2PMAA

Structural genomics, the crystal structure of a protein lpg0085 with unknown function (duf785) from legionella pneumophila subsp. pneumophila str. philadelphia 1.
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
144
structure length
129
Chain Sequence
SNAIYGYVEKATLIDQNLTLSAKLDTGAKSASLHAVNITEIEKKGIPYLRFTVPTKTGDYSFEGEYVGKVKIPIKRPVVLLNIKLGDKVRTIKVNLTNRKRFLYPLLLGRDAIIDFNGAVDPALTFTTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords Uncharacterized protein
publication title The crystal structure of a protein Lpg0085 with unknown function (DUF785) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1.
rcsb
source organism Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. philadelphia 1
total genus 27
structure length 129
sequence length 144
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05618 Zn_protease Putative ATP-dependant zinc protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pmaA01
1BIMA 4B00A 1IBQA 5P8CA 5P7BA 3NU3A 2WF0A 2G1SA 1PSNA 2R5QA 5P13A 5P0UA 4Y3MA 3SA5A 2ZHTA 4ZPGA 5OZBA 4Q1YA 4YD4A 1K6PA 3EMYA 5P1PA 1YT9A 3ZKSA 1K6TA 4OBJA 4J1EA 5KQFA 4H3JA 2NMYA 2QU3A 2QI4A 5F01A 5P5JA 3SLZA 2P8HA 5P14A 5P4OA 5P8PA 1KJHA 7UPJA 1GVTA 3RTNA 1LYAB 4I0DA 5P0MA 2VNNA 4YD7A 5KQYA 1ZAPA 2QI7A 2Z54A 5P8IA 1YTJA 2WEZA 1PFZA 4YHQA 5OZ9A 1LF3A 4Y47A 3BHEA 4DJUA 4FGXA 1MT8A 4NPUA 3K5DA 3NXNA 3S53A 1YTHA 3VFBA 5P1RA 5P1BA 1N49A 5AH9A 5OZ0A 5P84A 2RKGA 5OZIA 5P7OA 1B6MA 1M0BA 4PZXA 1FB7A 4Y57A 4Y58A 1KJGA 3BUHA 1IVQA 5DQCA 3HAWA 1MTRA 1HXBA 5J25A 5P1CA 1B6KA 3PVKA 5JFUA 4AZYA 4OBZA 4H1EA 5F00A 1XN3A 3UTLA 5FIVA 3S45A 1LYBB 3FV3A 5P0ZA 4HLAA 5P2NA 4Y3DA 2ZJIA 1HPSA 2HS2A 5OYQA 1KJ4A 3FKTA 5P51A 1HVJA 2BPVA 2F3FA 1PPLE 4L7JA 1EAGA 3I25A 4Y3HA 4J17A 4BFDA 1G35A 3OHHA 4GZFA 5E5JA 3AIDA 2HB2A 1SDVA 2APRA 3CICA 2WL0A 3B7VA 5P3DA 4B70A 2PQZA 5HVPA 1HPVA 5P1DA 3ZKGA 1YM2A 2VIJA 3CKPA 5P3SA 3O9AA 1K6VA 1U8GA 3GGVA 1W6IA 3SM2A 2JE4A 5T4SA 1BXOA 1AXAA 3OK9A 5P2AA 2J9KA 3DUYA 5P67A 5SY2A 1EC2A 5P07A 3KF0A 1APUE 2R8NA 2ZJHA 2QZWA 3EKXA 2WEBA 1FLHA 4YA8A 4L1AB 4EXHA 3I7EA 4FRSA 2ZGAA 2FNTA 4PYVA 3NDXA 4YD5A 3LZUA 4EQ0A 2AOFA 1XS7D 2F81A 4Y5NA 2AOCA 2PK5A 4FSLA 1HVRA 3SA9A 3ZKIA 3H0BA 1YX9A 3OQDA 5P1KA 1HTRB 1HIHA 3INDA 5P8VA 3OUDB 5P3FA 3OU1B 5OZTA 1WBMA 2NNPA 2VKMA 1EBZA 4CPUA 1LF4A 3B80A 1DW6C 3PI0A 5P8SA 3CMSA 5P1IA 5P1EA 3TOHA 3OUBA 5OZJA 4AA9A 4I11A 3K5GA 4NJSA 5P7EA 1FFFC 5P0KA 3QAAA 4TRWA 5OYYA 4M8XA 5P5YA 3PBZA 1FQ5A 4FIVA 4DQHA 4Y3WA 1HTFA 2OHTA 3URLA 1AJVA 1TCWA 4OBDA 2G69A 3LNKA 1NSOA 1JLDA 3LPJA 3EXOA 3ZLQA 3QBHA 5P30A 4F76A 5P8TA 5P4FA 2Q11A 5P2CA 5P3MA 3ER3E 5JFPA 1FEJC 5OZMA 3EL1A 5P6FA 2WHHA 5P6IA 5P0NA 3URJA 2AOHA 5P4BA 3R0WA 5CONA 2QD7A 1META 2FDDA 4LC7A 4R95A 1EC1A 1FF0C 5P82A 4ZPFA 2O4PA 5JG1A 2MIPA 3DOXA 3K1WA 5P37A 1PPKE 5P0VA 3EKVA 3N3IA 4Z50A 5ENMA 1GVXA 4I0FA 5UPJA 3INHA 3OADB 3TL9A 4ZSRA 3GGAA 5P35A 2XYEA 5P0CA 2B60A 3D20A 1GVVA 1YM4A 3JVWA 4J0TA 2QNQA 4M8YA 2Q15A 5IVSA 1FFIC 1XE6A 4EXGA 4I8ZA 5P5EA 5P7UA 5I3WA 3PJ6A 4B72A 3OQFA 3LPIA 5P2SA 5P6QA 1MSNA 2G22A 5P8AA 3K4VA 2Q64A 3OGPA 5P5NA 3IVHA 3HVGA 5DR0A 4MC9A 5B18A 2Q63A 5P64A 3QROA 5P2UA 8HVPA 1MPPA 5P5BA 1LYWB 4QLHA 5P4TA 1HWRA 4J1IA 1BWAA 2P3DA 5P0LA 4TRZA 1GVUA 1EPQE 5P27A 1SMEA 1M4HA 5P74A 4HDPA 2NNKA 3LZYA 4OC6A 5P45A 2VIZA 4J55A 5P66A 4NPTA 3QN8A 2B42A 1D4JA 5P44A 4ACXA 3ECGA 5OZ8A 4DQFA 2EWYA 3HZCA 3O9HA 3BVAA 1MIQA 1MTBA 1HEFE 3L5CA 3EM3A 1TW7A 3VF5A 3JW2A 1FG8C 4Y5PA 5OZGA 3RSVA 1ZBGA 1AJXA 4XXSA 3NWXA 5SXNA 5P3KA 4ZPEA 1BV9A 5OZPA 4U7VA 4XKXA 4LHHA 4Y5EA 4OBHA 2G1RA 2WECA 1A8GA 3GI5A 1RPIA 5P1GA 3QVCA 3FX5A 3PLDA 4L7GA 4CP7A 5OZZA 5P0AA 2Q5KA 5P3UA 5C9FA 5HCOA 2PMAA 1DMPA 5P89A 3HD8A 4GJ9A 5P8KA 2B8VA 4DJWA 3D91A 3CIDA 5P72A 3TNEA 4A6CA 5P5KA 2OHNA 2V13A 2WEDA 5P8LA 5P3AA 5P8MA 4I0HA 2CEMA 4K4QA 1DPJA 4HDBA 5P2EA 3VSXA 3LIQA 3PMYA 5KOSA 1XN2A 1ER8E 5P5DA 2VA7A 5P57A 5IVTA 5DR4A 5P0RA 4DJRA 5P3CA 4EJKA 5HDZA 1J71A 5P4QA 3OXWA 5P1XA 4WTUA 1FMBA 2G26A 1BDQA 3SACA 3R1GB 5P4AA 3UPJA 1IZHA 5JODA 5P3TA 2PK6A 3IAWA 1HTGA 2PH6A 1ODYA 5P1TA 3APPA 3CYXA 5P55A 1K2CA 1D4YA 4S1GA 5DPZA 5P41A 2AZ8A 2G94A 1ZTZA 3EL9A 2NTRA 4J1HA 3HDKA 3NUOA 5P8RA 4PEPA 3NU6A 4EPJA 3R2FA 2P3BA 4J0PA 3HW1A 2I0AA 5P6CA 4ZLSA 1W5WA 3WSJA 9HVPA 1ODWA 2ZJKA 4ER4E 1IZDA 1OEXA 5HE4A 4R92A 5P2OA 3FNTA 3EM6A 1BDLA 3NR6A 5HU1A 4Y3SA 3UQWA 2HB3A 2PH8A 1F34A 4JP9A 5P3GA 5P6OA 5TOLA 4YOAA 3ZKNA 3WB4A 5P5PA 1HTEA 5P36A 2B7ZA 2G27A 3I2LA 3BVBA 4K4PA 4D89A 3VEUA 4YCYA 5P6SA 3SKFA 4Y35A 5P2XA 1IIQA 2BPYA 2VNMA 5P2KA 2AVSA 5P0YA 1ME6A 2VIYA 3UDQA 2I0DA 5P8DA 5IE1A 4GJAA 4FRKA 4WY1A 4APEA 4BFBA 3S54A 5P0IA 5P29A 4APRE 3S43A 4WY6A 5P83A 1OHRA 2VJ7A 4LP9A 5OZFA 5KQZA 4ER2E 5P1HA 2HB4A 2JXRA 5P34A 2P3CA 5KR1A 5P01A 5P6LA 5P8FA 4Y3QA 5P20A 3S7LA 1EBYA 3HVPA 3O9DA 3VV8A 1TZSA 4TRYA 2AODA 2ZJLA 4XX3A 2PSVA 4I0JA 4Y3FA 5P6WA 2Q3KA 2QI1A 2QMDA 4I1CA 5P2WA 5OYSA 2I4UA 5P6XA 5P5AA 4A4QA 3UQRA 2QZLA 4DJXA 3OTYA 5P8NA 4Y5KA 3SAAA 5P5TA 5P4IA 3PBDA 4OD9A 5P5XA 1SH9A 2XFKA 4Y3JA 5P33A 5P8UA 4GJ7A 3DCRA 2FXDA 1MESA 3FSMA 4L1AA 3T7QA 1A8KA 2G1OA 2AOIA 2BKSA 3KDBA 4Y54A 1W50A 5P28A 2AVOA 2IKOA 3KT2A 4LXMA 3SABA 4EYRA 3PSGA 3UHLA 5P4EA 3OXVA 1EPRE 3SFCA 4CPRA 4H3IA 5HE5A 1YTGA 3OAGA 5P0GA 5P48A 5P3ZA 3KT5A 1CPIA 4GJ5A 5P3OA 5P7IA 3VYFA 1HVHA 3T3CA 3RTHA 3OUDA 3PCWA 4X2LA 3SA8A 4DQBA 4F74A 1K2BA 1W5YA 2ZYEA 2NMZA 4J1KA 4EHCA 1GNOA 1B11A 4JOOA 3LZSA 5P0OA 3TPLA 2ZHUA 4PZWA 2VS2A 5P6JA 5IS4A 2R38A 4I0EA 2XFIA 3PWRA 3QBFA 4HEGA 3APRE 5I3VA 1B6JA 4PPHA 4MC1A 3S56A 4RVJA 2ER9E 4TVGA 4PHVA 1BAIA 4ZEAA 2OHKA 3HBOA 3L59A 3KMYA 1Z1RA 4HVPA 1GNNA 2F8GA 2AVMA 4Q1WA 5DR8A 3BXSA 3GGXA 5P06A 3SKGA 4YCKA 4GJCA 5P3NA 4YD3A 2OHSA 3BUGA 3OUAA 5HDUA 2BPXA 3TOFA 4Z2ZA 5P0FA 1OD1A 4LAPA 3O9BA 4OBKA 4EP2A 2WF4A 2QZKA 4Y48A 4I10A 3UFLA 3INFA 4EQJA 3K5CA 1HSIA 5P6GA 4NJUA 3LITA 2UPJA 1BDRA 4GJ8A 5P4RA 3VG1A 4Y4EA 4Y56A 4RLDA 4J1CA 5COPA 2VA5A 5P08A 1SBGA 2G1YA 3PEPA 3DV5A 4Y4WA 4DJVA 3JVYA 2I4XA 1BBSA 1B5FB 3OADA 4EJLA 5OZEA 4Z4XA 2O4SA 2V11C 3ST5A 1EPLE 2P4JA 5P31A 4FRJA 3EC0A 1E5OE 3LZVA 3OOZA 1PSOE 3L3AA 4Y36A 3VF7A 3QI1A 4AA8A 4EP3A 3MXEA 5P71A 4YBFA 3SA4A 4EWOA 5P1OA 3UDKA 4HZTA 1AVFA 5P6VA 3L38A 1FMUA 5P1SA 3D3TA 3KM4A 3SM1A 3ZPSA 1XE5A 3D1XA 3OQKA 1IVPA 3PMUA 4FSEA 4Y9WA 5P2MA 5P8HA 4HE9A 4K4RA 2RSPA 1MRWA 4QJ9A 5P52A 3KDCA 1Q9PA 5SZ9A 5P3JA 3SA7A 2IS0A 2BB9A 4E43A 3S2OA 1IZIA 2QI5A 1IDBA 5P4MA 3UDYA 1BWBA 4Y4JA 2NXMA 1EC3A 3UDHA 3GI0A 3UF3A 4Y4GA 1LS5A 2BBBA 2G20A 5AH8A 3HAUA 5P2TA 3Q6YA 1G2KA 2OHQA 1W51A 1NPWA 3F9QA 3PWMA 5P4DA 4U8WA 1HVLA 1EEDP 3FNUA 5P6ZA 4BELA 3MSLA 3IXOA 3NSHA 3OGQA 5P61A 5P7XA 3O9IA 5P3YA 1EPPE 4I12A 1XL2A 2WEAA 3S7MA 3KFRA 1FQXA 3UDPA 5P88A 1HSGA 2QK5A 5P0XA 3IN4A 5P58A 1FKNA 2OHUA 4Y4XA 2O4NA 4DUSA 5P4HA 5AH6A 3WZ7A 5P3EA 5P2IA 1IDAA 4FM8A 5P40A 2HIZA 4J1FA 3EL5A 2BPZA 5P0SA 5P4LA 1PROA 3OU4A 5P86A 4Y5AA 3WZ8A 3GGUA 4H3FA 2QI0A 1XL5A 5P80A 5P87A 1HHPA 2R3WA 4GIDA 5P1LA 5P47A 3TLHA 5OZRA 4Y6MA 2OHPA 2QHCA 5P1MA 2AOJA 2AZ9A 3NUJA 4FAEA 1NH0A 1F7AA 3TKWA 4GJDA 3UDRA 1GVWA 2QZXA 5KR8A 3LHGA 5OYRA 4EJ8A 2QP8A 1ENTE 5IVRA 2ZJMA 5P23A 3VCMA 2IGXA 4I0IA 1WKRA 4GJ6A 5P2FA 1FG6C 5P0DA 5P3RA 3G70A 1T7IA 4Y3ZA 1BXQA 2AIDA 4LL3A 4FS4A 3BC4A 5AHAA 2QCIA 3GW5A 5OZUA 2ANLA 3VV7A 4Y5CA 3NU5A 2I4WA 3OXCA 1GNMA 5OYXA 5P2LA 4Y37A 1FQ6A 5P1VA 4DQCA 2XFJA 3O9LB 5OYWA 5P73A 5P3IA 5P2RA 4Y39A 3IGBA 1UH8A 3MXDA 3LIZA 1W5VA 4JECA 1QBSA 2I4DA 5OZ5A 3NU9A 5P5HA 3UDJA 5P53A 1HVSA 2QD6A 5P6AA 5P5OA 3I8WA 5OZQA 1HIVA 3KFSA 3C9XA 3O9FA 2QMFA 4J0YA 5P81A 4DQEA 1K1UA 3QP0A 5HU0A 5OZ1A 2ASIA 3ZKMA 3U7SA 2PSUA 1HEGE 2IL2A 5P05A 5P46A 3TPRA 5P85A 3LIVA 4DPIA 2WF3A 1E81E 3L58A 3HLOA 3OY4A 5P3XA 2FNSA 2CEJA 4D8CA 4J0ZA 1MT9A 1AM5A 2B7FA 2IKUA 3EKQA 5P4JA 5OZSA 4Y4AA 4H3GA 3TH9A 4U7QA 5KOQA 2OHRA 2I4QA 1TSQA 5P12A 3KMXA 2OF0A 4OBGA 5AHCA 3SA6A 4JPCA 5P59A 3L5EA 3DM6A 3Q3TA 5DQ2A 3DV1A 1TCXA 4GMIA 5P1QA 1QS8A 2ER0E 4HDFA 2VJ9A 5EZZA 5P5FA 1ODXA 3EKTA 4FL8A 1NPAA 5P5CA 3OHFA 1SDUA 1T3RA 4RVIA 2O40A 4OBFA 4QJ6A 3KDDA 3D1ZA 3T7XA 5P7WA 2AZBA 5P4CA 2QU2A 3KN0A 2BQVA 5P4PA 5P18A 4ER1E 5OZ7A 2O4LA 2VA6A 1QBTA 1LYAA 1RQ9A 2F80A 2AVVA 4CMSA 2J9JB 7HVPA 5P7TA 1FGCC 3UQPA 5P6NA 5ENKA 3WB5A 4YOBA 5P4XA 1HVIA 4D85A 4YCTA 2V16C 1XDHA 2RKFA 4YDGA 5P49A 4NJVA 5OZ6A 1D4IA 2WF1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BIM A;  4B00 A;  1IBQ A;  5P8C A;  5P7B A;  3NU3 A;  2WF0 A;  2G1S A;  1PSN A;  2R5Q A;  5P13 A;  5P0U A;  4Y3M A;  3SA5 A;  2ZHT A;  4ZPG A;  5OZB A;  4Q1Y A;  4YD4 A;  1K6P A;  3EMY A;  5P1P A;  1YT9 A;  3ZKS A;  1K6T A;  4OBJ A;  4J1E A;  5KQF A;  4H3J A;  2NMY A;  2QU3 A;  2QI4 A;  5F01 A;  5P5J A;  3SLZ A;  2P8H A;  5P14 A;  5P4O A;  5P8P A;  1KJH A;  7UPJ A;  1GVT A;  3RTN A;  1LYA B;  4I0D A;  5P0M A;  2VNN A;  4YD7 A;  5KQY A;  1ZAP A;  2QI7 A;  2Z54 A;  5P8I A;  1YTJ A;  2WEZ A;  1PFZ A;  4YHQ A;  5OZ9 A;  1LF3 A;  4Y47 A;  3BHE A;  4DJU A;  4FGX A;  1MT8 A;  4NPU A;  3K5D A;  3NXN A;  3S53 A;  1YTH A;  3VFB A;  5P1R A;  5P1B A;  1N49 A;  5AH9 A;  5OZ0 A;  5P84 A;  2RKG A;  5OZI A;  5P7O A;  1B6M A;  1M0B A;  4PZX A;  1FB7 A;  4Y57 A;  4Y58 A;  1KJG A;  3BUH A;  1IVQ A;  5DQC A;  3HAW A;  1MTR A;  1HXB A;  5J25 A;  5P1C A;  1B6K A;  3PVK A;  5JFU A;  4AZY A;  4OBZ A;  4H1E A;  5F00 A;  1XN3 A;  3UTL A;  5FIV A;  3S45 A;  1LYB B;  3FV3 A;  5P0Z A;  4HLA A;  5P2N A;  4Y3D A;  2ZJI A;  1HPS A;  2HS2 A;  5OYQ A;  1KJ4 A;  3FKT A;  5P51 A;  1HVJ A;  2BPV A;  2F3F A;  1PPL E;  4L7J A;  1EAG A;  3I25 A;  4Y3H A;  4J17 A;  4BFD A;  1G35 A;  3OHH A;  4GZF A;  5E5J A;  3AID A;  2HB2 A;  1SDV A;  2APR A;  3CIC A;  2WL0 A;  3B7V A;  5P3D A;  4B70 A;  2PQZ A;  5HVP A;  1HPV A;  5P1D A;  3ZKG A;  1YM2 A;  2VIJ A;  3CKP A;  5P3S A;  3O9A A;  1K6V A;  1U8G A;  3GGV A;  1W6I A;  3SM2 A;  2JE4 A;  5T4S A;  1BXO A;  1AXA A;  3OK9 A;  5P2A A;  2J9K A;  3DUY A;  5P67 A;  5SY2 A;  1EC2 A;  5P07 A;  3KF0 A;  1APU E;  2R8N A;  2ZJH A;  2QZW A;  3EKX A;  2WEB A;  1FLH A;  4YA8 A;  4L1A B;  4EXH A;  3I7E A;  4FRS A;  2ZGA A;  2FNT A;  4PYV A;  3NDX A;  4YD5 A;  3LZU A;  4EQ0 A;  2AOF A;  1XS7 D;  2F81 A;  4Y5N A;  2AOC A;  2PK5 A;  4FSL A;  1HVR A;  3SA9 A;  3ZKI A;  3H0B A;  1YX9 A;  3OQD A;  5P1K A;  1HTR B;  1HIH A;  3IND A;  5P8V A;  3OUD B;  5P3F A;  3OU1 B;  5OZT A;  1WBM A;  2NNP A;  2VKM A;  1EBZ A;  4CPU A;  1LF4 A;  3B80 A;  1DW6 C;  3PI0 A;  5P8S A;  3CMS A;  5P1I A;  5P1E A;  3TOH A; 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 3SFC A;  4CPR A;  4H3I A;  5HE5 A;  1YTG A;  3OAG A;  5P0G A;  5P48 A;  5P3Z A;  3KT5 A;  1CPI A;  4GJ5 A;  5P3O A;  5P7I A;  3VYF A;  1HVH A;  3T3C A;  3RTH A;  3OUD A;  3PCW A;  4X2L A;  3SA8 A;  4DQB A;  4F74 A;  1K2B A;  1W5Y A;  2ZYE A;  2NMZ A;  4J1K A;  4EHC A;  1GNO A;  1B11 A;  4JOO A;  3LZS A;  5P0O A;  3TPL A;  2ZHU A;  4PZW A;  2VS2 A;  5P6J A;  5IS4 A;  2R38 A;  4I0E A;  2XFI A;  3PWR A;  3QBF A;  4HEG A;  3APR E;  5I3V A;  1B6J A;  4PPH A;  4MC1 A;  3S56 A;  4RVJ A;  2ER9 E;  4TVG A;  4PHV A;  1BAI A;  4ZEA A;  2OHK A;  3HBO A;  3L59 A;  3KMY A;  1Z1R A;  4HVP A;  1GNN A;  2F8G A;  2AVM A;  4Q1W A;  5DR8 A;  3BXS A;  3GGX A;  5P06 A;  3SKG A;  4YCK A;  4GJC A;  5P3N A;  4YD3 A;  2OHS A;  3BUG A;  3OUA A;  5HDU A;  2BPX A;  3TOF A;  4Z2Z A;  5P0F A;  1OD1 A;  4LAP A;  3O9B A;  4OBK A;  4EP2 A;  2WF4 A;  2QZK A;  4Y48 A;  4I10 A;  3UFL A;  3INF A;  4EQJ A;  3K5C A;  1HSI A;  5P6G A;  4NJU A;  3LIT A;  2UPJ A;  1BDR A;  4GJ8 A;  5P4R A;  3VG1 A;  4Y4E A;  4Y56 A;  4RLD A;  4J1C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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