The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
43
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sequence length |
385
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structure length |
279
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Chain Sequence |
b'PYLEEKVKQASNILPQKIVDDLKNLILNKEIIVTRDEIDKIFDLAIKEYSEGLIAPGEAIGIVAAQSVGEPGTQMTLGLPRLIEIVDAKKVPSTPMMTIYLTDEYKRDRDKALEVARKLEYKRAIVQKKGDEYIILTDGSNLSGVLSVKGVDVAKVETNNIREIEEVFGIEAAREIIIREISKVLAEQGLDVDIRHILLIADVMTRTGIVRQIGRHGVTGEKNSVLARAAFEVTVKHLLDAAARGDVEEFKGVVENIIIGHPIKLGTGMVELTMRPILR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase subunit A
|
| publication title |
The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Translation, transferase
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| total genus |
43
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| structure length |
279
|
| sequence length |
385
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| chains with identical sequence |
G
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2007-04-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF04998 | RNA_pol_Rpb1_5 | RNA polymerase Rpb1, domain 5 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y0S C; 2PMZ C; 3HKZ C; 4QIW C; 4AYB C; 2WAQ C; 2WB1 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BZC A; 2EQY A; 2KIV A; 4KIT B; 3Q8M A; 5J0T A; 2MRL A; 1UHU A; 3GIM A; 8ICW A; 5DLF A; 4TUQ A; 4CRX A; 4FZN A; 4RQN A; 4KLF A; 3SMV A; 3GQC A; 5KT4 A; 4UB4 A; 4NJ8 A; 4OO1 J; 4M9J A; 2H3Z A; 3WK8 A; 1NK8 A; 3ZI4 A; 1JXL A; 4Z6E A; 2RDJ A; 2G06 A; 3H40 A; 1NK5 A; 4K4H A; 5AI9 A; 1J2M A; 4J9L A; 3AL0 B; 5TZV A; 4M9L A; 8ICX A; 3JPS A; 5J0W A; 1MQ2 A; 3CW2 C; 2ZJA A; 2HBM A; 1S0N A; 2Q0Z X; 5B66 U; 5ALG A; 2O6K A; 9ICL A; 2EZZ A; 5J2H A; 5J2E A; 5KFU A; 1U45 A; 2HOF A; 3NVW A; 2LYH A; 4I29 A; 2Q4T A; 4ICA A; 4YN4 A; 5KFI A; 3F2C A; 1ZQA A; 7ICT A; 4RNO A; 2KTQ A; 4F5R A; 9ICB A; 3UMG A; 3NAS A; 2KN7 A; 4I2F A; 3QUB A; 4P0P B; 2LHT A; 5CEH A; 5KAF U; 4BXO B; 1QCK A; 2RHF A; 4BJQ A; 4DSL A; 2WFA A; 9ICO A; 2AGQ A; 3ISC A; 3WKD A; 2XCA A; 2KJ8 A; 5AM4 A; 3PSI A; 5ALI A; 4PL2 A; 3RRH A; 4P4M A; 3M8R A; 9ICH A; 1FFV A; 2R8J A; 4UAR A; 4O5E A; 1S5L U; 4RU9 A; 3Q8S B; 4UB6 U; 3N4M B; 4B9M A; 4UAV A; 1TK5 A; 1L5U A; 4JK1 A; 9ICT A; 4DLG A; 3T3F A; 3C5G A; 3F2D A; 5EWE A; 1ZD4 A; 5KFT A; 3LVW A; 3EUB 2; 2G08 A; 9ICG A; 5DBB A; 2VKQ A; 1S0V A; 5HHH A; 3WK5 A; 1PVP A; 3MFI A; 1RQL A; 1SWW A; 2GOL A; 3AQE A; 5J0U A; 4QWC A; 2EAN A; 1S8O A; 9ICN A; 4F4X A; 5KFZ A; 2JEF A; 2AXT U; 2YQE A; 2BGW A; 4XUS A; 2LM1 A; 3VCB A; 3EPG A; 5L1M A; 3Q8Q B; 1XU4 A; 4FS2 A; 5BOL A; 4BWJ A; 4GLX A; 4EZ6 A; 2KKV A; 1CRX A; 4R65 A; 3JPR A; 1YT3 A; 5AKY A; 2WF6 A; 2XGQ A; 2F76 X; 2ISP A; 3PW4 A; 5CWR A; 4ED1 A; 4Z6F A; 5KFM A; 2F8L A; 1KW4 A; 4PHE A; 2K8B B; 5AKJ A; 3BQ1 A; 2K89 A; 1SZH A; 2JEG A; 2ZTE A; 5KG3 A; 3KHG A; 3GV8 B; 5J2F A; 1B0X A; 2DF4 B; 4M9H A; 3N28 A; 3CP8 A; 2BDP A; 1N56 A; 1ZQW A; 1VDV A; 2V4R A; 4QNL A; 5CR0 A; 3C2M A; 4MF2 A; 3H4B A; 2KVC A; 2PXI A; 5D4B A; 2C28 A; 2NRZ A; 3V7K A; 2HHS A; 3C23 A; 2BZF A; 1O08 A; 1L3S A; 1IV8 A; 2VA2 A; 2ASL A; 1HUZ A; 3PNC A; 2MUT B; 3H0L B; 8ICP A; 3QZ8 A; 4F4W A; 4Q8E A; 1HUO A; 4M9G A; 3QX7 A; 1JRO A; 1XSN A; 5G5H A; 4NLC A; 5JTI A; 4PPX A; 1ZQX A; 8ICY A; 3MR6 A; 2DPI A; 4RQ6 A; 1C7Y A; 2JHD A; 2BPC A; 3K1R B; 2HOQ A; 2BCR A; 4YMO A; 3TAN A; 2ZTD A; 4RPX A; 1Q8K A; 7ICJ A; 2K4P A; 3D2S A; 2YY6 A; 3G6Y A; 4Y2Y A; 2ZG6 A; 3QU2 A; 2JV3 A; 2L5Y A; 3B0X A; 2G0A A; 3KZI U; 4OJ6 A; 3M8S A; 4KLS A; 5IIN A; 1SKS A; 2YX8 A; 2EZY A; 3SAH A; 5KFL A; 4Y2V A; 2KJ5 A; 1S9F A; 1WYG A; 3L5K A; 1RQN A; 5GTI U; 2VJ4 A; 4C80 A; 4M04 A; 4I28 A; 4MHV A; 8ICK A; 4JUZ A; 2HI0 A; 1KQQ A; 4YD1 A; 2WF5 A; 5ALE A; 4O3Q A; 2WF7 A; 4KLI A; 2NRX A; 8ICQ A; 4Y2Q A; 1BVS A; 4DSJ A; 3NVY A; 4ZOH C; 2KSO A; 3T5K A; 3OGU A; 5J2D A; 3PX6 A; 3UXP A; 3C2K A; 3MAB A; 5AI0 A; 4KLQ A; 1PUZ A; 4DFD A; 4DOA A; 1B22 A; 2XY7 A; 2J6S A; 2ATL A; 2DGZ A; 3TAD A; 4FE3 A; 5ALD A; 4RQ3 A; 4PH5 A; 8ICG A; 4HAI A; 3PW5 A; 5CP2 A; 4PZO A; 4K4I A; 3TAD C; 4K4G A; 2W9C A; 3WK7 A; 3EPI A; 1J97 A; 2F44 A; 2CXY A; 4YMM A; 4P0P A; 5J2A A; 1PK1 A; 2OXO A; 2WAQ C; 3HKZ F; 1ZQT A; 4UBB A; 2CN1 A; 5L1K A; 4DSK A; 1Y88 A; 2Y9U A; 3BS7 A; 1ZQM A; 1NJW A; 5JU5 A; 1RG6 A; 5AKK A; 4F72 A; 2HVI A; 4DSE A; 4OJ5 A; 1KFS A; 2IOF K; 3PZP A; 1ZYQ A; 5KFD A; 2JMG A; 2ASJ A; 3ZDA A; 1LB2 B; 1T3Q A; 3AMZ A; 1Z3E B; 2PMZ F; 9ICU A; 3JPT A; 4RQ7 A; 1SL0 A; 1WUD A; 2KVS A; 5CA7 A; 2W55 A; 1AQ6 A; 2W8L A; 3PMN A; 2EAO A; 2YMQ A; 3PSP A; 4U7C A; 1TVA A; 2HHU A; 3RJE A; 1DOQ A; 3RB3 A; 4CF5 A; 1MA7 A; 1BPB A; 2KZZ A; 5KFG A; 2BHN A; 2WB1 F; 3IP4 B; 2AU0 A; 1X9S A; 3EZ5 A; 4ECS A; 1JMS A; 1L7O A; 2G5I B; 3L4P A; 1Q3V A; 4YR2 A; 1SXD A; 3C28 A; 2BR0 A; 4QZH A; 2KV2 A; 3IG8 A; 4FS1 A; 3WK4 A; 3RJH A; 4RT2 A; 4B9N A; 5L9X A; 5T14 A; 1KBU A; 2XCP A; 3ONN A; 2KMD A; 4P2H A; 1ZQQ A; 8ICF A; 3QXG A; 4PHD A; 2QAR B; 2PI5 A; 4MFC A; 5ALJ A; 5AHX A; 4UB1 A; 2QLT A; 2KFZ A; 4ECY A; 8ICS A; 4KLH A; 2IOF A; 3JPN A; 2AHO B; 4DQQ A; 2YB4 A; 3RH6 A; 2BCU A; 4ED3 A; 4F93 B; 2LPE A; 1QLN A; 1D8Y A; 4KLM A; 1UT5 A; 3H8W A; 1N48 A; 3CYM A; 1N2X A; 4I2A A; 5KG6 A; 1N5X A; 4BWM A; 3F53 A; 1L7M A; 3EYZ A; 4C8L A; 2ZIX B; 3OHB A; 1NK0 A; 2IHM A; 4DWI A; 3LWL A; 9ICA A; 1XO0 A; 2MA1 A; 4PL1 A; 4YMN A; 4O3O A; 4UB2 A; 3OPX A; 3NVV A; 4QWB A; 8ICV A; 1TAM A; 4DL7 A; 1NKB A; 3T5L A; 4FO6 A; 2R18 A; 5KFW A; 2MSN A; 2C2E A; 2QB0 A; 2MUT A; 3IDW A; 1KFD A; 1B43 A; 3RTV A; 3D6J A; 4IR1 A; 4FBU A; 3HRD D; 2A1A A; 3F5E A; 5CB1 A; 5KNI A; 4TUS A; 2I9G A; 3PW7 A; 5KFA A; 4EBD A; 2HSZ A; 4C7Z A; 3K4G A; 1A77 A; 1D9D A; 4NLZ A; 5KFV A; 4NY8 A; 5HMM A; 1MSW D; 1SXE A; 5KFP A; 4DFP A; 3ZD8 A; 5ALP A; 3ED5 A; 5ALV A; 2EDU A; 3WKA A; 5AK6 A; 3AU6 A; 3MGV A; 3AUO A; 1PVQ A; 3LYS A; 1X66 A; 5AI5 A; 2HBK A; 1S97 A; 4FFD A; 4LZD A; 4UAS A; 1ZQS A; 1CI4 A; 2PFQ A; 1ZQI A; 8ICC A; 3RJG A; 3BS5 A; 4Y2T A; 1X9X A; 4F4Y A; 2XY6 A; 4OJL A; 5AM5 A; 1LVH A; 2UVV A; 3M6K A; 3IG5 A; 2DKX A; 4J9S A; 4UBC A; 2H5X A; 3FM9 A; 4JV0 A; 5F3X B; 1Z00 A; 2R8H A; 3V7J A; 3T79 A; 2VA3 A; 2W03 A; 7ICG A; 3TQ1 A; 2FLP A; 2UVU A; 4NLG A; 3RBE A; 3OSP A; 3SV4 A; 3JPQ A; 5L1J A; 4NL9 C; 5IIK A; 2W3S A; 5KFH A; 2AGP A; 2AJQ A; 3RAX A; 1ZQR A; 4F4K A; 1CEZ A; 2KIC A; 7ICK A; 4Y2R A; 5AM3 A; 4CF3 A; 4EBC A; 2MU2 A; 2YMP A; 1L3T A; 4M6W A; 2FPL A; 3SEN A; 2NO5 A; 3PST A; 4I2B A; 1YZ7 A; 2K60 A; 2E8N A; 2NRW A; 4IR9 A; 4QZI A; 5J0P A; 4UB5 A; 1D9F A; 2HBL A; 4RQ1 A; 8ICU A; 5KAI U; 1NJX A; 2BDU A; 3O0F A; 4YXM A; 4RQM A; 4EYH B; 4P4O A; 4LVS A; 2KOB A; 2OYY A; 1SKR A; 2LKY A; 3ETR A; 2A1J B; 2W04 A; 4IL6 U; 4CGZ A; 4UAT A; 3KZX A; 2KD1 A; 5DQH A; 2GWS A; 1D8L A; 3H8M A; 3AQF A; 1NNL A; 1QQ6 A; 4KLO A; 1N61 A; 4GC7 A; 3GU3 A; 1NKC A; 5ALL A; 2WF8 A; 3C1Y A; 4PHA A; 2RQ5 A; 7ICU A; 2WHE A; 4ECR A; 2OM6 A; 4Y2X A; 1XSP A; 2OWO A; 2JEJ A; 1BPX A; 3NGD A; 3GII A; 2C2R A; 3BQ7 A; 1WCL A; 1XNS A; 5AK3 A; 4A8E A; 1ZQK A; 2WTF A; 3DV9 A; 4R64 A; 1B4F A; 4Z6C A; 8ICA A; 5HP4 A; 2QAR A; 3HWT A; 2JZB B; 1NK9 A; 3NTU A; 1PZN A; 4AYB F; 4AYB C; 4YD2 A; 4RQ8 A; 1RYR A; 1Q46 A; 4IQW A; 1DXS A; 4RPY A; 9ICI A; 1RM6 C; 4MFA A; 4ECV A; 4C7Y A; 1SV0 A; 1BPY A; 4OCZ A; 5ALH A; 5HR7 A; 1SV0 C; 4O3M A; 5KG1 A; 1TKD A; 4DS5 A; 3TAQ A; 1KN5 A; 4M9N A; 1KSP A; 1JRP A; 3AN1 A; 4O3S A; 7ICF A; 5CHG A; 3IHQ B; 4KN4 A; 5D49 A; 1V97 A; 1JUD A; 5DKW A; 3QZ7 A; 4J9M A; 5KT6 A; 2CPR A; 1A76 A; 1X9W A; 5C5J A; 2EH9 A; 2BCS A; 2F1I A; 3RH4 A; 4RQ4 A; 4PGY A; 4CNQ A; 5KG2 A; 5J2B A; 7ICQ A; 1ZQ1 C; 5L1I A; 2HDO A; 3T5J A; 4IQU A; 2M0N A; 2KKP A; 1KTQ A; 8ICR A; 4P4P A; 3HJE A; 3GV7 B; 3DEE A; 3FAH A; 4JMU A; 2I6X A; 5KG4 A; 4ZH4 A; 2ZXI A; 5BOM A; 4C4T A; 3N7S C; 4M0A A; 2ES6 A; 3WKB A; 2VIX A; 4RPZ A; 5GTH U; 2F2A B; 5ALK A; 4O3R A; 5G5G A; 5J0R A; 1X6J A; 4YR0 A; 3HT3 A; 4R8U B; 4ACO A; 5J2G A; 1LKY A; 1RPL A; 4NLK A; 3UPQ A; 5KG5 A; 4YQW A; 4US8 A; 3V7L A; 3HW8 A; 3RJK A; 4F2S A; 1YZ6 A; 4F91 B; 4QZC A; 2NV3 A; 1Z1V A; 1F5S A; 4DOB A; 4WJ3 B; 1T94 A; 1ZQZ A; 4JB3 A; 9ICC A; 2HMX A; 2DPJ A; 1ZQG A; 3TFS A; 4CF4 A; 3SZ2 A; 4IS7 A; 1ZQF A; 3RAQ A; 1ZJN A; 1BNO A; 5JRT A; 4NM2 A; 2KZM A; 3ZDE A; 1JIH A; 2GH1 A; 1Z4O A; 3NRW A; 1HJP A; 4DL5 A; 4YVZ A; 5ALN A; 1NK7 A; 7ICP A; 2FDR A; 1DK2 A; 1OW5 A; 2RDI A; 3ORY A; 4I2E A; 5HML A; 3MGH A; 4Y2P A; 2K4E A; 3TAR A; 8ICI A; 2F77 X; 4J9P A; 1TK0 A; 1X2I A; 1ZQD A; 2R8G A; 2DUY A; 4KLD A; 5HR6 A; 1SIJ A; 2BCV A; 2HHQ A; 1ZOL A; 1ZQU A; 2LI6 A; 1TAQ A; 2RLT A; 3UMB A; 3H4D A; 3ZD9 A; 1PK3 A; 2FI1 A; 3C29 A; 4KN7 A; 4J9R A; 3BDP A; 2CRX A; 4RUC A; 1UT8 A; 4PHP A; 4DF4 A; 3M7D A; 4Q8F A; 1TAU A; 1X6I A; 1RYS A; 3MC1 A; 2YML A; 1Q3U A; 4J9Q A; 5J2J A; 2IHN A; 1UA1 A; 1QSL A; 4BX9 C; 9ICK A; 4JWM A; 4UAZ A; 1H38 A; 2UVR A; 4IQT A; 4CCH A; 3KOO A; 5ALU A; 2A1J A; 3IV6 A; 2F8K A; 4FZM A; 3ALR A; 1FFU A; 1V9P A; 4AP9 A; 3KKA A; 4F8R A; 3I28 A; 4Z6D A; 2DWQ A; 2LM4 A; 5TIS U; 4LZG A; 3PW0 A; 3OJS A; 4GC6 A; 2F1H A; 5KFE A; 1BPZ A; 2LYB A; 3KD3 A; 3KKA C; 1OUQ A; 4F71 A; 4BDP A; 2WAQ F; 4QW9 A; 3T5H A; 1K1Q A; 4BXO A; 5J2I A; 4ECU A; 2AQ4 A; 2Y0S C; 2XI9 A; 4O9M A; 4G3I A; 1COK A; 1S0M A; 8ICH A; 1N5W A; 3H0R B; 4XQ8 A; 5KFF A; 4DL2 A; 5KT5 A; 2ALZ A; 4NXZ A; 1TFR A; 5KTQ A; 2W11 A; 5EOZ A; 2JR5 A; 2Y1I A; 5AKG A; 4B9U A; 3JPP A; 2E8M A; 5KFQ A; 1RXW A; 4X5V A; 5KG0 A; 4BUG A; 3V6H A; 3OHA A; 3QUC A; 3MR5 A; 4I2J A; 3QYP A; 3H0M B; 1U9L A; 1PVR A; 5KFN A; 4PGQ A; 5KFS A; 3MR2 A; 3NRZ A; 4QZ8 A; 4YFK A; 1SKW A; 1NK6 A; 3QEA Z; 1QTM A; 1X40 A; 1A0P A; 2WF9 A; 2VAN A; 5DDY A; 4QWA A; 4KLG A; 3PV8 A; 4DQI A; 3NS1 A; 2FMP A; 3AM9 A; 2JEI A; 1ED1 A; 3K1Z A; 2PI4 A; 4KLT A; 8ICZ A; 3OJU A; 2HBJ A; 3RJF A; 3E2E A; 4QWE A; 5AM1 A; 2JGA A; 5F9L A; 5AI6 A; 4TUP A; 2K8C B; 3ZDB A; 3SD7 A; 4ED7 A; 2W7O A; 4DL6 A; 2Z7J A; 1MN8 A; 8ICJ A; 5AK4 A; 2W8K A; 4RNN A; 2W3R A; 5AKH A; 3TKA A; 1GO3 F; 3WK9 A; 5HNK A; 3RH5 A; 4I27 A; 1C20 A; 1WWV A; 2JH1 A; 3GFK B; 2GO7 A; 2C22 A; 1ZQB A; 2I1Q A; 1BPE A; 2E3T A; 4KX3 A; 3PX4 A; 2C2D A; 1TV9 A; 2FPM A; 2B0C A; 3PR5 B; 2AGO A; 2H3F A; 2BQ3 A; 3OSN A; 3SQI A; 1ZQY A; 2IA6 A; 2G07 A; 1RDF A; 2E1E A; 4QZF A; 1RZT A; 7ICE A; 1P7D A; 3IN5 A; 2ZUD A; 3EWA A; 4O0I A; 2K4H A; 7ICM A; 5J0Q A; 2BPF A; 4EX6 A; 4F4Z A; 3BZK A; 2QKQ A; 3KHR A; 8ICN A; 2OCE A; 4EX7 A; 4QJF B; 1NK4 A; 4O3P A; 3BQ2 A; 3KHH A; 4QIW C; 4M2Y A; 2XIC A; 3AU2 A; 4MEX A; 1NI3 A; 5AM0 A; 2E1F A; 4DQS A; 5DBA A; 3QU7 A; 4G9B A; 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