The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
132
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structure length |
132
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Chain Sequence |
NYFSRMLRGEAPVPAVAGTLGGVIRAVDLEAGSLESDYVATDAFLNPVGQVQGGMLGAMLDDVTAMLVTATLEDGASCSTLNLNLSFLRPAQAGLLRGRARLERRGRNVCNVVGELSQDGKLVATATATCMV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Phenylacetic acid degradation-related protein
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| publication title |
Crystal structure of Phenylacetic acid degradation-related protein (YP_298971.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 2.20 A resolution
rcsb |
| source organism |
Ralstonia eutropha jmp134
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| total genus |
24
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| structure length |
132
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| sequence length |
132
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13622 | 4HBT_3 | Thioesterase-like superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Thiol Ester Dehydrase; Chain A | Hotdog Thioesterase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NJK A; 3KW1 A; 3KH8 A; 4K02 A; 5HWF A; 2FS2 A; 3KUV A; 4WNB B; 1Q4S A; 1C8U A; 5EGK A; 5T02 A; 4RLJ A; 4IEN A; 4MOC A; 5EGJ A; 5EP5 A; 3P3F A; 4ZW0 A; 4B0I A; 2QQ2 A; 4K49 A; 2XFL A; 2O5U A; 4QD9 A; 2W3X A; 4QD8 A; 4ZJB A; 4FFU A; 1LO9 A; 3F1T A; 4A0Y A; 3R35 A; 4K4A A; 4RV2 B; 4MTU A; 2EIS A; 5T06 A; 2GLL A; 3QY3 A; 3R3C A; 3LMB A; 4W78 B; 1VH9 A; 1IXL A; 3HMJ G; 4I82 A; 4AE8 A; 3WEW A; 2HX5 A; 2V1O A; 2VKZ G; 1YLI A; 2B6E A; 3R3D A; 2O6B A; 4RLT B; 4I45 A; 2GLM A; 3F5O A; 1MKB A; 1PN2 A; 2GF6 A; 2C2I A; 1SBK A; 3KHP A; 3R3F A; 4ZRB A; 5EO4 A; 1VH5 A; 5T07 A; 3S4K A; 3DP1 A; 4RLJ B; 3Q62 A; 2CWZ A; 5HMB A; 1Q6W A; 1SC0 A; 4YBV A; 2F3X A; 3D6X A; 4GAH A; 2EGI A; 5EO2 A; 4RLU B; 4XY5 A; 2BI0 A; 2Q2B A; 3KVU A; 2NUJ A; 4ZRF A; 3P2S A; 4B0J A; 4RLU A; 3R37 A; 3BJK A; 5BUY A; 3K67 A; 4GAK A; 3BNV A; 2Q78 A; 2B3M A; 2CY9 A; 2AV9 A; 1Q4U A; 4XY6 A; 1WN3 A; 4QD7 A; 5F6R A; 4B0B A; 4NCP A; 1TBU A; 2F41 A; 2PZH A; 5KL9 A; 3AZA A; 3P2Q A; 3R36 A; 1WLV A; 3LW3 A; 5BUX A; 5BYU A; 3KUW A; 4M20 A; 2CYE A; 2EGR A; 4K4B A; 5HD6 A; 3LWG A; 3ESI A; 3OML A; 2GVH A; 1ZHG A; 2UV8 G; 4B0C A; 1S9C A; 3NWZ A; 3DP3 A; 4B8U A; 4FQ9 A; 1Q4T A; 3GEK A; 2FUJ A; 3P2R A; 3R32 A; 1LO7 A; 5SZY A; 1IQ6 A; 2HBO A; 4QDB A; 1J1Y A; 4HZP A; 2GLV A; 3DOZ A; 2DSL A; 2OWN A; 2O6U A; 3CK1 A; 3LBE A; 3SPS A; 5EGL A; 4H4G A; 2O6T A; 3D6L A; 4RLW A; 3AZ9 A; 5SZU A; 2GLP A; 3E29 A; 2QWZ A; 1LO8 A; 2ESS A; 5HZ4 A; 1S5U A; 3IR3 A; 3KV7 A; 2OV9 A; 3TEA A; 1YOC A; 3KX8 A; 2XEM A; 1VPM A; 3KVZ A; 4RMM A; 1VI8 A; 2PIM A; 5CPG A; 5DM5 A; 4AE7 A; 2OKH A; 3AZB A; 1Y7U A; 2EGJ A; 4CL6 A; 1ZKI A; 3DP0 A; 3R87 A; 1WLU A; 4MOB A; 5SZV A; 2OKI A; 3AZ8 A; 2OIW A; 3LBB A; 1T82 A; 4ORD A; 3KVI A; 3KX7 A; 1PN4 A; 3E1E A; 3E8P A; 4HZN A; 3HDU A; 3QOO A; 3D04 A; 4I83 A; 2F0X A; 5DIO A; 3DOY A; 4RLW B; 4WNB A; 4HZO A; 1PSU A; 3CF8 A; 1U1Z A; 4KEH A; 1MKA A; 4A0X A; 1BVQ A; 1WM6 A; 3B7J A; 3CF9 A; 3P3I A; 3R3A A; 4K00 A; 5HMC A; 2H4U A; 3LZ7 A; 4QDA A; 3HM0 A; 3EXZ A; 3KV8 A; 3B7K A; 4A0Z A; 5SZZ A; 2HLJ A; 4K4D A; 4E3E A; 4RV2 A; 2PRX A; 3ED0 A; 3KG8 A; 3R34 A; 4W78 A; 4OOB A; 5BUW A; 4I4J A; 1Z6B A; 4A12 A; 3R3B A; 3DKZ A; 4MZQ A; 4K4C A; 4ZV3 A; 3DP2 A; 2OAF A; 1Z54 A; 4RLT A; 1SH8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S6P A; 1NJK A; 3KW1 A; 3KH8 A; 4K02 A; 5HWF A; 2FS2 A; 3KUV A; 4WNB B; 1Q4S A; 1C8U A; 5EGK A; 5T02 A; 4RLJ A; 4IEN A; 4MOC A; 5EGJ A; 5EP5 A; 3P3F A; 4ZW0 A; 4B0I A; 2QQ2 A; 4K49 A; 2XFL A; 2O5U A; 5E1V A; 4QD9 A; 2W3X A; 4QD8 A; 4ZJB A; 4FFU A; 1LO9 A; 3F1T A; 4A0Y A; 3R35 A; 4K4A A; 4RV2 B; 4MTU A; 2EIS A; 5T06 A; 3ZH7 B; 3KG9 A; 2GLL A; 3KG6 A; 3QY3 A; 3LMB A; 3R3C A; 1VH9 A; 1IXL A; 4W78 B; 4I82 A; 4AE8 A; 3WEW A; 5BYU A; 3HMJ G; 2HX5 A; 2V1O A; 2VKZ G; 1YLI A; 3FRN A; 2B6E A; 4OOC A; 3R3D A; 2O6B A; 2QQP A; 4RLT B; 3KG7 A; 4I45 A; 2GLM A; 3F5O A; 1MKB A; 1PN2 A; 2GF6 A; 2C2I A; 1SBK A; 3KHP A; 3R3F A; 4ZRB A; 5EO4 A; 1VH5 A; 5T07 A; 3S4K A; 3DP1 A; 4R4U A; 4RLJ B; 3Q62 A; 2CWZ A; 5HMB A; 1Q6W A; 4LN9 A; 4U3V A; 1SC0 A; 4YBV A; 2F3X A; 3D6X A; 4GAH A; 2EGI A; 5EO2 A; 4RLU B; 4XY5 A; 2BI0 A; 2Q2B A; 3KVU A; 2NUJ A; 4ZRF A; 3ZH6 A; 4R9Z A; 3P2S A; 3B18 A; 4B0J A; 4RLU A; 3R37 A; 3BJK A; 2VZ9 A; 5BUY A; 3K67 A; 4GAK A; 3BNV A; 2Q78 A; 2B3M A; 2CY9 A; 3HRR A; 2AV9 A; 1Q4U A; 4XY6 A; 1WN3 A; 4QD7 A; 5F6R A; 4B0B A; 4NCP A; 1TBU A; 2F41 A; 2PZH A; 5KL9 A; 3AZA A; 3P2Q A; 3R36 A; 1WLV A; 3EL6 A; 2PFC A; 3LW3 A; 3KUW A; 4M20 A; 2CYE A; 2EGR A; 4K4B A; 5HD6 A; 3LWG A; 3ESI A; 5BP3 A; 3OML A; 2GVH A; 1ZHG A; 2UV8 G; 4B0C A; 1S9C A; 3NWZ A; 3DP3 A; 4B8U A; 4FQ9 A; 1Q4T A; 3GEK A; 2FUJ A; 3P2R A; 3R32 A; 3ZH5 A; 1LO7 A; 5SZY A; 1IQ6 A; 1OHF A; 2HBO A; 4QDB A; 1J1Y A; 4HZP A; 2GLV A; 3DOZ A; 2DSL A; 2OWN A; 2O6U A; 3CK1 A; 3LBE A; 3SPS A; 5EGL A; 4H4G A; 3RD7 A; 2O6T A; 3D6L A; 4RLW A; 3AZ9 A; 5SZU A; 2GLP A; 3E29 A; 2QWZ A; 1LO8 A; 2ESS A; 5HZ4 A; 5KKU A; 1S5U A; 3IR3 A; 3KV7 A; 2OV9 A; 3TEA A; 1YOC A; 3KX8 A; 2XEM A; 1VPM A; 3KVZ A; 4RMM A; 1VI8 A; 2PIM A; 5CPG A; 5DM5 A; 4AE7 A; 2OKH A; 3AZB A; 1Y7U A; 2EGJ A; 3RQB A; 4CL6 A; 1ZKI A; 3DP0 A; 3R87 A; 1WLU A; 4MOB A; 4QFW A; 5SZV A; 2OKI A; 3AZ8 A; 2OIW A; 3LBB A; 1T82 A; 3CJY A; 4ORD A; 3KVI A; 3HRQ A; 3KX7 A; 1PN4 A; 3E1E A; 3E8P A; 4HZN A; 3HDU A; 3QOO A; 3D04 A; 4I83 A; 4KC5 A; 2F0X A; 5DIO A; 2VZ8 A; 3DOY A; 4RLW B; 4WNB A; 5BP2 A; 4HZO A; 1PSU A; 3CF8 A; 1U1Z A; 4KEH A; 1MKA A; 4A0X A; 1BVQ A; 1WM6 A; 3B7J A; 3CF9 A; 3P3I A; 3R3A A; 4K00 A; 5HMC A; 2H4U A; 3LZ7 A; 4QDA A; 3HM0 A; 3EXZ A; 3KV8 A; 3B7K A; 3BBJ A; 4A0Z A; 5SZZ A; 2HLJ A; 4K4D A; 4E3E A; 4RV2 A; 3ZH7 A; 2PRX A; 3ED0 A; 3KG8 A; 3R34 A; 4W78 A; 4OOB A; 5BUW A; 4I4J A; 1Z6B A; 4A12 A; 3R3B A; 3DKZ A; 4MZQ A; 4K4C A; 3U0A A; 4ZV3 A; 3DP2 A; 5BUX A; 2OAF A; 1Z54 A; 4RLT A; 1SH8 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1NJK A; 3KW1 A; 3KH8 A; 4K02 A; 5HWF A; 2FS2 A; 3KUV A; 4WNB B; 1Q4S A; 1C8U A; 5EGK A; 5T02 A; 4RLJ A; 4IEN A; 4MOC A; 5EGJ A; 5EP5 A; 3P3F A; 4ZW0 A; 4B0I A; 2QQ2 A; 4K49 A; 2XFL A; 2O5U A; 4QD9 A; 2W3X A; 4QD8 A; 4ZJB A; 4FFU A; 1LO9 A; 3F1T A; 4A0Y A; 3R35 A; 4K4A A; 4RV2 B; 4MTU A; 2EIS A; 5T06 A; 2GLL A; 3QY3 A; 3R3C A; 3LMB A; 4W78 B; 1VH9 A; 1IXL A; 3HMJ G; 4I82 A; 4AE8 A; 3WEW A; 2HX5 A; 2V1O A; 2VKZ G; 1YLI A; 2B6E A; 3R3D A; 2O6B A; 4RLT B; 4I45 A; 2GLM A; 3F5O A; 1MKB A; 1PN2 A; 2GF6 A; 2C2I A; 1SBK A; 3KHP A; 3R3F A; 4ZRB A; 5EO4 A; 1VH5 A; 5T07 A; 3S4K A; 3DP1 A; 4RLJ B; 3Q62 A; 2CWZ A; 5HMB A; 1Q6W A; 1SC0 A; 4YBV A; 2F3X A; 3D6X A; 4GAH A; 2EGI A; 5EO2 A; 4RLU B; 4XY5 A; 2BI0 A; 2Q2B A; 3KVU A; 2NUJ A; 4ZRF A; 3P2S A; 4B0J A; 4RLU A; 3R37 A; 3BJK A; 5BUY A; 3K67 A; 4GAK A; 3BNV A; 2Q78 A; 2B3M A; 2CY9 A; 2AV9 A; 1Q4U A; 4XY6 A; 1WN3 A; 4QD7 A; 5F6R A; 4B0B A; 4NCP A; 1TBU A; 2F41 A; 2PZH A; 5KL9 A; 3AZA A; 3P2Q A; 3R36 A; 1WLV A; 3LW3 A; 5BUX A; 5BYU A; 3KUW A; 4M20 A; 2CYE A; 2EGR A; 4K4B A; 5HD6 A; 3LWG A; 3ESI A; 3OML A; 2GVH A; 1ZHG A; 2UV8 G; 4B0C A; 1S9C A; 3NWZ A; 3DP3 A; 4B8U A; 4FQ9 A; 1Q4T A; 3GEK A; 2FUJ A; 3P2R A; 3R32 A; 1LO7 A; 5SZY A; 1IQ6 A; 2HBO A; 4QDB A; 1J1Y A; 4HZP A; 2GLV A; 3DOZ A; 2DSL A; 2OWN A; 2O6U A; 3CK1 A; 3LBE A; 3SPS A; 5EGL A; 4H4G A; 2O6T A; 3D6L A; 4RLW A; 3AZ9 A; 5SZU A; 2GLP A; 3E29 A; 2QWZ A; 1LO8 A; 2ESS A; 5HZ4 A; 1S5U A; 3IR3 A; 3KV7 A; 2OV9 A; 3TEA A; 1YOC A; 3KX8 A; 2XEM A; 1VPM A; 3KVZ A; 4RMM A; 1VI8 A; 2PIM A; 5CPG A; 5DM5 A; 4AE7 A; 2OKH A; 3AZB A; 1Y7U A; 2EGJ A; 4CL6 A; 1ZKI A; 3DP0 A; 3R87 A; 1WLU A; 4MOB A; 5SZV A; 2OKI A; 3AZ8 A; 2OIW A; 3LBB A; 1T82 A; 4ORD A; 3KVI A; 3KX7 A; 1PN4 A; 3E1E A; 3E8P A; 4HZN A; 3HDU A; 3QOO A; 3D04 A; 4I83 A; 2F0X A; 5DIO A; 3DOY A; 4RLW B; 4WNB A; 4HZO A; 1PSU A; 3CF8 A; 1U1Z A; 4KEH A; 1MKA A; 4A0X A; 1BVQ A; 1WM6 A; 3B7J A; 3CF9 A; 3P3I A; 3R3A A; 4K00 A; 5HMC A; 2H4U A; 3LZ7 A; 4QDA A; 3HM0 A; 3EXZ A; 3KV8 A; 3B7K A; 4A0Z A; 5SZZ A; 2HLJ A; 4K4D A; 4E3E A; 4RV2 A; 2PRX A; 3ED0 A; 3KG8 A; 3R34 A; 4W78 A; 4OOB A; 5BUW A; 4I4J A; 1Z6B A; 4A12 A; 3R3B A; 3DKZ A; 4MZQ A; 4K4C A; 4ZV3 A; 3DP2 A; 2OAF A; 1Z54 A; 4RLT A; 1SH8 A;
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