2PSGA

Refined structure of porcine pepsinogen at 1.8 angstroms resolution
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
370
structure length
369
Chain Sequence
LVKVPLVRKKSLRQNLIKDGKLKDFLKTHKHNPASKYFPEAAALIGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSSNDDSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIDSLPDIVFTIDGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase zymogen)
molecule keywords PEPSINOGEN
publication title Refined structure of porcine pepsinogen at 1.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Sus scrofa
total genus 81
structure length 369
sequence length 370
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1991-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
A PF07966 A1_Propeptide A1 Propeptide
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2psgA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2psgA01
4EJKA 1WKRA 3S45A 2R9BA 5DQ2A 1MSMA 2Q63A 1EAGA 2WHHA 4I1CA 3UDYA 3A2OA 1HTRB 5OZTA 3T11A 1NSOA 5DR1A 5P3JA 2QI5A 5P62A 2PSVA 2R3WA 4GJAA 3QIHA 5OYRA 1RL8A 3GGVA 4L1AB 1ZLFA 4LL3A 5P2UA 3SM1A 5F01A 5P60A 4PYVA 1DP5A 2ZJJA 3G6ZA 1TSUA 2QNQA 5P2XA 4YD7A 5P75A 2FIVA 4DJWA 3I6OA 5P72A 1VIJA 1SDTA 5P3ZA 4CMSA 3HZCA 3NU3A 1MUIA 5KR0A 3SA8A 2PSGA 5P6KA 4D85A 1SP5A 4ZPGA 4OBKA 3ZKMA 4DJXA 3CKTA 1D4YA 4FSLA 5HD0A 5P1GA 3OXWA 5P5RA 2ZE1A 5P4WA 3KDDA 5P1XA 4Y5AA 5P61A 1T7JA 1KJ4A 1HHPA 3WZ8A 2QI4A 3QRMA 4Y5MA 5P2FA 5ISJA 1RPIA 4DQBA 3HD8A 3SA3A 4RCEA 5ER1E 4L7GA 2AOCA 1HSGA 3K5CA 5DR0A 4OBHA 2P3DA 4GJ5A 2I4QA 4FRKA 5P4TA 3LIYA 4CKUA 4K8SA 1AJXA 1W5YA 1IVPA 4Q1WA 5HDUA 5P42A 1FB7A 4APRE 1CZIE 3KDBA 1IDAA 1HXBA 5OYSA 1D4HA 1B5FA 4JPCA 4R8YA 3HVGA 2AVVA 3OADB 5HCOA 5IS4A 7HVPA 1HIIA 2OAHA 4KE0A 1G2KA 5P8TA 2ZHUA 3QRVA 1ZJ7A 1ODWA 5P55A 2I4VA 3UPJA 5P0GA 1B5FB 1VIKA 2I4XA 3EKWA 9HVPA 4MC1A 4YA8A 5DQ5A 3UDHA 2QMPA 5P49A 3TTPA 2WEDA 1HBVA 4J0YA 4MC6A 5P8EA 1M0BA 5KQFA 4OBFA 4BELA 1DPJA 3GGAA 2G69A 4FAEA 4CPSA 1K6TA 2QMDA 3D1ZA 5P14A 2F81A 2QHZA 4XXSA 3WB4A 1MT8A 1ENTE 5OYZA 2B42A 4Y51A 5P43A 4J54A 2HIZA 3KFNA 2QI0A 2PH6A 5P5HA 4YCYA 5KQYA 1NH0A 5OZ9A 3N4LA 5KQZA 1QBRA 3L5DA 2QI1A 4RLDA 5OZXA 1APUE 1D4LA 4F73A 5P3VA 5P6NA 4ACUA 3QVCA 4A6CA 3WB5A 4GJ6A 1HSIA 4J1CA 4Y3SA 3L58A 5P5QA 5IVQA 4RVIA 5P6HA 2V00A 3PBZA 3VSXA 3L5CA 4Y6MA 4YD4A 4H1EA 5HDVA 3PJ6A 3KFRA 5P0TA 5P85A 5KR2A 5P1VA 1YT9A 1EBZA 5I3VA 5OZNA 3NU5A 5P0RA 4I0JA 3BUHA 5P7WA 5P4YA 5P3NA 3D20A 4Y3LA 5P0WA 4FSEA 5P2ZA 4B05A 3I7EA 2G1YA 4LXAA 4Y4JA 1PPME 5P0QA 5P7EA 3MSKA 3O9IA 3GGUA 3UFNA 2AZCA 5P7XA 4DQGA 1OEXA 4J0PA 5P3AA 4K4RA 5J25A 1AAQA 2AOJA 1ZPKA 5P1UA 2QMFA 3UDPA 1HVIA 4RVXA 5P6LA 2BBBA 2VIZA 4PZXA 3PM4A 3C9XA 1ZSFA 3FIVA 5P4QA 5P70A 3TNEA 2Q11A 4HEGA 2OHMA 5P1DA 4Y56A 3UDKA 3ER3E 5OYYA 3S7MA 5P0FA 1IIQA 2J9JB 3ER5E 4HDPA 5OZRA 2AVMA 4YDGA 5P4OA 4FM8A 3D1YA 4L7JA 3FKTA 5P5CA 4GB2A 5P1KA 4I8WA 5P79A 4ZSPA 5C9DA 2IEOA 1C70A 3LZVA 1BVGA 5P2BA 1LYBB 2I0AA 2NXDA 1B6MA 4GJCA 5AH8A 4JECA 2AVQA 2IENA 5P8HA 4Y5NA 3TPPA 4PPHA 6UPJA 3MXDA 1GNNA 1EPNE 1W5VA 1Q9PA 1EPPE 4Y3MA 4K4PA 3RTMA 2CEMA 3ZPUA 5P47A 5P6OA 4YOAA 4NJVA 2QAKA 2FNSA 3PGIA 5IE1A 1F7AA 1FF0C 3VYFA 3SFCA 4WY1A 5P16A 4YOBA 5FIVA 4AA9A 2VNMA 3ZOVA 4QGIA 4QLHA 5DGWA 3L3AA 5P77A 2QHYA 1NPVA 5P4BA 1EPOE 4DVFA 2ER9E 4FRJA 3VSWA 5P4HA 3IVHA 2AZ8A 4H3JA 4EP3A 5OZAA 5HU1A 3UDJA 5P8LA 1TQFA 4EQ0A 5P17A 3VYEA 5P39A 1APVE 3BVBA 1XL2A 4QJ2A 1B11A 3NXEA 2VIJA 2JXRA 5P4KA 1AZ5A 4PEPA 5P7IA 5OZ1A 4EJDA 1UPJA 1HVLA 2QD8A 2QK5A 4Y57A 5P8FA 5P5FA 5P3TA 1ODYA 2AZ9A 2AOFA 5P2EA 3I25A 1J71A 1K6CA 2AQUA 3HAUA 4QJ8A 3PMYA 3KT2A 5OYWA 1GVWA 4F75A 4Y3WA 4Y5PA 5DQ4A 3UDQA 5P13A 5P3QA 5P4VA 4DI2A 4S1GA 1XS7D 4J1KA 2IKUA 1ZBGA 1EBWA 5P4AA 5P2OA 4RCFA 5P7GA 2V16C 1HVJA 3DCRA 5P1BA 2JYSA 2PK6A 4Y3FA 4FM6A 4I11A 1AVFA 5KQXA 4Y5KA 5P8OA 3URIA 3OUAA 4A6BA 5P4FA 5OZCA 2NTRA 4OD9A 4YD3A 1SMRA 5P2KA 2P3CA 1BWAA 2HPFA 3OY4A 4Y36A 4B0QA 3OTSA 5P2VA 2WF4A 4D88A 3MWSA 1EPLE 1FQ6A 2FGVA 2NMYA 4B1CA 3QBHA 5OZ3A 2BKSA 4OD9B 4HA5A 3OU4A 1YM2A 4TVHA 3I8WA 1MT9A 5P3FA 5I3YA 4DQEA 3S43B 5P29A 3SLZA 5BS4A 5P18A 1HPSA 1LYWB 5ENKA 5P32A 3PWMA 3S8IA 5KR1A 5P8QA 2VJ7A 5P01A 3Q70A 3BUFA 1T7IA 1ZSRA 2QI7A 3PI5A 4ER2E 1QBUA 4QJ7A 1FG6C 1GVXA 4HDFA 5SY3A 5P7NA 5P7YA 3OQDA 3R1GB 5P89A 5P2SA 2IKOA 4RCDA 1LYAA 1LS5A 5P22A 1ER8E 3Q5HA 4OBDA 4Y35A 2A1EA 4R95A 1LF3A 5P8PA 3ZLQA 1K6VA 2B7FA 3EKYA 4YBFA 3UDMA 1BILA 5P12A 3GI0A 4DFGA 5P1WA 3B7VA 3D3TA 5P6SA 5P25A 1ZPAA 5AHAA 5P06A 2PH8A 3O9GA 3OGPA 4J1IA 3N3IA 2QD7A 2AOGA 1G35A 1A9MA 2QMGA 3KF0A 2B7ZA 4ZSMA 3Q3TA 4ZIPA 1A30A 3LINA 1LF2A 3EKQA 1OHRA 2VIYA 3O9CA 3OXVA 5BRYA 2BPWA 4J1EA 5P8AA 5OZHA 5OZ5A 3HVPA 3OUDB 3OTYA 1AM5A 5P88A 2FDDA 2IS0A 5P2DA 4NJUA 2QCIA 3TOFA 5HCTA 5DR8A 5P3OA 3ZPTA 5P63A 5AH6A 5P7BA 3PSUA 3VUCA 2O40A 2V10C 4NJSA 7UPJA 1YX9A 6APRE 3GGXA 1BIMA 4B00A 3UQUA 1E81E 4EPJA 1MRWA 4K4QA 1XDHA 3LIXA 2UPJA 1HRNA 3GI6A 4EHCA 3JW2A 4XX3A 3D1XA 5P48A 5P57A 3IXKA 5P2CA 3FNUA 4DQHA 5P1TA 5P44A 5P5EA 3VV6A 3QRSA 5P26A 5P7DA 4LBTA 5P2MA 5P54A 2XFJA 4Y5CA 4I8ZA 4Y3YA 3VLBA 2QZLA 2H6TA 4DJPA 2V13A 5P0DA 3HAWA 2ZHTA 5OZZA 3RSVA 3UDNA 2V11C 3UQPA 5ISKA 5P09A 3NSHA 4OBGA 3O9FA 3QAAA 2B8LA 1JLDA 5CONA 4U7VA 1D4KA 1K1TA 2FXDA 3EKPA 1HWRA 4AMTA 4BFBA 4GIDA 4EJ8A 1MTRA 4JPEA 5P3KA 1HIHA 2G1RA 4FS4A 3ZMGA 5P8CA 3UTLA 5P6RA 5P8SA 1HPVA 5APRE 3SKFA 2CEJA 3URLA 4D83A 2ZJHA 4U8WA 4Y45A 3TOGA 4B77A 5OYUA 3LPJA 5P6GA 3TPJA 3VF7A 4AUCA 4B72A 2NXMA 3L5BA 2Z54A 3QS1A 1META 5P2QA 1Z1RA 3QP0A 4BFDA 4E43A 4Y3JA 3NWXA 3ZKXA 4CP7A 5OZMA 2XYFA 4KUPA 4CPWA 4CPRA 5P7LA 1XN3A 5JFUA 2JE4A 1KJ7A 3CMSA 3KMYA 1SIVA 2ZHSA 1SH9A 2BPVA 4DJQA 1HVCA 1Z8CA 4Y54A 4F74A 3DV5A 5P5NA 5BWYA 3OUBA 3PEPA 2P83A 1FQ5A 3SA9A 3UQWA 5P8JA 4Y3TA 1E80E 5OYQA 3PCWA 1BDLA 5JFPA 4DQCA 4TRYA 5DQCA 4FGXA 5P6ZA 5P53A 5P20A 3VF5A 2HPEA 3KFSA 1MIQA 2QZXA 5P0BA 3O9EA 5DR4A 2QNPA 1HXWA 2BB9A 2HB4A 5OZFA 2G20A 2V12C 5P5DA 1MPPA 5P1QA 3IVIA 4XKXA 5HE4A 2QP8A 1Z1HA 3NWQA 4UPJA 3ZKGA 4Y5GA 4IVTA 1PPKE 5P6EA 5P3GA 5P5VA 4RVJA 4NKKA 1MVPA 5P0OA 2F3EA 5P6WA 2O4LA 5P28A 4ZE6A 1EC3A 1QBTA 5PEPA 1ZAPA 1XE5A 1C6YA 1FQ7A 2ZDZA 3L5EA 2F3KA 3R4BA 5IVTA 3CYWA 5P46A 4NPTA 2Q54A 3VEUA 2O4SA 1QDMA 3SA4A 4L6BA 3DJKA 4Y4BA 5P6XA 5P1OA 1GNMA 5P4IA 5P8NA 1EBKC 5P27A 4QJ6A 4ZLSA 3OAGA 3APPA 1KZKA 5P4DA 4U7QA 3DOXA 5OZEA 3LIQA 5P7TA 5P3MA 1EC2A 2QD6A 2ER7E 5P5GA 2XFIA 1W50A 1CMSA 2FXEA 2O4KA 1FMBA 5OZ2A 1UH7A 3PLLA 3GI5A 1BAIA 3KM4A 2IQGA 4ZPEA 3PBDA 4CPQA 3OHFA 4N00A 2OHQA 3KN0A 4Q5MA 2VA6A 2WEZA 4QJAA 3EKXA 2P8HA 2Q3KA 3PMUA 2RENA 1T6GA 5P7ZA 3UFLA 3LHGA 3OOZA 1LF4A 4Y4WA 3VV7A 5P1EA 5P5AA 4Y50A 5P6FA 1UH8A 4I0HA 2HS2A 5P3DA 4WTUA 3TLHA 3OQ7A 4B78A 1TSQA 5P0AA 5P45A 3GW5A 5P4RA 1F34A 4HE9A 3HLOA 5P5MA 5COKA 3HDKA 4DJVA 2AOEA 1APWE 4EXGA 3O99A 5P82A 4DH6A 3EXOA 3FNSA 3K4VA 1W6HA 2R5PA 4EXHA 4M8YA 5P33A 3K5FA 4GJ7A 5I3WA 2ZJLA 5P1YA 1GVUA 2F80A 3KT5A 4PZWA 4Y58A 3BXSA 3HW1A 4Y3QA 5IVSA 2A4FA 2OHLA 3ZKIA 1SDUA 5DQ1A 3ZKNA 1IVQA 5DR7A 5P08A 3RTHA 1DAZC 4DPIA 5P7CA 1TCWA 5P6MA 5P4JA 3NU4A 3S2OA 2G24A 5JODA 1XE6A 1T7KA 5SXNA 1GNOA 5OZLA 5P2AA 5P6IA 3JVYA 1D4JA 4Z2ZA 5P5ZA 1BV7A 4LAPA 3ECGA 4YD6A 1RQ9A 4JOOA 3I2LA 5P02A 2P3BA 3WZ6A 1AIDA 5C9BA 2I4UA 2H6SA 4R92A 4Y4GA 4ER1E 4K9HA 3RU1A 5P0VA 2IL2A 5P73A 2JJIA 5P31A 2P3BB 4H3IA 5P2GA 1FFFC 3NLSA 3OXCA 3INEA 5P58A 4MC2A 1ODXA 4OBZA 4Y9WA 1M43A 5P1JA 1SIPA 5P6DA 3GI4A 2BKTA 3AUPA 3INFA 3K5DA 5AH9A 2BQVA 3BXRA 3ST5A 2UY0A 1C6ZA 2OHUA 3QI1A 3ZL7A 2G1NA 5P3LA 4OBZB 1FQXA 2I4DA 3AIDA 5P36A 5P80A 4Y4XA 2WJOA 5P0IA 4AA8A 1BVEA 3R0WA 3L38A 3VF3A 5P3CA 5P1NA 4KB9A 4Y5BA 3U7SA 2QI6A 1YTHA 1BDRA 5AHCA 5P0ZA 5P6VA 5P87A 1HTEA 1YTJA 4DJOA 3B80A 5P83A 4Y4EA 1B6LA 5AGZA 4Y4ZA 4I0EA 3OU3A 5P4PA 5P81A 3BVAA 3UQRA 1PSOE 2AODA 3R2FA 1HEFE 2R38A 5KAOA 5P4NA 5P15A 5P4GA 3FNTA 3QBFA 5P6QA 1EPME 3NDWA 5P4EA 4HZTA 5P1PA 2OHRA 2O4PA 5OZVA 2NPHA 3EM6A 4L7HA 3LIVA 5P8IA 2ASIA 5P5SA 5AHBA 1U8GA 2VJ9A 5P2RA 4GJ8A 3SA6A 3VCMA 3INHA 2G21A 4YD5A 1FQ4A 5P24A 1QRPE 5P2YA 3S56A 2OF0A 5OZIA 5P7UA 5P64A 4OC6A 1BXQA 4Y3HA 4DPFA 5P0JA 1HVSA 3MSLA 4RGHA 3OU4B 5P74A 3OQFA 1DIFA 1IZIA 1QBSA 2P3AA 5P3XA 5P05A 5P2IA 2BPYA 2VNNA 4YCTA 2Q15A 3PVKA 1MERA 2I1AA 4LXKA 5P00A 3VLAA 3WSJA 4Y47A 4ACXA 3PSGA 1W51A 2UXZA 3HBOA 5HDZA 3FV3A 3TPLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EJK A;  1WKR A;  3S45 A;  2R9B A;  5DQ2 A;  1MSM A;  2Q63 A;  1EAG A;  2WHH A;  4I1C A;  3UDY A;  3A2O A;  1HTR B;  5OZT A;  3T11 A;  1NSO A;  5DR1 A;  5P3J A;  2QI5 A;  5P62 A;  2PSV A;  2R3W A;  4GJA A;  3QIH A;  5OYR A;  1RL8 A;  3GGV A;  4L1A B;  1ZLF A;  4LL3 A;  5P2U A;  3SM1 A;  5F01 A;  5P60 A;  4PYV A;  1DP5 A;  2ZJJ A;  3G6Z A;  1TSU A;  2QNQ A;  5P2X A;  4YD7 A;  5P75 A;  2FIV A;  4DJW A;  3I6O A;  5P72 A;  1VIJ A;  1SDT A;  5P3Z A;  4CMS A;  3HZC A;  3NU3 A;  1MUI A;  5KR0 A;  3SA8 A;  2PSG A;  5P6K A;  4D85 A;  1SP5 A;  4ZPG A;  4OBK A;  3ZKM A;  4DJX A;  3CKT A;  1D4Y A;  4FSL A;  5HD0 A;  5P1G A;  3OXW A;  5P5R A;  2ZE1 A;  5P4W A;  3KDD A;  5P1X A;  4Y5A A;  5P61 A;  1T7J A;  1KJ4 A;  1HHP A;  3WZ8 A;  2QI4 A;  3QRM A;  4Y5M A;  5P2F A;  5ISJ A;  1RPI A;  4DQB A;  3HD8 A;  3SA3 A;  4RCE A;  5ER1 E;  4L7G A;  2AOC A;  1HSG A;  3K5C A;  5DR0 A;  4OBH A;  2P3D A;  4GJ5 A;  2I4Q A;  4FRK A;  5P4T A;  3LIY A;  4CKU A;  4K8S A;  1AJX A;  1W5Y A;  1IVP A;  4Q1W A;  5HDU A;  5P42 A;  1FB7 A;  4APR E;  1CZI E;  3KDB A;  1IDA A;  1HXB A;  5OYS A;  1D4H A;  1B5F A;  4JPC A;  4R8Y A;  3HVG A;  2AVV A;  3OAD B;  5HCO A;  5IS4 A;  7HVP A;  1HII A;  2OAH A;  4KE0 A;  1G2K A;  5P8T A;  2ZHU A;  3QRV A;  1ZJ7 A;  1ODW A;  5P55 A;  2I4V A;  3UPJ A;  5P0G A;  1B5F B;  1VIK A;  2I4X A;  3EKW A;  9HVP A;  4MC1 A;  4YA8 A;  5DQ5 A;  3UDH A;  2QMP A;  5P49 A;  3TTP A;  2WED A;  1HBV A;  4J0Y A;  4MC6 A;  5P8E A;  1M0B A;  5KQF A;  4OBF A;  4BEL A;  1DPJ A;  3GGA A;  2G69 A;  4FAE A;  4CPS A;  1K6T A;  2QMD A;  3D1Z A;  5P14 A;  2F81 A;  2QHZ A;  4XXS A;  3WB4 A;  1MT8 A;  1ENT E;  5OYZ A;  2B42 A;  4Y51 A;  5P43 A;  4J54 A;  2HIZ A;  3KFN A;  2QI0 A;  2PH6 A;  5P5H A;  4YCY A;  5KQY A;  1NH0 A;  5OZ9 A;  3N4L A;  5KQZ A;  1QBR A;  3L5D A;  2QI1 A;  4RLD A;  5OZX A;  1APU E;  1D4L A;  4F73 A;  5P3V A;  5P6N A;  4ACU A;  3QVC A;  4A6C A;  3WB5 A;  4GJ6 A;  1HSI A;  4J1C A;  4Y3S A;  3L58 A;  5P5Q A;  5IVQ A;  4RVI A;  5P6H A;  2V00 A;  3PBZ A;  3VSX A;  3L5C A;  4Y6M A;  4YD4 A;  4H1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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