The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
107
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sequence length |
332
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structure length |
332
|
Chain Sequence |
EDLYFQSHMTIAVTGSIATDHLMRFPGRFSEQLLPEHLHKVSLSFLVDDLVMHRGGVAGNMAFAIGVLGGEVALVGAAGADFADYRDWLKARGVNCDHVLISETAHTARFTCTTDVDMAQIASFYPGAMSEARNIKLADVVSAIGKPELVIIGANDPEAMFLHTEECRKLGLAFAADPSQQLARLSGEEIRRLVNGAAYLFTNDYEWDLLLSKTGWSEADVMAQIDLRVTTLGPKGVDLVEPDGTTIHVGVVPETSQTDPTGVGDAFRAGFLTGRSAGLGLERSAQLGSLVAVLVLESTGTQEWQWDYEAAASRLAGAYGEHAAAEIVAVLA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High resolution crystal structures of Mycobacterium tuberculosis adenosine kinase: insights into the mechanism and specificity of this novel prokaryotic enzyme
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Adenosine kinase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Mycobacterium tuberculosis
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| total genus |
107
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| structure length |
332
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| sequence length |
332
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.1.20: Adenosine kinase. |
| pdb deposition date | 2007-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00294 | PfkB | pfkB family carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K8C A; 1EKQ A; 3NBW A; 3RQ6 A; 3NM3 A; 4JJP A; 4LCA A; 3RQ8 A; 2JG1 A; 4E8Z A; 1V1S A; 3B1N A; 3RT7 A; 4JKS A; 4C5J A; 2AJR A; 4PVV A; 3RRB A; 1RKD A; 1GQT A; 4B8S A; 3QA2 A; 3KEU A; 4YL5 A; 4S1M A; 1V1B A; 3VAS A; 3MBH A; 2C49 A; 4DU5 A; 4K8K A; 3RSS A; 4EUM A; 1YHJ A; 1RFV A; 2HQQ A; 3B1R A; 3Q1Y A; 4E3A A; 4N08 A; 4EN4 A; 3RPZ A; 1LHP A; 3RY7 A; 4C5M A; 2C4E A; 3EWM A; 3RSF A; 3NC9 A; 1BX4 A; 5EYN A; 5CGA A; 3RS9 A; 5C41 A; 1KYH A; 3RS8 A; 3NL3 A; 1RFT A; 1TZ3 A; 1WYE A; 4LC4 A; 4DC3 A; 2I5B A; 3IE7 A; 1LII A; 5EY7 A; 4E69 A; 3VAQ A; 1TZ6 A; 3LJS A; 4KAD A; 4O1L A; 4C5L A; 5CGE A; 3K9E A; 3BF5 A; 3RO4 A; 3NBV A; 2JG5 A; 4UBE A; 2F02 A; 3IBQ A; 3RQH A; 1EKK A; 1V1A A; 3CQD A; 2R3B A; 2DDW A; 3NM1 A; 2AWD A; 5BYE A; 2QHP A; 3Q92 A; 4S1I B; 1VK4 A; 3RQ5 A; 3RT9 A; 1RK2 A; 5BYF A; 3PL2 A; 3UBO A; 1YGJ A; 3H74 A; 1C3Q A; 3FHY A; 3HYO A; 1UB0 A; 1TYY A; 4B8R A; 3MBJ A; 3RRJ A; 5COJ A; 1U2X A; 3UQE A; 1GC5 A; 1RFU A; 4KAN A; 4O1G A; 3RTE A; 3RRE A; 3GBU A; 4K8P A; 3B1O A; 2F7K A; 3UMP A; 1LIO A; 4KAL A; 3RTB A; 4E8W A; 3PZS A; 1RKS A; 3IN1 A; 3RSQ A; 2AFB A; 5BYC A; 3N1C A; 3B1Q A; 3RU3 A; 2PKK A; 2HW1 A; 4C5N A; 2XTB A; 4JKU A; 2RBC A; 3RTD A; 5F11 A; 1ESQ A; 5B6A A; 3RM5 A; 3UQ9 A; 2PKF A; 3QAI A; 3LHX A; 5C3Y A; 2A9Y A; 2QCV A; 4XCK A; 3LKI A; 4U7X A; 5TRW A; 4LBX A; 4K8T A; 3RTG A; 3RU2 A; 3UMO A; 4LBG A; 3RRF A; 4K9I A; 4XDA A; 3I3Y A; 4XF6 A; 4KAH A; 2ABS A; 3BGK A; 1L2L A; 4S1H A; 4E84 A; 3RSG A; 3OTX A; 4KBE A; 1YGK A; 2I6A A; 4WJM A; 2A9Z A; 3GO7 A; 3KD6 A; 1TD2 A; 2AJP A; 4X8F A; 2R3E A; 3KTN A; 3UQ6 A; 4EBU A; 3NC2 A; 2V78 A; 3HIC A; 1V19 A; 3RPH A; 3HPD A; 5F0Z A; 2DDM A; 3DZV A; 1VI9 A; 1LIK A; 2HLZ A; 1JXI A; 3LOO A; 4XF7 A; 3RTC A; 2DDO A; 3FHX A; 2PKM A; 4E8Y A; 3RTA A; 5C40 A; 3RQQ A; 3KZH A; 3NCA A; 1ESJ A; 1JXH A; 3NL2 A; 3B1P A; 3UQD A; 2I6B A; 4N09 A; 4GM6 A; 3RQ2 A; 2DCN A; 3W4S A; 2JGV A; 2AB8 A; 1RKA A; 3B3L A; 3RQX A; 3JUL A; 2AA0 A; 1DGM A; 4K93 A; 4C5K A; 5C3Z A; 2PKN A; 2YXT A; 2YXU A; 5BYD A; 3NL5 A; 4S1I A; 1VM7 A; 1UA4 A; 3IKH A; 2Q5R A; 2VAR A; 2AX3 A; 3K5W A; 3H49 A; 3NL6 A; 5TQI A; 2NWH A; 3GO6 A; 4K9C A; 2FV7 A; 3DRW A; 2ABQ A; 3IQ0 A; 4YWR A; 3IH0 A; 1LHR A; 5CM5 A; 4EOH A; 1LIJ A; 3ZS7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GC5 A; 2JG1 A; 2GCB A; 1P31 A; 4C5J A; 2UAG A; 4B8S A; 3MBH A; 2C49 A; 4K8K A; 1YHJ A; 3ZM6 A; 4N08 A; 4EN4 A; 3RPZ A; 3RS9 A; 1KYH A; 1JBV A; 5EY7 A; 5CGE A; 3RO4 A; 3NBV A; 3IBQ A; 2DDW A; 2AWD A; 5BYE A; 3Q92 A; 3RT9 A; 3PL2 A; 3UBO A; 3FHY A; 5COJ A; 4O1G A; 2F7K A; 5A5F A; 4E8W A; 4C12 A; 2XTB A; 4JKU A; 3RTD A; 5B6A A; 4XCK A; 3LKI A; 3RU2 A; 4K9I A; 3ZM5 A; 4KBE A; 3HJ6 A; 2I6A A; 2JFH A; 3NC2 A; 3RPH A; 1V19 A; 2VTE A; 4E8Y A; 5C40 A; 4BUC A; 3NL2 A; 3B1P A; 3UQD A; 3RQ2 A; 2AB8 A; 3N2A A; 2PKN A; 2YXT A; 3H49 A; 4K9C A; 4EOH A; 3NBW A; 1E0D A; 4E8Z A; 2WJP A; 1GQY A; 3QA2 A; 3KEU A; 4DU5 A; 1JBW A; 1RFV A; 2HQQ A; 3B1R A; 3Q1Y A; 4E3A A; 4ZIY A; 4C5M A; 1BX4 A; 5CGA A; 5C41 A; 3RS8 A; 1TZ3 A; 1WYE A; 2VOR A; 3IE7 A; 1LII A; 3BF5 A; 2JFF A; 4UBE A; 3RQH A; 1EKK A; 4UAG A; 3CQD A; 2WTZ A; 1UB0 A; 3RRJ A; 1U2X A; 1RFU A; 3RTE A; 3RRE A; 3GBU A; 3RSQ A; 2AFB A; 5BYC A; 3EAG A; 3QAI A; 2QCV A; 4CVM A; 4K8T A; 3RTG A; 4LBG A; 2UUP A; 3UAG A; 3BGK A; 3RSG A; 2R3E A; 3KTN A; 5F0Z A; 3DZV A; 1VI9 A; 1LIK A; 3LOO A; 3RTC A; 5BYD A; 3RQQ A; 3KZH A; 2Y68 A; 3NCA A; 1JXH A; 4N09 A; 4GM6 A; 1P3D A; 2DCN A; 3B3L A; 4K93 A; 4C5K A; 4S1I A; 2Q5R A; 5TQI A; 2X5O A; 3GO6 A; 2FV7 A; 3DRW A; 2VTD A; 2GCA A; 1GQQ A; 4K8C A; 1EKQ A; 3RQ6 A; 3NM3 A; 4LCA A; 3RT7 A; 4JKS A; 3PYZ A; 1W7K A; 4PVV A; 1RKD A; 3LK7 A; 1GG4 A; 4CVL A; 3RY7 A; 3RSF A; 2AM1 A; 2Y1O A; 2XJA A; 3QCZ A; 2JFG A; 3HN7 A; 3NL3 A; 1RFT A; 4DC3 A; 2I5B A; 1TZ6 A; 4O1L A; 4C5L A; 2VOS A; 3K9E A; 2JG5 A; 2F02 A; 1FGS A; 2R3B A; 4S1I B; 1EEH A; 1E8C A; 2Y66 A; 4KAN A; 4K8P A; 3B1O A; 3UMP A; 1LIO A; 4KAL A; 3RTB A; 3PZS A; 4CVK A; 3RU3 A; 2PKK A; 2HW1 A; 1ESQ A; 2UUO A; 2PKF A; 3UQ9 A; 3LHX A; 5TRW A; 4C13 A; 3UMO A; 1W78 A; 3RRF A; 4XDA A; 3I3Y A; 4XF6 A; 4KAH A; 2ABS A; 4E84 A; 3OTX A; 1YGK A; 4BUB A; 2A9Z A; 1TD2 A; 2AJP A; 3NRS A; 4X8F A; 2V78 A; 2DDM A; 5A5E A; 2DDO A; 3FHX A; 3RTA A; 1UAG A; 2I6B A; 3W4S A; 3RQX A; 3JUL A; 1DGM A; 5C3Z A; 2YXU A; 3NL5 A; 1VM7 A; 1UA4 A; 2VAR A; 3IQ0 A; 3IH0 A; 1LHR A; 1LIJ A; 4JJP A; 3RQ8 A; 1V1S A; 3B1N A; 2AJR A; 3RRB A; 1GQT A; 3ZL8 A; 4YL5 A; 4S1M A; 1V1B A; 3VAS A; 1J6U A; 3RSS A; 4EUM A; 4HV4 A; 1LHP A; 2C4E A; 3EWM A; 3NC9 A; 5EYN A; 4LC4 A; 4E69 A; 3VAQ A; 3LJS A; 4KAD A; 1V1A A; 3NM1 A; 2QHP A; 1VK4 A; 3RQ5 A; 5BYF A; 1RK2 A; 1YGJ A; 3H74 A; 1C3Q A; 3HYO A; 1TYY A; 4B8R A; 3MBJ A; 3UQE A; 1GC5 A; 1O5Z A; 1RKS A; 3IN1 A; 3N1C A; 3B1Q A; 4C5N A; 2RBC A; 5F11 A; 3RM5 A; 5C3Y A; 2A9Y A; 4QDI A; 4U7X A; 4LBX A; 4QF5 A; 1L2L A; 4S1H A; 2F00 A; 4WJM A; 3GO7 A; 3KD6 A; 2GC6 A; 3UQ6 A; 4EBU A; 3HIC A; 3HPD A; 2HLZ A; 2AM2 A; 4XF7 A; 1JXI A; 2PKM A; 1ESJ A; 2JGV A; 1RKA A; 2Y67 A; 2AA0 A; 3IKH A; 2AX3 A; 3K5W A; 3NL6 A; 2NWH A; 2ABQ A; 4YWR A; 2XPC A; 5CM5 A; 3ZS7 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4K8C A; 1EKQ A; 3NBW A; 3RQ6 A; 3NM3 A; 4JJP A; 4LCA A; 3RQ8 A; 2JG1 A; 4E8Z A; 1V1S A; 3B1N A; 3RT7 A; 4JKS A; 4C5J A; 2AJR A; 4PVV A; 3RRB A; 1RKD A; 1GQT A; 4B8S A; 3QA2 A; 3KEU A; 4YL5 A; 4S1M A; 1V1B A; 3VAS A; 3MBH A; 2C49 A; 4DU5 A; 4K8K A; 3RSS A; 4EUM A; 1YHJ A; 1RFV A; 2HQQ A; 3B1R A; 3Q1Y A; 4E3A A; 4N08 A; 4EN4 A; 3RPZ A; 1LHP A; 3RY7 A; 4C5M A; 2C4E A; 3EWM A; 3RSF A; 3NC9 A; 1BX4 A; 5EYN A; 5CGA A; 3RS9 A; 5C41 A; 1KYH A; 3RS8 A; 3NL3 A; 1RFT A; 1TZ3 A; 1WYE A; 4LC4 A; 4DC3 A; 2I5B A; 3IE7 A; 1LII A; 5EY7 A; 4E69 A; 3VAQ A; 1TZ6 A; 3LJS A; 4KAD A; 4O1L A; 4C5L A; 5CGE A; 3K9E A; 3BF5 A; 3RO4 A; 3NBV A; 2JG5 A; 4UBE A; 2F02 A; 3IBQ A; 3RQH A; 1EKK A; 1V1A A; 3CQD A; 2R3B A; 2DDW A; 3NM1 A; 2AWD A; 5BYE A; 2QHP A; 3Q92 A; 4S1I B; 1VK4 A; 3RQ5 A; 3RT9 A; 1RK2 A; 5BYF A; 3PL2 A; 3UBO A; 1YGJ A; 3H74 A; 1C3Q A; 3FHY A; 3HYO A; 1UB0 A; 1TYY A; 4B8R A; 3MBJ A; 3RRJ A; 5COJ A; 1U2X A; 3UQE A; 1GC5 A; 1RFU A; 4KAN A; 4O1G A; 3RTE A; 3RRE A; 3GBU A; 4K8P A; 3B1O A; 2F7K A; 3UMP A; 1LIO A; 4KAL A; 3RTB A; 4E8W A; 3PZS A; 1RKS A; 3IN1 A; 3RSQ A; 2AFB A; 5BYC A; 3N1C A; 3B1Q A; 3RU3 A; 2PKK A; 2HW1 A; 4C5N A; 2XTB A; 4JKU A; 2RBC A; 3RTD A; 5F11 A; 1ESQ A; 5B6A A; 3RM5 A; 3UQ9 A; 2PKF A; 3QAI A; 3LHX A; 5C3Y A; 2A9Y A; 2QCV A; 4XCK A; 3LKI A; 4U7X A; 5TRW A; 4LBX A; 4K8T A; 3RTG A; 3RU2 A; 3UMO A; 4LBG A; 3RRF A; 4K9I A; 4XDA A; 3I3Y A; 4XF6 A; 4KAH A; 2ABS A; 3BGK A; 1L2L A; 4S1H A; 4E84 A; 3RSG A; 3OTX A; 4KBE A; 3HJ6 A; 1YGK A; 2I6A A; 4WJM A; 2A9Z A; 3GO7 A; 3KD6 A; 1TD2 A; 2AJP A; 4X8F A; 2R3E A; 3KTN A; 3UQ6 A; 4EBU A; 3NC2 A; 2V78 A; 3HIC A; 1V19 A; 3RPH A; 3HPD A; 5F0Z A; 2DDM A; 3DZV A; 1VI9 A; 1LIK A; 2HLZ A; 1JXI A; 3LOO A; 4XF7 A; 3RTC A; 2DDO A; 3FHX A; 2PKM A; 4E8Y A; 3RTA A; 5C40 A; 3RQQ A; 3KZH A; 3NCA A; 1ESJ A; 1JXH A; 3NL2 A; 3B1P A; 3UQD A; 2I6B A; 4N09 A; 4GM6 A; 3RQ2 A; 2DCN A; 3W4S A; 2JGV A; 2AB8 A; 1RKA A; 3B3L A; 3RQX A; 3JUL A; 2AA0 A; 1DGM A; 4K93 A; 4C5K A; 5C3Z A; 2PKN A; 2YXT A; 2YXU A; 5BYD A; 3NL5 A; 4S1I A; 1VM7 A; 1UA4 A; 3IKH A; 2Q5R A; 2VAR A; 2AX3 A; 3K5W A; 3H49 A; 3NL6 A; 5TQI A; 2NWH A; 3GO6 A; 4K9C A; 2FV7 A; 3DRW A; 2ABQ A; 3IQ0 A; 4YWR A; 3IH0 A; 1LHR A; 5CM5 A; 4EOH A; 1LIJ A; 3ZS7 A;
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