The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
89
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structure length |
89
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Chain Sequence |
MSSVYIVEEHYIPYSVAKKLLTDVIRSGGSSNLLQRTYDYLNSVEKCDAESAQKVIEELSNIVSREDVRAILASICPTTSDEVRSILVM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Translation, transferase
|
| publication title |
The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase subunit A
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| total genus |
16
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| structure length |
89
|
| sequence length |
89
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF03874 | RNA_pol_Rpb4 | RNA polymerase Rpb4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WAQ F; 2Y0S F; 2WB1 F; 3HKZ F; 2PMZ F; 4AYB F; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZIV B; 5KG7 A; 1ZQP A; 1L6N A; 9ICQ A; 9ICU A; 7ICM A; 3BS5 A; 1NK6 A; 3PR5 B; 4QZH A; 2PKE A; 4QZE A; 4Z6C A; 3V6J A; 2LPE A; 2ZIW B; 3G6V A; 2W7O A; 1QQ7 A; 1IIP A; 5HHI A; 3EZ5 A; 1FIQ A; 4F2S A; 1U4B A; 1QLN A; 2RLT A; 2F1J A; 3I28 A; 4ED1 A; 1D8B A; 4O5E A; 2WB1 F; 3L4P A; 2XY6 A; 4EEY A; 3PX6 A; 2V9W A; 5J8Y A; 2DF4 B; 3ED5 A; 3K4G A; 5DG8 A; 2O6K A; 3M9M B; 3Q8K A; 1V38 A; 2XO7 A; 1FFU A; 2AHO B; 2EZZ A; 3WK6 A; 4F8R A; 1OUQ A; 3ZD8 A; 4RQ5 A; 1L8L A; 3F2D A; 5IIO A; 5ALD A; 1DXS A; 2F2A B; 5DQI A; 2OWO A; 2YX8 A; 3AM9 A; 3TAD C; 1J97 A; 4F92 B; 3EPI A; 1V85 A; 2W54 A; 2BR0 A; 3UQ2 A; 4ED8 A; 4BDP A; 3NTU A; 4B9S A; 1Q46 A; 1ZQH A; 1RZT A; 4FE3 A; 3EPG A; 9ICL A; 1T3Q A; 4P2H A; 3DEE A; 3F53 A; 1KRP A; 4BXO B; 2KV2 A; 5KNI A; 9ICA A; 2K4P A; 1ZD3 A; 2BDU A; 2ZXH A; 7ICN A; 4PHP A; 4RPX A; 4FZL A; 3HKZ C; 7ICO A; 2BCS A; 2KFN A; 4EBD A; 3BQ0 A; 1ZYQ A; 4ECV A; 3QU9 A; 5J8Y C; 4C80 A; 4C4R A; 1SZH A; 3BQ7 A; 1NKE A; 5DB7 A; 1BNP A; 2R8H A; 2DGZ A; 5DLG A; 3AL0 B; 1MSW D; 2ZJ8 A; 5C5J A; 4NLN A; 4JV0 A; 4DL4 A; 3NVY A; 4UAU A; 5DG9 A; 1KLN A; 2MA1 A; 4IRC A; 3K1Z A; 1RQL A; 2KHV A; 4O9M A; 1TE2 A; 9ICR A; 1D9D A; 3RJK A; 2BGW A; 5AKL A; 5FP0 A; 3WKB A; 3GIL A; 4C4T A; 2BCV A; 1JXE A; 2I5H A; 1COO A; 1N5X A; 5ALL A; 4I2F A; 3TQ1 A; 4DLE A; 7ICL A; 2G08 A; 4IC9 A; 3VCB A; 1P7D A; 4O5K A; 3N4M B; 4BUG A; 5KFH A; 4M9H A; 4F72 A; 3V7L A; 4YD1 A; 1T7P A; 2B0C A; 4JV1 A; 2KE7 A; 4KN4 A; 4I29 A; 4O3S A; 1NJX A; 5CWR A; 4OJ5 A; 1Z19 A; 1UPH A; 1Q3U A; 3C1Z A; 3N7P D; 3HX0 A; 2NYV A; 9ICB A; 2ESE A; 5DB8 A; 5KFF A; 4B9V A; 5BOL A; 2AJQ A; 5KTQ A; 2LM4 A; 4KLH A; 5KFK A; 4DSJ A; 3FM9 A; 3F5E A; 7ICR A; 2KZ3 A; 1X6I A; 4F71 A; 4YN4 A; 3RTV A; 2P66 A; 5K4L A; 4DQI A; 2KD1 A; 4IL6 U; 4F5P A; 1ZQF A; 2M0N A; 4FBU A; 4M0A A; 1PUZ A; 3F2C A; 4K4G A; 3E58 A; 2DL0 A; 2ZJ5 A; 3TFS A; 2BQR A; 4NLG A; 2I6X A; 4E0D A; 4KLT A; 4RQM A; 4R65 A; 3RJF A; 5DBB A; 4XA5 A; 1TAQ A; 2LHT A; 3KHH A; 3E2E A; 4C7Z A; 1VDV A; 2YB1 A; 2K60 A; 4ACO A; 4M9L A; 3KBB A; 2HCF A; 1SV0 C; 3QNM A; 3V72 A; 9ICF A; 5A0L A; 4NLC A; 2HHS A; 1S0M A; 3H4B A; 4P4O A; 5KFN A; 2BPF A; 4M2Y A; 2EQY A; 5KFG A; 5KT2 A; 4J9Q A; 4I27 A; 1ED1 A; 2Y0S C; 3T5K A; 8ICC A; 4I2A A; 2QLT A; 2DFL A; 8ICF A; 2YQE A; 1DK3 A; 2XCP A; 1NJY A; 5AK5 A; 2AQ4 A; 2RHF A; 3WK7 A; 5AI8 A; 4QZA A; 5EE1 A; 1ZD5 A; 4UB3 A; 4IQV A; 4C0Z A; 1Z1V A; 3UMB A; 1EXN A; 1S97 A; 1RPL A; 4UQG A; 2JRZ A; 4ECQ A; 3FDS A; 4QWE A; 4OO1 J; 2OH2 A; 2R18 A; 3R9K A; 4I2B A; 1UA0 A; 4DQP A; 3C2K A; 5JTI A; 2HHT A; 4ZH4 A; 2HW3 A; 4CF3 A; 3H4D A; 4EZ9 A; 4UB1 A; 3Q8Q B; 4F2R A; 1KW4 A; 4J9M A; 4JMU A; 5J2H A; 1N61 A; 3RRH A; 1CRX A; 1SKS A; 2W9A A; 5J0X A; 3ICX A; 2JEF A; 4C7Y A; 4EBC A; 4TUS A; 4DFJ A; 3H8W A; 1ZQI A; 2KOB A; 7ICV A; 3UMG A; 5ALJ A; 5ALI A; 3WK8 A; 4O5C A; 1IM4 A; 1JI7 A; 2YN4 A; 3RH5 A; 1T8E A; 5GTH U; 3NVV A; 2W9B A; 4RUC A; 3C5F A; 4NM1 A; 1XNS A; 2ZTE A; 2IMW P; 4O0I A; 5KG3 A; 4MFA A; 1MC8 A; 3L3F X; 1ZQQ A; 4O3Q A; 4TQR A; 3MGV A; 5ALF A; 5H2F U; 3IDW A; 3H8J A; 1BPX A; 1WG8 A; 3RR7 A; 4F4Y A; 2D3D A; 4Z6D A; 4Z6F A; 3C21 A; 2C28 A; 4YD2 A; 2KKV A; 4JV2 A; 2ZUD A; 3ZDC A; 1ZQN A; 2EAN A; 1T4G A; 4DO9 A; 1U45 A; 2GH1 A; 2OXO A; 5AKY A; 5ALE A; 2NRZ A; 3NAS A; 4RQ2 A; 2H3Z A; 2DWQ A; 3EUB 2; 1SXE A; 4JB3 A; 1ZQJ A; 3GV7 B; 1O03 A; 5J2K A; 5AK6 A; 5L1K A; 2ISP A; 4U6P A; 9ICV A; 3ZD9 A; 4QZ8 A; 3G6X A; 5KFS A; 2J6U A; 7ICU A; 4R64 A; 1NK5 A; 5KFV A; 3C1Y A; 4F93 B; 4DF4 A; 2UVR A; 2XC9 A; 3CP8 A; 9ICC A; 3OJU A; 4DL3 A; 1LKY A; 1FEZ A; 1WWU A; 1GO3 F; 2BZF A; 2NRX A; 4KTQ A; 4NL9 A; 4ED0 A; 4YXJ A; 1UCV A; 2ISO A; 4C8L A; 2G5I B; 1BVS A; 2FPM A; 7ICT A; 3QU7 A; 3HW8 A; 1DGJ A; 4KMU A; 3PMN A; 2XI9 A; 4KLI A; 3JPQ A; 3TAC B; 4RPZ A; 2JH1 A; 3MDA A; 3GZF A; 1NNL A; 3HPO A; 7ICK A; 1IXR A; 2WF8 A; 5DDY A; 5J0Q A; 1X9W A; 3C28 A; 5AKH A; 2KKP A; 7ICP A; 8ICZ A; 5ALG A; 2RDI A; 5HP4 A; 4EYI B; 5KG6 A; 8ICU A; 4DCC A; 5ALM A; 2MRL A; 1PVR A; 4B9L A; 2VJ4 A; 4YXM A; 1F0M A; 2H3V A; 1KDH A; 2KFZ A; 1NOM A; 2YMP A; 3IV6 A; 4PGQ A; 3SI8 A; 4PHE A; 3H40 A; 2G06 A; 3JPR A; 1V97 A; 5KT5 A; 4NL9 C; 1XSN A; 5KT6 A; 4QZG A; 5KFM A; 3QU5 A; 2WAQ C; 3HJE A; 5EOZ A; 3IG5 A; 4CF5 A; 4KLS A; 4PL2 A; 1NK4 A; 3RRG A; 5J0R A; 5B66 U; 1ZQ1 C; 1ZQU A; 5KFO A; 4M9N A; 5E79 U; 2W3S A; 3N7R C; 2J6T A; 4MEY A; 5ALT A; 4R8U B; 2BCU A; 7ICG A; 2F1H A; 1XU4 A; 2W9B B; 1NK0 A; 7ICF A; 1DGS A; 1N60 A; 3ONN A; 3D2Q A; 4R66 A; 4CGZ A; 4KX3 A; 1WWV A; 4Y2J A; 4DL6 A; 3NRZ A; 1YZ6 A; 3OSP A; 5DBA A; 2YB4 A; 2ZIU A; 2A3V A; 4KIT B; 2GOL A; 4OJO A; 3ISC A; 1Z00 A; 5L1L A; 2ASD A; 3SV3 A; 4AYB F; 1PVP A; 2PXI A; 1TKD A; 3AQF A; 4O3R A; 1XO0 A; 3LDA A; 3QXG A; 2XGQ A; 4IQT A; 3SMV A; 1TAU A; 1RG6 A; 3CYM A; 5J0U A; 3KZX A; 3GIJ A; 3PR4 A; 2WF5 A; 2HVI A; 1JIH A; 1N5W A; 5KL1 B; 1WCL A; 5J2C A; 3GV8 B; 3Q8M A; 1ZQV A; 3RJI A; 2HBJ A; 3IP4 B; 4DL7 A; 3HT3 A; 4NM2 A; 1ZQO A; 3U26 A; 1XSL A; 5ALP A; 2R8K A; 3ALR A; 1U9L A; 3UXO A; 4O3M A; 2PMZ F; 4I2I A; 4JWM A; 2ODG A; 4G9B A; 4YP3 A; 3OJS A; 5KT3 A; 4B9U A; 8ICR A; 3A0B U; 3TAN A; 4PPX A; 4UW9 A; 5AIA A; 4KMO B; 3PML A; 9ICW A; 4J9L A; 5JU5 A; 1ZOL A; 1XO1 A; 2I9G A; 1XS9 D; 2UVV A; 1T3N A; 1TK0 A; 2AH5 A; 4DQR A; 1ZD2 P; 1O08 A; 3WK4 A; 4OJL A; 2Y1I A; 1D9F A; 3A0H U; 4EBE A; 3FC4 A; 3QYP A; 1DRG A; 3PZP A; 4ED2 A; 4ELV A; 9ICG A; 1N56 A; 5CRX A; 4KLJ A; 4RNO A; 8ICO A; 4CRX A; 5KFP A; 1FO4 A; 2JGA A; 5KFD A; 2XCA A; 2FI1 A; 2F76 X; 3QE9 Y; 4DL5 A; 1L3S A; 1IG6 A; 2K8C B; 3ZDE A; 4MEX A; 4KLF A; 2K4E A; 2W9M A; 4Y2Y A; 4QIW C; 1TK5 A; 1S9F A; 2R8I A; 3SAH A; 2AGO A; 1URJ A; 8ICH A; 2KK0 A; 5IIN A; 5DQH A; 9ICS A; 4PGX A; 3ORY A; 2BCQ A; 1BGX T; 5DLF A; 3Q8L A; 5KFI A; 5ALH A; 5AM1 A; 4GXJ A; 3WK9 A; 1L8O A; 5AKJ A; 3PVX A; 3D2S A; 5HR6 A; 3LVW A; 3SD7 A; 3RH4 A; 3FYH A; 5KG0 A; 5J0O A; 3CNH A; 4DFD A; 3H0M B; 3SAF A; 2M9N A; 3SAG A; 2RRD A; 3NRW A; 4ECZ A; 3PST A; 2LYB A; 9ICI A; 3ZDB A; 2LI6 A; 1RYS A; 2EH9 A; 1ZQW A; 1N62 A; 2BQ3 A; 4PZO A; 5ALZ A; 4RNM A; 3BQ2 A; 2BQU A; 1NZB A; 1QH9 A; 5J0S A; 5EWF A; 4GXK A; 5DB9 A; 3RAQ A; 2ZIU B; 5KFU A; 2CRX A; 4Y2P A; 2ASL A; 3AN1 A; 5AKX A; 4PH5 A; 2KVC A; 4GC7 A; 1HJP A; 1Z00 B; 2LYA A; 4IS7 A; 4Q8E A; 2WFA A; 2IHM A; 2KJ8 A; 4Q8F A; 3V7K A; 2W9C B; 3EYZ A; 4P4M A; 2B6G A; 2A1J A; 2KMD A; 2Q4T A; 4GC6 A; 3H0R B; 3RBD A; 1K1Q A; 1X9X A; 2BPG A; 2CN1 A; 5KFW A; 1JXL A; 4C8K A; 5KFC A; 5KFR A; 4Y2X A; 4PHD A; 5EWE A; 1HUO A; 9ICX A; 3M8S A; 9ICE A; 1WCN A; 2CXY A; 2DKZ A; 3BS5 B; 1NI3 A; 1XC9 A; 2FPK A; 2JHD A; 3UPQ A; 3BQT A; 2AQ0 A; 3SEI A; 5CJ7 A; 2ZIX A; 3Q8S B; 2ZUB A; 2NO5 A; 2E8M A; 4DOC A; 2HHQ A; 4X5V A; 2MAX A; 4NJ8 A; 4QWD A; 5J2D A; 3HRD D; 4AP9 A; 2KZM A; 3V7J A; 2P35 A; 1BPE A; 3V6H A; 4ECW A; 1PK3 A; 1QSY A; 3AMZ A; 5F9L A; 1L7P A; 3D2N A; 5KFJ A; 2W3R A; 1C20 A; 4AYB C; 7ICS A; 4EX7 A; 3QZ7 A; 3PSP A; 3GIM A; 4JWN A; 5KAF U; 1RQN A; 4ELU A; 2FPL A; 5J29 A; 1C7Y A; 2PI5 A; 1ZQK A; 2P6U A; 4ED6 A; 1JRO A; 3JPP A; 3HIL A; 5F9N A; 1KEJ A; 2HDO A; 4DSL A; 4PHA A; 5AI4 A; 2VA8 A; 4FZN A; 1QCK A; 4OJ6 A; 5F3X B; 4FS2 A; 5AI9 A; 1KL9 A; 4ICA A; 4C4S A; 4M9G A; 1X40 A; 1S10 A; 4IRK A; 3E0F A; 2E8P A; 2H3F A; 2I1Q A; 2Y9T A; 4DEZ A; 4QZD A; 5AI0 A; 2WB1 C; 4KLM A; 2NRW A; 2QB0 A; 2XIC A; 4Z6E A; 2V4R A; 3BQ1 A; 4F91 B; 3WKD A; 3RJJ A; 4K4I A; 1MA7 A; 1PZN A; 2L5Y A; 1TAM A; 4FFD A; 5IIJ A; 3K1R B; 3JPN A; 3PO4 A; 1NZP A; 3TAR A; 2ATL A; 8ICQ A; 3MFH A; 1RXV A; 8ICY A; 1QQ5 A; 1H38 A; 5J2E A; 2OYY A; 4Q43 A; 2VAN A; 1X9M A; 3KHL A; 5ALW A; 3RFA A; 4TUP A; 3T5L A; 1ZQZ A; 2JXJ A; 5AK3 A; 4RT3 A; 5KFE A; 4I2E A; 1ZJN A; 2HOI A; 5CEH A; 5DGB A; 1ZQT A; 2DQN B; 3EW9 A; 5ALQ A; 1SWW A; 2NO4 A; 3MDC A; 1DOQ A; 3C2L A; 2PFN A; 3ETR A; 8ICT A; 3OTQ A; 3WU2 U; 3ZDD A; 4UAV A; 3PW2 A; 5ALX A; 2RQ5 A; 4XRH A; 5EE3 A; 4YCX A; 3MR6 A; 2A1J B; 4YMO A; 1SV4 A; 4FZM A; 1WUD A; 4US9 A; 3H7I A; 5DG7 A; 2D8C A; 4MHV A; 3M9O B; 4IR9 A; 3I76 A; 5AKK A; 2G0A A; 2KJ5 A; 3AUO A; 4CNQ A; 2KTQ A; 1A77 A; 8ICM A; 1DK2 A; 4P0P A; 2K89 A; 1JN3 A; 1OXJ A; 1A76 A; 1L3T A; 4RQN A; 4GLX A; 5AM3 A; 4JUZ A; 2FE9 A; 5EWG A; 5BPC A; 3H8S A; 4DOB A; 4LJX A; 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4RQ3 A; 3QEA Z; 2ALZ A; 4YR2 A; 5DQG A; 3CRX A; 2DBY A; 2HHW A; 2W04 A; 1S5L U; 1J2N A; 4PZN A; 4EX6 A; 2PFQ A; 4M47 A; 4Q45 A; 3UMC A; 2WF9 A; 3BZK A; 5KFY A; 3MC1 A; 4TUQ A; 3UQ0 A; 4O3N A; 4KLO A; 1QSS A; 4I28 A; 3Q8R B; 9ICO A; 2NRT A; 3OHA A; 4P0P B; 8ICW A; 1UT5 A; 4HAI A; 1Z4O A; 2FJ6 A; 4FBT A; 4UB5 A; 4HYK A; 2IOH A; 5B5E U; 3M1Y A; 4F4Z A; 1SIJ A; 2E3T A; 2B21 A; 5AM0 A; 2IHN A; 4B9N A; 4Y2U A; 5J2I A; 2F44 A; 2BCR A; 3BJY A; 4EEK A; 1SZP A; 2F1I A; 2BHN A; 5L9X A; 3PX4 A; 2EZX A; 3MR2 A; 2DPI A; 5III A; 1RM6 C; 4ED7 A; 1RDF A; 5KFT A; 3UM9 A; 3LWM A; 3RF9 A; 2HBK A; 4RQ0 A; 1ZQX A; 5HMM A; 3WKA A; 5L1J A; 1Q8K A; 2HHX A; 4YVZ A; 1M6Y A; 2PI4 A; 1F44 A; 2JEG A; 3PY8 A; 4EYH B; 4EZ6 A; 1B22 A; 2KVS A; 2VA3 A; 1LKY B; 5AHX A; 2E5S A; 2JZB A; 7ICJ A; 3KKA A; 5HML A; 2Y0S F; 5AIC A; 2E1E A; 2FMQ A; 4FS1 A; 1KFS A; 3ZI4 A; 4I2C A; 3C29 A; 3KOO A; 2G09 A; 3IN5 A; 3ETL A; 4DWI A; 9ICN A; 7ICE A; 3M6K A; 2AGP A; 2J6S A; 1KN5 A; 5ALK A; 4RQ1 A; 3M8R A; 4F5R A; 2Y1J A; 3RJH A; 4CCH A; 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