2PBWA

Crystal structure of the ligand-binding core of iglur5 in complex with the partial agonist domoic acid at 2.5 a resolution
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3-(phosphonomethoxy)-4-isoxazolyl]propionic acid.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 77
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA02
3ZKKA 1LSTA 2V84A 4R9FA 1NKXA 4EXLA 2OJTA 4F2OA 3OO6A 4EDPA 1OIBA 1OVBA 4R2FA 2RCBA 1RKMA 4E0XA 1GTKA 4BDMA 1Y3QA 4DCYA 1H45A 3Q27A 3H6VA 4EXKA 3H06B 3HPIA 3C9HA 1BKAA 2X7QA 3FV1A 3EF7A 3RT8A 5AA2A 4QSDA 3TZAA 2H4IA 4MFIA 5ITPA 4ZE9A 5B7DA 2CMOA 3S9NC 1VE4A 4H8IA 4F2QA 2HZLA 3TODA 4I9DA 4HCWA 4YB6A 3KN8A 2QSXA 4OHNA 4OENA 4GL0A 3KZGA 2Q9TA 3FJMA 4LQ5A 4F3SA 5F1QA 3D4CA 4DXBA 4ZS9A 4G8MA 4JWOA 1R1NA 3H6TA 4LQ2A 5TPAB 3OXNA 3K6VA 4LZ8A 2THIA 4F3BA 4GIZA 2D3IA 2YLNA 1FTLA 4Z0IA 3K0VA 5KZTA 3KG2A 3UGWA 4H1XA 1LBBA 1P99A 4Q5TA 1IQ7A 4AB5A 3U8QA 3C35A 5DYHA 3GBBA 4GWOA 3N6UA 3L6HA 3IB1A 4TOZA 3VLWA 4U23A 2OK2A 4BDRA 1IITA 2F5XA 1OQGA 1SDXA 3K1PA 3U72A 2E1SA 1D3KA 1B3LA 1TFAA 3G3GA 2B3BA 4LP2B 5TPAA 3QXMA 3TCFA 4I8CA 1SI1A 3MWBA 2HXWA 3BFTA 1Y1ZA 3B7DA 1POY1 4ECFA 4RPNA 4NF4A 2ONSA 3E9XA 4OQOA 5H8NB 3RNNA 3KGCA 4KYEA 4IY6A 3SEWA 4KI0E 1FCKA 5HBCA 2PVUA 3IOTA 1A8FA 3I6VA 2DQVA 4FECA 1A55A 2WKYA 2V3UA 4OXVA 3K6UA 1S50A 4RK9A 4OETA 2O1LA 2NUVA 5L9SA 1T0KA 4JSDA 4AB6A 1B6HA 4O3AA 1B4ZA 1SBPA 3V83A 2V25A 4R6HA 5ICTA 4O3BA 2H25A 3K6WA 3KN3A 3CRBA 1Q35A 4IO5A 3P7IA 3VLVA 4I1DA 1IXCA 1GR2A 4R6KA 3IO4A 3TELA 3K00A 2X7PA 1ZTYA 1B5IA 1DPPA 1B5HA 3FXRA 4RY1A 1NH8A 3O6HA 4R73A 3RQTA 1QUKA 3UN6A 2ZNTA 3K02A 1B3GA 4POWA 2GHBA 3FXQA 4QFKA 3E3KA 4O3CA 5H8SA 3OO7A 2QL3A 1URGA 4X1BA 2F34A 1B5JA 3PV0E 3SEYA 4KQPA 4ZECA 1FW0A 1QUJA 4FORA 4PFYA 2I49A 1PB8A 3VVFA 1B05A 1TT1A 3C31A 4ND9A 4IO3A 3DP6A 2Y7RA 3LBSA 2F8DA 2B65A 3EPEA 4KCDA 4GVOA 3FZVA 3B6QA 4HCYA 2DSFA 3UIFA 1IXGA 4U22A 3E4RA 4U1OA 2VD3A 3MZ1A 2P0SA 3K1NA 3QSLA 1YAEA 1DPEA 1SD3A 4ZDMA 2VOZA 2HEUA 4GD5A 2UVHA 1BLFA 3CSBA 2XXHA 2GFEA 3KN7A 5K2YA 5AA1A 1EU8A 4I62A 3OENA 3IX1A 3KSJA 5KCJB 5BUUA 3N6TA 3PUYE 1L5TA 1JEVA 1ZBMA 1FQFA 2Q89A 2O7UA 1N3XA 2QJEA 2XX9A 5EYFA 4ONYA 4IB2A 2XD3A 2Z8FA 1ZMGA 4QFLA 3BFUA 2UVIA 1US4A 1H3DA 1UIVA 4LZ7A 5IAIA 3I5OA 4LUBA 4IO6A 5BWJA 4QF9A 2NVUB 3KBRA 5AA3A 1FTJA 2GHAA 4ZEDA 1Y4TA 2V3QA 3R7XA 3MUQA 3O29A 2DVCA 1ZKBA 2ESNA 3ILUB 1QUIA 2Z8EA 4PE5B 2HQ0A 4KPTA 5EHSA 4FIMA 2NWJA 2DWHA 3G3FA 4RJZA 1BP5A 3C33A 3A3CA 1XVYA 3VXBA 4DE8A 1MY4A 2UVJA 4ZEFA 3PPPA 2I3VA 3SEUA 2OLBA 1LB9A 3FJGA 2F97A 3FVNA 1SYHA 4MLQA 2R71A 1UQWA 1MH4A 4JXIA 3JZJA 3VFJA 3C32A 4LA9A 3S9MC 4QHQA 1JW4A 3IO6A 4KD5A 4OEVA 3VXCA 4QSEA 2UYEA 2ZXTA 2FYIA 3SEVA 2QS2A 4EF1A 2XXVA 3U93A 3K4UA 4N6PA 3KEIA 4KYDA 2XXRA 1BIYA 1OLCA 3V8XB 3IOWA 1B58A 4ELPA 2PMSA 4YZZA 1TFDA 1HSJA 3W9VA 1S9TA 3R6UA 4H5GA 1SW2A 5M2VA 1R9QA 3SESA 5DTBA 5K2XA 3UP9A 4BDQA 1CE2A 2D21A 3VVDA 5ELVA 4QFOA 4GXSB 4TLMB 3RN8A 4THIA 1MXUA 5DVFA 1P1UA 3B6TA 4F1YA 1NL5A 3HCQA 4QFNA 2W7YA 4IGTA 1F9BA 2F35A 4H65A 4IGRA 4MBPA 5DEXB 4FEBA 1MY0A 3IOUA 2I4BA 3TTLA 4JWYA 1Y4CA 2F36A 4DLDA 3UA8A 1FQAA 3MPLA 5FTIA 4R9GA 5JTYB 2XXIA 1TWYA 3O6GA 2ZYMA 3OMBA 2OZZA 4GF8A 4JSOA 4NF8B 3KSXA 3HHGA 1AMFA 3R26A 5H8QB 4U4XA 1H43A 3IJOB 1GV8A 3U94A 1OLAA 3KJTA 2PBWA 3C34A 2QMWA 3ODBA 1OQHA 1M5FA 3TCGA 5CI5A 5I57B 1POTA 2Q88A 4IO7A 3D4GA 1JVYA 2HAUA 1IZ1A 3OSRA 3QK6A 4G2ZA 1I6BA 4JB7A 1Y20A 2HZKA 4G4PA 2A5TB 2ONRA 4ZZAA 5JTYA 1UTHB 2Z23A 5A5XB 2O51A 4POXA 2ZMBA 2A5SA 3OOAA 4NF8A 4ELOA 4U4SA 4YB5A 1B3HA 3H3GA 4DXCA 3CVGA 4MF3A 3WAEA 3MZBA 2BJJX 2Y7WA 4YICA 3HSTA 3VV5A 1Y3NA 3C4MA 3S2VA 1A99A 3O2AA 1B46A 4N13A 2QS3A 1US5A 5I57A 1M5BA 1EZPA 3T9VA 5CMBA 2DE2A 4HTGA 1HSEA 3OO9A 3ZKLA 1YPNA 2RCAA 3N5LA 1NNPA 4F3GA 1PBQA 1LFIA 4XKQA 4PETA 1NFTA 4ESXA 4F39A 4GXAA 1URSA 2V93A 5L9MA 1UTHA 1MDP1 1MY3A 1FQCA 3USDA 4DDDA 3OD7A 2P2AA 1B40A 2F78A 4C0RA 3T9XB 4KYSA 2CZLA 4U21A 3TEPA 1JW1A 3A3UA 3OEMA 3PD9A 4NTLA 3PUVE 3DP8A 1B9JA 3FD3A 3RGYA 4E0WA 4G8NA 3TCHA 3PPNA 3G3JA 3M3FA 4PQJA 2UXAA 3O66A 4PP0A 1B7UA 1QJMA 1YCJA 4Q0CA 3DLNA 4ZEKA 1N7XA 4G68C 2DYXA 1D9VA 4QFPA 3IAZA 3RLFE 4M1VA 5CC2A 5F7VA 2DWIA 4Q8RA 2I48A 1N04A 1ATGA 3MAMA 5H8NA 3RTWB 4IO4A 4ZE8A 2I58A 4U2RA 3HV1A 4RA1A 3MVXA 1QULA 3FGSA 4X48A 3SDFA 2B3FA 1XC1A 3PD8A 3T9HB 3H6WA 2XX7A 3Q28A 3LSWA 1VFEA 4NF5B 1JQFA 4TQUQ 4ZEIA 3UK4A 3IK6B 4UACA 1ZJLA 2XD2A 1LFHA 1MQDA 4GRKA 1QVSA 4FE8A 1MRPA 4RYAA 1J1NA 4Z7EA 1ZU0A 1SW1A 4ZEBA 1HSLA 1XHYA 2M8CA 1RYXA 1LCFA 4C1TA 3BBRA 3KJ7A 3LSXA 1MXVA 4F22A 1SW5A 2V3TA 1KWHA 2PT1A 2ABHA 3ONMA 4R75A 1MPBA 3RT6B 3MZ9A 4R6YA 1PBPA 2NXOA 4HW8A 3T93B 2Q2CA 4HS7A 1JW5A 4NF5A 3RUMA 5CBRA 3VVEA 1PDAA 4WEPA 2HCAA 1H76A 3V5AA 4QRZA 5HPQA 1MH3A 3FVOA 4GLIA 3WAFA 4UA8A 3PPRA 4EQ9A 1QKBA 4OYVA 1D9YA 3TMGA 1IXIA 1DMBA 1I6AA 5L9OA 1B0LA 4LATA 3M8UA 4H0WA 3LSFB 1XS5A 1DSNA 2IA4A 3CR9A 1B52A 2DP8A 3MP1A 3MP6A 2AL5A 1ELJA 1UIUA 1Y1MA 1VR5A 3FJ7A 1R6ZA 4H67A 2F6PA 4NE4A 4YKPA 1LB8A 3RTFB 3RPWA 1N0TA 1Z7ME 1IEJA 4AQ4A 3TDJA 4QSCA 1PB7A 5B70A 1YTVA 3O9PA 1CB6A 3FASA 4RXLA 4OEUA 5CMKA 3K6XA 3H7MA 2IEEA 5I58B 5KCJA 2H5YA 3EN3A 4X9TA 1MY1A 1SYIA 3H4ZA 3OELA 1B2HA 1VSOA 1P1NA 4LVQA 4DCXA 1DTGA 1FTKA 3MQ9A 4ZZEA 3JYRA 1Q1KA 4ELQA 1TXFA 3ZS6A 3CIJA 3S9EA 2OWTA 1XOCA 3FUZA 3SETA 3SERA 3PMVA 2UVGA 3VE1B 4WEDA 1JEUA 4FJPA 4XXUA 2ANJA 2VGQA 1I69A 3PUWE 2XXQA 1LAXA 3EHTA 3PUZE 2VD2A 1NH7A 4WXJA 3M3KA 2GH9A 4YMBA 2PT2A 3TKDA 3IL1B 2PX1A 3OEKA 4EUOA 2I0BA 4YAHX 2UYFA 5AA4B 4OERA 3LSLA 4XKRA 5I58A 3QUJA 5I56B 3G3KA 2XX8A 4BDOA 3Q26A 4YKIA 3FV2A 1P1QA 2O1MA 1USYE 4NMYA 1A40A 1OMPA 3O97A 4LONB 3O28A 3CG1A 4YB7A 2QS1A 3W9WA 4DXUA 4H6DA 2ZNUA 4KR5A 2D5WA 2VP1A 4YKJA 4FEDA 4NWDA 3FVGA 2XXTA 3DP4A 1IIWA 1LAGE 3W15C 1EZ9A 3KOTA 1N3WA 1URDA 3OO8A 3THIA 1MQIA 4MH5A 5AA4A 1MXZA 1N76A 3CSGA 3G3IA 4F19A 2DE3A 4YMAA 1VFDA 2P1SA 4NF6B 5I56A 3SEXA 4EF2A 3C36A 2REGA 3HHFA 1UTBB 3T22A 4WKMA 4G68B 1LAFE 2RC7A 3F11A 1FTOA 3K01A 3MJNA 4G8HA 2Q8JA 4OFLA 1MM6A 4OWDA 3A09A 5TP9B 5DEXA 3QIMA 2G29A 4IO2A 2R9JA 3HO7A 4F3PA 3TTRA 2I3WA 3KOSA 5CMCA 1O63A 2Y7IA 4XTCQ 2NOOA 2H98A 2DE4A 1FQDA 2AL4A 3PGFA 4JDFA 1QKAA 2QPQA 2ZYNA 3MP8A 5DVIA 4OESA 4NF4B 1I6QA 1ANFA 5H8QA 1NNFA 2O6AA 3IB2A 4NF6A 2F7BA 1JNFA 3PMXA 2F7CA 1UTBA 4FAJA 3E13X 4G68A 4FATA 2ZYOA 3T9UA 3PPQA 5TP9A 4GL8A 4R74A 2RC9A 2F6GA 2REJA 2FA7A 2VHAA 1MQHA 4PFWA 5HM4B 2DWAA 4P0IA 3CI8A 3QUFA 1Y9UA 2A5TA 4F31B 3HN0A 1Y3PA 5A5XA 4ISUA 3LUYA 4GFRA 3CFLA 4MLVA 2H9BA 1LCTA 3B6WA 3MBPA 4F1VA 1IXHA 4DIGA 2XXPA 4XIGQ 4BDLA 3TTMA 2X26A 4F29A 5I59B 4P11A 2AIXA 3TYHA 1LBCA 1OVTA 3PPOA 3GXAA 2KLFA 3GLBA 4N07A 1WDNA 3LR1A 3VLUA 2ALUA 1JVXA 5ISUA 2DWJA 3IOVA 3Q25A 3K1MA 4ESWA 1B1HA 1USYH 3PMWA 5J1DA 4H5FA 3U1OA 3N94A 5JK4A 4P0GA 1M5CA 3GBAA 2HFBA 3IR1A 3V89B 1IUDA 4IY5A 3MW0A 5TU0A 3PU5A 2PYYA 4M4GA 3CG3A 4YU0A 3RY3A 2YJPA 5I2NB 1MDQA 5CBSA 2QMXA 2E0SA 3EQ1A 4EQBA 1XVXA 5I59A 1B0HA 4PFTA 1O64A 2OCUA 2I0CA 1AIVA 4L17A 1XT8A 2DXYA 1EZOA 4TLLB 5DVJA 1II5A 1MXXA 2XXWA 2DXRA 3PUXE 3KFMA 1S7YA 4KHZE 1AOVA 4XKPA 3TTNA 5IKBA 1P1OA 4K3FA 1LFGA 1AL3A 2F7AA 5I2KB 1O7TA 3MVZA 3TAJA 1Z7NE 1PB9A 3AXFA 4OZ9A 5FTHA 2OBGA 1B1XA 1BTJA 2RKMA 4OFJA 2QRYA 3S9LC 2O84X 5KDTB 4KCCA 4OVJA 2I6EA 3O6IA 5I2NA 3CFZA 1MS7A 2G93A 2I4CA 1FQBA 3S4UA 1P1WA 1R9LA 3K2DA 1FTMA 1MG1A 5H8FB 4Q30B 2YPNA 1NMUA 3T96B 5EHMA 1N84A 3MVYA 1WVJA 3H03A 1GGGA 1B3EA 1SW4A 5CRYA 4PFUA 2Q2AA 2RF1A 5FHNA 5I2KA 3H6UA 5AE4A 1MXYA 3FVKA 1NNKA 3Q29A 4RPOA 1B7ZA 2HAVA 5FHMA 4F1UA 4OTEA 1MXWA 1MQGA 4DZ1A 1ZLQA 2O68A 2Z22A 3JV9A 2ZNSA 4OFOA 4XKNA 5KDTA 4YKKA 3TQLA 1LGBC 1D4NA 1LAHE 3UORA 2RINA 3TTKA 5ITOA 5I84A 5DT6A 4F18A 2XXYA 5H8FA 3U92A 1SVXB 3FXUA 1SI0A 3I3VA 3ZSFA 1DOTA 2DVZA 4U1ZA 5AA2D 4R2BA 4NEDA 1AH5A 3N26A 3SKPA 1EH3A 3ILTB 2O7IA 1MY2A 2ZYKA 1DTZA 1GVCA 4BLAA 1B4HA 1NNTA 3ECRA 1ZIUA 2ONKE 3DELB 3L6GA 2OWSA 3TPAA 1SQYA 1MQJA 1RYOA 1A8EA 5CM6A 4H8JA 3TFLA 5H8HB 3G3HA 3G7WA 2RC8A 3MVWA 5LOMA 2R6GE 2LAOA 1B3FA 1M5DA 1JETA 2DS9A 2AYSA 1QW0A 3IJXB 4GOTA 3FIRA 2Y7KA 3IORA 3OSQA 3TUSA 3FATA 4ELRA 1H44A 3QYTA 3GZGA 4RNSA 4RK2A 2FNCA 4C1UA 3M3LA 1MPDA 4KFQA 4EQ7A 5ICQA 2GRVA 3LC8A 2XHDA 3CFXA 1PC3A 4BDNA 2Y7PA 3QAXA 4JWXA 3TQWA 1N7WA 5FHOA 3MPKA 2H99A 3EHUA 4GQOA 1A7LA 2XXUA 4JBZA 3T66A 2Y84A 5H8HA 1B51A 3VDFA 1PEBA 1FQEA 5L8DA 3BKIB 1A54A 4X1DA 3MC2A 2DOJA 1B32A 3DM0A 5AA2B 1MM7A 1M5EA 2XXXA 1WODA 5JEIA 4LZ5A 4R72A 2O69A 4OMBA 2Z8DA 1MPCA 4NWCA 4G77A 5CMMA 2QS4A 3IB0A 1B7HA 1LLSA 3EHSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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