2PSUA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with carb-ad37
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Design of Mutation-resistant HIV Protease Inhibitors with the Substrate Envelope Hypothesis.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2psuA00
5DQCA 3S45A 5P6MA 3IXJA 4NPTA 4LHHA 3LZYA 5P08A 1MTBA 1W6HA 2OHMA 1IIQA 3KT2A 1YT9A 5P1JA 3D20A 1W5VA 4ZPGA 5OZ6A 2R38A 4ZSQA 5HU0A 3RU1A 5P4XA 5P4GA 1BBSA 3EL0A 4FLGA 2HIZA 5C9BA 4H1EA 4RCEA 3ZPSA 2IEOA 4I0JA 3KFNA 5OZDA 5KR8A 1W5WA 3QP0A 4EQJA 3HBOA 4DH6A 4CPWA 4Y5GA 5P3NA 2G1OA 1BXOA 3VYFA 3JW2A 1LEEA 3OXXA 2NXMA 5PEPA 2BKTA 3T6IA 4FAFA 3FSMA 5OZYA 4GYEA 1ZSFA 3NU5A 5P1LA 4PPHA 2I4XA 2R3WA 3NR6A 1T7IA 2QHZA 3QRVA 5OZ0A 2QMDA 4Y4WA 2WHHA 1YTIA 5P8TA 3BRAA 3JVWA 3OOZA 2OHNA 4CPUA 3I2LA 4Q1YA 2QD7A 3VEUA 4Y3WA 5P8KA 5KR0A 1SH9A 1FMBA 4Y44A 5ISKA 3AUPA 3MWSA 3BGBA 3TH9A 4YBFA 5P37A 5P85A 3SO9A 2CENA 1T6GA 2BPYA 4Z4XA 5P0MA 3LNKA 4GJDA 1QBTA 4L1AA 2G21A 4CPXA 4JPCA 5P8DA 2H6SA 2RENA 1BIMA 5P0RA 5OYTA 4HDBA 3CICA 5P5TA 5ER1E 5P55A 1Z1RA 1HVJA 5P0BA 5OZIA 1MSNA 5P2BA 1EAGA 2AOEA 5P23A 1ZP8A 4WTUA 4TVHA 5SZ9A 2QI7A 5KQXA 2ZGAA 1FIVA 1HVCA 2OF0A 4Y39A 1C6ZA 3QRMA 3G6ZA 4F76A 5OZ4A 1G6LA 5OZSA 2R3TA 4Y3QA 3LPIA 3BUGA 1PSAA 1B6PA 3LHGA 1SP5A 1AVFA 3KDCA 1PSNA 4I1CA 4J1EA 4GJ5A 6UPJA 3APRE 2ZHSA 3UDRA 4R92A 1Z8CA 3FNSA 3PMUA 4Y37A 4FM8A 5P6WA 5P6FA 4Y3PA 4Y3FA 5P3YA 1SGUA 4K4QA 3MXDA 3B80A 3Q3TA 4DQCA 5P2QA 5P6TA 3SQFA 4UPJA 4KB9A 3TKGA 3OK9A 4OC6A 4PZXA 5P5KA 3SAAA 3MSLA 4MC6A 3BGCA 3OQAA 3VSXA 2QK5A 4CPSA 3EL4A 5AH8A 1PFZA 1BDRA 3O9LB 5P8LA 2QNPA 3UCBA 4Y4UA 5OYUA 5P2SA 5P1YA 5OZ8A 1TW7A 1PSOE 5SY3A 5P7SA 2G69A 5APRE 4OBFA 5J25A 3RVIA 3HAWA 3EKWA 1IVPA 4NJTA 4Y4XA 5P6HA 5P69A 4BFDA 4I0ZA 1HOSA 3G70A 2JXRA 2R9BA 2XYEA 3Q4BA 1W5YA 2OHLA 4Y36A 3HDKA 4FRIA 4Y3JA 5P38A 4EXHA 1BILA 1MT8A 1ZBGA 5EZZA 2BPWA 2ZJHA 1APUE 5F00A 2OAHA 4HE9A 5P1OA 4EP2A 5P64A 1G2KA 5P4VA 5P0DA 1NPVA 5HDZA 1GVXA 2BQVA 4Y5CA 3QPJA 3UTLA 5OZJA 1HVRA 2PSVA 2HAHA 2XFJA 3SA9A 5P6ZA 2ZHTA 1VIJA 3LIVA 2G24A 5P17A 3RTHA 2WEDA 1D4SA 2ZYEA 4J0PA 5P4QA 3BC4A 3O9EA 3O9AA 3QN8A 4TRYA 3WB5A 3TTPA 5P4FA 4HDFA 5OZCA 1DW6C 3TOFA 1XN2A 4CPRA 4RVJA 5P8RA 2FNSA 1GVUA 3OAGA 3PLDA 1WKRA 1A8GA 2AVMA 3I7EA 3ER5E 4DI2A 4QJ9A 4B1EA 4OBHA 5P8AA 5AH9A 2ZJMA 4FRKA 4RLDA 3GI0A 4HA5A 2VIEA 5P1WA 3MXEA 4H3IA 2XFIA 3T11A 5P7ZA 5HD0A 3VV6A 2QI1A 2Q15A 3EKXA 5P27A 1K2CA 3GGVA 4B1DA 1ODYA 3TOGA 8HVPA 1Z1HA 2QD6A 4Y35A 1HPXA 3AIDA 2G1YA 1DIFA 2I4VA 4PEPA 2G1RA 1YG9A 4B0QA 3UDHA 3SA8A 5P0EA 1EPPE 1FLHA 4Y3TA 4HDPA 5DR4A 5P05A 5P1XA 1KJ7A 5P0WA 4B77A 5P1PA 5P83A 3OHFA 5BRYA 4L1AB 3VV8A 5P3KA 4ZEAA 5P4KA 2RKGA 1EC3A 5OZAA 2VJ6A 4H3FA 5ER2E 4Y54A 5ISJA 1XL2A 1LZQA 2RSPA 1QBUA 2B60A 2F81A 3LZSA 2FGUA 5P4MA 3PI5A 3UQRA 5OYQA 3UF3A 1RL8A 4GJCA 2VJ7A 4KE0A 1TQFA 5HTZA 1B5FA 4Y50A 1XDHA 4QGIA 5P33A 1GNMA 3HD8A 5P5YA 2VIZA 5P5UA 4Y3HA 1Q9PA 2Q11A 1BV9A 3U7SA 2P3DA 5P2VA 4ZPEA 1GNNA 1TCXA 3K5GA 5P7MA 2SAMA 3GGXA 1BVGA 4Y4JA 3NDTA 1TSQA 3BXRA 2QP8A 4Y5EA 1B6MA 4RROA 3EMYA 1HPSA 4OC6B 4Z50A 4YDGA 2WECA 3FKTA 2PYNA 5OZRA 1E80E 1FQ7A 3UDMA 5P0GA 1ZPAA 2O4LA 2WEAA 1FQ5A 1D4LA 2QI0A 3HZCA 3EKQA 2XFKA 2WF3A 4H3GA 2V00A 2I4WA 5P58A 4DQFA 5P8JA 3OQDA 5OYSA 1DAZC 1MT9A 2OHKA 1HPVA 5P8NA 5P06A 3L5CA 1APWE 3SM2A 3UQWA 5P5LA 1CMSA 4XXSA 3IAWA 2AVQA 4AZYA 3PB5A 2FDDA 3HVPA 5P09A 3SA4A 5P48A 3R4BA 5P2UA 3FIVA 2HS1A 4A6CA 2O40A 3S43A 4GZFA 3VLBA 1B11A 1TZSA 5ENKA 1GKTA 5P47A 5HDUA 3L58A 2PWRA 4I12A 2ASIA 4D85A 3OY4A 2VIYA 5OYYA 5P1SA 5P1UA 4Y5NA 1W50A 3NLSA 1HVSA 4RCFA 3ZKQA 4Y3MA 5P4LA 4FSEA 3UFLA 3CKRA 5P15A 5P0QA 3CYWA 5P5GA 2VJ9A 4Q1WA 5P10A 5P7VA 3VF3A 1HTGA 3OAGB 4EJKA 2OHQA 4HZTA 3EM3A 3O9HA 5P43A 1LV1A 5OZGA 5P40A 3S8IA 3QROA 3EKVA 5P4AA 5KAOA 4Y58A 2QMFA 5P8UA 7HVPA 3PGIA 4DJRA 3ZOVA 1SIVA 3UDYA 5P0KA 3WZ6A 1FMXA 2IQGA 1SMEA 2MIPA 3UDJA 3EL5A 1BVEA 2G27A 5P50A 1MUIA 2HC0A 5P3ZA 2V0ZC 1HVKA 4LL3A 5OZWA 2FDPA 3HW1A 5P78A 4Q1NA 1HSGA 4GJ9A 5AGZA 1KJHA 3HAUA 3URLA 3LITA 4B72A 1W5XA 5HDVA 4FRSA 4Y3SA 4D88A 1A8KA 5P6IA 1WBKA 4D83A 4R95A 5OZKA 3NU9A 1IZIA 4Y4DA 2V16C 5P62A 2AIDA 5P1GA 4J1CA 4RRNA 4K9HA 1C6YA 4CKUA 2J9JA 4RVIA 3O9DA 4Y3AA 5OZLA 3PBDA 1JLDA 4RYGA 5P13A 1PPKE 3EC0A 5HE5A 5P16A 1D4YA 1A30A 2VNMA 2NXDA 4Y5BA 3O9BA 4Y47A 4K8SA 4L7GA 1K1TA 3GGUA 2QZWA 5AH7A 2OHSA 1GVTA 3NU3A 4B05A 5P75A 2PC0A 1RPIA 3LIQA 1B5FB 4RCDA 3DJKA 5P04A 3A2OA 4MC9A 2Q54A 3TLHA 2AZBA 3VLAA 4EPJA 3L38A 4EQ0A 2XYFA 2NMYA 5P7RA 4EP3A 3VG1A 4DPFA 3L5BA 4J5JA 2JJIA 2OHUA 3ZKSA 5P7XA 4J0ZA 1YX9A 2ZJJA 3KYRA 4B00A 5P2XA 3QBFA 5HCTA 4I10A 4Y45A 5P7BA 5P41A 3S56A 1KJFA 1K1UA 3VSWA 3I8WA 4ZSMA 5P0TA 5P29A 1LF2A 2AVOA 2NTRA 3FNTA 5P4ZA 2I4UA 3R2FA 2PK6A 5P2DA 1HTRB 3OTYA 3VF7A 5P4HA 4K4RA 4B1CA 1HIHA 1NPAA 5P4BA 5P7DA 4Y4EA 1IZEA 3M9FA 4YCTA 5HCOA 5P7AA 2I0AA 3UDKA 1XS7D 4GJ8A 3UFNA 4M8XA 4B70A 4NJUA 3FV3A 3S43B 1FKNA 1BDLA 4Y51A 2QMPA 4ACXA 1YM2A 4FE6A 4IVTA 2FNTA 4OD9A 2I4DA 3EKTA 5P01A 4ZSPA 5P71A 5DQ5A 3FNUA 1HXBA 1YTHA 5P4TA 5P30A 4FSLA 3EL1A 5P4RA 4EXGA 3RTMA 3WB4A 5P8QA 3VCMA 5KQFA 1XL5A 5P1EA 3O9GA 4MC2A 5P4IA 5IVQA 1UPJA 5OZVA 3DCRA 5DR8A 5HDXA 4KUPA 4OBZA 1HVLA 5P3EA 3TKWA 1M4HA 5OYZA 5I3WA 4LXKA 2F8GA 4I0EA 5P0SA 5P5SA 5P2LA 4Y5KA 5P1HA 1QS8A 3VFAA 1ODWA 3N3IA 5OZ2A 2VKMA 5P3GA 1XE5A 2Q3KA 4Q5MA 5P2OA 1U8GA 3EM6A 2G94A 3VUCA 5OZOA 1LYAA 4HEGA 5AHCA 3OUCA 3EKPA 5P5BA 2F80A 5IE1A 5KR2A 5P5XA 2QMGA 2WKZA 4PHVA 2QI5A 3UHLA 5P4NA 3OUBA 4FCOA 4CPTA 5P46A 3CIDA 2V10C 4LXAA 5P60A 4JECA 1SMRA 5P7UA 1EC2A 6FIVA 2AOHA 2ZJLA 1BWBA 1MIQA 5P68A 5P87A 4Y57A 1IZDA 2NR6A 4RVXA 5OYVA 2AZ8A 5IS4A 4YCKA 5P6PA 1XN3A 1D4HA 4LAPA 2BPVA 2PMAA 5P4CA 2UY0A 1QBSA 4GIDA 1G35A 5P7WA 3NXNA 3OXWA 1ER8E 1EPNE 4YCYA 1HTFA 1MESA 3K5CA 5DR1A 5P8CA 4DJYA 3LIXA 4J54A 3BUFA 3SA5A 3TNEA 5P84A 4Y6MA 5P6CA 1K6PA 3PWMA 3QRSA 1SDVA 5P26A 4NJVA 5P6KA 4J1KA 2B42A 4YDFA 5P3CA 2J9JB 4NKKA 5KQZA 3GGAA 3EKYA 1EPME 5P2KA 4YA8A 1J71A 4LXMA 5P45A 5P14A 4EYRA 4RYCA 4DQBA 1ZLFA 4BEKA 4OBKA 1A94A 3PSUA 3C9XA 4APRE 1EBKC 1PPME 5P81A 5OZ1A 5P3FA 1VIKA 3PWWA 3Q6YA 5P2TA 1LYBA 2Q63A 3S53A 1OEWA 5IVRA 4YOAA 5P4WA 3OADA 5P1RA 3NDXA 1MPPA 5JODA 3EL9A 5CLMA 2IKUA 3NWQA 3ZLQA 2IRZA 4Y3NA 1BWAA 4BELA 3QBHA 4Y4AA 5P5AA 1MSMA 1AJXA 2OHRA 1HVHA 5P6DA 3KDDA 2F3KA 3OGPA 4F74A 3D91A 5P6JA 1YM4A 5P6OA 5P4OA 3ZKNA 5SXNA 5P6UA 4J0TA 5OZHA 4Y5AA 5P1BA 2R8NA 5P74A 1BXQA 3OUAA 3N4LA 2ER0E 3K4VA 1HSHA 2FLEA 5P8PA 5P4YA 3QI1A 4GMIA 1BV7A 2OHPA 3UQPA 2V11C 3PHVA 2G1NA 4Y5PA 3KMYA 5P0PA 3OU3A 5P3OA 1UH8A 1NSOA 5P57A 5P1FA 3OU1A 2QU3A 1FG8C 4Y3YA 5OZNA 5P4JA 5F01A 3LINA 4Y3DA 3NDUA 3QS1A 5P5JA 3PSGA 1HSIA 4ZE6A 4CMSA 3SLZA 3HLOA 4R5NA 5P6LA 4OD9B 5OZ9A 5P4DA 5P7GA 3ST5A 3TPLA 4ZLSA 4FM6A 3PMYA 1MVPA 3OTSA 5P8VA 5KR1A 2R5PA 1BDQA 1C6XA 5IVSA 5JG1A 4ZPFA 3ZMGA 2FGVA 1IBQA 2V12C 2IGXA 4YD3A 4GJAA 4Y53A 4DPIA 4EHCA 4FAEA 1D4KA 3URJA 3NU4A 3F9QA 4L6BA 4I0DA 3PBZA 1APVE 3GI4A 4OBZB 2QI4A 5DGWA 2IENA 5P89A 4R93A 5P3TA 3ZPUA 3DOXA 4LP9A 9HVPA 5P28A 5IVTA 1KJ4A 5P7PA 5P6VA 4I8WA 3MSKA 1E5OE 5P8OA 3WZ7A 1ZJ7A 1LYAB 3EXOA 5P6EA 2AOFA 5P7NA 5P11A 5P20A 4OBDA 4ER1E 2I1AA 4R91A 4QJ6A 4EJLA 5P66A 1MRXA 3OQ7A 3T3CA 1GNOA 5P6SA 5COPA 1HHPA 4QJAA 3T7XA 1PROA 2P3BA 3OWNA 1ZTZA 4FIVA 1M43A 4I8ZA 5P65A 5C9FA 5P6YA 5P1TA 5P7KA 5OZXA 1SGZA 5P00A 5P56A 5P8IA 3KDBA 4DJOA 3ZKIA 3OOTA 2ZHRA 3NDWA 3CMSA 5P5ZA 4PZWA 5P07A 3OU4A 5P8BA 3L59A 4J1IA 4ZSRA 3K5DA 2HB3A 2QZKA 5P67A 2ZHUA 5P3MA 2BJUA 1DP5A 1B6JA 3NSHA 4F73A 3INEA 1TSUA 3EBZA 3ZKXA 3ZKGA 1UH7A 1AAQA 4Y4GA 5P5WA 2PWCA 3G72A 5P4SA 4Y5MA 1HWRA 2A4FA 2J9KA 5TOLA 2VIJA 4CP7A 5P12A 3TOHA 1HEFE 1WBMA 5P88A 1AIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DQC A;  3S45 A;  5P6M A;  3IXJ A;  4NPT A;  4LHH A;  3LZY A;  5P08 A;  1MTB A;  1W6H A;  2OHM A;  1IIQ A;  3KT2 A;  1YT9 A;  5P1J A;  3D20 A;  1W5V A;  4ZPG A;  5OZ6 A;  2R38 A;  4ZSQ A;  5HU0 A;  3RU1 A;  5P4X A;  5P4G A;  1BBS A;  3EL0 A;  4FLG A;  2HIZ A;  5C9B A;  4H1E A;  4RCE A;  3ZPS A;  2IEO A;  4I0J A;  3KFN A;  5OZD A;  5KR8 A;  1W5W A;  3QP0 A;  4EQJ A;  3HBO A;  4DH6 A;  4CPW A;  4Y5G A;  5P3N A;  2G1O A;  1BXO A;  3VYF A;  3JW2 A;  1LEE A;  3OXX A;  2NXM A;  5PEP A;  2BKT A;  3T6I A;  4FAF A;  3FSM A;  5OZY A;  4GYE A;  1ZSF A;  3NU5 A;  5P1L A;  4PPH A;  2I4X A;  2R3W A;  3NR6 A;  1T7I A;  2QHZ A;  3QRV A;  5OZ0 A;  2QMD A;  4Y4W A;  2WHH A;  1YTI A;  5P8T A;  3BRA A;  3JVW A;  3OOZ A;  2OHN A;  4CPU A;  3I2L A;  4Q1Y A;  2QD7 A;  3VEU A;  4Y3W A;  5P8K A;  5KR0 A;  1SH9 A;  1FMB A;  4Y44 A;  5ISK A;  3AUP A;  3MWS A;  3BGB A;  3TH9 A;  4YBF A;  5P37 A;  5P85 A;  3SO9 A;  2CEN A;  1T6G A;  2BPY A;  4Z4X A;  5P0M A;  3LNK A;  4GJD A;  1QBT A;  4L1A A;  2G21 A;  4CPX A;  4JPC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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