2PBWA

Crystal structure of the ligand-binding core of iglur5 in complex with the partial agonist domoic acid at 2.5 a resolution
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3-(phosphonomethoxy)-4-isoxazolyl]propionic acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 77
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pbwA02
1IZ1A 1MRPA 2XXUA 3KSJA 3VV5A 3FXUA 3O97A 1AIVA 4KFQA 2QSXA 3DP6A 1N7WA 1B6HA 2Q9TA 1QKBA 3PUWE 3RN8A 5AA3A 4F29A 4ZECA 3OMBA 3C34A 4TLLB 3CI8A 3DM0A 5L9SA 3TZAA 2RCBA 5DEXB 5AE4A 2ONSA 2ZMBA 1BKAA 3IX1A 3O6IA 1CB6A 4ESWA 1JVYA 4LATA 5ITPA 3THIA 4OWDA 4PFTA 3LBSA 4FEDA 3FJGA 4NF8A 1YPNA 2OBGA 2R71A 5AA2A 3KFMA 1ZIUA 1USYE 2KLFA 1PC3A 1GGGA 2XD3A 4NEDA 3S2VA 1Y3PA 2RKMA 2V25A 4R74A 4OQOA 1WVJA 4RNSA 2IEEA 4JDFA 4XKQA 1II5A 1LB9A 5DVIA 4ZZAA 1FTMA 3OSQA 3TAJA 1IUDA 4UACA 2FNCA 4NWDA 3TTKA 2H25A 3O6HA 2ALUA 3MZ1A 1PB7A 1DTZA 3KGCA 4ELQA 1USYH 4ZZEA 4NF8B 3OENA 5I2NA 3FXRA 3WAEA 4X1DA 5AA2B 4LP2B 1MXZA 3FVNA 3G3FA 1MM7A 3QYTA 3BKIB 4JB7A 1FQFA 4C1UA 2R9JA 2PX1A 5BUUA 5H8QA 4F39A 1MY2A 3ZKKA 3KG2A 3KN3A 4MLQA 1IITA 2Z8EA 3MWBA 3E9XA 1LAXA 3OOAA 4DE8A 3HN0A 1HSEA 2HQ0A 2THIA 3KOTA 1NMUA 1JW4A 4Q0CA 5ELVA 1EZOA 5H8NB 5FHOA 5I2NB 2XD2A 4ZS9A 2CMOA 3H6TA 4GF8A 1SW1A 2XXQA 2O84X 2PT1A 4U22A 3N6TA 2ZNSA 4F31B 1MDP1 4G77A 1B52A 3K00A 1LAFE 1MQDA 3QK6A 4NTLA 3K1MA 3TDJA 2XXXA 1B40A 3C36A 1S9TA 3PUXE 4ZEIA 1B5IA 4LZ7A 2Y84A 3G3KA 4GIZA 5TPAA 2ESNA 4YKJA 3OD7A 3KBRA 1LFHA 1IQ7A 4OEVA 4ELPA 3VDFA 2I3WA 4DDDA 3VVEA 3GLBA 5FTHA 2Z23A 1SVXB 3VLUA 3D4GA 2AL5A 5L8DA 3HSTA 3G3JA 2VGQA 1MQJA 3K1PA 3E3KA 4AB6A 1OVTA 2OWSA 4POWA 1O7TA 4O3AA 1RKMA 1QUKA 1MPBA 3KZGA 1JEUA 1B7HA 3FVGA 2RINA 4F3BA 3PUVE 2OJTA 4LA9A 1MY4A 1B46A 4X48A 4F3SA 3KSXA 3MP8A 2XX7A 3IB2A 2XXIA 5B7DA 4G8HA 3MJNA 4R9GA 5F7VA 2QRYA 1B05A 3SESA 2UVJA 3ZSFA 3R26A 3MP1A 3T9VA 3BBRA 3IOVA 1Q1KA 4QRZA 4N6PA 2I49A 4OTEA 2HZLA 2DE2A 1B9JA 1OLCA 2UVIA 3O66A 4P11A 4XXUA 3JV9A 2H98A 1N84A 3PV0E 4YAHX 2NUVA 3OO7A 2I48A 5I59B 2UXAA 4F2QA 3M3LA 4QFPA 1D4NA 3U8QA 5DVFA 4ISUA 1XS5A 2HZKA 1LAHE 4DXUA 4NWCA 3OSRA 3R7XA 2F34A 2DE4A 1LGBC 4GOTA 3TQLA 2P0SA 2D21A 3CSGA 4U4XA 2VD3A 3MZ9A 1FTKA 2I58A 3AXFA 2RC9A 3EQ1A 5ICTA 3S9MC 3RLFE 3O6GA 5EYFA 4IO7A 4TQUQ 1R1NA 4M4GA 3PPNA 3MP6A 3L6HA 2O6AA 4OERA 3U93A 4XKRA 4G8MA 3VLVA 4GRKA 5KDTA 2ZNUA 1LLSA 1FQCA 4LQ5A 4KR5A 1FW0A 5ISUA 4DIGA 5B70A 3A3CA 3U94A 1FTJA 4MBPA 3CVGA 3F11A 1PBPA 3KOSA 3TODA 4AQ4A 3PU5A 4HCYA 4ZEKA 3CIJA 4IB2A 2DWIA 3FV2A 3S9LC 4GFRA 4NE4A 4LVQA 2VOZA 4U1ZA 4YMAA 1PBQA 1Y3NA 3GXAA 2Q8JA 1LBBA 2XXTA 3H06B 4ELRA 5KDTB 5CI5A 4U2RA 1IXCA 3VVDA 4LONB 4C0RA 2OK2A 1P1OA 2GRVA 1QKAA 4TOZA 2DQVA 1Y1ZA 2B3BA 3T96B 4F1UA 3CG1A 5I84A 1B3FA 2V3QA 3MW0A 3UORA 1D9YA 4NF4A 3RPWA 1B3GA 4QSDA 1MPDA 3FGSA 4PP0A 2OLBA 1H76A 3HO7A 2FA7A 3HV1A 3IB1A 3MVZA 4GWOA 3OEMA 4WEDA 4FAJA 4I8CA 4K3FA 3FIRA 5DEXA 4ZEBA 2YPNA 3TTNA 5JEIA 3JYRA 4WXJA 3HCQA 1A8FA 3LSXA 4HCWA 2F8DA 5DYHA 2OWTA 3H4ZA 3P7IA 3IO6A 1EZPA 2XXVA 4JBZA 3V83A 4NF4B 1ZLQA 4ZEFA 1UTHA 1B3HA 3PMXA 4QFLA 5I56A 3DLNA 3K0VA 1JQFA 5CM6A 4OESA 2X26A 4FORA 4AB5A 3H03A 1NNKA 4H0WA 3I6VA 5CBSA 3MZBA 4OXVA 1MXWA 4NMYA 1BLFA 3QSLA 2Z22A 1N04A 1QW0A 4R9FA 5H8HB 4JXIA 1LCTA 2DS9A 3EHUA 3N5LA 4KYDA 2VP1A 4UA8A 4R72A 2O7UA 2ZYMA 3TTLA 1SW4A 1DTGA 2R6GE 5CMCA 1FQEA 4P0IA 3PPRA 3OELA 1UTHB 4R6YA 3CG3A 5BWJA 3FJMA 1DOTA 5CMBA 1YCJA 5I56B 1FQBA 1B3EA 2OZZA 1US4A 3I5OA 3IJOB 1JW5A 3BFUA 4JWOA 3C9HA 5FTIA 1H43A 2F5XA 2V93A 2F97A 4H6DA 1LCFA 4BDLA 1FQAA 5JK4A 4H8JA 3TTMA 3FZVA 4F18A 1B5JA 5H8NA 4F3PA 4Z0IA 4OVJA 1MDQA 3PUYE 1NNTA 1ZKBA 1XT8A 3LSLA 1MG1A 3L6GA 4F22A 1MQIA 4H1XA 1POTA 2XXWA 4OFLA 2XX9A 3M3FA 3T9XB 1MY1A 1TFAA 1TT1A 2REGA 1UTBA 2D3IA 1TFDA 4H8IA 2Q88A 3FV1A 2VHAA 3T9HB 1BP5A 1DSNA 1SI1A 4F3GA 4OFJA 1NNFA 3D4CA 2DXRA 4GLIA 5EHMA 1Y9UA 2I6EA 1I6BA 1QUJA 4BDQA 3EHSA 5HBCA 2O68A 4LQ2A 1NNPA 2ZYOA 2F7BA 4U1OA 1LAGE 4GD5A 1R9LA 4G8NA 4KPTA 4F2OA 1MPCA 2ZXTA 4KI0E 3ECRA 4EXLA 2W7YA 1UTBB 1B3LA 3M8UA 1A54A 3O29A 4YZZA 2GFEA 3CSBA 3IORA 4BDRA 1A55A 4JWYA 3PD9A 2FYIA 2F6PA 5DVJA 1VE4A 2M8CA 4G68B 3MAMA 3Q29A 1J1NA 3H6WA 4RY1A 5HPQA 2XXHA 3FVOA 4PQJA 3TCGA 1I6AA 1VFEA 2DWHA 4OEUA 4FECA 2Q89A 3V8XB 2YLNA 2O1MA 3C32A 1I69A 1ZJLA 1PB9A 3R6UA 3TFLA 4GL8A 1PB8A 3H3GA 5I58A 4RK9A 1PDAA 2YJPA 3VFJA 3IK6B 4BDMA 1ZU0A 4YICA 3LSFB 2DOJA 2I0BA 1N3XA 2RC7A 1UIUA 5I59A 4FEBA 3RNNA 4XKPA 2Q2AA 1RYOA 1BTJA 2HEUA 2O69A 1M5BA 1SD3A 2F78A 2ZYKA 3GBBA 4ZEDA 4H5FA 1JW1A 5EHSA 2UYFA 1EU8A 3VXBA 5I58B 2I4BA 1P1UA 2DYXA 2Y7RA 3N6UA 2ZNTA 5L9OA 4O3BA 3O2AA 1ELJA 4RK2A 1GVCA 4LUBA 3OO9A 4ECFA 2O1LA 4YB5A 1IXHA 1B0HA 3B7DA 1H44A 3O28A 4IO6A 1B4ZA 2PBWA 3RT6B 1GTKA 1IEJA 1XC1A 1SW5A 2H4IA 4Q8RA 1FTOA 1B1HA 2F7CA 3T93B 1XVXA 4GQOA 4JSDA 4YMBA 1Z7ME 4THIA 2QS3A 3KEIA 4GL0A 1YAEA 3RTWB 1B7ZA 5CMKA 2DSFA 3VE1B 5LOMA 1MQHA 4PFUA 4ZE9A 1A7LA 4HW8A 2PYYA 1B58A 2HCAA 1MXVA 4XTCQ 1IIWA 3USDA 2CZLA 5FHMA 4LZ8A 4X1BA 4I62A 1SDXA 3HHFA 3MUQA 2RCAA 3WAFA 1XVYA 2HXWA 1SBPA 1IXIA 3CFZA 1MH3A 3B6WA 1N76A 3K6UA 3SEWA 1TXFA 2Y7WA 2BJJX 3BFTA 5AA1A 2AYSA 3V89B 3LSWA 5TU0A 3SDFA 1SYIA 4QFOA 4F19A 4PFWA 1GV8A 5ICQA 3MVYA 2QS1A 1ATGA 1MS7A 2D5WA 4YKPA 1B7UA 4BDOA 2DXYA 3IOTA 1N0TA 1URGA 4MH5A 2AL4A 1QUIA 4OZ9A 3MPKA 3MBPA 3S9EA 4DCXA 1B1XA 4RA1A 2HAUA 1M5CA 1R9QA 1ZBMA 2ABHA 4IY6A 4KYEA 3RTFB 3IL1B 3KN7A 3PUZE 4WEPA 3IOUA 3K02A 4RYAA 5HM4B 2QS2A 1L5TA 1OQGA 2UVGA 2Y7PA 4L17A 1T0KA 1H45A 3OO6A 4XIGQ 5TP9B 2H9BA 3V5AA 3SETA 1Y4CA 3UN6A 4I1DA 3MQ9A 3FD3A 1GR2A 3CRBA 1B32A 2NVUB 2P2AA 5H8HA 1LB8A 3C35A 3T22A 2DE3A 3W9VA 3G7WA 4GVOA 3ILUB 1O63A 4YU0A 3DP4A 2V3UA 3K6WA 3T66A 4IGTA 3TMGA 2ANJA 2RC8A 3TYHA 2E1SA 3PD8A 4U21A 2Y7IA 4U4SA 3Q26A 1PEBA 1RYXA 4BDNA 4RJZA 1OLAA 3TTRA 3G3HA 3TUSA 5A5XA 3TCFA 1Y1MA 4KQPA 2I4CA 4BLAA 3H6UA 3EF7A 3Q25A 1NH8A 2XXPA 1P99A 1MXUA 1NH7A 4XKNA 3FASA 1Y3QA 2WKYA 4NF6B 4F1VA 2ZYNA 4PETA 2F36A 1OIBA 3IJXB 2QS4A 3SEXA 5K2YA 1LFGA 4MFIA 2OCUA 2Z8FA 1IXGA 3RY3A 5A5XB 3CFXA 3PPQA 3IOWA 4Q5TA 4HS7A 2QMXA 4IGRA 1LFIA 5ITOA 2G93A 1M5EA 5FHNA 2DVCA 3K1NA 1B4HA 3PMVA 4OMBA 4WKMA 3KN8A 4OFOA 3B6QA 3TKDA 4FE8A 1NFTA 1R6ZA 1XOCA 3QXMA 3QUFA 3UGWA 1DMBA 2PMSA 1POY1 4OYVA 1LSTA 2P1SA 3VXCA 1A40A 4JWXA 4FATA 5AA4A 5L9MA 4G4PA 5M2VA 2G29A 4EQ9A 2H5YA 3A09A 2GHBA 1O64A 2Q2CA 4OENA 2AIXA 1AOVA 4KCCA 3FXQA 1TWYA 5CRYA 2PT2A 3C4MA 1JVXA 1NKXA 4Z7EA 1D3KA 2X7QA 2I0CA 2E0SA 5DTBA 4ESXA 5CC2A 3QAXA 1UQWA 4ND9A 1EZ9A 4G68A 4EDPA 1Q35A 2O51A 5AA4B 1ZTYA 3MC2A 3N94A 2ONRA 4QF9A 4E0WA 4GXSB 1KWHA 1JNFA 5F1QA 5CBRA 2GH9A 4IO5A 3ONMA 3MPLA 3RT8A 1SW2A 1B0LA 2A5TA 3SKPA 1VFDA 1MXXA 2LAOA 2X7PA 4Q30B 1YTVA 1FTLA 4H67A 4YKKA 4QHQA 4DXBA 4R73A 1OVBA 2UYEA 4HTGA 1EH3A 3OXNA 5I2KA 3ODBA 5KZTA 1SQYA 1WODA 5H8QB 3VLWA 1A99A 3T9UA 2F7AA 2REJA 4LZ5A 4QSCA 4YB6A 4FIMA 4NF5A 1A8EA 1MY0A 3TEPA 2HAVA 3C31A 3DELB 2A5TB 5K2XA 1B2HA 4DZ1A 1WDNA 1MQGA 3EHTA 3HPIA 3K6XA 1FQDA 3SEVA 1SYHA 1Z7NE 4RPNA 1M5FA 1B5HA 2VD2A 4EQBA 4R6KA 5I2KB 1Y20A 2B3FA 4DXCA 4EF2A 3K6VA 3TELA 4MLVA 3G3GA 3E4RA 3DP8A 4R2BA 1MXYA 3LC8A 4ZE8A 4OHNA 3PPOA 2QJEA 4IO2A 4KCDA 4NF5B 4H5GA 3FJ7A 1F9BA 4TLMB 3U72A 4QFKA 4FJPA 1Y4TA 5I57A 4X9TA 4YKIA 1P1NA 2Z8DA 4KYSA 5TPAB 3H6VA 3W9WA 3U1OA 3PPPA 3LUYA 1MH4A 1BIYA 3TQWA 3OO8A 3MVXA 3PGFA 2V3TA 1S7YA 2XX8A 4DCYA 4ZDMA 1VR5A 2NWJA 3ILTB 2ONKE 4F1YA 4OETA 4IY5A 4QFNA 5AA2D 3VVFA 3EN3A 3FUZA 5J1DA 3RQTA 1B51A 2DP8A 3Q28A 1ANFA 3FATA 5I57B 1N3WA 3I3VA 1AH5A 3H7MA 3W15C 4KD5A 5IAIA 2NOOA 1AMFA 2O7IA 3SEYA 3SEUA 1URDA 4YB7A 3TCHA 3IO4A 2F35A 4R2FA 3N26A 1OQHA 5JTYA 3RUMA 1US5A 2XXYA 1I6QA 2F6GA 2B65A 3UK4A 3KJTA 3QUJA 3K01A 4N13A 3GZGA 2QMWA 2H99A 4P0GA 5DT6A 3UIFA 4EXKA 1OMPA 3IAZA 1FCKA 5H8SA 4GXAA 2Y7KA 4DLDA 1AL3A 3ZS6A 3UA8A 2V84A 3PMWA 3A3UA 4H65A 1SI0A 1S50A 1M5DA 1QJMA 3MVWA 3GBAA 2GHAA 1P1QA 2DVZA 1XHYA 1NL5A 5JTYB 4KHZE 3SERA 1MM6A 2UVHA 1D9VA 3CR9A 4MF3A 2DWJA 1DPEA 3M3KA 3CFLA 5TP9A 1HSLA 4ELOA 5H8FA 3JZJA 3QIMA 2RF1A 1MY3A 3EPEA 2QPQA 3K4UA 4EUOA 3Q27A 3UP9A 1JEVA 2IA4A 4I9DA 4QSEA 5IKBA 4N07A 1VSOA 1JETA 1QULA 2A5SA 4PFYA 4RPOA 3G3IA 3ZKLA 4R6HA 3FVKA 3KJ7A 2DWAA 3RGYA 3O9PA 4O3CA 3HHGA 4IO4A 3S4UA 1HSJA 2PVUA 5KCJA 4POXA 4RXLA 3C33A 3K2DA 5H8FB 4C1TA 2I3VA 4IO3A 1QVSA 3E13X 2XHDA 2HFBA 4E0XA 4ONYA 3B6TA 4JSOA 1LBCA 3IB0A 4EQ7A 3LR1A 3OEKA 3IR1A 4M1VA 4EF1A 2NXOA 1DPPA 4G68C 2QL3A 4NF6A 5CMMA 1N7XA 3S9NC 4U23A 1URSA 1P1WA 4PE5B 3U92A 3TPAA 4G2ZA 1CE2A 2XXRA 1UIVA 1ZMGA 1H3DA 5KCJB 4R75A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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