2PK5A

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i ) in complex with kni-10075
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Compensating enthalpic and entropic changes hinder binding affinity optimization.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pk5A00
5SZ9A 3I25A 4Y36A 3NU5A 5P13A 4RGHA 2OHRA 1QBRA 1XE6A 2A4FA 3TKWA 4Y5AA 4DQCA 5P6UA 5I3VA 5P2TA 4QJ2A 3GGVA 5P1NA 5OZQA 1QRPE 2OF0A 2AZ8A 5P8TA 1A9MA 2P4JA 2VNMA 5HE5A 2AOGA 1E81E 3D20A 2VIYA 5OZ7A 5P08A 2IGYA 5P8RA 5P3OA 2PYMA 4YE3A 4RVXA 3S7LA 3WZ8A 3EL9A 4OBZA 3AUPA 5OZVA 2HC0A 5P4CA 5P64A 3UQXA 2AVQA 2BPWA 3JVYA 2ZHTA 1HSGA 4FSLA 5P6SA 1EC0A 1HSHA 1EBWA 1YM2A 1OEWA 4YBIA 5P2MA 4QJ7A 4TRWA 3LNKA 5P39A 5P1OA 3PHVA 3OQDA 4Y47A 4DJQA 2NXLA 1WBMA 5P20A 2IRZA 5P5YA 5P65A 5JODA 5P23A 1EBZA 3N3IA 1GVXA 1EPPE 1HVLA 5DGWA 3KDCA 4DJRA 3HVPA 2ZHUA 5HCOA 4OBGA 5P1FA 3KF0A 2B7FA 5KAOA 4R91A 3UDQA 5HDUA 1MPPA 3O9HA 5P55A 3UQUA 1BAIA 3EL4A 5OYUA 4B72A 3SM2A 1BVGA 4APEA 5P0OA 3D1XA 2V16C 1GNMA 3T3CA 4RVJA 5P31A 1AM5A 3VYFA 3NSHA 3LHGA 2BBBA 2BKTA 2HAHA 3NDUA 5P56A 2IKUA 3R1GB 4EPJA 4J1EA 1B5FA 5P11A 3OQ7A 5P2UA 3CYXA 2Z54A 2Z4OA 2V11C 4R92A 2UXZA 4N00A 5P5FA 5OYYA 3LZSA 4Y38A 2IDWA 5P42A 5IVTA 5P26A 5P2DA 2PWCA 2ZYEA 1WBKA 4AZYA 1LF2A 4NPUA 3OXVA 4Y4WA 5P1CA 3OXXA 5OZJA 1EBYA 3I7EA 3KMYA 3WZ6A 3SA6A 4EYRA 1BV9A 1KJGA 1MIQA 1T6GA 5P2ZA 2IGXA 2QZKA 3INDA 1D4LA 3ZMGA 5OZEA 5P8MA 4CPTA 2FXEA 2QU2A 1FGCC 4YOAA 1SH9A 3HD8A 3UDYA 3S8IA 4D88A 3PSUA 1J71A 5P2AA 4Y48A 3EM3A 1FFIC 2RENA 3NWXA 5P6BA 1IDBA 4J1HA 2QMDA 3EKTA 3EKYA 2O40A 5P4EA 4MC6A 5P1DA 4JOOA 3WB4A 3G70A 5P47A 3S53A 5P30A 5P3YA 4FS4A 3O9DA 1NSOA 4J17A 2V0ZC 4Y4GA 1HOSA 2AVMA 5EZZA 2VJ7A 3O9IA 4I0ZA 1LYWB 3GI0A 1GNNA 3SLZA 3EKVA 5P3EA 2ER7E 2FGVA 5P4HA 4Y44A 5ISJA 4HEGA 2P3BA 4ZPGA 2ER6E 3EL0A 2G1RA 2CEMA 5P50A 2QZLA 5P7JA 4RZ1A 4FRJA 5DQ1A 4DUSA 3EKWA 3FKTA 5P5HA 5P80A 3T7PA 3IXOA 5P1AA 1ZAPA 3PEPA 1PFZA 4U7VA 5J25A 2AZ9A 3QIHA 7HVPA 5HDZA 3L5BA 3L5EA 3QVCA 4OBZB 4AUCA 5P8BA 5P18A 5P8HA 1SBGA 2QMFA 1T3RA 5P53A 3QROA 5P19A 1MSMA 5P4IA 2AOIA 3S56A 2FS4A 2IEOA 4L7GA 5P0WA 4H3JA 4Y57A 4XX4A 4TRYA 3ST5A 5P34A 4PEPA 2NNKA 3PBDA 4Y41A 2F80A 3KT2A 1K2CA 3KFSA 1NPWA 5OZ6A 5KQXA 5P4TA 3UFLA 5P7IA 4YA8A 4EJ8A 5P0UA 1T7KA 4ACUA 4X7IA 2APRA 1MESA 5OZZA 1SMEA 4GJCA 1HVKA 1LEEA 5P49A 3WSJA 5P1YA 4D83A 3URJA 4DQHA 2AOFA 1MEUA 5P6CA 1SMRA 2IL2A 5B18A 3DJKA 1FMXA 1CMSA 2HS1A 5C9BA 4TVGA 1ZJ7A 1D4HA 4FRIA 3IN3A 4L1AA 2AODA 3NU6A 3RSVA 5P5IA 3K1WA 2NPHA 1NH0A 4YD7A 3JW2A 3APRE 5P1TA 5P2XA 1EPLE 4NJTA 1SIPA 4GJAA 4Y4EA 3SAAA 4YD6A 1ZSRA 5C9FA 4NJUA 1C6YA 3UQWA 5P1JA 2H6TA 5KR0A 1HVRA 5OYVA 4NKKA 5AHAA 1W51A 1B5FB 3OUAA 5P0ZA 4GYEA 4Z2ZA 1HVHA 3OXWA 3VF5A 5P4SA 2Q15A 1W6IA 1Q9PA 1D4JA 1D4YA 3LIYA 5P67A 1ZBGA 4J5JA 5P8AA 5BS4A 1C6ZA 3ZOVA 3ZPUA 3LIZA 4HLAA 4ZPFA 4HDFA 2FDDA 3SACA 1LS5A 2QAKA 5SXNA 2NXMA 5P2YA 1BXOA 4R8YA 1AZ5A 2FNSA 2BPYA 2ZHRA 5OZMA 4I8WA 3KDDA 5P7HA 5P78A 5OZGA 5P03A 4KB9A 5OZXA 3UFNA 5P4VA 2QNQA 5P5CA 3UQRA 2I0DA 5P29A 1YM4A 3PM4A 5IS4A 1RQ9A 1MUIA 1SDUA 2G22A 4Y35A 3SKGA 2HPEA 3URIA 3DV1A 3AIDA 3OU3A 2P3CA 5P3VA 4Y37A 1TQFA 3KFPA 3OOZA 2PYNA 5FIVA 4M8XA 2G94A 2JXRA 2PH8A 2WEDA 3KA2A 4MC9A 4RRNA 1BBSA 4Q1NA 2QZXA 5P7WA 1META 4LXMA 5OZ4A 4Y3TA 2P3BB 1MTBA 2BJUA 1BIMA 4RCEA 4EQJA 4R95A 1TZSA 5KQFA 3PCZA 5HU1A 4B1CA 1ENTE 3O9LA 4LHHA 2ZE1A 5P7MA 2VNNA 3ZKXA 2OHTA 4Y3WA 1U8GA 4OD9A 1QBTA 5P5XA 2CEJA 4RCDA 5P6KA 2I4QA 4Y4AA 1IZEA 3ZLQA 1LV1A 3C9XA 3O9AA 4MC2A 1GVTA 5P7QA 5P4KA 4J1CA 1K6PA 4XX3A 1DMPA 1MERA 4B1EA 4XXSA 5OZNA 1A8GA 5P5TA 3IVHA 2VIEA 2VIZA 3BHEA 3HDKA 4RYGA 5F01A 5P1GA 4GJ6A 5P06A 2VJ9A 5P8LA 4EJDA 4BFDA 5P5BA 2A1EA 4K8SA 3GI4A 1HIIA 5P3XA 3UTLA 3OY4A 6FIVA 1UH8A 3ECGA 5P1PA 1SGZA 5P7ZA 5P6RA 1CZIE 3LIVA 5P8EA 5P7YA 4BFBA 3HVGA 4L1AB 4QJ6A 3VV6A 3NDTA 2AVOA 1BILA 4WY1A 1LYAB 3TKGA 5KOSA 4FLGA 4QJ8A 5P72A 1EPQE 2QNNA 4Y3AA 1D4KA 3UCBA 3VV7A 5P05A 4ZSQA 3RU1A 5P0KA 4I12A 5P3PA 2G1NA 3KFRA 1T7JA 5P0BA 1E82E 2G69A 4GMIA 3EBZA 4FIVA 5DGUA 4D8CA 1F34A 1YX9A 2OHPA 4L7JA 4YDGA 3Q6YA 3SFCA 1DPJA 5P60A 2NMZA 5ER1E 5P6VA 3K5FA 3R0WA 3EC0A 3MSKA 2F81A 4I0JA 4Y5BA 3SM1A 4B1DA 1M43A 2OHUA 5DR1A 5P7NA 3TH9A 3U6AA 5P04A 3R2FA 5I70A 3Q4BA 4GB2A 3RVIA 2WF0A 1MRWA 4U8WA 3TNEA 5AH6A 2I4WA 1XN3A 1EPNE 5AHBA 5P4PA 1A30A 4DJWA 2OAHA 5P38A 5P3GA 4I0EA 1BDLA 1MVPA 1ODWA 5P12A 5OZPA 3VV8A 5P1UA 3TPRA 3SA8A 4E43A 2AOHA 3O9CA 2BPVA 1IZDA 1G35A 2I4DA 3JVWA 5OZHA 4FGXA 5P7SA 2JE4A 2F3KA 1UH7A 2PWRA 1QDMA 2EWYA 3ZPTA 3U71A 3UHLA 5P8DA 4DVFA 4Y39A 5P7KA 1YG9A 4ZPEA 2PH6A 1VIJA 5P5RA 2Q3KA 1TCXA 5P14A 2BPXA 3S43A 3T6IA 3PGIA 4FRKA 4TVHA 2V00A 3IVIA 2G1OA 5P1QA 5P1KA 2ZHSA 2ZDZA 5P51A 1B6KA 1QBSA 5P1WA 5P3KA 3VFAA 2AOJA 5P57A 5P86A 5P5SA 2J9JA 2OHKA 2WEZA 4Z22A 2B8VA 1ME6A 1W5VA 1KJ4A 2IQGA 5P07A 5P7XA 1APTE 5P7GA 3ZKIA 5DR7A 1HHPA 2BPZA 1AXAA 3HBOA 5P2SA 2HB3A 5P5VA 2NTRA 5P5QA 2ER9E 5P2EA 5P1ZA 3HAUA 4PYVA 1ODXA 2AQUA 3O9LB 4HA5A 3L5CA 5P4MA 2F3FA 4Y3QA 5P24A 4OD9B 1T7IA 1BWBA 4Y4TA 4JP9A 5P01A 1XN2A 3ZPSA 1FLHA 2O4KA 4RYCA 1XDHA 4ZIPA 1FQ8A 1FMBA 2IENA 5P8VA 2QI5A 4GZFA 4RRSA 5SY2A 4EXHA 1AVFA 5P0NA 5BWYA 3UDRA 5P63A 1C6XA 5P2GA 1PPKE 4HVPA 3DCKA 4KE1A 4MC1A 2UY0A 3FNTA 3OWNA 1D4IA 2VS2A 4EQ0A 3KN0A 1TSQA 1K1UA 5AH7A 4ZSRA 5P71A 4CPWA 2FNTA 3NYGA 1Z1HA 5P7LA 2XFJA 1ZP8A 5P2IA 2FGUA 4DQBA 5P45A 2QD8A 5P83A 5P7TA 4YHQA 2BQVA 5P8GA 4H3IA 4I10A 4Y4DA 3FNSA 5P7DA 2VKMA 3BXRA 5P28A 6UPJA 1D4SA 5P5GA 5P0LA 4AA9A 5OZ3A 1EPME 3R0YA 5P3NA 1KJFA 3SA7A 2IKOA 1YTJA 4Y56A 4Y5KA 2XFIA 2R5PA 3A2OA 1T6EX 4CKUA 4LAPA 4B0QA 2F3EA 4OBHA 4EJKA 4ZSMA 3VG1A 4EP2A 4Z50A 3GGUA 3QS1A 4YD4A 5P1RA 5P6FA 5P8OA 3QBFA 1HPOA 3KMXA 4Y5EA 2H6SA 4Y3JA 5P7OA 3CKPA 5P3QA 1Z1RA 2PQZA 2VA5A 5P74A 3HLOA 5P6DA 1EAGA 5P3MA 3QI1A 3S7MA 4Q5MA 5HE4A 4KE0A 3BXSA 4H3FA 2G1YA 2JJIA 2PMAA 1FQ4A 5P7FA 5JFPA 4NPTA 3TPLA 3MSLA 4HDPA 5P8NA 3M9FA 5P2OA 3LPKA 5ER2E 5P6XA 5P87A 4COEA 5P6TA 1HTEA 1BWAA 4J1IA 4ZSPA 3CIDA 5P25A 5P4QA 4DQFA 1IBQA 2OHLA 1K6CA 4FAFA 3VLBA 3UDJA 4M8YA 5P66A 3S43B 5P00A 3SABA 3CMSA 1DIFA 3OTYA 5P3ZA 4Z4XA 5P0RA 2B8LA 1HXBA 1NPAA 5P6OA 2V10C 3NDXA 2J9JB 2WF1A 4Y3DA 2QD7A 3NWQA 1ZSFA 3OAGA 2ZJMA 1TSUA 5OZ1A 4GJ7A 5P0JA 3Q3TA 2R3TA 4EHCA 3SA3A 4Y3FA 3QBHA 3OXCA 4EXGA 3DM6A 3QN8A 2AZBA 5DQ2A 5P5MA 2HIZA 1G0VA 1MT7A 5P5PA 2Q63A 3PMUA 4PHVA 2ZHVA 1IZIA 3CYWA 4Y53A 3G6ZA 2ANLA 3NU9A 4K4RA 4OBJA 5P2LA 5P4JA 2AIDA 2QI0A 5P6MA 2PC0A 5DPZA 2V13A 3MWSA 1B6LA 2XYEA 5DQ4A 5ENMA 2UPJA 2QD6A 5P4FA 1FG6C 2WF4A 2QHCA 4YD3A 5P6IA 3EL1A 3L38A 5TOLA 4LBTA 3HW1A 1GVVA 2Q64A 2QI4A 5P4LA 3U7SA 1GNOA 3HAWA 3OGPA 1PPLE 5P5LA 5I3XA 4YBFA 2QHZA 1K1TA 3K5CA 4DJYA 5OZIA 1B11A 5OZFA 3S85A 1W5XA 3I6OA 3KFNA 4F73A 5CLMA 3INEA 3SA4A 3GI5A 5P3RA 1HTFA 5P73A 5P7VA 3FIVA 3HZCA 5P09A 1G6LA 3PLDA 1W6HA 4IVTA 4D85A 3IA9A 4Y3XA 1N49A 4K9HA 4BELA 1YTGA 3L58A 5OZTA 5P0GA 5AH8A 5P2FA 5P54A 3SA9A 5KR2A 2OHMA 1ZPKA 3IN4A 3OHHA 3PI5A 5P5JA 2O4NA 1AJXA 5OYQA 4A6CA 2ZJKA 1YTHA 3UDMA 2QI6A 1G2KA 3VF7A 1HEFE 2I0AA 1FQXA 3K4VA 3TTPA 5OZ2A 1YT9A 3PWMA 5P0EA 4FL8A 5P5ZA 3VSXA 4PZWA 5P37A 3O9FA 5P2NA 5P3UA 5P3IA 2Q54A 4DFGA 5COPA 2RSPA 3D1YA 1DP5A 5HVPA 4Y3HA 5P02A 3UDNA 1PPME 1XL2A 4RVIA 1EPRE 1OEXA 3GGXA 5P5KA 4Y5LA 3OQKA 5P41A 3QRSA 5DQCA 1GKTA 5P8JA 4RCFA 3GW5A 3O99A 5P1XA 5P8IA 1UH9A 1JLDA 1LF3A 1XE5A 5P6AA 3PBZA 5OYSA 4NJVA 4Y5PA 3NLSA 1HVSA 3D1ZA 3UPJA 2ZJHA 4CPUA 2QI1A 3I8WA 5P4NA 5P3FA 4Y3LA 5P6GA 3H0BA 2WF2A 4QLHA 5P3BA 4HZTA 3QRMA 5P27A 5HDXA 4Y3PA 1FIVA 5P77A 3LZVA 5P4ZA 1MT8A 5P16A 2RMPA 4DJVA 4JPCA 2FIVA 1B6PA 2O4LA 4FE6A 3Q70A 4YCYA 5P5OA 3WB5A 2JYSA 1HRNA 5P8SA 5OZ5A 3SKFA 5P76A 5P1VA 4DJXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SZ9 A;  3I25 A;  4Y36 A;  3NU5 A;  5P13 A;  4RGH A;  2OHR A;  1QBR A;  1XE6 A;  2A4F A;  3TKW A;  4Y5A A;  4DQC A;  5P6U A;  5I3V A;  5P2T A;  4QJ2 A;  3GGV A;  5P1N A;  5OZQ A;  1QRP E;  2OF0 A;  2AZ8 A;  5P8T A;  1A9M A;  2P4J A;  2VNM A;  5HE5 A;  2AOG A;  1E81 E;  3D20 A;  2VIY A;  5OZ7 A;  5P08 A;  2IGY A;  5P8R A;  5P3O A;  2PYM A;  4YE3 A;  4RVX A;  3S7L A;  3WZ8 A;  3EL9 A;  4OBZ A;  3AUP A;  5OZV A;  2HC0 A;  5P4C A;  5P64 A;  3UQX A;  2AVQ A;  2BPW A;  3JVY A;  2ZHT A;  1HSG A;  4FSL A;  5P6S A;  1EC0 A;  1HSH A;  1EBW A;  1YM2 A;  1OEW A;  4YBI A;  5P2M A;  4QJ7 A;  4TRW A;  3LNK A;  5P39 A;  5P1O A;  3PHV A;  3OQD A;  4Y47 A;  4DJQ A;  2NXL A;  1WBM A;  5P20 A;  2IRZ A;  5P5Y A;  5P65 A;  5JOD A;  5P23 A;  1EBZ A;  3N3I A;  1GVX A;  1EPP E;  1HVL A;  5DGW A;  3KDC A;  4DJR A;  3HVP A;  2ZHU A;  5HCO A;  4OBG A;  5P1F A;  3KF0 A;  2B7F A;  5KAO A;  4R91 A;  3UDQ A;  5HDU A;  1MPP A;  3O9H A;  5P55 A;  3UQU A;  1BAI A;  3EL4 A;  5OYU A;  4B72 A;  3SM2 A;  1BVG A;  4APE A;  5P0O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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