2PBWA

Crystal structure of the ligand-binding core of iglur5 in complex with the partial agonist domoic acid at 2.5 a resolution
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3-(phosphonomethoxy)-4-isoxazolyl]propionic acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 77
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA02
1KWHA 4IO7A 4RYAA 3RUMA 3H6WA 3KFMA 5CC2A 3PUZE 3MP6A 3IO4A 1JETA 1PB9A 1PC3A 4YKKA 1N7WA 4QSDA 3MVZA 5LOMA 4F3BA 1I69A 3I5OA 1UQWA 2XXYA 2F8DA 1M5DA 2H9BA 4F18A 2F6PA 3U72A 4G68B 3T9XB 3IOWA 1M5FA 3TTLA 4KFQA 4F19A 3DP4A 3H6TA 4WKMA 5JK4A 2XXHA 2ZYOA 3N6UA 5HM4B 4IO2A 4G68C 1JVYA 1LGBC 2V93A 4OFJA 2RCBA 4KYSA 1JW4A 4M1VA 4QFNA 3UP9A 4YU0A 4AB5A 2W7YA 1D9YA 5H8NB 4ESXA 1MXYA 1UTHB 3PMWA 5AA4A 3V89B 2UVHA 4NEDA 4QSEA 3KBRA 3K1NA 1B0HA 4LATA 3DP6A 1H3DA 2E0SA 1B40A 3IB2A 4YB5A 3TQWA 1LCFA 3VV5A 5A5XA 3O29A 3BKIB 4OMBA 2I48A 3UN6A 5I59A 2B65A 1IIWA 5ITPA 1DOTA 2HAUA 4YB6A 4G4PA 1N84A 2XXUA 1FQDA 1LBBA 5CRYA 1P1WA 1NNPA 5DVFA 2QS4A 3ILUB 1RYXA 3KOTA 3PD9A 4EXLA 3OSRA 3TYHA 4EF1A 1O64A 3LC8A 1FCKA 1MDQA 1NNTA 1FQEA 4GRKA 3MPLA 3EF7A 4XKQA 3U92A 5AE4A 3M3KA 2HZKA 1MY2A 2Q2CA 4ZE8A 4BDMA 1DSNA 2Y7KA 4H1XA 4ND9A 5CMMA 1GTKA 4YKJA 2REJA 4U21A 5I2NA 1NNFA 1MXXA 1FTKA 3C32A 1B3FA 1MPBA 4F1YA 2Q8JA 3T66A 4ZZEA 2H25A 1S50A 4C1TA 3MP1A 2ONRA 4WEPA 2H5YA 4E0WA 4GQOA 2RKMA 3OSQA 1P1QA 2GFEA 2UVGA 1HSLA 1TWYA 2B3BA 1MH3A 3PUVE 3QXMA 3TMGA 1LAFE 5FHMA 4G8NA 3O6HA 1ZLQA 2XXVA 4ZEKA 2X7QA 4ISUA 3TAJA 4QF9A 5ELVA 1AL3A 3IB1A 4KCCA 4RPNA 1F9BA 2FNCA 1N76A 4IY6A 4N07A 3PPNA 4FIMA 4GOTA 4I9DA 3IX1A 1N3XA 3U93A 2OWTA 3WAFA 5I58A 3VFJA 1O63A 1QVSA 3KEIA 4IO6A 4N13A 4O3CA 1OVBA 2QRYA 3T22A 3CG3A 3FUZA 3MWBA 3VXBA 4HTGA 4DCXA 5DTBA 2ZYNA 4X48A 2IA4A 2ALUA 2PX1A 3Q26A 4F3SA 4WXJA 3ECRA 1NKXA 4PQJA 2P0SA 1VE4A 4OERA 3FD3A 3O6IA 5KCJB 4QFPA 3KN3A 3GZGA 3KJTA 1SW2A 4YZZA 3K2DA 1XVYA 1LCTA 2V3UA 3H7MA 5I59B 4JSOA 3TKDA 1ANFA 4OTEA 3THIA 1B7UA 1EH3A 3HPIA 4Z7EA 2VHAA 2Z23A 3FVGA 5CBRA 2XXQA 4RK9A 1NNKA 4M4GA 1B4HA 1SI0A 2Z8DA 3IJXB 3KN7A 1GR2A 5TPAB 5AA4B 4DXCA 1P1NA 3HN0A 3H6VA 3PUXE 4NF5B 4EXKA 5FHNA 5KDTA 1B05A 4NE4A 4PP0A 1B1XA 1ZKBA 4ZDMA 1POY1 4I8CA 4JDFA 2DS9A 3TTNA 1QJMA 2DVZA 3OMBA 5CBSA 4U1ZA 1A8EA 1R6ZA 3HHGA 2HEUA 4G68A 3PPQA 4TOZA 2R9JA 3G3KA 4N6PA 5HBCA 5ITOA 3S9LC 1IITA 3G3JA 4GD5A 2F7AA 4BLAA 4DZ1A 4ZEBA 2XXXA 3BFTA 4DDDA 5KZTA 2NOOA 2DWJA 2REGA 4POXA 3S9NC 2I0CA 3OEKA 1P1OA 3G7WA 2Y7PA 5CMKA 1SYIA 2I6EA 2XD2A 1US5A 5I2KA 3SETA 1MY1A 2Y7RA 4F29A 5H8FB 2HCAA 2PYYA 4FE8A 5L9SA 5I58B 3D4GA 5J1DA 3TCFA 2OLBA 1CB6A 1T0KA 5ISUA 3IK6B 3VVFA 1URGA 1QULA 3RTFB 3LR1A 3R6UA 1XOCA 2QJEA 4O3BA 3RNNA 4R6HA 1B7ZA 1IXCA 1N04A 1Q35A 2ZNUA 3IOUA 1S9TA 3B6WA 3K6XA 3OEMA 1MQJA 1OQHA 4R75A 4R6KA 4QRZA 4RNSA 2AL4A 3BFUA 4OVJA 1D9VA 1FTLA 1EU8A 1LAHE 4ELOA 1M5BA 2I4CA 1Y20A 3I6VA 2P2AA 2XD3A 5K2YA 4OXVA 2B3FA 1P1UA 2DWAA 3CG1A 4R6YA 5CI5A 1ZBMA 1JEVA 1VFDA 3OD7A 4LA9A 1Y3QA 2Z8EA 3OO6A 4U4XA 2HXWA 5AA2B 4XKNA 5I84A 1MS7A 3EN3A 4JB7A 2AIXA 5B70A 2QL3A 3TTRA 2H4IA 2F35A 3MP8A 3PPRA 3V5AA 5BWJA 1HSEA 1SD3A 1LSTA 1B5IA 1LFGA 1SW4A 2H98A 4H6DA 4K3FA 5DT6A 1FQAA 4IO3A 3FXQA 4MLVA 3IAZA 1NH7A 4LQ2A 4Q5TA 5EHSA 3CRBA 3W9WA 4MLQA 5I57B 3OXNA 4F3PA 2ZNSA 4OQOA 5JTYB 2UYFA 4TQUQ 3SDFA 5L9OA 1CE2A 4KPTA 3VVEA 1Q1KA 2F5XA 1MQGA 1Y4CA 3C35A 2NWJA 3CFLA 1MPCA 4LVQA 3B6QA 3RPWA 2Z8FA 1A99A 2ESNA 1A40A 1AH5A 2OWSA 3M3LA 3OO7A 2OJTA 1LB8A 1RKMA 2IEEA 2XHDA 2F7CA 2A5SA 3CSBA 5DEXB 3PD8A 3PGFA 4GXAA 5H8FA 4G77A 3FV2A 3OENA 4P11A 3TCGA 2OK2A 5M2VA 2VP1A 1XHYA 3R7XA 1LAGE 4OHNA 3H4ZA 3M3FA 1N7XA 1R9QA 1ELJA 2O68A 3TEPA 4ZE9A 1FW0A 1UIVA 2HAVA 3MQ9A 1SBPA 3FVKA 3V83A 4NWDA 1XC1A 3F11A 4PFTA 4QHQA 4H5FA 3ZS6A 3VLWA 4EQ9A 1MXWA 5HPQA 3U94A 1BIYA 4MF3A 1Y9UA 1XS5A 3C33A 1B4ZA 3QUJA 4IGTA 1UIUA 4RXLA 3TZAA 3S4UA 4GWOA 3AXFA 1B46A 1N3WA 4NTLA 5CMCA 4F39A 4LUBA 2WKYA 4ONYA 1SYHA 1JVXA 2R6GE 2A5TA 1FQCA 3C31A 3PMVA 4KI0E 3SEUA 4I62A 4Z0IA 4BDOA 4F3GA 1PBQA 4NF5A 4IY5A 4PE5B 1SVXB 2ONKE 3TCHA 5KDTB 3FJMA 4L17A 1IEJA 3EHUA 3MAMA 2D3IA 4YICA 3N26A 2HFBA 1GGGA 3MVXA 4RK2A 4F31B 1XVXA 3VLVA 4AQ4A 1Z7ME 4H65A 3W9VA 2A5TB 3K01A 4OYVA 1JNFA 3BBRA 2GHBA 2YPNA 1MDP1 3IR1A 2UVIA 2P1SA 4U4SA 4BDNA 3QUFA 1JEUA 3C4MA 2RC7A 3K0VA 1EZ9A 2NXOA 3A3CA 4H8JA 1PBPA 4RPOA 1IXHA 1MM6A 3RQTA 3UA8A 2E1SA 4HS7A 1YPNA 1B5HA 5K2XA 3UK4A 5B7DA 3VXCA 2F36A 5FTHA 4OEVA 4JBZA 2QS2A 4ESWA 1D3KA 5IAIA 3DLNA 4JWOA 1J1NA 4QFLA 5H8HA 3TTMA 2XXWA 3SEXA 1IUDA 1UTBB 3RN8A 4ELQA 1SQYA 2OBGA 3HO7A 2GH9A 4GL0A 4H5GA 1TFDA 1PB8A 5DEXA 1QUKA 4PFYA 4ECFA 2UVJA 2O7UA 1A55A 4KYDA 5L9MA 3D4CA 1I6BA 2Z22A 3H6UA 1B32A 4FAJA 1QW0A 3CSGA 2O51A 3FVNA 1QKAA 3HSTA 4NWCA 4WEDA 2Q9TA 1SDXA 3KGCA 2I49A 3TODA 3RT6B 4O3AA 5JEIA 1Y1MA 2VD3A 1YTVA 3H06B 3UIFA 1ZJLA 2O7IA 5JTYA 1MXUA 3TUSA 3QSLA 2G29A 4EQBA 2O6AA 3K00A 1D4NA 1NH8A 3G3HA 4NF8A 3UORA 3E13X 4IO4A 4QSCA 4ZZAA 3S2VA 2ONSA 2QS1A 1H45A 3MBPA 3CFXA 4FJPA 4OFOA 3SKPA 1US4A 3TTKA 3VVDA 2VGQA 3FASA 1O7TA 5TP9A 2G93A 3ONMA 4F1VA 3CI8A 3DP8A 4MH5A 1WODA 4C1UA 1MQIA 3S9MC 1VSOA 1DTZA 3ZKKA 4NF4B 3EPEA 2Y7WA 5I56B 3IORA 4FORA 4PFWA 4XKPA 4X1BA 1MH4A 3EHSA 1USYE 1ZIUA 3K6UA 3KZGA 3K02A 2M8CA 1PEBA 3P7IA 4P0GA 3RLFE 2ABHA 2PMSA 2I0BA 3CVGA 4H0WA 1M5CA 5H8QB 5DVIA 3MPKA 2R71A 3K4UA 2Q89A 4BDLA 1M5EA 4F2QA 5A5XB 1QKBA 2UYEA 3E9XA 2F97A 4JWXA 2DE2A 4R2BA 1L5TA 1QUIA 4FATA 3O6GA 2DP8A 2ZNTA 3HHFA 1YCJA 3RT8A 3DELB 1B3HA 4F2OA 1OLCA 3TPAA 5H8NA 3N5LA 1SW5A 3EQ1A 3KN8A 3FV1A 4ZS9A 1LAXA 3MJNA 2O69A 2Y7IA 1S7YA 3FIRA 4RJZA 3K1MA 1Y1ZA 1VR5A 4EDPA 2XXTA 4QFKA 1URSA 3K6VA 1DPPA 3T9HB 3T9VA 3JZJA 4JWYA 4E0XA 3LSWA 2V25A 1VFEA 1H43A 2F6GA 3ODBA 2QPQA 2V84A 1B58A 3MZBA 4KD5A 3SERA 4GL8A 4F22A 3E3KA 2D21A 2UXAA 3QAXA 3QYTA 5BUUA 2HQ0A 1MM7A 2FA7A 1AOVA 3WAEA 3OELA 1AMFA 4YAHX 4LZ7A 2X7PA 5ICQA 3V8XB 4XIGQ 3L6GA 2XX9A 1OIBA 2ZMBA 1XT8A 4KHZE 4OETA 4XXUA 3E4RA 3VE1B 4MFIA 2GRVA 1HSJA 1IXIA 4UA8A 1MXVA 5H8QA 3RGYA 4POWA 5EHMA 4DCYA 2VOZA 4DLDA 3MUQA 3O66A 1B1HA 4QFOA 2RC9A 5I57A 1OVTA 2XX7A 2ZXTA 4LONB 2LAOA 5DVJA 4LZ8A 5AA1A 4NMYA 4LQ5A 3FJ7A 1LFIA 2THIA 4IGRA 4KYEA 1LBCA 2ZYKA 3K1PA 5CMBA 1MXZA 5I56A 5IKBA 3MVYA 1TXFA 2F7BA 1JQFA 3FZVA 4FECA 4YMAA 5F1QA 3O97A 1FTOA 3U1OA 1MY3A 3OO8A 1MPDA 3O9PA 5F7VA 2DQVA 1B2HA 3B6TA 2XXIA 2I3WA 1A8FA 1R1NA 1A7LA 2DE3A 1OQGA 5TP9B 3K6WA 3B7DA 1MY4A 4UACA 3ZKLA 4ZEFA 4KCDA 1ZMGA 4R9FA 3G3IA 4ZECA 3A3UA 1R9LA 2DYXA 2XXRA 4U1OA 3VDFA 5H8SA 3FATA 4F1UA 4NF8B 1LLSA 4NF6B 3KSJA 3T93B 2RC8A 4EQ7A 1B3LA 4MBPA 2Q2AA 1Z7NE 2XXPA 3H03A 3O28A 2BJJX 2V3QA 4EF2A 3IB0A 2AL5A 3OO9A 4OFLA 3T96B 3PUYE 2DWHA 3PMXA 3SEWA 1UTBA 1Y4TA 4TLLB 2Y84A 4ZEDA 1FQBA 1Y3PA 1N0TA 3GBBA 4KR5A 5AA3A 2O84X 3CIJA 3S9EA 2PT2A 2PT1A 3CFZA 4JXIA 4U22A 3I3VA 3O2AA 3A09A 4IB2A 3LUYA 3SESA 1B7HA 1I6AA 1ATGA 1A54A 3IOVA 2KLFA 5H8HB 3TFLA 4JSDA 1USYH 2I3VA 3MZ9A 3OOAA 5I2KB 2D5WA 4Q30B 3TELA 1IQ7A 1IXGA 1B5JA 4Q0CA 3TQLA 3VLUA 4RA1A 4DIGA 3M8UA 1BTJA 3FJGA 3Q28A 1B52A 4OZ9A 1PDAA 3DM0A 1RYOA 4GVOA 4YKPA 1H44A 1OMPA 3G3GA 3IJOB 3MC2A 4PETA 1DTGA 1NMUA 3R26A 5L8DA 5CM6A 4EUOA 4GFRA 4DXUA 2RF1A 4P0IA 1TFAA 2NUVA 3SEYA 2O1MA 4DXBA 3C34A 1BP5A 5FHOA 2OCUA 2QS3A 1P99A 3HCQA 4ELRA 3FXRA 4R74A 3G3FA 3ZSFA 1SW1A 1B3GA 1BLFA 2GHAA 1B3EA 2RCAA 3LBSA 1II5A 1QUJA 4THIA 3LSXA 5EYFA 5TPAA 2V3TA 4YB7A 2HZLA 4FEBA 1MG1A 2ANJA 4ZEIA 1LFHA 1IZ1A 3PPPA 4H67A 4GIZA 2YLNA 3HV1A 1B51A 1MY0A 3FGSA 4NF4A 4GXSB 4OEUA 4XKRA 1GVCA 4HW8A 5KCJA 1LB9A 2VD2A 3Q25A 4R72A 4RY1A 4U23A 3RY3A 3Q29A 3N6TA 3MZ1A 4KQPA 3QIMA 2H99A 3JV9A 1JW1A 4H8IA 1TT1A 4BDQA 3USDA 4AB6A 4YMBA 3GLBA 4HCWA 3ILTB 2OZZA 3KJ7A 2RINA 2QMXA 1EZOA 3MVWA 1AIVA 4LZ5A 2PBWA 5TU0A 1Y3NA 1MRPA 1B6HA 1ZTYA 3MW0A 3C36A 4OENA 4FEDA 3W15C 4DE8A 2YJPA 3EHTA 1JW5A 3H3GA 1POTA 1B0LA 3JYRA 3N94A 3PU5A 1DMBA 2DXRA 3PPOA 3FXUA 4TLMB 2F78A 2AYSA 4IO5A 1GV8A 3KG2A 1EZPA 3Q27A 2ZYMA 3PUWE 1B9JA 3SEVA 3GXAA 3KSXA 4R2FA 2XX8A 1FQFA 1SI1A 3GBAA 4I1DA 4GF8A 4LP2B 2DSFA 4R9GA 4GLIA 4NF6A 5DYHA 2DOJA 4Q8RA 5ICTA 3LSLA 4G2ZA 4G8MA 3UGWA 3FVOA 2FYIA 2I58A 1MQHA 1H76A 4U2RA 5I2NB 4BDRA 4OWDA 4HCYA 2I4BA 4OESA 4PFUA 3IOTA 4XTCQ 4G8HA 1WDNA 4R73A 5AA2A 5AA2D 1WVJA 2DXYA 4C0RA 1BKAA 1ZU0A 4X1DA 5FTIA 2NVUB 1URDA 1PB7A 3QK6A 2QSXA 3PV0E 4YKIA 1YAEA 3KOSA 1OLAA 2DE4A 3C9HA 3IO6A 2DVCA 2PVUA 1NL5A 1FTMA 1DPEA 2O1LA 3LSFB 3U8QA 2CZLA 2QMWA 3T9UA 1I6QA 1NFTA 2X26A 2Q88A 3L6HA 4ELPA 3RTWB 3TDJA 1FTJA 4X9TA 1MQDA 2CMOA 2F34A 1UTHA 3CR9A 3IL1B 2DWIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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