The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
147
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structure length |
147
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Chain Sequence |
TLYAPGGYDIMGYLIQIMNRPNPQVELGPVDTSCALILCDLKQKDTPIVYASEAFLYMTGYSNAEVLGRNCRFLQSPDGMVKPKSTRKYVDSNTINTMRKAIDRNAEVQVEVVNFKKNGQRFVNFLTMIPVRDETGEYRYSMGFQCE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conformational switching in the fungal light sensor Vivid
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vivid PAS protein VVD
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| molecule tags |
Circadian clock protein
|
| source organism |
Neurospora crassa
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| total genus |
38
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| structure length |
147
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| sequence length |
147
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13426 | PAS_9 | PAS domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4HH2 A; 3MQQ A; 1OT9 A; 3SW1 A; 1LT0 A; 4H6J B; 3LIB A; 5A8B A; 3CLO A; 2PYP A; 1MZU A; 2JN7 A; 2PD7 A; 2QKP A; 4I38 A; 3CWF A; 4LRX C; 3HJK A; 3MJQ A; 4KUO A; 2PR5 A; 3NOP C; 3MQO A; 4NXE A; 4F3L B; 3ULF A; 3IBR A; 4EER A; 3CAX A; 1P0Z A; 4WLA A; 3NOU C; 2ZOI A; 3UE6 A; 4XT2 A; 1XJ2 A; 4JGQ A; 1XFN A; 3A0R A; 3MFX A; 1OTB A; 3LI8 A; 1S67 L; 2A24 B; 2M1C A; 3PHY A; 4R3A A; 3H7W A; 3BY9 A; 1V9Z A; 2K7S A; 1XJ6 A; 3LI9 A; 5G4Y A; 3NJA A; 5IU1 A; 4LRY C; 1P97 A; 4L9F A; 3OLO A; 1GSX A; 3F1O A; 3D72 A; 3LUQ A; 3F1P B; 1F9I A; 5F69 A; 5DJT A; 4EET B; 1S66 L; 3UB8 A; 1TS0 A; 2PDR A; 5DKK A; 1OT6 A; 4BBV A; 3HJI A; 3MR0 A; 4HHD A; 2W27 A; 3C8C A; 4PKY A; 2V0W A; 4L9E A; 5HWW A; 2WKP A; 2R78 A; 3T50 A; 3PYP A; 5HDC A; 4WN5 A; 5HSQ A; 3K3D A; 2GJ3 A; 3UB7 A; 4LPZ A; 1TS7 A; 2QWS A; 5EFW A; 4YWZ A; 5AVF A; 4R38 A; 3H9W A; 1GSV A; 5KIZ A; 1ODV A; 4XT2 B; 4I3I A; 2V0U A; 4HP4 A; 1DP9 A; 1LSV A; 5HD5 A; 3H7W B; 1T1B A; 3LIC A; 1S4R A; 3ICY A; 1G28 A; 3IS2 A; 2YKH A; 4JGO A; 4MN6 A; 4EEP A; 5DKL A; 2L4R A; 1DP6 A; 4NXB A; 2YKF A; 4I5S A; 4HOI A; 1TS8 A; 3MXQ A; 2KDK A; 4HP9 A; 4B9O A; 4M4X A; 3F1O B; 3UME A; 3RTY A; 3NHQ A; 4HI4 A; 2Z6C A; 2BAS A; 4E04 A; 1GSW A; 5J7E A; 4HIA A; 4BBU A; 2WKQ A; 4MN5 A; 4JGP A; 2JHE A; 5J4E A; 3LYX A; 4GS9 A; 2V1A A; 5HZH A; 5HDD A; 1S1Z A; 1T1A A; 4HJ4 A; 3LIF A; 1N9O A; 4EXO A; 2KX6 A; 1VB6 A; 2H28 A; 4WL9 A; 4RQ9 A; 2OWJ A; 5HWV A; 1F98 A; 2INW A; 2V1B A; 1T19 A; 1UGU A; 1D06 A; 2J80 A; 2A24 A; 3KX0 X; 2L0W A; 4GCZ A; 4HQA A; 4NXG A; 1OJ5 A; 1OTI A; 4KQD A; 3ZQ5 A; 1XFQ A; 3H82 A; 2VV7 A; 3NOT C; 4I3J A; 5F5Y A; 3UB9 A; 2PR6 A; 4WUJ A; 3A0S A; 4EEU A; 4R70 A; 5F68 A; 5TBM A; 1TS6 A; 3VOL A; 1KOU A; 4HY8 A; 4NXF A; 3IS2 B; 1X0O A; 2D01 A; 2QJ7 A; 4JGR A; 4HJ3 A; 2PD8 A; 2EA9 A; 3GDI A; 2QJ5 A; 1NWZ A; 2Z6D A; 1N9N A; 2P7J A; 3VE4 A; 5DJU A; 4I39 A; 2HV1 A; 2OWH A; 3RH8 B; 4KUK A; 2B02 A; 3LIA A; 4R6L A; 3GEC A; 1XJ3 A; 4HNB A; 2PHY A; 3LID A; 1LL8 A; 4DJ2 A; 1UWN X; 4GS9 B; 4GHI A; 3F1N A; 2W0N A; 3E4O A; 4WF0 A; 1OTD A; 5AVE A; 3E4Q A; 2WKR A; 1UWP X; 4HJ6 A; 4BBT A; 2ZBB A; 3FC7 A; 4H6J A; 3K3C A; 1T1C A; 4GW9 A; 1EW0 A; 1LSW A; 1OTE A; 2OOL A; 4EQ1 A; 5HDS A; 1LSX A; 2ZOH A; 2VV8 A; 1V9Y A; 3EEH A; 1WA9 A; 2PYR A; 1XJ4 A; 4F3L A; 2CMN A; 3H82 B; 4DJ3 A; 4LLO B; 3B33 A; 1D7E A; 3UB6 A; 1DP8 A; 3BY8 A; 1JNU A; 2V9A A; 5TBM B; 2VV6 A; 5J3W A; 4I3A A; 2D02 A; 4LRZ E; 5G4Z A; 5F6A A; 2VLG A; 3BWL A; 2I9V A; 4EES A; 1BYW A; 2VEA A; 1OJG A; 3P7N A; 3G6O A; 2QHK A; 4L9G A; 3F1P A; 3VE3 A; 5HD3 A; 3UMD A; 3FG8 A; 1DRM A; 3EWK A; 4PKY G; 3A0V A; 1S1Y A; 3E4P A; 5HWT A; 5IS1 A; 1Y28 A; 2L1M A; 5I5L A; 1OTA A; 3C2W A; 4EW7 A; 1S4S A; 4K08 A; 1T18 A; 4GHI B; 3LIE A; 3F1N B; 4HH3 A; 1N9L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1E3U D; 2K31 A; 3E2K A; 3N4I A; 4CLC C; 1TEM A; 4DDY A; 1H8Z A; 1LT0 A; 4PHT A; 3WRT A; 5U47 A; 3IHB A; 3T4T A; 2JN7 A; 2PT7 A; 5M19 A; 5FI2 A; 2V8C A; 1PYY A; 1JWV A; 4RX2 A; 2X02 A; 3IWO A; 3A3D A; 3IBR A; 5CGS A; 3VP1 A; 3CAX A; 1JWZ A; 3IHA A; 3CPT A; 3NOU C; 3FZC A; 3A0R A; 3BJN A; 4KG2 A; 3MZE A; 4Y2F A; 2Y79 A; 3BFD A; 3T4L A; 4RA7 A; 3MFX A; 1S67 L; 4CLC E; 2A24 B; 4EUZ A; 2DMW A; 1XP4 A; 4GNU A; 2K7S A; 4L0L A; 4ZJ2 A; 3D3O A; 1H0M A; 3KO6 A; 2HDQ A; 4LRY C; 1P97 A; 1FSW A; 3DWZ A; 4E6X A; 3IWQ A; 1PI4 A; 2JKT M; 3QP5 A; 2IWB A; 1YLZ A; 4E3N A; 3QP1 A; 3NI9 A; 4EET B; 1K0K A; 1GHI A; 1AWI A; 5DKK A; 4GN2 A; 5KSH A; 1ERM A; 4IED A; 1Z6F A; 3OPP A; 3WRZ A; 1YLT A; 3NEC A; 4EBL A; 3GR2 A; 3S1Y A; 1H8Y A; 5LBR A; 3VP2 A; 4PM7 A; 1K55 C; 4PKY A; 4OP8 A; 2O0Y A; 4B88 A; 2WKP A; 2R78 A; 2X71 A; 5HDC A; 5L10 A; 2PBY A; 3FPW A; 3UNW A; 3UDF A; 4WN5 A; 3K3D A; 1PWD A; 3V67 A; 1KE0 A; 3UB7 A; 5AQB A; 4LPZ A; 3VOZ A; 2EXA A; 2QWS A; 1FIL A; 2W3H A; 2VX8 A; 2HJE A; 3ZCZ A; 3HLG A; 4XT2 B; 4I3I A; 1KVM A; 2EXB A; 1W8Y A; 5DTS A; 3BRM A; 1WYB A; 3Q82 A; 4C6Y A; 1G6A A; 5EVI C; 1MBL A; 5EUA A; 2Z2L B; 4KQO A; 4BL2 A; 3TG9 A; 3TSG A; 3HUM A; 2K2N A; 1BTL A; 1PW1 A; 1GA9 A; 4JGO A; 1CQA A; 1HZO A; 2XSS A; 4I5S A; 2ZMA A; 4E6W A; 2W1T A; 4HP9 A; 2PRF A; 3VP4 A; 5DFX A; 5L8M A; 1F5M A; 5EOO A; 2JKT I; 4Q0J A; 3ZG7 B; 2EX6 A; 1Y54 A; 4HI4 A; 4RYE A; 3DAV A; 2FFY A; 1W63 M; 2BAS A; 1VEU A; 3UPN A; 3B42 A; 4B93 A; 2WAF A; 5FQM A; 2JHE A; 4IVI A; 4UA9 A; 3LYX A; 2HJ9 C; 3FV7 A; 4EWF A; 3HUO A; 4PM6 A; 4HJ4 A; 1GHP A; 2W3F A; 2WGW A; 5MC7 A; 3DTM A; 1NJ4 A; 3QP6 A; 5DTK A; 2NUP C; 3B3X A; 3PBT A; 1YSP A; 2OWJ A; 5HWV A; 5EPH A; 2Y2I A; 3PBQ A; 3T4K A; 3VSK A; 2J80 A; 2VJW A; 4GCZ A; 3BFE A; 1PZP A; 4NXG A; 5I94 A; 1XPB A; 3CJM A; 4P85 A; 5CED A; 3VOY A; 4OON A; 2Y2L A; 5EE8 A; 3MFD A; 5F83 A; 1G5U A; 4QHC A; 1FIK A; 4R70 A; 3K2N A; 4E3K A; 3IXH A; 5TBM A; 1L0D A; 2XEP A; 4EUV A; 1ZHH B; 5FAT A; 4NXF A; 1IYS A; 2FH5 A; 2W3E A; 3ZGA B; 3GTC A; 2J3T D; 4DE1 A; 2VGJ A; 3LR3 A; 1IEL A; 4Y3I A; 3GDI A; 1SDN A; 2EWV A; 4K91 A; 3RJU A; 1K54 A; 1L2S A; 3O86 A; 3T1X A; 4Y7P A; 3VE4 A; 3MF0 A; 2WKH A; 2OSU A; 3HLD A; 1K6R A; 4OVD A; 2HV1 A; 2OWH A; 1W79 A; 2ZQ8 A; 3O5Y A; 2HZ5 A; 2XGN A; 5GHX A; 4FH4 A; 3N8S A; 2PHY A; 5F82 A; 3LID A; 4JBF A; 1UWN X; 3NDG A; 4GS9 B; 2ZQ9 A; 3F1N A; 4GD6 A; 4ZTK A; 2O9B A; 2W0N A; 1LI9 A; 3BQ8 A; 2ZD8 A; 1OTD A; 5AVE A; 3LEZ A; 2ZBB A; 2X01 A; 5KMW A; 4X56 A; 1PIO A; 5FQK A; 1EW0 A; 2H0Y A; 4Q8I A; 2H5S A; 4S2I A; 3QP2 A; 2H0T A; 3FPV A; 1LSX A; 2Y8H A; 4ARZ B; 3SH9 A; 3C4P A; 2ZOH A; 2G7U A; 3CIT A; 4IBX A; 1XJ4 A; 4F3L A; 5CX7 A; 4JXS A; 1D7E A; 4FOF A; 5EEC A; 3D9Y A; 1MWT A; 2EFU A; 4BL3 A; 2BLS A; 2O9C A; 5A92 A; 1KGG A; 2Y2O A; 3UY6 A; 3W8K A; 5DF9 A; 1K57 C; 5F6A A; 1KDS A; 4UA7 A; 2I9V A; 4UEY A; 1BSG A; 1CK3 A; 4WM9 A; 3PTE A; 3CHW P; 3W4P A; 3P7N A; 3SOI A; 3Q1F A; 3F1P A; 2P08 A; 5HD3 A; 4RVA A; 4BQM A; 3SS5 A; 3V39 A; 2XDM A; 1H5X A; 4GDN A; 1JTG A; 1K56 D; 1Y28 A; 2HGV A; 1OTA A; 4LEN A; 1N4O A; 1M40 A; 3G4P A; 3HBR A; 1MPL A; 1T18 A; 3PBN A; 1G6O A; 4KZA A; 1TD5 A; 4EBP A; 1LI0 A; 3UO9 A; 3LGO A; 3MQQ A; 1K6S A; 5FQI A; 2ZM0 A; 4H6J B; 3LIB A; 5F1G A; 5A8B A; 4UQI S; 3CLO A; 4NKP A; 2PYP A; 4Y17 A; 4R4S A; 4I38 A; 4ZRR A; 3BEB A; 1ERQ A; 3CWF A; 4Q0I A; 4LRX C; 4KUO A; 3W2Z A; 5C5K A; 1FOF A; 3VP3 A; 3I7J A; 3IF6 A; 3UE0 A; 4EER A; 1O07 A; 3ZHH A; 2XF3 A; 1DJC A; 1L0E A; 4OOM A; 3OPL A; 4S2K A; 4DXB A; 1M6K A; 2P9V A; 3TE8 A; 5GLD A; 2XR0 A; 5DVA A; 1BUL A; 1OTB A; 3Q07 A; 4X25 A; 3H7W A; 2J7V A; 4OLD A; 3T12 B; 4GD8 A; 3BY9 A; 3P01 A; 4DN0 A; 1XJ6 A; 4JXG A; 4C75 A; 3T1Q B; 3LR4 A; 2HPB A; 3E0Y A; 4ZDX A; 2UV0 E; 3MQ0 A; 3NJA A; 4HES A; 3A3E A; 3MBZ A; 5TGF A; 4NET A; 3F1O A; 3V3S A; 3LUQ A; 4OP5 A; 3EGX C; 3M6B A; 4UQI M; 1S66 L; 1I2W A; 4OKP A; 5TR7 A; 1VM1 A; 4MMN A; 3TJZ C; 3BM6 A; 4KEN B; 3HJI A; 1TVF A; 2DCF A; 2WYX A; 2WGI A; 1VET B; 3WS5 A; 3RXW A; 2QPN A; 5CHJ A; 2M7V A; 4DMZ A; 1NRJ A; 2WGV A; 3R7W A; 5FEF A; 3ITA A; 2XLN A; 2XQZ A; 3PYP A; 3LEQ A; 1BLC A; 3ZNT A; 5EVE A; 2Y91 A; 4IVK A; 3BEC A; 3M2J A; 4G3K A; 3VP0 A; 3NIA A; 4PPR A; 2HDU A; 1TDG A; 3U4L P; 4X6T A; 1YMX A; 5M1A A; 2OLV A; 5KSC A; 5EFW A; 2LB9 A; 2IWD A; 4DE0 A; 4R38 A; 3H9W A; 1GSV A; 5KIZ A; 1FCN A; 3CPT B; 4JLF A; 4UA6 A; 4KZ8 A; 2VA0 A; 4WZ5 A; 3UE1 A; 2V0U A; 3S7Q A; 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