CZU A; 2HNX A; 4IB9 A; 4ZHF A; 2WEW A; 4IAX A; 2DM5 A; 3PEC A; 3PED A; 3IFB A; 4DQ3 A; 2WEX A; 4LKP A; 1GKA A; 3WJB A; 4K19 A; 2XST A; 4ODD A; 4LZU A; 4WBK A; 4AZO A; 3NAD A; 1ZNL A; 4AYH A; 4NLI A; 5HBS A; 3NQ9 A; 1A2D A; 2NP1 A; 4ZHH A; 1FE3 A; 1A57 A; 3GAQ A; 1CBS A; 2N93 A; 3FW4 A; 1XKI A; 3FA9 A; 5LJB A; 1O1V A; 1SY2 A; 1BSQ A; 4NYR A; 4XMC A; 1D2U A; 4NP1 A; 3ZUO A; 5EDB A; 3VG2 A; 4I3D A; 5H9K A; 1G85 A; 4Y0S A; 3NX1 A; 1TXL A; 3P6C A; 4HPB A; 1LPJ A; 2AKQ A; 1VYG A; 3ZUI A; 4YMY A; 2CBR A; 3O22 A; 3WJE A; 3I17 A; 4M7M A; 1GX8 A; 4GRJ A; 1X8N A; 3P6D A; 4Y0P A; 3L4R A; 3FR4 A; 4IAW A; 3G7X A; 1OBQ A; 2E4J A; 2IFB A; 1HQP A; 1ICN A; 2JU7 A; 2A3F X; 1JZU A; 3KFH A; 1ERX A; 1SXY A; 1PEE A; 2ALL X; 3B2K A; 1OEJ A; 1YP7 A; 1TOU A; 1MUP A; 3NPO A; 3P6G A; 1Z24 A; 1SY1 A; 1YWA A; 3UEV A; 5FAZ A; 3O19 A; 3CMP A; 2RCQ A; 3UEU A; 4D6B A; 5KID A; 4NNS A; 3PPT A; 4QZT A; 1X89 A; 1BJ7 A; 2FLJ A; 4TKH A; 4TLJ A; 1LNM A; 5FFH A; 1JYD A; 1EXS A; 1U0X A; 5CE4 A; 5KIC A; 5HA0 A; 4ORR A; 2WWP A; 3ELX A; 3EBK A; 2LB6 A; 1NGL A; 3BX8 A; 1DZP A; 5HA1 A; 5LKE A; 1KT3 A; 5HCE C; 1I06 A; 4YFQ A; 5IO7 A; 3FEL A; 1MVG A; 1A18 A; 1D3S A; 1G74 A; 1IKJ A; 2Q2P A; 3STK A; 2AT6 X; 3EYC A; 1JYJ A; 1ICM A; 5HZ8 A; 3PH6 A; 2LFO A; 5F6B A; 1GX9 A; 4YFR A; 2A2G A; 2L67 A; 2MO5 A; 1KZW A; 2AT3 X; 2JN3 A; 3VG6 A; 2FRS A; 4GNW A; 3FIQ A; 2QO6 A; 4R0B A; 3KFI A; 5L8O A; 1HMT A; 2F73 A; 2LKK A; 1TOW A; 1YWC A; 4YGH A; 4ZJ0 A; 1QAB E; 4LKT A; 3DTQ A; 3F8A A; 2Q4N A; 2QO5 A; 1ZNH A; 1FEL A; 4A1Y A; 1SXX A; 5F58 A; 3HWG A; 3PH5 A; 1IW2 A; 2FWV A; 4IB6 A; 3KZA A; 3U03 A; 4YDA A; 2ACO A; 4AZP A; 2QOS C; 1UZ2 X; 3TF6 A; 1EPB A; 1IFC A; 1SA8 A; 2GTF X; 5H9N A; 4IB7 A; 4GE1 A; 3VG3 A; 4EEJ A; 4ZH6 A; 1HBQ A; 3K3L A; 3APX A; 4OS3 A; 4YCH A; 2CM9 A; 3NR3 A; 2P8G A; 1NP4 A; 2NNE A; 2GC9 A; 2OVA A; 4TJZ A; 3B2L A; 1BSO A; 1U17 A; 2W2B A; 1EIO A; 3D97 A; 3WJD A; 1ERB A; 4UU2 A; 4ES7 A; 2W2A A; 4AZR A; 1FTP A; 5HZ6 A; 3B2J A; 2YG2 A; 3HWD A; 5D48 A; 1DC9 A; 2FS6 A; 3JSQ A; 5L8I A; 4BVM A; 4OMX A; 1S44 A; 3UEW A; 2KTD A; 1BBP A; 4QAE A; 2A2U A; 3FW5 A; 5FEN A; 3NP1 A; 3WJG A; 1ML7 A; 3B2I A; 1GM6 A; 1G7N A; 1SY0 A; 1KT5 A; 3VG7 A; 1OEE A; 1BEB A; 2ANS A; 3FMZ A; 3WXQ A; 1B4M A; 2OVD A; 3IA8 A; 4YBU A; 2PY1 A; 4YCE A; 2CZT A; 4QZU A; 4YKM A; 3C77 X; 1DZJ A; 1HMR A; 4ORU A; 4IB8 A; 1S7D A; 5EEE A; 3HK1 A; 2G78 A; 3VG5 A; 5L8N A; 1RBP A; 2EU7 X; 1KZX A; 3NQ3 A; 3D95 A; 3AKN A; 4N7C A; 1XCA A; 1N0S A; 3TGB A; 1TW4 A; 4O9S A; 2HYS A; 4YFP A; 1O8V A; 1CBR A; 3BY0 A; 1BLR A; 2GJ5 A; 2MJI A; 1YWD A; 4ORY A; 2R74 A; 1DFV A; 4HPD A; 3CR6 A; 2CM4 A; 1GT5 A; 4TNN A; 4XMH A; 1OPB A; 4ZHG A; 3Q6L A; 5D8J A; 1IIU A; 2L9C A; 5HWZ A; 1E00 A; 1SY3 A; 4HPA A; 2AH7 X; 1CBI A; 5B27 A; 3ZQ3 A; 5LJH A; 1URE A; 1KXO A; 2FR3 A; 3BU1 A; 3STM X; 1OBU A; 4ZCB A; 4YBP A; 1HN2 A; 4MVI A; 5LJE A; 1X8U A; 2JOZ A; 5AQ6 A; 1YWB A; 3SAO A; 2NNQ A; 4IBA A; 1H91 A; 1MX7 A; 3BS2 A; 1OBP A; 4I9R A; 1JJX A; 2FR2 A; 1X8O A; 1YIV A; 1LIC A; 1X71 A; 4OS0 A; 5LJC A; 1IKE A; 3U9P C; 1SXW A; 3FEP A; 1KQW A; 2AT5 X; 3KFF A; 4BQU A; 4TQ2 A; 5HCD C; 3FLL A; 5D47 A; 3FR5 A; 5F6Z A; 4YGZ A; 5LJK A; 1T68 X; 1GT3 A; 4XMG A; 5IO6 A; 3FA6 A; 4NYQ A; 3O2Y A; 1PBO A; 1PMP A; 1EW3 A; 4XMD A; 3KQ0 A; 2ACP X; 2QM9 A; 2HMB A; 5BVS A; 5EED A; 3WJF A; 1LF7 A; 1LIB A; 1CBQ A; 1I05 A; 4N7D A; 1SXU A; 1L6M A; 2L5P A; 3TGC A; 4A60 A; 1FDQ A; 3STN A; 2X46 A; 2CBS A; 1IFB A; 3EM0 A; 4I9S A; 5DPQ A; 1TVQ A; 1EUO A; 1YP6 A; 3PP6 A; 1P6P A; 5LJD A; 1BM5 A; 4QGV A; 2WSJ A; 1X8Q A; 2POA A; 3ELZ A; 1EII A; 5HAE A; 1AEL A; 2K23 A; 1HBP A; 2O62 A; 1GXA A; 5C0N A; 1GT4 A; 1QY0 A; 3CBC A; 1LFO A; 1YUP A; 5H8T A; 4QYP A; 3S26 A; 4AZN A; 1NP1 A; 1QY1 A; 4I3C A; 5HZQ A; 1JJJ A; 2A0A A; 4YKO A; 5LKF A; 5EPQ A; 3FEN A; 4ORW A; 3FA8 A; 1QFV A; 3BLG A; 1KQX A; 5JR8 A; 1DZM A; 4ZHC A; 3P6E A; 4ARH A; 1E06 A; 1T0V A; 4EDE A; 5EDC A; 1QQS A; 1AB0 A; 3JS1 A; 2W2F A; 4MVL A; 1E5P A; 1MX8 A; 2AT0 X; 4GKC A; 4RUN A; 2OVE A; 1E02 A; 1BRP A; 1PM1 X; 2RD7 C; 3CQR A; 1X8P A; 1LIF A; 1ZNK A; 2LBA A; 4GNY A; 2BLG A; 4D6A A; 1VYF A; 4KII A; 1AVG I; 4IMN A; 4QGW A; 1CRB A; 1OPA A; 3APW A; 4CK4 A; 3QKG A; 3APU A; 4QYN A; 3FA7 A; 1ZNE A; 4EFG A; 4GET A; 1FEM A; 4YGG A; 1QFT A; 5BVQ A; 1O1U A; 4A1H A; 3U0D A; 2WR6 A; 1QWD A; 2Q2M A; 4MVK A; 4WFU A; 5HCC C; 5HZ5 A; 4ZFX A; 4ZR2 A; 4ORS A; 2AMM X; 3HWE A; 1CJ5 A; 1GGL A; 3AKM A; 3EMM A; 4TKJ A; 1OEK A; 1R0U A; 4QGX A; 3MBT A; 1B8E A; 2R56 A; 1S2P A; 4XMF A; 1KOI A; 3BU9 A; 5D45 A; 4OMW A; 2ASN X; 2WQA E; 1ADL A; 2R73 A; 3P6F A; 3MVF A; 1LIE A; 1AQB A; 5EZ2 A; 1EAL A; 1B0O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JU3 A; 2RA6 A; 3HWF A; 4I3B A; 4OEL A; 4CV7 A; 1Y9T A; 4A8Z A; 3F6Z B; 2Q9S A; 1QY2 A; 1ACD A; 3CWK A; 3SLJ A; 1I04 A; 1SRF A; 4QQ1 A; 1DF3 A; 4HFO A; 3SZJ A; 1KL3 A; 5HTD A; 2G79 A; 2MM3 A; 2OFR X; 2XKL A; 3FEK A; 3BDR A; 4GJS A; 3ZW0 A; 2NND A; 1UYN X; 3VG4 A; 1DZK A; 1N9M A; 1BWY A; 4AZM A; 5H9A A; 4JNJ A; 1ALB A; 3B2H A; 5F7G A; 2CAM A; 4WHI A; 4YDB A; 4Y0Q A; 3WJC A; 2FTB A; 3BSZ E; 2X8F A; 1LID A; 3FDC A; 3WVM A; 4RUU A; 2JGS A; 5CYB A; 1KT7 A; 1A3Y A; 2OY7 A; 2PI3 O; 4EXZ A; 4UU3 A; 4U8U N; 1BSY A; 2Q39 A; 5H9L A; 1MK5 A; 3VPJ E; 4YH0 A; 1BRQ A; 5D4A A; 1SWK A; 4XME A; 1LEL A; 4O49 A; 2L68 A; 3VE2 A; 4DQ4 A; 2X45 A; 1KT6 A; 2RTQ B; 1WBI A; 1JBH A; 2A13 A; 4AW8 A; 4Y0R A; 1HMS A; 4HPC A; 2OF8 A; 2QO4 A; 3D96 A; 4KCA A; 4ORX A; 1MM9 A; 1KT4 A; 1RLB E; 1STR B; 3RZY A; 4IRW A; 4LZV A; 3EC5 A; 2X8S A; 4TKB A; 1ZNG A; 5F1E A; 3BX7 A; 2RCT A; 2FKG A; 5LJG A; 2DJG A; 2OVS A; 4ZGU A; 2I5Z O; 1LKE A; 3FID A; 4OS8 A; 5HTE A; 2LBV A; 3CQN A; 3OD9 A; 2HZR A; 4BOE A; 2FS7 A; 2AL0 X; 4IMO A; 4U8U M; 3VE1 A; 2IZG B; 2HKD A; 2HLV A; 3APV A; 5K06 A; 4CPH A; 3P6H A; 2K62 A; 4C5P A; 1JMX A; 2KT4 B; 2RTE B; 5BVT A; 1G5W A; 3UEX A; 2OL8 O; 1MEP A; 2AT8 X; 4ZHD A; 1EPA A; 1KGL A; 1T8V A; 3D9W A; 3PQU A; 4CDE A; 1QG5 A; 3C76 X; 3HTY A; 3I0A A; 5HZ9 A; 1I9H A; 3KFG A; 2WQ9 A; 5IO5 A; 3WBG A; 2IZH B; 2OFM X; 4ALO A; 2IZF B; 2OY1 O; 3TGA A; 3ZW1 B; 1U18 A; 5K67 A; 4ZH9 A; 1EQD A; 2G7B A; 3NX2 A; 1GT1 A; 3EBW A; 4KH8 A; 2RTL A; 4NLJ A; 5B29 A; 2RTG B; 1FEN A; 3CBS A; 1SLG B; 1MDC A; 2GTL N; 4KC8 A; 1SWU A; 1DV9 A; 4GH7 A; 1JV4 A; 3TZS A; 3F9D A; 2ZAI A; 3C78 X; 3T1D A; 3UAQ A; 1B56 A; 2WUT A; 2C1S A; 3PDF A; 4ALB A; 4AZQ A; 3V8U A; 4BX7 A; 1SMP I; 1ZND A; 4NNT A; 4Z2P A; 4WFV A; 5B3M O; 5AEO A; 3OJY C; 5KHP A; 1GKA B; 4M6S A; 3BRN A; 5LJB A; 1K3B A; 3FR2 A; 3LHN A; 3WYQ A; 2OZQ A; 2FT9 A; 3MG5 A; 4GGR A; 1ZRY A; 3ZW1 A; 1I4U A; 2DJF A; 3SLO A; 3OE3 A; 5IRU A; 4BBO A; 4CPI A; 4PSQ A; 2A5B A; 3DSZ A; 3RSW A; 2OY8 A; 2FKJ A; 1VPR A; 2JU8 A; 1VWK B; 4FBR A; 4JO6 A; 2RQ0 A; 2G8C O; 2HZQ A; 3KVN A; 5DG4 A; 2CZU A; 2HNX A; 4DCB A; 2IZJ A; 1SWT A; 4IB9 A; 4ZHF A; 2WEW A; 1SLF B; 2GTL M; 4IAX A; 2DM5 A; 3PEC A; 1SWB A; 3PED A; 3IFB A; 4DQ3 A; 2RTM A; 2WEX A; 4O3X B; 4LKP A; 1GKA A; 3WJB A; 4ID2 A; 4K19 A; 2XST A; 4ODD A; 1WUB A; 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