The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
82
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sequence length |
282
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structure length |
263
|
Chain Sequence |
b'LRSEQEMMDIFLDFALNDERIRLVTLEFQDYDISYFVTDVESFKENDQWLEIFGKRIMMQKPEDMELFPPELGNWFSYIILFEDGNKLDLTLIPIREAEDYFANKVLLDKDSFINYKVNDRQYWIKRPTAREFDDCCNEFWMVSTYVVKGLARNEILFAIDHLNEIVRPNLLRMMAWHIASQKGYSFSMGKNYKFMKRYLSNKEWEELMSTYSVNGYQEMWKSLFTCYALFRKYSKAVSEGLAYKYPDYDEGITKYTEGIYCS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of an aminoglycoside 6-adenyltransferase from Bacillus subtilis
rcsb |
| molecule keywords |
Aminoglycoside 6-adenylyltransferase
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| source organism |
Bacillus subtilis
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| molecule tags |
Transferase
|
| total genus |
82
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| structure length |
263
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| sequence length |
282
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.-: |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B0Y A; 5J2G A; 1ZQO A; 5III A; 1ZQX A; 4KLO A; 9ICM A; 4I2J A; 8ICV A; 4AT9 B; 4XA5 A; 3GDX A; 5EOZ A; 8ICF A; 2BCR A; 4IQW A; 8ICS A; 3JPQ A; 3RJF A; 2ZHB A; 4NM2 A; 4X5V A; 3JPP A; 4O5C A; 1PX5 A; 4M2Y A; 4UBC A; 4NQF A; 5IIL A; 1ZQH A; 4I2F A; 3PNC A; 3AQK A; 2ISO A; 3C8G A; 3V7J A; 1NOM A; 5BPC A; 4TUS A; 4QZE A; 1MIV A; 5CHG A; 4X4S A; 3WFS C; 5BOL A; 3BRJ A; 3RJI A; 3PMN A; 3TFS A; 8ICP A; 9ICT A; 4RWO A; 5J0W A; 4UD4 A; 3TUL A; 4Z6F A; 1ZQZ A; 4R65 A; 3H3A A; 1HUO A; 9ICR A; 4Z6C A; 3HWT A; 4MFA A; 2PFP A; 5J2H A; 3AU6 A; 4YN4 A; 5CWR A; 4UB1 A; 1K05 A; 4QZH A; 4KLJ A; 7ICT A; 4KLT A; 4PHA A; 4WC2 A; 4F5R A; 3RJH A; 4LT6 A; 4E8F A; 5IIK A; 5J2E A; 3MGI A; 2ZH3 A; 5J0O A; 5HRL A; 3NYB A; 4YMM A; 4X4R A; 8ICY A; 1JAJ A; 2ZH2 A; 5D46 A; 5HRB A; 9ICK A; 4X4T A; 4UAY A; 2BCS A; 2PFO A; 1UEU A; 4I2C A; 7ICK A; 5F28 E; 4X0B A; 4QZI A; 3UQ0 A; 4R66 A; 4MFC A; 1RZT A; 4JWN A; 5IIM A; 2ZH5 A; 4UAW A; 4KLS A; 5HRG A; 2L6H A; 3U0C A; 1JMS A; 3TFR A; 9ICF A; 5IIO A; 9ICE A; 2DRB A; 1R8C A; 4IG8 A; 2O5A A; 3HJ1 A; 5J0X A; 1K04 A; 4WC4 A; 1QVX A; 3C8G B; 1ZQE A; 2ZH9 A; 3JZ0 A; 1BPZ A; 4KLI A; 5J0Y A; 4X0A A; 2Q66 A; 1V4A A; 3C2K A; 3UXO A; 9ICW A; 1YLQ A; 7ICF A; 5J2B A; 4GXI A; 3JPT A; 4UB2 A; 3JPR A; 1XSP A; 3LK9 A; 3K7D A; 2JPU A; 4QZ9 A; 4QZ8 A; 5CA7 A; 2ZH7 A; 3C2M A; 9ICV A; 4NLN A; 4I2D A; 5J2J A; 3AQM A; 4PH5 A; 1JN3 A; 9ICL A; 1OW8 A; 4WC0 A; 4MF2 A; 7ICI A; 1MIY A; 1ZZP A; 8ICN A; 4K4I A; 8ICA A; 4DOB A; 4TUP A; 2M2U A; 4F5Q A; 4IQV A; 1NO5 A; 1TV9 A; 7ICS A; 4WBY A; 4GXJ A; 1FA0 A; 4M9L A; 8ICH A; 4RPX A; 2I9G A; 4WC7 A; 2DRA A; 5J0T A; 1ZQU A; 4UB3 A; 4PHE A; 5DKW A; 4NLZ A; 1WOL A; 9ICC A; 5HRI A; 1ZQN A; 1ZQY A; 1HUZ A; 9ICH A; 4Z6E A; 4YCX A; 7ICL A; 4F5P A; 3WFR E; 4FHP A; 1ZQW A; 1OU5 A; 2ISP A; 3UPS A; 3H39 A; 1BPX A; 2FMP A; 7ICJ A; 4WBZ A; 8ICM A; 4IQU A; 4UBB A; 1ZQR A; 4YMO A; 4RT3 A; 3B71 A; 4P4M A; 2DR5 A; 2RFF A; 2PFQ A; 1OW6 A; 4NM1 A; 4XQ7 A; 1KDH A; 5HRK A; 4RQ5 A; 7ICM A; 2NRK A; 3H38 A; 1PV3 A; 9ICJ A; 1OW7 A; 4RWP A; 3RH4 A; 3HIY A; 4KLG A; 8ICQ A; 4M9G A; 4KLD A; 7ICO A; 4RQ0 A; 4M47 A; 5J29 A; 1ZJM A; 2L6G A; 4PGQ A; 8ICE A; 2M2T A; 3MBY A; 1MQ2 A; 3RJK A; 3WFP A; 1BPD A; 5HRE A; 2BPC A; 5HHH A; 4LVS A; 4MFF A; 4TUQ A; 4X4N A; 2HHP A; 3ISB A; 4UD5 A; 1XSN A; 3RQG A; 4I2I A; 4Z6D A; 5CP2 A; 3AJM A; 1RPL A; 4FHY A; 2P66 A; 3OVS A; 5DDY A; 3ISC A; 1ZQI A; 9ICN A; 8ICW A; 4EBJ A; 1TVA A; 1VFG A; 3AU2 A; 3OUY A; 5HRH A; 4I27 A; 8ICJ A; 4JWM A; 5HC9 A; 5DED A; 4AT7 B; 8ICK A; 3MFN A; 1BPY A; 4O5K A; 1K40 A; 4PGY A; 2M2W A; 3WFO A; 7ICV A; 1XSL A; 3B0X A; 4KLF A; 5J2C A; 9ICX A; 4TUR A; 1WWP A; 2BCU A; 4KLE A; 4LZD A; 1UEV A; 2PBE A; 4KLM A; 4XRH A; 5J2A A; 4WC5 A; 1ZQF A; 9ICA A; 4X4U A; 4WCW A; 9ICG A; 2BPG A; 9ICU A; 1ZQC A; 4EP7 A; 4RQ3 A; 4R32 A; 2M2V A; 2L6F A; 4FHV A; 3MDC A; 5J0R A; 4QZD A; 3RH6 A; 4O5E A; 4KLH A; 4RQ8 A; 3WFQ E; 9ICI A; 4QZA A; 3UXN A; 2HSB A; 4S3N A; 3GM3 A; 8ICO A; 4MF8 A; 5F2V O; 4K4H A; 2ZHA A; 4M9H A; 4FH5 A; 7ICN A; 4RQ4 A; 1ZQG A; 5J0P A; 7ICE A; 4I2G A; 2BCV A; 4IQT A; 2GWS A; 5DBB A; 5J2D A; 3OVB A; 5J0S A; 4KLU A; 4XEK A; 5CB1 A; 1VJ7 A; 1ZQJ A; 3S9O A; 9ICP A; 5DBC A; 1ZJN A; 2BPF A; 4F5N A; 5J0U A; 5D49 A; 3OUY B; 5HRD A; 5CJ7 A; 1KNY A; 4XEF A; 2DR7 A; 4FHX A; 9ICS A; 3RJG A; 4EBK A; 5HRF A; 3MGH A; 8ICU A; 4I29 A; 2Q00 A; 3V72 A; 2ID1 A; 4FH3 A; 4RPY A; 7ICQ A; 7ICP A; 2ZH4 A; 9ICB A; 3RJJ A; 1MIW A; 3MDA A; 2PXI A; 1MQ3 A; 4AT7 A; 4QZB A; 1JQR A; 3JPS A; 2BCQ A; 3JYY A; 4P2H A; 4X4O A; 4WC3 A; 4I2A A; 4UAZ A; 4E7X A; 3O10 A; 4M5D A; 7ICH A; 5J0Q A; 4NKU A; 1KTM A; 3JPO A; 4M0A A; 4RWN A; 3HX0 A; 4UB4 A; 4I2E A; 5DB8 A; 4XEV A; 1R8A A; 4RQ1 A; 2PFN A; 1KEJ A; 3H37 A; 3AUO A; 1ZQL A; 2ZH1 A; 1F5A A; 3ISD A; 3RQE A; 5IIJ A; 5J2I A; 4FHW A; 2ZH8 A; 4M04 A; 4PGX A; 5J2F A; 1ZQD A; 8ICT A; 4NY8 A; 4RPZ A; 4KLQ A; 1BPB A; 3C5F A; 1ZQS A; 4UB5 A; 5DB6 A; 3RJE A; 5DEC A; 4RQ7 A; 4XQ8 A; 3AQL A; 4P4O A; 4M9N A; 2FMS A; 5BOM A; 4ATB A; 2KK1 A; 1R89 A; 4AT8 A; 4QZF A; 4X4P A; 2DR8 A; 2DVI A; 9ICO A; 2LK4 A; 3UQ2 A; 4QZC A; 8ICL A; 1ZQP A; 1JOG A; 4FO6 A; 3UPQ A; 3L8I A; 4E80 A; 5D4B A; 2VAN A; 2W9M A; 2ZH6 A; 4YD1 A; 3GM2 A; 3C2L A; 1O3U A; 4LZG A; 3RH5 A; 4NLK A; 4NKT A; 4F5O A; 8ICI A; 4PPX A; 1UFB A; 1ZQM A; 2IHM A; 4I2B A; 3L9D A; 3HJ4 A; 8ICB A; 1R8B A; 5J2K A; 4RQ6 A; 3C66 A; 4WC6 A; 5CR0 A; 3LQC B; 4PHD A; 3K75 D; 4YMN A; 3C18 A; 4XUS A; 4R63 A; 1ZQT A; 3C8G D; 2O1P A; 4I28 A; 2YWA A; 5HHI A; 2DR9 A; 3GM1 A; 1WTY A; 4AT9 A; 1TFY A; 4GXK A; 8ICG A; 5DB7 A; 3L8J A; 7ICU A; 5DDM A; 7ICR A; 8ICC A; 7ICG A; 9ICQ A; 3AQN A; 4PHP A; 1ZQK A; 4ATB B; 3C5G A; 2FMQ A; 1BPE A; 4QZG A; 4AT8 B; 4DOA A; 1ZQA A; 4DO9 A; 4YD2 A; 3JPN A; 4KLL A; 5IIN A; 1Q78 A; 1WOT A; 5DB9 A; 3PML A; 1Q79 A; 4O9M A; 8ICX A; 1UET A; 4I2H A; 5TZV A; 4NXZ A; 3HW8 A; 4RT2 A; 4RQ2 A; 4M9J A; 5HR9 A; 8ICZ A; 3V7K A; 1TFW A; 1ZQQ A; 4R64 A; 4K4G A; 4X4V A; 1ZQV A; 4DOC A; 3U3F A; 8ICR A; 4X4Q A; 2BE3 A; 1ZQB A; 3OVA A; 2JX0 A; 4P4P A; 5DBA A; 3RQF A; 3OGU A; 4RWQ A; 3V7L A; 3OV7 A; 3UXP A; 4WC1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UMI A; 1EKY A; 1BZ4 A; 3AQC A; 4G0H A; 4IQW A; 4NM2 A; 4NXU A; 2XXA B; 1H9G A; 4XPX A; 1PX5 A; 4NQF A; 4MVO A; 4EUK B; 3WOD F; 3V7J A; 2QNL A; 4TUS A; 4QZE A; 3E70 C; 4JC7 A; 3TFS A; 2R02 A; 3O39 A; 3DM9 B; 1YDI A; 3LNM B; 5KYX A; 2W4M A; 2R9R B; 1HUO A; 3GEH A; 3HWT A; 5JUA A; 4MFA A; 3AU6 A; 5CWR A; 1R4T A; 1ZU4 A; 2OU6 A; 2R25 A; 4WC2 A; 2IXN A; 2NUT B; 3RJH A; 1VK5 A; 5IIK A; 5J2E A; 5BQG A; 2WB7 A; 3ECS A; 5J0O A; 3KL4 A; 8ICY A; 4CJO A; 4XQ1 A; 4BJT A; 1JAJ A; 3VM6 A; 2B0H A; 2M4E A; 1RKE B; 4P6I C; 2R7T A; 1RZT A; 4K1O A; 1TFK B; 3K1H A; 2ZXP A; 3EZI A; 2DRB A; 1R8C A; 4KI2 A; 2O5A A; 2EPN A; 4HFF B; 4WC4 A; 1Z23 A; 3C8G B; 1ZQE A; 1HE1 A; 2KGO A; 2WZF A; 1FAP B; 3CZ6 A; 2C04 A; 3U5S A; 2UUI A; 4AX2 A; 4UB2 A; 2MHR A; 4QZ9 A; 1J8M F; 4ULW A; 3X1O A; 3DZA A; 1VYK A; 4NLN A; 3JRT A; 5J2J A; 3AQM A; 4CIP A; 1JN3 A; 9ICL A; 3SNH A; 3W8H A; 7ICI A; 1MIY A; 1ZZP A; 2GAF D; 3POV A; 4DOB A; 3NWI A; 4F5Q A; 4NXV A; 4IQV A; 2I15 A; 1YVI A; 4M9L A; 5D61 A; 1YAU O; 2R7S A; 4HEA J; 2BC5 A; 4IAR A; 5DKW A; 2DGJ A; 4DBQ A; 1ZQN A; 1MMN A; 2C03 A; 7ICL A; 4F5P A; 3NMK A; 1RXQ A; 1F1M A; 3EG9 B; 5JS5 A; 5KYW B; 2KSF A; 4YL3 A; 2FMP A; 4AE4 A; 4EGW A; 4I0U A; 8ICM A; 1ZQR A; 4YMO A; 1ORJ A; 2J9W A; 2PFQ A; 2R03 A; 3T9O A; 4NM1 A; 4XLN F; 4LLC A; 4U5F E; 4OIQ F; 4WOY A; 3OEO A; 1C02 A; 3X2Q C; 4RQ5 A; 3MYF A; 4ZLD A; 3JCU Q; 9ICJ A; 4WAB A; 4RWP A; 3RH4 A; 3HIY A; 1UG7 A; 4EV6 A; 4JTC B; 2VAS A; 8ICQ A; 4M9G A; 4JTA B; 3VRC A; 2W4B A; 4RQ0 A; 3ABK C; 4NTB A; 4PGQ A; 8ICE A; 2RSE B; 2QUP A; 4CS8 A; 1TQG A; 1MQ2 A; 1Y4C A; 2EIM C; 1BPD A; 4NXW A; 4MFF A; 4TUQ A; 5KYU A; 4UD5 A; 1XSN A; 3RQG A; 1LM3 B; 4I2I A; 3AJM A; 4CSA A; 3OVS A; 2YEV A; 5A6A A; 1IW7 F; 4PJM A; 3ITF A; 3AU2 A; 5HRH A; 4JWM A; 5HC9 A; 4AT7 B; 4H54 A; 3UNG C; 4E7S A; 1A41 A; 1BDJ B; 5L0I A; 7ICV A; 1XSL A; 1ZHZ A; 3B0X A; 5J2C A; 3O6X A; 1WWP A; 3ABL C; 3U8P A; 2VCA A; 5K0I A; 4MQ9 F; 4WGZ A; 4XRH A; 3JSZ A; 1ZQF A; 2P6V A; 4U9E A; 3HNL A; 3FVY A; 4RQ3 A; 3EF2 A; 1L7C A; 1C17 M; 2M2V A; 4FHV A; 1A7E A; 1YA9 A; 4RQ8 A; 2R7Q A; 2HSB A; 2Y3H A; 4NXX A; 1Z3I X; 8ICO A; 1AVO B; 5F2V O; 4M9H A; 1VLT A; 4FH5 A; 3JTL O; 1CGM E; 4KBL A; 3Q6M A; 4IQT A; 5DBB A; 5J2D A; 1NU9 C; 4CDA A; 4GQH A; 4FX5 A; 4FO1 A; 3S9O A; 1ZJN A; 5J0U A; 2YZS A; 1KNY A; 4EBK A; 2A0B A; 4YL1 A; 1CGO A; 2Q00 A; 3WG7 C; 4BJ6 A; 7ICQ A; 2ZH4 A; 2CCY A; 5CFS A; 4NTA A; 1JQR A; 2LFF A; 3C8Z A; 1ZHW A; 4Z9I A; 1D0Y A; 5A6K A; 4EEB A; 1JPN A; 1YA7 O; 1B68 A; 2XM4 A; 2AVK A; 2IXP A; 4U5G A; 4U5B E; 3W4Y A; 3JPO A; 2IOQ A; 4UB4 A; 4I2E A; 1E85 A; 3A9C A; 2Q4F A; 3ER9 B; 3S29 A; 4OAI Z; 3NKU A; 5KYY B; 1ZQL A; 4LEY A; 5B3S C; 2XL8 A; 1RJ9 A; 3SYN A; 3QTH A; 2J46 A; 1V54 C; 1YZA A; 1ZQD A; 3AOU A; 1M2V B; 1OCR C; 5COG A; 1OCC C; 3LAY A; 3LLI A; 4UB5 A; 2GWW A; 2PNO A; 4EED A; 4XQ8 A; 4M9N A; 3G50 A; 2FMS A; 4BG0 A; 4CS9 A; 4X4P A; 3OWG A; 1SF8 A; 2H7O A; 2W45 A; 1Z7Q c; 2GA9 D; 2VB6 A; 5JTG A; 4E18 A; 2Y3D A; 2VAN A; 1EA8 A; 3JSE O; 3C2L A; 4BJ5 A; 4LZG A; 3RVY A; 1GS9 A; 2Y69 C; 3JCF A; 3JYH A; 4F5O A; 3PCV A; 1ZQM A; 2PFD A; 2Q7R A; 4I2B A; 1T6U A; 2BBJ A; 3ASN C; 1GM5 A; 1OXB A; 5J2K A; 4RQ6 A; 1Z5Z A; 2AWC A; 3AG1 C; 4IAO A; 5HHI A; 1GPJ A; 3GM1 A; 1U0B B; 4AT9 A; 8ICG A; 3TOL A; 4XWJ A; 3QW0 A; 7ICR A; 4GEH A; 1Q0F A; 1JAF A; 1NG1 A; 4LEW A; 1H9T A; 4YD2 A; 5CI9 A; 4KLL A; 1Q78 A; 5DB9 A; 8ICX A; 1Q79 A; 3DJU B; 5JSL A; 4I2H A; 4PR9 A; 1OKK D; 4EWC A; 3V7K A; 1TWG A; 1TFW A; 1ZQQ A; 4X4V A; 1ZQV A; 5B1A C; 1ORS C; 3DI5 A; 3EHM A; 4O6Y A; 3OGU A; 3V7L A; 4P9T A; 4HX0 A; 1GQA A; 5III A; 1ZQX A; 4KLO A; 3Q7L A; 4I2J A; 3S90 A; 1GGQ A; 5JRA A; 1YLM A; 2XS1 A; 3TK0 A; 3RJF A; 2ZHB A; 2A1D D; 3ASO C; 3JPP A; 3TOM A; 1ZU5 A; 1ZQH A; 3PNC A; 5DLJ A; 3EH1 A; 3LNR A; 1AEP A; 2FAP B; 4ONS A; 5CHG A; 5BOL A; 1U6H A; 4MVU A; 8ICP A; 1LI5 A; 9ICT A; 4RWO A; 1CPR A; 4G7Z F; 4YK5 A; 1ZQZ A; 2YKZ A; 5T3W A; 3H3A A; 2OOC A; 4BEM J; 3N2Z B; 5JLI A; 5J2H A; 3MLG A; 3QMK A; 4KLJ A; 4C3D A; 3GEE A; 2B0J A; 4LEZ A; 2A68 F; 4JCZ A; 3W8I A; 4F5R A; 4D4X A; 4E8F A; 4Q4Z F; 1D0X A; 4MVQ A; 1OKK A; 4OAG A; 5HRL A; 4X4R A; 2EIL C; 3B0U X; 2ZH2 A; 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