2PBWA

Crystal structure of the ligand-binding core of iglur5 in complex with the partial agonist domoic acid at 2.5 a resolution
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3-(phosphonomethoxy)-4-isoxazolyl]propionic acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 77
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA02
1VE4A 4F18A 2Y7PA 3I6VA 4QFNA 5DVFA 3HHFA 3I5OA 1N76A 1US4A 3C36A 1MH4A 1BTJA 3K1NA 5AA1A 3VDFA 5B7DA 1TFDA 2F34A 2VD3A 1B4HA 1MRPA 4KYDA 5A5XB 1URSA 1B7HA 1B52A 4IO7A 4OZ9A 5CI5A 1Y20A 4I62A 5EHMA 4ZEIA 2XD3A 3CRBA 3VFJA 3MWBA 4FATA 2XHDA 3G3HA 1B05A 2ZYNA 3P7IA 4FECA 4EF1A 2O84X 4ELOA 3TELA 2Z8EA 1JW4A 2XXIA 3PUVE 4JWXA 4NE4A 5TP9A 1GGGA 3UP9A 3TZAA 3MZ1A 3ZKLA 5CM6A 2H99A 2ABHA 3M3FA 4YMAA 3S2VA 3CR9A 2D21A 3FZVA 3LSWA 3VVDA 2OCUA 1ZU0A 2D5WA 3LUYA 4KYSA 4YB5A 1MS7A 1YCJA 3MVZA 3W9WA 1NFTA 2PVUA 2Y84A 2AYSA 3W15C 2HCAA 1VR5A 4G8HA 5CMCA 1IZ1A 2XXHA 2NWJA 1EU8A 3QAXA 3Q28A 1J1NA 4G77A 4GQOA 5H8SA 1T0KA 3OO6A 4IGRA 1JNFA 2VHAA 3S9LC 2QS3A 4DDDA 4ELPA 5ITOA 3ECRA 1MXYA 2PT1A 3OO7A 1MXWA 4GVOA 4QRZA 3K2DA 4UA8A 4WXJA 5J1DA 5KZTA 3K6UA 2KLFA 1M5BA 2RC7A 1AOVA 2I3VA 2O7UA 4OETA 4GXSB 1S50A 4F3SA 1UQWA 2DQVA 1BKAA 3O6HA 3LR1A 3TPAA 2V25A 3MJNA 3TDJA 4QF9A 2VD2A 2ZYKA 4K3FA 2Q9TA 2F35A 4F39A 5AA2A 1D9YA 2UVJA 1UTHB 4YZZA 4JWYA 1QKBA 3PMWA 5L9SA 3OMBA 2FA7A 2H98A 3ZS6A 1A55A 4R75A 3FIRA 1IXGA 4HS7A 2OWTA 2X7PA 4O3CA 4BLAA 1MQDA 4OHNA 2O69A 2XXRA 2VP1A 3D4CA 3KZGA 4LZ8A 2F5XA 4AQ4A 4X9TA 3G3JA 2D3IA 1M5CA 1SD3A 4MFIA 3MBPA 1USYH 4YB6A 2DOJA 3U93A 2B3FA 2F6GA 1XC1A 1DPEA 1B3FA 1LCTA 3O2AA 3THIA 3VVFA 2LAOA 5I56A 2I6EA 3FVGA 4PE5B 3SEUA 1F9BA 3MP6A 4KHZE 4DLDA 2Y7IA 4O3AA 4C1UA 2Z22A 5H8FB 3R7XA 4G2ZA 3V8XB 4ELRA 4U23A 1FTMA 1MPBA 2RKMA 3KEIA 4OTEA 4ZEKA 3V83A 3RT6B 1ZMGA 4YKPA 3H3GA 2H25A 1M5EA 1MY4A 4RPOA 2M8CA 3KN7A 4LUBA 4QFPA 2QMXA 4MLVA 3FGSA 5K2YA 2CMOA 2E0SA 2OJTA 2X26A 4OENA 1LGBC 3TAJA 3FVKA 1D3KA 1B5IA 1ZBMA 3OELA 3UIFA 1B3LA 2Z8DA 5AE4A 3FV1A 3TCHA 5H8QA 1LAFE 1B5HA 3PGFA 1LBBA 4IY5A 4QFKA 1IITA 1R9QA 5AA4B 5I59B 1XS5A 2V3QA 4ND9A 5I58A 1MXXA 1XVXA 4BDLA 5CMKA 3S9NC 1JEUA 3VLUA 3PUWE 4QSDA 1Y9UA 1JQFA 2XXPA 3IOTA 4RA1A 1CE2A 3A09A 1USYE 1B1HA 2OBGA 2UXAA 4EF2A 5H8HB 3WAFA 5TPAA 3FASA 5KCJB 1FQAA 2O1MA 5EHSA 3KN8A 4ZS9A 3C32A 2DXYA 1OVTA 4NF4B 2Q88A 4WEDA 4X48A 3U8QA 4LONB 3TQLA 1YAEA 1RYXA 3O28A 1SDXA 4H0WA 1VSOA 1Y3PA 1B3EA 2O51A 4EQ7A 1DMBA 1UTBA 3CFZA 4FEBA 2GH9A 3E4RA 4BDNA 3IOUA 3LSXA 1MPCA 1P1NA 1N7WA 3K6XA 5I2KB 2DE3A 3SKPA 3IOVA 3K02A 3PUYE 3QYTA 1MQGA 3RT8A 2DSFA 3HHGA 1QW0A 1QVSA 3PPQA 3JYRA 3MAMA 3MPKA 1JETA 1VFDA 5I2KA 1AH5A 4U2RA 3QSLA 4HCWA 2XX8A 4KQPA 4OFOA 5JEIA 4R9FA 2I4BA 2OK2A 4NF5A 4GD5A 5DEXA 4JSDA 5TU0A 3RLFE 1H43A 1Y4CA 5CMBA 5HM4B 4IO4A 2G93A 2PBWA 2XXTA 5ICTA 1FTJA 3H4ZA 3PD9A 1HSLA 4NEDA 3TCFA 5I57B 2UYEA 4RPNA 1YTVA 4MLQA 5TPAB 4GF8A 1LBCA 4JDFA 1URGA 5H8HA 3RNNA 3U94A 3UA8A 3K0VA 2V93A 2Q2CA 5I84A 1TXFA 1ZIUA 2DWHA 3OEMA 4U4SA 5AA4A 1ELJA 3G3KA 5I58B 4R6YA 1LAHE 1PDAA 2IA4A 4H6DA 1NH8A 3SDFA 1SW5A 1WVJA 2CZLA 1B7UA 4G8NA 4IO3A 1H76A 2B3BA 3OEKA 3U72A 2V3TA 2REJA 1IEJA 2WKYA 3D4GA 3ODBA 4JBZA 3OENA 4ISUA 2Y7RA 4MBPA 3ILUB 3OO8A 3TMGA 1DTZA 1QUKA 2I0CA 3K01A 1KWHA 3K4UA 4NWCA 3G3IA 3QXMA 3RTWB 1OLAA 4GFRA 5DVJA 5HPQA 3K1MA 4H5FA 3JV9A 4M1VA 1MDQA 4R6KA 2XXXA 4U4XA 3S9MC 4R72A 3TQWA 2RC9A 2ZYOA 2HAUA 4IY6A 4QFLA 4ZE8A 5CBRA 5I2NA 3HV1A 2GHBA 2YPNA 2F36A 4R73A 1B51A 1B0LA 1SYHA 2A5SA 4YU0A 4F19A 4AB5A 1I6QA 1XT8A 2Z23A 2ZMBA 3IL1B 3ILTB 1Y3QA 4DCXA 1SI0A 3AXFA 1OVBA 3O6IA 2YJPA 1LFIA 1FTOA 3FV2A 3Q27A 3IO6A 2OLBA 4BDOA 2F78A 3F11A 3LC8A 3N26A 4RY1A 3G7WA 3I3VA 1UTHA 1B6HA 5BWJA 1B0HA 1N04A 2I4CA 4NF4A 1ANFA 3N6UA 4OERA 1DPPA 4DE8A 4JSOA 2ZXTA 4GIZA 1B3HA 1I69A 3DP8A 1MY2A 2QRYA 2PX1A 2YLNA 3CFXA 3FJGA 3PMVA 1UIUA 4GOTA 5AA2B 1II5A 3C34A 4OWDA 3KJTA 4JB7A 3T9VA 3Q26A 4H1XA 4X1DA 1MQJA 2GRVA 4EDPA 1RYOA 2DP8A 1NNPA 4OVJA 4F2QA 4C1TA 2W7YA 1UIVA 3GLBA 3HN0A 4KFQA 4NTLA 2O68A 3TTLA 3KJ7A 5ISUA 4EXLA 3C31A 3EHUA 1PEBA 2QSXA 3MPLA 3OD7A 3Q25A 2DE4A 4ONYA 3W9VA 1N3XA 4ESWA 4LP2B 2GFEA 4KCDA 4POWA 3EPEA 4R2FA 1IXCA 4ZZEA 1GV8A 4DZ1A 4U21A 2H9BA 1FCKA 5I57A 2DVCA 1B58A 3T9HB 1ATGA 2PT2A 1IUDA 2UYFA 1P1OA 3S4UA 4F31B 3HPIA 5CMMA 1OIBA 2Y7WA 4BDMA 2DXRA 5H8NA 4OXVA 4NF5B 3EN3A 4XXUA 1ZKBA 2XXQA 2RCAA 1S7YA 2F7AA 2XXWA 3BKIB 3HO7A 5FHNA 3SEXA 3MP1A 3TTMA 3VE1B 3VLWA 4I1DA 5L8DA 3VXBA 4DIGA 4NF8B 4O3BA 1IIWA 4FIMA 4BDQA 1P1QA 3H6VA 2AL5A 4IGTA 3TYHA 4ZEDA 2HZLA 2QL3A 2ZYMA 3MVYA 1I6BA 4NF6B 1FQBA 3KSJA 3PPNA 1FTLA 3UORA 1BLFA 3PMXA 2XD2A 1A99A 2QS4A 1FQFA 3CVGA 4PFTA 3KG2A 4Z0IA 1Q35A 4NMYA 2DWJA 2E1SA 2ONRA 1B9JA 4POXA 3K1PA 1JW5A 4OESA 2ONSA 3FJMA 3FXQA 3K6WA 1A54A 4RK9A 5DT6A 4ZDMA 3TCGA 4EUOA 1QUIA 3IR1A 5CRYA 5IAIA 1I6AA 4FEDA 4FAJA 1NNKA 3FJ7A 4N13A 3RY3A 2QJEA 4GL8A 2B65A 4YICA 3TTNA 1QULA 5I59A 2HXWA 4NF6A 4ZZAA 5CC2A 3H7MA 4Z7EA 1EZOA 4LA9A 3BFUA 3H06B 1IXIA 4E0XA 4OFJA 1VFEA 4KI0E 4F1UA 3FVOA 3PUXE 1LB8A 4TQUQ 2F8DA 4I9DA 1MY1A 4G68B 2F6PA 3MP8A 5M2VA 2HQ0A 3T93B 3EQ1A 4PETA 1BIYA 4G68C 4IO6A 4XKNA 1B7ZA 2Y7KA 4YKIA 5H8NB 2RF1A 3C33A 3MUQA 3M8UA 2RCBA 1NNFA 1FQDA 1B46A 2HFBA 2THIA 3FXRA 4GRKA 4P0IA 3FXUA 1MQHA 3MZ9A 1MPDA 1D4NA 3LSLA 1GVCA 4AB6A 3U1OA 1NH7A 3BFTA 3M3KA 3VV5A 3CG1A 3SEVA 5BUUA 1OLCA 3O29A 4PP0A 2DS9A 3T9XB 5I56B 1GR2A 1FQCA 1A7LA 4JXIA 1JW1A 3VVEA 1LSTA 2XX7A 1H45A 5EYFA 1FTKA 4H8IA 3VLVA 3KN3A 3SEYA 2AL4A 3U92A 3B6QA 4LATA 4PFUA 1WODA 2F97A 1QJMA 2GHAA 4XKRA 3RGYA 4OEUA 4H8JA 4DXBA 1N3WA 1EH3A 4Q8RA 1Y1ZA 1XHYA 2R6GE 2I3WA 1HSEA 2V84A 4FE8A 1ZJLA 3N5LA 2PYYA 5F1QA 3N94A 1PB9A 4G68A 2Q2AA 4LQ5A 3FATA 3KFMA 4RXLA 4DXCA 3KSXA 1HSJA 3DLNA 2ZNSA 2A5TA 2DYXA 1O63A 3C35A 3OSQA 5A5XA 2DVZA 3OXNA 4F1YA 3H6UA 1IQ7A 3ZSFA 3LBSA 1NKXA 3SEWA 1EZ9A 3FVNA 3K6VA 4E0WA 3H03A 3H6WA 1OMPA 2P0SA 1QUJA 2OZZA 3IB0A 2QS2A 1SQYA 5ITPA 1P1UA 3PPRA 3B6TA 1NNTA 2IEEA 1SI1A 3IK6B 4WEPA 1SYIA 2DWIA 1PBQA 4MF3A 3T96B 3TKDA 1H3DA 3PPPA 1WDNA 3O66A 3H6TA 3MW0A 4RJZA 3RTFB 2HZKA 4N6PA 3SERA 3GBBA 4QFOA 3GBAA 3BBRA 3PV0E 1O64A 1Y1MA 4F3BA 4GWOA 3FUZA 1SW2A 3G3FA 4N07A 4F29A 3M3LA 5I2NB 4ECFA 2UVGA 5JK4A 4H65A 2DWAA 2G29A 4LZ7A 5JTYA 1O7TA 2P2AA 5DYHA 3USDA 1MDP1 5LOMA 3MVXA 4NF8A 3O97A 3TUSA 1JVYA 5L9OA 4OFLA 1D9VA 4IB2A 4H67A 1Y4TA 1FQEA 5ICQA 3HSTA 4U22A 1TWYA 1R1NA 3WAEA 4EQBA 2FNCA 1PC3A 3E13X 4G8MA 3V5AA 4ZE9A 1QKAA 4PQJA 4EQ9A 3MQ9A 1B4ZA 3UGWA 5FHOA 5TP9B 3IB1A 2REGA 4YKKA 1POTA 2QPQA 2VGQA 3IAZA 3G3GA 4HCYA 4HTGA 3IJOB 4MH5A 3A3UA 3IX1A 3SESA 1LFGA 1A40A 4BDRA 5CBSA 1YPNA 1FW0A 3Q29A 2ANJA 2VOZA 3EHTA 1BP5A 1MM7A 1MY3A 1NL5A 1US5A 2ESNA 2XXYA 3B6WA 1XOCA 3SETA 3UN6A 5FHMA 1N7XA 3R6UA 4F1VA 1N84A 1MXZA 4QHQA 4RK2A 1ZLQA 1LLSA 2I48A 2P1SA 3IOWA 4L17A 4OMBA 1R6ZA 3V89B 1DOTA 2F7CA 1PBPA 3TODA 3UK4A 5DEXB 2O1LA 4I8CA 1MQIA 2H5YA 1DTGA 3PU5A 1MXUA 1AL3A 2NOOA 4OYVA 4F2OA 3QUFA 5KDTA 1LAGE 4G4PA 1Y3NA 1DSNA 3EF7A 3VXCA 2XXUA 2V3UA 5FTHA 4H5GA 1SW4A 3DP4A 3KOSA 4RNSA 1ZTYA 4KCCA 5JTYB 1OQHA 1LCFA 3OO9A 1TFAA 1Z7ME 2R71A 1LAXA 2AIXA 1UTBB 2HEUA 1B40A 2ALUA 3CIJA 3MC2A 4OEVA 1LB9A 3OOAA 1PB7A 4U1OA 3PD8A 5K2XA 3QUJA 3C4MA 2HAVA 1MXVA 5KCJA 1A8FA 1IXHA 3RPWA 3EHSA 5B70A 4R6HA 4IO2A 1AIVA 3CSBA 4OQOA 1NMUA 4Q5TA 3CSGA 2NUVA 1R9LA 3HCQA 2F7BA 2BJJX 4LVQA 4XIGQ 4PFYA 4GL0A 3DM0A 4XKQA 4TOZA 4EXKA 4YB7A 1P1WA 4Q30B 2QMWA 5ELVA 5L9MA 5HBCA 4HW8A 3TTKA 3E3KA 3K00A 2A5TB 1M5DA 3KGCA 4M4GA 4QSCA 1RKMA 4YKJA 3ZKKA 4ESXA 5H8QB 3T66A 1B1XA 5F7VA 4R74A 3CG3A 1MM6A 3FD3A 4ZEBA 4DCYA 4QSEA 4ELQA 4F3GA 2I49A 2O6AA 2RC8A 5FTIA 3CFLA 1B5JA 5AA3A 1PB8A 5IKBA 5DVIA 3IORA 2XXVA 3O6GA 4P11A 4U1ZA 1POY1 3B7DA 3LSFB 3S9EA 2R9JA 2UVHA 3A3CA 1XVYA 1P99A 1SBPA 4KYEA 4R9GA 4TLMB 2ONKE 3MVWA 2X7QA 4YMBA 4X1BA 4TLLB 4JWOA 1GTKA 3PPOA 4FJPA 2NVUB 4F3PA 1L5TA 2OWSA 3MZBA 1SW1A 3R26A 5H8FA 1MG1A 1JEVA 4ZECA 3RUMA 1OQGA 3N6TA 4XTCQ 3IB2A 3T22A 4GXAA 1M5FA 3KBRA 4LQ2A 1N0TA 5DTBA 1LFHA 3GZGA 1EZPA 2Z8FA 4LZ5A 4C0RA 1Z7NE 2I0BA 4KPTA 4R2BA 4RYAA 3PUZE 3IJXB 3TTRA 3QK6A 2O7IA 4DXUA 3TFLA 2PMSA 2ZNUA 1SVXB 5AA2D 2DE2A 3TEPA 4F22A 2RINA 3KOTA 2XX9A 3RN8A 3E9XA 3C9HA 3GXAA 2I58A 3T9UA 1H44A 4WKMA 4THIA 1B3GA 2H4IA 3JZJA 3L6GA 3OSRA 1AMFA 4FORA 4NWDA 3RQTA 5KDTB 2FYIA 4KR5A 1A8EA 1CB6A 1JVXA 4IO5A 2Q8JA 4P0GA 3ONMA 4ZEFA 3QIMA 1MY0A 3CI8A 3L6HA 3O9PA 4KD5A 2Q89A 4Q0CA 1S9TA 4XKPA 1B2HA 4UACA 1MH3A 1TT1A 1B32A 3DP6A 3IO4A 4PFWA 4YAHX 1URDA 4GLIA 2ZNTA 2QS1A 1Q1KA 2UVIA 2NXOA 3DELB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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