2PBWA

Crystal structure of the ligand-binding core of iglur5 in complex with the partial agonist domoic acid at 2.5 a resolution
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
publication title Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3-(phosphonomethoxy)-4-isoxazolyl]propionic acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 77
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA02
3KSXA 2UVJA 1CE2A 5H8NA 5JK4A 4ECFA 4FECA 1PBPA 3LR1A 3VLUA 3RQTA 3OSQA 2AYSA 4YB5A 3TUSA 3IJOB 2DS9A 3VV5A 3ECRA 4YU0A 2PBWA 3EN3A 5AA3A 3K01A 1FCKA 4F3BA 1TFAA 1VR5A 1B7HA 3ZSFA 3O6GA 4U23A 4N07A 3LUYA 3KOTA 2RC8A 4Z7EA 3UIFA 1UIVA 4POWA 2OK2A 3THIA 3E13X 2DWIA 4U4SA 3T22A 1IIWA 1SW5A 4QF9A 5AA2B 4KR5A 3P7IA 1EZOA 1VFDA 3S9NC 3PD9A 3SETA 1RYXA 1N04A 1QKBA 4TQUQ 1MQGA 4XXUA 1Y1ZA 2Y84A 3FVOA 2VGQA 1YCJA 1EU8A 4NEDA 4F22A 1Y1MA 4KYDA 4NWCA 2O1LA 2RINA 1CB6A 2HQ0A 2YJPA 1JEVA 3IJXB 1JW1A 3R6UA 1IXIA 3C35A 1OLCA 5L9MA 4F2QA 3FV1A 1SQYA 4GIZA 2DP8A 1SVXB 3LSLA 1D9YA 1MM7A 2DSFA 1URSA 1OVTA 5B7DA 1S50A 4IO2A 1LLSA 4RYAA 1IQ7A 2I6EA 3M3KA 2CZLA 4MLVA 1JVXA 5AA2D 1I6AA 4DZ1A 3OO7A 3MUQA 4OMBA 1OQHA 4EQ9A 3FXQA 2DXRA 1JW5A 5CRYA 3U72A 1US4A 3FATA 3PPNA 3CRBA 2XXRA 4ZE9A 1S9TA 4R2FA 3HHFA 3SESA 2Q9TA 3H7MA 3IB1A 4BDLA 4OFJA 3TQLA 2DQVA 2AL4A 2X26A 4H5FA 1WODA 1AIVA 2F36A 1B40A 1ZBMA 3RT8A 1B6HA 1P1WA 2QPQA 4OVJA 3DLNA 3IB2A 1N84A 4WEPA 2NWJA 3WAFA 3GLBA 3RY3A 4KFQA 3U92A 2ZMBA 4H6DA 3I3VA 3TYHA 3T9XB 3QSLA 3FASA 5EYFA 1ZU0A 2PVUA 4GXSB 2OZZA 4H1XA 4E0XA 4AQ4A 4JB7A 2HEUA 4BLAA 1GTKA 1LBBA 4QSDA 2VOZA 3S9EA 2Z23A 3H6UA 2RC9A 4JWOA 4PFWA 3CSBA 4H8JA 2AL5A 4JWXA 4YAHX 4NF5A 4R6KA 2REJA 4P11A 4IO5A 3K2DA 4XTCQ 4C1UA 3QAXA 3PPRA 3FJGA 3I5OA 3Q29A 2O69A 4RY1A 5DYHA 3BFTA 2F35A 3FGSA 1MXUA 1YPNA 3PUXE 5L9OA 2O84X 3CI8A 2A5TA 4MLQA 2Y7PA 2DYXA 1H43A 5K2XA 2GFEA 1URGA 4FORA 4IO6A 3PMVA 4IGTA 5B70A 2G29A 4YZZA 4ZZEA 3TDJA 3K1PA 3ONMA 3UORA 2Q2CA 1LB9A 4NE4A 4OYVA 2I0CA 2IEEA 1LAGE 3D4CA 4RJZA 3QUJA 1MM6A 1DPPA 3T9VA 2DWHA 4LQ5A 1QW0A 2H25A 2PYYA 5CMCA 3PPQA 3KOSA 3C9HA 2DWAA 2UVIA 3EPEA 5H8FB 4QFNA 1UTHB 4YKPA 4L17A 3TCHA 1M5CA 5ICTA 4ZEBA 2H99A 3HV1A 5I57B 5DVIA 1JEUA 5JTYB 1FTKA 3MPKA 1A8FA 1H44A 3KSJA 3O97A 2UYFA 3C32A 4YB7A 3SEVA 1QJMA 1NNFA 1B1XA 1HSLA 4C0RA 3SDFA 2GHBA 1B52A 2HAUA 1IUDA 1Q1KA 2PT1A 2B3FA 2V3QA 4R6YA 4EDPA 3KJ7A 1N76A 4GQOA 2OCUA 1L5TA 4DXBA 2I4BA 1LB8A 2THIA 4FIMA 4U1ZA 5EHMA 1NNKA 3TQWA 3V83A 2HAVA 4GOTA 1AL3A 4OEVA 4RPOA 4DIGA 4HS7A 2V3TA 1B4ZA 3FVNA 4JSDA 4MBPA 1BLFA 3IX1A 3OD7A 1ELJA 4K3FA 3UK4A 2F5XA 3Q28A 3T66A 2QJEA 1MPDA 1MH3A 4LQ2A 4MF3A 1US5A 4LONB 3G7WA 1GR2A 1SBPA 1PC3A 3TAJA 3CG1A 1N7WA 2QMWA 1JW4A 1A40A 1A54A 3K6XA 2R6GE 3B6TA 3MBPA 4R9FA 3RPWA 2A5TB 1LAHE 1O63A 1B3GA 4TOZA 3PPPA 5ELVA 4WEDA 3MVXA 2HZLA 3GBAA 3G3KA 2F8DA 3MAMA 3TCGA 1DTGA 2Q89A 4H5GA 4HW8A 1EZ9A 2H98A 5FTHA 3V5AA 4DDDA 3QUFA 3TTKA 1OMPA 3K00A 4R73A 4JXIA 4P0IA 1MDQA 3C34A 5KDTB 2ONSA 1Q35A 3S9LC 2XXUA 4F19A 3CR9A 3UA8A 4EXLA 2F97A 3G3HA 4RPNA 3K6VA 2QS3A 1OLAA 4KYSA 2Q8JA 4ELRA 3O29A 3EHTA 4ELQA 1LAFE 4KYEA 3M3LA 4OFLA 5TPAB 3PMXA 3VLWA 3IOTA 4I9DA 1O7TA 2Q88A 1B5HA 2PMSA 4F3GA 3RTFB 5ISUA 5I2KA 4EQ7A 2B3BA 3TODA 2ZYOA 4PE5B 2Z8DA 3PGFA 3C31A 4O3BA 4N6PA 2XXYA 1B7ZA 3C33A 4X9TA 2B65A 2I3WA 1Y20A 4KCCA 4BDNA 3MW0A 1ZIUA 4F31B 3ODBA 4XKQA 1MPBA 1B3FA 1D9VA 3GBBA 2XXQA 2PX1A 5CBRA 1LCTA 1N3XA 1SDXA 3VXCA 2XXIA 1LFHA 2R9JA 4GWOA 3U1OA 2P2AA 2YPNA 1ANFA 5CC2A 2OWTA 3MZ1A 4O3AA 1GGGA 1DMBA 3K1NA 5H8QA 2O51A 2OWSA 3HPIA 3CIJA 2ZXTA 4KPTA 4OESA 2H4IA 3L6GA 1Z7ME 3H06B 1P1OA 1MY4A 1DTZA 3T93B 3T9UA 4XKPA 1BTJA 4MFIA 4UACA 3N94A 3U8QA 3RGYA 1OVBA 3MP8A 3RLFE 3GZGA 5I56B 4OTEA 4GL8A 5M2VA 1MY1A 4R6HA 1S7YA 1Y4TA 4NF6A 1GVCA 4YKKA 3FZVA 1HSEA 4IGRA 5CMKA 1SYHA 2FA7A 2RCBA 2I49A 3B6WA 1P1NA 1VE4A 3OO9A 4GD5A 3N26A 3VLVA 3N6TA 4QFLA 2RKMA 2VD2A 3W15C 4H0WA 3QXMA 3A3UA 3SKPA 2AIXA 1B5IA 5FHMA 4NMYA 2F6GA 1MQJA 1M5BA 5H8FA 4QFKA 2Y7RA 1UTHA 4RNSA 1MY2A 2HXWA 5J1DA 4BDMA 4YICA 1FQAA 4LZ8A 3RUMA 5I57A 2XX7A 4ZZAA 2X7QA 5TP9B 3SEWA 3TCFA 5JTYA 3H4ZA 3WAEA 3BBRA 2DXYA 1JQFA 1LFIA 1KWHA 3OSRA 2G93A 1FTJA 4TLMB 4NF4B 1B4HA 2FYIA 1ZKBA 1FW0A 1URDA 1B3EA 4Z0IA 1MRPA 1B32A 1MQDA 3PU5A 3K6WA 5I2KB 2XXPA 5ICQA 2VD3A 1Y3PA 1B58A 4JBZA 1B46A 3O28A 4EUOA 2DE2A 2Z8FA 4U21A 1QKAA 1QUKA 1MS7A 2I3VA 4ZECA 4OXVA 4OWDA 1HSJA 2BJJX 3V89B 3K6UA 1VFEA 2I58A 4GLIA 2LAOA 1EZPA 1Y4CA 3AXFA 2H5YA 3MVYA 2O68A 1D4NA 1P1UA 3LSXA 3U93A 1QUIA 3SEYA 1NNTA 4QHQA 3RN8A 4FAJA 5I2NB 1A55A 1PB8A 3GXAA 1PEBA 4M4GA 5HM4B 2DE3A 2F7CA 1JNFA 1A7LA 1RYOA 2WKYA 3BKIB 3UGWA 1LGBC 3IOUA 4F1YA 5H8QB 1JVYA 1OIBA 1ATGA 1I6BA 2XX8A 2Y7IA 3EHSA 1RKMA 1PB7A 1MG1A 2RF1A 1QVSA 4LATA 3VDFA 3FIRA 5FHNA 3N6UA 1IITA 3H6WA 3ZS6A 1BKAA 3MVZA 1FQCA 4DLDA 2REGA 3QK6A 4NF6B 1M5DA 4KQPA 1NL5A 2ONRA 4LUBA 3ILUB 1VSOA 1XVYA 2V25A 2ESNA 3RTWB 1B0HA 3OXNA 4THIA 3LSFB 5KDTA 3UN6A 3MP6A 4QFOA 3SEUA 1GV8A 3MZ9A 3USDA 1LBCA 5CMBA 4PP0A 4FEBA 3O9PA 3KN7A 2QSXA 2VP1A 4OENA 5TPAA 4FATA 5LOMA 1DOTA 4GXAA 2O1MA 4KHZE 4YB6A 1N0TA 1XT8A 4LP2B 3R26A 4GVOA 3H03A 3IL1B 3E4RA 4HTGA 1B2HA 2V93A 5L9SA 4G8MA 1H45A 1NH8A 1B5JA 5ITPA 3W9WA 2I4CA 3TTLA 3IOVA 2P1SA 3RNNA 2O7IA 5HPQA 1JETA 3G3GA 1FQFA 1Y3QA 4FE8A 2D3IA 3KZGA 4AB5A 1PBQA 4YMBA 2ALUA 1UQWA 3BFUA 1MY0A 4PFUA 1XOCA 3W9VA 1SD3A 5A5XA 4MH5A 1B3HA 3FJ7A 3B6QA 1MY3A 3MP1A 3FD3A 1DPEA 4GF8A 3CFZA 3G3IA 4TLLB 1IEJA 5L8DA 1IZ1A 4G2ZA 1YAEA 5AA4B 4NTLA 4JSOA 5I58A 2A5SA 4OZ9A 1NMUA 3EHUA 4F2OA 1FQBA 4XKNA 5I56A 3T96B 3OOAA 1MDP1 3FXUA 2D5WA 3TZAA 4ZEDA 4PETA 3ILTB 3SERA 4F18A 3CVGA 5K2YA 3PUZE 3M3FA 4Q5TA 1M5FA 4G4PA 3OMBA 4PFTA 2ANJA 2XXHA 2OJTA 3TTMA 3PD8A 4IO4A 5CBSA 1UTBB 5AE4A 3CSGA 1I6QA 4Q0CA 2XXVA 5HBCA 4EF1A 5I84A 1J1NA 3MZBA 2GH9A 5CI5A 1XS5A 2ZYKA 4G8HA 1XHYA 1MQIA 1ZMGA 4BDRA 3DP8A 5TP9A 4AB6A 2XD3A 3KN3A 1LSTA 4E0WA 3HSTA 1FTLA 1A99A 5JEIA 3DP6A 4I1DA 2XX9A 1SW4A 4BDQA 4NF4A 4DCYA 4KI0E 3B7DA 4HCYA 4ELOA 3F11A 1MXYA 3A3CA 3FXRA 3TFLA 3VVFA 1USYH 1XC1A 1XVXA 2CMOA 1P1QA 4GRKA 4IO3A 1NH7A 4GFRA 5DVFA 3MWBA 1FQEA 2OBGA 4OEUA 1II5A 4R9GA 1MXZA 3H6VA 1ZJLA 3KN8A 3IK6B 1H3DA 4PFYA 5EHSA 3O2AA 2QS2A 3HN0A 4H67A 3OO8A 3JZJA 4U4XA 3TPAA 4EQBA 5F7VA 5DEXB 5I2NA 2VHAA 3HO7A 1TFDA 1IXCA 4R75A 2XXXA 1H76A 1IXGA 2V3UA 3FVKA 3C4MA 4LA9A 5A5XB 3UP9A 2H9BA 4QSCA 3QIMA 5KCJB 2QS1A 2HFBA 3PMWA 1LFGA 1R9LA 4ESWA 1PDAA 1I69A 2DVZA 3OO6A 3TTNA 5I58B 2E0SA 5I59A 2P0SA 2NXOA 3K0VA 3MVWA 1LAXA 3DP4A 3OEKA 3VVDA 4ZEIA 2ZYNA 1TT1A 3U94A 4M1VA 3FVGA 4H8IA 1B0LA 4IY6A 3L6HA 1Y9UA 4P0GA 5CM6A 2GRVA 2Q2AA 3RT6B 4NF8B 3KJTA 3VE1B 2Y7KA 3MC2A 2RCAA 2QRYA 3CFLA 4LZ7A 1TWYA 4IY5A 3KBRA 2NUVA 1T0KA 2F34A 1B51A 3K1MA 3IR1A 1WDNA 5IAIA 4G68B 1USYE 1BP5A 2XXTA 3KG2A 3S2VA 2HZKA 4ZDMA 2DVCA 3JYRA 3TMGA 1PB9A 3MJNA 4RA1A 3ZKKA 1POTA 1POY1 1Y3NA 3IORA 2KLFA 4PQJA 3O66A 3TELA 1Z7NE 2UXAA 4ZEKA 3S9MC 2DE4A 5TU0A 4XKRA 3HCQA 5H8NB 3S4UA 3OEMA 1ZTYA 3MPLA 2Y7WA 4C1TA 3KEIA 4RK9A 4YMAA 4G8NA 3Q26A 4NWDA 1AMFA 3KGCA 1DSNA 4OQOA 4DXUA 5AA1A 4OERA 5H8SA 4QRZA 2F7BA 1B3LA 4RXLA 3CFXA 1B05A 4JWYA 4X48A 5FHOA 1IXHA 4R2BA 5AA4A 1MPCA 5DT6A 3EQ1A 3DM0A 1SYIA 2PT2A 3K4UA 4DCXA 3TEPA 3FV2A 5DTBA 5BUUA 4QFPA 1B7UA 1N3WA 1BIYA 2D21A 1FQDA 4U2RA 3HHGA 4HCWA 1R1NA 4F39A 4H65A 4DE8A 5I59B 3EF7A 3C36A 4R72A 3OENA 4DXCA 3VXBA 1MQHA 2DWJA 3V8XB 1UIUA 4LZ5A 4LVQA 2F7AA 3IOWA 1R9QA 1UTBA 1AOVA 2RC7A 4WKMA 5H8HA 4I8CA 4FJPA 2XHDA 2Z8EA 1SI1A 1A8EA 3MQ9A 2F78A 2HCAA 1MXVA 4JDFA 1NNPA 2NOOA 3JV9A 2QS4A 3PUYE 2UYEA 2ONKE 4WXJA 3E3KA 4Q8RA 2DOJA 4ZS9A 2ZYMA 3FUZA 1SI0A 1ZLQA 4U22A 3ZKLA 3PUWE 3O6HA 4UA8A 2ZNSA 4X1DA 2XD2A 2XXWA 4QSEA 4I62A 2F6PA 3Q27A 5BWJA 2W7YA 4FEDA 4Q30B 3K02A 4EF2A 3O6IA 3VVEA 3OELA 2ZNTA 2IA4A 4F3SA 1D3KA 1B1HA 4OFOA 5ITOA 3LC8A 3IO4A 1B9JA 1NKXA 4U1OA 4POXA 4N13A 3N5LA 3TKDA 1MXWA 2E1SA 3Q25A 4KCDA 3IO6A 3IAZA 5DEXA 2Z22A 4RK2A 4F3PA 4OETA 2UVHA 3QYTA 2V84A 3DELB 2GHAA 5AA2A 1M5EA 4YKJA 5KCJA 1SW1A 4ZEFA 1P99A 3PV0E 4O3CA 3H3GA 4ISUA 1LCFA 4IO7A 4YKIA 3SEXA 5KZTA 3R7XA 1WVJA 3IB0A 1TXFA 3PUVE 1EH3A 4G77A 2I48A 4GL0A 3CG3A 5DVJA 3M8UA 3G3FA 1OQGA 3FJMA 4NF5B 3KFMA 2QMXA 2R71A 2X7PA 3I6VA 4ND9A 5F1QA 1QULA 3VFJA 3A09A 5FTIA 4ESXA 4NF8A 1F9BA 4F1VA 1NFTA 2ABHA 1QUJA 3LSWA 2UVGA 3PPOA 4BDOA 1N7XA 2O7UA 4R74A 3TTRA 3E9XA 5H8HB 4F29A 4G68C 1YTVA 1AH5A 4XIGQ 4KD5A 2I0BA 4F1UA 1FTOA 4OHNA 1SW2A 4G68A 1MH4A 1R6ZA 3H6TA 2O6AA 1O64A 5IKBA 4IB2A 3D4GA 1FTMA 4ELPA 4ONYA 3T9HB 4EXKA 2NVUB 2ZNUA 3LBSA 4X1BA 4ZE8A 2M8CA 2FNCA 2YLNA 5CMMA 3G3JA 1MXXA 2OLBA 2QL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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