The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
99
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structure length |
99
|
Chain Sequence |
b'MDVKVNLPASTSTPQPRPEKPVYLSVKADNSMFIGNDPVTDETMITALNALTEGKKDTTIFFRADKTVDYETLMKVMDTLHQAGYLKIGLVGEETAKAK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The solution structure of the periplasmic domain of the TonB system ExbD protein reveals an unexpected structural homology with siderophore-binding proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Biopolymer transport exbD protein
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| molecule tags |
Transport protein
|
| total genus |
14
|
| structure length |
99
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| sequence length |
99
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWK A; 2JWL A; 2PFU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4B9N A; 5HOO A; 5IT9 O; 4DR4 K; 4R79 A; 3EY1 A; 4FJJ A; 1J54 A; 2E6L A; 4H4O A; 5JMV A; 3T1H K; 3LM2 A; 2IC3 A; 3D45 A; 2D0B A; 4N41 A; 2UUA K; 2Q97 A; 4E1N A; 3E1Y A; 4JI6 K; 4ZTJ A; 1KQS M; 3VQP A; 2OPR A; 1Z05 A; 5AQL A; 4BVP A; 3PY8 A; 1OVY A; 5ADX H; 1YJW N; 4IJN A; 4NLC A; 4DR2 K; 3T1Y K; 3KLH A; 5BR8 K; 1MU2 A; 1EP4 A; 3WNE A; 1H1V A; 2QEX N; 5BPN A; 1SS6 A; 3HVR A; 3KTQ A; 3MCA B; 2YJE A; 4PWD A; 4CER A; 3CXC M; 2UUC K; 2A1S A; 1K8K A; 3A8Y A; 3T69 A; 3LAL A; 4DMN A; 1LWF A; 1U4B A; 3MXJ A; 1KTQ A; 4LSN A; 4H0P A; 1RT3 A; 4WFB L; 3ZT3 A; 4DV6 K; 1EWR A; 1ITG A; 2B5J A; 4FK4 A; 2E1Y A; 1OH7 A; 4KTW A; 2KHO A; 3MN9 A; 3CJC A; 1TUU A; 4CBX A; 2HBJ A; 4BRK A; 4GMJ B; 4FJ7 A; 4M42 A; 4DQS A; 5HBM A; 5AQG A; 1U45 A; 2HST A; 5MLC Q; 1VSM A; 4JD2 B; 1U04 A; 1UAX A; 1VRT A; 4E1M A; 4FJX A; 2NLX A; 3ZEU B; 1S1U A; 3DLG A; 2HHS A; 4I6M B; 5AQU A; 1BIU A; 3LZJ A; 4BE0 A; 4B9S A; 4CK2 A; 3CF5 L; 1EET A; 4WFA L; 3RR8 A; 3PV8 A; 4FWP A; 4FVM A; 4PA1 A; 3CCM N; 1LAV A; 4Z0U A; 3M3Z A; 4O55 A; 3ZEU A; 4CZE A; 3QBW A; 2YHY A; 1FJG K; 4CFC A; 4BAC A; 4C23 A; 3P31 A; 4Z94 A; 1KXP A; 3QET A; 3G4S N; 2ZJR L; 1K9M O; 1JL1 A; 3O3G A; 3DRP A; 1KFD A; 1Q7Y O; 4DFM A; 4BRO A; 4CEA A; 4K25 A; 1HRH A; 1VQK N; 1RT2 A; 2O8C B; 3WXL A; 3ZSR A; 1HX1 A; 4OVL A; 3IMX A; 3K5O A; 3CET A; 1U48 A; 1HKB A; 4BRG A; 3QES A; 4BRF A; 2YNF A; 3V9S A; 1WSH A; 3TSP A; 1RDA A; 1XUP O; 4PUO A; 2IOC A; 1NOZ A; 4DSL A; 3NDK A; 2CGL A; 2HB5 A; 5AQK A; 4AQY K; 1G99 A; 3ZSX A; 4DLE A; 4B1X B; 1XC9 A; 1N34 K; 3TR8 A; 4MO4 A; 3IDH A; 1E4G T; 1C0T A; 2X78 A; 2OZS A; 3AAP A; 3O9T A; 4DG1 A; 1EQY A; 3ZCM A; 4EAH D; 3R3L A; 3DYA A; 4M41 A; 1S9E A; 4DV4 K; 4LF8 K; 1ZBS A; 2W6K A; 4CJE A; 1Q82 O; 3WXM B; 1XI1 A; 3ZX2 A; 3F2K A; 4H0X B; 4RWT A; 4DTO A; 2YKN A; 1KRP A; 1C6V A; 2J4R A; 3DXM A; 3O9R A; 4NYN A; 4V19 S; 4MDB A; 2E6M A; 2VG5 A; 5HP1 A; 4KRE A; 1HJO A; 5JLF A; 4LFC K; 5AZJ A; 4FK0 A; 3EE9 A; 1J5E K; 1MA9 B; 4FJ8 A; 2R7Y A; 4WQ4 A; 2IAJ A; 4XIU A; 4JK8 A; 4J2D A; 2V7Z A; 4X66 K; 1N32 K; 4JKG B; 3O08 A; 3RR7 A; 1VSE A; 5GIP A; 1VHX A; 2P51 A; 4JKE A; 2I7P A; 2XY8 A; 3OYH A; 3HPO A; 3OA9 A; 1XHZ A; 4B3O A; 3C7N B; 4DTP A; 4DCH A; 1BG3 A; 1GLC G; 5M1Q A; 1NJI O; 4JI5 K; 3DRS A; 2OPQ A; 5KTQ A; 2YHA A; 1LW0 A; 1BDG A; 2Q3S A; 4IJA A; 4KO0 A; 4FM0 A; 4G9Z A; 1ZBL A; 4JKG A; 1O13 A; 1TKT A; 1HLU A; 2AA4 A; 3AVC A; 3ZT2 A; 1WUA A; 5DM6 L; 1NOY A; 3NBP A; 4EFH A; 1ASU A; 3SV4 A; 2GV9 A; 3R9P A; 3CCU N; 3SI6 A; 3SUQ A; 5EOY A; 5FPD A; 1J9A A; 5BRD A; 2JWK A; 5JLH A; 4H5V A; 2I7N A; 1ZC6 A; 3EO3 A; 1N6Q A; 4K8X A; 3WXK A; 1RGI A; 5SZT A; 1YUW A; 3CC7 N; 4AHC A; 4AIL C; 2Y1J A; 3KLE A; 3S3N A; 4BDZ A; 1NK8 A; 2HHQ A; 4LF6 K; 3EKS A; 3O5B A; 4IG3 A; 4XH1 A; 1L3T A; 3LPU A; 3BGR A; 3GDQ A; 4M3R A; 4JS4 A; 4KHS A; 4NYF A; 2QWN A; 3CCQ N; 3NGY A; 3VES A; 1U47 A; 1LAW A; 2F9W A; 1RBU A; 2ITM A; 3NF8 A; 3AAQ A; 3SQ0 A; 4DF8 A; 3AA3 A; 4I2P A; 3DLK A; 3THX B; 1I39 A; 2E88 A; 3MEC A; 4PL7 A; 4JYA K; 3AO1 A; 1YJ9 N; 3FZL A; 3UKR B; 2E8A A; 3AVM A; 4HUF A; 2FF3 B; 3ATU A; 2WTU A; 1RT1 A; 4M3W A; 3TTF A; 4BR5 A; 2KTQ A; 2JLE A; 2NZT A; 3VQ9 A; 4YNQ A; 3M5R A; 5GAH P; 3NMU A; 4A59 A; 3R8E A; 3ZSV A; 3OW2 M; 3EZ5 A; 3LDN A; 4CGF A; 2OYQ A; 4KKO A; 1ZBU A; 1QSS A; 5E84 A; 5LL6 Z; 2WC9 A; 3PX4 A; 2A42 A; 2G8U A; 4LH4 A; 3AAR A; 2O8E A; 3VA3 A; 1JCG A; 1RBV A; 3ZET A; 4YHH K; 3IAY A; 2FSN A; 4FWR A; 3DAW A; 1RNH A; 3OYN A; 4PQU A; 2QA4 N; 3ZSW A; 3RSE A; 3KIO A; 1TUY A; 1NBW A; 3SUO A; 1QQN A; 1S9G A; 1NK9 A; 1TYQ A; 4H8K A; 2AP1 A; 1RTH A; 3AVJ A; 1CXU A; 5EVZ A; 4E7I A; 4H5T A; 4DTU A; 1NJZ A; 5CZ1 A; 3HOS A; 3JAM O; 2YJF A; 4DR7 K; 1YIJ N; 4CJ7 A; 3N4P A; 4GY2 B; 2AJQ A; 3WNH A; 3AO4 A; 3WXI A; 4A61 A; 2VWB A; 1W0H A; 1DGK N; 4W5Q A; 3MX5 A; 3THW A; 2P1J A; 1JKH A; 2QWP A; 1NGH A; 3V1Q A; 3I8D A; 1HNZ K; 2A5X A; 3NVM A; 4M7X A; 2YV0 X; 3HM9 A; 1DT9 A; 1FXX A; 3OYE A; 1WSE A; 5DMR A; 2HVI A; 4BRM A; 4FLU A; 3TAR A; 2O8D A; 1W7A A; 4BRH A; 4IDK A; 4IFY A; 2ZM6 K; 1NJX A; 3CJA A; 3DJC A; 5J2Q A; 4Z4I A; 1BI4 A; 4EP5 A; 2GBZ A; 3AVB A; 3O1B A; 4JHD A; 1HYZ A; 3WEE B; 3WT0 A; 3EN9 A; 1T6C A; 4CF0 A; 3A5N C; 2P9P B; 3QIC A; 3CJ1 A; 3F9K A; 3DWL A; 1NGA A; 1K73 O; 1BOT O; 5C2D A; 2D4W A; 3SNN A; 4BQL A; 2Y1I A; 1S72 N; 2GEL A; 3FR0 A; 1GLA G; 4CZK A; 3CM5 A; 3RTV A; 4LF9 K; 3CFR A; 3QIO A; 2QWQ A; 3DLH A; 4AM6 A; 5TKY A; 4FZX C; 3F5T A; 1SL2 A; 4JI3 K; 5TKW A; 1BQN A; 4XH5 A; 4HTU A; 1QS4 A; 4JKF A; 1IV0 A; 5B8H A; 3HVT A; 4QOZ B; 1JLQ A; 4M7Y A; 5EXW A; 3S41 A; 4DF4 A; 1SL0 A; 4RCH A; 1NGC A; 1U6Z A; 1BCM A; 1HMV A; 1YAG A; 3SZ2 A; 4CEZ A; 1SL1 A; 4IOA L; 4B08 A; 5AQW A; 1XHX A; 1TK5 A; 3O4Q A; 4TSX A; 3JYT A; 5E41 A; 3V9U A; 1HUX A; 2V51 B; 3M1F A; 4B1W B; 4FWM A; 3RVC A; 1CXQ A; 3LM9 A; 4GVM A; 3F9M A; 1KAY A; 1DTT A; 1TVR A; 2O8B A; 4DSI A; 3T1A A; 1IO2 A; 3L2Q A; 5C15 A; 1TGO A; 2W40 A; 2E2N A; 3VF4 A; 1W9H A; 3CQ8 A; 5BRE A; 4AHU A; 4OLA A; 3ULE A; 4DKW A; 1KVA A; 4DQR A; 3SPZ A; 2UUB K; 1XC3 A; 4EZ6 A; 2Z1G A; 1RBR A; 1WNS A; 1YF5 L; 1RTI A; 2RN2 A; 2DPN A; 4BC5 A; 4N56 A; 4MLE A; 4CK3 A; 2G8V A; 2DTU A; 2GUP A; 4OPA A; 1HJR A; 3O4W A; 3MK6 A; 1RTJ A; 3SAG A; 4HVJ A; 4CFD A; 3LDO A; 1CZA N; 3CCV N; 4L8R B; 3OYA A; 3E66 A; 5SWM A; 3CM6 A; 4DQP A; 1NWK A; 4CEC A; 4Z4G A; 3NE6 A; 1QSL A; 3DOK A; 4E3S A; 5C25 A; 2OPP A; 4J2A A; 3HL8 A; 3WUH A; 1S22 A; 4JRP A; 3OYM A; 3NHG A; 3K0S A; 3BZK A; 3OBW A; 3OY9 A; 1RT6 A; 4Y1C A; 2ZGZ A; 5KPR A; 3LP1 A; 3KK1 A; 3CER A; 3OYB A; 2VQF K; 3L3U A; 4C1N I; 4FVU A; 4CF1 A; 3TAF A; 1ILY A; 1RBT A; 4HCB A; 1NGE A; 4JEP A; 3PX0 A; 3DXK B; 3QNO A; 1S1W A; 3QB0 A; 4CJS A; 4F9O A; 4GVE A; 3G0Z A; 3KK7 A; 4H0Y B; 4B3M K; 4CVN E; 3PSI A; 2OTJ N; 3VEZ A; 1V4S A; 3AVA A; 2KKZ A; 1RBS A; 4FJI A; 5IWA K; 2X6S A; 3HP6 A; 3TWH A; 2PBD A; 3DLR A; 3H3N O; 3VTH A; 2ZF5 O; 1KAZ A; 3FE1 A; 4YOU A; 2P5O A; 5I3U A; 1NGB A; 3IG1 A; 1IJJ A; 4FSV A; 4H5W A; 4FJL A; 5LMU K; 4F2S A; 2HNZ A; 3L2R A; 1UA0 A; 3QO9 A; 3WNF A; 1NK4 A; 3A2F A; 3A0I X; 1RT4 A; 3TTC A; 3SK3 A; 3THY A; 4CJL A; 4DTX A; 1S6P A; 4A62 A; 3BY5 A; 3C94 A; 1KVB A; 3K9J A; 4F3T A; 3G6E N; 4KB0 A; 3ULD A; 3V9Z A; 2I5J A; 4ILG B; 4U67 L; 2XHB A; 3B8A X; 2WUS A; 3P4I A; 1C0F A; 4JV5 K; 3DI6 A; 3L2W A; 3CIP A; 2GWK A; 2OTL N; 1K8K B; 2YX6 A; 4CD1 A; 4CJF A; 4BY9 C; 2ZWH A; 1N5Y A; 5HRO A; 3ENO A; 3KWG A; 5A2Q O; 3LDS A; 2KW4 A; 4CJV A; 4Z4C A; 4HHT A; 1OH8 A; 1WAJ A; 1KCF A; 3EEQ A; 1XNQ K; 4LC9 B; 3SBT A; 2WON A; 3HRG A; 4BDP A; 4BRE A; 3ALY A; 4JI8 K; 3NF6 A; 3OBY A; 3HST B; 3HM8 A; 3O6W A; 1QSY A; 2FLO A; 4JNE A; 3O9S A; 5BN8 A; 3PIP L; 3WNG A; 3O9Q A; 5AQQ A; 4NXN K; 5KPT A; 1HQU A; 4DV2 K; 1YJN N; 4B1Z A; 3UKU A; 2G8K A; 2KLA A; 1DKG D; 4KB1 A; 3FFI A; 5BN9 A; 1HPM A; 3O4N A; 3TAG A; 4A5A A; 4ZHR A; 1S3X A; 4DQ8 A; 1VK0 A; 5AQZ A; 3ISN C; 2HNY A; 1UA1 A; 4PKH A; 4KAZ A; 2FBV A; 4FJM A; 3T19 A; 4IEE A; 3HI0 A; 2LSN A; 3C6U A; 4OLB A; 2F96 A; 3A5O C; 1KAX A; 1NKC A; 2IVP A; 3QEW A; 1TAU A; 4FW2 A; 1JCF A; 1VQ6 N; 1JXB A; 4JLH A; 2XY7 A; 4KPY A; 2PYJ A; 1NLV A; 1Q9X A; 1TV6 A; 1BU6 O; 3W3D A; 1BUP A; 4OPH A; 2P9I A; 5AQX A; 4LY7 A; 3ATV A; 2QXL A; 2VG7 A; 4DLG A; 3V4I A; 2ASO A; 4JI0 K; 2HHV A; 4H4M A; 4Q5V A; 4J8F A; 2W42 A; 1P90 A; 4M63 C; 4BR0 A; 4OKJ A; 2UXB K; 2QI2 A; 1VSK A; 3K9K A; 4B9T A; 2ATQ A; 1S6Q A; 1QQM A; 3OS2 A; 1BIZ A; 2BTF A; 4DTS A; 2HVH A; 2YHB A; 1LOT B; 3SLC A; 3IFR A; 3MEE A; 4GV9 A; 4MLH A; 4B9Q A; 4ELU A; 2IVN A; 3TAE A; 3KLI A; 2FF6 A; 3QER A; 1RCH A; 1X9W A; 2CGK A; 2F7T A; 1VQL N; 3AVG A; 4FLW A; 1ATR A; 2D0O A; 2PYL A; 4Y1D A; 4DR1 K; 3I0R A; 4KRF A; 5KRS A; 3D2E B; 3DXM B; 3SUP A; 3EL2 A; 2RHK A; 4EHU A; 2HHW A; 1EWQ A; 3E9P A; 4DS5 A; 1DTQ A; 3OS0 A; 2OZM A; 3HT3 A; 5AQN A; 5AZJ B; 4BRP A; 1QZ5 A; 2V52 B; 4WFN L; 1D4X A; 2QXF A; 2YNH A; 1LWC A; 3V1R A; 2CGJ A; 3D2E A; 2ASM A; 4FPA A; 4FLT A; 4DQI A; 1VQ9 N; 4DV0 K; 3RMD A; 1YI2 N; 5JS1 A; 1NJW A; 4B1U B; 3VQ8 A; 3T7Z A; 1T3V A; 3HSC A; 2G8H A; 1RDC A; 1JL2 A; 5F2R A; 1VQ7 N; 4GV3 A; 3VQA A; 4CE9 A; 4NB4 A; 5EX5 A; 2ASP A; 1D9F A; 1XMQ K; 4ID1 A; 1QQC A; 3NH2 A; 4CGI A; 2GWJ A; 1A5X A; 1ASW A; 5KPZ A; 4B9V A; 1ZYQ A; 4WE1 A; 3RRG A; 5C42 A; 3KD5 E; 3M8S A; 4CK1 A; 3C6H A; 2E2Q A; 4CF8 A; 2QM1 A; 3C6A A; 3TSU A; 3OYL A; 4WQ4 C; 2XY5 A; 3VMF B; 4PL8 A; 1VRU A; 3SYZ A; 3VA0 A; 4MQ3 A; 5ELZ A; 4C8K A; 4CJ3 A; 3H45 C; 3GL1 A; 3BDP A; 1JLC A; 3DLL L; 2X6N A; 5ADX A; 5GAD P; 4XEI A; 4CGJ A; 1X9J A; 3LAM A; 4JKB A; 3NH0 A; 3MXI A; 2BAN A; 5C0Y A; 3J7Z O; 5CZ2 A; 3TAM A; 5FPM A; 4IKF A; 1VQP N; 1YT3 A; 2JWL A; 2D5R A; 4FLZ A; 4FJ9 A; 3L6Q A; 1M1K O; 3MWT A; 3VGM A; 2EHG A; 4CD3 A; 4M45 A; 2P9N A; 1QQO A; 4CBW A; 4CJP A; 3VF6 A; 3FZM A; 3C0B A; 5M1P A; 4YDU A; 3MAQ A; 4BGA A; 5M1N A; 1B9F A; 1VAZ A; 4IBN A; 3KKS A; 1G15 A; 3OYD A; 1GLL O; 2JGU A; 2P9L A; 2O8E B; 3ZET B; 1NK7 A; 2E2O A; 5AQY A; 4A5B A; 2CH5 A; 3RSE B; 4CGG A; 4B9U A; 4JKA A; 4CJ4 A; 1L3U A; 3MX2 A; 4BRD A; 5J2P A; 3WXJ A; 1I94 K; 4KHQ A; 3WQU A; 2D0C A; 1TYQ B; 2BUP A; 2A3Z A; 4BDY A; 3TAB A; 3V81 A; 4KBO A; 3HPG A; 1T44 A; 2F8T A; 4IZ9 A; 1NK6 A; 2FBT A; 1GLD G; 4CIF A; 3WQT A; 4FJ5 A; 4OPJ A; 1REV A; 1FK9 A; 3H1Q A; 1KD1 O; 3KLF A; 4RW9 A; 3THW B; 1QE1 A; 4DUY K; 1J53 A; 4FW1 A; 4JKC A; 4RTF D; 4E7K A; 1N36 K; 3S3M A; 4CFB A; 3CG7 A; 2B6A A; 3GE1 A; 1EO1 A; 3VQ5 A; 4I2Q A; 3VN5 A; 1T6D A; 2BDP A; 1RTD A; 4CI6 A; 3AVN A; 3QDK A; 4C8O A; 2O8D B; 5D3G A; 3L2U A; 4BVO A; 4CZL A; 4DFJ A; 3PO4 A; 2OCE A; 5CYQ A; 4I9Q A; 1Y64 A; 4RW6 A; 5E26 A; 4W5N A; 1BI4 B; 4FLV A; 4LFB K; 4A2A A; 1QVG M; 2PZS A; 4FK2 A; 4M3Z A; 2P9K B; 4AM7 A; 2NUB A; 4IFE A; 4LFA K; 4JHD B; 3P5J A; 4OPK A; 3LDQ A; 5K14 A; 3MN5 A; 4CGD A; 3AVH A; 4CHQ A; 3CCR N; 2O8F A; 4AHR A; 4B8C A; 5T7B A; 3DMJ A; 4QS9 A; 3KK3 A; 4DSK A; 2UXC K; 1WLJ A; 3CCL N; 3DOL A; 4ISG A; 2HF4 A; 2QWM A; 4DSE A; 1U2V A; 5LJV A; 4CZH A; 3KJV A; 2P9K A; 2P9U B; 3ASM A; 3DLB A; 2FSK A; 1TK8 A; 2F9T A; 1X1P A; 4CW7 B; 1SUQ A; 3I56 N; 2FSJ A; 3FGU A; 3D2F A; 3VEX A; 3TU5 A; 2NNW A; 1UWB A; 4MFB A; 4BR9 A; 4DV7 K; 2Q1N A; 1ZBI A; 4M3X A; 1WSG A; 4YOY A; 1TKD A; 4FWS A; 1SV5 A; 3GOI A; 2P9U A; 4BC2 A; 5CR4 A; 2NRX A; 2E4L A; 1VQ4 N; 2P9S A; 4H5R A; 1X9S A; 2D1K A; 1JLA A; 3ZYY X; 4CES A; 4DTN A; 1LCU A; 3QLH A; 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