The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
89
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structure length |
89
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Chain Sequence |
MSSVYIVEEHYIPYSVAKKLLTDVIRSGGSSNLLQRTYDYLNSVEKCDAESAQKVIEELSNIVSREDVRAILASICPTTSDEVRSILVM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase subunit A
|
| publication title |
The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Translation, transferase
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| total genus |
16
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| structure length |
89
|
| sequence length |
89
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF03874 | RNA_pol_Rpb4 | RNA polymerase Rpb4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WB1 F; 2PMZ F; 3HKZ F; 2WAQ F; 4AYB F; 2Y0S F; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NLB A; 3TAC B; 4I2D A; 5DG9 A; 4ZOH C; 8ICO A; 4Q8F A; 4ELT A; 1NK6 A; 4M0A A; 1BVS A; 3Q8Q B; 1TK5 A; 1FO4 A; 2ESE A; 1COK A; 1U49 A; 3LWM A; 1X6J A; 4NWI A; 4DL3 A; 1D8Y A; 1RQL A; 2XGP A; 5KFW A; 2XVT A; 4UBB A; 4DWI A; 4MFC A; 2BQ3 A; 2LKY A; 2HW3 A; 2C2E A; 5L1I A; 9ICV A; 4C4S A; 4P0Q A; 4RT2 A; 2VJ5 A; 1ZD3 A; 7ICP A; 2GH1 A; 5KFR A; 3RJH A; 2W8L A; 2W9B A; 3EPI A; 4DFK A; 5KL1 B; 3L4P A; 5KG2 A; 1JI7 A; 4F5N A; 3N28 A; 4TQS A; 2KJ8 A; 3UXN A; 2Y1I A; 2C2R A; 8ICS A; 4CDG A; 4YXJ A; 4OJP A; 3T3F A; 3WK6 A; 3ETR A; 1JXL A; 1TV9 A; 3E2E A; 3B0X A; 5JTI A; 4B9M A; 5KFH A; 9ICU A; 5JUM A; 1UA1 A; 3TKA A; 5J0Y A; 8ICQ A; 2LYA A; 1NZP A; 4O3N A; 4YD1 A; 2KJ5 A; 8ICP A; 5F3X B; 1L7N A; 2H3Z A; 5KT5 A; 4QWB A; 8ICH A; 2C22 A; 3KHL A; 4ED1 A; 2NV3 A; 8ICL A; 3V7K A; 1X9W A; 2NRZ A; 1F0M A; 2IHN A; 2LMR A; 2F3N A; 2ZUD A; 2BPC A; 4C7Z A; 4P0P B; 3JPR A; 1NNL A; 1Z00 A; 3H4B A; 4RPY A; 4J9S A; 3C21 A; 5DDY A; 1KFT A; 4ECS A; 3Q8K A; 2R8I A; 5AK6 A; 1P7D A; 5J0S A; 2K60 A; 1ZQB A; 4QIW F; 2ISO A; 2FMQ A; 3MR6 A; 1JAL A; 3JPS A; 8ICR A; 4C4R A; 1K1S A; 3PSF A; 2R8G A; 4C4T A; 1T7P A; 4EEY A; 1YZ6 A; 4RZR A; 3MDA A; 4J9R A; 4DOA A; 2PKE A; 4C8L A; 1S76 D; 3BQ7 A; 2W7P A; 2JZB B; 3M8R A; 5J0O A; 2KMD A; 1KKX A; 4Z6C A; 1C7Y A; 5ALK A; 3LK9 A; 4IC9 A; 2AGP A; 2KHQ A; 1BNP A; 1ZQO A; 3OJU A; 1KDH A; 1SL2 A; 2H3I A; 2ZIU A; 2W11 A; 2EDU A; 3AQE A; 5IIK A; 4F5Q A; 1N2X A; 4TUR A; 1XNS A; 3ZDB A; 2OM6 A; 4DQR A; 2EAM A; 4IR1 A; 1CRX A; 5ALN A; 1ZET A; 1KSP A; 1PUZ A; 4MF8 A; 2HDO A; 3KFU F; 2IA6 A; 3RBE A; 5CEH A; 2ASD A; 5EWE A; 1KFD A; 8ICA A; 3WK8 A; 4M9J A; 3CRX A; 2HI0 A; 2WF9 A; 5KL8 B; 4NLZ A; 2RRD A; 2W3S A; 2KKV A; 1CI4 A; 4RQ0 A; 4I2B A; 2DKZ A; 3CP8 A; 3RB4 A; 1OXJ A; 3H8W A; 5J0P A; 2ZIW B; 4ECY A; 2KIW A; 2WF8 A; 5KFQ A; 5L1L A; 2YB4 A; 3HIL A; 5DLF A; 4F4W A; 1ZQJ A; 2E8N A; 9ICT A; 2P35 A; 1QQ7 A; 4DL2 A; 4YXM A; 4ECV A; 1BGX T; 2QKQ A; 4Y2T A; 4F91 B; 2DPJ A; 2XO7 A; 1T4G A; 4BDP A; 2XIC A; 3KZI U; 2WF5 A; 1QSL A; 4K4G A; 4ZH4 A; 1ZQI A; 1WCN A; 4P4P A; 4FS2 A; 5B5E U; 2KG5 A; 3H7I A; 4J9M A; 2HVH A; 4ED6 A; 3OJS A; 1Q46 A; 4EYH B; 1X9S A; 1RQN A; 3MFH A; 2J6T A; 3RR8 A; 2WAQ C; 1RDF A; 4UAY A; 1BPD A; 3UMC A; 3I28 A; 2R8K A; 3PML A; 3RRH A; 5H2F U; 1MA7 A; 9ICI A; 3EWA A; 2ALZ A; 1L7M A; 5KG5 A; 1IXR A; 2Z7J A; 5EE1 A; 4Y2P A; 1LVH A; 1QQ5 A; 3PSI A; 4PJ0 U; 1BPB A; 3C5G A; 4TUP A; 2MU2 A; 2W04 A; 4JV2 A; 3QUQ A; 3UMB A; 3H40 A; 5G5H A; 1Y88 A; 2UVW A; 2R8H A; 5ALR A; 3M6Z A; 3NRW A; 4ECZ A; 4JV0 A; 3PR5 B; 4Y2V A; 4Z6F A; 2VJ4 A; 5J0R A; 3D2N A; 1AQ6 A; 1MN8 A; 3PV8 A; 4J9Q A; 8ICU A; 5J2H A; 4KLH A; 2OHF A; 7ICO A; 3V7L A; 5KFA A; 2KSO A; 1LB2 B; 2K89 A; 3WKB A; 4B9L A; 1B43 A; 1KEJ A; 3MC1 A; 1S97 A; 2KZZ A; 1QLN A; 1JXE A; 5ALF A; 5KFL A; 2HSZ A; 4GC6 A; 5AHX A; 3T5J A; 5DGA A; 4NL9 C; 5KFN A; 1SV0 A; 1PVP A; 4BX9 C; 5KFM A; 1D9F A; 2EQY A; 3ZDC A; 1WUD A; 9ICR A; 3LYS A; 5EE0 A; 2ODG A; 5CRX A; 4C0Z A; 5ALJ A; 9ICQ A; 1PK1 B; 5AKG A; 5L9X A; 5KFI A; 5HNK A; 2KN7 A; 3C2L A; 5AM1 A; 4MF2 A; 3F5A A; 1FIQ A; 3CW2 C; 2OCE A; 4I2F A; 2QB0 B; 1WG8 A; 2QAR B; 3N97 B; 4NM1 A; 2P6R A; 2N1R A; 1RG6 A; 3ZDD A; 5KFV A; 5AK3 A; 4RQN A; 2HHW A; 5CJ7 A; 2BKE A; 5EE3 A; 1VLB A; 4R66 A; 3IM1 A; 3H0L B; 4DL6 A; 4UAW A; 4WJ3 B; 5AIA A; 4O3R A; 3GIK A; 3RJG A; 4HYK A; 2I9G A; 4F4Y A; 3R9K A; 4EX6 A; 5CHG A; 2WB1 C; 4B9U A; 4ED8 A; 4UB8 U; 1ZQE A; 2PFN A; 2ZIX B; 3KHR A; 3GDX A; 1XC9 A; 3Q8R B; 5DQH A; 2L5Y A; 4RNM A; 3C1Z A; 1A77 A; 3OGU A; 3H8M A; 2FE9 A; 1U47 A; 2HOF A; 2Q4T A; 2ZTC A; 2BCQ A; 2G0A A; 3FM9 A; 4JMU A; 1ZOL A; 3GZF A; 1S0N A; 1X42 A; 4DF8 A; 3KHG A; 5JU5 A; 3ISB A; 4R65 A; 2PI5 A; 4KLU A; 1PVR A; 4KLJ A; 4YP3 A; 2JR5 A; 2P6U A; 4Y2X A; 4F93 B; 4RT3 A; 3M6K A; 2KZM A; 3M9M B; 4NY8 A; 1JN3 A; 7ICN A; 2YN4 A; 1UQV A; 3B9J A; 3UQ0 A; 1XU4 A; 5KFF A; 2YMM A; 4CF5 A; 5AKI A; 2EH9 A; 2DWQ A; 3GQC A; 5DQG A; 4DFP A; 1NJX A; 4DSK A; 1ZQZ A; 3WKC A; 9ICH A; 5T14 A; 3BJY A; 1L6N A; 4YCX A; 2ZXH A; 4C8M A; 3QUT A; 9ICG A; 1Z3E B; 4PPX A; 2A3V A; 3HPO A; 1TK0 A; 3RJK A; 4QW8 A; 3ALR A; 3PO4 A; 5F9L A; 1L8L A; 3V6J A; 4NLK A; 2JV3 A; 3NVV A; 2JGA A; 4O3O A; 2FPL A; 1A76 A; 5AI5 A; 2LM4 A; 4HAI A; 5ALU A; 5KT3 A; 4QZE A; 4KN7 A; 4MFA A; 3MGH A; 1RPL A; 1ED1 A; 9ICK A; 4P0Q B; 2UVU A; 9ICM A; 5ALV A; 4IRD A; 5KFZ A; 1S0O A; 9ICX A; 4F71 A; 4EBD A; 2GLE A; 5DB8 A; 4MFF A; 9ICB A; 4DS5 A; 8ICK A; 9ICL A; 5J2I A; 5ALY A; 1JRO A; 1OW5 A; 4X5V A; 4FBT A; 4O3P A; 1UA0 A; 1DOQ A; 8ICX A; 2H5X A; 4UB1 A; 3PZP A; 1L3T A; 2D3D A; 3UM9 A; 4PHE A; 2EZZ A; 5GTI U; 1RYR A; 1O08 A; 4DLG A; 3SV4 A; 2Q0Z X; 1KTQ A; 1GO3 F; 2I6X A; 4GIB A; 2BZF A; 4FO6 A; 4CF3 A; 1NJW A; 4FE3 A; 3V72 A; 4OD0 A; 2AHO B; 1RM6 C; 1J2N A; 5AM3 A; 2A1J A; 1XSN A; 4CF4 A; 4XRH A; 4YQW A; 1Z00 B; 3AN1 A; 3HKZ F; 4DCC A; 3NAS A; 2YX8 A; 4US9 A; 5DG8 A; 2B21 A; 5AKY A; 1RXV A; 5AI9 A; 5L1K A; 5HR7 A; 2W9C A; 3MDC A; 4BGD A; 3QNM A; 2KHV A; 1N56 A; 2BQU A; 3V6K A; 2FPM A; 4ED2 A; 1QCK A; 2JH1 A; 3ZD9 A; 1JX4 A; 2JEI A; 4O3Q A; 2EZY A; 2JMG A; 2K4P A; 2FJ6 A; 4QJF B; 2KTQ A; 1B22 A; 2XCP A; 4O9M A; 1BPX A; 4NV0 A; 2IOF K; 3PX4 A; 4UQG A; 4RNN A; 4M47 A; 2LHT A; 4RNO A; 4FZM A; 3RR7 A; 3AUO A; 1NZB A; 4NJ8 A; 3LDA A; 2K4I A; 2W3R A; 4U6P A; 1N63 A; 5ALZ A; 2W9M A; 4KTQ A; 5EWG A; 2FLN A; 3PO5 A; 1CUK A; 2FDR A; 4C80 A; 2EAP A; 3QYP A; 3MGI A; 1ZQD A; 4PGQ A; 1L7O A; 2C28 A; 3TAR A; 2PFQ A; 2D6F C; 1X2I A; 3BS5 A; 3K1R B; 2G06 A; 2XC9 A; 3GIJ A; 2KFZ A; 1ZYQ A; 1ZQR A; 3N7S C; 4Y2S A; 5ALD A; 1V38 A; 1L3U A; 1UCV A; 4ECX A; 3QU2 A; 2I1Q A; 1T3N A; 5IIM A; 1ZD5 A; 3BQT A; 4J9N A; 2BCU A; 2Y9T A; 1XWL A; 5C0Y A; 4YMO A; 5AIB A; 5IIJ A; 1NK5 A; 4F5O A; 1RYS A; 5TZV A; 2YMQ A; 4FZN A; 4F4K A; 3AMZ A; 3PSP A; 3C29 A; 4P2H A; 3RBD A; 5IIO A; 3SZ2 A; 2MA1 A; 4KLD A; 5AM0 A; 3WK9 A; 4DSI A; 4F5P A; 3DDH A; 3SEI A; 5C5J A; 7ICI A; 4F3O A; 7ICS A; 3NRZ A; 4GXJ A; 2W03 A; 8ICT A; 4M2Y A; 5ALL A; 4QZI A; 2DPI A; 3N7P D; 9ICP A; 5CR0 A; 4I2E A; 2W9A A; 2EAO A; 2FLP A; 3E0F A; 5CP2 A; 1L3V A; 4OJ5 A; 4RQ5 A; 2IMW P; 2PFO A; 3QXG A; 1SV0 C; 3EW9 A; 4M6W B; 4YMN A; 2BCS A; 2BCR A; 4IRC A; 2E5S A; 3NTU A; 1SKR A; 2KEY A; 2AJQ A; 4EZ9 A; 5BPC A; 5DB9 A; 5KFO A; 2BPG A; 1ZQM A; 3PW4 A; 2RLT A; 1SWW A; 1IG6 A; 2DKX A; 2FMP A; 1M6Y A; 4F92 B; 1ZQW A; 4KLE A; 2H3F A; 2PFP A; 1ZQG A; 1KQQ A; 1YZ7 A; 5D46 A; 3OHA A; 3A0H U; 4M9L A; 4G3I A; 3D2S A; 1S8O A; 1URJ A; 2LM1 A; 4J03 A; 4QZB A; 1ZQX A; 2BR0 A; 4DOB A; 1ZRM A; 4I2J A; 5A0L A; 3HJE A; 4NLC A; 8ICJ A; 4R64 A; 3BS7 A; 4UW9 A; 4KX3 A; 1PK3 A; 2KSO B; 2WF7 A; 2BPF A; 4PL2 A; 4EEK A; 5HML A; 4ED7 A; 1SKW A; 3VC8 A; 2NRW A; 7ICU A; 3RB0 A; 2HHX A; 2G07 A; 4RQ4 A; 3SD7 A; 4F2S A; 2ASL A; 4AYB C; 3H8J A; 9ICF A; 2F2A B; 1Z1B A; 5AK5 A; 1N61 A; 4DQS A; 4IQT A; 4TUQ A; 3U26 A; 4RU9 A; 3PVX A; 2NRV A; 2JZB A; 2YY6 A; 3QZ8 A; 2A19 A; 1IIP A; 4QNL A; 2F1H A; 3T79 A; 5J8Y C; 4PL1 A; 8ICY A; 5CA7 A; 4RQ2 A; 4PHD A; 4IL6 U; 2Y0S F; 5G5G A; 7ICK A; 4KLG A; 2ZIV A; 2FMS A; 2JH7 A; 5KFU A; 1O03 A; 4ICA A; 1J97 A; 4O5K A; 5J0X A; 2OYY A; 2MSN A; 5DQI A; 2KOB A; 2W8K A; 1LKY A; 4O5C A; 4I2G A; 3C23 A; 1KL9 A; 1X6I A; 2MUT A; 2IBK A; 1IM4 A; 4RQ7 A; 4NM2 A; 7ICJ A; 2OXO A; 8ICW A; 1U9L A; 2OWO A; 1HEK A; 4KLL A; 4F72 A; 5FP0 A; 3BZK A; 1ZQU A; 3UQ2 A; 3C2M A; 2W43 A; 2HOQ A; 4PGY A; 3ISD A; 9ICJ A; 8ICB A; 3Q8S B; 4JWN A; 1SKS A; 4EBC A; 2ZUC A; 3QU7 A; 3D2Q A; 4UB6 U; 3NVY A; 4AP9 A; 1ZQL A; 2HBJ A; 1ZXI A; 2CRX A; 4Y2Q A; 5ALS A; 5ALP A; 4Y2J A; 5HHI A; 3RF9 A; 1Q3U A; 3FDS A; 4B9S A; 3BQ0 A; 4J9P A; 1Z19 A; 5KFY A; 3L3F X; 1BPE A; 3IV6 A; 3M8S A; 3UPQ A; 4UAS A; 2J6U A; 2E3T A; 4M04 A; 4NXZ A; 1ECW A; 3TAD C; 2KV2 A; 3T5H A; 5J2D A; 5EWF A; 5KFT A; 3PW0 A; 3QUB A; 4RQM A; 5E79 U; 3RH6 A; 4TUS A; 5KFP A; 4ECU A; 2ZG6 A; 2E8P A; 1F5S A; 4I2I A; 4ED3 A; 2W54 A; 3KBB A; 2E1F A; 3H0R B; 3RH5 A; 2AGO A; 1S0M A; 5KG0 A; 2XY7 A; 5J0T A; 3HT3 A; 4G9B A; 4JK1 A; 1S9F A; 3GFK B; 1MSW D; 3IN5 A; 2QB1 A; 1SXE A; 2JXJ A; 4RQ8 A; 5AKE A; 9ICS A; 2ZJA A; 3QU9 A; 2BGW A; 2G5H B; 5ALX A; 1HUZ A; 3AEV A; 3SAG A; 2QLT A; 1NKE A; 7ICM A; 4DSF A; 1COO A; 5J2E A; 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4YR3 A; 2M0N A; 4B9T A; 4DQP A; 4KMO B; 3N7R C; 2HHU A; 2YQE A; 3TAD A; 1K5O A; 4C8N A; 1L3S A; 4F2R A; 3THV A; 3C2K A; 2DF4 B; 3EZ5 A; 2J6S A; 5J0U A; 2M9N A; 1Z4O A; 4DOC A; 2PI4 A; 3DEE A; 2AQ0 A; 5J2F A; 5KFG A; 2XY6 A; 1ZQQ A; 1ZRN A; 4XQ8 A; 4QZH A; 3IHQ B; 2ZJ5 A; 5DBA A; 1ZD4 A; 3BZC A; 1NK7 A; 1BPZ A; 4OO1 J; 5ALM A; 3GIM A; 3SAH A; 1OUQ A; 4NLG A; 3TI0 A; 1X9X A; 3FAH A; 5IIL A; 4KLQ A; 1Q3V A; 3BDP A; 4GXK A; 4QWE A; 3EYZ A; 4I27 A; 4DFJ A; 2DL0 A; 2JEG A; 3BQ1 A; 3JPP A; 2UVV A; 5J2K A; 5AI8 A; 8ICV A; 3ETL A; 3PST A; 3F5E A; 1WWV A; 5AIC A; 1TK8 A; 1SWV A; 4ECT A; 1MQ2 A; 4ECQ A; 4QWD A; 1UHU A; 1S10 A; 5J2J A; 4GC7 A; 5ALT A; 3SMV A; 2HHQ A; 2E8M A; 1D8B A; 2PMZ F; 3ISC A; 2RP5 A; 1U4B A; 3M9O B; 4FFD A; 4IRK A; 4UB5 A; 1ZQ1 C; 7ICT A; 1J2M A; 3NS1 A; 3SYZ A; 4DLE A; 2A1A A; 2KD1 A; 5L1J A; 4RQ3 A; 4PGX A; 1T8E A; 1DRG A; 1NKB A; 3ED5 A; 9ICN A; 3QE9 Y; 4I2A A; 2ZTE A; 3WK5 A; 2RQ5 A; 4BUG A; 2B0C A; 1RYU A; 4TQR A; 3ZD8 A; 4QIW C; 3IRU A; 1LV5 A; 2HHT A; 4F4X A; 4DQQ A; 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