The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
99
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structure length |
99
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Chain Sequence |
MDVKVNLPASTSTPQPRPEKPVYLSVKADNSMFIGNDPVTDETMITALNALTEGKKDTTIFFRADKTVDYETLMKVMDTLHQAGYLKIGLVGEETAKAK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The solution structure of the periplasmic domain of the TonB system ExbD protein reveals an unexpected structural homology with siderophore-binding proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
Biopolymer transport exbD protein
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| total genus |
14
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| structure length |
99
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| sequence length |
99
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWK A; 2JWL A; 2PFU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5AQY A; 5JIC A; 2HMI A; 3V81 A; 3NH0 A; 3C6U A; 3NVM A; 4CZI A; 1SL1 A; 3LDP A; 3ZEU A; 1DGK N; 3I8B A; 4MFB A; 1R0A A; 1XWL A; 1LCU A; 5CE3 A; 1J6Z A; 1CZA N; 2A5X A; 1TL1 A; 5A2Q O; 1CLQ A; 4UQG A; 4ZTJ A; 4QCL A; 3L2R A; 1RT7 A; 3HST B; 5J2Q A; 4DMN A; 2Z1H A; 2V7Y A; 4N5S A; 4GKJ K; 4OPA A; 3R8E A; 1FXX A; 4PA1 A; 1IG8 A; 3P39 A; 4NXM K; 3KK2 A; 1B9D A; 3SJJ A; 4Z0U A; 4FK0 A; 4IJN A; 3ZT4 A; 1N34 K; 3EL2 A; 3SUP A; 4K0K K; 1I94 K; 2NRV A; 1WBD A; 2GUI A; 3PIO L; 4ZTF A; 2KZM A; 1S1U A; 5EOY A; 1NLV A; 4BRM A; 3WXK A; 4MDA A; 4KFB A; 3SJH A; 2EHG A; 4PY5 A; 1YHQ N; 4A59 A; 4LF5 K; 3FFI A; 3CQ8 A; 3OYE A; 4JI0 K; 1VRU A; 3AA4 A; 3O4N A; 5M1P A; 1C0G A; 1HR0 K; 5M1F A; 1Z25 A; 4BQL A; 4DQQ A; 1YXQ A; 4H4M A; 2P51 A; 4BRI A; 4JKG A; 1C0U A; 3THX A; 3LAN A; 2YNG A; 3HP9 A; 4FLW A; 3T3F A; 2XHB A; 3A5L C; 5T7B A; 4I2P A; 5EU7 A; 4HWI A; 2QWL A; 1NGI A; 3L8B A; 3KLF A; 1S3X A; 3HOS A; 4Y0W A; 4C8M A; 3ZLJ A; 3CQX A; 1MWM A; 1FK9 A; 3TAN A; 2KFN A; 2B6A A; 4DR7 K; 4KHS A; 1WN7 A; 1S1V A; 3E66 A; 1L3U A; 4CZE A; 2P9P A; 1VQN N; 3CER A; 3NH1 A; 3THY B; 2CGL A; 4RW9 A; 4E7I A; 2OCE A; 3LDQ A; 2IC3 A; 2VG6 A; 4DG1 A; 4O4G A; 4JD2 A; 2FF6 A; 4L8R B; 1E4F T; 2E6M A; 3VQC A; 1ZBU A; 3RTV A; 4CJR A; 2H3G X; 2AP1 A; 3S41 A; 1NK4 A; 4JEP A; 4JAX A; 3RMC A; 2VWJ A; 4O5F A; 3VGM A; 1QSY A; 1QZ5 A; 2HNZ A; 4C23 A; 3BEX A; 3ID6 A; 1C0M A; 4H0T B; 4WQ4 A; 2R7Y A; 3QER A; 4DSJ A; 3R3L A; 4F3O A; 1SL0 A; 3J80 O; 1JLA A; 4FLZ A; 1IBK K; 5DMR A; 3AAP A; 2ZM6 K; 1VQ9 N; 4W5T A; 4FLV A; 2G8H A; 2KZZ A; 3LM2 A; 3BGR A; 4Z4H A; 4F2S A; 4QOZ B; 3M8P A; 5BN9 A; 5KRS A; 5F2R A; 1BA1 A; 3SBG A; 3LPU A; 2W6L A; 2QW9 A; 3OBW A; 4ISE A; 2KHO A; 3CJC A; 4JHD B; 3ZX3 A; 3C7N B; 5J1E A; 3ZCM A; 2HBJ A; 5FLX O; 2E88 A; 4A5A A; 2D5R A; 3CJB A; 3P1G A; 3CMA N; 3JAM O; 4PWD A; 4EFH A; 4BWM A; 3OBY A; 1ATS A; 4N76 A; 3CXC M; 1TK5 A; 2RN2 A; 4RW8 A; 4LD0 A; 1EX4 A; 5AQH A; 3DAW A; 5JLH A; 1VQ5 N; 3LAK A; 5FPM A; 2HHH K; 1XC9 A; 1NK5 A; 4NCG A; 4FW2 A; 5TKW A; 3VPZ A; 2CH6 A; 1SS6 A; 3LWM A; 1TGO A; 5HRO A; 2OA8 A; 1XHX A; 3CCQ N; 4H5R A; 3QEW A; 1B92 A; 5EXW A; 1KTQ A; 3V6D A; 3VF6 A; 3HXM A; 1EQY A; 1BI4 B; 4H5W A; 4FJX A; 2HND A; 4CHP A; 1VSD A; 3AGK A; 4N56 A; 5BPM A; 2RHK A; 2O4I A; 1T44 A; 4RTF D; 2QK9 A; 3M3Z A; 2XY8 A; 1ITG A; 4CE9 A; 1NKC A; 4FVU A; 3K9J A; 4EP5 A; 3F73 A; 2E2N A; 3GDQ A; 1N8R O; 4IO8 A; 4G1Q A; 4NXN K; 3JS6 A; 3ZT3 A; 3SK3 A; 4ZHR A; 1KC8 O; 5ADX H; 3O9U A; 4DUZ K; 3UE5 A; 3UB5 A; 1KVC A; 3HOT A; 1NJI O; 3VQA A; 4CD1 A; 2E20 A; 1GLA G; 4IFY A; 4A2A A; 1BCO A; 4CJW A; 1TVR A; 3O3F A; 4JKF A; 1RIL A; 3BF1 A; 2O8B B; 5AR0 A; 1NGD A; 2EWS A; 1RTJ A; 2P9S B; 1VSL A; 4MQ3 A; 3D7E O; 3RMA A; 3QEV A; 5C15 A; 3LP3 A; 4CI6 A; 3KD1 E; 3VQ7 A; 1ILY A; 1HJO A; 5HRR A; 4H0P A; 2W42 A; 5GAG P; 3TAQ A; 1VQO N; 1J5O A; 1C6V A; 3V1R A; 1W0H A; 3VGL A; 4XIU A; 3U3G A; 2QWQ A; 2NRZ A; 4B9V A; 5GIP A; 4KHY A; 3CC4 N; 4M63 C; 3M8S A; 2P9L A; 3MXM A; 1WNS A; 1IV0 A; 3OYA A; 3DXK A; 4DR1 K; 3OYG A; 3AO2 A; 1DLO A; 1IKV A; 3M8Q A; 2DFF A; 4NLB A; 3HT3 A; 3TWH A; 3K2P A; 4CEB A; 3RWU A; 1YJ9 N; 5MLC Q; 4CED A; 3RMB A; 2O4G A; 1RDB A; 3OYI A; 3QB0 A; 1U48 A; 4CGG A; 3RR8 A; 3Q7B A; 3RRG A; 3DRP A; 1Y64 A; 3RSE B; 5BN8 A; 1D9D A; 1LV5 A; 4FW1 A; 3MAQ A; 4DQ8 A; 3MK6 A; 4ELV A; 1VSK A; 4KHW A; 4BRA A; 3VQ6 A; 3OYC A; 4AF1 A; 3KLI A; 3PIP L; 3D45 A; 4Z4F A; 3FZF A; 3H08 A; 4BQZ A; 1NKB A; 2QI2 A; 3W0L A; 3LAM A; 3A8Y A; 4B1U B; 3QBW A; 4KI6 A; 2HBK A; 3ZSO A; 2IVO A; 5AQQ A; 3VES A; 2IVN A; 4B1W B; 4H03 B; 5C2D A; 4EZ9 A; 1YAG A; 1ATN A; 4B8A B; 4IO9 L; 1T7P A; 3BDP A; 3NF7 A; 3FZL A; 2RF2 A; 1BIS A; 4YOR A; 4CEC A; 4IFE A; 3SNN A; 1NOY A; 4OPK A; 1SAZ A; 1NGJ A; 4X64 K; 4BR5 A; 4ILH A; 4FJN A; 3CYM A; 1D8Y A; 1VQ6 N; 5HRN A; 5AQU A; 1CXU A; 4CFC A; 1DTQ A; 3ZET A; 1HYS A; 1BUP A; 3FR0 A; 4JRP A; 4DTM A; 1KCF A; 1LAW A; 2Q97 A; 3EYZ A; 2NNW A; 3CM6 A; 3PO5 A; 2DY4 A; 2G8U A; 3LDL A; 4YDU A; 3HJF A; 4E7L A; 2P9I A; 3SAF A; 2W40 A; 4OPH A; 4BG8 A; 2GTD A; 3WXL A; 5CYM A; 4BWJ A; 4M7X A; 4MLE A; 2YHW A; 3O1B A; 4RG8 A; 3NAE A; 3WNG A; 4H0Y B; 3H3N O; 1TKT A; 4LF7 K; 1GLD G; 4FM0 A; 4E7H A; 4CK2 A; 4KH6 A; 3ULE B; 4I6M A; 1YJW N; 4J2A A; 3U4L A; 2FBV A; 3N4Q A; 3ZEU B; 3MDQ A; 3TSP A; 4DR5 K; 1C1B A; 4FJ8 A; 1HYV A; 4B9Q A; 5HBM A; 2NRW A; 2F8T A; 4M3T A; 1X9W A; 2GWK A; 1O1W A; 5AQX A; 1QZ6 A; 4Z4I A; 3EO3 A; 3JXU A; 3ZSX A; 4CZM A; 3FZK A; 3E9O A; 4M3W A; 2PY5 A; 2QEX N; 4EP4 A; 4HTU A; 1NK0 A; 1NK7 A; 4HTL A; 1ZBS A; 3BF3 A; 1RBT A; 2F9T A; 2YI1 A; 3A0I X; 4YOY A; 4BRH A; 3E9P A; 2KTQ A; 3SAG A; 3C95 A; 1VQL N; 3O9Q A; 4JI2 K; 4BE0 A; 3MMV A; 1LW2 A; 4O5B A; 3R9P A; 4W5R A; 3FZH A; 3SI6 A; 1N6Q A; 3K0S A; 3CCM N; 1SUQ A; 1U45 A; 2B5J A; 4FXD A; 3JYT A; 1KQS M; 5AQF A; 3WQU A; 2OPR A; 3DLE A; 4H5N A; 5M1O A; 5ELZ A; 4JKG B; 4GV6 A; 1V4T A; 4O55 A; 3OYF A; 3THX B; 2NRX A; 4AHS A; 4AH9 A; 5F1X A; 5FRM A; 3BUZ B; 4CJ3 A; 1IH7 A; 3PX6 A; 1HQE A; 3U9Z A; 4CJE A; 4KBO A; 4CJS A; 1KAY A; 4HUF A; 1SL2 A; 1X9J A; 3CCR N; 4M3Y A; 3SBT A; 3SUN A; 4FLT A; 4F2R A; 2Q36 A; 4CK1 A; 4B1Y B; 3LZI A; 2D4W A; 1GLE G; 2JWL A; 4C8O A; 4O0I A; 4QS9 A; 1JCE A; 3O8M A; 4FJL A; 3VET A; 1HLU A; 4AHU A; 4FCY A; 1N32 K; 1HKC A; 3NGY A; 2P9P B; 4IKF A; 1ASV A; 1IJJ A; 1EWR A; 4LSL A; 5IT9 O; 4Z4C A; 4HUE A; 2ZQB A; 4GNI A; 4DSL A; 3H6E A; 3LP1 A; 4JD2 B; 1RT6 A; 4FM2 A; 4DHY A; 2ZJP L; 4DLE A; 3VQB A; 3TSU A; 4ELT A; 3SLC A; 2WC9 A; 1Q9Y A; 1IKX A; 3O5B A; 5TKY A; 4GV3 A; 3F5T A; 3CFP A; 4CFA A; 3DLL L; 5AFU H; 4CBX A; 4CEO A; 3L2V A; 4CZL A; 4IG3 A; 2UUB K; 3AAR A; 1Q81 O; 4LSN A; 4DTX A; 3NVK A; 1GOA A; 1T05 A; 1VSF A; 3T1A A; 4E89 A; 3K5M A; 3PUF A; 2BGG A; 3L2Q A; 1JJ2 M; 1BQM A; 4DSI A; 2HB5 A; 3TAB A; 4F8R A; 1L3T A; 4JI5 K; 3VQ8 A; 3KWI A; 1C1A A; 3LWL A; 3DM2 A; 3LPT A; 3AA3 A; 2HOE A; 1NGB A; 5C24 A; 1JLF A; 5SWM A; 2Q31 A; 2BUP A; 1R59 O; 1NGH A; 1UWB A; 2OTL N; 3OJS A; 2NZT A; 1ZYQ A; 3MED A; 3PX4 A; 3THW A; 2FSJ A; 4CJV A; 3KK1 A; 3DXM A; 3RMD A; 5C0Y A; 2VWB A; 3TI0 A; 1SV5 A; 5AZJ B; 4E1J A; 3DWL A; 2A6A A; 5KPZ A; 2A41 A; 2QWP A; 4KHN A; 1LAV A; 1WSJ A; 1FKO A; 2DFE A; 2E5L K; 3J7A P; 1ZC6 A; 4EHT A; 2HMP A; 3HZ6 A; 2QKK A; 3NHG A; 3CF5 L; 1QQC A; 3ATV A; 2HHQ A; 3T1Y K; 2WON A; 3THV A; 5E41 A; 4DTR A; 4CBU A; 4A62 A; 2ZJR L; 4YOV A; 4BE1 A; 3QES A; 3DJC A; 4E3S A; 1W2B M; 1RT3 A; 3OYM A; 4GVM A; 1FJG K; 1A5X A; 1F21 A; 2E1Z A; 3UKR A; 1REV A; 5JVG L; 3MWP A; 3MEC A; 3HPG A; 1UAX A; 4HVJ A; 4AM6 A; 3I0S A; 3FZM A; 3A5M C; 4FJG A; 3AVN A; 2JGU A; 4JS4 A; 1YT3 A; 4N47 A; 1S1T A; 2QA4 N; 4JV5 K; 3M5R A; 3PX0 A; 1BCM A; 4DSK A; 3SYZ A; 2FXU A; 5ADX A; 5HOO A; 4E1M A; 3C6H A; 3ID8 A; 1T03 A; 4GW6 A; 4DSF A; 3K9K A; 2UXD K; 1ZBH A; 1UOC A; 3LZJ A; 4KH4 A; 2ASP A; 3WXM B; 3HSC A; 2HW3 A; 4ELU A; 4BR2 A; 5DM6 L; 4FK2 A; 2FSK A; 2ASM A; 4DCH A; 3NGI A; 2YHA A; 3N4P A; 2P9L B; 3EY1 A; 1U6Z A; 3AAQ A; 4JK8 A; 3QFP A; 2D0C A; 3DXK B; 4H0O A; 4CEA A; 4RWT A; 4B9U A; 4JYA K; 3W3D A; 3K5O A; 4MLH A; 4LH4 A; 1QQO A; 4KB0 A; 3VEZ A; 4KV8 A; 4CW7 B; 4FO0 A; 4CJ7 A; 1TK8 A; 3VGK A; 3SUQ A; 2CGK A; 5E26 A; 3EN9 A; 4BG9 A; 2PZS A; 4AM7 A; 4IDH A; 3WEE A; 4CEF A; 1JLE A; 3G6E N; 4FJK A; 5AQL A; 1EWQ A; 1M90 O; 3KK7 A; 2B4J A; 4DB3 A; 1HUX A; 2RPI A; 3ALY A; 4CJ5 A; 4OKJ A; 4IXC A; 4KTW A; 1SKR A; 4IG0 A; 1SZ2 A; 4MO4 A; 1RCH A; 3C94 A; 3VQD A; 1Q7Y O; 4DR6 K; 4ID1 A; 1T8E A; 4OKK A; 2G8F A; 5HLF A; 1FW6 A; 1HNX K; 1NJX A; 1GOC A; 3CME N; 3VEX A; 1V4S A; 5LL6 Z; 1JKH A; 3QIO A; 3CCV N; 2XY6 A; 5KPR A; 4MDB A; 4RCH A; 3S3O A; 4CFD A; 4LF4 K; 3EKS A; 3J81 O; 4FM1 A; 4CJ4 A; 1RBV A; 4YOT A; 2O8D A; 1MDU B; 2Y1J A; 4DR4 K; 4DV0 K; 4DU1 A; 3ZET B; 3SMP A; 2YV0 X; 1BOT O; 2O8E A; 4DTJ A; 2Z1J A; 1S72 N; 4CFB A; 3T1H K; 5FRN A; 4CHN A; 1NGC A; 1S6P A; 2P9I B; 4FPA A; 4JKD A; 3VF4 A; 1OVY A; 3MN6 A; 1TUY A; 4HHT A; 4DQS A; 3FE1 A; 4W5N A; 2YJE A; 1WBB A; 1BIZ A; 4CF8 A; 1T3V A; 4M3U A; 3F2K A; 1BL3 A; 4JS5 A; 4WFA L; 1DTT A; 1JL1 A; 4DTS A; 2E1Y A; 2OPS A; 1KVB A; 1Z05 A; 1FKP A; 3IRX A; 4CF2 A; 1QTM A; 3J7Y P; 4JI7 K; 2OTJ N; 1WSI A; 4OVL A; 3SAH A; 4ID5 A; 4WYB A; 3HPO A; 1E4G T; 4CGH A; 1U49 A; 4N41 A; 4M3X A; 3VTH A; 2XY7 A; 4K41 A; 3HL8 A; 4OLA A; 3NF8 A; 1ASW A; 5C42 A; 3DLG A; 2IIR A; 1IKW A; 5AZI A; 2GEL A; 1G15 A; 3TTF A; 3CJA A; 1S5J A; 2HST A; 4BRO A; 4AIL C; 3E01 A; 5J2P A; 4C1N I; 3AVI A; 4BVP A; 3HP6 A; 3K5N A; 3KLG A; 2YNI A; 4GVE A; 4YNQ A; 4Z4E A; 2VWK A; 4PQU A; 4DSE A; 1CZ9 A; 4CD3 A; 2ASO A; 4OLB A; 1S6Q A; 4A5B A; 4WE1 A; 3U9D A; 1P8Z A; 4K8Z A; 3EZ5 A; 4DV7 K; 1KLM A; 3NCI A; 5KRT A; 4Q5V A; 4M41 A; 5JVH L; 2V7Z A; 4E0D A; 1XMQ K; 4LF6 K; 5FPD A; 1YIT N; 4BRN A; 2GUP A; 1HNW K; 2I7P A; 2E2P A; 4E7J A; 3QEX A; 3TAF A; 3ZT0 A; 5KQ8 A; 1ZBF A; 3HRG A; 3CG7 A; 1VK0 A; 2Q1N A; 4IEE A; 5M1K A; 3VQ5 A; 3GL1 A; 4C8N A; 1YF5 L; 1QE1 A; 1U47 A; 4NO7 A; 2YHY A; 3TR8 A; 4XH4 A; 1U4B A; 4BR7 A; 4CES A; 4Y1C A; 4FJJ A; 2IVP A; 4U67 L; 5FPE A; 3DI6 A; 5DK5 A; 3VQ4 A; 3V1O A; 5FDL A; 1KAX A; 4FZY A; 3S3M A; 3E1Y A; 4B9S A; 3SQ0 A; 1QSL A; 4O8U A; 5CZ2 A; 3V9Z A; 3L4I A; 4CVN E; 4JI8 K; 2FSN A; 4BDZ A; 4DQI A; 3KJV A; 5GAH P; 3WQT A; 4FJ9 A; 2FBY A; 2QTD A; 5BPN A; 4U7B A; 1Y97 A; 1JLG A; 3D2E A; 4DV5 K; 1RT5 A; 4F3T A; 1VSI A; 2A40 A; 2ZD1 A; 4BRF A; 2O8C B; 4PKH A; 1IBL K; 2HHS A; 5AFU A; 2E6L A; 4LF9 K; 4KHU A; 5KGW A; 3R1X A; 1MWK A; 4CER A; 1P90 A; 4FLX A; 3ZYY X; 3K57 A; 3I8D A; 4DR2 K; 1VSE A; 4FZZ A; 4JKA A; 2PAV A; 3M1F A; 4KPY A; 3NE6 A; 4FSV A; 1YUW A; 4K25 A; 4IEI A; 5AQM A; 1NGF A; 4BRK A; 1IG9 A; 4B8C A; 4FWP A; 1A5V A; 3U8X A; 3EE8 A; 4CF0 A; 3OS2 A; 1XI1 A; 3OTO K; 4CHY A; 4CZF A; 2KLA A; 4CGI A; 1L3S A; 4OKE A; 1EKE A; 4CZG A; 4XH1 A; 4GKK K; 3MEG A; 4DFM A; 3O9S A; 2P1J A; 2QXL A; 2WFB A; 4NYN A; 3UKU A; 5KTQ A; 1U04 A; 3OYL A; 2P5G A; 3IDH A; 2V51 B; 3DRS A; 3NH2 A; 3G10 A; 1HKG A; 4H0X B; 3B6P A; 5AQJ A; 2GV9 A; 3VTI A; 1YTA A; 2X6N A; 2NRH A; 4CGJ A; 3LDN A; 3QEP A; 3TTD A; 1Q82 O; 4RW7 A; 3MXJ A; 2OAN A; 1RDU A; 2D1K A; 3P4I A; 3AVB A; 1HQU A; 3LAL A; 3DLR A; 1VHX A; 4FOE A; 1VQP N; 1OVQ A; 1VRT A; 5GIO A; 1Q86 O; 1G99 A; 3FLC O; 3MCA B; 3P38 A; 3MXI A; 3VA0 A; 4Y1D A; 2YHX A; 3NBP A; 5BPL A; 3TSQ A; 3T7Z A; 3KWG A; 3IAY A; 3AVF A; 3P83 D; 1NMD A; 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