2PK6A

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i) in complex with kni-10033
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Compensating enthalpic and entropic changes hinder binding affinity optimization.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pk6A00
4DJXA 1FFIC 2JE4A 4L6BA 2PSGA 2I4XA 4Z22A 4F76A 3EXOA 1F34A 2AOIA 1YG9A 5P4IA 4Y4UA 4EPJA 5P7EA 3LINA 4FGXA 4RVXA 1RL8A 3GGXA 3UFNA 4YD6A 5P6BA 5P3AA 5P6PA 2WL0A 3RVIA 5C9DA 3O9HA 4FSEA 5P2TA 3HBOA 3ZPUA 5P0MA 5P08A 5HU0A 3TKWA 4FRJA 2VA6A 1IZHA 5P53A 2FXEA 3EMYA 3EM3A 5P3BA 5P8OA 5P30A 1XE5A 3KDDA 2AVOA 3VSWA 3LIXA 2VIYA 5P4OA 5P0SA 2QK5A 1AXAA 2QMDA 3UTLA 4YDFA 1D4HA 3SO9A 1AJVA 4Y4TA 2I4VA 1HTEA 1ZPKA 4Y5NA 2G21A 1HPOA 5P89A 4B72A 4QGIA 5SY3A 3OU1B 5P11A 5P07A 2QNPA 4DH6A 5P16A 4Y43A 3PBDA 5P4HA 4Y4DA 1M4HA 5P6LA 4NPTA 4EYRA 3UQXA 1SMRA 5P6VA 1APVE 4HLAA 3ZPTA 6UPJA 1XS7D 4KB9A 5P0QA 4LC7A 4I0IA 3HVGA 3I25A 1BIMA 4F75A 1M43A 3QRVA 5P47A 2IRZA 4OC6B 3T7XA 5CONA 3EL5A 3S7LA 1HIHA 5ENMA 5P6AA 2EWYA 5P5BA 3VG1A 5P41A 3L5EA 4EHCA 5P01A 3Q5HA 5P8HA 2Q5KA 3OU4A 4RYCA 3EKWA 4EXHA 2WEAA 4B78A 4BFDA 5P0CA 2SAMA 2IKOA 5P3IA 5TOLA 1A8KA 3SPKA 1ODXA 5P4TA 1IIQA 2NXDA 5KR1A 1IBQA 5P0JA 4ZSMA 3SM2A 4H1EA 3DV5A 5P5LA 3D1XA 1SBGA 3KM4A 5P5MA 5P7IA 1LZQA 5OZRA 4DQHA 3EM6A 4DJQA 3SA7A 2OHUA 3EKYA 2AVSA 2JJIA 3UHLA 1MT9A 4CPTA 2ER0E 2QI3A 2PH6A 5P4RA 5P2ZA 4I8ZA 2OHKA 4DJWA 2ER7E 1GVVA 3FNTA 5P3UA 4LP9A 2G69A 4RCEA 4RVJA 5P03A 3BGCA 3R4BA 4Y3ZA 2B42A 3B7VA 4PPHA 1FKNA 2AOEA 4DPFA 1TSUA 1HVCA 3D1YA 4DQGA 3HVPA 3K5DA 1MEUA 3O9FA 3DUYA 2R8NA 4Y5PA 3UDPA 5P23A 2A1EA 1EPNE 3PM4A 3D1ZA 3HD8A 1NPWA 1YTIA 5HE4A 5P7NA 5P0UA 2RSPA 2F3EA 1HVJA 4GIDA 3PGIA 5P2OA 2WEDA 3UDMA 3KT5A 3CIBA 4LBTA 2VIJA 2FDEA 1UH9A 3EL4A 3SA8A 1B6JA 4J54A 1C6YA 5OZYA 3EL0A 5OZPA 5P3FA 4Y3QA 5P3OA 3LZVA 5OZBA 1ZTZA 3L38A 1T6GA 2BPZA 3OWNA 1RNEA 1U8GA 5P5RA 5P83A 2G94A 2QP8A 5P0IA 4B00A 4Q1NA 1ZLFA 5P6IA 1ENTE 5P71A 4I8WA 4YBIA 1D4LA 1HEFE 3PMUA 4F73A 3GI5A 4DQBA 4HA5A 3BGBA 4PEPA 5OYTA 5OZMA 1GKTA 5P02A 5DR3A 5P5YA 1XN2A 5ISKA 1N49A 3O9CA 2CENA 4KE0A 3PSUA 1ZP8A 2O40A 3K5CA 4Q5MA 1OD1A 5P5EA 4DJRA 3K1WA 1BDRA 5KR0A 1LYWA 1HSIA 1WBMA 4OD9B 4D89A 3QIHA 5P4FA 4ZSRA 5P1VA 4I11A 3ZKGA 5KAOA 5P1HA 3QVCA 1B6LA 1IZIA 4QJ2A 2AOHA 3O99A 5DQ5A 2G1OA 4D85A 4ACXA 2I0DA 5I3WA 1IDBA 4Y5BA 4RZ1A 1AM5A 1IVPA 5P7YA 5OYXA 3SA5A 2RENA 1WKRA 3BUGA 4L1AA 5OZIA 1YTHA 4FRSA 5P0XA 5P7JA 1AVFA 5P5UA 3DK1A 4FS4A 3DM6A 1EPPE 1SH9A 5DR0A 5P2GA 3U7SA 1B5FA 5P5ZA 1VIJA 2AVQA 5P1YA 5HD0A 4ZE6A 2ER9E 4Y3FA 1FGCC 5P10A 2XYFA 4Y57A 2QZKA 5P43A 3UDHA 5P5XA 1BDLA 4Y3SA 5AH6A 1MSNA 3WB5A 2QMGA 5KQZA 5P6SA 5F01A 3NDUA 3SA9A 1KJ7A 2VKMA 5P1UA 5P6NA 5FIVA 2P4JA 3OOZA 4Y4JA 4Y3XA 4EP2A 4EXGA 3EKPA 2ER6E 3VF7A 2WECA 3R2FA 3KF0A 2IQGA 2O4PA 2AOJA 2G24A 3MSKA 3PVKA 5P3GA 2AOCA 3SKGA 5P5VA 5P7DA 2HB3A 3PHVA 5P3XA 8HVPA 5P4KA 5P2XA 3ZPSA 4HE9A 2Z4OA 5P37A 3ZOVA 3IGBA 3WZ8A 5P3NA 1KJFA 1K2BA 4NJSA 1LS5A 1XL5A 4L7JA 2FLEA 5DR8A 3UDQA 4Y53A 4Y3YA 5IVRA 3DJKA 2PWRA 3O9IA 3SKFA 3NSHA 4ER4E 3NDWA 1K6PA 5P7MA 5I3YA 4DPIA 5P8CA 1EPLE 4Y48A 5HE7A 1T6EX 4BFBA 4XKXA 1PSAA 5P5FA 5DQ1A 4B05A 2AOGA 3DOXA 4FRIA 3PMYA 2UY0A 4K4PA 3KA2A 3LIQA 1FIVA 5P55A 3IA9A 1B11A 5P0WA 5P65A 5EZXA 1EC3A 5P8AA 1HOSA 4Y4AA 5E5KA 4Y3DA 3VLAA 4DQFA 5P7TA 1CPIA 4Y6MA 2PSUA 3OQFA 4WY1A 5P2NA 2XFIA 5P76A 4I10A 3UDJA 3IN4A 3LPJA 5P6TA 4J1KA 4YD7A 4JP9A 4GJCA 3MWSA 3UPJA 4DQEA 3Q3TA 2OHTA 3LZSA 4H3JA 1G2KA 5P2YA 2P3DA 2MIPA 4N00A 5P88A 4YDGA 4DV9A 5P51A 5OZ7A 5P69A 3SABA 1SP5A 7HVPA 3NU4A 3QBFA 3NXNA 4H3GA 2VNMA 3GW5A 5OZGA 5CLMA 4LXAA 2IGYA 4FL8A 1GNOA 5P31A 4J17A 4Y3LA 5COOA 5P8JA 4ZPFA 1D4SA 4QJ7A 5P22A 3OUDA 3T11A 1D4YA 5I3VA 3ZLQA 2QI5A 3R0YA 3VFBA 3K5FA 3ST5A 5P8DA 1FG6C 3SFCA 1T7JA 4MC9A 4K9HA 5OZVA 1EC2A 3OUCA 3TPJA 5P3SA 5IE1A 3HZCA 3INDA 3KYRA 3ZKXA 3OADA 5P8MA 5COPA 2O4KA 5P2WA 3URJA 3SQFA 5P0EA 4B1EA 4Y3TA 5P2EA 2Q64A 4Y3EA 1HRNA 1AAQA 4Y39A 4Q1XA 5P6WA 4B77A 4Y38A 1CZIE 4YCKA 5IVSA 4B70A 3EC0A 2ASIA 3VEUA 3MXEA 2CEMA 5P2SA 5UPJA 2BQVA 1T3RA 5P2HA 2OF0A 4NPUA 1M0BA 5P05A 5OZSA 1FMBA 3I8WA 5P2BA 1KJ4A 4X2LA 1META 5P6QA 5HTZA 5P58A 3LIYA 3T7PA 4XXSA 3IXJA 1LYAB 1W51A 1W50A 5P8QA 1T7IA 4DFGA 4R91A 1HVKA 1E80E 4DJUA 3S43A 5P1OA 3DCKA 4Y5EA 1GVTA 5P28A 5P84A 1HWRA 4HDFA 1BV7A 3LITA 4I0ZA 5P5OA 1HVSA 1MRWA 5P4QA 2P3BB 3CMSA 1HBVA 5P85A 4J1CA 5P2AA 3TLHA 1MRXA 5P4VA 5P52A 4RROA 3S54A 2B8VA 3EBZA 4I0EA 5BS4A 5P6KA 2A4FA 4Y51A 4WY6A 3OQ7A 5P0PA 3LZYA 3EKQA 5P4BA 4YBFA 1BBSA 2G1YA 2OHQA 3UQWA 4I1CA 2ZJKA 2Z54A 3PWWA 5P72A 5P1XA 3RTMA 3VF5A 5P6UA 4B1DA 2F3FA 3L3AA 4B0QA 2NMYA 3CYXA 4Z4XA 2R38A 5P7BA 1IDAA 2Q11A 1NSOA 1MT8A 1FG8C 1IVQA 5P66A 1HVRA 1K2CA 5P87A 4TVHA 3T7QA 2CEJA 4JECA 3D20A 1UH7A 4AA8A 1EC0A 5APRE 1SIVA 5P5KA 2WEBA 2OHPA 5C9BA 4Z2ZA 4TRWA 5P3MA 1DMPA 5P2MA 3INEA 2VIEA 5P4YA 1C70A 1KJHA 3URLA 1YT9A 1J71A 4Y3GA 2QI0A 3S85A 2PK6A 5P4XA 5PEPA 3S45A 3L5CA 1GNMA 5P7PA 2OHSA 1SDVA 2NR6A 4EQ0A 5P3YA 5P4LA 1ZJ7A 5T4SA 3PRSA 5OYVA 4OBZB 4R5NA 5P3TA 2VS2A 3CKPA 5P3JA 5P36A 3GI4A 3PWRA 4DJVA 2Q15A 5P3PA 4J0TA 1D4KA 5P4MA 3CYWA 4RRNA 4WTUA 3L59A 1DIFA 1ZSFA 2R3WA 5OZ2A 5P38A 3S53A 5OZTA 3EKXA 5P6ZA 3C9XA 5P59A 2NMZA 5P27A 3I6OA 4K8SA 5ISJA 1ODYA 5P7OA 4U8WA 5P29A 3UF3A 3OGPA 4LAPA 5P86A 4AZYA 3RSXA 3NDTA 1BVEA 5P63A 3ZL7A 3PBZA 2HS2A 1FEJC 1ODWA 1HPXA 5P6RA 3ZKMA 1KZKA 4GJ9A 4TRYA 1W5XA 3O9EA 3UQRA 1PSNA 2NPHA 5IS4A 2PYMA 4IVSA 4Y3NA 4U7VA 5P2CA 2BPVA 5OZXA 4ZLSA 5OZKA 1HIIA 5P5DA 4Y3PA 3KDBA 4LXKA 3A2OA 4JOOA 5P61A 2J9JB 2QHCA 1QBSA 1G6LA 4Y41A 4Y5MA 5AHCA 3HLOA 4CPQA 4QJ8A 5OZHA 1FLHA 5P8EA 4A6CA 1TW7A 4EJ8A 3JVYA 3PLLA 1HSGA 5P7ZA 2QD6A 5P3LA 3O9LB 5OZDA 5JFPA 4YOBA 3U71A 3OAGB 1OHRA 1LYBB 5P04A 1ZSRA 4S1GA 2VNNA 2QCIA 5DPZA 4ZPGA 5P15A 1MPPA 3CIDA 5P5SA 5KOQA 3NU6A 4Y36A 3QPJA 5OYWA 5P06A 3FKTA 5COKA 5P33A 5P4CA 4Y3MA 1WBKA 2RMPA 5P3VA 5P1GA 5OZWA 5P7LA 5OZ5A 5KQXA 5SY2A 2FGUA 3INFA 5P1KA 4J0ZA 3TPRA 2P3AA 5P5NA 4FIVA 2QMPA 3OOTA 5DQCA 3G72A 5HVPA 5P7UA 2ZHVA 3NXEA 1GVWA 3KMXA 3SA4A 1HSHA 4GJDA 5JODA 2B7FA 2IKUA 1GVXA 5P4JA 5P1AA 3M9FA 1JLDA 5P1FA 3VUCA 3MXDA 5DR1A 2ZJNA 1T7KA 5P7WA 5P5PA 4MC1A 2FNSA 3TNEA 1HXWA 4CPSA 1BXOA 5IVTA 3UDNA 4Y5GA 7UPJA 1G35A 5P17A 5P2LA 2NXMA 5P2VA 1YM4A 5KR2A 3PCZA 5HU1A 1ME6A 1MIQA 5P7FA 3S7MA 5P8VA 1NPAA 2V00A 3Q4BA 1BAIA 3BVAA 3PWMA 4KUPA 1EPME 5P60A 4QLHA 2AIDA 5OZQA 4ZSQA 4EQJA 2R43A 3GGVA 3KFNA 5P3WA 5HCOA 1GNNA 3MSLA 3OUBA 2O4LA 3IN3A 4TRZA 3R1GB 1TQFA 5OYZA 4Q1WA 5P25A 2O4NA 3VFAA 3D91A 4Y4WA 5E5JA 3VYDA 5P4GA 2NNKA 3SAAA 1PPLE 5P1DA 3PB5A 2B60A 3S56A 3CICA 1SMEA 5P24A 4I12A 4R93A 1Q9PA 1MTRA 3EKVA 5P67A 5P4SA 4H3FA 2OAHA 3BC4A 5P64A 2QHYA 2AOFA 1A94A 2FMBA 4APEA 4Y3WA 3O9AA 5P49A 5OZUA 3IVHA 2Q63A 5OZ8A 4YCTA 3UQUA 3TOHA 4FLGA 3NWQA 5OZLA 3OU1A 2I4DA 3NUOA 4L7HA 1QS8A 5P56A 5OZJA 4XX3A 5P1QA 2F80A 3EM4A 5P4PA 5P73A 2WF0A 2R5PA 4HDBA 3I7EA 1HHPA 2FXDA 1APTE 3TH9A 1HEGE 3OTYA 5B18A 4DJOA 2HPEA 3O9GA 3OU4B 3KFRA 3NWXA 1EBWA 4XX4A 4OC6A 1BVGA 3INHA 5P8BA 3UFLA 4DJPA 2UXZA 1BV9A 5P5GA 1LF3A 3FNSA 9HVPA 2ZJHA 2PH8A 2IENA 1AZ5A 2PC0A 5OYYA 5P3DA 3SM1A 1KJGA 5OYRA 2P8HA 5P0GA 4U7QA 2IGXA 6FIVA 3L58A 4J0VA 4QJ9A 1EBZA 5ER2E 4YHQA 2BPWA 3D3TA 2BJUA 5P3KA 5P50A 5P32A 3O9DA 5P0FA 5BRYA 2G1SA 1TZSA 5SZ9A 1HTFA 3GGUA 2QI6A 4DJYA 1EPRE 5DR7A 3B80A 2BPXA 3T6IA 5OZ3A 3L5DA 4NJTA 5P78A 2RKGA 3SLZA 3TOGA 5P7KA 3VCMA 3LPIA 2R3TA 3HAUA 3NUJA 3WB4A 5P8RA 3NU3A 5P0HA 2I4UA 5OZAA 5P1MA 4YD5A 5P6EA 2ZE1A 3OQDA 2HM1A 3G70A 2R9BA 4GZFA 2WHHA 1HTGA 5KQYA 5HE5A 4CMSA 3OY4A 5P7SA 4EP3A 3S8IA 5OZZA 3H0BA 1DPJA 1YTGA 3EL9A 6APRE 1W5VA 1VIKA 2I0AA 2ZJLA 1EAGA 3NR6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DJX A;  1FFI C;  2JE4 A;  4L6B A;  2PSG A;  2I4X A;  4Z22 A;  4F76 A;  3EXO A;  1F34 A;  2AOI A;  1YG9 A;  5P4I A;  4Y4U A;  4EPJ A;  5P7E A;  3LIN A;  4FGX A;  4RVX A;  1RL8 A;  3GGX A;  3UFN A;  4YD6 A;  5P6B A;  5P3A A;  5P6P A;  2WL0 A;  3RVI A;  5C9D A;  3O9H A;  4FSE A;  5P2T A;  3HBO A;  3ZPU A;  5P0M A;  5P08 A;  5HU0 A;  3TKW A;  4FRJ A;  2VA6 A;  1IZH A;  5P53 A;  2FXE A;  3EMY A;  3EM3 A;  5P3B A;  5P8O A;  5P30 A;  1XE5 A;  3KDD A;  2AVO A;  3VSW A;  3LIX A;  2VIY A;  5P4O A;  5P0S A;  2QK5 A;  1AXA A;  2QMD A;  3UTL A;  4YDF A;  1D4H A;  3SO9 A;  1AJV A;  4Y4T A;  2I4V A;  1HTE A;  1ZPK A;  4Y5N A;  2G21 A;  1HPO A;  5P89 A;  4B72 A;  4QGI A;  5SY3 A;  3OU1 B;  5P11 A;  5P07 A;  2QNP A;  4DH6 A;  5P16 A;  4Y43 A;  3PBD A;  5P4H A;  4Y4D A;  1M4H A;  5P6L A;  4NPT A;  4EYR A;  3UQX A;  1SMR A;  5P6V A;  1APV E;  4HLA A;  3ZPT A;  6UPJ A;  1XS7 D;  4KB9 A;  5P0Q A;  4LC7 A;  4I0I A;  3HVG A;  3I25 A;  1BIM A;  4F75 A;  1M43 A;  3QRV A;  5P47 A;  2IRZ A;  4OC6 B;  3T7X A;  5CON A;  3EL5 A;  3S7L A;  1HIH A;  5ENM A;  5P6A A;  2EWY A;  5P5B A;  3VG1 A;  5P41 A;  3L5E A;  4EHC A;  5P01 A;  3Q5H A;  5P8H A;  2Q5K A;  3OU4 A;  4RYC A;  3EKW A;  4EXH A;  2WEA A;  4B78 A;  4BFD A;  5P0C A;  2SAM A;  2IKO A;  5P3I A;  5TOL A;  1A8K A;  3SPK A;  1ODX A;  5P4T A;  1IIQ A;  2NXD A;  5KR1 A;  1IBQ A;  5P0J A;  4ZSM A;  3SM2 A;  4H1E A;  3DV5 A;  5P5L A;  3D1X A;  1SBG A;  3KM4 A;  5P5M A;  5P7I A;  1LZQ A;  5OZR A;  4DQH A;  3EM6 A;  4DJQ A;  3SA7 A;  2OHU A;  3EKY A;  2AVS A;  2JJI A;  3UHL A;  1MT9 A;  4CPT A;  2ER0 E;  2QI3 A;  2PH6 A;  5P4R A;  5P2Z A;  4I8Z A;  2OHK A;  4DJW A;  2ER7 E;  1GVV A;  3FNT A;  5P3U A;  4LP9 A;  2G69 A;  4RCE A;  4RVJ A;  5P03 A;  3BGC A;  3R4B A;  4Y3Z A;  2B42 A;  3B7V A;  4PPH A;  1FKN A;  2AOE A;  4DPF A;  1TSU A;  1HVC A;  3D1Y A;  4DQG A;  3HVP A;  3K5D A;  1MEU A;  3O9F A;  3DUY A;  2R8N A;  4Y5P A;  3UDP A;  5P23 A;  2A1E A;  1EPN E;  3PM4 A;  3D1Z A;  3HD8 A;  1NPW A;  1YTI A;  5HE4 A;  5P7N A;  5P0U A;  2RSP A;  2F3E A;  1HVJ A;  4GID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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