2PBWA

Crystal structure of the ligand-binding core of iglur5 in complex with the partial agonist domoic acid at 2.5 a resolution
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3-(phosphonomethoxy)-4-isoxazolyl]propionic acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 77
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA02
3V89B 1B4ZA 4G77A 2I58A 3TTNA 5DVJA 1MPCA 3FD3A 1MXVA 4THIA 3N5LA 2HFBA 2DXYA 3Q27A 4LQ5A 5ISUA 2GHBA 2E0SA 1OVTA 2O1LA 3EN3A 2HAUA 3EPEA 2RC7A 3CFLA 2H5YA 4F2OA 1ZMGA 3OMBA 4ELOA 3ONMA 4OESA 1QVSA 4FIMA 1N84A 3TQLA 1P1WA 3M8UA 4H65A 3S4UA 1GR2A 3O97A 3T9UA 2R9JA 4G68B 2ZYMA 1JVYA 2Q9TA 1P99A 2G93A 3PUYE 4BDLA 1MY2A 5CRYA 1PB8A 4H5FA 5FTHA 4FORA 2NOOA 3PPQA 1GVCA 3K0VA 1A7LA 1A55A 2XXTA 3DP8A 3IO4A 5DT6A 1DPEA 2KLFA 3TYHA 3VVDA 4NTLA 4U23A 5ITOA 4MFIA 1FTOA 4OFJA 3MVWA 1I6AA 1D9YA 4N13A 4GXSB 3KFMA 1AIVA 3D4CA 2Q8JA 1XOCA 2DVZA 2OBGA 1TT1A 3H4ZA 5FHOA 3RT6B 3ZKKA 4IO7A 4ZDMA 3CSGA 5TP9A 1MXUA 1OMPA 4Q8RA 3IAZA 4R73A 1VR5A 1XC1A 2D21A 4YKJA 2YLNA 4EQ7A 3HPIA 1M5DA 4ZEBA 3FV1A 1QUKA 3PUXE 5H8NA 5FTIA 1JW5A 2XXXA 3TODA 4OVJA 2Y7IA 1MXXA 5I59B 4PFWA 3MC2A 3QXMA 1DSNA 4X1DA 1B7HA 1B3EA 5B7DA 3VLWA 1BTJA 3RGYA 3TTLA 3PGFA 2I0BA 2Y7RA 3MBPA 1MH3A 2NVUB 4YKIA 2O7IA 3N6TA 1F9BA 3LSFB 4IO4A 1TXFA 2UVGA 3M3LA 1B05A 4QFOA 4F39A 5TPAA 1B3FA 3CRBA 3BBRA 5AA2D 4NF8B 2YPNA 3MP8A 3R26A 4YMBA 2XXVA 4R72A 3THIA 3TCGA 1O63A 5M2VA 1Y3PA 3TELA 2GRVA 3TCHA 2XXUA 2F36A 4KI0E 2DYXA 3HHGA 1FTKA 1PDAA 4IGRA 2VD3A 3EF7A 1IIWA 1CE2A 4DCXA 3K2DA 2BJJX 4EDPA 2RC9A 3TZAA 3CI8A 3TMGA 3MUQA 1PEBA 3K6XA 2HCAA 5H8FB 2F78A 4LATA 1B51A 4ELQA 1LB8A 5I2NB 1PC3A 2XXPA 4PE5B 2RF1A 4YICA 4LP2B 3F11A 3VVEA 4QSCA 4YU0A 2XXIA 2Y7PA 3M3FA 1S7YA 1LAGE 4OMBA 3VE1B 3O28A 3K4UA 3DP4A 4NF4B 2OWTA 3KN8A 3RLFE 4L17A 2DP8A 2PBWA 3FXRA 1JEUA 4NF5B 2V25A 4X9TA 3UIFA 4U1ZA 4YKKA 1MY3A 4OEVA 4R2FA 4OWDA 3PMXA 4C1TA 4KQPA 1LAFE 3FJ7A 2DWHA 2RINA 4NF6B 2QS3A 3RNNA 5K2XA 2ZXTA 1NL5A 1WODA 3MQ9A 1DPPA 5FHNA 3K6UA 4QFPA 1B9JA 1MY4A 2GH9A 4U2RA 1QUIA 3LC8A 2FYIA 2DS9A 3O9PA 4XKQA 4N07A 3M3KA 3C33A 1B52A 4R75A 1ELJA 4H5GA 2H9BA 1WVJA 1B6HA 1MM6A 1BKAA 2IA4A 1Y3QA 4PFTA 3HV1A 4TOZA 4LZ5A 4F3GA 4XXUA 2DWIA 4GL0A 5AA3A 4OERA 3S2VA 1MQGA 1R1NA 4YB6A 4ZEFA 5KZTA 4PFUA 2OZZA 2QS4A 4WXJA 1B1XA 1FQBA 1LFHA 2V84A 3C9HA 4F3SA 1US5A 2F7BA 1POY1 3B7DA 3MAMA 2O7UA 4JWOA 5ITPA 2REGA 1B5JA 3SEUA 3EQ1A 1LB9A 4QRZA 2QS1A 3KEIA 1IEJA 5CMCA 3QUJA 4U21A 1UTHB 5I84A 3KOSA 2F5XA 2E1SA 1NNKA 4OFOA 1B5IA 2OK2A 3PUZE 5I2KB 5KCJB 2HAVA 5TU0A 1QJMA 1IZ1A 3U94A 4RYAA 5LOMA 1WDNA 4Q30B 3DELB 1MY0A 2GFEA 1FTLA 2XD3A 3O6GA 4F2QA 2DVCA 2O69A 2VOZA 1B3HA 5DEXB 2ZYOA 4ELPA 1A40A 1YCJA 2ESNA 5ICTA 3TFLA 1AL3A 3KSJA 3QYTA 4ZE9A 4Z0IA 1JW1A 2QSXA 2ONSA 4RK2A 2F6PA 3KBRA 1MQDA 1AMFA 3IOVA 3TTMA 4BLAA 1MS7A 3LBSA 3LSXA 3C35A 5I59A 4OFLA 1TFDA 4RJZA 1I6BA 1Y3NA 3FATA 2RCBA 4KPTA 2THIA 3HO7A 4I9DA 4F31B 2XXRA 4O3BA 1NNFA 1NFTA 3FXUA 2I0CA 5H8QB 5AA4A 3IORA 1RKMA 3G3IA 4F3BA 3K6VA 2WKYA 1B1HA 4FATA 4QSDA 4GFRA 1OLAA 1DMBA 3EHUA 4NF8A 4OQOA 4DE8A 4R6KA 3Q28A 3H03A 2V3UA 4I1DA 1GGGA 5L8DA 1B46A 2DQVA 4X48A 3TKDA 3SEWA 4M1VA 2V93A 2HXWA 5FHMA 2QL3A 3H3GA 5BWJA 4IY5A 4MH5A 3TPAA 5H8FA 3OO6A 1IUDA 5L9OA 5I2NA 2R71A 4ZEIA 4QFLA 3TCFA 1FTJA 4ZECA 2QS2A 3MVXA 4KR5A 3B6TA 3OSQA 4NF4A 4LZ8A 5JK4A 2ZYNA 3WAEA 4DZ1A 1EZPA 1LCFA 2PX1A 3A3CA 5F7VA 1VE4A 3QK6A 2F34A 1H44A 4GOTA 3PPPA 2PT1A 4H8JA 5K2YA 2UXAA 3RT8A 4R6YA 4DLDA 3IL1B 1JW4A 1FQCA 3MZ9A 4OHNA 4BDNA 3A3UA 4NF6A 5I56B 4EF1A 1Q35A 4WEPA 1ATGA 2V3QA 1PBQA 1Y1ZA 4C1UA 1FQDA 4ESXA 3LSWA 1VFEA 5EHSA 5CBRA 3H6VA 5ELVA 3V5AA 1L5TA 1H3DA 3K01A 1OQHA 4DCYA 3SEYA 2Y7WA 2QPQA 3G3JA 1R9LA 3RY3A 4ELRA 5H8HB 2XXWA 3K00A 4R9FA 4IO3A 3U93A 5CM6A 2A5TB 4ZE8A 3VLVA 1OQGA 1TWYA 4I8CA 3FVOA 3MWBA 4JSOA 4H0WA 3MP6A 4EXKA 1B7ZA 5H8SA 3RTWB 3KJ7A 4E0WA 5DVFA 4E0XA 3T66A 2RCAA 5KDTB 5DTBA 1MG1A 4YKPA 3VV5A 1IITA 1I6QA 3C31A 3O6IA 2F8DA 1IXGA 2UVIA 1EZOA 1N3XA 3G3HA 1A8EA 1NH8A 3ZS6A 4RXLA 2PT2A 2I49A 4Q5TA 2FNCA 2QJEA 1UTHA 3MJNA 3Q25A 2Y7KA 1QULA 4GQOA 4LUBA 5L9MA 3W15C 1MXZA 1SW2A 5KCJA 3LUYA 4POXA 3GXAA 5I58B 1FCKA 1N04A 2O68A 2XXYA 1H45A 3SESA 3I3VA 3KZGA 3IX1A 2DOJA 2PVUA 1TFAA 3OELA 3C32A 4XKNA 4TLLB 2Y84A 3EHSA 2QMXA 3O2AA 4FJPA 4OYVA 4QFKA 4R74A 1UTBB 2HZLA 3CG1A 1ZIUA 4NE4A 3GZGA 4ZZAA 2PYYA 4EF2A 1B2HA 3V8XB 1UIUA 4UACA 3C4MA 3CSBA 2M8CA 3MZBA 2Q89A 4U22A 3U72A 1S50A 3QUFA 1YPNA 5HBCA 4XKRA 1Z7NE 2ONKE 2RKMA 5H8QA 3ECRA 4F29A 2XX9A 3BKIB 5TP9B 2B65A 1SI0A 2AIXA 3RQTA 3USDA 2H25A 1JETA 3T96B 2D5WA 1D3KA 3SEXA 4AB5A 1AH5A 4JWXA 4OEUA 4G8NA 4FAJA 2CZLA 4ONYA 4YMAA 5CMMA 2Z23A 2I4BA 1MRPA 4M4GA 1P1OA 3QSLA 4KCCA 1IXIA 2I3VA 5JTYB 3QIMA 1MQIA 3S9NC 2ZNSA 4DDDA 2I3WA 2HQ0A 4RPOA 4H8IA 3OEKA 4HCWA 5DYHA 3GBBA 4EQ9A 3PMVA 4GD5A 3R7XA 1M5FA 3PUWE 2RC8A 1LBBA 2HEUA 3QAXA 2Z8DA 1MY1A 4Z7EA 2F35A 3TQWA 3FJMA 3IB0A 4HCYA 4GLIA 4RY1A 3H06B 4G68A 3CFZA 2H4IA 1SQYA 2G29A 4DXUA 1QKBA 2ZMBA 3HHFA 1GTKA 2AYSA 4G8MA 3MVYA 3O66A 2REJA 1HSJA 3K1NA 4GXAA 2F7AA 3OO7A 2O1MA 2XD2A 4ZS9A 3HCQA 3VXCA 4NMYA 2V3TA 3RUMA 2R6GE 5I56A 2VD2A 4JSDA 4NWCA 1NMUA 3OXNA 2DSFA 1QW0A 1B4HA 1JQFA 3VDFA 1P1QA 1XVXA 3FASA 1SVXB 1Y1MA 2ZNUA 3OO9A 4IGTA 4TQUQ 1A99A 4BDRA 3MW0A 2NWJA 1Q1KA 5EHMA 3U92A 1US4A 1D9VA 4LONB 3UP9A 5HM4B 1MDP1 3OENA 3PPNA 1IXCA 2FA7A 1NNPA 3V83A 1MH4A 1N7XA 3CVGA 3TEPA 1FQEA 2AL5A 5H8HA 1JNFA 4IO6A 4PFYA 1R9QA 4QFNA 1JVXA 1VSOA 3FVNA 3IJXB 3TDJA 3C34A 1P1UA 1XVYA 2DE2A 4G68C 4YZZA 2DWJA 1EZ9A 3FGSA 4EXLA 3JZJA 4RK9A 1URSA 3LR1A 3VFJA 1H76A 1FTMA 4BDQA 2IEEA 3FZVA 1N76A 4KD5A 4F1VA 4MBPA 5KDTA 4C0RA 3S9MC 4F19A 1MQJA 4XTCQ 1RYOA 3IOTA 3H7MA 1FW0A 3BFTA 3ZKLA 4WEDA 5DVIA 2XXQA 2OLBA 1S9TA 3H6TA 4H1XA 3VLUA 4XIGQ 1XT8A 1SW5A 3KG2A 1NKXA 1AOVA 2F97A 2DE4A 4HS7A 5HPQA 4DIGA 3KN3A 3SDFA 5I58A 1EH3A 4LQ2A 3RPWA 3U1OA 5IAIA 2NXOA 1DOTA 1M5CA 4AQ4A 1Z7ME 2Z8FA 5A5XB 4WKMA 2XX7A 4LVQA 3MPLA 1MDQA 3L6HA 1II5A 4R2BA 3BFUA 1SW1A 4R6HA 3L6GA 1A8FA 3DM0A 4GWOA 1FQAA 4NF5A 1KWHA 2Z22A 1OVBA 4IY6A 4F18A 3H6UA 3KGCA 2I4CA 3D4GA 2AL4A 3P7IA 1I69A 4F1YA 1URDA 1UTBA 2NUVA 1LSTA 2YJPA 2XHDA 1BLFA 2CMOA 4NEDA 4I62A 3CG3A 2P0SA 4QF9A 3Q26A 3G3KA 3HSTA 3IJOB 2XX8A 2O51A 3H6WA 4JXIA 3WAFA 4R9GA 3KOTA 1SD3A 1LFGA 1ZJLA 4HW8A 5IKBA 5L9SA 3IO6A 1MQHA 1USYH 3OO8A 5CBSA 3VXBA 3N6UA 1LAXA 4G8HA 2DE3A 3A09A 4XKPA 1LLSA 4OTEA 2Q2AA 3G3GA 5ICQA 3OOAA 1ZLQA 5JTYA 4ZEDA 3OSRA 1QKAA 3IK6B 1CB6A 1T0KA 5I57B 3O6HA 5CMKA 3PV0E 4GVOA 3SKPA 5AA2B 1BIYA 4PP0A 1MPDA 5AA4B 3PMWA 5J1DA 3CR9A 1ZTYA 3PD9A 2ONRA 1YAEA 3DLNA 4KYDA 4PETA 3E13X 2O6AA 5B70A 1D4NA 1SBPA 1SYHA 1N3WA 1H43A 3UGWA 4ESWA 2Q88A 1YTVA 4POWA 1UQWA 1O64A 1BP5A 3TUSA 1EU8A 3MPKA 4GRKA 1B7UA 5CMBA 4AB6A 1OIBA 4TLMB 3Q29A 2ANJA 3T9VA 4FEDA 4U4XA 4ISUA 2OJTA 2B3FA 3N94A 3K02A 4HTGA 5BUUA 4O3AA 1B3LA 2ABHA 1Y20A 3MZ1A 2GHAA 1R6ZA 1DTZA 5I2KA 3DP6A 2XXHA 1RYXA 2UYFA 4QHQA 4RPNA 3S9EA 2B3BA 4JBZA 4O3CA 1N7WA 4ECFA 4KFQA 3C36A 4H6DA 3G7WA 1N0TA 1GV8A 4IO2A 2X26A 2I48A 3W9WA 3TTKA 1B58A 3G3FA 3ODBA 1SYIA 5DEXA 3K1PA 2VP1A 4G4PA 4P0GA 4BDMA 3KN7A 3OEMA 2H99A 4Q0CA 4EUOA 1MM7A 3T9HB 1URGA 1ZBMA 3UN6A 3VVFA 1MXWA 5EYFA 4EQBA 3JYRA 1DTGA 3EHTA 4H67A 1B0LA 4BDOA 4FEBA 1QUJA 2ZYKA 1LCTA 1LAHE 4G2ZA 4JB7A 1JEVA 1A54A 1HSEA 4GIZA 2OCUA 4YB5A 3T93B 4KCDA 3AXFA 3PPRA 1ZKBA 1B32A 2PMSA 4DXCA 4U1OA 1OLCA 1P1NA 1SI1A 4P11A 3FV2A 2QRYA 4F3PA 2ZNTA 1LFIA 1IXHA 2LAOA 4N6PA 5H8NB 3LSLA 4U4SA 1UIVA 3T9XB 3OD7A 2F7CA 3W9VA 1POTA 4IB2A 4ZEKA 4JDFA 3K6WA 4P0IA 2X7PA 2X7QA 4ZZEA 4GF8A 1LGBC 3UA8A 4KYEA 2VGQA 3ZSFA 3SEVA 3FVGA 3IOUA 4FECA 1XHYA 2Z8EA 3ILUB 3FUZA 4LA9A 3IOWA 2Q2CA 4OXVA 3N26A 5TPAB 3FJGA 1LBCA 3MP1A 3K1MA 2UYEA 1J1NA 3E3KA 3I5OA 4LZ7A 1HSLA 3MVZA 4OZ9A 1B5HA 4YB7A 2QMWA 5F1QA 2UVHA 3PPOA 5A5XA 1MXYA 1Y4CA 3GLBA 3TAJA 1M5BA 2P2AA 5AE4A 3B6WA 2HZKA 3PD8A 2A5SA 1IQ7A 1PB7A 3E9XA 4GL8A 4RNSA 3R6UA 5CC2A 3ILTB 2DWAA 3KJTA 4MF3A 2W7YA 1O7TA 2H98A 1PB9A 3FIRA 1FQFA 3FVKA 4JWYA 4OENA 3I6VA 3JV9A 1B0HA 1ZU0A 2O84X 4MLQA 3S9LC 2DXRA 4NWDA 1USYE 1B40A 2F6GA 3T22A 4X1BA 3GBAA 2I6EA 3CIJA 2P1SA 5CI5A 4F22A 4QSEA 3PU5A 3KSXA 4OETA 1XS5A 1PBPA 1Y4TA 4PQJA 4UA8A 4KYSA 4FE8A 3UORA 3HN0A 3O29A 3RTFB 2VHAA 3SETA 4KHZE 1VFDA 3U8QA 1Y9UA 2A5TA 3TTRA 3SERA 4MLVA 3IB2A 2ALUA 3E4RA 1B3GA 5I57A 1SDXA 3IB1A 1ANFA 5AA2A 3CFXA 1MPBA 1M5EA 1NH7A 3B6QA 3RN8A 4ND9A 4DXBA 2UVJA 3UK4A 3PUVE 4YAHX 2D3IA 2OWSA 3FXQA 4IO5A 1SW4A 1NNTA 5AA1A 4K3FA 3IR1A 4RA1A 4F1UA 5JEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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